lowQualScore                  :                                                                        111111111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :      11 3 2  2  1 1  1 3 1 222 1 3333 1    22 99 11 2 1 1 6666666666 2 000000000000000000000 11 4444 3   1 4 1  333    222 99  1 22 1 2222 3 1 11 2 1  8888 1 1 888888 2     4    2   33  2 33 2   33   2 33         
lowQualScore                  :      .. . .  .  . .  . . . ... . .... .    .. .. .. . . . .......... . ..................... .. .... .   . . .  ...    ... ..  . .. . .... . . .. . .  .... . . ...... .     .    .   ..  . .. .   ..   . ..         
lowQualScore                  :      88 8 4  4  1 1  1 4 1 000 1 5555 1    66 33 55 2 1 1 0000000000 2 666666666666666666666 55 6666 3   1 4 1  111    000 33  1 77 1 4444 4 1 66 3 1  2222 2 2 444444 8     4    4   44  5 55 7   77   9 99         
consensus                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
Reference ( gi|113066 )       : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-TAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113068                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-T----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GT-C-TT-TTT--CTA-A--ATA
gi|113072                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT-----A--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCGAACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAa
gi|113069                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A------------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-AAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AT--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATA
gi|113071                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--GGTA--T-A-A-AA---------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AGCT---A-CAA-A--C-C----AAT-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAACATAA
gi|113075                     : CCCCA----A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-GTCAGA-TCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-T-AC--G-A-A-T-A----TGATCTT-ACTG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113073                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-CAACT-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----ACTTA-G-G-TC---AACT---A-ACA-A--C-C----A-TTGCCT-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GCTT-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113080                     : CCCCA--T-AATG-AA-T-TT-T-A-C---T-G----A-CCAA--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-AACC-C----A-T-G--T-A-AC--G-AGA-T-A----TAATCTT-A-CG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113081                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCATG-G-CA--T---A-A----------C-C---------------------A--T----A--TA-G-G-TCTGAAACT---A-CAA-A--C-C----ATT-G--T-A-AC--GAA-A-T-A----T-ATCTTAACCG-ACA--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATGTCATAA
gi|113077                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-A-A----------C-CGTTTTTTTTTTTTTTATATTTA--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-AA-C-C----A-T-G--T-A-AA--G-A-AAT-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113084                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-AAC---T-G----AACCAT--G--A--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CCA------C----A-T-G--T-A-ACGGG-A-A-T------T-ATCTTCACCG-ACT--GC-C-TTATTTCGCTA-A--ATAGCATAA
gi|113083                     : CCCCAGGT-A-TA-GA-A-AT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----ACTTA-G-G-TC---AACT---A-CAA----C-C----A-G-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TAT--CTA-A--A-AGCATA
gi|113067                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTG-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AT---T-ATC
gi|113079                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TCA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A------ATATT-A
gi|113076                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-A----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113085                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--C----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AGTATT-ATCT
gi|113074                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------CGC---------------------A--T----A-TTA-G-G-TCA--AACTGAGA--AA-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--T-A-A-T-A----
gi|113078                     : CCCCA--T-A-TG-GA-T-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT--G-TA--TAA-A-A----------C-C---------------------A--T----A--TG-G-G-TC---AACT---ACCAA-A--C-C----A-T-A--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113086                     : CCCCA--T-AATG-GA-A-TT---A-T---T-G----A-CCAT--G-----T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----ACTTA-GTG-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T---AC----A-A-T-A----T-
gi|113082                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCATTCG-TA--T-ACA-A----------C-C---------------------A--T-------TATG-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C------T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-ATCAC-GCCG-
gi|113070                     : CCCAA--T-A-TG-GA-AATT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-A-A----------C-C---------------------A-------A-TTA---G-TC----ACT-----CAA-A----C----A-T-G--T-T-AC--T-A-A-T-A------ATATT--CC--ACTTCAC-C-TT-CTT--C
gi|113088                     :  CCCA--T-A-TGCGA-A-TT-T-A-C---T-GT---A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-T-A-G-G-TC---AA-T---A-CAA-A--C-C----A-T----T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTC--TTACATCATAGCATAActtt
gi|113089                     :  CCCC--T-A-TA-GA-A-TTAT-A-C---TTG----A-CCAT--G-TA--TTA-A-A----------C-C---------------------A--TC---A-ATA-G-G-TC---AGCT-----CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-A-T----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-CTTT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113087                     :  CCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T---A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-GCG-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113090                     :  CCCA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TAATC-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---G-CAA-T--CAC----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113091                     :  CCCA--TCA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------CGC---------------------ATCT----A-TTA-G-G-TC---AACT---G-CAA-A--C-T----A-T-A--T-A-
gi|113092                     :   CCA--T-A-TA-GA-A-TT-T-A-T---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A------------C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T----T-A-----T-A-A-TAA----T-ATCTT-ACCT-CCT--GC-
gi|113093                     :   CCA--T-A-TG-GAGA-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-----T-A-ATA----------C-C---------------------A--T----A-TTA-GAG-TC---AACT---A-AAA-C--C-C----A-T-G--T-A-AC--C-A-A-T-A----T-AT
gi|113095                     :   CCA--T-A-TG--A-A-TT-T-A-C-----G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-CA--------------------A--TA---A-TTA-GAG-TC---AACT---A-CAATA--C-C----ATT-G--T-ATAC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113094                     :   CCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-GCTC---AA
gi|113096                     :    CA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----C-CCAT--G-TA--T-G-A-A----------A-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-C-A-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113097                     :     A--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-ACAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-CTTGTA-T-G--T-A-AT--G-A-A-T-A----T-ATCTT-AAAG-ACT--GG-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACTTA
gi|113098                     :         -A-TGTGA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--TATTAA-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAC-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113099                     :           -TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-AGTATGATAAAC-C---------------------A--T----G-TTA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AG---T-ATC
gi|113100                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TTA-G-A-CC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113101                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCGT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----C-ATA-G-G-TC---AACT---------A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AGTG-T-ATC
gi|113102                     :                                -G----A-GCAT--G-TA--T-A-A-A----------C-C---------------------A--T----A-TCA-G-G-TC---AACT---A-CAA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT

lowQualScore                  :                                                                       111111111111111111111                                                                                                                          
lowQualScore                  :      11 3 2  2  1 1  1 3 1 111 1 3333 1    22 1  11 2 1  5555555555 2 000000000000000000000 11 5555 3    4 1  111     1 22222  1 22 1 2222 3 1 11 2 1  4444 1 1 8 6666 2     4    2   33  2 22 2   33   2 33         
lowQualScore                  :      .. . .  .  . .  . . . ... . .... .    .. .  .. . .  .......... . ..................... .. .... .    . .  ...     . .....  . .. . .... . . .. . .  .... . . . .... .     .    .   ..  . .. .   ..   . ..         
lowQualScore                  :      77 6 4  4  1 1  1 3 1 999 1 4444 1    66 1  55 2 1  8888888888 2 333333333333333333333 55 5555 2    3 1  999     1 88888  1 66 1 4444 3 1 55 2 1  9999 1 1 0 7777 7     2    2   22  4 77 5   44   7 77         
consensus                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--N-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
Reference ( family-464 )      : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113066                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-T-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113067                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTGG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AT---T-ATC
gi|113068                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-T----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GT-C-TT-TTT--CTA-A--ATA
gi|113069                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-A-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AT--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAa
gi|113070                     : CCCAA--T-A-TG-GA-AATT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A-------A-TTA--G-TC----ACT--C-----AA-A----C----A-T-G--T-T-AC--T-A-A-T-A------ATATT--CC--ACTTCAC-C-TT-CTT--C
gi|113071                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--GGTA--T-A-AAA---------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AGCTA-C-----AA-A--C-C----AAT-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAACATAActtt
gi|113072                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT-----A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCGAACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATA
gi|113073                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-CAACT-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-A-----CA-A--C-C----A-TTGCCT-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GCTT-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113074                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AA--A-CTGAGAAA-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--T-A-A-T-A----
gi|113075                     : CCCCA----A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-GTCAGA-TCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-T-AC--G-A-A-T-A----TGATCTT-ACTG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113076                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-A----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113077                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-CGTTTTTTTTTTTTTTATATTTA--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AA-C-C----A-T-G--T-A-AA--G-A-AAT-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113078                     : CCCCA--T-A-TG-GA-T-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT--G-TA--TAA-AA----------C-C---------------------A--T----A--TGG-G-TC---AACTACC-----AA-A--C-C----A-T-A--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113079                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A------ATATT-A
gi|113080                     : CCCCA--T-AATG-AA-T-TT-T-A-C---T-G----A-CCAA--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AACC-C----A-T-G--T-A-AC--G-AGA-T-A----TAATCTT-A-CG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113081                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCATG-G-CA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A--TAG-G-TCTGAAACTA-C-----AA-A--C-C----ATT-G--T-A-AC--GAA-A-T-A----T-ATCTTAACCG-ACA--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATGTCATAA
gi|113082                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCATTCG-TA--T-ACAA----------C-C---------------------A--TT---A-T--G-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C------T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-ATCAC-GCCG-
gi|113083                     : CCCCAGGT-A-TA-GA-A-AT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-G-G--T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TAT--CTA-A--A-AGCATA
gi|113084                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-AAC---T-G----AACCAT--G--A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----CA------C----A-T-G--T-A-ACGGG-A-A-T------T-ATCTTCACCG-ACT--GC-C-TTATTTCGCTA-A--ATAGCATAA
gi|113085                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--C----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AGTATT-ATCT
gi|113086                     : CCCCA--T-AATG-GA-A-TT---A-T---T-G----A-CCAT--G-TA------AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAGTG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-----C-A-A-T-A----T-
gi|113087                     :  CCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGCG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113088                     :  CCCA--T-A-TGCGA-A-TT-T-A-C---T-GT---A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-T-AG-G-TC---AA-TA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-AC--G-A-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTC--TTACATCATAGCATAA
gi|113089                     :  CCCC--T-A-TA-GA-A-TTAT-A-C---TTG----A-CCAT--G-TA--TTA-AA----------C-C---------------------A--TC---A-ATAG-G-TC---AGCT--C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--G-A-A-A-T----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-CTTT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113090                     :  CCCA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TAATC-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-T--CAC----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113091                     :  CCCA--TCA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------ATCT----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-A--C-T----A-T-A--T-A-
gi|113092                     :   CCA--T-A-TA-GA-A-TT-T-A-T---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA------------C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-----T-A-A-TAA----T-ATCTT-ACCT-CCT--GC-
gi|113093                     :   CCA--T-A-TG-GAGA-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA----A-TA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGAG-TC---AACTA-A-----AA-C--C-C----A-T-G--T-A-AC--C-A-A-T-A----T-AT
gi|113094                     :   CCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-GCTC---AA
gi|113095                     :   CCA--T-A-TG--A-A-TT-T-A-C-----G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-CA--------------------A--TA---A-TTAGAG-TC---AACTA-C-----AATA--C-C----ATT-G--T-ATAC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113096                     :    CA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----C-CCAT--G-TA--T-G-AA----------A-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113097                     :     A--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-ACAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-CTTGTA-T-G--T-A-AT--G-A-A-T-A----T-ATCTT-AAAG-ACT--GG-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACTTA
gi|113098                     :         -A-TGTGA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--TATTAA-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AC-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT
gi|113099                     :           -TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AAGTATGATAAAC-C---------------------A--T----G-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AG---T-ATC
gi|113100                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-A-CC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-A----
gi|113101                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCGT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----C-ATAG-G-TC---AACT-----------A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-T-AGTG-T-ATC
gi|113102                     :                                -G----A-GCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--T-A-A-TAA----T-AT

lowQualScore                  :                                                                       111111111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :      11 3 2  2  1 1  1 3 1 111 1 3333 1    22 1  11 2 1  5555555555 2 000000000000000000000 11 5555 3    4 1  111     1 22222  1 22 1 2222 3 1 11 2 1  333 1 1 8 6666 2     4    2   33  2 22 2   33   2 33         
lowQualScore                  :      .. . .  .  . .  . . . ... . .... .    .. .  .. . .  .......... . ..................... .. .... .    . .  ...     . .....  . .. . .... . . .. . .  ... . . . .... .     .    .   ..  . .. .   ..   . ..         
lowQualScore                  :      77 6 4  4  1 1  1 3 1 999 1 4444 1    66 1  55 2 1  8888888888 2 333333333333333333333 55 5555 2    3 1  999     1 88888  1 66 1 4444 3 1 55 2 1  777 1 1 0 7777 7     2    2   22  4 77 5   44   7 77         
consensus                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
Reference ( family-464 )      : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113066                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-T-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113067                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTGG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AT---T-ATC
gi|113068                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-T----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GT-C-TT-TTT--CTA-A--ATA
gi|113069                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-A-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AT--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAa
gi|113070                     : CCCAA--T-A-TG-GA-AATT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A-------A-TTA--G-TC----ACT--C-----AA-A----C----A-T-G--T-T-AC--TA-A-T-A------ATATT--CC--ACTTCAC-C-TT-CTT--C
gi|113071                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--GGTA--T-A-AAA---------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AGCTA-C-----AA-A--C-C----AAT-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAACATAActtt
gi|113072                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT-----A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCGAACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATA
gi|113073                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-CAACT-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-A-----CA-A--C-C----A-TTGCCT-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GCTT-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113074                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AA--A-CTGAGAAA-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--TA-A-T-A----
gi|113075                     : CCCCA----A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-GTCAGA-TCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-T-AC--GA-A-T-A----TGATCTT-ACTG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113076                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-A----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113077                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-CGTTTTTTTTTTTTTTATATTTA--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AA-C-C----A-T-G--T-A-AA--GA-AAT-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113078                     : CCCCA--T-A-TG-GA-T-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT--G-TA--TAA-AA----------C-C---------------------A--T----A--TGG-G-TC---AACTACC-----AA-A--C-C----A-T-A--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113079                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A------ATATT-A
gi|113080                     : CCCCA--T-AATG-AA-T-TT-T-A-C---T-G----A-CCAA--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AACC-C----A-T-G--T-A-AC--GAGA-T-A----TAATCTT-A-CG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113081                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCATG-G-CA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A--TAG-G-TCTGAAACTA-C-----AA-A--C-C----ATT-G--T-A-ACG-AA-A-T-A----T-ATCTTAACCG-ACA--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATGTCATAA
gi|113082                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCATTCG-TA--T-ACAA----------C-C---------------------A--TT---A-T--G-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C------T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-ATCAC-GCCG-
gi|113083                     : CCCCAGGT-A-TA-GA-A-AT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-G-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TAT--CTA-A--A-AGCATA
gi|113084                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-AAC---T-G----AACCAT--G--A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----CA------C----A-T-G--T-A-ACGGGA-A-T------T-ATCTTCACCG-ACT--GC-C-TTATTTCGCTA-A--ATAGCATAA
gi|113085                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--C----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AGTATT-ATCT
gi|113086                     : CCCCA--T-AATG-GA-A-TT---A-T---T-G----A-CCAT--G-TA------AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAGTG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-----CA-A-T-A----T-
gi|113087                     :  CCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGCG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113088                     :  CCCA--T-A-TGCGA-A-TT-T-A-C---T-GT---A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-T-AG-G-TC---AA-TA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTC--TTACATCATAGCATAA
gi|113089                     :  CCCC--T-A-TA-GA-A-TTAT-A-C---TTG----A-CCAT--G-TA--TTA-AA----------C-C---------------------A--TC---A-ATAG-G-TC---AGCT--C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-A-T----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-CTTT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113090                     :  CCCA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TAATC-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-T--CAC----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113091                     :  CCCA--TCA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------ATCT----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-A--C-T----A-T-A--T-A-
gi|113092                     :   CCA--T-A-TA-GA-A-TT-T-A-T---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA------------C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-----TA-A-TAA----T-ATCTT-ACCT-CCT--GC-
gi|113093                     :   CCA--T-A-TG-GAGA-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA----A-TA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGAG-TC---AACTA-A-----AA-C--C-C----A-T-G--T-A-AC--CA-A-T-A----T-AT
gi|113094                     :   CCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-GCTC---AA
gi|113095                     :   CCA--T-A-TG--A-A-TT-T-A-C-----G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-CA--------------------A--TA---A-TTAGAG-TC---AACTA-C-----AATA--C-C----ATT-G--T-ATAC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113096                     :    CA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----C-CCAT--G-TA--T-G-AA----------A-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113097                     :     A--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-ACAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-CTTGTA-T-G--T-A-AT--GA-A-T-A----T-ATCTT-AAAG-ACT--GG-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACTTA
gi|113098                     :         -A-TGTGA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--TATTAA-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AC-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113099                     :           -TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AAGTATGATAAAC-C---------------------A--T----G-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AG---T-ATC
gi|113100                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-A-CC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113101                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCGT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----C-ATAG-G-TC---AACT-----------A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AGTG-T-ATC
gi|113102                     :                                -G----A-GCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT

lowQualScore                  :                                                                       111111111111111111111                                                                                                                         
lowQualScore                  :      11 3 2  2  1 1  1 3 1 111 1 3333 1    22 1  11 2 1  5555555555 2 000000000000000000000 11 5555 3    4 1  111     1 22222  1 22 1 2222 3 1 11 2 1  333 1 1 8 6666 2     4    2   33  2 22 2   33   2 33         
lowQualScore                  :      .. . .  .  . .  . . . ... . .... .    .. .  .. . .  .......... . ..................... .. .... .    . .  ...     . .....  . .. . .... . . .. . .  ... . . . .... .     .    .   ..  . .. .   ..   . ..         
lowQualScore                  :      77 6 4  4  1 1  1 3 1 999 1 4444 1    66 1  55 2 1  8888888888 2 333333333333333333333 55 5555 2    3 1  999     1 88888  1 66 1 4444 3 1 55 2 1  777 1 1 0 7777 7     2    2   22  4 77 5   44   7 77         
consensus                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
Reference ( family-464 )      : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113066                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-T-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113067                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTGG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AT---T-ATC
gi|113068                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-T----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GT-C-TT-TTT--CTA-A--ATA
gi|113069                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-A-----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-A-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AT--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAa
gi|113070                     : CCCAA--T-A-TG-GA-AATT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-CA--T-A-AA----------C-C---------------------A-------A-TTA--G-TC----ACT--C-----AA-A----C----A-T-G--T-T-AC--TA-A-T-A------ATATT--CC--ACTTCAC-C-TT-CTT--C
gi|113071                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--GGTA--T-A-AAA---------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AGCTA-C-----AA-A--C-C----AAT-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAACATAActtt
gi|113072                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT-----A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCGAACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATA
gi|113073                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-CAACT-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-A-----CA-A--C-C----A-TTGCCT-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GCTT-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113074                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AA--A-CTGAGAAA-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--TA-A-T-A----
gi|113075                     : CCCCA----A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-GTCAGA-TCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-T-AC--GA-A-T-A----TGATCTT-ACTG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113076                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-A----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113077                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-CGTTTTTTTTTTTTTTATATTTA--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AA-C-C----A-T-G--T-A-AA--GA-AAT-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113078                     : CCCCA--T-A-TG-GA-T-TT-TTA-C---T-G----A-CCAT--G-TA--TAA-AA----------C-C---------------------A--T----A--TGG-G-TC---AACTACC-----AA-A--C-C----A-T-A--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113079                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A------ATATT-A
gi|113080                     : CCCCA--T-AATG-AA-T-TT-T-A-C---T-G----A-CCAA--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-AACC-C----A-T-G--T-A-AC--GAGA-T-A----TAATCTT-A-CG-ACT--GC-C--T-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
gi|113081                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCATG-G-CA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A--TAG-G-TCTGAAACTA-C-----AA-A--C-C----ATT-G--T-A-ACG-AA-A-T-A----T-ATCTTAACCG-ACA--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATGTCATAA
gi|113082                     : CCCCA--TGA-TG-GA-A-TT-TTA-C---T-G----A-CCATTCG-TA--T-ACAA----------C-C---------------------A--TT---A-T--G-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C------T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-ATCAC-GCCG-
gi|113083                     : CCCCAGGT-A-TA-GA-A-AT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-G-G--T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C--T-TAT--CTA-A--A-AGCATA
gi|113084                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-AAC---T-G----AACCAT--G--A--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----CA------C----A-T-G--T-A-ACGGGA-A-T------T-ATCTTCACCG-ACT--GC-C-TTATTTCGCTA-A--ATAGCATAA
gi|113085                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCA---G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--C----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AGTATT-ATCT
gi|113086                     : CCCCA--T-AATG-GA-A-TT---A-T---T-G----A-CCAT--G-TA------AA----------C-C---------------------A--T----ACTTAGTG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-----CA-A-T-A----T-
gi|113087                     :  CCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T---AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGCG-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113088                     :  CCCA--T-A-TGCGA-A-TT-T-A-C---T-GT---A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-T-AG-G-TC---AA-TA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-AC--GA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTC--TTACATCATAGCATAA
gi|113089                     :  CCCC--T-A-TA-GA-A-TTAT-A-C---TTG----A-CCAT--G-TA--TTA-AA----------C-C---------------------A--TC---A-ATAG-G-TC---AGCT--C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--GA-A-A-T----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-CTTT-TTT--CTA-A--ATAACATA
gi|113090                     :  CCCA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TAATC-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-T--CAC----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113091                     :  CCCA--TCA-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------CGC---------------------ATCT----A-TTAG-G-TC---AACTG-C-----AA-A--C-T----A-T-A--T-A-
gi|113092                     :   CCA--T-A-TA-GA-A-TT-T-A-T---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA------------C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T----T-A-----TA-A-TAA----T-ATCTT-ACCT-CCT--GC-
gi|113093                     :   CCA--T-A-TG-GAGA-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA----A-TA----------C-C---------------------A--T----A-TTAGAG-TC---AACTA-A-----AA-C--C-C----A-T-G--T-A-AC--CA-A-T-A----T-AT
gi|113094                     :   CCA--T-A-TG-GA-A-TT---A-C---T-G----A-CCAT--G-T---T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-GCTC---AA
gi|113095                     :   CCA--T-A-TG--A-A-TT-T-A-C-----G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-CA--------------------A--TA---A-TTAGAG-TC---AACTA-C-----AATA--C-C----ATT-G--T-ATAC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113096                     :    CA--T-A-TG-GA---TT-T-A-C---T-G----C-CCAT--G-TA--T-G-AA----------A-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C------A-A--C-C----A-T-G--TAA-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113097                     :     A--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-ACAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-CTTGTA-T-G--T-A-AT--GA-A-T-A----T-ATCTT-AAAG-ACT--GG-C-TT-TTT--CTA-A--ATAACTTA
gi|113098                     :         -A-TGTGA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--TATTAA-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AC-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT
gi|113099                     :           -TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AAGTATGATAAAC-C---------------------A--T----G-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AG---T-ATC
gi|113100                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-A-CC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-A----
gi|113101                     :                A-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCGT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----C-ATAG-G-TC---AACT-----------A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-T-AGTG-T-ATC
gi|113102                     :                                -G----A-GCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TCAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--TA-A-TAA----T-AT


blockSeqs                     :      GG G A  C  G A  A T A AAC T TCAG A    TC G  AT A C  GTATGATAAA G GTTTTTTTTTTTTTTATATTT TC ATTA C    T C  TGA     C TGAGA  T AC A TTGT A T CC A T  GGG G A A GTAT G     A    A   TC  T TT A   CG   C TC
blockSeqs                     :      .  G A  T  . .  . T . .   . T    .    G  .  .  T .  A          G A                     .  T    C    C .  .       . .      . A  . .    T . .  A .  GA  . . A GTG  A     C    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  C .  .  . .  . T . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  C    C    A .  .       . .      . .  . .    T . .  . .  T   . . A T    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  A    .    A .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . A G    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . A .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . A .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . A .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .     .    .   .   . T  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .    .   .   . .  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .     .    .   .   . .  .   .    . . 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .     .    .   .   . .  .   .        
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .    .   .   .                 
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .     .    .                         
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .     .                              
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  C   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  C   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  G   . . . .    .                                    
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .                                         
blockSeqs                     :      .  . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .                                         
blockSeqs                     :         . .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .                                         
blockSeqs                     :           .  .  . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .                                         
blockSeqs                     :                 . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .  T   . . . .                                         
blockSeqs                     :                 . .  . . . .   . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .       . .      . .  . .    . . .  . .                                                      
blockSeqs                     :                                . .    .    .  .  .  . .  .          . .                     .  .    .    . .  .                                                                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA
finalCons                     : CCCCA--T-A-TG-GA-A-TT-T-A-C---T-G----A-CCAT--G-TA--T-A-AA----------C-C---------------------A--T----A-TTAG-G-TC---AACTA-C-----AA-A--C-C----A-T-G--T-A-AC--NA-A-T-A----T-ATCTT-ACCG-ACT--GC-C-TT-TTT--CTA-A--ATAGCATAA