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lowQualScore                  :         888  11    11 11  333 1 2 44   333333     1    5555  111  1  1 1 3333 1 22 111  111 11 1  222 44444  1  22 1 77 33  5555 1 222 222222222222 222 1 1  11   2 1    1   2 5    
lowQualScore                  :         ...  ..    .. ..  ... . . ..   ......     .    ....  ...  .  . . .... . .. ...  ... .. .  ... .....  .  .. . .. ..  .... . ... ............ ... . .  ..   . .    .   . .    
lowQualScore                  :         777  88    77 77  333 2 4 11   333333     1    3333  999  1  1 1 2222 1 66 999  999 55 1  000 44444  1  77 1 55 11  7777 2 111 222222222222 333 3 3  88   8 4    4   4 8    
consensus                     : ACCTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GAAGC---GC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----A-A---TNC---G------G---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TTCCTATCTT
Reference ( gi|109538 )       : ATCTTGAT--GCA--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GAAGG---GC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AA-T--GT----A-A---TCC---G------G---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TTCTTATCTT
gi|109540                     : ATCTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACG-GAAGC---GC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-TA--T-CG-T--GT----A-A---TCC---G------G---T-G-TT--TTA-A-AGTT-TTCTT
gi|109543                     : ATCTTGAT--ACA--CTTT--G--CT---G-A-C--AAA------TGACG-GAAAC---GC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----A-A---TCA---G------G---T-G-TT--TTT-A-AGCT-TTCTTATCTTtt
gi|109539                     : ATCTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GAAAT---GC--AGG-CC-C-TT---G-A--T---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----A-A---TCC---T------G---T-G-TT--TCT-A-AGCT-TTCTTATCTT
gi|109544                     : ATTTTGAT--ACA--CTTG--G--TT---G-A-C--AAA------TGACA-GAAAC---GC--GGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----A-A---TTA---A------G---T-G-TG--TTT-A-AGCT-TTCTTATCTT
gi|109541                     : ATCTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-T--GAA------TGACA-GAAAC---GC--AGG-CT-A-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----A-A---TTC---A------G---T--------------GTT-TCCTTATCTT
gi|109545                     : ACCTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GAAGC---GT--GGG-CT-C-TC---A-A--G---AA---A--G-GT---T-----AT-CA--C-AA-A--GT----A-ATATTAC---T------G---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TTCCTATCTTtt
gi|109547                     : ATCTTGAT--ACA--ATTG--G--CT---G-A-CA-GAA------TGATA-GAAAG---G---AGG-CC-C-TT---G-A--G----A---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GTAA--A-A---TAC---A------G---T-G-TT--TTT-A-AGCT-TTC-TATCTT
gi|109546                     : ATCACGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GAAAC---GC--GGG-CC-C-TT---A-A--G---AA---A--A-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--CT----A-A---CCC---G------G---C-G-TT--T------GTT-TTTTTtct
gi|109548                     : ACCTTGAT--ACA--TGTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GAAGC---GC--TGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TG---C-----TT-AA--T-AG-T--AC----A-A---TGC---A------G---T-ATTT--TTT-A-AGTT-TTtttct
gi|109542                     : ATCTTGAT--ACA--CTTG--G--CTT--GCA-T--GAA------TGACA-GAAAC---GC--AGG-CT-A-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C------T-GA--C-AGTT--GT----A-A---TTC---A------G---T-G-TT--T
gi|109549                     : ACCTTGAT--ATA--CTTA--G--CT---G-C-C--GAA------TGACA-GAAGC---AC--GTG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--ccttatcctttttt
gi|109550                     : ACCTTGAT--ACA--ATTGTGG--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GAAGT---GC--GAG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G------------------------T--GT----A-A---GAC---A------G---T-T-TT--TTA-A-AGTT-TT
gi|109552                     : ACCTTAAT--ACAGCTTTA--G--CTCAGG-A-T--GAA------TGACA-GAAGC---ATTAGGG-C--C-TC---G-C--G---AG---A--G-TTTTCT-----TT-GA--C-AG-T--GT------A---TAC---G------A---T-G-TT--TTTAA-AGTT-TTCAT-TCTT
gi|109551                     : ACCTTGAT--ACA--CTAA--G--CT---G-A-C--AAT------TGACA-AAGGT---GC--AAT-CT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TC---CTTAATTT-GA--C-AG-T--GT----A-----------G------A---T---TT--CTT-A-CGTT-T
gi|109554                     : ACCTTAAT--ACA--TTTG--G--CT---G-A-C---AA------TGACA-CAAGG---AC--AGG-CT-C-TC---G-G--G---GA---A--
gi|109555                     : ACCTTCAT--ACA--TGTA--G--CT---G-A-C--AAA------TGACT-GAAA------------CT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-T-------------------------GT----A-A---TAC---A------G---T-G-TT--TTC-A-AGTT-TT
gi|109558                     :   CTTCAT--ACA--CTTA--G--CT---G-A-C--GAA------GGACA-GAAGG---GC--GGG-CT-T-TC---G-A--G---AA---A--G-TC---C-----TT-GA--C-AA-T--GC----A-A---T
gi|109556                     :   CTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------GGACA-AAAGC---AA--GGG-CT-C-TT---A-A--G---AA---G--G-CT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----A-A---TAC---T------A---T-A-TT--TTT-A-AGAT-TTCCTTTCTT
gi|109557                     :   CTTGAT--ACA--TTTG--T--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AAAGC---AA--GGG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----A-A---T
gi|109559                     :   CCTGAT--ACA--CTGA--G--CT---A-A-TT-GAA------TGACA-GAGAC---AC--ATG-CT-C-GC---G-A--GGAAAA---A--GTTT---C-----TTGGA--C-AG-T--TTTG--ATA---TCC----------A---T-G-TT--TTT-A-A--T-GTCATATCTTa
gi|109560                     :   CTTGATAAGCA--CTTG--GAACT---G-A-T--AAA------T-ACA-AAAGC---AA--GGG-CTTC-TT---GTA--G---AA---A--G-TT---T-----CT-GA--C-TG-T--AT----A-A---Tctt
gi|109561                     :   CTTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-A--GAA------TGGCACGAAG-------------C-C-T------A--G---AA---A--G-TT---CTT---TT-GA--C-GG-A--GT----A-A---
gi|109562                     :    TTGAT--ACA--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AAAGC---AA--GAG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--A-AG-T--AT----A-A---TAC---T------A---T-G-TT--TTT-A-TGTT-TTCCTTTCTT
gi|109563                     :    TTGAT--ACA--CTTG--G--GT---G-A-C--AAA------GGACA-AAAGC---AC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---G--A-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----A-A---TAC---ATGTACTA---T-G-TT--TTA-A-AGTT-TTCCTTTCTT
gi|109564                     :    TTGAT--ACA--CCTG--G--CT---G-A-C--AAAATTTAATGGCA-GAAGC---GC--AGA-TT-C-TT---G-G--G---AA---A--G-TT---C-----TT-AA--C-AG-C--AT----T-A---TAC---G------G---T-A-TT--TTT---AGTT-TTCCT
gi|109566                     :    TTGAT--ACA--TTTG--G--CT---G-AAC--AAC------TG-CA-GATAATACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---CA---A--G-TT---C-----TT-GAG-CAAA-TCAGT----A-A---TCC---G------G---T-G-TT--TTT-
gi|109565                     :    TTGATAAGCA--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AAAGC---AA--GGT-CT-C-TCAGTG-A--G---AATTTAGCG-TT---C-----TT-GGACC-AG-TAAAT----A-A---TACTATA------A---T-G-TT--TTTAA-AGTT-TTCCT
gi|109567                     :     TGAT--ACA--TTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TG-CA-TCA------C--AGG-TT-C------A-A--G---AA---G--G-TT---T-----TT-GA--C-AG-T--AT----A-A---TAC---T------A---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TCCTT-TCTT
gi|109568                     :     TGAT--ACA--CT------------G-A-C--GAA------TGACA-AAAGC---AC--AGG-CT-C-T---------G---AG---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--TT----T-G---TAC---T------A---T-G--T--TTT-A-AGTT-TTCCT-TCTT
gi|109553                     :            CA--CTTG--A--AT---G-AAC--AAA------TGACA-AAATG----C--AGG-CC-C-TT---G-AT-G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GC----A-A---TCCA--G------G---TGG-TTTATTT-ACAGCT-TTCATATCTTt
gi|109569                     :        atctgcatacTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GAGGC---GC--AAG-CT-G-TA---C-A--A---AA---A--G-TT---C-----TG-AA--T-AG-T--GT----A-G---TCC---G------G---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TTCTTTTCTT
gi|109570                     :                   G--G--CT---A-A-T--GAA------TGACA-GAGGC---TC--AGGCCT-C-TC---G-AAGA---AA---A--A-TT---T-----TT-GA--C--A-T--AA----A-A---ATA---T------G---C-G-TT--TTA-A-AGTTCTTCTT
gi|109571                     :                          T---G-A-CCAGAA------TGACA-GATGC---GC--GGG-CT-T-TC---G-A--T---AA---A--G-TT---A-----TT-GA--C-AG-T--GTATTAA-A---TAC---G------G---T-G-TT--TTT-A-AGTT-TCCTTGTCTt
gi|109572                     :                                       A------TGACA-GAAGC---AC--AGG-GC-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----A-A---TAT---G------G---T-G-----TTT-A-AGTG-TTCCTATCTT
gi|109573                     :                                       A------TGACA-GAAGC---GC--GGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---T--G-TT---T-----TT-AA--C-AG-T--GT----A-A---TGC---A------GCACT-G-TT--TAT-A-AGTT-TTCCTATCTT
gi|109574                     :                                                                 GG-CT-TATC---G-A--G---AA---A--G-CT---C-----CT-GA--C-AG-T--GT----A-C---TAC---T------G---T-G-TC--TGT-A-AGTT-TT





Alignments
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lowQualScore                  :                33 1 11    11 11  333 1 2 44   333333     1  11 1    111  1  1 1 2222 1 22 111  111 11 1  111 44444  1  22 1  2 33  2222  333 22 0000000000 5555 1 1  11 11  2 1         4    
lowQualScore                  :                .. . ..    .. ..  ... . . ..   ......     .  .. .    ...  .  . . .... . .. ...  ... .. .  ... .....  .  .. .  . ..  ....  ... .. .......... .... . .  .. ..  . .         .    
lowQualScore                  :                55 3 88    77 77  222 2 4 00   222222     1  55 1    666  1  1 1 2222 1 66 999  999 55 1  999 33333  1  66 1  2 11  4444  666 66 5555555555 0000 3 3  88 88  7 4         5    
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Reference ( family-461 )      :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109538                     :       ATCTTGATG--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GGGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AA-T--GT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCTTATCTT
gi|109539                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ATGC--AGG-CC-C-TT---G-A--T---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AA---T-CC---T------G----T-G-TT--T--CT-A-AGCTTTCTTATCTT
gi|109540                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACG-GA--A-GCGC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-TA--T-CG-T--GT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TA-A-AGTTTTCTT
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gi|109542                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CTT--GCA-T--GAA------TGACA-GA--A-ACGC--AGG-CT-A-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C------T-GA--C-AGTT--GT----AA---T-TC---A------G----T-G-TT--T--
gi|109543                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTT--G--CT---G-A-C--AAA------TGACG-GA--A-ACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AA---T-CA---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGCTTTCTTATCTTccttatcctttttt
gi|109544                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--TT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ACGC--GGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-TA---A------G----T-G-TG--T--TT-A-AGCTTTCTTATCTT
gi|109545                     :    attACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGT--GGG-CT-C-TC---A-A--G---AA---A--G-GT---T-----AT-CA--C-AA-A--GT----AATATT-AC---T------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109546                     :            GATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ACGC--GGG-CC-C-TT---A-A--G---AA---A--A-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--CT----AA---C-CC---G------GCGTTT-G-TT--T--TT-----TTTTTCT
gi|109547                     :  atcacATCTTGATA--C-A--ATTG--G--CT---G-A-CA-GAA------TGATA-GA--A-AGG---AGG-CC-C-TT---G-A--G---AA------G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AAAA-T-AC---A------G----T-G-TT--T--TT-A-AGCTTT-CTATCTT
gi|109548                     :       ACCTTGATA--C-A--TGTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--TGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TG---C-----TT-AA--T-AG-T--AC----AA---T-GC---A------G----T-ATTT--T--TT-A-AGTTTTtct
gi|109549                     :       ACCTTGATA--T-A--CTTA--G--CT---G-C-C--GAA------TGACA-GA--A-GCAC--GTG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--
gi|109550                     :       ACCTTGATA--C-A--ATTGTGG--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-GTGC--GAG-CT-C-TC---G-A--G---AA----------------------------AG-T--GT----AA---G-AC---A------G----T-T-TT--T--TA-A-AGTTTT
gi|109551                     :       ACCTTGATA--C-A--CTAA--G--CT---G-A-C--AAT------TGACA-AA--G-GTGC--AAT-CT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TC---CTTAATTT-GA--C-AG-T--GT----A-----------G------A----T---TT--C--TT-A-CGTTT
gi|109552                     :       ACCTTAATA--C-AGCTTTA--G--CTCAGG-A-T--GAA------TGACA-GA--A-GCATTAGGG-C--C-TC---G-C--G---AG---A--G-TTTTCT-----TT-GA--C-AG-T--GT-----A---T-AC---G------A----T-G-TT--T--TTAA-AGTTTTCAT-TCTT
gi|109553                     :             ATA--CCA--CTTG--A--AT---G-AAC--AAA------TGACA-AA--A--TGC--AGG-CC-C-TT---G-AT-G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GC----AA---T-CCA--G------G----TGG-TTTAT--TT-ACAGCTTTCATATCTT
gi|109554                     : atctgcACCTTAATA--C-A--TTTG--G--CT---G-A-C---AA------TGACA-CA--A-GGAC--AGG-CT-C-TC---G-G--G---GA---A--
gi|109555                     :       ACCTTCATA--C-A--TGTA--G--CT---G-A-C--AAA------TGACT-GA--A-AC---------T-C-TT---G-A--G---AA----------------------------AG-T--GT----AA---T-AC---A------G----T-G-TT--T--TC-A-AGTTTT
gi|109556                     :         CTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------GGACA-AA--A-GCAA--GGG-CT-C-TT---A-A--G---AA---G--G-CT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-A-TT--T--TT-A-AGATTTCCTTTCTT
gi|109557                     :         CTTGATA--C-A--TTTG--T--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AA--A-GCAA--GGG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-
gi|109558                     :         CTTCATA--C-A--CTTA--G--CT---G-A-C--GAA------GGACA-GA--A-GGGC--GGG-CT-T-TC---G-A--G---AA---A--G-TC---C-----TT-GA--C-AA-T--GC----AA---T-a
gi|109559                     :         CCTGATA--C-A--CTGA--G--CT---A-A-TT-GAA------TGACA-GA--G-ACAC--ATG-CT-C-GC---G-A--GGAAAA---A--GTTT---C-----TTGGA--C-AGTT--TT----GA---TATC---C------A----T-G-TT--T--TT-A-A--TGTCATATCTT
gi|109560                     :         CTTGATAAGC-A--CTTG--GAACT---G-A-T--AAA------T-ACA-AA--A-GCAA--GGG-CTTC-TT---GTA--G---AA---A--G-TT---T-----CT-GA--C-TG-T--AT----AA---T-ctt
gi|109561                     :         CTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-A--GAA------TGGCACGA--A-GC--------CT----------A--G---AA---A--G-TT---CTT---TT-GA--C-GG-A--GT----AA---
gi|109562                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AA--A-GCAA--GAG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--A-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-G-TT--T--TT-A-TGTTTTCCTTTCTT
gi|109563                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--GT---G-A-C--AAA------GGACA-AA--A-GCAC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---G--A-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-AC---ATGTACTA----T-G-TT--T--TA-A-AGTTTTCCTTTCTT
gi|109564                     :          TTGATA--C-A--CCTG--G--CT---G-A-C--AAAATTTAATGGCA-GA--A-GCGC--AGA-TT-C-TT---G-G--G---AA---A--G-TT---C-----TT-AA--C-AG-C--AT----TA---T-AC---G------G----T-A-TT--T--TT---AGTTTTCCT
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gi|109566                     :          TTGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-AAC--AAC------TG-CA-GATAATACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---CA---A--G-TT---C-----TT-GAG-CAAA-TCAGT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-
gi|109567                     :           TGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TG-CA-T------CAC--AGG-TT-C------A-A--G---AA---G--G-TT---T-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-G-TT--T--TT-A-AG-TTTCCTTTCTT
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Alignments
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lowQualScore                  :                55 3 88    77 77  222 2 4 00   222222     1  55 1    666  1  1 1 2222 1 66 999  999 55 1  999 33333  1  66 1  2 11  4444  666 66 5555555555 0000 3 3  88 88  7 4         5    
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Reference ( family-461 )      :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
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gi|109566                     :          TTGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-AAC--AAC------TG-CA-GATAATACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---CA---A--G-TT---C-----TT-GAG-CAAA-TCAGT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-
gi|109567                     :           TGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TG-CA-T------CAC--AGG-TT-C------A-A--G---AA---G--G-TT---T-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-G-TT--T--TT-A-AG-TTTCCTTTCTT
gi|109568                     :           TGATA--C-A--CT------------G-A-C--GAA------TGACA-AA--A-GCAC--AGG-CT-C-T---------G---AG---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--TT----TG---T-AC---T------A----T-G--T--T--TT-A-AGTTTTCCT-TCTT
gi|109569                     :                         TG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--G-GCGC--AAG-CT-G-TA---C-A--A---AA---A--G-TT---C-----TG-AA--T-AG-T--GT----AG---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCTTTTCTTt
gi|109570                     :                          G--G--CT---A-A-T--GAA------TGACA-GA--G-GCTC--AGGCCT-C-TC---G-AAGA---AA---A--A-TT---T-----TT-GA--C-AT-A--AA----AA---T-AT----------G----C-G-TT--T--TA-A-AGTTCTTCT
gi|109571                     :                                 T---G-A-CCAGAA------TGACA-GA--T-GCGC--GGG-CT-T-TC---G-A--T---AA---A--G-TT---A-----TT-GA--C-AG-T--GTATTAAA---T-AC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTCCTTGTCTtt
gi|109572                     :                                              A------TGACA-GA--A-GCAC--AGG-GC-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-AT---G------G----T-G-----T--TT-A-AGTGTTCCTATCTT
gi|109573                     :                                              A------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---T--G-TT---T-----TT-AA--C-AG-T--GT----AA---T-GC---A------GCAC-T-G-TT--T--AT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109574                     :                                                                        GG-CT-TATC---G-A--G---AA---A--G-CT---C-----CT-GA--C-AG-T--GT----AC---T-AC---T------G----T-G-TC--T--GT-A-AGTTTT


blockSeqs                     :                AG C GC    TG AA  CAG C A CA   ATTTAA     C  TA T    TAG  C  T A CAGT T AG GAA  TTT GC T  TTC TTAAT  G  AC A  T AA  ATTA  TAT AT ATGTACT    CGTT G T  TA CC  A C         A
blockSeqs                     :                AG . .     .  .   T   . A A    .          .  .  .    A    .  . . T    . T  .    .   .  .  .   TT     .  G  .  T CA  .     AA  C  TATA       CAC  . .  .  .   A .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . T    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  AG         .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   T  T          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   T  G          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  A          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   T  A          .    . .  .  .   . .         T
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  A          .    . .  .  .   . .         T
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  T          .    . .  .  .   . .         T
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    T    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   G  G          .    . .  .  .   . .         T
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  A          .    . .  .  .   . .         T
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  A          .    . .  .  .   . .         G
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  A          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .         A
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .         .
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  A          .    . .  .  .   . .         .
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  T          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  C          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  T          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  G          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  T          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   C  T          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  G          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . A    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   G  A          .    . .  .  .   . .          
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   A  T          .    . .  .  .   .            
blockSeqs                     :                .  . .     .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .   .  .          .    . .  .  .                
blockSeqs                     :                           .  .   .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .                                               
blockSeqs                     :                           .  .   .   . . .    .          .  .  .    A    .  . . T    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .                                               
blockSeqs                     :                                  .   . . .    .          .  .  .    G    .  . . C    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .                                               
blockSeqs                     :                                               .          .  .  .    .    .  . . .    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .   .     .                                               
blockSeqs                     :                                               .          .  .  .    .    .  . . .    . .  .    .   .  .  .   .      .  .  .  . .                                                         
blockSeqs                     :                                                                          .  . . .    . .  .    .   .                                                                                     


blockSeqCons                  :       
originalCons                  :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
finalCons                     :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT





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lowQualScore                  :                .. . ..    .. ..  ... . . ..   ......     .  .. .    ...  .  . . .... . .. ...  ... .. .  ... .....  .  .. .  . ..  ....  ... .. .......... .... . .  .. ..  . .         .    
lowQualScore                  :                55 3 88    77 77  222 2 4 00   222222     1  55 1    666  1  1 1 2222 1 66 999  999 55 1  999 33333  1  66 1  2 11  4444  666 66 5555555555 0000 3 3  88 88  7 4         5    
consensus                     :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
Reference ( family-461 )      :       ACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-NC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109538                     :       ATCTTGATG--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GGGC--GGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AA-T--GT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCTTATCTT
gi|109539                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ATGC--AGG-CC-C-TT---G-A--T---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AA---T-CC---T------G----T-G-TT--T--CT-A-AGCTTTCTTATCTT
gi|109540                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACG-GA--A-GCGC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-TA--T-CG-T--GT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TA-A-AGTTTTCTT
gi|109541                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-T--GAA------TGACA-GA--A-ACGC--AGG-CT-A-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-TC---A------G----T-G-TT--TCCTT-A-TCTTTTtt
gi|109542                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTG--G--CTT--GCA-T--GAA------TGACA-GA--A-ACGC--AGG-CT-A-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C------T-GA--C-AGTT--GT----AA---T-TC---A------G----T-G-TT--T--
gi|109543                     :       ATCTTGATA--C-A--CTTT--G--CT---G-A-C--AAA------TGACG-GA--A-ACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AA---T-CA---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGCTTTCTTATCTTccttatcctttttt
gi|109544                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--TT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ACGC--GGG-CC-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-TA---A------G----T-G-TG--T--TT-A-AGCTTTCTTATCTT
gi|109545                     :    attACCTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGT--GGG-CT-C-TC---A-A--G---AA---A--G-GT---T-----AT-CA--C-AA-A--GT----AATATT-AC---T------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109546                     :            GATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-ACGC--GGG-CC-C-TT---A-A--G---AA---A--A-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--CT----AA---C-CC---G------GCGTTT-G-TT--T--TT-----TTTTTCT
gi|109547                     :  atcacATCTTGATA--C-A--ATTG--G--CT---G-A-CA-GAA------TGATA-GA--A-AGG---AGG-CC-C-TT---G-A--G---AA------G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GT----AAAA-T-AC---A------G----T-G-TT--T--TT-A-AGCTTT-CTATCTT
gi|109548                     :       ACCTTGATA--C-A--TGTG--G--CT---G-A-C--GAA------TGACA-GA--A-GCGC--TGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TG---C-----TT-AA--T-AG-T--AC----AA---T-GC---A------G----T-ATTT--T--TT-A-AGTTTTtct
gi|109549                     :       ACCTTGATA--T-A--CTTA--G--CT---G-C-C--GAA------TGACA-GA--A-GCAC--GTG-CT-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--
gi|109550                     :       ACCTTGATA--C-A--ATTGTGG--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--A-GTGC--GAG-CT-C-TC---G-A--G---AA----------------------------AG-T--GT----AA---G-AC---A------G----T-T-TT--T--TA-A-AGTTTT
gi|109551                     :       ACCTTGATA--C-A--CTAA--G--CT---G-A-C--AAT------TGACA-AA--G-GTGC--AAT-CT-C-TT---G-A--G---AA---A--G-TC---CTTAATTT-GA--C-AG-T--GT----A-----------G------A----T---TT--C--TT-A-CGTTT
gi|109552                     :       ACCTTAATA--C-AGCTTTA--G--CTCAGG-A-T--GAA------TGACA-GA--A-GCATTAGGG-C--C-TC---G-C--G---AG---A--G-TTTTCT-----TT-GA--C-AG-T--GT-----A---T-AC---G------A----T-G-TT--T--TTAA-AGTTTTCAT-TCTT
gi|109553                     :             ATA--CCA--CTTG--A--AT---G-AAC--AAA------TGACA-AA--A--TGC--AGG-CC-C-TT---G-AT-G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AT-T--GC----AA---T-CCA--G------G----TGG-TTTAT--TT-ACAGCTTTCATATCTT
gi|109554                     : atctgcACCTTAATA--C-A--TTTG--G--CT---G-A-C---AA------TGACA-CA--A-GGAC--AGG-CT-C-TC---G-G--G---GA---A--
gi|109555                     :       ACCTTCATA--C-A--TGTA--G--CT---G-A-C--AAA------TGACT-GA--A-AC---------T-C-TT---G-A--G---AA----------------------------AG-T--GT----AA---T-AC---A------G----T-G-TT--T--TC-A-AGTTTT
gi|109556                     :         CTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------GGACA-AA--A-GCAA--GGG-CT-C-TT---A-A--G---AA---G--G-CT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-A-TT--T--TT-A-AGATTTCCTTTCTT
gi|109557                     :         CTTGATA--C-A--TTTG--T--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AA--A-GCAA--GGG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-
gi|109558                     :         CTTCATA--C-A--CTTA--G--CT---G-A-C--GAA------GGACA-GA--A-GGGC--GGG-CT-T-TC---G-A--G---AA---A--G-TC---C-----TT-GA--C-AA-T--GC----AA---T-a
gi|109559                     :         CCTGATA--C-A--CTGA--G--CT---A-A-TT-GAA------TGACA-GA--G-ACAC--ATG-CT-C-GC---G-A--GGAAAA---A--GTTT---C-----TTGGA--C-AGTT--TT----GA---TATC---C------A----T-G-TT--T--TT-A-A--TGTCATATCTT
gi|109560                     :         CTTGATAAGC-A--CTTG--GAACT---G-A-T--AAA------T-ACA-AA--A-GCAA--GGG-CTTC-TT---GTA--G---AA---A--G-TT---T-----CT-GA--C-TG-T--AT----AA---T-ctt
gi|109561                     :         CTTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-A--GAA------TGGCACGA--A-GC--------CT----------A--G---AA---A--G-TT---CTT---TT-GA--C-GG-A--GT----AA---
gi|109562                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AA--A-GCAA--GAG-CT-C-TT---G-A--G---AA---G--G-TT---C-----TT-GA--A-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-G-TT--T--TT-A-TGTTTTCCTTTCTT
gi|109563                     :          TTGATA--C-A--CTTG--G--GT---G-A-C--AAA------GGACA-AA--A-GCAC--AGG-CT-C-TC---G-A--G---AA---G--A-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-AC---ATGTACTA----T-G-TT--T--TA-A-AGTTTTCCTTTCTT
gi|109564                     :          TTGATA--C-A--CCTG--G--CT---G-A-C--AAAATTTAATGGCA-GA--A-GCGC--AGA-TT-C-TT---G-G--G---AA---A--G-TT---C-----TT-AA--C-AG-C--AT----TA---T-AC---G------G----T-A-TT--T--TT---AGTTTTCCT
gi|109565                     :          TTGATAAGC-A--CTTG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-AA--A-GCAA--GGT-CT-C-TCAGTG-A--G---AATTTAGCG-TT---C-----TT-GGACC-AG-TAAAT----AA---T-ACTATA------A----T-G-TT--T--TTAA-AGTTTTCCT
gi|109566                     :          TTGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-AAC--AAC------TG-CA-GATAATACGC--AGG-CC-C-TT---G-A--G---CA---A--G-TT---C-----TT-GAG-CAAA-TCAGT----AA---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-
gi|109567                     :           TGATA--C-A--TTTG--G--CT---G-A-C--GAA------TG-CA-T------CAC--AGG-TT-C------A-A--G---AA---G--G-TT---T-----TT-GA--C-AG-T--AT----AA---T-AC---T------A----T-G-TT--T--TT-A-AG-TTTCCTTTCTT
gi|109568                     :           TGATA--C-A--CT------------G-A-C--GAA------TGACA-AA--A-GCAC--AGG-CT-C-T---------G---AG---A--G-TT---C-----TT-GA--T-AG-T--TT----TG---T-AC---T------A----T-G--T--T--TT-A-AGTTTTCCT-TCTT
gi|109569                     :                         TG--G--CT---G-A-C--AAA------TGACA-GA--G-GCGC--AAG-CT-G-TA---C-A--A---AA---A--G-TT---C-----TG-AA--T-AG-T--GT----AG---T-CC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTTCTTTTCTTt
gi|109570                     :                          G--G--CT---A-A-T--GAA------TGACA-GA--G-GCTC--AGGCCT-C-TC---G-AAGA---AA---A--A-TT---T-----TT-GA--C-AT-A--AA----AA---T-AT----------G----C-G-TT--T--TA-A-AGTTCTTCT
gi|109571                     :                                 T---G-A-CCAGAA------TGACA-GA--T-GCGC--GGG-CT-T-TC---G-A--T---AA---A--G-TT---A-----TT-GA--C-AG-T--GTATTAAA---T-AC---G------G----T-G-TT--T--TT-A-AGTTTCCTTGTCTtt
gi|109572                     :                                              A------TGACA-GA--A-GCAC--AGG-GC-C-TC---G-A--G---AA---A--G-TT---C-----TT-GA--C-AG-T--GT----AA---T-AT---G------G----T-G-----T--TT-A-AGTGTTCCTATCTT
gi|109573                     :                                              A------TGACA-GA--A-GCGC--GGG-TT-C-TT---G-A--G---AA---T--G-TT---T-----TT-AA--C-AG-T--GT----AA---T-GC---A------GCAC-T-G-TT--T--AT-A-AGTTTTCCTATCTT
gi|109574                     :                                                                        GG-CT-TATC---G-A--G---AA---A--G-CT---C-----CT-GA--C-AG-T--GT----AC---T-AC---T------G----T-G-TC--T--GT-A-AGTTTT