lowQualScore                  :                                                               111111111111111  11111                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                           3 44  5555 22 2 55555  222 1 2 222  000000000000000  22222 22 1 22 22 333 1 1  222 8888888888  11 1   44 22 44  1 111 2 1 1   1  1 2    2 666666   2 1    1 1 11 1 1   2 1 11 11 2    1 1 2    11     
lowQualScore                  :                           . ..  .... .. . .....  ... . . ...  ...............  ..... .. . .. .. ... . .  ... ..........  .. .   .. .. ..  . ... . . .   .  . .    . ......   . .    . . .. . .   . . .. .. .    . . .    ..     
lowQualScore                  :                           1 99  9999 00 8 55555  111 2 4 111  333333333333333  77777 88 2 88 88 888 2 2  111 6666666666  66 1   22 66 22  1 999 2 1 1   1  1 2    2 555555   2 1    1 1 55 1 1   2 2 77 77 5    3 3 7    88     
consensus                     :                    CGGTCAG-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
Reference ( gi|58035 )        :                    CGGTCAG-CA-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--A--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58036                      :                    CGGTCAG-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------TG--G--T--C-A--G--T-A-A-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-TCCCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58037                      :                    CGGTCAG-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---AT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--A-AGCA-T-C-ATGT--ACATT
gi|58041                      :                    CGGTCAG-CA-GTGGGTC--G-G-----TC---A-C-----GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-G-G-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-T--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58038                      :                    CGGTCAG--A-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G----A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T--CAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58040                      :                    CGGTCAG-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---GCGGTCAGCGGTCG--G--T--C-A--G--C-A-A-T-CA---G--G--C-----T--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGG--ACATT
gi|58042                      :                    CGGTCAG-CG-GT----C--G-GAGGTTTC---A-C-C---GT---G-----------CG--T--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CATCT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--T-AGCT-A-CAATGT--ACATT
gi|58039                      :                    CGGTCAG-CA-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--GC-C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--------TT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAA-C-TCAG-A-G--A-G-AAAGG-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58043                      :                    CGGTCAG-CG-GT----T--G-G------C---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-G-G-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-CAA-TTG-AC-A-TTCG-GT-----AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A---ATGT--ACA
gi|58044                      :                    CGGTCA--CG-GT----CTGGCG-----TC---A-C-C---GT---GG----------CG--G--TTTC-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCGCG------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58061                      :                    CGGTC---CA-GC---------G-----TT---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-A-T-T-C----G--G--C----TT--T-T----T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58046                      :                   gCGGTCAC-GG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--C--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CT-TT-T---G-C-A-AAG-AC-A-TTCG---------AC-T--CAA-G-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CCCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58045                      :                    CGGT--A-CA-GT----T--G-GG----TC---A-C-----GTTT-G-----------CG--G--T--C-A--A--C-G-G-T-CA---G-----C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-A--A-TTCG--------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58051                      :                    CGTTCAC-CA-AG----C--G-T-----TC---A-T-C---TT---T-----------CG--T--T--C-T--G--C-A-T-T-CT---G--T--CATTTTT--T-TTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCA-G------AAC-T-CCGA-A-G--A-A-AAA-G-A--A--T-TGCT-A-C-ATGT--
gi|58050                      :                    CGGTCAG-GG-AT----C--G-GG----TC---A-C-C---GT---G-----------CGT-G--T--C-AC-G--C-A-AAT-CA---G--GGTC----CT--T-TTTAAT--C--TT-TATCG-C-A-TT--ACGA-TTCG-G------A-C-T-CCAA-A-G--ATG-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-CT-T--ACAT
gi|58048                      :                    CGGTCAGTCG-GT----C--G-G-----TC---A-C-T---GT---G-----------CG-----T--C-A--G--C---T-G-CA---GT-G--T----TT--T-TTT--T--C--TT-C---G-T-A-TCG-AC-A-TC---G------AACGT-CCAA-AGG--A-A-AAA-G-C--A--T-CGTT-A-C---GT--AC
gi|58052                      :                    CGGTTAC-C--GTG---C--G-G-----TC---AAC-C---GTTC-G-----------CG--G--T--C-A--G--C-AAT-T-CA---G--T--T----GT--T-TTT--T--C--TTGT---G-C-A-TTGAAC-A-TTCG-GC-----AAG-T-TC-A-A-G--A-GAAAA-G-C--ACTT-AGC--A-C-ATGT--ACATT
gi|58047                      : cggtcacctttcgcggtcaCGGTCAG-CGCGTT---C--GAG-----TC---A-C-TACTGT---G-----------CG--G--T--CCA--G--C-----T-CA---GC-GTTC----TT--T-TTTC-T--C--TT-C---GAC-A-TTG-CC-A-TTCG--------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAAAG-C--A--T-CGTT-A-C-ATGT--ACA
gi|58054                      :                     GGTCAG-C--GT----C--G-G-----TC-------C---GT---G------------G--G--T--C-A--G--CCA-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TTTC--TT-T---G-C-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G--AC-G-C--G--T-AGCTAA-C-ATGT--ACATT
gi|58055                      :                     GGTCAGACG-GT----C--C-G-----T----A-C-A---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-C-T-TGCA---A--T--G----TT--T-CTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G----A--T-CGTT-A-C-ATGT--
gi|58056                      :                      GTCAG-CG-GT----C--G-------TC---A-C-C---GTT--G-----------CGGCA--T----A--G--C-A-A-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TT-C--TT-T---GGC-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-A---G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58059                      :                       TCAG-CG-CT----C--G-T-----TG---T-C-C---ATAAAG-----------CG--G--A--C-C--G--C-G-T-T-C----G--G--T----GT--T-TTT--T--C--TT-------C-T-TTG-TT-A-TTCG-T------AAC-T-CCAA-A-G--T-G-AAA-G-
gi|58058                      :                           -CA-G-----C--G-T-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---A--C--A----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C---TTA-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAAGG-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CGCT-A-C-ATGT--ACA
gi|58062                      :                          t-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-----GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--C-C-T-T-CA---GT-G--------T--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-TGTT-A-C-ATGT--
gi|58057                      :                           -CA-GT----C--G-G-----TC---G-CAC---GTT--G-----------CG--G--T--C-A--A--C-C-T-T-CA---A--T--G----TT--T-TTT--C--C--TT-C---A-C-A-T-G-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-CG-T-A-C-ATGT--ACA
gi|58063                      :                         gt-CG-GT----C--G-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G----A-T-T-CA---G--G--C----AT--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC------------------------------------AA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58060                      :                           -CA-GT----C--G-G-----TCGTCA-C-C---GT---G-----------CG--G--TC-C-A--G--CAA-T-A-CA---GGTG--C----TT--T-TTC--A--C--TT-T---G-C-A--TG-AC-A-TTCG-GGGTACTAAC-T--CAA-A-GAAA-G-AAA-G-C--G--T--GCT-A-C-GTGT--CCA
gi|58065                      :                              -GT----G--G-G-----TC---A-C-C---GTTC-G-----------CG--GCGT--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-TCAC-G-G--A-G-AAA-G-CCAG--T-AGCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58053                      :                                 ----C--G-T-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--C--T--C-GCCGTTC-G-T-T-CA---G--T--C----AT--T-TTT-----C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAC-A-G--A-G-AGA-
gi|58066                      :                              cgttcatcgtg-G-----TC---A-C-C---GT---G-----------CG--G--T--C-A--G--CCA-T-T-CA---GT-G--T----TT--TATTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAA-G-C--G--TCAGTT-A-CAATGT--ACATT
gi|58049                      :                                           -----TC---A-C-C---GT---T-----------CG--T--T--C-A--G--C-G-T-T-CA--------------TTCAT-TTT--T--C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-ACA---T--G--T-AG
gi|58064                      :                             cgttcaacgtgtgc-----TC---A-CTC---GT---GTCT--------CG--G--T--C-A--G--C-A-T-T-C-------G--C----TT--T-TTT--T--TCGTT-T---G-C-ATTTG-AC-A-TCTG-GA-----AAC-T-TCAA-G-G--A-G-AAA-GAC--A--TGAGCT-AGC-ATGTTAGCATT
gi|58067                      :                                       ggtc-----TC---A-C-T---GT---G-----------TG--A--T--C-A--G--C-A-T-T-CA---G--T--C----TC--T-TTG--T--T--TT-T---G-C-A-CTG-TC-A-TTCA-G------AAT-T-CTAA------A-G-TAA-A-C--G--T-A
gi|58068                      :                                           -----TC---G-C-C---AT---T-----------CA--T--T--T-A--G--C-G-T-T-CA---G-----------T--C-TTTAAT--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-A------AGCTT-TCAA-A-T--A-A-AAG-G-
gi|58069                      :                                                        -C---GT---G-----------CG--T--T--C-A--C--C-A-T-T-CGTTCA--G--A----TT--T-TCA--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCA-A------AAC-T-TTAA-A-G--T-G-AAA-
gi|58070                      :                                                                                                                         T--C-TTG--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-G-GAA-G-C--A--T-CGCT-T-C-ATGT--ACA
gi|58071                      :                                                                                                                                T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTTGCG------AAC-T-CC-A-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-G-ATGT--





Alignments
lowQualScore                  :                        1   5 2222 2  1 33 7777777   1 1 222  777 333  1 11 33 1 22 88888888888 4  1 1  222 77777 2222  11 1   44 22 44  1 111 2 1 1   1  1 2    2 666666   2 1    1 1 11 1 1   2 1 11 11 2    1 1 2    11     
lowQualScore                  :                        .   . .... .  . .. .......   . . ...  ... ...  . .. .. . .. ........... .  . .  ... ..... ....  .. .   .. .. ..  . ... . . .   .  . .    . ......   . .    . . .. . .   . . .. .. .    . . .    ..     
lowQualScore                  :                        5   5 8888 6  3 55 2222222   2 1 000  999 111  1 66 99 1 77 11111111111 6  1 1  000 99999 4444  55 1   11 66 11  1 999 2 1 1   1  1 2    2 444444   2 1    1 1 55 1 1   2 1 77 77 4    3 3 6    88     
consensus                     :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
Reference ( family-462 )      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58035                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58036                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---TG-G--T--C-A--G-----------T-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-TCCCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58037                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---AT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--A-AGCA-T-C-ATGT--ACATT
gi|58038                      :                    CGGT-CAG------A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T--CAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58039                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GC----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--------TT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAA-C-TCAG-A-G--A-G-AAAGG-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58040                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GCGGTCGGTCAGC-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGG--ACATT
gi|58041                      :                    CGGT-CAG-CAGTGG-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-T--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58042                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-GAGGTTTCA-C-C---GT---G---CG-T--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CATCT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--T-AGCT-A-CAATGT--ACATT
gi|58043                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-T--G-G------CA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-CAA-TTG-AC-A-TTCG-GT-----AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A---ATGT--ACA
gi|58044                      :                    CGGT-CA--C----G-GT-CTGGCG-----TCA-C-C---GT---GG--CG-G--TTTC-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCGCG------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58045                      :                    CGGTACAG-T----T-G-----G-G-----TCA-C-----GTTT-G---CG-G--T--C-A--A-----------C-GG-T-CA---G-----C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-A--A-TTCG--------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58046                      :                    CGGT-CAC-G----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CT-TT-T---G-C-A-AAG-AC-A-TTCG---------AC-T--CAA-G-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CCCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58047                      :                    CGGT-CAG-C----GCGTTC--GAG-----TCA-C-TACTGT---G---CG-G--T--CCA--G-----------C----T-CA---GC-GTTC----TT--T-TTTC-T--C--TT-C---GAC-A-TTG-CC-A-TTCG--------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAAAG-C--A--T-CGTT-A-C-ATGT--ACA
gi|58048                      :                    CGGT-CAGTC----G-GT-C--G-G-----TCA-C-T---GT---G---C--G--T--C-A--G-----------C--T-G-CA---GT-G--T----TT--T-TTT--T--C--TT-C---G-T-A-TCG-AC-A-TC---G------AACGT-CCAA-AGG--A-A-AAA-G-C--A--T-CGTT-A-C---GT--AC
gi|58049                      :                    CGTT-CAA-C----GTGT----G-C-----TCA-C-C---GT---T---CG-T--T--C-A--G-----------C-GT-T-CA--------------TTCAT-TTT--T--C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-ACA---T--G--T-AG
gi|58050                      :                    CGGT-CAG-G----G-AT-C--G-GG----TCA-C-C---GT---G---CGTG--T--C-AC-G-----------C-AAAT-CA---G--GGTC----CT--T-TTTAAT--C--TT-TATCG-C-A-TT--ACGA-TTCG-G------A-C-T-CCAA-A-G--ATG-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-CT-T--ACAT
gi|58051                      :                    CGTT-CAC-C----A-AG-C--G-T-----TCA-T-C---TT---T---CG-T--T--C-T--G-----------C-AT-T-CT---G--T--CATTTTT--T-TTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCA-G------AAC-T-CCGA-A-G--A-A-AAA-G-A--A--T-TGCT-A-C-ATGT--
gi|58052                      :                    CGGT-TAC-C----G-TG-C--G-G-----TCAAC-C---GTTC-G---CG-G--T--C-A--G-----------CAAT-T-CA---G--T--T----GT--T-TTT--T--C--TTGT---G-C-A-TTGAAC-A-TTCG-GC-----AAG-T-TC-A-A-G--A-GAAAA-G-C--ACTT-AGC--A-C-ATGT--ACATT
gi|58053                      : cggtcacctttcgcggtcaCGTT-CAT-C----G-TG-C--G-T-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-GCCGTT---------C-GT-T-CA---G--T--C----AT--T-TTT-----C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAC-A-G--A-G-AGA-
gi|58054                      :                     GGT-CAG-C----G--T-C--G-G-----TC----C---GT---G----G-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TTTC--TT-T---G-C-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G--AC-G-C--G--T-AGCTAA-C-ATGT--ACATT
gi|58055                      :                     GGT-CAGAC----G-GT-C--C-G-----T-A-C-A---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-TGCA---A--T--G----TT--T-CTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G----A--T-CGTT-A-C-ATGT--
gi|58056                      :                      GT-CAG-C----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GTT--G---CG-G--CA-T-A--G-----------C-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TT-C--TT-T---GGC-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-A---G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58057                      :                      GT-CAGTC----G-GT-C--G--------CA-C-G---TT---G---CG-G--T--C-A--A-----------C-CT-T-CA---A--T--G----TT--T-TTT--C--C--TT-C---A-C-A-T-G-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-CG-T-A-C-ATGT--ACA
gi|58058                      :                       T-CAG-C----G--T------------TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---A--C--A----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C---TTA-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAAGG-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CGCT-A-C-ATGT--ACA
gi|58059                      :                       T-CAG-C----G-CT-C--G-T-----TGT-C-C---ATAAAG---CG-G--A--C-C--G-----------C-GT-T-C----G--G--T----GT--T-TTT--T--C--TT-------C-T-TTG-TT-A-TTCG-T------AAC-T-CCAA-A-G--T-G-AAA-G-
gi|58060                      :                        -CAGTC----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GT---G---CG-G--TC-C-A--G-----------CAAT-A-CA---GGTG--C----TT--T-TTC--A--C--TT-T---G-C-A--TG-AC-A-TTCG-GGGTACTAAC-T--CAA-A-GAAA-G-AAA-G-C--G--T--GCT-A-C-GTGT--CCA
gi|58061                      :                           G-C----G-GT-CCAGCG-----TTA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C----G--G--C----TT--T-T----T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58062                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-T-CA---GT-G--------T--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-TGTT-A-C-ATGT--
gi|58063                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----AT--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC------------------------------------AA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58064                      :                              ----G-GT-C----------TCA-CTC---GT---GTCTCG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C-------G--C----TT--T-TTT--T--TCGTT-T---G-C-ATTTG-AC-A-TCTG-GA-----AAC-T-TCAA-G-G--A-G-AAA-GAC--A--TGAGCT-AGC-ATGTTAGCATT
gi|58065                      :                                   -GT-G--G-G-----TCA-C-C---GTTC-G---CG-GCGT--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-TCAC-G-G--A-G-AAA-G-CCAG--T-AGCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58066                      :                                           -G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---GT-G--T----TT--TATTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAA-G-C--G--TCAGTT-A-CAATGT--ACATT
gi|58067                      :                                             -----TCA-C-T---GT---G---TG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--T--C----TC--T-TTG--T--T--TT-T---G-C-A-CTG-TC-A-TTCA-G------AAT-T-CTAA------A-G-TAA-A-C--G--T-A
gi|58068                      :                                             -----TCG-C-C---AT---T---CA-T--T--T-A--G-----------C-GT-T-CA---G-----------T--C-TTTAAT--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-A------AGCTT-TCAA-A-T--A-A-AAG-G-
gi|58069                      :                                                       -C---GT---G---CG-T--T--C-A--C-----------C-AT-T-CGTTCA--G--A----TT--T-TCA--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCA-A------AAC-T-TTAA-A-G--T-G-AAA-
gi|58070                      :                                                                                                                       T--C-TTG--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-G-GAA-G-C--A--T-CGCT-T-C-ATGT--ACA
gi|58071                      :                                                                                                                              T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTTGCG------AAC-T-CC-A-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-G-ATGT--





Alignments
lowQualScore                  :                        1   5 2222 2  1 33 7777777   1 1 222  777 333  1 11 33 1 22 88888888888 4  1 1  222 77777 2222  11 1   44 22 44  1 111 2 1 1   1  1 2    2 666666   2 1    1 1 11 1 1   2 1 11 11 2    1 1 2    11     
lowQualScore                  :                        .   . .... .  . .. .......   . . ...  ... ...  . .. .. . .. ........... .  . .  ... ..... ....  .. .   .. .. ..  . ... . . .   .  . .    . ......   . .    . . .. . .   . . .. .. .    . . .    ..     
lowQualScore                  :                        5   5 8888 6  3 55 2222222   2 1 000  999 111  1 66 99 1 77 11111111111 6  1 1  000 99999 4444  55 1   11 66 11  1 999 2 1 1   1  1 2    2 444444   2 1    1 1 55 1 1   2 1 77 77 4    3 3 6    88     
consensus                     :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
Reference ( family-462 )      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58035                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58036                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---TG-G--T--C-A--G-----------T-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-TCCCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58037                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---AT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--A-AGCA-T-C-ATGT--ACATT
gi|58038                      :                    CGGT-CAG------A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T--CAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58039                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GC----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--------TT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAA-C-TCAG-A-G--A-G-AAAGG-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58040                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GCGGTCGGTCAGC-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGG--ACATT
gi|58041                      :                    CGGT-CAG-CAGTGG-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-T--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58042                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-GAGGTTTCA-C-C---GT---G---CG-T--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CATCT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--T-AGCT-A-CAATGT--ACATT
gi|58043                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-T--G-G------CA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-CAA-TTG-AC-A-TTCG-GT-----AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A---ATGT--ACA
gi|58044                      :                    CGGT-CA--C----G-GT-CTGGCG-----TCA-C-C---GT---GG--CG-G--TTTC-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCGCG------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58045                      :                    CGGTACAG-T----T-G-----G-G-----TCA-C-----GTTT-G---CG-G--T--C-A--A-----------C-GG-T-CA---G-----C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-A--A-TTCG--------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58046                      :                    CGGT-CAC-G----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CT-TT-T---G-C-A-AAG-AC-A-TTCG---------AC-T--CAA-G-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CCCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58047                      :                    CGGT-CAG-C----GCGTTC--GAG-----TCA-C-TACTGT---G---CG-G--T--CCA--G-----------C----T-CA---GC-GTTC----TT--T-TTTC-T--C--TT-C---GAC-A-TTG-CC-A-TTCG--------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAAAG-C--A--T-CGTT-A-C-ATGT--ACA
gi|58048                      :                    CGGT-CAGTC----G-GT-C--G-G-----TCA-C-T---GT---G---C--G--T--C-A--G-----------C--T-G-CA---GT-G--T----TT--T-TTT--T--C--TT-C---G-T-A-TCG-AC-A-TC---G------AACGT-CCAA-AGG--A-A-AAA-G-C--A--T-CGTT-A-C---GT--AC
gi|58049                      :                    CGTT-CAA-C----GTGT----G-C-----TCA-C-C---GT---T---CG-T--T--C-A--G-----------C-GT-T-CA--------------TTCAT-TTT--T--C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-ACA---T--G--T-AG
gi|58050                      :                    CGGT-CAG-G----G-AT-C--G-GG----TCA-C-C---GT---G---CGTG--T--C-AC-G-----------C-AAAT-CA---G--GGTC----CT--T-TTTAAT--C--TT-TATCG-C-A-TT--ACGA-TTCG-G------A-C-T-CCAA-A-G--ATG-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-CT-T--ACAT
gi|58051                      :                    CGTT-CAC-C----A-AG-C--G-T-----TCA-T-C---TT---T---CG-T--T--C-T--G-----------C-AT-T-CT---G--T--CATTTTT--T-TTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCA-G------AAC-T-CCGA-A-G--A-A-AAA-G-A--A--T-TGCT-A-C-ATGT--
gi|58052                      :                    CGGT-TAC-C----G-TG-C--G-G-----TCAAC-C---GTTC-G---CG-G--T--C-A--G-----------CAAT-T-CA---G--T--T----GT--T-TTT--T--C--TTGT---G-C-A-TTGAAC-A-TTCG-GC-----AAG-T-TC-A-A-G--A-GAAAA-G-C--ACTT-AGC--A-C-ATGT--ACATT
gi|58053                      : cggtcacctttcgcggtcaCGTT-CAT-C----G-TG-C--G-T-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-GCCGTT---------C-GT-T-CA---G--T--C----AT--T-TTT-----C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAC-A-G--A-G-AGA-
gi|58054                      :                     GGT-CAG-C----G--T-C--G-G-----TC----C---GT---G----G-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TTTC--TT-T---G-C-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G--AC-G-C--G--T-AGCTAA-C-ATGT--ACATT
gi|58055                      :                     GGT-CAGAC----G-GT-C--C-G-----T-A-C-A---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-TGCA---A--T--G----TT--T-CTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G----A--T-CGTT-A-C-ATGT--
gi|58056                      :                      GT-CAG-C----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GTT--G---CG-G--CA-T-A--G-----------C-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TT-C--TT-T---GGC-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-A---G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58057                      :                      GT-CAGTC----G-GT-C--G--------CA-C-G---TT---G---CG-G--T--C-A--A-----------C-CT-T-CA---A--T--G----TT--T-TTT--C--C--TT-C---A-C-A-T-G-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-CG-T-A-C-ATGT--ACA
gi|58058                      :                       T-CAG-C----G--T------------TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---A--C--A----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C---TTA-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAAGG-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CGCT-A-C-ATGT--ACA
gi|58059                      :                       T-CAG-C----G-CT-C--G-T-----TGT-C-C---ATAAAG---CG-G--A--C-C--G-----------C-GT-T-C----G--G--T----GT--T-TTT--T--C--TT-------C-T-TTG-TT-A-TTCG-T------AAC-T-CCAA-A-G--T-G-AAA-G-
gi|58060                      :                        -CAGTC----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GT---G---CG-G--TC-C-A--G-----------CAAT-A-CA---GGTG--C----TT--T-TTC--A--C--TT-T---G-C-A--TG-AC-A-TTCG-GGGTACTAAC-T--CAA-A-GAAA-G-AAA-G-C--G--T--GCT-A-C-GTGT--CCA
gi|58061                      :                           G-C----G-GT-CCAGCG-----TTA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C----G--G--C----TT--T-T----T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58062                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-T-CA---GT-G--------T--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-TGTT-A-C-ATGT--
gi|58063                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----AT--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC------------------------------------AA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58064                      :                              ----G-GT-C----------TCA-CTC---GT---GTCTCG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C-------G--C----TT--T-TTT--T--TCGTT-T---G-C-ATTTG-AC-A-TCTG-GA-----AAC-T-TCAA-G-G--A-G-AAA-GAC--A--TGAGCT-AGC-ATGTTAGCATT
gi|58065                      :                                   -GT-G--G-G-----TCA-C-C---GTTC-G---CG-GCGT--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-TCAC-G-G--A-G-AAA-G-CCAG--T-AGCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58066                      :                                           -G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---GT-G--T----TT--TATTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAA-G-C--G--TCAGTT-A-CAATGT--ACATT
gi|58067                      :                                             -----TCA-C-T---GT---G---TG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--T--C----TC--T-TTG--T--T--TT-T---G-C-A-CTG-TC-A-TTCA-G------AAT-T-CTAA------A-G-TAA-A-C--G--T-A
gi|58068                      :                                             -----TCG-C-C---AT---T---CA-T--T--T-A--G-----------C-GT-T-CA---G-----------T--C-TTTAAT--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-A------AGCTT-TCAA-A-T--A-A-AAG-G-
gi|58069                      :                                                       -C---GT---G---CG-T--T--C-A--C-----------C-AT-T-CGTTCA--G--A----TT--T-TCA--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCA-A------AAC-T-TTAA-A-G--T-G-AAA-
gi|58070                      :                                                                                                                       T--C-TTG--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-G-GAA-G-C--A--T-CGCT-T-C-ATGT--ACA
gi|58071                      :                                                                                                                              T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTTGCG------AAC-T-CC-A-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-G-ATGT--


blockSeqs                     :                        A   T AGTG C  T TG GAGGTT    A T ACT  AAA TCT  T CG TT C CC CGGTCGGTCAG A  A G  TTC CGTT  ATTT  CA A   AA TT AT  G ATC A A T   A  G T    C GGTACT   G C    G G AA T A   G A CA CT G    A G A    TA
blockSeqs                     :                        .   A .    T  . CA CG        . . .    TT  G    . .  A  . C  TT          C  . .  .   GGT   .     .  .   AA T  CG  . .   G . .   .  . T    C T        T .    . . .  . .   A . .  .  C    . . A    . 
blockSeqs                     :                        .   T .    .  . .  AG        . . .    TC  .    . .  C  . .  C           A  . .  .   GTG   .     .  .   C  .  T   . .   . . .   .  . .    . C        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   T .    .  . .  GG        . . .    TC  .    . .  .  . .  .           C  . .  .   TG    .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . A        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  CG        . . .    T   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   TG    .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   TG    .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  C         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  T         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  T         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  T         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   C     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                        .   . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                            . .    .  . .  G         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                            . .    .  . .  .         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                            . .    .  . .  .         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                              .    .  . .  .         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                                   .  . .  .         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   T     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .    . . .    . 
blockSeqs                     :                                           .         . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   G     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .               
blockSeqs                     :                                                     . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   .     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . . .  .  .               
blockSeqs                     :                                                     . . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   .     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . .                       
blockSeqs                     :                                                       . .    .   .    . .  .  . .  .           .  . .  .   .     .     .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                        .  .   .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                               .  .  .   . .   . . .   .  . .    . .        . .    . . .  . .   .                         


blockSeqCons                  :                    
originalCons                  :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
finalCons                     :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT





Alignments
lowQualScore                  :                        1   5 2222 2  1 33 7777777   1 1 222  777 333  1 11 33 1 22 88888888888 4  1 1  222 77777 2222  11 1   44 22 44  1 111 2 1 1   1  1 2    2 666666   2 1    1 1 11 1 1   2 1 11 11 2    1 1 2    11     
lowQualScore                  :                        .   . .... .  . .. .......   . . ...  ... ...  . .. .. . .. ........... .  . .  ... ..... ....  .. .   .. .. ..  . ... . . .   .  . .    . ......   . .    . . .. . .   . . .. .. .    . . .    ..     
lowQualScore                  :                        5   5 8888 6  3 55 2222222   2 1 000  999 111  1 66 99 1 77 11111111111 6  1 1  000 99999 4444  55 1   11 66 11  1 999 2 1 1   1  1 2    2 444444   2 1    1 1 55 1 1   2 1 77 77 4    3 3 6    88     
consensus                     :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
Reference ( family-462 )      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58035                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58036                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---TG-G--T--C-A--G-----------T-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-TCCCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58037                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---AT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--A-AGCA-T-C-ATGT--ACATT
gi|58038                      :                    CGGT-CAG------A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T--CAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58039                      :                    CGGT-CAG-C----A-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GC----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--------TT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAA-C-TCAG-A-G--A-G-AAAGG-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58040                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--GCGGTCGGTCAGC-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-T-T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGG--ACATT
gi|58041                      :                    CGGT-CAG-CAGTGG-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-T--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58042                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-C--G-GAGGTTTCA-C-C---GT---G---CG-T--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CATCT-T---G-C-A-TTG-AC-ATTTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--A--T-AGCT-A-CAATGT--ACATT
gi|58043                      :                    CGGT-CAG-C----G-GT-T--G-G------CA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-GG-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-CAA-TTG-AC-A-TTCG-GT-----AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A---ATGT--ACA
gi|58044                      :                    CGGT-CA--C----G-GT-CTGGCG-----TCA-C-C---GT---GG--CG-G--TTTC-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCGCG------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58045                      :                    CGGTACAG-T----T-G-----G-G-----TCA-C-----GTTT-G---CG-G--T--C-A--A-----------C-GG-T-CA---G-----C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-A--A-TTCG--------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58046                      :                    CGGT-CAC-G----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--CT-TT-T---G-C-A-AAG-AC-A-TTCG---------AC-T--CAA-G-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CCCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58047                      :                    CGGT-CAG-C----GCGTTC--GAG-----TCA-C-TACTGT---G---CG-G--T--CCA--G-----------C----T-CA---GC-GTTC----TT--T-TTTC-T--C--TT-C---GAC-A-TTG-CC-A-TTCG--------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAAAG-C--A--T-CGTT-A-C-ATGT--ACA
gi|58048                      :                    CGGT-CAGTC----G-GT-C--G-G-----TCA-C-T---GT---G---C--G--T--C-A--G-----------C--T-G-CA---GT-G--T----TT--T-TTT--T--C--TT-C---G-T-A-TCG-AC-A-TC---G------AACGT-CCAA-AGG--A-A-AAA-G-C--A--T-CGTT-A-C---GT--AC
gi|58049                      :                    CGTT-CAA-C----GTGT----G-C-----TCA-C-C---GT---T---CG-T--T--C-A--G-----------C-GT-T-CA--------------TTCAT-TTT--T--C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-ACA---T--G--T-AG
gi|58050                      :                    CGGT-CAG-G----G-AT-C--G-GG----TCA-C-C---GT---G---CGTG--T--C-AC-G-----------C-AAAT-CA---G--GGTC----CT--T-TTTAAT--C--TT-TATCG-C-A-TT--ACGA-TTCG-G------A-C-T-CCAA-A-G--ATG-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C-CT-T--ACAT
gi|58051                      :                    CGTT-CAC-C----A-AG-C--G-T-----TCA-T-C---TT---T---CG-T--T--C-T--G-----------C-AT-T-CT---G--T--CATTTTT--T-TTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCA-G------AAC-T-CCGA-A-G--A-A-AAA-G-A--A--T-TGCT-A-C-ATGT--
gi|58052                      :                    CGGT-TAC-C----G-TG-C--G-G-----TCAAC-C---GTTC-G---CG-G--T--C-A--G-----------CAAT-T-CA---G--T--T----GT--T-TTT--T--C--TTGT---G-C-A-TTGAAC-A-TTCG-GC-----AAG-T-TC-A-A-G--A-GAAAA-G-C--ACTT-AGC--A-C-ATGT--ACATT
gi|58053                      : cggtcacctttcgcggtcaCGTT-CAT-C----G-TG-C--G-T-----TCA-C-C---GT---G---CG-C--T--C-GCCGTT---------C-GT-T-CA---G--T--C----AT--T-TTT-----C--AT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAC-A-G--A-G-AGA-
gi|58054                      :                     GGT-CAG-C----G--T-C--G-G-----TC----C---GT---G----G-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TTTC--TT-T---G-C-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G--AC-G-C--G--T-AGCTAA-C-ATGT--ACATT
gi|58055                      :                     GGT-CAGAC----G-GT-C--C-G-----T-A-C-A---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-TGCA---A--T--G----TT--T-CTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G----A--T-CGTT-A-C-ATGT--
gi|58056                      :                      GT-CAG-C----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GTT--G---CG-G--CA-T-A--G-----------C-AA-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--TT-C--TT-T---GGC-A-TT--AC-A-TTCG-G------AAC-T-C-AA-A-G--A-G-A---G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58057                      :                      GT-CAGTC----G-GT-C--G--------CA-C-G---TT---G---CG-G--T--C-A--A-----------C-CT-T-CA---A--T--G----TT--T-TTT--C--C--TT-C---A-C-A-T-G-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-CG-T-A-C-ATGT--ACA
gi|58058                      :                       T-CAG-C----G--T------------TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---A--C--A----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C---TTA-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAAGG-G--A-G-AAA-G-C--A--T-CGCT-A-C-ATGT--ACA
gi|58059                      :                       T-CAG-C----G-CT-C--G-T-----TGT-C-C---ATAAAG---CG-G--A--C-C--G-----------C-GT-T-C----G--G--T----GT--T-TTT--T--C--TT-------C-T-TTG-TT-A-TTCG-T------AAC-T-CCAA-A-G--T-G-AAA-G-
gi|58060                      :                        -CAGTC----G-GT-C--G-------TCA-C-C---GT---G---CG-G--TC-C-A--G-----------CAAT-A-CA---GGTG--C----TT--T-TTC--A--C--TT-T---G-C-A--TG-AC-A-TTCG-GGGTACTAAC-T--CAA-A-GAAA-G-AAA-G-C--G--T--GCT-A-C-GTGT--CCA
gi|58061                      :                           G-C----G-GT-CCAGCG-----TTA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C----G--G--C----TT--T-T----T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-C--TGT--ACATT
gi|58062                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-----GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------C-CT-T-CA---GT-G--------T--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-A-AAA-G-C--A--T-TGTT-A-C-ATGT--
gi|58063                      :                            -C----G-GT-C--G-G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-------------AT-T-CA---G--G--C----AT--T-TTT--T--C--TT-C---G-C-A-TTG-AC------------------------------------AA-G-C--G--T-AGCT-A-C-ATGT--ACATT
gi|58064                      :                              ----G-GT-C----------TCA-CTC---GT---GTCTCG-G--T--C-A--G-----------C-AT-T-C-------G--C----TT--T-TTT--T--TCGTT-T---G-C-ATTTG-AC-A-TCTG-GA-----AAC-T-TCAA-G-G--A-G-AAA-GAC--A--TGAGCT-AGC-ATGTTAGCATT
gi|58065                      :                                   -GT-G--G-G-----TCA-C-C---GTTC-G---CG-GCGT--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--G--C----TT--T-TTT--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-TCAC-G-G--A-G-AAA-G-CCAG--T-AGCT-A-C-ATGT--ACAT
gi|58066                      :                                           -G-----TCA-C-C---GT---G---CG-G--T--C-A--G-----------CCAT-T-CA---GT-G--T----TT--TATTT--T--T--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-A-G--G-G-AAA-G-C--G--TCAGTT-A-CAATGT--ACATT
gi|58067                      :                                             -----TCA-C-T---GT---G---TG-A--T--C-A--G-----------C-AT-T-CA---G--T--C----TC--T-TTG--T--T--TT-T---G-C-A-CTG-TC-A-TTCA-G------AAT-T-CTAA------A-G-TAA-A-C--G--T-A
gi|58068                      :                                             -----TCG-C-C---AT---T---CA-T--T--T-A--G-----------C-GT-T-CA---G-----------T--C-TTTAAT--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCG-A------AGCTT-TCAA-A-T--A-A-AAG-G-
gi|58069                      :                                                       -C---GT---G---CG-T--T--C-A--C-----------C-AT-T-CGTTCA--G--A----TT--T-TCA--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-CC-A-TTCA-A------AAC-T-TTAA-A-G--T-G-AAA-
gi|58070                      :                                                                                                                       T--C-TTG--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTCG-G------AAC-T-CCAA-G-G--A-G-GAA-G-C--A--T-CGCT-T-C-ATGT--ACA
gi|58071                      :                                                                                                                              T--T--C--TT-T---G-C-A-TTG-AC-A-TTTGCG------AAC-T-CC-A-A-G--A-G-AAA-G-C--G--T-AGCT-A-G-ATGT--