lowQualScore                  :      22  1   1  1 1    3 1  1   1   1 33 11   2 1 1 66 333    3    11  444444   11  1  11 1  666666   4444444 1 1    1   555 555  11 44 333333    1 1 1  3333 22 3333 1           
lowQualScore                  :      ..  .   .  . .    . .  .   .   . .. ..   . . . .. ...    .    ..  ......   ..  .  .. .  ......   ....... . .    .   ... ...  .. .. ......    . . .  .... .. .... .           
lowQualScore                  :      11  5   5  5 5    0 5  5   4   3 11 88   6 3 3 99 666    8    66  666666   77  2  88 3  333333   3333333 3 3    3   000 000  88 44 888888    4 5 5  3333 11 3333 5           
consensus                     : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
Reference ( gi|59219 )        : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59220                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-GAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59221                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59222                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-A-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCGA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59224                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-T-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCG-T-A-TA----T--A----T-TTCTTC
gi|59223                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-TTC--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---TA--AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--G----T-CTCT
gi|59225                      : TGATG--GA-GAC-CC-G-CTAG-GCGT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-T-----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59226                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAA-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TG----T--A----T-TACTTTAA
gi|59228                      : TGATAGAAA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--GGT-C-T-C--G-G-AAATTAAATCTTA------TAG--TT-GAGAT-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTGCAAGT
gi|59229                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-CT-T--GGT-C-T-C--G-G-AAATAAAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ACCG-TGT---C---AT--A--A------TCCA-T-A--A----T--A----T-TTCCTC
gi|59230                      : TGATG--AC-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-CTT-T--G-T-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--G-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---CATAAT--CA-T------T--A-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59227                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAGTG-GT-CG--AAA-C--T--AGTGC-T-CT-G-A-AAAT-AAAT--TAA-----TA---TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-ACTG----T--A----T-
gi|59231                      : TGATG--AA-----------TAG-G-GT-CCT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------T
gi|59233                      : TGATG--AAGGAC-CC---CTAG-G-GT-CAT-AAG-C-----AGTCC-T-C--T-G-ACAT-AAA---TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-AT-G-TGG---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TT-TTCAAGTT
gi|59232                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG----------------------T-C-T-C--T-GTAAAT-AAGT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-T-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTTAA
gi|59234                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-TTAG-T-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-C-T-CT-G-T-AAAT-AATT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------
gi|59236                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAT-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGC-C-T----G-A-AAAT-A-------------------------T-CA------AAA-------A-G-AAGG-TGT---TA--AT--AT-------------T-A-TG----T--T----T-TTCTTCAAAT
gi|59237                      : TGATG--AA-GACGCC-GACTAG-G-GT-CGTGAAG-C--T--AGT-C-C-T--G-G-AAAA-AAGT--TGAATGTTTAGGTTT-GT--T-CA------AAAAAGACTGA-G-GTGG-TTT---G---ATGACT-T------TCTA-TAA-TA----T--A----T-TTC
gi|59238                      : TGATG--AA-GAC-CC-A-CAAG-G-GT-CGC-AAT-C--T--CGT-C-T-CT-G-T-AAGT-AAAT--GA------TAG--TT-AA--T-TA------
gi|59239                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAC-A-GT-AGT-AAG-C--T--AGT-C-T----G-T-AAGT-AAAA--TA------T
gi|59235                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-AGC-TAG-CTAT--AGT-C-T-CT-G-T-GCAT-AAAT--GA------TAG--TT-
gi|59240                      :  GATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CAT-AAG-C--T--ACT-C-T----G-T-GAAT-AAAA--TA------TA
gi|59241                      :   ATG--AA-GAC-CT-G-CTAG-G-GT-CGT-AAT-C--T--AGT-C-T-C--T-GTAAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TTA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59242                      :   ATA--AG-GAC-CCCG-CTGA-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-CTTG-T-AAAT-AAAT--CA------TA---TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-A-AG-TGTC--T---AT--CA-T------T-CA-T-A-TA----T--AGCATT-TTCTTCAAG
gi|59243                      :   ATG--AA-GAA-CC-G-CCAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--A-T-C-T-T--G-T--AAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CATGCTGTTAA-------A-G-ATGG-TGTATAT---AT--CA-T------TCTA-
gi|59244                      :      --AA-GAC-T--G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT---T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------T-GAATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCATT-A-TA----TGCA----T-TTCTTCAAG
gi|59245                      :      --AA-GAC-C--G-CTAG-G-GTTCGT-A-G-C--TTAAGT-C-T-T--GCG-AACT-AAAT--TA------TAG--CT-GA--T-AAC-----AAA-------A-G-AT-G-TGTA--T---AT--CT-C------TC
gi|59246                      :         A-GAC-CC-G-CTAGTG-GT-CAT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AA-T-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------AAG-ATGGGTGT---T---AT--TT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59247                      :                               GT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A---AAAT-AAGT--GA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A------G-TAT---T---AT--TT-TACATAATTTA-T-A-TACATGT--A----T-TTCTTCAAAT
gi|59248                      :                                 -AAGTC--T--AGT-C-T-C--G-A-TAATCAAAT--TA--------G--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAA
gi|59249                      :                                   AG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------GAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTTATGT
gi|59250                      :                                     -C--T--AGT-C-T-A--G-G-AAAT-AAAT--CA------TAG--TT-GA--T-TA------AAA-------A-C-AGGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----TATTCT
gi|59251                      :                                                        -G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AC--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTAAACTT
gi|59252                      :                                                                    --TA------TAG--TTTGA--TACAT-----AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CTGT------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAAGTT
gi|59253                      :                                                                    --TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-T-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TTCA-
gi|59254                      :                                                                                                     AA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT





Alignments
lowQualScore                  :      22  1   1  1 1    2 1  1   1   1 33 11   2 1 1 66 333    3    11  444444   11  1  11 1  666666   4444444 1 1    1   444 444  11 33 333333    1 1 1  3333 22 3333 1           
lowQualScore                  :      ..  .   .  . .    . .  .   .   . .. ..   . . . .. ...    .    ..  ......   ..  .  .. .  ......   ....... . .    .   ... ...  .. .. ......    . . .  .... .. .... .           
lowQualScore                  :      00  4   4  4 4    9 4  4   3   2 00 77   5 2 2 77 222    6    66  444444   77  2  77 2  111111   2222222 3 3    3   888 888  88 99 777777    4 5 5  1111 00 1111 5           
consensus                     : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
Reference ( family-471 )      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59219                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59220                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-GAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59221                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59222                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-A-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCGA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59223                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-TTC--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---TA--AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--G----T-CTCT
gi|59224                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-T-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCG-T-A-TA----T--A----T-TTCTTC
gi|59225                      : TGATG--GA-GAC-CC-G-CTAG-GCGT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-T-----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59226                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAA-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TG----T--A----T-TACTTTAA
gi|59227                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAGTG-GT-CG--AAA-C--T--AGTGC-T-CT-G-A-AAAT-AAAT--TAA-----TA---TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-ACTG----T--A----T-
gi|59228                      : TGATAGAAA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--GGT-C-T-C--G-G-AAATTAAATCTTA------TAG--TT-GAGAT-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTGCAAGT
gi|59229                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-CT-T--GGT-C-T-C--G-G-AAATAAAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ACCG-TGT---C---AT--A--A------TCCA-T-A--A----T--A----T-TTCCTC
gi|59230                      : TGATG--AC-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-CTT-T--G-T-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--G-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---CATAAT--CA-T------T--A-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59231                      : TGATG--AA-----------TAG-G-GT-CCT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------T
gi|59232                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG----------------------T-C-T-C--T-GTAAAT-AAGT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-T-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTTAA
gi|59233                      : TGATG--AAGGAC-CC---CTAG-G-GT-CAT-AAG-C-----AGTCC-T-C--T-G-ACAT-AAA---TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-AT-G-TGG---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TT-TTCAAGTT
gi|59234                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-TTAG-T-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-C-T-CT-G-T-AAAT-AATT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------
gi|59235                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-AGC-TAG-CTAT--AGT-C-T-CT-G-T-GCAT-AAAT--GA------TAG--TT-
gi|59236                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAT-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGC-C-T----G-A-AAAT-A-------------------------T-CA------AAA-------A-G-AAGG-TGT---TA--AT--AT-------------T-A-TG----T--T----T-TTCTTCAAAT
gi|59237                      : TGATG--AA-GACGCC-GACTAG-G-GT-CGTGAAG-C--T--AGT-C-C-T--G-G-AAAA-AAGT--TGAATGTTTAGGTTT-GT--T-CA------AAAAAGACTGA-G-GTGG-TTT---G---ATGACT-T------TCTA-TAA-TA----T--A----T-TTC
gi|59238                      : TGATG--AA-GAC-CC-A-CAAG-G-GT-CGC-AAT-C--T--CGT-C-T-CT-G-T-AAGT-AAAT--GA------TAG--TT-AA--T-TA------
gi|59239                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAC-A-GT-AGT-AAG-C--T--AGT-C-T----G-T-AAGT-AAAA--TA------T
gi|59240                      :  GATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CAT-AAG-C--T--ACT-C-T----G-T-GAAT-AAAA--TA------TA
gi|59241                      :   ATG--AA-GAC-CT-G-CTAG-G-GT-CGT-AAT-C--T--AGT-C-T-C--T-GTAAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TTA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59242                      :   ATA--AG-GAC-CCCG-CTGA-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-CTTG-T-AAAT-AAAT--CA------TA---TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-A-AG-TGTC--T---AT--CA-T------T-CA-T-A-TA----T--AGCATT-TTCTTCAAG
gi|59243                      :   ATG--AA-GAA-CC-G-CCAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--A-T-C-T-T--G-T--AAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CATGCTGTTAA-------A-G-ATGG-TGTATAT---AT--CA-T------TCTA-
gi|59244                      :      --AA-GAC-T--G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT---T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------T-GAATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCATT-A-TA----TGCA----T-TTCTTCAAG
gi|59245                      :      --AA-GAC-C--G-CTAG-G-GTTCGT-A-G-C--TTAAGT-C-T-T--GCG-AACT-AAAT--TA------TAG--CT-GA--T-AAC-----AAA-------A-G-AT-G-TGTA--T---AT--CT-C------TC
gi|59246                      :         A-GAC-CC-G-CTAGTG-GT-CAT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AA-T-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------AAG-ATGGGTGT---T---AT--TT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59247                      :                               GT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A---AAAT-AAGT--GA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A------G-TAT---T---AT--TT-TACATAATTTA-T-A-TACATGT--A----T-TTCTTCAAAT
gi|59248                      :                                 -AAGTC--T--AGT-C-T-C--G-A-TAATCAAAT--TA--------G--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAA
gi|59249                      :                                   AG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------GAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTTATGT
gi|59250                      :                                     -C--T--AGT-C-T-A--G-G-AAAT-AAAT--CA------TAG--TT-GA--T-TA------AAA-------A-C-AGGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----TATTCT
gi|59251                      :                                                        -G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AC--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTAAACTT
gi|59252                      :                                                                    --TA------TAG--TTTGA--TACAT-----AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CTGT------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAAGTT
gi|59253                      :                                                                    --TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-T-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TTCA-
gi|59254                      :                                                                                                     AA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT





Alignments
lowQualScore                  :      22  1   1  1 1    2 1  1   1   1 33 11   2 1 1 66 333    3    11  444444   11  1  11 1  666666   4444444 1 1    1   444 444  11 33 333333    1 1 1  3333 22 3333 1           
lowQualScore                  :      ..  .   .  . .    . .  .   .   . .. ..   . . . .. ...    .    ..  ......   ..  .  .. .  ......   ....... . .    .   ... ...  .. .. ......    . . .  .... .. .... .           
lowQualScore                  :      00  4   4  4 4    9 4  4   3   2 00 77   5 2 2 77 222    6    66  444444   77  2  77 2  111111   2222222 3 3    3   888 888  88 99 777777    4 5 5  1111 00 1111 5           
consensus                     : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
Reference ( family-471 )      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59219                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59220                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-GAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59221                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59222                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-A-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCGA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59223                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-TTC--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---TA--AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--G----T-CTCT
gi|59224                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-T-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCG-T-A-TA----T--A----T-TTCTTC
gi|59225                      : TGATG--GA-GAC-CC-G-CTAG-GCGT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-T-----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59226                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAA-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TG----T--A----T-TACTTTAA
gi|59227                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAGTG-GT-CG--AAA-C--T--AGTGC-T-CT-G-A-AAAT-AAAT--TAA-----TA---TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-ACTG----T--A----T-
gi|59228                      : TGATAGAAA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--GGT-C-T-C--G-G-AAATTAAATCTTA------TAG--TT-GAGAT-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTGCAAGT
gi|59229                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-CT-T--GGT-C-T-C--G-G-AAATAAAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ACCG-TGT---C---AT--A--A------TCCA-T-A--A----T--A----T-TTCCTC
gi|59230                      : TGATG--AC-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-CTT-T--G-T-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--G-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---CATAAT--CA-T------T--A-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59231                      : TGATG--AA-----------TAG-G-GT-CCT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------T
gi|59232                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG----------------------T-C-T-C--T-GTAAAT-AAGT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-T-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTTAA
gi|59233                      : TGATG--AAGGAC-CC---CTAG-G-GT-CAT-AAG-C-----AGTCC-T-C--T-G-ACAT-AAA---TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-AT-G-TGG---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TT-TTCAAGTT
gi|59234                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-TTAG-T-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-C-T-CT-G-T-AAAT-AATT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------
gi|59235                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-AGC-TAG-CTAT--AGT-C-T-CT-G-T-GCAT-AAAT--GA------TAG--TT-
gi|59236                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAT-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGC-C-T----G-A-AAAT-A-------------------------T-CA------AAA-------A-G-AAGG-TGT---TA--AT--AT-------------T-A-TG----T--T----T-TTCTTCAAAT
gi|59237                      : TGATG--AA-GACGCC-GACTAG-G-GT-CGTGAAG-C--T--AGT-C-C-T--G-G-AAAA-AAGT--TGAATGTTTAGGTTT-GT--T-CA------AAAAAGACTGA-G-GTGG-TTT---G---ATGACT-T------TCTA-TAA-TA----T--A----T-TTC
gi|59238                      : TGATG--AA-GAC-CC-A-CAAG-G-GT-CGC-AAT-C--T--CGT-C-T-CT-G-T-AAGT-AAAT--GA------TAG--TT-AA--T-TA------
gi|59239                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAC-A-GT-AGT-AAG-C--T--AGT-C-T----G-T-AAGT-AAAA--TA------T
gi|59240                      :  GATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CAT-AAG-C--T--ACT-C-T----G-T-GAAT-AAAA--TA------TA
gi|59241                      :   ATG--AA-GAC-CT-G-CTAG-G-GT-CGT-AAT-C--T--AGT-C-T-C--T-GTAAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TTA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59242                      :   ATA--AG-GAC-CCCG-CTGA-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-CTTG-T-AAAT-AAAT--CA------TA---TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-A-AG-TGTC--T---AT--CA-T------T-CA-T-A-TA----T--AGCATT-TTCTTCAAG
gi|59243                      :   ATG--AA-GAA-CC-G-CCAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--A-T-C-T-T--G-T--AAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CATGCTGTTAA-------A-G-ATGG-TGTATAT---AT--CA-T------TCTA-
gi|59244                      :      --AA-GAC-T--G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT---T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------T-GAATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCATT-A-TA----TGCA----T-TTCTTCAAG
gi|59245                      :      --AA-GAC-C--G-CTAG-G-GTTCGT-A-G-C--TTAAGT-C-T-T--GCG-AACT-AAAT--TA------TAG--CT-GA--T-AAC-----AAA-------A-G-AT-G-TGTA--T---AT--CT-C------TC
gi|59246                      :         A-GAC-CC-G-CTAGTG-GT-CAT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AA-T-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------AAG-ATGGGTGT---T---AT--TT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59247                      :                               GT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A---AAAT-AAGT--GA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A------G-TAT---T---AT--TT-TACATAATTTA-T-A-TACATGT--A----T-TTCTTCAAAT
gi|59248                      :                                 -AAGTC--T--AGT-C-T-C--G-A-TAATCAAAT--TA--------G--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAA
gi|59249                      :                                   AG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------GAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTTATGT
gi|59250                      :                                     -C--T--AGT-C-T-A--G-G-AAAT-AAAT--CA------TAG--TT-GA--T-TA------AAA-------A-C-AGGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----TATTCT
gi|59251                      :                                                        -G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AC--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTAAACTT
gi|59252                      :                                                                    --TA------TAG--TTTGA--TACAT-----AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CTGT------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAAGTT
gi|59253                      :                                                                    --TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-T-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TTCA-
gi|59254                      :                                                                                                     AA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT


blockSeqs                     :      GA  G   G  C A    T C  T   G   T TA TA   G T T TT GT     T    CT  AATGTT   GT  T  GA A  TGCTGT   AAGACTG A A    G   ATA ATA  GA TG ACATAA    T A C  CATG GC GCAT A
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    T .  .   .   . T  .    C . . T  GT     A    .   A        .   .  .  .  C        .       . .    .   C   A    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . T  CG     C    .   .        .   .  .  .  T        .       . .    .   A   A    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . T  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . T  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  A      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  A      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  A      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  T      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :      .   .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  A  .         . . .  .    .  .    .
blockSeqs                     :          .   .  . .    . .  .   .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         .                    
blockSeqs                     :                                 .   . .  .    . . . .  A      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .         .                    
blockSeqs                     :                                 .   . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  T  .                              
blockSeqs                     :                                     . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .        .       . .    .   .   .    .  .  .                              
blockSeqs                     :                                     . .  .    . . . .  G      .    .   .        .   .  .  .  .                                                                         
blockSeqs                     :                                                        .      .    .   .        .   .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                    .   .                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                    .   .                                                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
finalCons                     : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT





Alignments
lowQualScore                  :      22  1   1  1 1    2 1  1   1   1 33 11   2 1 1 66 333    3    11  444444   11  1  11 1  666666   4444444 1 1    1   444 444  11 33 333333    1 1 1  3333 22 3333 1           
lowQualScore                  :      ..  .   .  . .    . .  .   .   . .. ..   . . . .. ...    .    ..  ......   ..  .  .. .  ......   ....... . .    .   ... ...  .. .. ......    . . .  .... .. .... .           
lowQualScore                  :      00  4   4  4 4    9 4  4   3   2 00 77   5 2 2 77 222    6    66  444444   77  2  77 2  111111   2222222 3 3    3   888 888  88 99 777777    4 5 5  1111 00 1111 5           
consensus                     : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
Reference ( family-471 )      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59219                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59220                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-GAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59221                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59222                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-A-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCGA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59223                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-TTC--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---TA--AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--G----T-CTCT
gi|59224                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-T-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCG-T-A-TA----T--A----T-TTCTTC
gi|59225                      : TGATG--GA-GAC-CC-G-CTAG-GCGT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-T-----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59226                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAA-C--T--AGT-C-T-C--T-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TG----T--A----T-TACTTTAA
gi|59227                      : TGATG--AA-TAC-CC-G-CTAGTG-GT-CG--AAA-C--T--AGTGC-T-CT-G-A-AAAT-AAAT--TAA-----TA---TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-ACTG----T--A----T-
gi|59228                      : TGATAGAAA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--GGT-C-T-C--G-G-AAATTAAATCTTA------TAG--TT-GAGAT-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTGCAAGT
gi|59229                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-CT-T--GGT-C-T-C--G-G-AAATAAAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ACCG-TGT---C---AT--A--A------TCCA-T-A--A----T--A----T-TTCCTC
gi|59230                      : TGATG--AC-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-CTT-T--G-T-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--G-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---CATAAT--CA-T------T--A-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59231                      : TGATG--AA-----------TAG-G-GT-CCT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------T
gi|59232                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG----------------------T-C-T-C--T-GTAAAT-AAGT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-T-ATGG-TGC---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTTAA
gi|59233                      : TGATG--AAGGAC-CC---CTAG-G-GT-CAT-AAG-C-----AGTCC-T-C--T-G-ACAT-AAA---TA------TAG--TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-AT-G-TGG---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TT-TTCAAGTT
gi|59234                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-TTAG-T-GT-CGT-AAG-C--C--AGT-C-T-CT-G-T-AAAT-AATT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------
gi|59235                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-AGC-TAG-CTAT--AGT-C-T-CT-G-T-GCAT-AAAT--GA------TAG--TT-
gi|59236                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAT-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGC-C-T----G-A-AAAT-A-------------------------T-CA------AAA-------A-G-AAGG-TGT---TA--AT--AT-------------T-A-TG----T--T----T-TTCTTCAAAT
gi|59237                      : TGATG--AA-GACGCC-GACTAG-G-GT-CGTGAAG-C--T--AGT-C-C-T--G-G-AAAA-AAGT--TGAATGTTTAGGTTT-GT--T-CA------AAAAAGACTGA-G-GTGG-TTT---G---ATGACT-T------TCTA-TAA-TA----T--A----T-TTC
gi|59238                      : TGATG--AA-GAC-CC-A-CAAG-G-GT-CGC-AAT-C--T--CGT-C-T-CT-G-T-AAGT-AAAT--GA------TAG--TT-AA--T-TA------
gi|59239                      : TGATG--AA-GAC-CC-G-CTAC-A-GT-AGT-AAG-C--T--AGT-C-T----G-T-AAGT-AAAA--TA------T
gi|59240                      :  GATG--AA-GAC-CC-G-CTAG-G-GT-CAT-AAG-C--T--ACT-C-T----G-T-GAAT-AAAA--TA------TA
gi|59241                      :   ATG--AA-GAC-CT-G-CTAG-G-GT-CGT-AAT-C--T--AGT-C-T-C--T-GTAAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------TTA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCTA-T-A-TG----C--A----T-TTCTTCAAG
gi|59242                      :   ATA--AG-GAC-CCCG-CTGA-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT-C-T-CTTG-T-AAAT-AAAT--CA------TA---TT-GA--T-CA------TAA-------A-G-A-AG-TGTC--T---AT--CA-T------T-CA-T-A-TA----T--AGCATT-TTCTTCAAG
gi|59243                      :   ATG--AA-GAA-CC-G-CCAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--A-T-C-T-T--G-T--AAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CATGCTGTTAA-------A-G-ATGG-TGTATAT---AT--CA-T------TCTA-
gi|59244                      :      --AA-GAC-T--G-CTAG-G-GT-CGT-AAG-C--T--AGT---T-C--A-G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------T-GAATGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCATT-A-TA----TGCA----T-TTCTTCAAG
gi|59245                      :      --AA-GAC-C--G-CTAG-G-GTTCGT-A-G-C--TTAAGT-C-T-T--GCG-AACT-AAAT--TA------TAG--CT-GA--T-AAC-----AAA-------A-G-AT-G-TGTA--T---AT--CT-C------TC
gi|59246                      :         A-GAC-CC-G-CTAGTG-GT-CAT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AA-T-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------AAG-ATGGGTGT---T---AT--TT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT
gi|59247                      :                               GT-AAG-C--T--AGT-C-T-C--A---AAAT-AAGT--GA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A------G-TAT---T---AT--TT-TACATAATTTA-T-A-TACATGT--A----T-TTCTTCAAAT
gi|59248                      :                                 -AAGTC--T--AGT-C-T-C--G-A-TAATCAAAT--TA--------G--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAA
gi|59249                      :                                   AG-C--T--AGT-C-T-C--G-G-AAAT-AAAT--TA------GAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTTATGT
gi|59250                      :                                     -C--T--AGT-C-T-A--G-G-AAAT-AAAT--CA------TAG--TT-GA--T-TA------AAA-------A-C-AGGG-TGT---T---AT--CA-T------TCCA-T-A-TA----T--A----TATTCT
gi|59251                      :                                                        -G-AAAT-AAAT--TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AC--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTAAACTT
gi|59252                      :                                                                    --TA------TAG--TTTGA--TACAT-----AAA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CTGT------TCCA-T-A-TA----T--A------TTCTTCAAGTT
gi|59253                      :                                                                    --TA------TAG--TT-GA--T-CA------AAA-------A-T-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TTCA-
gi|59254                      :                                                                                                     AA-------A-G-ATGG-TGT---T---AT--CT-T------TCCA-T-A-TA----T--A----T-TTCTTCAAGTT