lowQualScore                  :                                                                        111111111111111111111                                                                 
lowQualScore                  :    3   1 22  1 2 11  4 3333 1 11 1  44444 1     111  1 2 88  3 5555 11 000000000000000000000 2 7777777777  1 1 11  1 22    1 3333 1 222 1 3 1  1 1  2  2 3   
lowQualScore                  :    .   . ..  . . ..  . .... . .. .  ..... .     ...  . . ..  . .... .. ..................... . ..........  . . ..  . ..    . .... . ... . . .  . .  .  . .   
lowQualScore                  :    4   2 99  1 3 66  6 6666 1 66 1  00000 1     999  1 2 88  3 7777 55 666666666666666666666 2 1111111111  1 1 55  1 66    1 5555 1 000 1 4 1  1 1  4  4 8   
consensus                     : ATANTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
Reference ( gi|58427 )        : ATAATAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CC-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58424                      : ATATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-GA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58426                      : ATATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----T-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58429                      : ATACTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----G--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58436                      : ATACTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-C----A--T---------------------G-GTTTATCATACTT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-
gi|58435                      : ATATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-GT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-TTAATA--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TCACA-T-
gi|58437                      : ATATTAT-T-AGT-TTA--CA-T----G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-T----------TT-C-A--TA-C--ATGG-G----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58453                      : ATTATATCT-CGT-T-A--CA-T----G-GGTT-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--TTGG-T----C-A---G-T-A-AA-A-TT-CATT-ATG
gi|58434                      : ATATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-GA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGC-T----C-
gi|58444                      : ATATTAT-T-AGT-T-A--CA------G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C---A-TA---A--T---------------------G-G----------TTGT-A--TA-CGAATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58449                      : ATAATAT-T-G---T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CACT-AAGT----A--T---------------------G-G----------TT------TA-C--ATGG-T----C-A---A-T---AA-T-TC-CATT-ATG
gi|58446                      : ATATTAT-T-AGTAT-A--CAAT----G-G--TATT-----G-TAGTT---GA-C-TCTAA-TT---A--TT--------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-----G-T-A-AA-T-T--CA-T-ATG
gi|58440                      : ATATTAT-T-AGT-A-A--CA-T----G----T-TT-----G--AGT----GA-C-T--AA-T-------T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AATT-TC-CA-T-AT
gi|58450                      :  TATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CGCT-AA-T----A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58451                      :  TATTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GG-T-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58452                      :  TATTAT-T-AGT-T-A--TA-T----G-G--T-TT-----GGTAGTT---GA-C-CC--A-T----A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-A-TC-CA-T-ATG
gi|58433                      :    ATAT-T-CGT-T-A--CA-T----A-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58428                      :  atATAT-T-CGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----A-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58430                      :  atATAT-T-CGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T-----ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58431                      :  atATAT-T-CGT-T-A--CA-TT---G-G--T-TT-----G-TAGCT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TACC--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58425                      :  atATAT-T-CAT-T-A--CA-TACAAG-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGT-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-AT
gi|58439                      :    ATAT-T-CAT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----T-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58432                      :  atATAT-T-A-T-T-A--TAAT----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G------------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---A-T-A-AA-T-TC-TA-T-ATG
gi|58438                      :    ATAT-T-GGT-T-A--CA-T----G-G--G-TT-----T-TAGTT---GA-C-TCTAA-T----A--T---------------------G-G----------TA-T----TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-TCTC-CA-T-ATG
gi|58445                      :  atATAT-T-CGT-T-A---A-T----G-G--T-TT-----G-TA-TT---GA-C-CT-A--T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-TA---C-A---G-T-A-AA-T-TCGCA-T-ATG
gi|58443                      :  atATAT-T-CGT-T-AGGCAAT----G-G--T-TG-----T-TAGTT---GA-C-CT-AAGT----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-AGTTG-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58441                      :  atATAT-T-CGT-T-A--CC-T----G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-CT-AAGT----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AT-T-TC-TA-T-
gi|58447                      :  atATAT-TTCGT-T-A--CAAT----G-G--T-TT-----G-TAGTTTCAGA-C-CT-A--T----A--T---------------------G-G----------TT---A--TG-CC-ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58456                      :     TAT-T-CGT-A-A--CA-T----G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGA-TCTGAC-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-
gi|58455                      :     TAT-T-AGT-T-A--CA-T----GTG--A-TT-----G-CAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-GATTA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58454                      :    tTAT-T-AGT-TTA--CA-T----G-G--T-TTTCTCAG-T--TT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58448                      :   atTAT-T-AGT-T-A--CA-T----G-G--T-----------AGTT---GA-C-CT-AT-G----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ACGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58457                      :   acacT-T-CGT-T-A--CA-T----G-G--T-TT-----G--AGCT---GA-C-CT-AT-TG---A--T---------------------G-G----------TT-TAA--TA-C--ATGG-T----CAA---G-T-ATAA-T-TC-TA-T-
gi|58458                      :            GT-T-A--CA-T----G------TG-----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T--C--ATGGTT----C-A---GTT-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58442                      :             T-T-A--CA-T----G-G--T-TTT----G-TAGTT---GA-C-CT-AA-T----A--TAAATATAAAAAAAAAAAAAACG-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58459                      :      atatttct-T-A--TA-T----A-G--T-TT-----G-CAGTT---GA-C-CT-AA-T----AGAT---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TGATG
gi|58460                      :                                               TT---GAGC-CT-AA-T----A--T---------------------G-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG





Alignments
lowQualScore                  :            1                                                               111111111111111111111                                                                 
lowQualScore                  :            3 1   0  1 2 11  3 1 1 11 1  33333 1     111  1 4 2222   3 3 11 000000000000000000000 2 5555555555  1 2 11  1 22    1 3333 1 111 1 3 1  1 1  2  2 3   
lowQualScore                  :            . .   .  . . ..  . . . .. .  ..... .     ...  . . ....   . . .. ..................... . ..........  . . ..  . ..    . .... . ... . . .  . .  .  . .   
lowQualScore                  :            5 3   2  1 2 55  3 1 1 55 1  99999 1     999  1 3 3333   2 2 55 333333333333333333333 2 8888888888  1 2 55  1 66    1 4444 1 999 1 3 1  1 1  4  4 6   
consensus                     :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
Reference ( family-460 )      :         ATANT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58424                      :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58425                      :         ATATTCATTACA-T-A--CA-A-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGT-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-AT
gi|58426                      :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----T-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58427                      :         ATAAT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----CAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58428                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----A-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58429                      :         ATACT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-G--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58430                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T-----ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58431                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A--CA-TTG-G--T-TT-----G-TAGCT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TACC--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58432                      :         ATATT-ATTA---T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G------------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---A-T-A-AA-T-TC-TA-T-ATG
gi|58433                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A--CA-T-A-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58434                      :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGC-T----C-
gi|58435                      :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-GT-----G-TAGTT---GA-C-CTAATTAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TCACA-T-
gi|58436                      :         ATACT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-C-A--T---------------------G-GTTTATCATACTT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-
gi|58437                      :         ATATT-ATTAGT-TTA--CA-T-G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-T----------TT-C-A--TA-C--ATGG-G----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58438                      :         ATA-T-ATTGGT-T-A--CA-T-G-G--G-TT-----T-TAGTT---GA-CTC----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TA-T----TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-TCTC-CA-T-ATG
gi|58439                      :         ATA-T-ATTCAT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----T-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58440                      :         ATATT-ATTAGT-A-A--CA-T-G----T-TT-----G--AGT----GA-C------TAA-T----T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AATT-TC-CA-T-AT
gi|58441                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A--CC-T-G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AT-T-TC-TA-T-
gi|58442                      :                    T-T-A--CA-T-G-G--T-TTT----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--TAAATATAAAAAAAAAAAAAACG-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58443                      : atatttctATA-T-ATTCGT-T-AGGCAAT-G-G--T-TG-----T-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-AGTTG-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58444                      :         ATATT-ATTAGT-T-A--CA---G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C------A-TAA--T---------------------G-G----------TTGT-A--TA-CGAATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58445                      :         ATA-T-ATTCGT-T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TA-TT---GA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-TA---C-A---G-T-A-AA-T-TCGCA-T-ATG
gi|58446                      :         ATATT-ATTAGTAT-A--CAAT-G-G--TATT-----G-TAGTT---GA-CTC----TAA-TTA--TT--------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-----G-T-A-AA-T-T--CA-T-ATG
gi|58447                      :                TTCGT-T-A--CAAT-G-G--T-TT-----G-TAGTTTCAGA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT---A--TG-CC-ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58448                      :     atatACACT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-----------AGTT---GA-C-C----TAT-G-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ACGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58449                      :         ATAAT-ATTG---T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CAC----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT------TA-C--ATGG-T----C-A---A-T---AA-T-TC-CATT-ATG
gi|58450                      :          TATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CGC----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58451                      :          TATT-ATTAGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GG-T-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58452                      :          TATT-ATTAGT-T-A--TA-T-G-G--T-TT-----GGTAGTT---GA-C-C----CA--T-A--T---------------------G-G----------TT-TTA--TA-C--ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-A-TC-CA-T-ATG
gi|58453                      :                   GT-T-A--CA-T-G-GGTT-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--TTGG-T----C-A---G-T-A-AA-A-TT-CATT-ATG
gi|58454                      : attatatctcATT-ATTAGT-TTA--CA-T-G-G--T-TTTCTCAG-T--TT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58455                      :             T-ATTAGT-T-A--CA-T-GTG--A-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-GATTA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58456                      :            tT-ATTCGT-A-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGA-TCTGAC-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-
gi|58457                      :                TTCGT-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G--AGCT---GA-C-C----TAT-TGA--T---------------------G-G----------TT-TAA--TA-C--ATGG-T----CAA---G-T-ATAA-T-TC-TA-T-
gi|58458                      :                   GT-T-A--CA-T-G------TG-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T--C--ATGGTT----C-A---GTT-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58459                      :                     -T-A--TA-T-A-G--T-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-AGAT---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TGATG
gi|58460                      :                                                   TT---GAGC-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        111111111111111111111                                                                 
lowQualScore                  :     55  222 1 1 1 1 11  3 1 1 11 1  33333 1     111  1 4 2222   3 3 11 000000000000000000000 2 5555555555  1 2 11  1 22    1 3333 1 111 1 3 1  1 1  2  2 3   
lowQualScore                  :     ..  ... . . . . ..  . . . .. .  ..... .     ...  . . ....   . . .. ..................... . ..........  . . ..  . ..    . .... . ... . . .  . .  .  . .   
lowQualScore                  :     66  111 8 1 1 1 55  3 1 1 55 1  99999 1     999  1 3 3333   2 2 55 333333333333333333333 2 8888888888  1 2 55  1 66    1 4444 1 999 1 3 1  1 1  4  4 6   
consensus                     : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
Reference ( family-460 )      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58424                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58425                      : ATATTCAT---TAC-A-T-A--CA-A-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGT-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-AT
gi|58426                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----T-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58427                      : ATAAT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----CAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58428                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----A-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58429                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-G--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58430                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T-----ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58431                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-TTG-G--T-TT-----G-TAGCT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TACC--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58432                      : ATATT-AT---TA----T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G------------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---A-T-A-AA-T-TC-TA-T-ATG
gi|58433                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-A-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58434                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGC-T----C-
gi|58435                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-GT-----G-TAGTT---GA-C-CTAATTAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TCACA-T-
gi|58436                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-C-A--T---------------------G-GTTTATCATACTT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-
gi|58437                      : ATATT-AT---TAGTT-T-A--CA-T-G-G----TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-T----------TT-C-A--TA-C--ATGG-G----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58438                      : ATAT--AT---TGG-T-T-A--CA-T-G-G--G-TT-----T-TAGTT---GA-CTC----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TA-T----TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-TCTC-CA-T-ATG
gi|58439                      : ATAT--AT---TCA-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----T-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58440                      : ATATT-AT---TAG-T-A-A--CA-T-G----T-TT-----G--AGT----GA-C------TAA-T----T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AATT-TC-CA-T-AT
gi|58441                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CC-T-G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AT-T-TC-TA-T-
gi|58442                      : ATATT-TC---T---T-T-A--CA-T-G-G--T-TTT----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--TAAATATAAAAAAAAAAAAAACG-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58443                      : ATAT--AT---TCG-T-T-AGGCAAT-G-G--T-TG-----T-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-AGTTG-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58444                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA---G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C------A-TAA--T---------------------G-G----------TTGT-A--TA-CGAATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58445                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TA-TT---GA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-TA---C-A---G-T-A-AA-T-TCGCA-T-ATG
gi|58446                      : ATATT-AT---TAG-TAT-A--CAAT-G-G--TATT-----G-TAGTT---GA-CTC----TAA-TTA--TT--------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-----G-T-A-AA-T-T--CA-T-ATG
gi|58447                      : ATATT------TCG-T-T-A--CAAT-G-G--T-TT-----G-TAGTTTCAGA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT---A--TG-CC-ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58448                      : ACACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-----------AGTT---GA-C-C----TAT-G-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ACGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58449                      : ATAAT-AT---TG----T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CAC----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT------TA-C--ATGG-T----C-A---A-T---AA-T-TC-CATT-ATG
gi|58450                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CGC----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58451                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GG-T-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58452                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--TA-T-G-G--T-TT-----GGTAGTT---GA-C-C----CA--T-A--T---------------------G-G----------TT-TTA--TA-C--ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-A-TC-CA-T-ATG
gi|58453                      :   ATT-ATATCTCG-T-T-A--CA-T-G-GGTT-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--TTGG-T----C-A---G-T-A-AA-A-TT-CATT-ATG
gi|58454                      :   ATT-AT---TAG-T-TTA--CA-T-G-G--T-TTTCTCAG-T--TT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58455                      :    TT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-GTG--A-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-GATTA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58456                      :     T-AT---TCG-T-A-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGA-TCTGAC-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-
gi|58457                      :        T---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G--AGCT---GA-C-C----TAT-TGA--T---------------------G-G----------TT-TAA--TA-C--ATGG-T----CAA---G-T-ATAA-T-TC-TA-T-
gi|58458                      :              G-T-T-A--CA-T-G------TG-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T--C--ATGGTT----C-A---GTT-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58459                      :                 -T-A--TA-T-A-G--T-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-AGAT---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TGATG
gi|58460                      :                                               TT---GAGC-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        111111111111111111111                                                                 
lowQualScore                  :     55  222 1 1 1 1 11  3 1 1 11 1  33333 1     111  1 4 2222   3 3 11 000000000000000000000 2 5555555555  1 2 11  1 22    1 3333 1 111 1 3 1  1 1  2  2 3   
lowQualScore                  :     ..  ... . . . . ..  . . . .. .  ..... .     ...  . . ....   . . .. ..................... . ..........  . . ..  . ..    . .... . ... . . .  . .  .  . .   
lowQualScore                  :     66  111 8 1 1 1 55  3 1 1 55 1  99999 1     999  1 3 3333   2 2 55 333333333333333333333 2 8888888888  1 2 55  1 66    1 4444 1 999 1 3 1  1 1  4  4 6   
consensus                     : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
Reference ( family-460 )      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58424                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58425                      : ATATTCAT---TAC-A-T-A--CA-A-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGT-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-AT
gi|58426                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----T-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58427                      : ATAAT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----CAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58428                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----A-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58429                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-G--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58430                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T-----ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58431                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-TTG-G--T-TT-----G-TAGCT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TACC--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58432                      : ATATT-AT---TA----T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G------------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---A-T-A-AA-T-TC-TA-T-ATG
gi|58433                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-A-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58434                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGC-T----C-
gi|58435                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-GT-----G-TAGTT---GA-C-CTAATTAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TCACA-T-
gi|58436                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-C-A--T---------------------G-GTTTATCATACTT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-
gi|58437                      : ATATT-AT---TAGTT-T-A--CA-T-G-G----TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-T----------TT-C-A--TA-C--ATGG-G----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58438                      : ATAT--AT---TGG-T-T-A--CA-T-G-G--G-TT-----T-TAGTT---GA-CTC----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TA-T----TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-TCTC-CA-T-ATG
gi|58439                      : ATAT--AT---TCA-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----T-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58440                      : ATATT-AT---TAG-T-A-A--CA-T-G----T-TT-----G--AGT----GA-C------TAA-T----T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AATT-TC-CA-T-AT
gi|58441                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CC-T-G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AT-T-TC-TA-T-
gi|58442                      : ATATT-TC---T---T-T-A--CA-T-G-G--T-TTT----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--TAAATATAAAAAAAAAAAAAACG-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58443                      : ATAT--AT---TCG-T-T-AGGCAAT-G-G--T-TG-----T-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-AGTTG-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58444                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA---G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C------A-TAA--T---------------------G-G----------TTGT-A--TA-CGAATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58445                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TA-TT---GA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-TA---C-A---G-T-A-AA-T-TCGCA-T-ATG
gi|58446                      : ATATT-AT---TAG-TAT-A--CAAT-G-G--TATT-----G-TAGTT---GA-CTC----TAA-TTA--TT--------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-----G-T-A-AA-T-T--CA-T-ATG
gi|58447                      : ATATT------TCG-T-T-A--CAAT-G-G--T-TT-----G-TAGTTTCAGA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT---A--TG-CC-ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58448                      : ACACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-----------AGTT---GA-C-C----TAT-G-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ACGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58449                      : ATAAT-AT---TG----T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CAC----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT------TA-C--ATGG-T----C-A---A-T---AA-T-TC-CATT-ATG
gi|58450                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CGC----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58451                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GG-T-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58452                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--TA-T-G-G--T-TT-----GGTAGTT---GA-C-C----CA--T-A--T---------------------G-G----------TT-TTA--TA-C--ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-A-TC-CA-T-ATG
gi|58453                      :   ATT-ATATCTCG-T-T-A--CA-T-G-GGTT-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--TTGG-T----C-A---G-T-A-AA-A-TT-CATT-ATG
gi|58454                      :   ATT-AT---TAG-T-TTA--CA-T-G-G--T-TTTCTCAG-T--TT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58455                      :    TT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-GTG--A-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-GATTA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58456                      :     T-AT---TCG-T-A-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGA-TCTGAC-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-
gi|58457                      :        T---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G--AGCT---GA-C-C----TAT-TGA--T---------------------G-G----------TT-TAA--TA-C--ATGG-T----CAA---G-T-ATAA-T-TC-TA-T-
gi|58458                      :              G-T-T-A--CA-T-G------TG-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T--C--ATGGTT----C-A---GTT-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58459                      :                 -T-A--TA-T-A-G--T-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-AGAT---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TGATG
gi|58460                      :                                               TT---GAGC-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG


blockSeqs                     :     TC  ATC A T A T GG  A T T GT A  TCTCA G     TCA  G T TAAT   G A GA AAATATAAAAAAAAAAAAAAC C TTTATCATAC  G T AT  C GA    T CTGA A GTT T A T  T C  A  T C
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   A . . .  .  T     .     .    . T .      G T .  T                     C T           . A .   . C     . A    . .   . A .  . .  G  T C
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   A . . .  .  .     .     .    . A .      G G .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . A .  . .  .  . G
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . G .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   G . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     T   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   G . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   A . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :     .   .   C . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  . .
blockSeqs                     :         .   . . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .  .  .  
blockSeqs                     :               . . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .        
blockSeqs                     :                 . . .   . . . .  .  .     .     .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    . .   . . .  . .        
blockSeqs                     :                                                 .    . . .      . . .  .                     . .           . . .   . .     . .    .                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
finalCons                     : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        111111111111111111111                                                                 
lowQualScore                  :     55  222 1 1 1 1 11  3 1 1 11 1  33333 1     111  1 4 2222   3 3 11 000000000000000000000 2 5555555555  1 2 11  1 22    1 3333 1 111 1 3 1  1 1  2  2 3   
lowQualScore                  :     ..  ... . . . . ..  . . . .. .  ..... .     ...  . . ....   . . .. ..................... . ..........  . . ..  . ..    . .... . ... . . .  . .  .  . .   
lowQualScore                  :     66  111 8 1 1 1 55  3 1 1 55 1  99999 1     999  1 3 3333   2 2 55 333333333333333333333 2 8888888888  1 2 55  1 66    1 4444 1 999 1 3 1  1 1  4  4 6   
consensus                     : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
Reference ( family-460 )      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58424                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58425                      : ATATTCAT---TAC-A-T-A--CA-A-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGT-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-AT
gi|58426                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----T-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58427                      : ATAAT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----CAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58428                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----A-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58429                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-G--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58430                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T-----ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58431                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-TTG-G--T-TT-----G-TAGCT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-GT---------TT-T-A--TACC--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58432                      : ATATT-AT---TA----T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G------------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---A-T-A-AA-T-TC-TA-T-ATG
gi|58433                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CA-T-A-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58434                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TGA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGC-T----C-
gi|58435                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-GT-----G-TAGTT---GA-C-CTAATTAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TCACA-T-
gi|58436                      : ATACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-C-A--T---------------------G-GTTTATCATACTT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-
gi|58437                      : ATATT-AT---TAGTT-T-A--CA-T-G-G----TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-T----------TT-C-A--TA-C--ATGG-G----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58438                      : ATAT--AT---TGG-T-T-A--CA-T-G-G--G-TT-----T-TAGTT---GA-CTC----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TA-T----TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-TCTC-CA-T-ATG
gi|58439                      : ATAT--AT---TCA-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----T-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58440                      : ATATT-AT---TAG-T-A-A--CA-T-G----T-TT-----G--AGT----GA-C------TAA-T----T---------------------G-G----------TT-T-A--TG-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AATT-TC-CA-T-AT
gi|58441                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A--CC-T-G-G--T-T------G-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C---TGG-T----C-A---G-T-A-AT-T-TC-TA-T-
gi|58442                      : ATATT-TC---T---T-T-A--CA-T-G-G--T-TTT----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--TAAATATAAAAAAAAAAAAAACG-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58443                      : ATAT--AT---TCG-T-T-AGGCAAT-G-G--T-TG-----T-TAGTT---GA-C-C----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-AGTTG-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58444                      : ATATT-AT---TAG-T-T-A--CA---G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C------A-TAA--T---------------------G-G----------TTGT-A--TA-CGAATGG-T----C-A---G-TAA-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58445                      : ATAT--AT---TCG-T-T-A---A-T-G-G--T-TT-----G-TA-TT---GA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-TA---C-A---G-T-A-AA-T-TCGCA-T-ATG
gi|58446                      : ATATT-AT---TAG-TAT-A--CAAT-G-G--TATT-----G-TAGTT---GA-CTC----TAA-TTA--TT--------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-----G-T-A-AA-T-T--CA-T-ATG
gi|58447                      : ATATT------TCG-T-T-A--CAAT-G-G--T-TT-----G-TAGTTTCAGA-C-C----TA--T-A--T---------------------G-G----------TT---A--TG-CC-ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58448                      : ACACT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-----------AGTT---GA-C-C----TAT-G-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ACGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58449                      : ATAAT-AT---TG----T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CAC----TAAGT-A--T---------------------G-G----------TT------TA-C--ATGG-T----C-A---A-T---AA-T-TC-CATT-ATG
gi|58450                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-CGC----TAA-T-A--T---------------------G-G-----------T-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58451                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GG-T-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-T
gi|58452                      :  TATT-AT---TAG-T-T-A--TA-T-G-G--T-TT-----GGTAGTT---GA-C-C----CA--T-A--T---------------------G-G----------TT-TTA--TA-C--ATGG-T----C-A---G-TAA-AA-A-TC-CA-T-ATG
gi|58453                      :   ATT-ATATCTCG-T-T-A--CA-T-G-GGTT-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--TTGG-T----C-A---G-T-A-AA-A-TT-CATT-ATG
gi|58454                      :   ATT-AT---TAG-T-TTA--CA-T-G-G--T-TTTCTCAG-T--TT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TCATG
gi|58455                      :    TT-AT---TAG-T-T-A--CA-T-GTG--A-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-GATTA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA---TC-CA-T-ATG
gi|58456                      :     T-AT---TCG-T-A-A--CA-T-G-G--T-TT-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--TA-C--ATGA-TCTGAC-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-T-
gi|58457                      :        T---TCG-T-T-A--CA-T-G-G--T-TT-----G--AGCT---GA-C-C----TAT-TGA--T---------------------G-G----------TT-TAA--TA-C--ATGG-T----CAA---G-T-ATAA-T-TC-TA-T-
gi|58458                      :              G-T-T-A--CA-T-G------TG-----G-TAGTT---GA-C-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A--T--C--ATGGTT----C-A---GTT-A-AA-T-TC-CA-T-ATG
gi|58459                      :                 -T-A--TA-T-A-G--T-TT-----G-CAGTT---GA-C-C----TAA-T-AGAT---------------------GCG----------TT-T-A--TA-C--ATGG-T----C-A---G-T-A-AA-T-TC-CA-TGATG
gi|58460                      :                                               TT---GAGC-C----TAA-T-A--T---------------------G-G----------TT-T-A---A-C--ATGG-T----C-A---G-T---AA-T-TC-CA-T-ATG