lowQualScore                  :                  1 333   4444 1 11  2 333333 4 444    1 2222 888 1   5555 1  1  1   1 2  11 11 5555 44   555 2 1   333  1 1     1 2 77777777  3    1 2 1  33 1 33 3   2 11  1 1      
lowQualScore                  :                  . ...   .... . ..  . ...... . ...    . .... ... .   .... .  .  .   . .  .. .. .... ..   ... . .   ...  . .     . . ........  .    . . .  .. . .. .   . ..  . .      
lowQualScore                  :                  7 999   3333 3 88  7 888888 0 222    2 7777 999 2   0000 2  2  2   2 5  77 77 2222 55   888 4 2   222  2 2     1 3 77777777  4    1 3 1  11 1 11 4   4 66  2 2      
consensus                     :          GACCTTGG-A-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
Reference ( gi|56505 )        :          GACCTTGG-A-T-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56506                      :          GATCCTGG-A-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCC---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56509                      :          GACCATGG-A-C-GTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-A--A-AT-AG-GTT-A-GA--C--A----G--CCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-GTTG
gi|56510                      :          GACCTTGG-A-T-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGA-G--A-AT-GG-TTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCAA-G-C--------TA-TGTT-G-T-TC--T-C--TCGAC-A--AC-T-CGTGTT
gi|56508                      :          GACCTTGG-A-T-TTG----A-T--TT-T------T-A---CCTA-A----AG--G-GGG-G--A-AT-A--GTT-A-GA--T--A----G--TCAT--T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------T--TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56511                      :          GACCTTGG-A-T-TTG----G-GATCT-T------T-A---CCTATA----A---G-GGG-G--A-AT-TG-GTT-A-GGATT--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-
gi|56512                      :          GACCTTGG-A-T-T-G----G-A--CT-T------T-A---CTTA-G----AAGGG-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----GC-TCA---TTG-CTG---CC---GGCGACG-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56507                      :          GACCTTGG-A-G-TTG----G-A--CT-T------A-G---CCTA-A----A------GG-G--A-AT-AGTTTT-A-GA--T--A----G--TCA---TAG-CTG----C-C-GGCGA-G-C--------TA--GTT-G-T-CT--C-T--G-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56503                      :          GACTTTGA-CCT-TTT----G-A--TT-T------T-A---CCTA-A----A---G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAC--T-GCCTGA--CC-C-GGCGA-G-C---------A-TGTG-G-T-CT--T-C--TGGAC-A--A--T-CTTGTT
gi|56504                      :         aGAGCTTGA-C-C-TTG----G-A--CTCT------T-A---CT---A----A---G-GGG-G--A--T-AA-G-----AA--T--A----G--TCA---T---CTGGCTCC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGCT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56513                      :         aGACCTTGG-A-C-TTT----G-A--CT-TGACTTTT-A---CCTA-A----A---A-GGG----A-AT-AG-GTT-G-AA--T--A----GAGTCA---T-G-CTT---CC-T-TGTGA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56514                      :          GACCTTGG-A-C-TTGACTTG-A--CT-T------TTA---CCTA-A----A---A-GGG----A-AT-AG-GTT-G-AA--TAGA----G--TCG---T-G-CTT---CT-T-G--GA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56515                      :           ACCTTGGCA-T-TTG----G-A--CTGT------T-AAC-CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTTCGCT-CT--T-C--T-GACAA--AC-TCCTTGT
gi|56516                      :             CTTGG-A-G-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AA-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GACGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56501                      :             CTTG--A-T-TTG----G-A--CT-T------T-A---GCTT-A----G---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-G---T--A----G--T-A---T-G-CTG----C-C-GGCGA-G-C--------TA---TT-G-G-TT--T-C--T-GA
gi|56495                      : agagctattttgaTTTG-A-C-CTT----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56493                      :       agagctaTTGA-C-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----AAG-G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56494                      :       agagctaTTGA-C-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----AC--G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTG
gi|56492                      :       agagctaTTGA-C-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGGG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-AACAC-T-CTTGTT
gi|56496                      :       agagctaTTGA-C-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-ATGGGG---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56502                      :       agagctaTTGG-A-C-TTG----G-A--CT-T------TTA---CCTA-A----A---G-GGG----A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-GGC-A-G-CTACATGTGTA-TGTT-G-T-GT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TTTGTT
gi|56500                      :        gagctaTTTG-A-C-TTGT---G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GT--------T--A----G--TCA-----G-CTG---CCGC-GG-GA-G-CG-------TA-TGTT-G-TACT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TCTGTT
gi|56517                      :          agagtaGG-A-C-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--GGAT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-TGCGA-T-C--------CA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56518                      :                GG-A-T-TTG----GCA--CT-T------TTA---CCTA-A----A---GTGGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-CGGGCGA-GCC--------TATTGTT-G-T-CT--TAC--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56497                      :                 G-A-TCTTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGAG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--GCA---T-G-CTG---CC-C-GGTGA-G-T--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56498                      :           agagctatt-T-CTG----G----CT-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCAATAT-G-ATG---CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGCT
gi|56519                      :         agagctattgacc-TTG----G-A--CT-T------T-A---CCTA-A----G---G-AGG-G--G--T-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---CC-C-AGCGA-G-C--------TA-TATT-G-T-CT--T-C--T-GAT-A--GC-T-CTTGTT
gi|56520                      :                       cTG----G-A--CT----------A---C-TA-A----A---G-GGG-G--A-AT-GG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAT--T-G-TTG------C-GGCGA-GCC--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GACAA--AC-T-CTT
gi|56499                      :                         G----G-A--CT-T------T-A---CCTT-A----A---G-GGG----A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCA---A-T-CTG---CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GG--A--ACAC-CTTGTT
gi|56521                      :            agagctattgaccG----G-A--CT-T------T-A---CCAA-A----T---G-CGG-G--A-AT-AT-GTT-A-GA--T--AGTGTG--TCA---T---CTG----C-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-GCT-CT--T-C--TGGAC-A--GC-T-CTTGTT
gi|56522                      :                               -A--CT-T------T-AATACCTT-A----A---G-GGG-GGGA-AT-AG-ATTTA-GA--T--A----G--TCA---T-G-CTG---GC-C-CGCGA-G-CTATG----TA-TGTT-G-T-CT--T-T--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56523                      :                                                      A-A----A---G-TGG-G--A-TTGAT-GTT-A-GA--T--A----GAGTCA---T-G-CTT---CT-C-AGTGA-G-C--------TA---TC-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56524                      :                                                    taA-A----A---G-GGG------AT-AG-ATT-A-AG--T--ATTTAG--TCT---T-G-CTT---TC-A-GGCAA-G-C--------T---GTT-T-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CATGCT
gi|56525                      :                                                                                             --A----G--TCA---T-G-GTT---CC-C-AGCGA-A-T--------TA-TGTC-G-T-CT--C-C--T-GAC-G--GC-T-CTTGTT
gi|56526                      :                                                                                                                    ---CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--A----CTTGTT
gi|56527                      :                                                                                                                              CGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-AT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                  1     5555 1 11 1 2 333333 2 444    1 2222 777 1   2 55 1  1  1   1 2  11 11 5555 44   555 444 1   1  1 1     1 2 77777777  3    1 2 1  33 1 33 3   2 11  1 1      
lowQualScore                  :                  .     .... . .. . . ...... . ...    . .... ... .   . .. .  .  .   . .  .. .. .... ..   ... ... .   .  . .     . . ........  .    . . .  .. . .. .   . ..  . .      
lowQualScore                  :                  5     5555 3 88 3 6 777777 6 000    2 6666 444 2   4 33 2  2  2   2 4  77 66 0000 44   666 444 2   1  1 1     1 2 55555555  3    1 2 1  11 1 11 3   3 66  1 2      
consensus                     :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
Reference ( family-470 )      :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56492                      :              TTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGGG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-AACAC-T-CTTGTT
gi|56493                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AAG-G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56494                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AC--G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTG
gi|56495                      :       agagctaTTTG-ACCTT----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56496                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-ATGGGG---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56497                      :       agagctaTTGA-TCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGAG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--GCA---T---G-CTG-CC-C-GGTGA-G-T--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56498                      :       agagctaTTGA-CCTCT----G-G--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCAATAT---G-ATG-CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGCT
gi|56499                      :                agagctaG----G-A--C-T-T------T-A---CCTT-A----A---G-GGG----A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCA---A---T-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GG--A--ACAC-CTTGTT
gi|56500                      : agagctattgaccTTTG-ACTTGT---G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GT--------T--A----G--TCA-------G-CTG-CCGC-GG-GA-G-CG-------TA-TGTT-G-TACT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TCTGTT
gi|56501                      :       agagtaCTTG--ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---GCTT-A----G---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-G---T--A----G--T-A---T---G-CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA---TT-G-G-TT--T-C--T-GA
gi|56502                      : agagctattttgaTTGG-ACTTG----G-A--CTT-T------T-A---CCTA-A----A-----GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGC-A-G-CTACATGTGTA-TGTT-G-T-GT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TTTGTT
gi|56503                      :    gagctaGACTTTGA-CCTTTT---G-A--T-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAC--T---GCCTGACC-C-GGCGA-G-C---------A-TGTG-G-T-CT--T-C--TGGAC-A--A--T-CTTGTT
gi|56504                      :         aGAGCTTGA-CCTTG----G-A--C-TCT------T-A---CT---A----A---G-GGG-G--A--T-AA-G-----AA--T--A----G--TCA---TCTGG-CT--CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGCT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56505                      :         aGACCTTGG-ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56506                      :          GATCCTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCC---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56507                      :          GACCTTGG-AGTTG----G-A--C-T-T------A-G---CCTA-A----A------GG-G--A-AT-AGTTTT-A-GA--T--A----G--TCA---TA--G-CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA--GTT-G-T-CT--C-T--G-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56508                      :          GACCTTGG-ATTTG----A-T--T-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AG--TT-A-GA--T--A----G--TCA---TT--G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------T--TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56509                      :          GACCATGG-ACGTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-A--A-AT-AG-GTT-A-GA--C--A----G--CCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-GTTG
gi|56510                      :          GACCTTGG-ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGA-G--A-AT-GG-TTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCAA-G-C--------TA-TGTT-G-T-TC--T-C--TCGAC-A--AC-T-CGTGTT
gi|56511                      :          GACCTTGG-ATTTG----G-GATC-T-T------T-A---CCTATA----A---G-GGG-G--A-AT-TG-GTT-A-GGATT--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-
gi|56512                      :          GACCTTGG-A-TTG----G-A--C-T-T------T-A---CTTA-G----AAGGG-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----GC-TCAT--T---G-CTG--C-C-GGCGACG-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56513                      :          GACCTTGG-ACTTT----G-A--C-T-TGACTTTT-A---CCTA-A----A---A-GGG----A-AT-AG-GTT-G-AA--T--A----GAGTCA---T---G-CTT-CC-T-TGTGA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56514                      :          GACCTTGG-ACTTGACTTG-A--C-T-T------TTA---CCTA-A----A-----AGG-G--A-AT-AG-GTT-G-AA--TAGA----G--TCG---T---G-CTT-CT-T-G--GA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56515                      :           ACCTTGGCATTTG----G-A--C-TGT------T-AAC-CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTTCGCT-CT--T-C--T-GACAA--AC-TCCTTGT
gi|56516                      :             CTTGG-AGTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AA-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GACGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56517                      :                GG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--GGAT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-TGCGA-T-C--------CA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56518                      :                GG-ATTTG----GCA--C-T-T------TTA---CCTA-A----A---GTGGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-CGGGCGA-GCC--------TATTGTT-G-T-CT--TAC--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56519                      :                    CTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----G---G-AGG-G--G--T-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-AGCGA-G-C--------TA-TATT-G-T-CT--T-C--T-GAT-A--GC-T-CTTGTT
gi|56520                      :                      TG----G-A--C-T----------A---C-TA-A----A---G-GGG-G--A-AT-GG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAT--T---G-TTG----C-GGCGA-GCC--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GACAA--AC-T-CTT
gi|56521                      :                       G----G-A--C-T-T------T-A---CCAA-A----T---G-CGG-G--A-AT-AT-GTT-A-GA--T--AGTGTG--TCA---T-----CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-GCT-CT--T-C--TGGAC-A--GC-T-CTTGTT
gi|56522                      :                             -A--C-T-T------T-AATACCTT-A----A---G-GGG-GGGA-AT-AG-ATTTA-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-GC-C-CGCGA-G-CTATG----TA-TGTT-G-T-CT--T-T--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56523                      :                                                     A-A----A---G-TGG-G--A-TTGAT-GTT-A-GA--T--A----GAGTCA---T---G-CTT-CT-C-AGTGA-G-C--------TA---TC-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56524                      :                                                   taA-A----A---G-GGG------AT-AG-ATT-A-AG--T--ATTTAG--TCT---T---G-CTT-TC-A-GGCAA-G-C--------T---GTT-T-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CATGCT
gi|56525                      :                                                                                            --A----G--TCA---T---G-GTT-CC-C-AGCGA-A-T--------TA-TGTC-G-T-CT--C-C--T-GAC-G--GC-T-CTTGTT
gi|56526                      :                                                                                                                     -CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--A----CTTGTT
gi|56527                      :                                                                                                                             CGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-AT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                  1     5555 1 11 1 2 333333 2 444    1 2222 777 1   2 55 1  1  1   1 2  11 11 5555 44   555 444 1   1  1 1     1 2 77777777  3    1 2 1  33 1 33 3   2 11  1 1      
lowQualScore                  :                  .     .... . .. . . ...... . ...    . .... ... .   . .. .  .  .   . .  .. .. .... ..   ... ... .   .  . .     . . ........  .    . . .  .. . .. .   . ..  . .      
lowQualScore                  :                  5     5555 3 88 3 6 777777 6 000    2 6666 444 2   4 33 2  2  2   2 4  77 66 0000 44   666 444 2   1  1 1     1 2 55555555  3    1 2 1  11 1 11 3   3 66  1 2      
consensus                     :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
Reference ( family-470 )      :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56492                      :              TTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGGG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-AACAC-T-CTTGTT
gi|56493                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AAG-G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56494                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AC--G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTG
gi|56495                      :       agagctaTTTG-ACCTT----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56496                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-ATGGGG---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56497                      :       agagctaTTGA-TCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGAG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--GCA---T---G-CTG-CC-C-GGTGA-G-T--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56498                      :       agagctaTTGA-CCTCT----G-G--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCAATAT---G-ATG-CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGCT
gi|56499                      :                agagctaG----G-A--C-T-T------T-A---CCTT-A----A---G-GGG----A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----A--TCA---A---T-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GG--A--ACAC-CTTGTT
gi|56500                      : agagctattgaccTTTG-ACTTGT---G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GT--------T--A----G--TCA-------G-CTG-CCGC-GG-GA-G-CG-------TA-TGTT-G-TACT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TCTGTT
gi|56501                      :       agagtaCTTG--ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---GCTT-A----G---G-GGG-G--G-AT-AG-GTT-A-G---T--A----G--T-A---T---G-CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA---TT-G-G-TT--T-C--T-GA
gi|56502                      : agagctattttgaTTGG-ACTTG----G-A--CTT-T------T-A---CCTA-A----A-----GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGC-A-G-CTACATGTGTA-TGTT-G-T-GT--T-C--T-GAC-A--AC-T-TTTGTT
gi|56503                      :    gagctaGACTTTGA-CCTTTT---G-A--T-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAC--T---GCCTGACC-C-GGCGA-G-C---------A-TGTG-G-T-CT--T-C--TGGAC-A--A--T-CTTGTT
gi|56504                      :         aGAGCTTGA-CCTTG----G-A--C-TCT------T-A---CT---A----A---G-GGG-G--A--T-AA-G-----AA--T--A----G--TCA---TCTGG-CT--CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGCT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56505                      :         aGACCTTGG-ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56506                      :          GATCCTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCC---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56507                      :          GACCTTGG-AGTTG----G-A--C-T-T------A-G---CCTA-A----A------GG-G--A-AT-AGTTTT-A-GA--T--A----G--TCA---TA--G-CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA--GTT-G-T-CT--C-T--G-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56508                      :          GACCTTGG-ATTTG----A-T--T-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AG--TT-A-GA--T--A----G--TCA---TT--G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------T--TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56509                      :          GACCATGG-ACGTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-A--A-AT-AG-GTT-A-GA--C--A----G--CCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-GTTG
gi|56510                      :          GACCTTGG-ATTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGA-G--A-AT-GG-TTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCAA-G-C--------TA-TGTT-G-T-TC--T-C--TCGAC-A--AC-T-CGTGTT
gi|56511                      :          GACCTTGG-ATTTG----G-GATC-T-T------T-A---CCTATA----A---G-GGG-G--A-AT-TG-GTT-A-GGATT--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-
gi|56512                      :          GACCTTGG-A-TTG----G-A--C-T-T------T-A---CTTA-G----AAGGG-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----GC-TCAT--T---G-CTG--C-C-GGCGACG-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56513                      :          GACCTTGG-ACTTT----G-A--C-T-TGACTTTT-A---CCTA-A----A---A-GGG----A-AT-AG-GTT-G-AA--T--A----GAGTCA---T---G-CTT-CC-T-TGTGA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56514                      :          GACCTTGG-ACTTGACTTG-A--C-T-T------TTA---CCTA-A----A-----AGG-G--A-AT-AG-GTT-G-AA--TAGA----G--TCG---T---G-CTT-CT-T-G--GA-G-C--------TA-TGTT---T-CTAGT-TGAT-GAC-A--AT-T-
gi|56515                      :           ACCTTGGCATTTG----G-A--C-TGT------T-AAC-CCTA-A----AA--G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-ATGA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TATTGTTCGCT-CT--T-C--T-GACAA--AC-TCCTTGT
gi|56516                      :             CTTGG-AGTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-GG-A-AT-AA-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GACGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56517                      :                GG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--GGAT-AG-ATT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-TGCGA-T-C--------CA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56518                      :                GG-ATTTG----GCA--C-T-T------TTA---CCTA-A----A---GTGGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-CGGGCGA-GCC--------TATTGTT-G-T-CT--TAC--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56519                      :                    CTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----G---G-AGG-G--G--T-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-AGCGA-G-C--------TA-TATT-G-T-CT--T-C--T-GAT-A--GC-T-CTTGTT
gi|56520                      :                      TG----G-A--C-T----------A---C-TA-A----A---G-GGG-G--A-AT-GG-GTT-A-GA--T--A----G--TCAT--T---G-TTG----C-GGCGA-GCC--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GACAA--AC-T-CTT
gi|56521                      :                       G----G-A--C-T-T------T-A---CCAA-A----T---G-CGG-G--A-AT-AT-GTT-A-GA--T--AGTGTG--TCA---T-----CTG--C-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-GCT-CT--T-C--TGGAC-A--GC-T-CTTGTT
gi|56522                      :                             -A--C-T-T------T-AATACCTT-A----A---G-GGG-GGGA-AT-AG-ATTTA-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-GC-C-CGCGA-G-CTATG----TA-TGTT-G-T-CT--T-T--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56523                      :                                                     A-A----A---G-TGG-G--A-TTGAT-GTT-A-GA--T--A----GAGTCA---T---G-CTT-CT-C-AGTGA-G-C--------TA---TC-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56524                      :                                                   taA-A----A---G-GGG------AT-AG-ATT-A-AG--T--ATTTAG--TCT---T---G-CTT-TC-A-GGCAA-G-C--------T---GTT-T-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CATGCT
gi|56525                      :                                                                                            --A----G--TCA---T---G-GTT-CC-C-AGCGA-A-T--------TA-TGTC-G-T-CT--C-C--T-GAC-G--GC-T-CTTGTT
gi|56526                      :                                                                                                                     -CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--A----CTTGTT
gi|56527                      :                                                                                                                             CGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-AT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT


blockSeqs                     :                  C     ACTT C AT T C GACTTT T ATA    T TGGG AGG T   A GG G  G  T   T T  AT AG GTGT AG   ATA CTG C   A  G G     C C TACATGTG  T    C C A  AG A GA G   A .   A C
blockSeqs                     :                  .     T    . .  . G .      T AC     . .    AG  .   . G  .  .  .   . T  .  .  TTTA AG   C   A   .   .  . .     . C TATG      T    . C .  AG . GA C   A .   . .
blockSeqs                     :                  .     T    . .  . . .      . .      . .    C   .   . G  .  .  .   . .  .  .  .    C    T   T   .   .  . .     . . G         T    . . .  .  . .  G   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    A   .   . G  .  .  .   . .  .  .  .    .    T   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    A   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                  .     .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                        .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                        .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                        .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                        .    . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                             . .  . . .      . .      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                                                      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                                                      . .    .   .   . .  .  .  .   . .  .  .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                            .  .    .    .   .   .   .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   . .
blockSeqs                     :                                                                                                                     .  . .     . . .         .    . . .  .  . .  .   . .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                . . .         .    . . .  .  . .  .            


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                        **
originalCons                  :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
finalCons                     :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT





Alignments
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lowQualScore                  :                  .     .... . .. . . ...... . ...    . .... ... .   . .. .  .  .   . .  .. .. .... ..   ... ... .   .  . .     . . ........  .    . . .  .. . .. .   . ..  . .      
lowQualScore                  :                  5     5555 3 88 3 6 777777 6 000    2 6666 444 2   4 33 2  2  2   2 4  77 66 0000 44   666 444 2   1  1 1     1 2 55555555  3    1 2 1  11 1 11 3   3 66  1 2      
consensus                     :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
Reference ( family-470 )      :          GACCTTGG-ACTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56492                      :              TTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGGGG--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-AACAC-T-CTTGTT
gi|56493                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AAG-G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
gi|56494                      :       agagctaTTGA-CCTTG----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----AC--G-AGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTG
gi|56495                      :       agagctaTTTG-ACCTT----G-A--C-T-T------T-A---CCTA-A----A---G-GGG-G--A-AT-AG-GTT-A-GA--T--A----G--TCA---T---G-CTG-CC-C-GGCGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT
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gi|56525                      :                                                                                            --A----G--TCA---T---G-GTT-CC-C-AGCGA-A-T--------TA-TGTC-G-T-CT--C-C--T-GAC-G--GC-T-CTTGTT
gi|56526                      :                                                                                                                     -CC-C-GGTGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-CT--T-C--T-GAC-A--A----CTTGTT
gi|56527                      :                                                                                                                             CGA-G-C--------TA-TGTT-G-T-AT--T-C--T-GAC-A--AC-T-CTTGTT