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lowQualScore                  :       1   1        1    3 2  666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3  5555555555  9999 11 6666666 1 11  7777777777   2 2    2 22222     1  66 1  44 1   22 33333 1 666 22 44444    1 11111 5   2  1   44   1 2222 22  11 000 33 99999   1 1  66666666666666666666666666666  22 22222  1         5 3  333 1   7777 2  2 22      33       
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lowQualScore                  :       3   3        2    6 4  555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5  3333333333  4444 66 0000000 9 66  9999999999   3 3    3 99999     1  11 2  00 2   88 00000 2 888 88 11111    2 22222 9   4  2   00   2 5555 88  66 888 77 00000   8 7  33333333333333333333333333333  33 22222  7         5 6  222 9   5555 0  1 99      11       
consensus                     : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTN---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GN--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CCC-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-NA-NT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA-TA------TA------C-C-----N------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
Reference ( gi|76094 )        : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTG---G----TAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GA--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTG-G-AA--A-ATC--C-----A-AC--A--T-----GGCG-G-GA-AT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA-TA------TA------C-C-----T------AA--A--C--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--A-A-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76095                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTG---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----A-----A---GA--T-CA--T---T---AC----A---------------TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTC-G-AA--A-ATC--C-----A-AC--A--T-----GGCG-G-GA-AT-GGC-GA-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTGTG-TA------TA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76096                      : AAAAGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTG---G----TAT-A-G-TGGT--AG-------------------------T----T-----T-----A---GA--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-T-GTGG-A-----CCCAA-CTC-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GACG-G-GA-AT-GGC-GG-CCA---TT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA-TA------TA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-AT---T-TTT--A-A-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76098                      : AAAAGT-GAT-AAA-GCAT-GAAA-T-GTG--------CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GA--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T---C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTC-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-GA-AA-GGC-GG-CCA--TTT-T----GAAAA--A---A--AA----GCGTA-TA------CA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTCAA-TA-----TTT--G-A-TG-G--TTTAAA--GTGATTT
gi|76099                      : AAAGGT-GATGAAAAGCAT-GAAAAT-TTG---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----------A---GAAAT-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-CC---AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTCCG-AA--A-ATC--T-----A-AA--AAAT-----GGCG-G--A-AT-GGCTGG-CCAATTTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA-TA------TA------C-C------------AA--A--G--TA--AAAAAGTC-A-TA---T-TTTC-A-A-TG-A--TTTAAA--GTAATTT
gi|76100                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GGAA-T-TTT---G----CAT-A-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---CT--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACACATT-T-T-C----AGA-A-GCGG-A-----CCCAA-CCC-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-GA-AC-GGC-GG-CTA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----CCATA-TA------CA------T-G-----TATATTAAA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--A-A-TT-A--TTT
gi|76102                      : AAAAGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---G----CAT-G-G-TG-T--AG-------------------------C----T-----T-----A---GA--T-CA--T---T---AT----A--A-------ACA--TT-----C----AGA-AAGTGA--------CCAA-CTC-G-AA--A-ATC--C-----A-A--------------------A-AT-GG--GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA-TA------TA------C-T-----A------AA--A--T--GA-T--AAAGTA-A-TA---T-TCT--A-A-TGAA--TTTAAA--GTGATTT
gi|76103                      : AAAGGT-AGC-AAAAGCAT-GAAA-C-TTG---T----CAT-T-A-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GT--T-CA--A---T---AC----A--A-------ATA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CC-AA-TCG-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----CGCG-G-AA-AA-GGT-GG-CAA--TTC-T----G--AA--A---A--TA----GCATA-GA------TA------C-C-----A------AA--G--T--GA-TGAAACGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--CTTAAG--GTCAT
gi|76105                      : AAAGGT-GAT-AAA-GCAT-GAAAAT-TTG---G----CATTG-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----TA----A---GA--T-CA--T---T---AC-------A-------ACA--TT-T-T-C-----GA-A-GTGGAA-----CCCAA-CTC-C-GA--A-ATC--C-----A-A--------------------A-AT-GGC-GG-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCGTATTA------TA------C--------------AA--A--T--GA-T---AAGTC-ATTA---T-TTTTGA-A-TG----TTTAAAAGGTGATT
gi|76106                      : AAAGGT-GAC-AAAAGCAT-GAAA-G-TTT---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GT--T-CA--T---T---AC----A--A-------AAA--AT-T-T-C----AGA-A-GAGG-A-----TCCA-------------------------------A--T-----GACG-G-GA-AT-GAC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--A-----AAGCA-TA------T---------------T------AA--C--C--------AAAATC----A---T-TTT--G-A-TG-A--TTGAAA--GTGATTT
gi|76101                      : AAAGG---AT-AAAAGCAT-GGAA-T-TTT---G----CAT-A-GCTGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---CT--T-AA--T---T---AC----ATAAC------ACA--TT-T-T-C----AGAGA-ACGG-GATGCGCCAAA-CCC-G-AA--A-ATC--C-----ATAA--A--TT----GGCG-G-GA-AC-GGC-GG-CTA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----CCATA-TAGCAATGTA------TAT-----T------AAAGA--T--GA-TAAAAAATCAA-TA-----ATT--A-A-TT-A--TTAAAA--ATTATTT
gi|76107                      : AAAGGT-CAT-AACATCAT-GAAT-T-TTG---G----CAT-G-G-TGGC--AG-------------------------C----A-----T-----A---GT--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-C
gi|76108                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-ATAA-TCTTG---G----C-T-G-A-TGGTTTAG-------------------------C----TCTGTCT-----ATGGGA--T-GGGTT---T---GC----G--ATTGTTTAAGA--TT-T-T-TTGTTAGG-ATGTGTTA-----CCCAA-CTC-GTAA--ATATC--CTATTTA-ATT-A--TTTTGCGGGG-A-GA-AT-GGC-GG-CCA--TTTGT----G--AA--A---A--ACCGT-ACGTA-TA------TA------T-C-----C------AA--A--CGTGATTAAAAAGTC-ATTA---T-TGT--A-ATTG-ATTTTTAAA--GT-ATTTcc
gi|76097                      : AAAGG--GAT-AAAAGCAT-GACA-T-TTT---G----CAC-ATG-TCTT-----------------------------CT---T-----T-----A---GG--C-CA------T---ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGA-A-----CCCAA-TCG-A-AA--A-ACT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-CATTT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GC
gi|76104                      : AAGGGT-GGT-AAAAGCAA-GGAA-T-TTT---GCACATAT-G-T-T--------------------------------C----T-----TT----A---GG--T-CA--T-------GC----A--A-------ATA--GA-TAT-T----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-TCG-A-AAACA-AT---C-----A-AA--A--T-----TGCG-G-CT-TT-TGA-GC-CCA--TTT-C----G--AA--A---cgcaaaattaataataaatcagaaattttcttcattaaaaat
gi|76109                      : AAAGGT-GGC-AAA-GCAT-GAAA-T-TTGCACA----TAT-C-T-T--------------------------------C----T-----TT----A---GG--T-CA--T---T---ACCAGTA--A-------A-A--TT-T--------GAA-A-GTAG-A-----CCCAA-TCA-A-TA--A-GTA--------A-AC--AA-T-----GGCG-G-CT-TTTGGC-GG-CGAT-TTT-T----G--AA--A---tgaatatagcaaaa
gi|76113                      :  AAGGT-GAC-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---GCAAATAT-C-T-TCTT--AA-------------------------A----T-----T-----A---GG--T-CA------T---ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCC-A-CTC-G-AAT-A-ATT--C-----A-AA--A--T-----GGTG-GCTT-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--AAT-A--AT----GCG-A-CA------AA------A-C-----T------GA--A-----AA-TAAA
gi|76110                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---G----CAC-A------T--AT-------------------------CCTCTT-----T-----A---GG--T-CA--T-------ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCTAA-TCG-A-AT--A-GCT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-CT-TTTGGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---ATGAT----GCG-A-CA------AA------A-T-----T------AA--G-----AA-TAAA---TC-A-GA---A-TTT------------TTTAAA--ATGAtca
gi|76115                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GGAA-T-TTT---G----CAC-ATG-TCTT-----------------------------CT---T-----T-----A---GG--C-CA------T---ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-ATGG-A-----CCCAA-TCG-A-AA--A-AAT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-GCTT-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--
gi|76111                      :  AAGGT-GGT-AAAAGCAT-GAAA------------------------GT------------------------------------------------------------T---T---GC----A--C-------ATA--TC-T-T-CGTT-AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-TTG-A-AA--A-ATT--C-----A-AA--A--T-----AGCG-GCTT-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG-G-CA------AA------A-T-----T------A----------A-TAAAAAATC-A-GAATTT-TTT--A-A-ctgaattaggcaaaattgataataaattgatgat
gi|76112                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---G----CAC-A------T--AT-------------------------C----C-----TCTTTAA---GG--TATA--C---A---AT----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCCA-TCG-A-AT--A-ACT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-GCTT-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--a
gi|76114                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---G----CA-------AAT--AT-------------------------CTCT-T-----T-----A---G---T-CA------T---ACCAATA--A-------ATA--T-----------AGA-A-ATGG-A-----CCC-A-CTC-G-AAT-A-ATT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-GCTT-TT-GGT-GG-CCA--TTT-T----T--AA--ATATA--AT----GCG-A-CA------AA------T-TAAGAAT------AA--ATCC--GA-AAAAAAATT-A-TA---
gi|76116                      :  AAGGT-GGC-AAAAGCAT-GAAA-T-TTGCACA----TAT-C-T-T--------------------------------C----T-----TT----A---GG--T-CA--T-------ACCAGTA--A-------ATA--TT----------GAA-A-GTAG-A-----CCCAA-TCG-A-AT--A-AGT--A-----A-AA--A--T-----GGCG-G-CT-TTTGGC-GG-CCAT-TTT-T----G--AA--A---A--
gi|76117                      :  AAGGTTGAT-AAAAGCAT-GAAAAT-TTC---G----CAC-A-T-TAAT-----------------------------CCTCTT-----T-----AAG-GC--T-CA--T---TCCAAT----A--A-------ATA--TT-----------GA-A-GTGG-A-----CCTAATCTG-A-AT--A-CTCAAA-----A-AA--A--T-----GTCG-GCTT-TT-GGC-GGCCCA--TTT-T----G--CA--A---ATGAT----GCGtaatgtgacaaaattaagaa
gi|76118                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-GAGA-G-TTT---G----CAT-G-A-TGGT--AG-------------------------T----T-----T-----A---CT--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTC-G-AT--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GG-G-G-GA-AT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA-TA------AA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76119                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-GAGA-G-TTT---G----CAT-G-A-TGGT--AGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----T-----T-----A---AC--T-TA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTC-G-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GG-G-G-GA-AT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA-TA------AA------C-CA----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76120                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTT---G----CAC-----------------------------------------------------------------CA----------AT----A--A-------ATA--TT-T-A-T----AGA-A-ATGG-A-----CCCAA-TCG-A-AA--A-ACT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-GCTT-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AT--ATG-A--AT----GCGGA-AA-----------------------------AA--A--T--AA-TAATAAATC-A-AA---T-TTT--
gi|76121                      :   AGGT-GAT-GAAAGCAT-AAAA-TGTTGC--A----CAT-G-T-C--T--TC-------------------------T----T-----T-----A---GG--C-CA--C-------ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCAA--TC-G-AA--A-ACCT-C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-CT-TTTGGC-GG-TCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG
gi|76122                      :   AGGT-GGT-AAAAGCAT-GATA-T-TTT---G----CAC-------AT--AT-------------------------CTTCTT-----T-----A---GG--T-CA--TAAGA---AT----A--A-------ATA--TTAT-T-C-----GA-A-GTGG-A-----CCCAA-TCG-A-AT--A-ACT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-gcaaaattaataataaatcagaatttttttttaattaaaaat
gi|76123                      :     GT-GAT-AAAAGCAC-CAAA-T-TTG---AC---TAA-A-A-T-GT--AC-------------------------A----T-----T-----A----A--TATG--T---T---AC----A--A-------AAA--TT-T-T-C----AGATA-ATGG-G-----CC--A-CTT-G-AA--A-TTC--
gi|76124                      :      T-GCT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTG---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---GT--T-CA--T---T---AC----G--A-------ACA--TT-T-T-C----AAA-A-GTGG-A-----CCCAA-TCC-A-AA--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-GA-AT-GGT-GG-CCA--TTT-T----G--AT--A---A--AT----GAATA-TA------TA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--ATGATTTt
gi|76125                      :           -AAAAGCAT-GAAC-T-TTT---G----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T-----T-----A---CT--T-CA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CCC-G-AA--A-ATT--T-----A-AA--A--T-----GGCG-G-GA-AT-AGT-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--TC----GCATA-TA------TA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAGTC-A-TA---T-TTT--G-A-TG-A--TTTAAA--ATTATTT
gi|76126                      :             AAAGCAT-GAAA-T-TTG---A----CAT-G-G-TGGT--AG-------------------------C----G-----T-----A---G---------T---T---------------------CA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CCT-G-AT--A-ATC--C-----A-AA--A--T-----GGCG-T-GA-TT-GGC-GG-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AT----GCATG-TA------TA------C-C-----A------AA--A--T--GA-TAAAAAG
gi|76127                      :             AAAGCATTGAAA-T-TTG--------CAT-G-G-TG-T--AG-------------------------C----T-----T-----A---GA--AACA--T---T---AC----A--A-------ACA--TT-T-CAC----GGA-A-GTGG-A-----CCCAA-CTA-G-AA--A-ATT--C-----C-ACAAA--T-----GGCG-G-TA-AT-GGCTTG-CCA--TTT-TTGAAA--AA--A---A--AC-----CTTA-TA------CA------C-C-----CA-----AA--A--T--GA-TATAAAGTC-A-TA---T-TTA--ATA-TA-T--TTTAAA--TTGATTT
gi|76128                      :                                                                                 ----T-----T-----A---GG--T-CG--T---A---AC----A--AT------AAA--TA-T-T------AGA-A-GTGA-A-----CCCAA-TCG-A-AA--A-ACT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-GTTT-TT-GGT-GG-CCA--TGT-T----G--AA--
gi|76129                      :                                                                                                                    ---AT----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CTCAA-TCG-T-AG--A-ATT--C-----A-AA--A--T-----GGCG-G-TT-TTCGGC-GG-CCA--TTT-T----G--AAATA---A--AT----GCG
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Reference ( family-452 )      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTNGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NA-NT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-NAA-A--TGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76094                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTGGT-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TGG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GA-AT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-TAA-A--CGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--AA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76095                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTGGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TA-----A--GA--T-CAT----------T---AC----A---------------TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GA-AT-GGC-G-A-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTGTG--------TATA------C-C-AAA-A--TGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
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gi|76097                      : AAAGG--GAT-AAAAGCAT-GACA-T-TTTGC-A----C-ATG-TCTT-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-CATTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GC---------------------CGC-AAA-AT-TAA-TAATAAATC-A-GAAA---T-TT--T--CT-TC-A--TTAAAA--AT
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gi|76099                      : AAAGGT-GATGAAAAGCAT-GAAAAT-TTGGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----T------A--GAAAT-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-CC---AGA-A-GTGG-A-----CCCAACTCCG-AA-A-AT--C-T---A-A---AAAAT--------GGCG-G-AA--T-GGCTG-G-CCAATTTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AAA-G--TA---AAAAAGTC-A-T--A---T-TT--TC-AA-TG-A--TTTAAA--GTAATTT
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gi|76105                      : AAAGGT-GAT-AAA-GCAT-GAAAAT-TTGGC-A----TTG-G-TGGT--AG-------------------------C----TTA----A--GA--T-CAT----------T---AC-------A-------ACA--TT-T-T-C-----GA-A-GTGGAA-----CCCAAC-TCC-GA-A-AT--C-C---A-A---AA----------------------T-GGC-G-G-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCGTAT-------TATA------C----AA-A--TGA-T---AAGTC-ATT--A---T-TT--TTGAA-TG----TTTAAAAGGTGATT
gi|76106                      : AAAGGT-GAC-AAAAGCAT-GAAA-G-TTTGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAT----------T---AC----A--A-------AAA--AT-T-T-C----AGA-A-GAGG-A-----TCC-----------------------------AA--T--------GACG-G-GA-AT-GAC-G-G-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCATA--------TTAA------C-C-AAA-A--T---------------C--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTGAAA--GTGATTT
gi|76107                      : AAAGGT-CAT-AACATCAT-GAAT-T-TTGGC-A----T-G-G-TGGC--AG-------------------------C----AT-----A--GT--T-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CC
gi|76108                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-ATAA-TCTTGGC------T-G-A-TGGTTTAG-------------------------C----TC-----T--GT--C-TATGGGATGGGTTT---GC----G--ATTGTTTAAGA--TT-T-T-TTGTTAGG-ATGTGTTA-----CCCAAC-TCGTAA-ATAT--C-C---T-ATTTAA--TTATTTTGCGGGG-A-GA-AT-GGC-G-G-CCA--TTTGT----G--AA--A---A--ACCGT-ACGTA--------TATA------T-C-CAA-ACGTGATTAAAAAGTC-ATT--A---T-TG--T--AATTG-ATTTTTAAA--GT-ATTT
gi|76109                      : AAAGGT-GGC-AAA-GCAT-GAAA-T-TT-GC-A----C-------AT--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CAT----------T---ACCAGTA--A-------A-A--TT-T--------GAA-A-GTAG-A-----CCCAAT-CAA-TA-A-GT--A-A---A-C---AA--T--------GGCG-GCTT-TT-GGC-G-G-CGAT-TTT-T----G--AA--A---
gi|76110                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTTGC-A----C-A------T--AT-------------------------CCTCTTT-----A--GG--T-CAT--------------ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCTAAT-C-G-AATA-GC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-CT-TTTGGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---ATGAT----GCG-------------A------C-A-AAA-T--TAA-GAATAAATC-A-G--A---A-TT--T-----------TTTAAA--ATGA
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gi|76112                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTTGC-A----C-A------T--AT-------------------------C----CTCTTTAA--GG--TATAC----------A---AT----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCCA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTT-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--
gi|76113                      :  AAGGT-GAC-AAAAGCAT-GAAA-T-TTTGC-AAATAT-C-T-TCTT--AA-------------------------A----TT-----A--GG--T-CAT--------------ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCC-AC-TCG-AATA-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGTG-GCTT-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--AAT-A--AT----GCG-------------A------C-A-AAA-C--TGA-AAATAAATC-A-
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gi|76115                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-GGAA-T-TTTGC-A----C-ATG-TCTT-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AA--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTT-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--acaaattaagaataaatccgaaaaaaaattata
gi|76116                      :  AAGGT-GGC-AAAAGCAT-GAAA-T-TT-GC-A----C-------AT--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CA-----------T---ACCAGTA--A-------ATA--TT----------GAA-A-GTAG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AG--T-A---A-A---AA--T--------GGCG-GCTT-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----T--GA--A---A--AT----A---A--------TGTG------A-C-AAA-A--T---TAAGAActgaattaggcaaaattgataataaattgatgat
gi|76117                      :  AAGGTTGAT-AAAAGCAT-GAAAAT-TTCGC-A----C-A-T-TAAT-----------------------------CCTCTTT-----AAGGC--T-CAT----------TCCAAT----A--A-------ATA--TT-----------GA-A-GTGG-A-----CCTAAT-CTG-AA-T-AC--T-CAAAA-A---AA--T--------GTCG-GCTT-TT-GGC-G-GCCCA--TTT-T----G--CA--A---ATGAT----GCG
gi|76118                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-GAGA-G-TTTGC-A----T-G-A-TGGT--AG-------------------------T----TT-----A--CT--T-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG-G-G-GA-AT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA--------TAAA------C-C-AAA-A--TGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
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gi|76120                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTTGC-A----C-----------------------------------------------------------CA---------------AT----A--A-------ATA--TT-T-A-T----AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTT-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--ATG-A--AT----GCGGA--------AA-------------AA-A--TAA-TAATAAATC-A-A--A---T-TT--T--
gi|76121                      :   AGGT-GAT-GAAAGCAT-AAAA-T-GTTGC-A----C-ATG-TCTT-----------------------------C----TTT----A--GG--C-CAC--------------ACCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCAAT-C-G-AA-A-AC--CTC---A-A---AA--T--------GGCG-G-CT-TTTGGC-G-G-TCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG--------------------G-C-AAA-AT-TAA-TAATAAATC-A-G--AATTT-TT--T--TT-TA-A--TTAAAA--AT
gi|76122                      :   AGGT-GGT-AAAAGCAT-GATA-T-TTTGC-A----C-------AT--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CATAAG-------A---AT----A--A-------ATA--TTAT-T-C-----GA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-
gi|76123                      :     GT-GAT-AAAAGCAC-CAAA-T-TTGACTA----A-A-A-T-GT--AC-------------------------A----TT-----A--AT--A-TGT----------T---AC----A--A-------AAA--TT-T-T-C----AGATA-ATGG-G-----CC--AC-TTG-AA-A-TT--C-
gi|76124                      :      T-GCT-AAAAGCAT-GAAA-T-TTGGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAT----------T---AC----G--A-------ACA--TT-T-T-C----AAA-A-GTGG-A-----CCCAAT-CCA-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GA-AT-GGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--A---A--AT----GAATA--------TATA------C-C-AAA-A--TGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTTt
gi|76125                      :           -AAAAGCAT-GAAC-T-TTTGC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-CAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--T-T---A-A---AA--T--------GGCG-G-GA-AT-AGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--TC----GCATA--------TATA------C-C-AAA-A--TGA-TAAAAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATTATTT
gi|76126                      :             AAAGCAT-GAAA-T-TTGAC-A----T-G-G-TGGT--AG-------------------------C----GT-----A--GT--T-CAT----------T----------------------------T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CTG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-T-GA-TT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AT----GCATG--------TATA------C-C-AAA-A--TGA-TAAAAAG
gi|76127                      :             AAAGCATTGAAA-T-TT-GC-A----T-G-G-TG-T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--AACAT----------T---AC----A--A-------ACA--TT-T-CAC----GGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TAG-AA-A-ATT-C-C---ACA---AA--T--------GGCG-G-TA-AT-GGC-TTG-CCA--TTT-TTGAAA--AA--A---A--AC-----CTTA--------TACA------C-C-CAA-AA-TGA-TATAAAGTC-A-T--A---T-TTAAT---A-TA-T--TTTAAA--TTGATTT
gi|76128                      :                                                                               ----TT-----A--GG--T-CGT----------A---AC----A--AT------AAA--TA-T-T------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GTTT-TT-GGT-G-G-CCA--TGT-T----G--AA--
gi|76129                      :                                                                                                                 ---AT----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CTCAAT-CGT-AG-A-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-TT-TTCGGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AAATA---A--AT----GCG
gi|76130                      :                                                                                                                                                                                                  -A---AG--T--------GGCGAG-GA-AT-GTT-T-G-TAA--TTT-T----G--AA--A---A--AAAAAAGCATA--------TACATGTACAC-C-AAA-A--TGA-TAAAAAGTCAA-T--A---TCTT--T--GA-CG-A--TCTAAA--GTGATTTggaaaagtaataataaatca
gi|76131                      :                                                                                                                                                                                                                            A-AT-GGC-G-G-CCA--TTT------A--AA--A---A--A---------A--------TATA------C-C--AA-A--TAA-TAAA--GTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TGTAAA--GTGATTT

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Reference ( family-452 )      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NNNT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76094                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGTAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TGG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-TA-A-A-C------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--AA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76095                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TA-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A---------------TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GAAT-GGC-G-A-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTGTG--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76096                      : AAAAGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGTAT-A-G-TGG-----T--AG-------------------------T----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-T-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GACG-G-GAAT-GGC-G-G-CCA---TT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-A--T---T-TT--T--AA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76097                      : AAAGG--GAT-AAAAGCAT-G-ACA-TTTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCATTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GC---------------------CGC-AA-A-ATT------AA-TAA-TAAATC-A-GAAA---T-TT--T--CT-TC-A--TTAAAA--AT
gi|76098                      : AAAAGT-GAT-AAA-GCAT-G-AAA-TGT-GCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T---C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAA-GGC-G-G-CCA--TTT-T----GAAAA--A---A--AA----GCGTA--------TACA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A----A---TATT--T--GA-TG-G--TTTAAA--GTGATTT
gi|76099                      : AAAGGT-GATGAAAAGCAT-G-AAAATTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----T------A--GAAAT-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-CC---AGA-A-GTGG-A-----CCCAACTCCG-AA-A-AT--C-T---A-A---AAAAT--------GGCG-G-AA-T-GGCTG-G-CCAATTTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-G-T------A---AA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--TC-AA-TG-A--TTTAAA--GTAATTT
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gi|76101                      : AAAGG---AT-AAAAGCAT-G-GAA-TTTTGCAT-A-GCTGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-AAT----------T---A---C----ATAAC------ACA--TT-T-T-C----AGAGA-ACGG-GATGCGCCAAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---ATA---AA--TT-------GGCG-G-GAAC-GGC-G-G-CTA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----CCATATAGCAATGTATA------T-T-AA-AGA-T------GA-TAA-AAAATC-A----A---TAAT--T--AA-TT-A--TTAAAA--ATTATTT
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gi|76105                      : AAAGGT-GAT-AAA-GCAT-G-AAAATTTGGCATTG-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TTA----A--GA--T-CAT----------T---A---C-------A-------ACA--TT-T-T-C-----GA-A-GTGGAA-----CCCAAC-TCC-GA-A-AT--C-C---A-A---AA---------------------T-GGC-G-G-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCGTAT-------TATA------C----A-A-A-T------GA-T----AAGTC-ATT--A---T-TT--TTGAA-TG----TTTAAAAGGTGATT
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gi|76107                      : AAAGGT-CAT-AACATCAT-G-AAT-TTTGGCAT-G-G-TGG-----C--AG-------------------------C----AT-----A--GT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CC
gi|76108                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-A-TAA-TCTTGGCT-G-A-TGG-----TTTAG-------------------------C----TC-----T--GT--C-TATGGGATGGGTTT---G---C----G--ATTGTTTAAGA--TT-T-T-TTGTTAGG-ATGTGTTA-----CCCAAC-TCGTAA-ATAT--C-C---T-ATTTAA--TTATTTTGCGGGG-A-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTTGT----G--AA--A---A--ACCGT-ACGTA--------TATAT-----C-C-AA-ACG-T------GATTAA-AAAGTC-ATT--A---T-TG--T--AATTG-ATTTTTAAA--GT-ATTT
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gi|76110                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------CCTCTTT-----A--GG--T-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCTAA--TCG-AATA-GC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---ATGAT----GCG-------------A------C-A-AA-A-T-T------AA-GAA-TAAATC-A-G--A---A-TT--T-----------TTTAAA--ATGA
gi|76111                      :  AAGGT-GGT-AAAAGCAT-G-AAA-GTTTGCAC-A-----------T--AT-------------------------C----TT-----C--GT--T-------------------------------------------------------AGA-A-GTGG-A-----CCCAAT-TGA-AA-A-AT--T-C---A-A---AA--T--------AGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG--------------------G-C-AA-A-ATT------AA-TAA-AAAATC-A-G--A---A-TT--T-----------TTTAAA--
gi|76112                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------C----CTCTTTAA--GG--TATAC----------A---A---T----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCCA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--
gi|76113                      :  AAGGT-GAC-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCA--A-A-TATCTTCTT--AA-------------------------A----TT-----A--GG--T-CAT--------------A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCC-AC-TCG-AATA-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGTG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--AAT-A--AT----GCG-------------A------C-A-AA-A-C-T------GA-AAA-TAAATC-A-
gi|76114                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCA-------AA-----T--AT-------------------------CTCT-TT-----A--G---T-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--T-----------AGA-A-ATGG-A-----CCC-AC-TCG-AATA-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGT-G-G-CCA--TTT-T----T--AA--ATATA--AT----GCG-A--------CAAA------T-T-AAGA-A-TAAATCCGA-AAA-AAAATT-A-T--A---
gi|76115                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-GAA-TTTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AA--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AACTG---A--AT-----------------TAGG------C-A-AA-A-T-T------GA-TAATAAA----------------T--T--GA-TG-A--T
gi|76116                      :  AAGGT-GGC-AAAAGCAT-G-AAA--TTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CA-----------T---A---CCAGTA--A-------ATA--TT----------GAA-A-GTAG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AG--T-A---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----T--GA--A---A--AT----A---A--------TGTG------A-C-AA-A-A-T---------TAA-GAA
gi|76117                      :  AAGGTTGAT-AAAAGCAT-GAAAA-TTTCGCAC-A-T-TAA-----T-----------------------------CCTCTTT-----AAGGC--T-CAT----------TCCAA---T----A--A-------ATA--TT-----------GA-A-GTGG-A-----CCTAAT-CTG-AA-T-AC--T-CAAAA-A---AA--T--------GTCG-GCTTTT-GGC-G-GCCCA--TTT-T----G--CA--A---ATGAT----GCG
gi|76118                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AGA-GTTTGCAT-G-A-TGG-----T--AG-------------------------T----TT-----A--CT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG-G-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA--------TAAA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76119                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AGA-GTTTGCAT-G-A-TGG-----T--AGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TT-----A--AC--T-TAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG-G-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA--------TAAA------C-CAAA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76120                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC----------------------------------------------------------------CA---------------A---T----A--A-------ATA--TT-T-A-T----AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--ATG-A--AT----GCGGA---------A------------AA-A-A-T------AA-TAA-TAAATC-A-A--A---T-TT--T--
gi|76121                      :   AGGT-GAT-GAAAGCAT-A-AAA-TGTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------C----TTT----A--GG--C-CAC--------------A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AA-A-AC--CTC---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-TCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG--------------------G-C-AA-A-ATT------AA-TAA-TAAATC-A-G--AATTT-TT--T--TT-TA-A--TTAAAA--AT
gi|76122                      :   AGGT-GGT-AAAAGCAT-G-ATA-TTTTGCAC-A-----------T--AT-------------------------C----TTCTTT-A--GG--T-CAT----------A---AGAAT----A--A-------ATA--TTAT-T-C-----GA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-
gi|76124                      :      T-GCT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAT----------T---A---C----G--A-------ACA--TT-T-T-C----AAA-A-GTGG-A-----CCCAAT-CCA-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAT-GGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--A---A--AT----GAATA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76125                      :           -AAAAGCAT-G-AAC-TTTTGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--T-T---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAT-AGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--TC----GCATA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATTATTT
gi|76126                      :             AAAGCAT-G-AAA-TTTGACAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----GT-----A--GT--T-CAT----------T-------------------------------T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CTG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-T-GATT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AT----GCATG--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAG
gi|76127                      :             AAAGCATTG-AAA-TTT-GCAT-G-G-TG------T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--AACAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-CAC----GGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TAG-AA-A-ATT-C-C---ACA---AA--T--------GGCG-G-TAAT-GGC-TTG-CCA--TTT-TTGAAA--AA--A---A--AC-----CTTA--------TACA------C-CCAA-A-A-T------GA-TAT-AAAGTC-A-T--A---T-TTAAT---A-TA-T--TTTAAA--TTGATTT
gi|76128                      :                                                                               ----TT-----A--GG--T-CGT----------A---A---C----A--AT------AAA--TA-T-T------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GTTTTT-GGT-G-G-CCA--TGT-T----G--AA--
gi|76129                      :                                                                                                                 ---A---T----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CTCAAT-CGT-AG-A-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-TTTTCGGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AAATA---A--AT----GCG-G--------GA------------AA-A-G-T------AA-TAA-TAAATC-A-
gi|76130                      :                                                                                                                                                                                                     -A---AG--T--------GGCGAG-GAAT-GTT-T-G-TAA--TTT-T----G--AA--A---A--AAAAAAGCATA--------TACATGTACAC-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTCAA-T--A---TCTT--T--GA-CG-A--TCTAAA--GTGATTT
gi|76131                      :                                                                                                                                                                                                                                 T-GGC-G-G-CCA--TTT------A--AA--A---A--A---------A--------TATA------C-C-AA-A---T------AA-TAA-A--GTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TGTAAA--GTGATTT

Unaligned ( gi|76123 ): GTGATAAAAGCACCAAATTTGACTAAAATGTACATTAATATGTTACAAAAATTTTCAGATAATGGGCCACTTGAAATTCT

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lowQualScore                  :       .   .        . .   .   .   .................................................  ..... .. ... .  ............... ... .... .. ....... . ..  ..........   . .    . .....     ..   .  . .  .. . ... . ...  .. ........    . .... .   . . .   ..   . .... ..  .. ... .. ..................  . ...... . .  . . . ......  .   .      . .... ... .  .. ... .  . ..      ..       
lowQualScore                  :       3   3        2 2   4   0   7777777777777777777777777777777777777777777777777  00000 66 222 4  222222222222222 000 4444 66 0000000 1 66  9999999999   1 3    3 99999     00   2  1 2  88 2 111 3 000  66 33333333    1 5555 1   1 1 1   77   1 4444 99  11 111 33 444444444444444444  6 000000 3 6  3 6 9 888888  3   3      4 9999 777 8  22 555 7  7 33      55       
consensus                     : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NNNT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
Reference ( family-452 )      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NNNT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76094                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGTAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TGG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-TA-A-A-C------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--AA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76095                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TA-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A---------------TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---CA--T--------GGCG-G-GAAT-GGC-G-A-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTGTG--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76096                      : AAAAGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGTAT-A-G-TGG-----T--AG-------------------------T----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-T-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GACG-G-GAAT-GGC-G-G-CCA---TT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-A--T---T-TT--T--AA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
gi|76097                      : AAAGG--GAT-AAAAGCAT-G-ACA-TTTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCATTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GC---------------------CGC-AA-A-ATT------AA-TAA-TAAATC-A-GAAA---T-TT--T--CT-TC-A--TTAAAA--AT
gi|76098                      : AAAAGT-GAT-AAA-GCAT-G-AAA-TGT-GCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T---C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAA-GGC-G-G-CCA--TTT-T----GAAAA--A---A--AA----GCGTA--------TACA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A----A---TATT--T--GA-TG-G--TTTAAA--GTGATTT
gi|76099                      : AAAGGT-GATGAAAAGCAT-G-AAAATTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----T------A--GAAAT-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-CC---AGA-A-GTGG-A-----CCCAACTCCG-AA-A-AT--C-T---A-A---AAAAT--------GGCG-G-AA-T-GGCTG-G-CCAATTTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-G-T------A---AA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--TC-AA-TG-A--TTTAAA--GTAATTT
gi|76100                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-GAA-TTTTGCAT-A-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACACATT-T-T-C----AGA-A-GCGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAC-GGC-G-G-CTA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----CCATATACATG--TATA------T-T-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--AA-TT-A--TTT
gi|76101                      : AAAGG---AT-AAAAGCAT-G-GAA-TTTTGCAT-A-GCTGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-AAT----------T---A---C----ATAAC------ACA--TT-T-T-C----AGAGA-ACGG-GATGCGCCAAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---ATA---AA--TT-------GGCG-G-GAAC-GGC-G-G-CTA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----CCATATAGCAATGTATA------T-T-AA-AGA-T------GA-TAA-AAAATC-A----A---TAAT--T--AA-TT-A--TTAAAA--ATTATTT
gi|76102                      : AAAAGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAT-G-G-TG------T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--T-CAT----------T---A---T----A--A-------ACA--TT-----C----AGA-AAGTGA--------CCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG--------------G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-T-AA-A-A-T------GA-T---AAAGTA-A-T--A---T-TC--T--AA-TGAA--TTTAAA--GTGATTT
gi|76103                      : AAAGGT-AGC-AAAAGCAT-G-AAA-CTTGTCAT-T-A-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAA----------T---A---C----A--A-------ATA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CC-AAT-CGG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------CGCG-G-AAAA-GGT-G-G-CAA--TTC-T----G--AA--A---A--TA----GCATA--------GATA------C-C-AA-A-G-T------GA-TGA-AACGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--CTTAAG--GTCAT
gi|76104                      : AAGGGT-GGT-AAAAGCAA-G-GAA-TTTTGCAC-ATA-TGT-----T-----------------------------C----TTT----A--GG--T-CAT--------------G---C----A--A-------ATA--GA-TAT-T----AGA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AA-A-ACAAT-C---A-A---AA--T--------TGCG-G-CTTT-TGA-G-C-CCA--TTT-C----G--AA--A-------------TGAA--------TATA------G-C-AA-A-A-
gi|76105                      : AAAGGT-GAT-AAA-GCAT-G-AAAATTTGGCATTG-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TTA----A--GA--T-CAT----------T---A---C-------A-------ACA--TT-T-T-C-----GA-A-GTGGAA-----CCCAAC-TCC-GA-A-AT--C-C---A-A---AA---------------------T-GGC-G-G-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCGTAT-------TATA------C----A-A-A-T------GA-T----AAGTC-ATT--A---T-TT--TTGAA-TG----TTTAAAAGGTGATT
gi|76106                      : AAAGGT-GAC-AAAAGCAT-G-AAA-GTTTGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------AAA--AT-T-T-C----AGA-A-GAGG-A-----TCC-----------------------------AA--T--------GACG-G-GAAT-GAC-G-G-CCA--TTT-T----GA-AA--A---A--AA----GCATA--------TTAA------C-C-AA-A-A-T----------------------C--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTGAAA--GTGATTT
gi|76107                      : AAAGGT-CAT-AACATCAT-G-AAT-TTTGGCAT-G-G-TGG-----C--AG-------------------------C----AT-----A--GT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CC
gi|76108                      : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-A-TAA-TCTTGGCT-G-A-TGG-----TTTAG-------------------------C----TC-----T--GT--C-TATGGGATGGGTTT---G---C----G--ATTGTTTAAGA--TT-T-T-TTGTTAGG-ATGTGTTA-----CCCAAC-TCGTAA-ATAT--C-C---T-ATTTAA--TTATTTTGCGGGG-A-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTTGT----G--AA--A---A--ACCGT-ACGTA--------TATAT-----C-C-AA-ACG-T------GATTAA-AAAGTC-ATT--A---T-TG--T--AATTG-ATTTTTAAA--GT-ATTT
gi|76109                      : AAAGGT-GGC-AAA-GCAT-G-AAA--TTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CAT----------T---A---CCAGTA--A-------A-A--TT-T--------GAA-A-GTAG-A-----CCCAAT-CAA-TA-A-GT--A-A---A-C---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CGAT-TTT-T----G--AA--A---
gi|76110                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------CCTCTTT-----A--GG--T-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCTAA--TCG-AATA-GC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---ATGAT----GCG-------------A------C-A-AA-A-T-T------AA-GAA-TAAATC-A-G--A---A-TT--T-----------TTTAAA--ATGA
gi|76111                      :  AAGGT-GGT-AAAAGCAT-G-AAA-GTTTGCAC-A-----------T--AT-------------------------C----TT-----C--GT--T-------------------------------------------------------AGA-A-GTGG-A-----CCCAAT-TGA-AA-A-AT--T-C---A-A---AA--T--------AGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG--------------------G-C-AA-A-ATT------AA-TAA-AAAATC-A-G--A---A-TT--T-----------TTTAAA--
gi|76112                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------C----CTCTTTAA--GG--TATAC----------A---A---T----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCCA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--
gi|76113                      :  AAGGT-GAC-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCA--A-A-TATCTTCTT--AA-------------------------A----TT-----A--GG--T-CAT--------------A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCC-AC-TCG-AATA-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGTG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--AAT-A--AT----GCG-------------A------C-A-AA-A-C-T------GA-AAA-TAAATC-A-
gi|76114                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCA-------AA-----T--AT-------------------------CTCT-TT-----A--G---T-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--T-----------AGA-A-ATGG-A-----CCC-AC-TCG-AATA-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGT-G-G-CCA--TTT-T----T--AA--ATATA--AT----GCG-A--------CAAA------T-T-AAGA-A-TAAATCCGA-AAA-AAAATT-A-T--A---
gi|76115                      :  AAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-GAA-TTTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------CT---TT-----A--GG--C-CA-----------T---A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AA--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AACTG---A--AT-----------------TAGG------C-A-AA-A-T-T------GA-TAATAAA----------------T--T--GA-TG-A--T
gi|76116                      :  AAGGT-GGC-AAAAGCAT-G-AAA--TTTGCAC-------A-----T--AT-------------------------CTTCTTT-----A--GG--T-CA-----------T---A---CCAGTA--A-------ATA--TT----------GAA-A-GTAG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AG--T-A---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----T--GA--A---A--AT----A---A--------TGTG------A-C-AA-A-A-T---------TAA-GAA
gi|76117                      :  AAGGTTGAT-AAAAGCAT-GAAAA-TTTCGCAC-A-T-TAA-----T-----------------------------CCTCTTT-----AAGGC--T-CAT----------TCCAA---T----A--A-------ATA--TT-----------GA-A-GTGG-A-----CCTAAT-CTG-AA-T-AC--T-CAAAA-A---AA--T--------GTCG-GCTTTT-GGC-G-GCCCA--TTT-T----G--CA--A---ATGAT----GCG
gi|76118                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AGA-GTTTGCAT-G-A-TGG-----T--AG-------------------------T----TT-----A--CT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG-G-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA--------TAAA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76119                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AGA-GTTTGCAT-G-A-TGG-----T--AGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TT-----A--AC--T-TAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GG-G-G-GAAT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GTATA--------TAAA------C-CAAA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76120                      :   AGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC----------------------------------------------------------------CA---------------A---T----A--A-------ATA--TT-T-A-T----AGA-A-ATGG-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--ATG-A--AT----GCGGA---------A------------AA-A-A-T------AA-TAA-TAAATC-A-A--A---T-TT--T--
gi|76121                      :   AGGT-GAT-GAAAGCAT-A-AAA-TGTTGCAC-ATG-TCT-----T-----------------------------C----TTT----A--GG--C-CAC--------------A---CCAATA--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AA-A-AC--CTC---A-A---AA--T--------GGCG-GCTTTT-GGC-G-G-TCA--TTT-T----G--AA--ATG-A--AT----GCG--------------------G-C-AA-A-ATT------AA-TAA-TAAATC-A-G--AATTT-TT--T--TT-TA-A--TTAAAA--AT
gi|76122                      :   AGGT-GGT-AAAAGCAT-G-ATA-TTTTGCAC-A-----------T--AT-------------------------C----TTCTTT-A--GG--T-CAT----------A---AGAAT----A--A-------ATA--TTAT-T-C-----GA-A-GTGG-A-----CCCAA--TCG-AATA-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-
gi|76124                      :      T-GCT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTGGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GT--T-CAT----------T---A---C----G--A-------ACA--TT-T-T-C----AAA-A-GTGG-A-----CCCAAT-CCA-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAT-GGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AT--A---A--AT----GAATA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATGATTT
gi|76125                      :           -AAAAGCAT-G-AAC-TTTTGCAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--CT--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--T-T---A-A---AA--T--------GGCG-G-GAAT-AGT-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--TC----GCATA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--ATTATTT
gi|76126                      :             AAAGCAT-G-AAA-TTTGACAT-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----GT-----A--GT--T-CAT----------T-------------------------------T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CTG-AT-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-T-GATT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AT----GCATG--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAG
gi|76127                      :             AAAGCATTG-AAA-TTT-GCAT-G-G-TG------T--AG-------------------------C----TT-----A--GA--AACAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-CAC----GGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-TAG-AA-A-ATT-C-C---ACA---AA--T--------GGCG-G-TAAT-GGC-TTG-CCA--TTT-TTGAAA--AA--A---A--AC-----CTTA--------TACA------C-CCAA-A-A-T------GA-TAT-AAAGTC-A-T--A---T-TTAAT---A-TA-T--TTTAAA--TTGATTT
gi|76128                      :                                                                               ----TT-----A--GG--T-CGT----------A---A---C----A--AT------AAA--TA-T-T------AGA-A-GTGA-A-----CCCAAT-CGA-AA-A-AC--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-GTTTTT-GGT-G-G-CCA--TGT-T----G--AA--
gi|76129                      :                                                                                                                 ---A---T----A--A-------ATA--TT----------AGA-A-GTGG-A-----CTCAAT-CGT-AG-A-AT--T-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-TTTTCGGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AAATA---A--AT----GCG-G--------GA------------AA-A-G-T------AA-TAA-TAAATC-A-
gi|76130                      :                                                                                                                                                                                                     -A---AG--T--------GGCGAG-GAAT-GTT-T-G-TAA--TTT-T----G--AA--A---A--AAAAAAGCATA--------TACATGTACAC-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTCAA-T--A---TCTT--T--GA-CG-A--TCTAAA--GTGATTT
gi|76131                      :                                                                                                                                                                                                                                 T-GGC-G-G-CCA--TTT------A--AA--A---A--A---------A--------TATA------C-C-AA-A---T------AA-TAA-A--GTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TGTAAA--GTGATTT


blockSeqs                     :       T   G        T A   A       TGATGGTAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN                CTTTA AG AAA A  TGGGATGGGTTT    GAA CAAT TA TTGTTTA C CA  TTTTGTT      G A    A ATGCG     CT   T  T T  AA T AAA T TTT  AA TATTTTGC    A CATT C   T T C   AT   G TGAA AA  CT TAT TG CCCATATAGCAATG      T TGTACA G A  G G T AAATCC  T   T      A GAA  ATT A  AA TGA T  A TT      AG
blockSeqs                     :       .   .        . .   A       AATATCTTCTTAAA                                     CTTT  .  A   A  TTCCA           .   CAGT .  C       T .   TTCC         . T    T .         C    .  T .  T  . .   C .    .  T           . CTTT .   . . .   T    . .    A   AT TG  TG CCCATATACATG        T T      . C  . C T .       .   .      . TT   .   A  .  CA  .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGATGGTTTAGC                                       T     .  A   .  TT              .   CAAT .  T       C .   TATT         . .    . .         C    .  T .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    A   .  TG  .  AAAAAGCATA          C .      . .  . . T .       .   .      . TT   .   C  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATTAATCCTCT                                       A     .  G   .  TT              .   CAAT .  .       C .   ATTC         . .    . .         T    .  T .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  AT  .  CCGTACGTA           T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  A   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TAGCTGGTAGC                                        T     .  A   .  TT              .   CAAT .  .       C .   TCAC         . .    . .         C    .  T .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  TG  .  AGCGTAT             T .      . .  . . . .       .   .      . A    .   .  .  C   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TTGGTGGTAGC                                        .     .  T   .  TT              .   CAAT .  .       C .   TTC          . .    . .         C    .  T .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  TG  .  CGTGTG              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  T   .  TT              .   CAGT .  .       C .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGCGTA              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  A   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TAGTGGTAGT                                         .     .  A   .  TT              .   CAAT .  .       T .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  AGCGTA              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  A   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATGTCTTCT                                         .     .  T   .  TT              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGCGTA              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  A   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  G   .  AT              .   .    .  .       C .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGCGTA              T .      . .  . . . .       .   .      . C    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  A   .  TT              .   .    .  .       A .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  AGCATA              A .      . .  . . . .       .   .      . G    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TAGTGGTAGC                                         .     .  T   .  TT              .   .    .  .       C .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  AGCATA              T .      . .  . . . .       .   .      . G    .   .  .  A   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TTATGGTAGC                                         .     .  T   .  TT              .   .    .  .       G .   TTC          . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . TTTT .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGTATA              A .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  T   .  TT              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGTATA              G .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGCAGC                                         .     .  G   .  CA              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCGGA              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATATCTTCT                                         .     .  G   .  TT              .   .    .  .       T .   TAT          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGAATA              A .      . .  . . . .       .   .      . A    .   .  .  T   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATATCCTCT                                         .     .  T   .  TT              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CGCATA              A .      . .  . . . .       .   .      . G    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATGTCTTCT                                         .     .  G   .  TA              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCATG              T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATATCTTCT                                         .     .  G   .  TT              .   .    .  .       T .   TTC          . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . AAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCGA               T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGATGGTAGT                                         .     .  G   .  TT              .   .    .  .       T .   TC           . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . CTT  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  CCTTA               T .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  G   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  G   .  TT              .   .    .  .       C .   TT           . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCGG               C .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  .   .  . .       . 
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  C   .  TT              .   .    .  .       C .   C            . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGAA                C .      . .  . . . .       .   .      . T    .   .  .  .   .  . .         
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGGTAGC                                         .     .  T   .  TA              .   .    .  .       T .   T            . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCG                T .      . .  . . . .       .   .      . .    .   .  .  .   .  . .         
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGTAGC                                          .     .  C   .  T               .   .    .  .       T .   .            . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCG                . .      . .  . . . .       .   .      . .    .   .  .                     
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATATGTTC                                          .     .  G   .  T               .   .    .  .       T .   .            . .    . .         C    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCG                . .      . .  . . . .       .   .      . .    .                            
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       AATATCTCT                                          .     .  G   .  T               .   .    .  .       C .   .            . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGCG                . .      . .  . . . .       .   .      .                                   
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATGTCTTC                                          .     .  T   .  T               .   .    .  .       C .   .            . .    . .         T    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAT  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TGC                 . .      . .  . . . .       .   .      .                                   
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       TGGTGTAGC                                          .     .  T   .  T               .   .    .  .       C .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . TAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  TAA                 . .      . .  . . . .       .   .                                          
blockSeqs                     :       .   .        . .   .       CATATC                                             .     .  T   .  T               .   .    .  .       A .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . TTT  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  T                   . .      . .  . . . .       .   .                                          
blockSeqs                     :           .        . .   .       CATATC                                             .     .  A   .  T               .   .    .  .       T .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . GAA  .   . . .   .    . .    .   .  .   .  A                   . .      . .  . . .                                                        
blockSeqs                     :                    . .   .       CATATC                                             .     .  G   .  C               .   .    .  .       . .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . AA   .   . . .   .    . .    .   .  .   .                                                                                                 
blockSeqs                     :                    . .   .       C                                                  .     .  .   .  .               .   .    .  .       . .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . .    .   . . .   .    . .    .   .  .   .                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                     .     .  .   .  .               .   .    .  .       . .   .            . .    . .         .    .  . .  .  . .   . .    .  .           . .    .   . . .   .    . .    .   .  .                                                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                     .   .    .  .       . .   .            . .    . .         .                     . .    .  .           .      .   . . .   .    . .    .   .                                                                                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NNNT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT
finalCons                     : AAAGGT-GAT-AAAAGCAT-G-AAA-TTTTGCAC-G-G-TGG-----T--AG-------------------------C----TT-----A--GN--T-CAT----------T---A---C----A--A-------ACA--TT-T-T-C----AGA-A-GTGG-A-----CCCAAC-CCG-AA-A-AT--C-C---A-A---AA--T--------GGCG-G-NNNT-GGC-G-G-CCA--TTT-T----G--AA--A---A--AC----GCGTA--------TATA------C-C-AA-A-A-T------GA-TAA-AAAGTC-A-T--A---T-TT--T--GA-TG-A--TTTAAA--GTGATTT