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lowQualScore                  :      . ... . .. .   ..  ...  .        . .   ....... .. .           ....   ..   ....     
lowQualScore                  :      3 333 9 77 4   88  555  1        1 1   6666666 55 1           4444   66   6666     
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Reference ( gi|28310 )        : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28313                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28315                      : TTATT-A---TCT--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28316                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACATCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTAT
gi|28318                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACTTCAT-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
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Alignments
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lowQualScore                  :      . ... . .. .   ..  ...  .        . .   ....... .. .           ....   ..   ....     
lowQualScore                  :      3 222 8 77 4   77  333  1        1 1   5555555 55 1           4444   55   5555     
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Reference ( family-468 )      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
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Alignments
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Reference ( family-468 )      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
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gi|28326                      : TTAAT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGACAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAA--TGC----CT
gi|28327                      : TTATT-A---TAC--A-GAT--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAT----AAC--TGC----CTGTG
gi|28328                      : TTATT-AGT-T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------TAAA-ATTACAGAAAC----AAG--
gi|28329                      : TTATT-AA--T-T--A-GTA--TA---TA-GACGTTAT-A-TCTTACAATGT--A-TTTACAGAAACAATTAAG--TGT----CTGT
gi|28330                      : TTATT-A---G-T--ATGCA--TG---CA-GATGGCAT-T-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAT--TGC----CCGTG
gi|28331                      :  TATT-A---T-TTAA-ATG--T----CA-A--GTCAT-A-TCT-------T--AATTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28332                      :  TATT-A---T-T--A-GAA--TA---AA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGT
gi|28333                      :  TATG-G---T-T--A-GTA--TAG--CA-AATGTCAT---TCT-------G--A-TTTACGAAAGC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28334                      :  TATT-T---T-T--A-GTA--TA---CA-GGCGTCAT-A-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TG
gi|28335                      :   ATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28336                      :   ATT-A---TAT--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28337                      :   ATT-A---T-T--A-GTA--TAGGGCA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAAAAA
gi|28338                      :   ATT-A---G-A--A-GTA--TAAAACA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-GTTATAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28339                      :    TT-G---T-A--A-GTAGCTA---CA-TACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----TAGTG
gi|28340                      :     T-G---T-T--A-GTA--TA---CA-AATGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28341                      :        ---T-T--A-GTA--TA---CA-GAAGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28342                      :              --A-GTA--TA---CA-GACATCATTA-GTT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TAC----CTGTG
gi|28343                      :                 -GTA--TA---CA-GAAGTCAT-A-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AGG--TGT----CTGTG
gi|28344                      :                    A--TA---CA-GACATCAT-A-TCT-------T--A-CTTACAGAAAC----CAG--TGC----CTGTG
gi|28345                      :                             A-GACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28346                      :                             A-GACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG


blockSeqs                     :      T ATT C TA A   GC  GGG  T        T G   TACAATG AA A           AATT   GC   TCTG
blockSeqs                     :      . GT  A .  T   A   AAA  .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . A   A .  .   .   A    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   G    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :      . .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :        .   . .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :              .  .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :                 .   .   .    .        . .   .       .  .           .      .    .   
blockSeqs                     :                     .   .    .        . .   .       .  .           .      .        
blockSeqs                     :                              .        . .   .       .  .           .      .        
blockSeqs                     :                              .        . .   .       .  .                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
finalCons                     : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG





Alignments
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lowQualScore                  :      . ... . .. .   ..  ...  .        . .   ....... .. .           ....   ..   ....     
lowQualScore                  :      3 222 8 77 4   77  333  1        1 1   5555555 55 1           4444   55   5555     
consensus                     : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
Reference ( family-468 )      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28310                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28311                      : TTATT-A---T-T--A-GTAA-TA---CA-GACGTCAT-A-TAT-------T--A-TTTACAGAAAT----AAG--TGC----CTGTG
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gi|28314                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GA-GTCAT-A-TCT-------T--A-TTCAGAAAAAC-----AG--TGC----CTGTG
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gi|28316                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACATCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTAT
gi|28317                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TAA--CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28318                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACTTCAT-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28319                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAC-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAT----AAG--TGC----CTGTG
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gi|28321                      : TTATT-A---T-C--A-GTA--TA---CA-GACTTCAT-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28322                      : TTATT-A---T-C--A-GTA--TA---CA-GACTTCAT-A-TCT-------T--A-GTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28323                      : TTATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GA--TCAT-A-TTT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28324                      : TTGTT-AATTT-C--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAA--TGC----CTGTG
gi|28325                      : TTAT--A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-AGTCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGCTCTGCTGTG
gi|28326                      : TTAAT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGACAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAA--TGC----CT
gi|28327                      : TTATT-A---TAC--A-GAT--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAT----AAC--TGC----CTGTG
gi|28328                      : TTATT-AGT-T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------TAAA-ATTACAGAAAC----AAG--
gi|28329                      : TTATT-AA--T-T--A-GTA--TA---TA-GACGTTAT-A-TCTTACAATGT--A-TTTACAGAAACAATTAAG--TGT----CTGT
gi|28330                      : TTATT-A---G-T--ATGCA--TG---CA-GATGGCAT-T-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAT--TGC----CCGTG
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gi|28332                      :  TATT-A---T-T--A-GAA--TA---AA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGT
gi|28333                      :  TATG-G---T-T--A-GTA--TAG--CA-AATGTCAT---TCT-------G--A-TTTACGAAAGC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28334                      :  TATT-T---T-T--A-GTA--TA---CA-GGCGTCAT-A-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TG
gi|28335                      :   ATT-A---T-T--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28336                      :   ATT-A---TAT--A-GTA--TA---CA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28337                      :   ATT-A---T-T--A-GTA--TAGGGCA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAAAAA
gi|28338                      :   ATT-A---G-A--A-GTA--TAAAACA-GACGTCAT-A-TCT-------T--A-GTTATAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28339                      :    TT-G---T-A--A-GTAGCTA---CA-TACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----TAGTG
gi|28340                      :     T-G---T-T--A-GTA--TA---CA-AATGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28341                      :        ---T-T--A-GTA--TA---CA-GAAGTCAT-A-TCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28342                      :              --A-GTA--TA---CA-GACATCATTA-GTT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TAC----CTGTG
gi|28343                      :                 -GTA--TA---CA-GAAGTCAT-A-GCT-------T--A-TTTACAGAAAC----AGG--TGT----CTGTG
gi|28344                      :                    A--TA---CA-GACATCAT-A-TCT-------T--A-CTTACAGAAAC----CAG--TGC----CTGTG
gi|28345                      :                             A-GACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG
gi|28346                      :                             A-GACGTCAT-A-ACT-------T--A-TTTACAGAAAC----AAG--TGC----CTGTG