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Reference ( gi|54640 )        :     TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G-A--A-CA---A-AGT---C-T-G---C--TT-C-G--T-----A----T-G--AA----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-TA------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-G--G-A-A--T--ACC--CAA-C-A----G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-GGTTC-TC-C---A-A-A--G-A--C-T-A-C--A---T---A-AA---T---A-----ATT---A--T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-CT-T-----CT-TC-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--TG--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A-G--A--G-T--G--G-T-T----T--C--T--G----A-----C-A-AA-A------TA----T-G-T-AT-C----T--T------G-----T---T-T--C------C-C-A--A--T--G--A-C-C--A-G-A-----A---A--C-T-----T-G-T-A--T--T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T--T--G-T-----TC-----A----A----A----AA--GCAA-T---TA-T-----C--A--A---T-T-A-T--C-T--TGAA---A-------A----AA-AGC-C-T--A-G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-C-----GT-G--AG-G-A--A-T---T---C--T---T-G-T---A-AT--A---A--G-----T---G-T--G--G---A-G--------A---A---A--T-----C-A----T--A------T--G---T---T-T-T-G-A----T--G--C--A-G----T---A--A--A---T--T--T--T------A---A----A--AA----A--T---C------T--C-----G------T-------G--------A--------A-----GT----T-----T-------T------C-------C-----TA------T----A-A-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A---G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C---A-T---C-T-G-A-T-T---G---A---CA-C---C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A-T--A------T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--TC---------T---G---AA----G--T-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T---T----A-G------TA--G----T-T---T----T--G---TT-----A-G---T-A-G---T-------A--A-G-G--A----T-----A-GA---G-G-C--T--T--G-G---------T--A-G--A-G-C-A---C----T-T-ACT-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A--T-T-T-T---TGT--T--T-G-T---A-A-G-G-A-TT--C--T-T-----A-T---G--CA--A--T-----T---T-T---G-G-A--AAT-C-C--A-G-T--A-A-A--GG----T----T--A---T----G-G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T---------------T----G----A---T--C---C----T---G----A-T-T--C-T------T-C-G---G-A-A---T-A-T-----------------------T-G--AA-A-G--T---A-T-T-C---A---A-AA--C-AG-A-A-----A--G-G--T-GA-----T---T--T---T---G-AAG--A-A---T-T-T---------C-A--T-C-T------T-----T---A-----GT-----C--A-G-A--T------T---G--C--T--A--G-G--A-G-T-A--T-A-A----G-T-A-G--G-A--T---T--C--C--------A---A---T-G---TT--GA---A-G--T------A-A-A-CCCT--A-G----------T-TC--A-T-T---TA--AAAAG-AC-A------A------G---T-A--T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TTA-C-A--A-A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T--T----G-CT-TT--A-A-T--C-----A-G-----C-T---GG--A---G-C-C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-AG-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-AC----TC-A--TT--T-A-C---C-AC--C-T---C--TG-G--C--T-T-CT-T-AA-A---GA---C-AG---AA--G--G---G-T--A---A-A-T-A-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-T----C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T-A-A--T-A--C----G--G-A--T-TTT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GATC---C-----T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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gi|55014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -C-C-C--T---T-----A-A--T-AT-CT-A-----CT-TC-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--TG--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A-G--A--G-T--G----T-T----T--C--T-------A-----C-A-AA-AA-----TA----T-G-T-AT-T----G--T------T-----T---T-T--C------C-C-A--A-----G--A-C-T--A-G-A-----A---A--A-T-----T-G-T-A--T--T---TT----G--G----G-T--G-C-------TT--T----T--T--G-T-----T------A----A----A----AA--GCAA-T---TA-T-----C--ATTA---T-T-A-T--C-T-----G---A-------A----AA-AGC-C----A-G-A--T------TT--------A-T---T----T----A----T-C-----GT-G--AG-G-G--A-TA--T---G--T---T-G-T---A-TA--A---A--G-----T---G-T--G--G-----G--------A---A---A--T-----C-A----T--A------C--G---T---T-T-T-G-A----T--G--C--A-G----T---C--A--A---T--T--T--TTA----A---A----A--AA----A--TT--C------T--CC----GACT---T-------G--------A--------A-----GT----T-----T-------T------C--------------G------T----A-A-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A---G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-CC--A-C---A-T---C-T-G-A-T-T---G---A---CA-C---C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A-T--A------T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-ACG-----T-------A-TC--T----------T---G---AA----G--T-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T---T----A-G------TA--G----T-T---T----A--G---TT-----A-G---T-A-G---T-------A--A-G-G--A----T-----A-GA---G-G-C--T--T----G---------T--A-G--A-GCC-A---C----T-T-ACT-G-G-A---A-CC-A-G--C-A-A---T-G-T-A--T-C-T-T---TGT--T--T-G-T---A-A-G-G-A-TT--C--T-T-----A---------A--A--T-----T---T-T---G-G----AAT-C-C--A-G-T--A-A-A--GT----G----T--A---T----G-G--T-----A---A--A-T---T--A-----A-A-----------------T----G----A---T--C---C----T---G----A---T--C-T------T-C-G---G-A-A---T-A-T-----------------------T-G--AA-A-G--T---A-T-T-C---A---A-AA--C-AG-A-A-----A--G-G--T-GA-----T---T--T---T---G-AAG--A-A---T-T-T---------C-A--T-C-TTAGTCAT-----T---A-----GT-----C--A-G-A--T------T---G-----T--G--G-A--A-G-T-A--A-A-A----G-T-A-G--G-A--T---T--C--C--------AG--A---T-GA--TT--GA---A-G--T------A-A-A-CCCT--A-G----------T-TC--A-T-T---TA--AAAA--AC-A------A------G---T-A--T---ATA---T--A----------G-T---A---C---T-T-TTA-C-A--A-A--C-A-AA--G-AC-C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T--T----G-CT-TT----A-T--C-----A-G-----C-T---GG--A---A-C-T--AG-TA-C----A-GA-----A---G----T-TTAT--T-C-A-T----G-T-TG-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-AC----TC-A--TT--T-A-C---C-A---C-T---C--TG-G--C--T-T-CT-T-AA-A---GA-----AG---AG--A--G---G-T--A---ATA-T-A-G--T-A-C----A----T---T--T-TT--C---C------C--GC--------C-T--A---A-A-T---C--GT--T-A-A--T-A--C----G--G-A--A-TTT---A-A-T--A---A---T-T-TGC--C---A-TA-C---TTT-T-GATC---CA----T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAgnnnnnnctttagagtatttgtgtgggcaatcagagtggtgaaatatgtatcttgtttcccaacgaccagcaacttgtactttcgggtgccgtttttgttcaaaaagcaattgtcaattatctgaaaaagcctggattttaatttatcgtgaggagttgttgtataaagtatggataaatcatacgttttgatacagtcaattttagaaaaatctcgtggcttgaaattttctataagctctttagagctttagagaatccacatctgaatgacaccacttctggaatatatggtggaacagtatctctaaagtgactctttaacagctgttagtagtttagttagtagtaaggatagaggtttggtagaatacttactggaaccagcgaggtatatttgtgtttgtaaggatttttatgcaatttcggaatccagtaaaggtatggtaattcaaatttatcctgattcttcggaatattgaaagtatttaaaacaaaaaggtgattt
gi|55010                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -----CT-TT-A--G-A------G-----TA-T--T--T-G--TG--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A-G--A--G-T--G--G-T----------------------------G-AA-A------TA----T-G-T-AT-C----T--T------G-----T---T-T--C------C-C-A--A--C--G--A-C-C--A-G-C-----A---A--C-T-----T-G-T-A--C--T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-----G-T-----TC-----A----A----A----AA--GCAA-T---TG-T-----C--A--A---T-T-A-T--C-T-----G---A-------A----AA-AGC-C-T--G-G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-C-----GT-G--AG-G-A--G-T---T---G--T---T-G-T---A-TA--A---A--G-----T---A-T--G--G---A-T--------A---A---A--T-----C-A----T--A------C--G---T---T-T-T-G-A----T--A--C--A-G----T---C--A--A---T--T--T--T------AG--A----A--AA----A--T---C------T--C-----G------T-------GGCTTG---A--------A-----AT----T-----T-------T------C-------------TA------T----A-A-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A---G------C-T--TT-----A----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C---A-T---C-T-G-A-A-T---G---A---CA-C---C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A-T--A------T-A-T--G---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--TC---------T---A---AA----G--T-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T---T----A-G------TA--G----T-T---T----A--G---TT-----A-G---T-A-G---T-------A--A-G-G--A----T-----A-GA---G-G-T--T--T--G-G---------T--A-G--A-A-T-A---C----T-T-ACT-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-AGG-T-A-T-A--T-T-T-G---TGT--T--T-G-T---A-A-G-G-A-TT--T--T-T-----A-T---G--CA--A--T-----T---T-C---G-G----AAT-C-C--A-G-T--A-A-A--GG---------T--A---T----G-G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T---------------T----T----A---T--C---C----T---G----A-T-T--C-T------T-C-G---G-A-A---T-A-T-----------------------T-G--AA-A-G--T---A-T-T-T---A---A-AA--C-AA-A-A-----A--G-G--T-GA-----T---T--T---
gi|54721                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aagcatgttcttaatacctactttagagtatgtgtgtgggcaatcagagtggtgnnnnnnT-TC-A--G-A------G-----TG---------G--TG--T----------C-A--A-T-C---A-G--AT-G-T--G--G-A-T----T--C--T--T----A-----A-A-AA-A------
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gi|55042                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -G-T-A--T--T---TT-CC-G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T--TTTG-T-----TT-----ATAAAA----A----AA--GCAA-TCTGTA-TTT---C--T--A---T-A-A-T--C-T---------A-------A----AA-AGC-C-TTAACA-A--T------TT--T---A-T-T---T----TTAATA----T-C-----GT-G--AG-G-A--A-T---C---G--T---T-G-T---G-TA--A---A--G-----T---G-T--G--G---A-G--------A---A---A--TT----C-A----T--AAACGGTT--T---T---T-T-T-G-A----T--G--C--A-G----TTCCG--A--A---T--T--T--T------G---A----A--AA----T--TTTTC------C--T-----G------T-------G--------A--------G-----AT----T-----T-------T------AGG-----T-----TA------TTCCAA-A-G-C---------T--C--T--T-TTTTA-A-G-A---G------T-T--TT-----T----------------A-----A-G-A-A-T---C-----A-C---A-G---C-TTG-A-T-T---G---AA--CA-C---C--A-C--T---TTCTC-T--G-G--A--A-T--A--------G-T--A---G---T-G--G-AG--A--C-A-G-----T-------A-TC--TC---------T---G---A-----G--A-G--A---T-T-C---T-TTTTGAAT-A----G-C-T-GG-T---T----A-G------TA--G----T-T---T----A--G---TA-----A-------A-G---T-------A--G-A-G--A----A-----A-GA---G-G-C--T--T--G-G---------T--A-G--A-T-C-A---C----T-T-ACT-G-G-A-----CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A--T-T-T-T----GT--T--T-G-T---A-AAG-G-G-TT--T--T-T-----AAT---GGCCA--G--T-----T---T-T---C-G-G--AAT-C-C--A-A-T--A-A-A--GG----T-------A---T----G-G--T-----A---G--T-T---C--A-----A-A-T---------------T----G----A---T--C---C----T---G----A-T-T--C-T------T-C-G---G-A-A---T-A-T-----------------------T-T--GA-A-G--T---G-T-T-T---A---A-AA--C-AG-A-A-----A--G-G--T-GG-----T---T--T---T---G-AAG--A-A---TCT-T---------C-A--T-C-T------T-----T---T-----GT-----G--A-A-A--T------T---G--C--T--T--A-G--A-G-T-G--T-A-A----G-T-A-G--G----T---T--C--C--------AG--A---T-G---TT--GA---A-G--TACA---A-A-A-CCCT--A-G----------T-TC--A-T-T---T---AAAAG-AC-A------A------T---T-A--TGA-A-A---T--A----------G-T-A-A---T---T-T-TTA-CAA--A-A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-T---CTTA-------A---C-T--A----G-CT-T-----A-T--C-----A-G-----C-T---GG--A---A-C-C--AG-TA-C---AA-A---------------T-T--T--T-C-A-T----G-T-AG-T-CTT-----------------------A--T---G-T-AGAC----TC-A--TT--T-ACC---C-AC--T-T---C--T--G--T--T-T-CT-T-AA-A---AA---C-AG---AG--G--GA--A-TTAA---A-A-T-A----T-A-C----G----C---AT-T-TT--C---C-C----C--G---------T-T------A-A-T------GT--G-A-A--T-A--CG---G--G-A--T-TTT---A-A-T--A---A---A-C-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-TATC---CA----T--T-C-A----A-C-AACA-G-T-GT-CAgctctttagagtttttaagaatccacatctgattgacaccacttttggaatatgtagtggaacagtatatctaaagggactctttaatagctgttagtagtttagttaaaagtaaagaaagaggcttggtagagcacttactggagacctgcgatgtatctttgtttataagggtttttatgcaatttcggaatccaataaagctatggtaattcaaatttaatcctgattcttcggaatattaaaaatatctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatctaaaacatgaaggtgattttgaagaatttcatcttttgtgaaattgcttggagtgtaagattcccagatgttgaagtaaatcctagttcatttaaaagacaattataatagtagcttttacaaacaaagacaatgtcgttactagctttatcaactggaactagttcaaagttttcatgtagtctatgtaactcatttaccacttctggcttcttaaacagagggatgaatagtacgcatttcgtgaatacggaattttgacaaattccgaatagttttgatccattcagacaaagtgtcaag
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G--A--A-C-A---A-A-T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--A-A----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-T-A------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-C--G-G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T--G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A--T---T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--C-N--A---T-T-A-T-C-T-G--G----A-A-A-A--A-G-C-C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-AG-G--A-------A--T----C---G-T---T---G--T--A-NN--A-A---G-----TG-T--G--G---A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A---T--T--T--T------A---A----A--AA----A--T---C------T--C-----G------T-------G--------A----------A-----GT----T-----T-------T--------C-------C---TA------N-A---A-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A---G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C-A-T---C-T-G-A-T-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G--N-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--G----T------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G---T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--AG-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--CT-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT----T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T--T---T--CGG--A--AAT-C-C--A-G-T--A-A--A--GGT----T--A---T----G----G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G-G---A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--TG-A-----T---T--T---T---G-AA-G--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N-AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A-G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACCC-T--A-G----------T-T-C--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A--A---N------T-A------T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-----C-T---GG--AA-C--C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-TAAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G--A--A-C-A---A-A-T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--A-A----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-T-A------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-C--G-G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T--G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A--T---T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--CN--A--T-N--A-T--C-T-G--G----A-A-A-A--A-G-C-C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-A-G-G--A-A--T----C--G---T---T--G--T--A--T---A-A--A---G--TG-T--G--G---A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A--T---T--T--T------A---A----A--AA----A--T---C------T--C-----G------T--------G--------A----------A-----GT----T-------T-------T--------C-------CTA---A------AA-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C-A-T---C-T-G-A-T-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G--N-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--G----T------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G---T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--AG-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--CT-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT----T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T--T---T--CGG--A--AAT-C-C--A-G-T--A-A--A--GGT----T--A---T----G----G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G-G---A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--TG-A-----T---T--T---T---G-AA-G--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N-AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A-G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACCC-T--A-G----------T-T-C--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A--A---N------T-A------T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-----C-T---GG--AA-C--C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-TAAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G--A--A-C-A---A-A-T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--A-A----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-T-A------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-C--G-G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T--G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A--T---T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--CN--A--T-N--A-T--C-T-G--G----A-A-A-A--A--G-C-C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-A-G-G--A-A--T----C--G---T---T--G--T--A--T---A-A--A---G--TG-T--G--G---A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A---T--T--T--T------A---A----A--AAA--T---C---T-C-----G---T-------G-----A-----T---------A------G-T----T-------T---T-----C------CTA---A------AA-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C-A-T---C-T-G-A-T---T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G-N--G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--G----T------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G---T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--A-G-C-A---C----T---T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--CT-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT----T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T--T---T--CGG--A--AAT-C-C--A-G-T--A-A--A--GGT----T--A---T----G----G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G-G---A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--TG-A-----T-T--T---T---G-AA-G--A-A----T-T-T---------C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N-AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A-G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACCC-T--A-G----------T-T-C--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A--A---N------T-A------T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-----C-T---GG--AA-C--C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-TAAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G--A--A-C-A---A-A-T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--AA----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-TA------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-CG--G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T--G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A--T---T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--CN--A--T-N--A-T--C-T-G--G----A-A-A-A--A--G-C-C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-A-G-G--A-A--T----C--G---T---T--G--T--A--T---A-A--A---G--TG-T--G--G---A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A---T--T--T--T------A---A----A--AAA--T---C---T-C------G-T---G--A---T--T--T------A-A-GT----T------T---T-C-CTA---A------AA-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C-A-T---C-T-G-A-T-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G--N-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--G----T------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G---T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--AG-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--CT-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT----T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T--T---T--CGG--A--AAT-C-C--A-G-T--A-A--A--GGT----T--A---T----G----G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G-G---A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--TG-A-----T---T--T---T---G-AA-G--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N-AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A-G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACCC-T--A-G----------T-T-C--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A--A---N------T-A------T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-----C-T---GG--AA-C--C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-TAAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----GT------TT-T--CT---G--A--A-C-A---A-A-T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--AA----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-TA------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-CG--G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T--G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A--T---T---TT-C--G--G----G-T--G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--CN--A--T-N--A-T--C-T-G--G----A-A-A-A--A--G-C-C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-A-G-G--A-A--T----C--G---T---T--G--T--A--T---A-A--A---G--TG-T--G--G---A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A---T--T--T--T------A---A----A--AAA--T---C---T-C------G-T---G--A---T--T--T------A-A-GT----T------T---T-C-CTA---A------AA-G-C---------T--C--T--T-T-----A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C-A-T---C-T-G-A-T-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G--N-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--G----T------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G---T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--AG-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--CT-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT----T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T--T---T--CGG--A--AAT-C-C--A-G-T--A-A--A--GGT----T--A---T----G----G--T-----A---A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G-G---A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--TG-A-----T---T--T---T---G-AA-G--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N-AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A-G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACCC-T--A-G----------T-T-C--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A--A---N------T-A------T---A-A---T--A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-----C-T---GG--AA-C--C--AG-TA-C---AA-AA-----A---G----T-T--T--T-C-A-T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-TAAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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Reference ( family-46 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTTGT-TTT--T--A--T--CC--C---GT--A-A--CA----G-T-------TT-CT----G-A------A-C----A---A-A--T--T-C-T-G---C--TT-C-GT-----A----T-G--AA----T-A--T----A----A--A----A-------A--T-A-A---GT--C-T--G--CC--A-A-T-A------A----G--G---G-G--C--A-C---A-A---T--T-A-G-T-G-CC---C-A--T----A-GG-A-A--T----A-C-C-A--A-C--G-G-A-T-T-G-T---TGGA--A---G--A--C---A-T-G-GT--C-T-C-C---A-A-A-G-A--C-T-A-C--A---T---A------A-A---T---A--T--T---A-----T--C--T-A--T---A-A-G--AA-A---C--CC--A-A---G-C-A-T--G-C-T-C--T---T-----A-A--T-AT-C--T-----A-C-T-T-C-A--G-A------G-----TA-C--T--T-G--T-G--T----G-G-G-C-A--A-T-C---A--G-A--G-T--G--GT-T----T--C--T--A----A-----C-A-AA-A------TA----T-G-T-AT-C----T--T---G------T---T-T--C------C-C---A--AC--G-A-C-C--A-G-A-A---A-C-T-----C-G-T-A---T--T---TT-C--G--G----G--T-G-C-C-GT--TT--T----T-T--G-T-----TC-----A----A----A----A--AGCAA-T---TA-----T--C-N--A--T-N--A-T--C--T---G-----A---A--A---A---A--G--C--C-T--A--------G-A--T------TT--T---A-A-T---T----T----A----T-----C---GT-G-A-G-G--A-A--T----C--G---T---T--G--T--A--T---A-A--A---G--TG-T--G--G--A-G--------A---A---A--T---C-A-T--A--C--G----T---T---T-T--G--A----T--G--C--A-G---T--C---A--A---T--T--T--T-----A---A------A--AAA--T---C---T-C------G---T-G--A---T--T--T------A-A-G--------T----T-T---T--CC--A---A------AAG-C---------T--C--T--T-T------A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------G-----A-G-A-A-T---C-C---A-C---A-T---C-T-G-AT-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---C-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TC--T-C---------T---G---AA----G--N-G--A---C-T-C---T-TT---AAC-A----G-C-T-G--T------------T----A----G-T--A--GT------------T--T--A---GTT-----A-G---NA-G----T-------A--A--G-G--A----N-----A----G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--A-G-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-A-G--C-G-A---T-G-T-A-T--C-T-T---T-G-T--T--T-G-T---A-A-G-G-G-TT--T--T-T-----A-T-G--C--A-A---T-T---T--C---GG---A-A--T-C-C-A--G-T--A-A--A--G-G-T----A--T-----G----G--T-----A-----A--T-T---C--A-----A-A-T--T----G----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G---G-A---A--T-A-T-----------------------TG--AA-A-G--T---AT-T----T---A---A-AA--C-AG-A-A-A-----G-G--T-GA-----T---T--T---T---G-AAG--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T-NG--T-----N--AG-A--T-T---G--C--T--T-------G---G--A--G-T-A--T-A-A----G-TA-G--G-A-T-T-CC-C--A------G--A-T-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ACC-C-T--A-G----------T-TC--A--T-T------T--A-A-AA--G-A---C---A------A---NT-A------T---A-A--T---A----------G-T-G-A---C---T-T-TT-A-C-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-T-G---TT---------A---C-T---T----GC-T-T-T---A--T--C-----A-G-C-T---GG--AA-C--C--AG--T-A-C-----A--A--A-G-------T-T--T-T---------C-A--T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T-G-G--C--T-T-CT-T-AAA---GA-C-AG---AAGG-A---T---A--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C---C-C--C--G---------C-T--A---A-A-T---G--GT--T--A-A--T-A-C---G--G-G-A-T-T-TT---A-A-T--A---A---T-T-T-C--CG-AA-TA-CT--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG
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gi|55084                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            agaaattcgttatttctggtgcc-G--------T----T-T---TATCC--A---A------AAG-C---------T--C--T--T-T------A-G-A-G------T-T--TT-----T----------------A-----A-G-A-A-T---C-C---A-CT--A-T---C-T-G-AT-T---G---A-C-A-C-C--A-C--T---T---T-T--G-G--A--A------T--A--T-G-T--A---G---T-G--G-A---A--C-A-G-----T-------A-TA--T-CT--------T---A---AA----G--G-G--A---C-T-C---T-TT---AAT-A----G-C-T-G--T------------T----A----GAT--A--GT------------T--T--A---GTT-----A-A---AA-G----T-------A--A--A-G--A----A-----AG---G-A--G-G---C--T--T--G-G---------T--A-G--A-G-C-A---C----T-T-AC-T-G-G-A---A-CC-T-G--CGG-A---T-G-T-A-T--C-T-T---T-G-T--T--T-A-T---A-A-G-G-G-TT--T--T-T-----A-T-G--C--A-A-----T---T--C---GG---A-A----C-C-A--A-T--A-A--A------T----A--T-----G----G--T-----A-----A--T-T---C--A-----A-A-T--T----A----A---T--C---C---T---G----A-T-T--C-TT-C-G---G-A---A--T-A-T-----------------------TAT-AA-A-A--T---AT-C----T-------A-AA--C-TG-A-A-G-----G-A--T--------T---T--T---T---GAAAG--A-A----T-T---------T--C-A--T-C-T------T-----T--G--T-----G--AA-A--T-T---G--C--T--A-------T---G--A--G-T-------------G-TA-A--G-A-T-T-CC-C--A------G--ATT-G---TT--G-A---AG--T---A-A-ATC-C-T--A-G----------T-TC--A----T------T--A-A-AA--G-A---C---A------A---TT-A------T---A-A--T---A----------G-T-A-G---C---T-T-TT-ACC-A--A--A--C-A-AA--G-A--C--A--A-T-G-T-C-G---TT---------A---C-T---A----GCTT-T-T---A--T--C-----A-A-C-T---GG--AA-C--T--AG--T-T-C-----A--A--A-GT------T-T--T-T---------C-A--T----G-T-A-G-T-C-T-----------------------A--T---G-T-A-A-C----TC-A--TT--TA--C---C-AC-T-T---C--T---G--C--T-T-CT-----A---AA-C-AG---AGGG-A---T---G--A-A-TA-G--T-A-C----G----C---A--T-TT--C-----------------------------------------GT--G--A-A--T-A-C---G--G-A-A-T-T-TT---G-A-CA-A---A---A-T-T-C--CG-AA-TA--G--TTT-T-GA-T---C-CA-T--T-C-A-G--A-C-AA-A-G-T-GT-CAAG