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lowQualScore                  :       ..  ...  .   . .   ....   . ....    ...   ..  .......... . . .. ....  .. .     .     .........  .... ..... . ... .. .    . ...  . . ... ...... .....  ........ .. . . ................... ..  .. ..     .     .   .  .......  . .  . ..  . .  .  .  . . .  ...   ... .   .  ... .. ...... .... .. ................ ....... . . .... .... . ... ............................   .  .  . ..   ..  ..  .. .... . .   . . .  . .    
lowQualScore                  :       55  999  3   6 6   9999   4 9999    888   99  8888888888 3 3 88 7777  88 3     3     555555555  7777 22222 9 333 77 2    2 444  2 2 222 666666 11111  55555555 77 8 2 2222222222222222222 99  66 00     5     4   2  8888888  2 0  2 77  2 2  2  2  2 9 4  555   000 2   2  222 77 666666 8888 77 8888888888888888 1111111 2 2 2222 7777 3 555 7777777777777777777777777777   3  3  3 88   11  88  88 5555 3 3   4 4 4  4 5    
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Reference ( gi|53218 )        : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----CAGA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GGA-TG--GCTA--GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AAT--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53219                      : GGAACG--AC---GA-ATG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TGAAG-GTCAT---------GC----A----GAGA---T--A-AAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAC----A--T-A----CATA--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A----------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53221                      : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAGA---T--A-GAAA-C---CGAA-C---G------T-----GA--------G--T-A-ATAT---A--T-A----CT-A--TA--T--CG-TT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGA-AC---TACA------T----A-TG----T-----------G-------T-A-G----C----A-A---AGT--------------------------AAT-TA-TT-A--CGCAAAA--AT--G----T-GTCTG-C-T-CA-A-ATAA
gi|53223                      : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAAA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAC----A--T-A----C--A--TA--T--CATTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-AC-A--TC-G-TG-TC-AT-GAA-TT--AATA--AA-AGT-AC---T--A------T----G-TG----T-----------G-------T-A-A----C----G-A---AGT---------------------------------------------A--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53222                      : GGAACG--AC---GA-TCG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAGA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AATATATA--T-A----T--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----
gi|53224                      : GGAACG--AC---GAATTGTC-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAGA---T--A-GAAAAC---CG-AAC---G------T-----GA--------G--TCA-AT-----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTTTGAATT-AAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACAA--AA-AGT-AC---T--G------T----G-TA----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AGT--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CTA-C-T-GC-A-ATAAgcgtcaaatcagcagaaaatgtcgattca
gi|53225                      : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-T-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAGA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----TA--------G--T-A-------------------------A--T--CG--T-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TA--AC-A--AA-AGT-AC---T--A------A----A-TG----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---AGT--------------------------AA------T-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-
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gi|53227                      : GGGACG---C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATT---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAG----T----GAAA-C---CG-A-T---G------C-----GA--------G--T-A-A------A--T-ATG--C--A--TA--T--CATTT-GTTTTGGAA-AT-------AT-T-GC-A---T-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----ATTGT---T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AGT--------------------------AAT-TATTT-A--CGC---A--GT--G----T---TCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53228                      : GGAACG--AT---GA-TTG-C-CGA----GCA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAA--GTCAT---------AC----A----CCTA---T--AGGAAA-C---CG-A-T---A------T-----CA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--TGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-TGGC-A--TT-G-TG-TA-AT-GAA-TG--ACTA---A-AGT-ACACAT--A------T----A-TG----T-----------G-------T-T-A----C----A-A---AGT--------------------------AAA-TA-TT-A--CGC--AA--A---A----T-G-CCC-C-T-CA-A-ATAA
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gi|53229                      : GAAATG--AC---GT-TTG-C-CGA----ACA-A----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCGAG-GTCAT---------AC----A----GATA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---A------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TT--T--CGATT-ATGTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-A-TG-TC-AC-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--C------T----A-TA----TAAAATGGCGAAG-------T-A-A----C----A-A---AGTATGAAACGTAATATGTGTAACAAAGTAAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-GTAA
gi|53231                      : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----AAT-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--A----GA--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----AAAA---T--G-GAAA-C---TG-T-C---T------T-----CA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TT--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-AA-A--TC-A-TG-TC-ATCGAA-TG--ACT--------------------------------------T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AGT--------------------------TAT-TA-TG-A--CAC---A--AT--G----T-A-CCT-C-T-
gi|53220                      : GGAACG--A----GA-TTG-A-TGA----AAA-T----AAT-----GA--TT----------G---T--G----AT--GGTCAAGTGTCAT---------AC----T----AAGA------A-GAAA------G-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-ATATGC--A--TA--TA-CGTTTGGTTTT-GAA-AT-------AT-T-GT-C--TT-G--G-TC-AT-GAA-TG--ACTAATAA-AGT-A----T--A------T----G-AG----TGGTG-------G-------T-ATA----C----A-A---CGA--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC---A--AT--G----T---CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53232                      : GGAGCG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----TC--G-TCA
gi|53234                      : GAAAGG--AC---GA-TTG-CGCGA----ACA-T----A-TC---GGGATTT----------G-C-T--G----ACCGG-TCAAG-TTCAT---------AA----AGCCTCAGACTTT--A-GAAA-CGCGCG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A------------A--TA------GTTT-GAAAG-GAA-TT-------AA-C-GA-C--TT-G-TG-TC-AT-G-A-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------TATC-A-TG----T-----------GGTATCGTT-A-T----C----ATG---AGC--------------------------AAT-TA-TT-ACGCGC--AA--AT--G----T-G-CCAGC-T-CA-ACATAAtatcgtttgttttcaaatattgtattgtgtcatgaatgactaaaagtactatataaatgtataacaaagtaatcattacataaatgttccactcaaataa
gi|53233                      : GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACT-TTTAAAATCCCGGGG--TTTATTTTTTTTGTC-T--G----AG--T-TCAAG--TCAT---------AT----A----GAG----T--A-GGAA-T---CG-A-CATCG------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-AGTTAC--AATTT--T--TGTTT-GTTTTTGAA-AT-------AT-TCGC-AATTC-G-TG-TCGAT-GAA-TG--ACTG--AA-AGT-A-------------------A-TG----------------------------------------A---AAT--------------------------AAT-TT-TTTA--CGC--AA--AG--T----T-G-CCA-CTT-CA-A-ATAA
gi|53237                      : GGAACG--AT---AA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-T-TCAG----AC--A---GAG-ATCAT---------AC----G----AAGA---T--G-GGAC-C---TT-A-T---G------C-----GA--------G--T-A---------------------------------TCT-ACCTT--AA-AC-------AC-T-CC-A--TC---TA-TT-AT-GGA-TGATGTT----A-AGT-AT---T--A------T----A-AA----T-----------G-------T-A-A----G----A-A---AGT--------------------------AA----------------AA--AT--T----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATGA
gi|53236                      : GGAATG--AT---GA-TTG-C-CAA----ACA-T----AGTC---AAG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTGAG-GTCAT---------------------------T--T-GAA----------------------T-----AA--------A--T-A-AG-----A--T-A----C--A--TT--T--TGTTT-CTTTT-GAA-AC-------AT-T-AC-A--CT-G-TG-TT-AT-GAA-TG--ACCA--
gi|53235                      : GGAACA--ATTATGA-TTG-C-GGA----ACA-T----AATCATCGGG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTAAG-GTCAT---------AC----A----AAGA---T--T-GAAA-C---TA-G-T---G------C-----CA--------A--T-A-T------C--T-A----T--A--TATTT--CGTTT-GTTTT-AAA-AT-------A
gi|53238                      :  GGACG--AT---GACTTG-C-CGA----ACA-T-----ATC---GGG--TT----------G-CTT--G----AG--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A-----AAA---TG-A-GAAA-C---CA-A-C---G------T-----AA--------GTTT-A-A------C--T----------------T--TGTTG-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--GA-G-TGTTC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-GC---T--A------G----A-GG----T-----------G-------T-A-A----C------G---AAT---------------------------AT-TA-TT-A---GCT-AA--GT--G----TGG-CAA-C-TGCA-A-AT
gi|53239                      :   AACGTTAT---GA-TTG-C-CGACCGAGCA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--G----AA--T-TCAAG-TTCAT---------AC----A-----AAA---T--G-GAAA-C---CG-A-C---------------------------------A------A--T----------------T--CGTTT-GTTTT-GAA-AC-------AT-T-GA-A--TC-G-TG-TC------A-TG--ACTA--AA-AGT-AC---A--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C------A---AGT--------------------------CTT-AA-TT-A--AAC--AA--AC--G----T-G-CCA-T-G-CA-A-ATAA
gi|53240                      :       --AC---GA-----C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GATT---T--A-GAAA-C---CG-A-C---A------TCACATGA--------G--T-A-A------A--T----------------------TT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---GGC--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-
gi|53241                      :          C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--GACGTAC--G-TCAAG-GTCATGTACAATTCAT----A----CATA---TTCA-GAAA-CA--AG-A-C---GTGACACT-----GA--------G--T----------A--T-A----C--A--TA--T--TGTTT-GTTT
gi|53242                      :           ---GA-CTA-C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GATT---T--A-GAAA-T---TG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-TA-A----A-T-----TA---A-AGT-AC---T--A------C----A-TGTATTT-----------A-------T-A-ACGTTC----A-A---AGC--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCT-C-T-CA-A-
gi|53243                      :                  TG-C-TGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------C-C-T--C----AG--G-CTGAG-GTCAT-------------------------------------T---TG-G-C---G------T-----GA--------G--TCACA------A--T-G----T--AC-TA--TA-CATCTGGTTTT-GAA-AT-------AT------A--TT-G-AA-TT-TT-GTG-TG--ACCA-----------------A------T----A---------------------------T-A-A----G----A-A---AGC--------------------------AAT-AC-TT-G--CGC--CG--AT--G----T-G-CTA-C-T-TACA-ATGA
gi|53244                      :                        GA----ACA-T----AATC---GGA--TT----------G-T-T--G----AT--G-TCAAG-GTCAT---------AC----A----GAGA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-ATG--C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TG--ACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AGA--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53245                      :                        GA----ACAAC----GATC---GG---TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-ATCAT---------AC----A----CAGA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----AA--------G----------------T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA-AT-------AC-T-GC-A--TC-G-TG-TC--T-GAA-TG--ACTA--CA-AGT-AC---T--A------T----A--G----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---AGT--------------------------AAT-TA--T-A--CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-GA-A-
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gi|53247                      :                         A----ACA-A----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GCCAT---------AC----A----GATA---T--A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-AAA-AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-GAA-TA--ACTA--AA-AGT-AC---T--ATAGGCTT----A-TG----T-----------G-------T-A-AG---C----A-GGCCAGT--------------------------AAT-TA-TT-A--CGC--AA--GT--G----T-G-CCC-C-T-CA-A-ATAA
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Reference ( family-467 )      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
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gi|53230                      :                                       GGAACA--AC---GA-TTG-C-CTA----ACA-T----AATC---GGT--TT----------G-C-T--GTCTGAC--G-TCAAG-GTAA----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-C---GG-A-C---G------T-----GATTGCGTGAG--T-A-A------G--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAAT-AT--------T-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----TT----------G-------T-A-A-------------------------------------------------TA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53231                      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----AAT-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--A----GA--G-TCAAG-GTCA----T-ACAA-----AAA---T----G-GAAA-C---TG-T-C---T------T-----CA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TT--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-AA-A--TC-A-TG-TC-ATCG-AATGACT--------------------------------------T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTTA-T-T-------------A-TGA---CAC---A--AT--G----T-A-CCT-C-T-
gi|53232                      :                                       GGAGCG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----TC--G-TCA
gi|53232                      :                                                                                                                                                                                                                          ----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-CAA--AT-------AT-T-GT-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------TATAAA-TG----T-----------A-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-C-------------A-TTA---CAT--AA--AT--G----T-T-CCA-C-T-CA-A-ATAAtatcgtttgttttcaaatattgtattgtgtcatgaatgactaaaagtactatataaatgtataacaaagtaatcattacataaatgttccactcaaataa
gi|53233                      : ggagcgacgattgccgaacataatcgggttgctgtcgtGGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACT-TTTAAAATCCCGGGG--TTTATTTTTTTTGTC-T--G----AG--T-TCAAG--TCA----T-ATAG-----AG----T----A-GGAA-T---CG-A-CATCG------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-AGTTAC--AATTT--T--TGTTT-GTTTTTGAA--AT-------AT-TCGC-AATTC-G-TG-TCGAT-G-AATGACTG--AA-AGT-A-------------------A-TG----------------------------------------A---A---------ATAATT-T-------------T-TTA---CGC--AA--AG--T----T-G-CCA-CTT-CA-A-ATAA
gi|53234                      :                                       GAAAGG--AC---GA-TTG-CGCGA----ACA-T----A-TC---GGGATTT----------G-C-T--G----ACCGG-TCAAG-TTCA----T-AAAGCCTC-AGACTTT----A-GAAA-CGCGCG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A------------A--TA------GTTT-GAAAG-GAA--TT-------AA-C-GA-C--TT-G-TG-TC-AT-G-A-TGACTA--AA-AGT-AC---T--A------TATC-A-TG----T-----------GGTATCGTT-A-T----C----ATG---A---------GCAA-T-T-------------A-TTACG-CGC--AA--AT--G----T-G-CCAGC-T-CA-ACATAA
gi|53235                      :                                       GGAACA--ATTATGA-TTG-C-GGA----ACA-T----AATCATCGGG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTAAG-GTCA----T-ACAA-----AGA---T----T-GAAA-C---TA-G-T---G------C-----CA--------A--T-A-T------C--T-A----T--A--TATTT--CGTTT-GTTTT-AAA--AT-------A
gi|53236                      :                                       GGAATG--AT---GA-TTG-C-CAA----ACA-T----AGTC---AAG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTGAG-GTCA----T----------------T----T-GAA----------------------T-----AA--------A--T-A-AG-----A--T-A----C--A--TT--T--TGTTT-CTTTT-GAA--AC-------AT-T-AC-A--CT-G-TG-TT-AT-G-AATGACCA--
gi|53237                      :                                       GGAACG--AT---AA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-T-TCAG----AC--A---GAG-ATCA----T-ACGA-----AGA---T----G-GGAC-C---TT-A-T---G------C-----GA--------G--T-A---------------------------------TCT-ACCTT--AA--AC-------AC-T-CC-A--TC---TA-TT-AT-G-GATGATGT--TA-AGT-AT---T--A------T----A-AA----T-----------G-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA------------------------------AA--AT--T----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATGA
gi|53238                      :                                        GGACG--AT---GACTTG-C-CGA----ACA-T-----ATC---GGG--TT----------G-CTT--G----AG--G-TCAAG-GTCA----T-ACA------AAA---TG---A-GAAA-C---CA-A-C---G------T-----AA--------GTTT-A-A------C--T----------------T--TGTTG-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--GA-G-TGTTC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-GC---T--A------G----A-GG----T-----------G-------T-A-A----C----G-A---A----------T-A-T-T-------------A-TTA----GCT-AA--GT--G----TGG-CAA-C-TGCA-A-AT
gi|53239                      :                                         AACGTTAT---GA-TTG-C-CGACCGAGCA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--G----AA--T-TCAAG-TTCA----T-ACAA-----A-A---T----G-GAAA-C---CG-A-C---------------------------------A------A--T----------------T--CGTTT-GTTTT-GAA--AC-------AT-T-GA-A--TC-G-TG-TC-------ATGACTA--AA-AGT-AC---A--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C------A---A---------GTCT-T-A-------------A-TTA---AAC--AA--AC--G----T-G-CCA-T-G-CA-A-ATAA
gi|53240                      :                                             --AC---GA-----C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-C---CG-A-C---A------TCACATGA--------G--T-A-A------A--T----------------------TT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---G---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-
gi|53241                      :                                                C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--GACGTAC--G-TCAAG-GTCATG--T-ACAATTCATACA---TATTCA-GAAA-CA--AG-A-C---GTGACACT-----GA--------G--T----------A--T-A----C--A--TA--T--TGTTT-GTTT
gi|53242                      :                                                 ---GA-CTA-C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-T---TG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-T-------AA--ATT---AA-AGT-AC---T--A------C----A-TGTATTT-----------A-------T-A-ACGTTC----A-A---A---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCT-C-T-CA-A-
gi|53243                      :                                                        TG-C-TGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------C-C-T--C----AG--G-CTGAG-GTCA----T----------------------------T---TG-G-C---G------T-----GA--------G--TCACA------A--T-G----T--AC-TA--TA-CATCTGGTTTT-GAAATAT-------AT-T-GA-A--TT-T-TG-T--------GTGACCA--A----------------------------------T-----------A-------T-A-A----G----A-A---A---------GCAA-T-A-------------C-TTG---CGC--CG--AT--G----T-G-CTA-C-T-TACA-ATGA
gi|53244                      :                                                              GA----ACA-T----AATC---GGA--TT----------G-T-T--G----AT--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-ATG--C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GAAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
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Reference ( family-467 )      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
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gi|53239                      :                                         AACGTTAT---GA-TTG-C-CGACCGAGCA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--G----AA--T-TCAAG-TTCA----T-ACAA-----A-A---T----G-GAAA-C---CG-A-C---------------------------------A------A--T----------------T--CGTTT-GTTTT-GAA--AC-------AT-T-GA-A--TC-G-TG-TC-------ATGACTA--AA-AGT-AC---A--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C------A---A---------GTCT-T-A-------------A-TTA---AAC--AA--AC--G----T-G-CCA-T-G-CA-A-ATAA
gi|53240                      :                                             --AC---GA-----C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-C---CG-A-C---A------TCACATGA--------G--T-A-A------A--T----------------------TT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---G---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-
gi|53241                      :                                                C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--GACGTAC--G-TCAAG-GTCATG--T-ACAATTCATACA---TATTCA-GAAA-CA--AG-A-C---GTGACACT-----GA--------G--T----------A--T-A----C--A--TA--T--TGTTT-GTTT
gi|53242                      :                                                 ---GA-CTA-C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-T---TG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-T-------AA--ATT---AA-AGT-AC---T--A------C----A-TGTATTT-----------A-------T-A-ACGTTC----A-A---A---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCT-C-T-CA-A-
gi|53243                      :                                                        TG-C-TGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------C-C-T--C----AG--G-CTGAG-GTCA----T----------------------------T---TG-G-C---G------T-----GA--------G--TCACA------A--T-G----T--AC-TA--TA-CATCTGGTTTT-GAAATAT-------AT-T-GA-A--TT-T-TG-T--------GTGACCA--A----------------------------------T-----------A-------T-A-A----G----A-A---A---------GCAA-T-A-------------C-TTG---CGC--CG--AT--G----T-G-CTA-C-T-TACA-ATGA
gi|53244                      :                                                              GA----ACA-T----AATC---GGA--TT----------G-T-T--G----AT--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-ATG--C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GAAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53245                      :                                                              GA----ACAAC----GATC---GG---TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-ATCA----T-ACAC-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----AA--------G----------------T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AC-T-GC-A--TC-G-TG-TC--T-G-AATGACTA--CA-AGT-AC---T--A------T----A--G----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A--TA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-GA-A-
gi|53246                      :                                                              GA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------A-C-T--G----AG--A-TCGAG-GTCAAATGT-ACAG-----AGA---------------C---TG-A-C---G------T-----GA--------G--TTA-A------A--CCA----C--A--CA------------------AA--AT-------AG-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AGTGACTA--AA-AGC-AC---T--A------G----A-AG----T-----------G-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA-T-A-------------A-ATA---CGC--AATTAT--G----T-
gi|53247                      :                                                               A----ACA-A----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GCCA----T-ACAG-----ATA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AAT----A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-AAA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATAACTA--AA-AGT-AC---T--ATAGGCTT----A-TG----T-----------G-------T-A-AG---C----A-GGCCA---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--GT--G----T-G-CCC-C-T-CA-A-ATAA
gi|53248                      :                                                                                           ----------G-C-T--T----AC--G-TCAAG-GTCATACGT-ACAC-----AGA---T----A-GAGA-C---CG-A-C---G------T-----AA--------G----------------T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--ATTGGTGAAATAC-GCGA--TCAG-TG-TT-AT-GAAATGACT---GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-------------------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------G-TTA---CGC--AA--AT--AGT--T-G-CCA-C-T-CA-G-AT
gi|53249                      :                                                                                                                      -TCGGG-CTCA----TTACGA-----AGA---T----G-GAAA-C----A-A-T---G------C-----GA--------G--T-A-A------A--T-G----C--A--AA--TTTCGTTT-GGTTT--AA--AT-------AT-T---------------TC-AT-G-AATGACTA--AA-A-T-A-------A------T----A-TGAA--T-----------T-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA-T-A-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-TCA-C-T-CA-
gi|53250                      :                                                                                                                                A----T-ACAG-----ATT---T----A-GAAA-C---CG-A-C---A------T-----GA--------G--T-A-A------AAAT-A----G--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-
gi|53251                      :                                                                                                                                                       ----A-AAAA-T---CG-A-C---G------T-----GT--------A--T-A-AT-----A--T-G----C--A--TA--T--C-TTT-GTTT---AC--AT-------AT-TTGC-A--TT-GGTG-TC-AT-GGAATGACTA--CACAATCAC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---------------AA-T-T---------------TTA---CGC--AA--AT--G----T----CA-C-T-C--A-ATAA
gi|53252                      :                                                                                                                                                                                                                                     A--T--AGTTT-CATTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGATTG--GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------TAA-A----A----A-A---A---------AAAA-T-T-------------A-TTA---CAC--AA--ATTGG----T-G-CC
gi|53253                      :                                                                                                                                                                                                                                                          --AT-------AT-TAGC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATTACTA--AA-A-T--C---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-AC--A---------GTAA-TCT-------------C-TTA---CAC--AA--AT--GTTTCT-G-GCA-C-T-C--A-ATAA
gi|53254                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-A----CGTTCA-T---G---------ACAA-T-T-------------A-CTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-


blockSeqs                     :                                             TT  TAT  A   T G   CCGA   A TTAA    CCG   AT  TATTTTTTTT T T CA TCTG  CG G     T    AATG T    TTCAT   CTT ATTC G    A GCG  A A ATC TGACAC CACAT  TTGCGTGA TT C C ATATATATAT          AT  TT TT     G     G   AT  TGGTGAA  A G  G AT CA G  T  G  C A        AT  C   C  ACA AC TAGGCT ATAA T  TATT AAAATGGCGAA GTATCGT A T CGTT GTTC T GCC GTATGAAAC    T ATGTGTAACAAAGTA T   TTA   AA  TT  TG TTTC G T   G T G  C C
blockSeqs                     :                                             .   .    C   . .   .      . .       ATC   .   .          . . .  ACGT  .  .     .    TACG .    CCTC    .   G    .    . A    . . .   .      .      .        .  C . ACATACAT            C   .  A      T     T   T   .        . C  . .  T  .  .  .  . G        .   .   .  .   .  .      ATC  .  AA   GGTG        .       . . CGTT .    . C   .            . CT              .   CG    T   .   .  GT   . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    TG   .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  T . ATATATGC            .   .  A      G     .   .   .        . T  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  T    T           .       . . CGTT .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . TATATACT            .   .  .      .     .   .   .        . A  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . G    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
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blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ACATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATGC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . C               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATGC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATATAC              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . AAATAG              .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . TATAC               .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . A               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . GATAC               .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ACCAC               .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . TATGC               .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . A               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . GTAC                .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  A  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . CTAT                .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATAC                .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . A               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                             .   .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATGT                .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                                 .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . ATGC                .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                                 .    .   . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . TAC                 .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . A               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                                          . .   .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . TAC                 .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
blockSeqs                     :                                                                .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . AT                  .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  C  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . T               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  . .
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blockSeqs                     :                                                                .      . .       .     .   .          . . .  .     .  .     .    .    .    .       .   .    .    . .    . . .   .      .      .        .  . . AT                  .   .  .      .     .   .   .        . .  . .  T  .  .  .  . .        .   .   .  .   .  .      .    .  .    .           .       . . .    .    . .   .            . .               .   .     .   .   .  .    . .   . . .  .  
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originalCons                  :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-A------A--T-A----C--A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
finalCons                     :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACAG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---G------T-----GA--------G--T-A-AATATAC-------------A--TA--T--CGTTT-GTTTT-GAA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA





Alignments
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lowQualScore                  :                                             44  888  2   5 5   8888   3 8888    777   88  6666666666 3 3 88 5555  88 2     3    4444 2  7777  88888 9 222 8888 2    2 333  2 2 111  00000 77 6666  666 8888  333  66 00 66   1     3 1    2 2  77  7777777  2 8  2 77 44 2  2  2  2 4        66  2   2  111 77 555555 7777 2  5555 55555555555 9999999 2 2 9999 6666 2 444 000000000    2 111111111111111 2   999   00  77  77 4444 2 3   3 3 3  4 5    
consensus                     :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
Reference ( family-467 )      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53218                      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AC-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA------C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-GATGGCTA--GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------ATAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
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gi|53225                      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-T-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----T--A----GT-A----------------------AT-CG--T-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATAAC-A--AA-AGT-AC---T--A------A----A-TG----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---A---------GTAA--------------------TA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-
gi|53226                      :                                       GAAAAG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACT-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAT-GTCA----T-AC----AG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----AT---T-----------T-TGTTT-G-TTTA-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---A--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C----G-A---A----------------T-------------A-CTA---CAC--AA--AT--G----T-G-CCA-A-T-CA-A-ATAA
gi|53227                      :                                       GGGACG---C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATT---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----AG----T------GAAA-C---CG-A-T---GC-----G--A----GT-A-A----ATA--TG--C--A--TAT-CATTT-G-TTTT-GGAA--AT-------AT-T-GC-A--T--G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----ATTGT---T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------ATTTA---CGC---A--GT--G----T---TCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53228                      :                                       GGAACG--AT---GA-TTG-C-CGA----GCA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAA--GTCA----T-AC----AC-----CTA---T----AGGAAA-C---CG-A-T---AT-----C--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TAT-TGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-TGGC-A--TT-G-TG-TA-AT-G-AATGACT---AA-AGT-ACACAT--A------T----A-TG----T-----------G-------T-T-A----C----A-A---A---------GTAA-A-T-------------A-TTA---CGC--AA--A---A----T-G-CCC-C-T-CA-A-ATAA
gi|53229                      :                                       GAAATG--AC---GT-TTG-C-CGA----ACA-A----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCGAG-GTCA----T-AC----AG-----ATA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---AT-----G--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TTT-CGATT-A-TGTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-A-TG-TC-AC-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--C------T----A-TA----TAAAATGGCGAAG-------T-A-A----C----A-A---AGTATGAAACGTAA-TATGTGTAACAAAGTAA-TTATTACGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-GTAA
gi|53230                      :                                       GGAACA--AC---GA-TTG-C-CTA----ACA-T----AATC---GGT--TT----------G-C-T--GTCTGAC--G-TCAAG-GTAA----T-AC----AG-----ATT---T----A-GAAA-C---GG-A-C---GT-----G--ATTGCGT-G-A----GTAAGTA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AAT-AT--------T-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----TT----------G-------T-A-A-------------------------------------------------TA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53231                      :                                       GGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----AAT-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--A----GA--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AA-----AAA---T----G-GAAA-C---TG-T-C---TT-----C--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TTT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-AA-A--TC-A-TG-TC-ATCG-AATGACT--------------------------------------T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTTA-T-T-------------A-TGA---CAC---A--AT--G----T-A-CCT-C-T-
gi|53232                      :                                       GGAGCG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----TC--G-TCA
gi|53232                      :                                                                                                                                                                                                                   --C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-C-AA--AT-------AT-T-GT-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------TATAAA-TG----T-----------A-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-C-------------A-TTA---CAT--AA--AT--G----T-T-CCA-C-T-CA-A-ATAAtatcgtttgttttcaaatattgtattgtgtcatgaatgactaaaagtactatataaatgtataacaaagtaatcattacataaatgttccactcaaataa
gi|53233                      : ggagcgacgattgccgaacataatcgggttgctgtcgtGGAACG--AC---GA-TTG-C-CGA----ACT-TTTAAAATCCCGGGG--TTTATTTTTTTTGTC-T--G----AG--T-TCAAG--TCA----T-AT----AG-----AG----T----A-GGAA-T---CG-A-CATCGT-----G--A----GT-A-A----ATAGTTA--C--AATTTT-TGTTT-G-TTTTTG-AA--AT-------AT-TCGC-AATTC-G-TG-TCGAT-G-AATGACTG--AA-AGT-A-------------------A-TG----------------------------------------A---A---------ATAATT-T-------------T-TTA---CGC--AA--AG--T----T-G-CCA-CTT-CA-A-ATAA
gi|53234                      :                                       GAAAGG--AC---GA-TTG-CGCGA----ACA-T----A-TC---GGGATTT----------G-C-T--G----ACCGG-TCAAG-TTCA----T-AA----AGCCTC-AGACTTT----A-GAAA-CGCGCG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----A-----------A--TA---GTTT-G-AAAG-G-AA--TT-------AA-C-GA-C--TT-G-TG-TC-AT-G-A-TGACTA--AA-AGT-AC---T--A------TATC-A-TG----T-----------GGTATCGTT-A-T----C----ATG---A---------GCAA-T-T-------------A-TTACG-CGC--AA--AT--G----T-G-CCAGC-T-CA-ACATAA
gi|53235                      :                                       GGAACA--ATTATGA-TTG-C-GGA----ACA-T----AATCATCGGG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTAAG-GTCA----T-AC----AA-----AGA---T----T-GAAA-C---TA-G-T---GC-----C--A----AT-A-T----CTA--TA--T--A--TTT-CGTTT-G-TTTT-A-AA--AT-------A
gi|53236                      :                                       GGAATG--AT---GA-TTG-C-CAA----ACA-T----AGTC---AAG--TT----------G-C-T--A----AG--A-TTGAG-GTCA----T--------------------T----T-GAA----------------T-----A--A----AT-A-A----G-A--TA--C--A--TTT-TGTTT-C-TTTT-G-AA--AC-------AT-T-AC-A--CT-G-TG-TT-AT-G-AATGACCA--
gi|53237                      :                                       GGAACG--AT---AA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-T-TCAG----AC--A---GAG-ATCA----T-AC----GA-----AGA---T----G-GGAC-C---TT-A-T---GC-----G--A----GT--------ATC--TA--C-----------CTT----------AA--AC-------AC-T-CC-A--TC---TA-TT-AT-G-GATGATGT--TA-AGT-AT---T--A------T----A-AA----T-----------G-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA------------------------------AA--AT--T----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATGA
gi|53238                      :                                        GGACG--AT---GACTTG-C-CGA----ACA-T-----ATC---GGG--TT----------G-CTT--G----AG--G-TCAAG-GTCA----T-AC----A------AAA---TG---A-GAAA-C---CA-A-C---GT-----A--A----GT---------T---TA-----A--CTT-TGTTG-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--GA-G-TGTTC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-GC---T--A------G----A-GG----T-----------G-------T-A-A----C----G-A---A----------T-A-T-T-------------A-TTA----GCT-AA--GT--G----TGG-CAA-C-TGCA-A-AT
gi|53239                      :                                         AACGTTAT---GA-TTG-C-CGACCGAGCA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--G----AA--T-TCAAG-TTCA----T-AC----AA-----A-A---T----G-GAAA-C---CG-A-C-----------------------A----AT---------------T-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AC-------AT-T-GA-A--TC-G-TG-TC-------ATGACTA--AA-AGT-AC---A--A------T----A-AG----T-----------G-------T-A-A----C------A---A---------GTCT-T-A-------------A-TTA---AAC--AA--AC--G----T-G-CCA-T-G-CA-A-ATAA
gi|53240                      :                                             --AC---GA-----C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----ATT---T----A-GAAA-C---CG-A-C---ATCACATG--A----GT-A-A----AT--------------------TT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-ACGTTC----A-A---G---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-
gi|53241                      :                                                C---GA-TTG-C-CGA----ACA-T----AATC---AGG--TT----------G-C-T--GACGTAC--G-TCAAG-GTCATG--T-AC----AATTCATACA---TATTCA-GAAA-CA--AG-A-C---GT-----GACA----CT-G-A----GTA--TA--C--A--TAT-TGTTT-G-TTT
gi|53242                      :                                                 ---GA-CTA-C-CGA----ACA-T----------------------------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----ATT---T----A-GAAA-T---TG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--CT-G-TG-T-------AA--ATT---AA-AGT-AC---T--A------C----A-TGTATTT-----------A-------T-A-ACGTTC----A-A---A---------GCAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCT-C-T-CA-A-
gi|53243                      :                                                        TG-C-TGA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------C-C-T--C----AG--G-CTGAG-GTCA----T--------------------------------T---TG-G-C---GT-----G--A----GTCACA----ATG--TA--CT-A--TA--CATCT-GGTTTT-G-AAATAT-------AT-T-GA-A--TT-T-TG-T--------GTGACCA--A----------------------------------T-----------A-------T-A-A----G----A-A---A---------GCAA-T-A-------------C-TTG---CGC--CG--AT--G----T-G-CTA-C-T-TACA-ATGA
gi|53244                      :                                                              GA----ACA-T----AATC---GGA--TT----------G-T-T--G----AT--G-TCAAG-GTCA----T-AC----AG-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA--TG--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GAAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-ATAA
gi|53245                      :                                                              GA----ACAAC----GATC---GG---TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-ATCA----T-AC----AC-----AGA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----A--A----G--------------TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AC-T-GC-A--TC-G-TG-TC--T-G-AATGACTA--CA-AGT-AC---T--A------T----A--G----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------A--TA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-GA-A-
gi|53246                      :                                                              GA----ACA-T----AATC---GGG--TT----------A-C-T--G----AG--A-TCGAG-GTCAAATGT-AC----AG-----AGA---------------C---TG-A-C---GT-----G--A----GTTA-A----AC---CA--C--A--CA-----------------AA--AT-------AG-T-GC-A--TC-G-TG-TC-AT-G-AGTGACTA--AA-AGC-AC---T--A------G----A-AG----T-----------G-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA-T-A-------------A-ATA---CGC--AATTAT--G----T-
gi|53247                      :                                                               A----ACA-A----AATC---GGG--TT----------G-C-T--G----AC--G-TCAAG-GCCA----T-AC----AG-----ATA---T----A-GAAA-C---CG-A-C---GT-----G--A----GT-A-A----ATA--TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-A-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATAACTA--AA-AGT-AC---T--ATAGGCTT----A-TG----T-----------G-------T-A-AG---C----A-GGCCA---------GTAA-T-T-------------A-TTA---CGC--AA--GT--G----T-G-CCC-C-T-CA-A-ATAA
gi|53248                      :                                                                                           ----------G-C-T--T----AC--G-TCAAG-GTCA----T-ACGTACAC-----AGA---T----A-GAGA-C---CG-A-C---GT-----A--A----G--------------TA--C--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--ATTGGTGAAATAC-GCGA--TCAG-TG-TT-AT-GAAATGACT---GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-------------------T-A-A----C----A-A---A---------GTAA-T-T-------------G-TTA---CGC--AA--AT--AGT--T-G-CCA-C-T-CA-G-AT
gi|53249                      :                                                                                                                      -TCGGG-CTCA----TTAC----GA-----AGA---T----G-GAAA-C----A-A-T---GC-----G--A----GT-A-A----ATG--CA--A--A--TTT-CGTTT-G-GTTT---AA--AT-------AT-T---------------TC-AT-G-AATGACTA--AA-A-T-A-------A------T----A-TGAA--T-----------T-------T-A-A----G----A-A---A---------GTAA-T-A-------------A-TTA---CGC--AA--AT--G----T-G-TCA-C-T-CA-
gi|53250                      :                                                                                                                                A----T-AC----AG-----ATT---T----A-GAAA-C---CG-A-C---AT-----G--A----GT-A-A----AAA--TA--G--A--TAT-CGTTT-G-TTTT-G-AA--AT-------AT-
gi|53251                      :                                                                                                                                                           ----A-AAAA-T---CG-A-C---GT-----G--------T-ATA----ATA--TG--C--A--TAT-C-TTT-G-TTT----AC--AT-------AT-TTGC-A--TT-GGTG-TC-AT-GGAATGACTA--CACAATCAC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-A---------------AA-T-T---------------TTA---CGC--AA--AT--G----T----CA-C-T-C--A-ATAA
gi|53252                      :                                                                                                                                                                                                                            AT-AGTTT-C-ATTT-G-AA--AT-------AT-T-GC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATGATTG--GA-AGT-AC---T--A------T----A-TG----T-----------G-------TAA-A----A----A-A---A---------AAAA-T-T-------------A-TTA---CAC--AA--ATTGG----T-G-CC
gi|53253                      :                                                                                                                                                                                                                                                --AT-------AT-TAGC-A--TT-G-TG-TC-AT-G-AATTACTA--AA-A-T--C---T--A------T----A-TG----T-----------G-------T-A-A----C----A-AC--A---------GTAA-TCT-------------C-TTA---CAC--AA--AT--GTTTCT-G-GCA-C-T-C--A-ATAA
gi|53254                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATGACTA--AA-AGT-AC---T--A------T----A-TT----T-----------G-------T-A-A----CGTTCA-T---G---------ACAA-T-T-------------A-CTA---CGC--AA--AT--G----T-G-CCA-C-T-CA-A-