lowQualScore                  :                                                                                                                                                            1111                                                               11111         4444444444444444                                     
lowQualScore                  :          1 2 1 888 1  2  1 1 444444  3  5555  1  1 3 1 1 22 1  3 2 1 55 1 333333 222 2 44  2 22 5555 444 1 33 4 1 88888888 1 1 44  2 44  3 22  1 2 222 1 7 0000 1 1 1 1 6666 44 3 3333 1 33 1   1 1 11 5555  666  4  1 55 1   33333 1 1 1 1 1111111111111111 44 1 1 66 444 1 11   1  33  22      
lowQualScore                  :          . . . ... .  .  . . ......  .  ....  .  . . . . .. .  . . . .. . ...... ... . ..  . .. .... ... . .. . . ........ . . ..  . ..  . ..  . . ... . . .... . . . . .... .. . .... . .. .   . . .. ....  ...  .  . .. .   ..... . . . . ................ .. . . .. ... . ..   .  ..  ..      
lowQualScore                  :          3 5 2 333 2  4  2 2 777777  6  0000  2  2 6 2 2 99 2  5 4 2 66 2 444444 111 4 44  4 99 0000 555 2 33 8 2 22222222 2 2 00  4 00  5 88  2 4 111 2 1 4444 2 2 2 2 2222 00 4 6666 1 99 1   2 2 88 6666  000  0  3 00 3   11111 4 4 4 4 6666666666666666 77 4 4 00 333 4 99   4  77  22      
consensus                     :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
Reference ( gi|82506 )        :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---C-T-G-T-G-A------------C---T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82508                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-AAC--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA----TG-T-C---A-C-T----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--TA-A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82505                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CGTT--AA-A--TG-T-C---A-C-AT---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CATT--T-TCAT--T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AA--CTAATG
gi|82504                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CA-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-AC-------G-T-G--CG-T--TA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T---A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82503                      : tTTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------C-G-G--CGTT--AA-T--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82507                      :  TTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T---A-C--AT---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-TTCCT---CG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CT
gi|82509                      :  TTTTTTTT-T-A-AATTT-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TTTCC-T--T-G-A--------G-T-G--CA-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GT-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA-T--T-TC----T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C------A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82511                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT--C----TT-TT-T-G-TCC--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A----------T-G--CG-T--AA-A--T--T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--TAA----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TATCA-T--TGTCA---A-T-T-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT------CTAATG
gi|82510                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CTGCC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CG-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--AG-T--AATA--TG-T-----A-C-A----T-T-G-C-T----G--T------T-C--T-TTT-T-T--C----TG---TATCA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--AGT-A-T--TAC-TT--A---CTAATG
gi|82512                      : tTTTTTTTT-T-A-A---A-TT-TG---A------C-----------------------A-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--G----T---C-A--T-A-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-C--GAC-TT--AC--CTAATG
gi|82513                      :  TTTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-ACATCATGGG-T-G--CG-T--AA-A--TG-C-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-CTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---
gi|82515                      :  TTTTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T---T-C--G--G-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TT--C-A--T-G----------G-T-G--GC-T--AA-AAATG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-CT-T-TTT-T-T--TG---CG---TA-CA----T-TCA---T-T-G-T-G-A------------G---T--A-A-C--A---A----TAC-TT--AC--CTAATt
gi|82517                      :  TTTTTTTT-T-A-------TT-TG---A------CT-CC----TT-TT---G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-T--A----T---C-A--TCG-A--------G-T-G--CG-T--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-GCC-T----G--C-G----T-C----TTT-T-T--CG----G---TAGCA----T-TCA---A-T-T-T-GAA------------CACGT--A-A-C--A---A-T--TAC-TTA-AC--CTGAT
gi|82516                      :  TTTTTTTTAT-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-TCCCTTTT-TT-T-G-T-C--G-TG-TCA-C--GAA------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-AT-------G-T-GCCCG-T---A-A--TGCT-C---A-A-A----T-T-G-C-C----A--T-AGTACT-C--TATTT-T-C--CA---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-GCT-G-A------------CCG-T--A-A-TAAA---A-T--TAC-TT--A---CTAATG
gi|82518                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-AT-TG-CCA------CTTCC----TT-TTGT-G-T-C--GGTA-TTA-C--G-A------T---A-TTGAA-C--AG---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AAGA--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-CG-T-TTT-T-T--CC---TG---AA-CA-T--T-------C-T-T-T-G-AGCG---------T---T--A-A-C--A---A-----AT-CT--ACTACTAATG
gi|82514                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-T---G-C-A------CT-C-----TT-TT-T-G-T-C--G-TGTT-A-C--G-A------A---G-T---A-C--A----T---C-A--T-G-A--------GTT-G--CG-T--AACA--TG-TCC---A-C-A----T-TGG-C-T----GA-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---T----TA-CA-TAAT-TCAT--T-T-G-TGG-A------------CG--T--A-A-CA-A---A-T--TAC-TT--A
gi|82520                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-T----TT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-CATAA-T-A----T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82519                      :  TTTTTTTT-T-A-A-----TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-CA-G-TGAT-A-CATG-A------CATAA-T--GA-CT-A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--C--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-G-C-TAGCGG--TCG----T-T--T-ATT-T-T--CG---TGTGCTA-CA-TTCT-TCA-----T-G-T-G-AG-----------G---T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--TTA
gi|82521                      :  TTTTTTTT-T-T-T---TATT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-C--T-AT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A------C--T-TTT-
gi|82522                      :  TTTTTTTT-T---A---C-TT-TG-C-A------CT-CC-----T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CATA-A------T---ACT--GA-CTAA----T---C-AATT-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-ATGATT-T-G-C-T----G--T-A----TAC--T-CTT-T-T--aaatacgtcataattgctgtacctaatg
gi|82529                      :   TTTTTTT-A-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--TCC-A--------G-T-GC-CG-T--AA-A--TG-T-C---GCC-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C----TTT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TTA---T-T-G---G-A------------CG--T--A-A-C--A---ATT--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82525                      :   TTTTTTT-T-AGA---T-TTATGAC-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-ACAAAACT---A-TCGGA-C--AGCCTT---C-A--T-G-A--------G-TAG--CG-TGAAA-A--TG-TAC---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-TCT--CGAATTGACATA-C--T--T-TCATATT-T-G-T-G-AGATGGAAACGTTC---T--ACA-C--ACCTA-T--TAC-TTTAAC--CTAA
gi|82527                      :   TTTTTTT-T-A--------T-TC-C-A------CT-TC----TT-TT-TTG-T-C--T-TT-T-A-C--G-A------T---T-T--GA-C--A----T---C-A----G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82526                      :   TTTTTTT-T-A-A---T-TT--G-C-A------CC-C------T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G--------T---A-T--GA-C--A----T---C-AATC-G-A--------G-C-G--------AA-G--T--------A-C-A------T-G-C------G----------------TTT-T-T--CC---TG---TA--A----T-TCA---T-T---T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-TACTAC-T
gi|82524                      :   TTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--
gi|82528                      :    TTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TGT-T-T--CG---TG---TA-TA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82530                      :    TTTTTT-T-A-AATAT-TT-TG-C-AG-----CT-CC----TT-TT-T-GCT-CCAG-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GAAC--A----TT--C-A--T-G-AAG------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C-----C-A----T-T-G-C-TAA--G--T-A----T-CATT-TTT-T-C--CT---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTA
gi|82523                      :    TTATTT-T-G-A---A-AT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------A---A-T--GT-C--A----T---C-A--T-GAA--------G-T-G--CG-T---A-A--TG-C-C-----C-A----TCT-G-CTT----G--T-A----T-C-----TT-T-T--CGT--TG---TA-CA-TA-T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C------A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82531                      :    TCTTTT-T-A-AAT-T-TT-TG-C-AACATCGCT-AT----TT-TA-T-G-T-G--G-TGGT-A-C--G-T------A---A-T--GA-A--C----T---C-A--AAG-C--------G-T-GG-CG-T--AA-AA-TG-T-C---A-C-AAAA-T-T-G-C-T----G--T-A----T-T--T-TTTAT-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------TG--TTAA-A-CA-A---A-T--TACGTT--AC--CTA
gi|82532                      :     TTTTT-T-A-AAAAT-TTGTG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CA---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82533                      :       TTT-T-A-A---T-TT-T--C-A-------T-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG--------A-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--TTG-A--------G---G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--GG---TGT--TG-CA----T-TCA---TAT-G-T-T-AG-----------CG--T--A-A-CG-A---A-T--TAC--T--AC--CTAATG
gi|82534                      :            -A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-TGTA-G--T-A----T-C--T-TTT-T-
gi|82535                      :           a-A-A---A-TT-TG-C-A------CTACC----TTATT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T----A------T---A-TG-GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GTTT-AT---T-C--T-TTT-T-T--
gi|82536                      :                   a-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--TA-T--A----T---C-A--T------------A-T-G--------------TG-T-C---A-TAA----T-T-A-C-T----G--T-A----G-C------T-T-T--CGC--TG---TA--A-T--T-TCA---T-T-G---G-A------------CG--TA-A-A-C--A---A----TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82538                      :                                                                -T-A-T--G-A------T---AAT--GAAC--A----T---CGA--T-G-T--------G-T-G--CG-TT-AA-A--TG-T-C---A-C-AA---T-T-G-C-T----G--TAA----T-T--T-TTT-T-T--CG---TG----A-CA-T--T-TCA---T-TGG-T-G-A------------CGT-T--A-AGC--A---A-T--
gi|82537                      :                                                                                                                   --------G-C-G--CG-TT-AG-C--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-C--T--T-------C-T-A-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AC--CTAATG
gi|82539                      :                                                                                                                                                        gtgtgtggcatacaaattgaataac-A----T-C--T-AGT-T-T--CG---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-TT--AT--CTAATG
gi|82540                      :                                                                                                                                                                                                         ---TG---TA-CA-T--T-TCA---T-T-G-T-G-A------------CG--T--A-A-C--A---A-T--TAC-

lowQualScore                  :                                                                                                                                                            1111                                                                                                                                 
lowQualScore                  :          1 2 1 888 1  2  1 1 444444  3  4444  1  1 3 1 1 22 1  3 2 1 55 1 333333 222 2 44  2 22 4444 444 1 33 4 1 88888888 1 1 33  2 33  3 22  1 2 222 1 6 0000 1 1 1 1 6666 33 2 4444 1 33 1   1 1 11 5555  333  3  666666 1   444 1 1 1 1 66666666 2  333 66 1  55 444 1 11   1 1 33  22      
lowQualScore                  :          . . . ... .  .  . . ......  .  ....  .  . . . . .. .  . . . .. . ...... ... . ..  . .. .... ... . .. . . ........ . . ..  . ..  . ..  . . ... . . .... . . . . .... .. . .... . .. .   . . .. ....  ...  .  ...... .   ... . . . . ........ .  ... .. .  .. ... . ..   . . ..  ..      
lowQualScore                  :          3 4 2 000 2  4  2 2 666666  5  9999  2  2 5 2 2 88 2  4 3 1 44 1 333333 000 3 33  4 88 9999 444 2 22 7 2 00000000 1 1 99  3 99  4 77  1 3 000 1 9 1111 1 1 1 1 0000 99 2 6666 1 88 1   2 2 77 4444  444  8  000000 2   777 2 3 3 3 99999999 6  555 11 3  66 000 3 88   3 4 44  00      
consensus                     :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
Reference ( family-451 )      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82503                      :  TTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------C-G-G--CGTT--AA-T--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82504                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CA-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-AC-------G-T-G--CG-T--TA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T----------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82505                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CGTT--AA-A--TG-T-C---A-C-AT---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CAT--T--T-TCAT--T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AA--CTAATG
gi|82506                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---C-T-G-T-G--------A-C----T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82507                      :  TTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T---A-C--AT---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-TTCCT---CG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CT
gi|82508                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-AAC--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA----TG-T-C---A-C-T----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---TA-A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82509                      : tTTTTTTTT-T-A-AATTT-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TTTCC-T--T-G-A--------G-T-G--CA-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GT-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TC----T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC------A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82510                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CTGCC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CG-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--AG-T--AATA--TG-T-----A-C-A----T-T-G-C-T----G--T------T-C--T-TTT-T-T--C----TG---TATCA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--AGT-A-T--TAC-T-T--A---CTAATG
gi|82511                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT--C----TT-TT-T-G-TCC--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A----------T-G--CG-T--AA-A--T--T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--TAA----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TATCA---T--TGTCA---A-T-T-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T------CTAATG
gi|82512                      :  TTTTTTTT-T-A-A---A-TT-TG---A------C-----------------------A-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--G----T---C-A--T-A-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-C--GAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82513                      :  TTTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-ACATCATGGG-T-G--CG-T--AA-A--TG-C-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-CTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-
gi|82514                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-T---G-C-A------CT-C-----TT-TT-T-G-T-C--G-TGTT-A-C--G-A------A---G-T---A-C--A----T---C-A--T-G-A--------GTT-G--CG-T--AACA--TG-TCC---A-C-A----T-TGG-C-T----GA-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---T----TA-CA---TAAT-TCAT--T-T-G-TGG--------A-CG---T--A-ACA-A---A-T--TAC-T-T--A
gi|82515                      :  TTTTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T---T-C--G--G-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TT--C-A--T-G----------G-T-G--GC-T--AA-AAATG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-CT-T-TTT-T-T--TG---CG---TA-CA------T-TCA---T-T-G-T-G--------A--G---T--A-AC--A---A----TAC-T-T--AC--CTAAT
gi|82516                      :  TTTTTTTTAT-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-TCCCTTTT-TT-T-G-T-C--G-TG-TCA-C--GAA------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-AT-------G-T-GCCCG-T---A-A--TGCT-C---A-A-A----T-T-G-C-C----A--T-AGTACT-C--TATTT-T-C--CA---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-GCT-G--------ACCG---T--A-ATAAA---A-T--TAC-T-T--A---CTAATG
gi|82517                      : tTTTTTTTT-T-A-------TT-TG---A------CT-CC----TT-TT---G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-T--A----T---C-A--TCG-A--------G-T-G--CG-T--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-GCC-T----G--C-G----T-C----TTT-T-T--CG----G---TAGCA---T--T-CAA---T-T---T-GAAC-----A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-TA-AC--CTGAT
gi|82518                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-AT-TG-CCA------CTTCC----TT-TTGT-G-T-C--GGTA-TTA-C--G-A------T---A-TTGAA-C--AG---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AAGA--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-CG-T-TTT-T-T--CC---TG---AA-CA------T-TCT---T-T-G-A-G----------CGT--T--A-AC--A---A-----AT-C-T--ACTACTAATG
gi|82519                      : tTTTTTTTT-T-A-A-----TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-CA-G-TGAT-A-CATG-A------CATAA-T--GA-CT-A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--C--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-G-C-TAGCGG--TCG----T-T--T-ATT-T-T--CG---TGTGCTA-CA---TTCT-TCA-----T-G-T-G--------A-GG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--TTA
gi|82520                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-T----TT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-CATAA-T-A----T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82521                      :  TTTTTTTT-T-T-T---TATT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-C--T-AT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A------C--T-TT-----------------TA-AA---T---------------------------A-CG---T--C-AT--A---A-T--TGC-TGT--AC--CTAATG
gi|82522                      :  TTTTTTTT-T---A---C-TT-TG-C-A------CT-CC-----T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CATA-A------T---ACT--GA-CTAA----T---C-AATT-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-ATGATT-T-G-C-T----G--T-A----TAC--T-CTT-T-T--
gi|82523                      :    TTATTT-T-G-A---A-AT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------A---A-T--GT-C--A----T---C-A--T-GAA--------G-T-G--CG-T---A-A--TG-C-C-----C-A----TCT-G-CTT----G--T-A----T-C-----TT-T-T--CGT--TG---TA-CA---TA-T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC------A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82524                      :   TTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--
gi|82525                      :   TTTTTTT-T-AGA---T-TTATGAC-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-ACAAAACT---A-TCGGA-C--AGCCTT---C-A--T-G-A--------G-TAG--CG-TGAAA-A--TG-TAC---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-TCT--CGAATTG----A-CATACT--T-TCATATT-T-G-T-GAGATGGAAA-CGTTCT--ACAC--ACCTA-T--TAC-T-TTAAC--CTAA
gi|82526                      :   TTTTTTT-T-A-A---T-TT--G-C-A------CC-C------T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G--------T---A-T--GA-C--A----T---C-AATC-G-A--------G-C-G--------AA-G--T--------A-C-A------T-G-C------G----------------TTT-T-T--CC---TG---TA--A------T-TCA---T-T---T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-TACTAC-T-
gi|82527                      :   TTTTTTT-T-A--------T-TC-C-A------CT-TC----TT-TT-TTG-T-C--T-TT-T-A-C--G-A------T---T-T--GA-C--A----T---C-A----G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82528                      :    TTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TGT-T-T--CG---TG---TA-TA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82529                      :   TTTTTTT-A-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--TCC-A--------G-T-GC-CG-T--AA-A--TG-T-C---GCC-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C----TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TTA---T-T-G---G--------A-CG---T--A-AC--A---ATT--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82530                      :    TTTTTT-T-A-AATAT-TT-TG-C-AG-----CT-CC----TT-TT-T-GCT-CCAG-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GAAC--A----TT--C-A--T-G-AAG------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C-----C-A----T-T-G-C-TAA--G--T-A----T-CATT-TTT-T-C--CT---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTA
gi|82531                      :    TCTTTT-T-A-AAT-T-TT-TG-C-AACATCGCT-AT----TT-TA-T-G-T-G--G-TGGT-A-C--G-T------A---A-T--GA-A--C----T---C-A--AAG-C--------G-T-GG-CG-T--AA-AA-TG-T-C---A-C-AAAA-T-T-G-C-T----G--T-A----T-T--T-TTTAT-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-TG---TTAA-ACA-A---A-T--TACGT-T--AC--CTA
gi|82532                      :     TTTTT-T-A-AAAAT-TTGTG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CA---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82533                      :       TTT-T-A-A---T-TT-T--C-A-------T-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG--------A-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--TTG-A--------G---G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--GG---TGT--TG-CA------T-TCA---TAT-G-T-T--------AGCG---T--A-ACG-A---A-T--TAC---T--AC--CTAATG
gi|82534                      :            -A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-TGTA-G--T-A----T-C--T-TTT-T-
gi|82535                      :           a-A-A---A-TT-TG-C-A------CTACC----TTATT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T----A------T---A-TG-GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GTTT-AT---T-C--T-TTT-T-T--
gi|82536                      :                   a-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--TA-T--A----T---C-A--T------------A-T-G--------------TG-T-C---A-TAA----T-T-A-C-T----G--T-A----G-C------T-T-T--CGC--TG---TA--A---T--T-TCA---T-T-G---G--------A-CG---TA-A-AC--A---A----TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82537                      :                                                                                                                   --------G-C-G--CG-TT-AG-C--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-C-------T-TC------T-A-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82538                      :                                       gtgtgtggcatacaaattgaataac-T-A-T--G-A------T---AAT--GAAC--A----T---CGA--T-G-T--------G-T-G--CG-TT-AA-A--TG-T-C---A-C-AA---T-T-G-C-T----G--T-AA---T-T--T-TTT-T-T--CG---TG----A-CA---T--T-TCA---T-TGG-T-G--------A-CG---TTAA-GC--A---A-T--
gi|82539                      :                                                                                                                                                                                 -A----T-C--T-AGT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AT--CTAATG
gi|82540                      :                                                                                                                                                                                                         ---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-

lowQualScore                  :                                                                                                                                                            1111                                                                                                                                 
lowQualScore                  :          1 2 1 888 1  2  1 1 444444  3  4444  1  1 3 1 1 22 1  3 2 1 55 1 333333 222 2 44  2 22 4444 444 1 33 4 1 88888888 1 1 33  2 33  3 22  1 2 222 1 6 0000 1 1 1 1 6666 33 2 4444 1 33 1   1 1 11 5555  333  3  666666 1   444 1 1 1 1 66666666 2  333 66 1  55 444 1 11   1 1 33  22      
lowQualScore                  :          . . . ... .  .  . . ......  .  ....  .  . . . . .. .  . . . .. . ...... ... . ..  . .. .... ... . .. . . ........ . . ..  . ..  . ..  . . ... . . .... . . . . .... .. . .... . .. .   . . .. ....  ...  .  ...... .   ... . . . . ........ .  ... .. .  .. ... . ..   . . ..  ..      
lowQualScore                  :          3 4 2 000 2  4  2 2 666666  5  9999  2  2 5 2 2 88 2  4 3 1 44 1 333333 000 3 33  4 88 9999 444 2 22 7 2 00000000 1 1 99  3 99  4 77  1 3 000 1 9 1111 1 1 1 1 0000 99 2 6666 1 88 1   2 2 77 4444  444  8  000000 2   777 2 3 3 3 99999999 6  555 11 3  66 000 3 88   3 4 44  00      
consensus                     :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
Reference ( family-451 )      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82503                      :  TTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------C-G-G--CGTT--AA-T--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82504                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CA-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-AC-------G-T-G--CG-T--TA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T----------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82505                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CGTT--AA-A--TG-T-C---A-C-AT---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CAT--T--T-TCAT--T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AA--CTAATG
gi|82506                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---C-T-G-T-G--------A-C----T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82507                      :  TTTTTTTT-TAA-A---T-TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T---A-C--AT---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-TTCCT---CG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CT
gi|82508                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-AAC--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA----TG-T-C---A-C-T----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---TA-A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82509                      : tTTTTTTTT-T-A-AATTT-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TTTCC-T--T-G-A--------G-T-G--CA-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GT-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---TG---TA-CA---T--T-TC----T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC------A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82510                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CTGCC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CG-G-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--AG-T--AATA--TG-T-----A-C-A----T-T-G-C-T----G--T------T-C--T-TTT-T-T--C----TG---TATCA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--AGT-A-T--TAC-T-T--A---CTAATG
gi|82511                      : tTTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT--C----TT-TT-T-G-TCC--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A----------T-G--CG-T--AA-A--T--T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--TAA----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TATCA---T--TGTCA---A-T-T-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T------CTAATG
gi|82512                      :  TTTTTTTT-T-A-A---A-TT-TG---A------C-----------------------A-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--G----T---C-A--T-A-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-C--GAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82513                      :  TTTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-ACATCATGGG-T-G--CG-T--AA-A--TG-C-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-CTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-
gi|82514                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-T---G-C-A------CT-C-----TT-TT-T-G-T-C--G-TGTT-A-C--G-A------A---G-T---A-C--A----T---C-A--T-G-A--------GTT-G--CG-T--AACA--TG-TCC---A-C-A----T-TGG-C-T----GA-T-A----T-C--T-TTT-T-T--CC---T----TA-CA---TAAT-TCAT--T-T-G-TGG--------A-CG---T--A-ACA-A---A-T--TAC-T-T--A
gi|82515                      :  TTTTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T---T-C--G--G-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----TT--C-A--T-G----------G-T-G--GC-T--AA-AAATG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----T-CT-T-TTT-T-T--TG---CG---TA-CA------T-TCA---T-T-G-T-G--------A--G---T--A-AC--A---A----TAC-T-T--AC--CTAAT
gi|82516                      :  TTTTTTTTAT-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-TCCCTTTT-TT-T-G-T-C--G-TG-TCA-C--GAA------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-AT-------G-T-GCCCG-T---A-A--TGCT-C---A-A-A----T-T-G-C-C----A--T-AGTACT-C--TATTT-T-C--CA---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-GCT-G--------ACCG---T--A-ATAAA---A-T--TAC-T-T--A---CTAATG
gi|82517                      : tTTTTTTTT-T-A-------TT-TG---A------CT-CC----TT-TT---G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-T--A----T---C-A--TCG-A--------G-T-G--CG-T--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-GCC-T----G--C-G----T-C----TTT-T-T--CG----G---TAGCA---T--T-CAA---T-T---T-GAAC-----A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-TA-AC--CTGAT
gi|82518                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-AT-TG-CCA------CTTCC----TT-TTGT-G-T-C--GGTA-TTA-C--G-A------T---A-TTGAA-C--AG---T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AAGA--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-CG-T-TTT-T-T--CC---TG---AA-CA------T-TCT---T-T-G-A-G----------CGT--T--A-AC--A---A-----AT-C-T--ACTACTAATG
gi|82519                      : tTTTTTTTT-T-A-A-----TT-TG-C-A------CT-CCT---TT-TT-T-G-T-CA-G-TGAT-A-CATG-A------CATAA-T--GA-CT-A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--C--GA-A--TG-T-C---A-CAA----T-T-G-C-TAGCGG--TCG----T-T--T-ATT-T-T--CG---TGTGCTA-CA---TTCT-TCA-----T-G-T-G--------A-GG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--TTA
gi|82520                      :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-T----TT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-CATAA-T-A----T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82521                      :  TTTTTTTT-T-T-T---TATT-TG-C-A------CT-CT----TT-TT-T-G-T-C--T-AT-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A------C--T-TT-----------------TA-AA---T---------------------------A-CG---T--C-AT--A---A-T--TGC-TGT--AC--CTAATG
gi|82522                      :  TTTTTTTT-T---A---C-TT-TG-C-A------CT-CC-----T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-CATA-A------T---ACT--GA-CTAA----T---C-AATT-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-ATGATT-T-G-C-T----G--T-A----TAC--T-CTT-T-T--
gi|82523                      :    TTATTT-T-G-A---A-AT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------A---A-T--GT-C--A----T---C-A--T-GAA--------G-T-G--CG-T---A-A--TG-C-C-----C-A----TCT-G-CTT----G--T-A----T-C-----TT-T-T--CGT--TG---TA-CA---TA-T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC------A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82524                      :   TTTTTTT-T---A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--
gi|82525                      :   TTTTTTT-T-AGA---T-TTATGAC-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-ACAAAACT---A-TCGGA-C--AGCCTT---C-A--T-G-A--------G-TAG--CG-TGAAA-A--TG-TAC---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-TCT--CGAATTG----A-CATACT--T-TCATATT-T-G-T-GAGATGGAAA-CGTTCT--ACAC--ACCTA-T--TAC-T-TTAAC--CTAA
gi|82526                      :   TTTTTTT-T-A-A---T-TT--G-C-A------CC-C------T-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G--------T---A-T--GA-C--A----T---C-AATC-G-A--------G-C-G--------AA-G--T--------A-C-A------T-G-C------G----------------TTT-T-T--CC---TG---TA--A------T-TCA---T-T---T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-TACTAC-T-
gi|82527                      :   TTTTTTT-T-A--------T-TC-C-A------CT-TC----TT-TT-TTG-T-C--T-TT-T-A-C--G-A------T---T-T--GA-C--A----T---C-A----G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--CG-T-C---A-T-AA---T-T-G-C-T----G--T-A----C-C--T-
gi|82528                      :    TTTTTT-T-A-----T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-T--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-TAA----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TGT-T-T--CG---TG---TA-TA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82529                      :   TTTTTTT-A-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-TTG-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--TCC-A--------G-T-GC-CG-T--AA-A--TG-T-C---GCC-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C----TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TTA---T-T-G---G--------A-CG---T--A-AC--A---ATT--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82530                      :    TTTTTT-T-A-AATAT-TT-TG-C-AG-----CT-CC----TT-TT-T-GCT-CCAG-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GAAC--A----TT--C-A--T-G-AAG------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C-----C-A----T-T-G-C-TAA--G--T-A----T-CATT-TTT-T-C--CT---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTA
gi|82531                      :    TCTTTT-T-A-AAT-T-TT-TG-C-AACATCGCT-AT----TT-TA-T-G-T-G--G-TGGT-A-C--G-T------A---A-T--GA-A--C----T---C-A--AAG-C--------G-T-GG-CG-T--AA-AA-TG-T-C---A-C-AAAA-T-T-G-C-T----G--T-A----T-T--T-TTTAT-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-TG---TTAA-ACA-A---A-T--TACGT-T--AC--CTA
gi|82532                      :     TTTTT-T-A-AAAAT-TTGTG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--C--T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CA---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82533                      :       TTT-T-A-A---T-TT-T--C-A-------T-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG--------A-A------T---A-T--G--C--A----T---C-A--TTG-A--------G---G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--GG---TGT--TG-CA------T-TCA---TAT-G-T-T--------AGCG---T--A-ACG-A---A-T--TAC---T--AC--CTAATG
gi|82534                      :            -A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-TGTA-G--T-A----T-C--T-TTT-T-
gi|82535                      :           a-A-A---A-TT-TG-C-A------CTACC----TTATT-T-G-T-C--G-TG-T-A-T----A------T---A-TG-GA-C--A----T---T-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----GTTT-AT---T-C--T-TTT-T-T--
gi|82536                      :                   a-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--TA-T--A----T---C-A--T------------A-T-G--------------TG-T-C---A-TAA----T-T-A-C-T----G--T-A----G-C------T-T-T--CGC--TG---TA--A---T--T-TCA---T-T-G---G--------A-CG---TA-A-AC--A---A----TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82537                      :                                                                                                                   --------G-C-G--CG-TT-AG-C--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-C-------T-TC------T-A-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
gi|82538                      :                                       gtgtgtggcatacaaattgaataac-T-A-T--G-A------T---AAT--GAAC--A----T---CGA--T-G-T--------G-T-G--CG-TT-AA-A--TG-T-C---A-C-AA---T-T-G-C-T----G--T-AA---T-T--T-TTT-T-T--CG---TG----A-CA---T--T-TCA---T-TGG-T-G--------A-CG---TTAA-GC--A---A-T--
gi|82539                      :                                                                                                                                                                                 -A----T-C--T-AGT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AT--CTAATG
gi|82540                      :                                                                                                                                                                                                         ---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-


blockSeqs                     :          A A G ATT A  A  A C ACATCG  G  CCTT  A  G T C C CA G  T C A AT A CAAAAC ATA C TG  A TA GCCT TTC G AT C A CATCATGG T A CC  T GA  T AA  C C ATA C A TGAT C G C T AGCG TT A GTAC A AT A   A C TC GAAT  TGC  T  TACT   G   TAT A G C G AGATGGAA C  TTC TA C  AA CCT T AC   G G TA  TA
blockSeqs                     :          . . . ATA .  G  . . G       T  T     .  . T . . A  .  A T . AT . .      .   A CG  A T  T    T   . AT C . AG       . . C   . T   C A   . A .   . A AAA  . . . . GTA  T  C T    . T  .   . . .  GT    T    T  TAA    .   T   . . . . AAC      G  T   TA .  A  GT  . .    . . A   . 
blockSeqs                     :          . . . AAA .  .  . . .       A  T     .  . T . . .  .  G . . A  . .      .   . G   . .  G    T   . .  A . C        . . G   . T   G .   . . .   . A T    . . . . AA   A  . A    . G  .   . . .  GC    .    G  TTC    .   T   . . . . .        .  .   A  .  A  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . AT  .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . G  . .      .   . .   . .  .    .   . .  T . T        . . .   . .   . .   . . .   . A A    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  TT     .   .   . . . . .        .  .   A  .  G  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . A A    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  TA     .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . A A    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . A    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  T     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  A     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  C     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  T     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  A     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  T      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .   . 
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  .      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . . .     
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  G     .    .  .      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    . .       
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  .     .    .  .      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .    .         
blockSeqs                     :          . . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .  .     .    .  .      .   .   . . . . .        .  .   .  .  .  .   . .              
blockSeqs                     :            . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .        .    .  .      .   .   .                                                     
blockSeqs                     :            . . .   .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . . .                                                                                     
blockSeqs                     :                    .  .  . . .       .  .     .  . . . . .  .  . . . .  . .      .   . .   . .  .    .   . .  . . .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .   . .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                . . . .  . .      .   . .                          .        . . .   . .   . .   . . .   . . .    . . . . .    .  . .    . .  .                                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                 . .    . .  .                                                                                             


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG
finalCons                     :  TTTTTTTT-T-A-A---T-TT-TG-C-A------CT-CC----TT-TT-T-G-T-C--G-TG-T-A-C--G-A------T---A-T--GA-C--A----T---C-A--T-G-A--------G-T-G--CG-T--AA-A--TG-T-C---A-C-A----T-T-G-C-T----G--T-A----T-C--T-TTT-T-T--CG---TG---TA-CA---T--T-TCA---T-T-G-T-G--------A-CG---T--A-AC--A---A-T--TAC-T-T--AC--CTAATG