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Reference ( gi|105212 ) : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT----GTC-G-CT-C-----T--ATA-TA--T-GT-T-CTTTTAAT--G---AATA-T-A-CA-A-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-AA-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
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gi|105222 : GGTG-GAC-A--C-TTATA-TCCC-GAG--GATACTT----GTC-G-CT-T-----G--ATA-TA--T-GT-T-C-TTCAAT--G---AATA-T-A-CG-A-------A-AC-AAA-GATA---A-T-A--T-A------TT--
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gi|105236 : -G-CT-C-----G--ATA-TG--T-GT-T-CTTCCA-T--G---AATA-T-A-CA-A-------A--TAACG-AATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---
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gi|105240 : -------A-ATAAC--GATA---C-T-A--T-A------CT--G--A----------CGGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TTT-AA-ATCGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105241 : -A--T-C------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-----AAGG--TGCCAGTC-TGTTGAG-T-CT-A-TTAG
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Reference ( family-455 ) : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
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gi|105233 : -A--T-TTG-G-TCCGCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-G-C----CA-AAT--ACGCGGTA-T-A-G-AG-------A-AGAACA-AAAA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-C-TAT-A-A-AAAGGTTTGCCAC
gi|105234 : -TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-G-C---TAT-TAT--G---AGTA-T-A---GAGAAGGACA-ATAAAG-G--A---C-T-A--TGA------TTACG--A----------TTAACA--C-G-TT--G---
gi|105235 : -G-CT-C-GA-T---A---TG--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AATA-T-A-C--A-------A-ATAACG-AATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---
gi|105236 : -G-CT-C-GA-T---A---TG--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AATA-T-A-C--A-------A-ATAACG-AATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---
gi|105237 : -GA-T---A---AA--T---GAT-T-C---ATT-AAT--G---A-TA-T-A-C-GA-------A-ATAAA--GATA---C-T-A--T-A------C---GAAG----------CTGACA--C-GGTC--GACTC---CCGGA-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGCGGAG-TAAT-A-TAAG
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Reference ( family-455 ) : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
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finalCons : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTTA-AT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
Alignments
lowQualScore : 1 1 5555 5 1 1 44 1 1 44 1 1 1 222 666 33 222 1 3 1 444 666 22 222 2 1 5555 9999999 1 66 222 7777777 11 2 333333 11 33 7777777777 22 1 2 22 333 555 11 1 2 111 1 33 1 333 1 1
lowQualScore : . . .... . . . .. . . .. . . . ... ... .. ... . . . ... ... .. ... . . .... ....... . .. ... ....... .. . ...... .. .. .......... .. . . .. ... ... .. . . ... . .. . ... . .
lowQualScore : 9 8 9999 1 7 2 11 7 6 44 6 5 5 666 777 55 666 5 0 5 111 111 00 666 9 4 8888 3333333 4 22 555 8888888 88 7 777777 88 22 7777777777 99 1 2 66 111 111 77 2 5 333 2 11 4 666 4 4
consensus : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
Reference ( family-455 ) : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105212 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-TA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTTTAAT--G---AATA-T-A-C-AA-------A-ATAAAA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105213 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-A-CT-C-GA-T---G---CA--T---G-T-T-A---TTT-AAT--A---AATA-T-A-C-GA-------A-AT-AAA-GATA---A-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CA--A-G-TTT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105214 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATAGTT-GTC-C-CT-C-GA-T---A---CAT-T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-AT-AAA-GATA---A-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TTT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CG-A-
gi|105215 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAG--GATAGTT-GTC---CT-C-GA-T---A---CATTT---G-T-T-C---TTT-AA---G---AATA-T-A-C-GA-------A-AT-AAA-GATA---TAT-ATTT-A------CT--G--G----------C-GACACGC-G-TC--G---C---CC--A-G-T-T-T-A-AAAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CG-A-TAAG
gi|105216 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-T-CCCGAG--GATACTT-GTC-G-GTGC-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-TAA-C-GA-------A-ATAAAG-GAT----C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGAC---C-G-TC--C---C---CC--A-GCTAA-A-A-ACAAG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105217 : GGTG-GAC-A--C-TTGTG-TCCCCGAGAAGATACTT-GTC-G--T-C-GA-T---AT--TA--T---G-T-T-C---TTT-AGA--G---CATA-T---C-GA-------A-ATAATG-ATTA---T-T-A--T-A------CT--G--G----------GTGACA--C-G-TTCAG---C---CC--T-G-TAT-T-A-AAAGGT-TGTCACTCTTATGGAG-C-AA-A-TAA
gi|105218 : GGTG-GACCA--CCTTGTG-TCCCCGAG--GCTACTT-GTCAG-TT-C-GA-T---A---TA--T---G-TAT-CT--TTT-AAT--G---AAAT-T-A-C-GA-------A-CCTAAA-GATA---T-TAA--T-A------CT--G--G----------CTGACAG-CGG-TCA-G---C---CC--A-G--AT-ATA-AAAGG--TGCC-CTC-TGTGGAG-C-AT-A-TAA
gi|105219 : GGTG-GAC-A--A-TT-TG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-A-C---CAT-TAT--G---AGTAGT-A-T-AA-------G-A-GAAG-GACAAAAC-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TATAA-A-AAAAG--TACCACTC-TGTTGGG-T-CT-A-TCAG
gi|105220 : GGTGCGAC----T-TTGTGCTCCCCGAG--GATACTT-TCC-G-CT-CCGA-CCTAA---TA--T---G-T-T-C---TTT-GAT--G---AATAAT-AAC-GA-------A-ATAAA--GATA---CAT-A--T-AACTAGGCT--G--GGGAAAAAACCCCGAAA--C-G-TC--G---C---CC--AAG-TAT-A-A-GAAGG--TGTCACTC-TGTGGA--C-CTAA-TAAG
gi|105221 : GGTG-GAC-A--A-TT-TG-TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-G-C---C---AATACG---AGTA-T-A-G-AG-------A-AGAACA-AA-A---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-C-TAT-A-A-AAAGG--TGCCACT
gi|105222 : GGTG-GAC-A--C-TTATA-TCCC-GAG--GATACTT-GTC-G-CT-T-GA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTC-AAT--G---AATA-T-A-C-GA-------A-AC-AAA-GATA---A-T-A--T-A------TT--
gi|105223 : GGTG-GAC-A--A-TT-TG-TCCCAGAG--AATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--TATAG-C-A-C---TAT-GAG--T---AGTA-T-A-G-AG-------A-AGAACA-AATA-----T-A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-C-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-AAAGT--TGCCACTC-TGTTGGG-T-CT-A-TCAG
gi|105224 : GGTG-GAC-AA-C-TTGT---CCCCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-T-GG-T---A---TA--T---A-TGT-C---ATC-A-T--G---TGTA-T-A-CAGA-------A-AGAAAACAAAA---C-T-A--T-A------CT--G--T----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CT--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGCCA
gi|105225 : GGTG-GAC-AAAT-TTGT----CCCGAG--GATACTTTGTC-G--T-C-GT-T---ACATTA--T---G-C-C-A---TT---AT--G---AGTG-T-A-CAGA-------A-GCAAAA-CATA---G---A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---CG--CC--C-A-TAT-A-ATAATGG--TGCCACTC-TGTTGAG-T-CT-A-
gi|105226 : GGTG-GAC-A--A-TT-TG-CCCCTGAG--GATACTT-GTC-GTTT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-A-CCGATTT--AT--G----TTA-T-A-C-GAGAAGGACA-AACAAA-GA-------T-A--T-A------CT--G--G-----------TGGCA--C-G-TC--G---C---TC--A-GTTAT-A-A-A
gi|105227 : GGTG-GAC-A--T----TG-TCCCTGAA--------------G-CT-C-GA-T---A---TG--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AATA-C-A-C-AA-------A-AT-AAC-GATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---C
gi|105228 : GTG-GAC-A--A-GTTTG-TCCC-GAG--GATACTT-GTC-G--T-C-GT-T---ACACTA--T---A-G-C-C---ATT--AT--G----ATG-T-AGC-AG-------A-ACAAAA-CATA-----G-G--T-A------CT--G--G----------C-GTCA--C-G-TC--G-------CC--A-G--AT-----TAAGG--TGCCACTC-TGTTGAG-T-TT-T-TAGG
gi|105229 : TG-GAC-A--C-TTGTG-TCC--GAG--GATACTT-GTC-G-CT-C-TA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G----ATA-T-A-C--A-------A-AT--AA-GATA---C-T-A--T-A------CT--G--G-----------TGAC--------C--G---T---GC--A-G-TAT-A-A-AAAGG--TGT-ACTC-TGTGGAG---CT-A-TAGG
gi|105230 : TG-GAC----C-TTGTG-TCCC--AGT-GA-ACTT-GT--G-CT-C-TA-T---A---TA--T---G-T-T-C---TTT-AAT--G---AATA-T-A-C-AA-------A-AT-AAA-GATA---C-T-A--TAA------CT--G--G----------CTGACC--C-G-TC--GC--C---CC--A-G-TAT---A-TAAGG--TGTCAGTC-TGTGA-----CT-A-TAAG
gi|105231 : TA-GAC-A--A-TT-TG-TCC----A--GATACTT---C-T-TC-C-GAAC---A---TA--T---G-C-C-A---TT---AT--G---AG-A-C-A-G-AA-------A-GCAAAA-CATA---G-A-G--A-A------CT--T--G----------CTG-CA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-TAA-----GTCACTC---TGGA--T-CT-A-TAA
gi|105232 : -GAC-A--C-TCA-G-TCCTCGAG--GGTACTT-GTC-G-CC-C-GA-T---C---TA--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AACA-T-A-C-
gi|105233 : -A--T-TTG-G-TCCGCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-G-C----CA-AAT--ACGCGGTA-T-A-G-AG-------A-AGAACA-AAAA---C-T-A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-C-TAT-A-A-AAAGGTTTGCCAC
gi|105234 : -TCCCCGAG--GATACTT-GTC-G-TT-C-GG-T---A---TA--T---A-T-G-C---TAT-TAT--G---AGTA-T-A---GAGAAGGACA-ATAAAG-G--A---C-T-A--TGA------TTACG--A----------TTAACA--C-G-TT--G---
gi|105235 : -G-CT-C-GA-T---A---TG--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AATA-T-A-C--A-------A-ATAACG-AATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---
gi|105236 : -G-CT-C-GA-T---A---TG--T---G-T-T-C---TTC-CAT--G---AATA-T-A-C--A-------A-ATAACG-AATG---C-A-A--T-A------CT--G--G----------CTGATA--T-G-TC--G---C---
gi|105237 : -GA-T---A---AA--T---GAT-T-C---ATT-AAT--G---A-TA-T-A-C-GA-------A-ATAAA--GATA---C-T-A--T-A------C---GAAG----------CTGACA--C-GGTC--GACTC---CCGGA-G-TAT-A-A-AAAGG--TGTCACTC-TGCGGAG-TAAT-A-TAAG
gi|105238 : A-T---A---TA--T---A-C-TAC---T----AT--G---AGTA-C-A------------A-AGAAAA--ATA---A-C-A--T-A------CA--G--ATA--------CTGGCA--C-G-TG--A---C---TC--A-G-TAT-C-A-AAAGA--CGTCACTC-TGTTGAG-T-CT-A-TTAG
gi|105239 : ATA-T-A-C-AA-------AGATAGAG------------A--T-A------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-TAAGG--TGACACTC-TGTTGAG-T-CT-ATTAAG
gi|105240 : -------A-ATAAC--GATA---C-T-A--T-A------CT--G--A----------CGGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TTT-A-A-ATCGG--TGTCACTC-TGTGGAG-C-CT-A-TAAG
gi|105241 : -A--T-C------CT--G--G----------CTGGCA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT------AAGG--TGCCAGTC-TGTTGAG-T-CT-A-TTAG
gi|105242 : aagaagaataacatagag-A--T-A------CT--GC-G----------CTGGCA--C-GCTC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-TAA-G--TGCCACTC-TGTTGAGTT-CT-A-TTAG
gi|105243 : aaacatagag------CT--G--G----------TTGACA--A-G-TC--G---C---TC--A-G-TAT-A-A-ATAGG--TGTCACTC-TGTGGAG-A-CT-A-TCAG
gi|105244 : TGACA--C-G-TC--G---C---CC--A-G-TAT-T-A-AAATA--AGTCACTC-TGAGGAG-C-CT-A-TGAG
gi|105245 : ACA--T-G-TC-----------T--G-G-TAT-A-A-AAAGG--CATCACTC-TGTGGAG-G-CT-A-TGAG
gi|105246 : --C-G-CC--G---T---CC--A-G-TAT-A-A-AACGG--TGTCATTC-TGTGGAG-C-CT-A-CAAG
gi|105247 : -G-TC--G---CACTCC--A-G-TAT-A-A-AACGG--TGTCATTC-TGTGGAG-C-CT-A-CAAG
gi|105248 : -G-TC--G---CACTCC--A-G-TAT-A-A-AACGG--TGTCATTC-TGTGGAG-C-CT-A-CAAG
gi|105249 : -TC--G---C---CC--A-G-TAT-A-A-TAAGG--TGCCACTG-TGTTGAG-T-CT-A-TTAG