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Reference ( gi|49975 )        : TGAGGC-T-GCC-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GGCG-AAAAAT-A-AA----CAAAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA--------CA---C------GT----AT-AATATT-C-AAGTCAAA
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Alignments
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Reference ( family-450 )      : TAAGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA
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lowQualScore                  :        2  6666 6    22222 2   2 44444444 2 2 333 77  333      4444 333333  111 2 2 000000000000 777777777      1111111  666 22222    7777777 7  22222222222    5555         7  6        8 6    4444   3  7 7      666   00    77   33      7 7     00 8 8  8 8 5  7 7777 7  2  7 7   7  000 7     7 000     8 8   9 88888 222222 0   88  0  0      0 1        
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Reference ( family-450 )      : TAAGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA
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blockSeqs                     :        T  ATGC C    TTAAA G   T AGCCTACA C T TAG TT  TGG      AAAA ACTTTA  TTT G G ATAACCTATTCT GTTTCAGCT      AAAAAGT  AAG TGTGC    TATACCC A  GCCCCCGCCTC    TAAT         G  A        A G    TTCA   A  G C      TTA   CT    TG   TA      G G     TC T C  A A A  T GTAA C  C  C A   A  ATT A     A ACC     A T   G TGTTG AATAGC A   TG  A  A      A G
blockSeqs                     :        .  .    G    A     .   . .        . . C   .   T        .    .       .   . . .            GGC            A        G   .        TA      .  A              .            .  .        A .    .      A  . .      A     C     T    .       . .     AG . .  . . A  . .    .  T  . .   .  .   .     . .       . .   . .     CAC    .   .   .  A      . .
blockSeqs                     :        .  .    C    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            C              .        .   .        .       .  T              .            .  .        A .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  T  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  A      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     C    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     C    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     A    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     C    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      . .
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     T    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .     .      .   .   .  .      .  
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     .    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .   . .                                 
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     .    .       . .     .  . .  . . .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .       . .                                       
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     .    .       . .                 .  . .    .  .  . .   .  .   .     . .                                                 
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .              .        .   .        .       .  .              .            .  .        . .    .      .  . .      .     .     .    .       .                                                                                                          
blockSeqs                     :        .  .    .    .     .   . .        . . .   .   .        .    .       .   . . .            .                                                                              .        . .    .                                                                                                                                                      
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Reference ( family-450 )      : TAAGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA
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gi|49991                      :   AGGCT-GT----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------T
gi|49992                      :   AGGCT-GC----C-GAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGAGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-TT-C-AAA-AA---T-TTCAA-A---CACTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA
gi|49993                      :   AGGC--GC----C-GAAA-----G-TTA-A--------T-TTC---T--ACT--GTTAAG----C------GT---C-AGC------------C---------TCAAAA-------AT---------CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGAA-----GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AAGA-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTAGT-AGAAA--A-T-CA-C-C--A-T----T-CA-TT-C-AA--AA---T-TTCAA-A---CACTG-A-ATAGC-----A------C-ATT--GT--T-AATATT-C-AAGTCAAA
gi|49994                      :   AGGCT-GC----C-TCAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------AT---C-A-T------------C---------
gi|49995                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AT---GTTTAG-----------GT---C-A--------------C---------TCA
gi|49996                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----A-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------
gi|49997                      :   AGACT-GC----C-TAAA-----T-CTA-AAGCCTACAT-T-C---T--AC----TTTAA----T------GT---C-A-C----------------------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------AACC-----------TATG----AGGAAGGGA-GG-GGGAAAATAA-AACA----AACAAA-A-AAATTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T--GAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AAATTT-TCCACAA---CA-TG-A-ATA-C-----
gi|49998                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----ATGGAGGGA-GG-GGAGAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-CA-T----T-CA-AT-C-AAT-AA---T-TTCAC-A---
gi|49999                      :   AGGCT-GC----CCTAAA-----T-TAA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA-----------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CCT----------TATG----AGGGAGGGA-GG-G--AAAATAA-AACA----AAC-AA-A-AATTTT----AA--CACGC--TG--TATGTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TT-AC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATA-T-C-AAGTCAAA
gi|50000                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTG-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----TTT-------TTTTT---AAA--CATAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-------------------------ATTA-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-GATATT-C-AAGTAAA
gi|50001                      :   AAGCT-GC----C-TAAA-----G-GTA-A--------T-T-C---T--AC---GGTTAA----C------GT---C-C-C------------C---------TGAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TAT--------GAGGGA-GG-GGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CAC---GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-CAC-AA---T-TTCAC-A---TATTA-A-ATC-C-----A------A-ATT--GT-AA-AATATT-
gi|50002                      :   AGGCTTGC----CGTAAA-----G-TTA----------T-T-C---T--AC---GTTTAA----C------TT---CGA-C------------C---------TCAAAAAAAAAGTAT---TTGTGCCAAATATACCCA-CCGCCCCCGCCTCTATG----AGGGAGGGA-GG-GGGAAAAT-AGAACA----AAC-AA-A-A--TTT---AAAC-CACAA-GTG--TTATTA-T-AGAAAAGA-T-CA-C-C-TATT----T-CATAT-CAAAC-AA---T-TCGAC-A---CTATG-ATATT-C-----A------C-ATT--GT-ATAAATATT-C-AAGTCAAA
gi|50003                      :   AGGCT-GC----CCTAAA---------A-A--------T-T-----T--AT---------------------T---C-A--------------------------AAAA-------AT---T-----TAAA---------CC-----------TATATAATAGGGAGGGA-GG-GGAAAAGTAA-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---------TCAC-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T--A-C-TATA-T----T-CA-AT-G-TAT-GA---TATTCAG-T---AATTG-A-AT
gi|50004                      :   AGGCT-AC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-T---T--AC---GTTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------T
gi|50005                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----GGTTA-A--------T-T-C---T--AC---ATTTAA----C------GT---C-A-C------------C---------T
gi|50006                      :   AGGCT-GC----C-TAAA-----G-TTA-A--------T-T-G---T--AC---GTTTAA----C------G
gi|50007                      :     GCT-GC----C-TAAATTAAAG-CTA-A--------T-T-C---T--AC---GTTTAA----T------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGAAGGGA-GG-GGGAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AAATTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA-CTGTTGT------G-ATT--AT-GT-AATGTT-C-
gi|50008                      :                                                            TAA----T------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGAGA-GGAGGAAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AATTTT---AAA--CACAT-GTG--TATTTA-T-AGAAA--A-T-CA-C-C-TA-T----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA
gi|50009                      :                                                            TAA----C------GT---C-A-C------------C---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TACG----AAGGAGGGA-GT-GGAAAAAT-A-AACA----AA
gi|50010                      :                                                                                                 ---------TCAAAA-------AT---T-----CAAA-------A-CC-----------TATG----AGGGAGGGA-GG-GGGAAAAT-A-AACA----AAC-AA-A-AAATTT---AAA--CACAT-GCG--TATTTA-T-A
gi|50011                      :                                                                                                                                                                               G-GAGAGAAT-A-AACA----AAA-AA-A-AATTT----GAA--CAAGT-GT---TATTTA-A-AGAAA--A-T-CAAC-C-TA-TGTAAT-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTCAA-A---TATTT-A-ATA-A-----AAATAGCC-ATT--GT-GT-GATATTACGAAGTCAA
gi|50012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                -TA-C----T-CA-AT-C-AAC-AA---T-TTTAC-A---CATTG-A-ATA-C-----A------C-ATT--GT-AT-AATATT-C-AAGTCAAA