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lowQualScore                  :         1      8    8   8     888 7 7  5 11111111 7777 000   7 7 0    6 8   3 3  7        3  3 77777  88  9999999999   444444444   333 3 2222222 00000 88 333 3 0000000000000000000000000000  7 000  4 9  66666  0 6666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 44 0000   999 111 4 4 666666  4 4 4 9  9   5555 00    4      4 5    0 00  00        
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Reference ( gi|75259 )        : GGATGATTGATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---A-A-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T-TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-----AT--GC--------T-ACG-G-------CAA---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-CA-----AT-G----T----------A--------------ATA---T-C-------------------------A-T--A----TTT---TT--A-C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
gi|75261                      : GGATGATTGATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---A-A-CA-C------T-A----TCATGAC-G-T-AATA-T-TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-----AT--GC--------C-ACA-C-------CAA---G-C-------G-----C--A---G-G--------------A-------------TA-T---TT-T-CA-----AC-A----T----------A--------------AAA---T-C-------------------------A-T--A----TTT---TC--A-C-A----A-GA-A-T-T-AT-CTG----C--TCTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
gi|75260                      : GGATGATTAATAGTAACGTC-ACG-TGATA---A-A-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATAAT-TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-----AT--GCG-------T-ACG-C-------CAA---G-C-------G-----T--A---A-G--------------C-------------TA-T---TT-T-CA-----AT-G----T----------A--------------AAA---T-C-------------------------A-T--A----TTT---TC--A-C-A----A-GCAA-T-T-AT-CTG----C--CTTCAAAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
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gi|75268                      : GGATGATTAATAGTA-TGTC-ACA-TGATA---A-A-CA-C------T-A----T---GAC-G-C-AATA-
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gi|75276                      :  GATGATTGATAGTA-CGTC-A-A-TGACG---T---CA----------A----T---GAC-G-T-AATA-T-TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-----AT--GC--------C-ACG-G-------CAA---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-CA-----AT-G----T----------A--------------AAA---T-CAGTAAACTTTGGTTAAATTAA----A-T--A----TTT---TC--A-C-A----T-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAC-A--TA--TTGAAAGA
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gi|75278                      :    TGATAAATAGTA-TGTC-ACG-TGATA---A-A-CA-C------T-A----T---AAC-GCT-AATA-TCTTG-A-CT-GTGACGTC-AC-A-----AT--GC--------C-ACG-C-------CAA---G-C-------T-----C--AA--G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-CA-----ATTG----T----------A--------------AAA---T-C-------------------------A-TG-A----TTT---TC--A-C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TCTT-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
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Reference ( family-456 )      : GGATGATTAATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---AA-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
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Reference ( family-456 )      : GGATGATTAATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---AA-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
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gi|75280                      :         AATAG-A-CGTC-ACG-TGATA---AA-CAGC------T-A----T---GA--G-TGAATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-A--A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------CT------------TA-T---TT-T-C-A-----A---------A-------C-A---------A---T-----------T---------------------A-----------------------------------------------A--A-A----A--------T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
gi|75281                      :             GTA-CGCC-ATG-----A---AA-TA-C-----------------G---G-T-AATA-T---TTGGA-TT-GTGACGTC-ACAA-ATTAGC-C----A-CG--CCA--ACATG-C-------GC----C--A---GCG--------------C-------------TA-T---TTAT-C-A-----ATGG----T-A-------ACA---------ACT-T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---TATT--T-CAA--C-A----ACGC-ATT-T-ATACTGAACTC--TCTC-AAATTC-T-GCATAA--TA--ATTAAAGA
gi|75282                      :                             TA---AA-CATC------T-GGTATT---GAG-T-T-AATA-T---GTG-A-TT-GTGA-GTC-AC-A-AT--GC-TCCTGATCGTTCCA--T---G-ATTGTGTAG-----C--A---G-G--------------C-------------TAATG--TT-T-C-AGGCGAAT-GGTTTT-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------TGT-----A---T-TTG-T-C-A--CGA----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC--AATTC-TGGCAT-ATTTA--TTA
gi|75283                      :                                                            C-G-T-GTTA-A---TTG-A-TT-GTGATGTC-AC-A-AT--GC-C----A-TG--CCA--A---A-C-------G-----
gi|75284                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGAC-TC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---GCC-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTCTT-GCAC-A--TA--TTAAAAGA
gi|75285                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----CGCA---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------AT--T-TT--T-C-A--C------A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTCTT-GCAC-A--TA--TTAAAAGA
gi|75286                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------GGAGGAC--ATTTG-G--------------CGAATTCCATTTAATA-T---TT-A-C-A-----AT-G----T-A-------C-A---------A---TGAGTAAAGTAAC---------------------A-------------------------TTGGTTGAA---TATT--TTC-A--C-A----T-GC-A-T-T-GA-TTG----C--TTTT-AAATTC-T-GCAT-A--TA--
gi|75287                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---A-C-------GGAGGAC--ATTTG-G--------------CGAATCCATT----TA-T---TT-G-C-A-----AT-G----T-AC------A-ATGAGTAAACA---T-----------CGGTTAA---------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----T-GC-A-T-CGAT-C-G----C--TTTT-TAATTC-T-GCAT--------TTATAAGA
gi|75288                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---A-C-------G--------A---G-GACATTTGGCGAATTC-------------CA-TTTATT-T-C-A-----AT-G----T-ACATGAGTA-A---------A---TATTGGTTA---A---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----T-GC-A-T-TGAT-C-G----C--TTAA-AATTTT-T-GCATAA--TA--TTAGA
gi|75289                      :                                                                     A-T---TTG-A-TT-GTGAGGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---A-C-------G-----G--G---G-G--------------A-------------CA-T---T
gi|75290                      :                                                                     A-T---TTG-AGTT-GTGAAGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CGC-CCA--A---A-C-------G-----G--A---G-A--------------C--------------A-T---TT-T-
gi|75291                      :                                                                            TG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---A-C-------G-----G--A---G-G--------------A-------------CA-T---TT-
gi|75292                      :                                                                                            -AT-A-AT--GC-CC---A-CG--CCA--A---G-C-------GG----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----TAA-------A-A---------A---T-----------C---------------------AG------------------------T-------AAACT-TG--T-T-A--A-G----A-TC-A-A-T-AT-----------TTTT-AAA-------CAT-G--CA--TTAAA
gi|75293                      :                                                                                                                 G--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-TTC-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------A---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-T-A--C-A----A-GC-A-G-T-AT-CTG----C--TTTC-GAATTC-T-GCAT-A--TA--TTTAAAGA
gi|75294                      :                                                                                                                                                                                                -A-----AT-G----T-A-------G-A---------AATAT-----------C---------------------A-------------------------T-----------T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG-------TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAAA
gi|75295                      :                                                                                                                                                                                                        T-A----T-A-------G-A---------C---T-----------C---------------------A---------------------------------A---T-TT--T-A-A--C-A----A-GC-A-T-A-A--CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAA


blockSeqs                     :                A    A   C     TTT  C  CTCACTT  C GTAT CAT   A C T    A AAG   G G  T        A  A C  TA  G CCTG T  TT   CG CAT C TTGTGTA GAGGA GC TTT C ACATTTGGCGAATTC               T TTA  A C G GGCGA  T GTTT A CATGAGT C TGAGTAAAC ATA CAGTAAGTAAACTTGGGTTAGATTATATA                                           A  GG T A GT G TTTT C  A T G G  C   AACT AG    A      T G    A TT  TT
blockSeqs                     :                .    .   .     G    .  CC       . .    .     . . A    A AG    . .  C        .  . .  G   . C    .  C    .  .   . .       GAGGA .  TTT . CGAATTCCATTTAA                A G    . T . .      G A    A CC      . .         CT  CAGTAAACGTGGGTTGGATTAAATA                                               A  G  . . G  . .    .  . . . G  A   C    .     .      T .    A .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  GC       . .    .     . . G    . A     . .  .        .  . .  G   . .    .  .    .  .   . .       C     .  G   . CGAATCCATT                    . G    . . . .      . .    . C       . .         .   CAGTAAACTTTGGTTAAATTAAATA                                               .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      T .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  TC       . .    .     . . .    . C     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       G     .  A   . TACC                          . .    . . . .      . .    . .       . .         .   GAGTAAAGTAACATTGGTTGAA                                                  .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . CT                            . .    . . . .      . .    . .       . .         .   ATTGGTTAAATA                                                            .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CGGTTAAATA                                                              .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . A                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CAGTAAAC                                                                .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CAGTAAAC                                                                .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATAAAG                                                                 .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATGTA                                                                  .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  T        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   GCGCA                                                                   .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATGA                                                                   .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATAT                                                                   .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  T        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  C        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                .    .   .     .    .  .        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                               .    .  .        . .    .     . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   AATA                                                                    .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                                                             . . .    . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CAT                                                                     .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . A                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CAA                                                                     .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   CA                                                                      .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . A                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   TA                                                                      .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .      . .    . .   . 
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    . . . .      . .    . .       . .         .   .                                                                       .  .  . . .  . .    .  . . . .  .   .    .     .                     
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . C                             . .    .            . .    . .       . .         .                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .     .  .   . .                             . .                                                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                      . .     . .  .        .  . .  .   . .    .  .    .  .   . .       .                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                              . .  .        .  . .  .   . .    .  .                                                                                                                                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                  .                                                                                                                                                                                                                                                                    


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GGATGATTAATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---AA-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
finalCons                     : GGATGATTAATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---AA-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA





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lowQualScore                  :                .    .   .     ...  .  ........ . .... ...   . . .    . ...   . .  .        .  . .  ..  . .... .  ..   .. ... . ....... ..... .. ... . ............................  . ...  . . . .....  . .... . ....... . ......... ... ....................................................................... .  .. . . .. . .... .  . . . .  .   .... ..    .      . .    . ..  ..        
lowQualScore                  :                7    7   7     666  7  33333333 7 5555 999   6 6 8    5 444   2 2  4        2  2 2  11  2 8888 2  88   77 222 2 1111111 88888 88 111 3 6666666666666666666666666666  6 888  3 8 4 44444  7 2222 7 5555555 3 333333333 222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8  33 4 4 33 4 9999 4  4 4 4 8  8   3333 99    4      3 4    9 00  00        
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Reference ( family-456 )      : GGATGATTAATAGTA-CGTC-ACG-TGATA---AA-CA-C------T-A----T---GAC-G-T-AATA-T---TTG-A-TT-GTGACGTC-AC-A-AT--GC-C----A-CG--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-T-C-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------C---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAGA
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gi|75293                      :                                                                                                                 G--CCA--A---G-C-------G-----C--A---G-G--------------C-------------TA-T---TT-TTC-A-----AT-G----T-A-------A-A---------A---T-----------A---------------------A-------------------------T-------A---T-TT--T-T-A--C-A----A-GC-A-G-T-AT-CTG----C--TTTC-GAATTC-T-GCAT-A--TA--TTTAAAGA
gi|75294                      :                                                                                                                                                                                                -A-----AT-G----T-A-------G-A---------AATAT-----------C---------------------A-------------------------T-----------T-TT--T-C-A--C-A----A-GC-A-T-T-AT-CTG-------TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAAAA
gi|75295                      :                                                                                                                                                                                                        T-A----T-A-------G-A---------C---T-----------C---------------------A---------------------------------A---T-TT--T-A-A--C-A----A-GC-A-T-A-A--CTG----C--TTTC-AAATTC-T-GCAT-A--TA--TTAAAA