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lowQualScore                  :     .   .. ....   .    . . .   ....   .      . ...  ... .  ..... ..  . .  ....  .. ...... .. . .  .........   .. . .  .      . . .  .  .  .    .. .. . . . .   ....      . .. ..    .. . ...      . .     .... ....         .  ...   .  .   ..   ...      . ..  .   .        .....  ........ .   
lowQualScore                  :     5   77 7777   5    2 2 5   0000   2      2 111  222 5  33333 55  5 5  7777  55 000000 44 7 7  000000000   88 4 9  1      9 5 5  5  0  5    00 55 5 5 5 8   3333      8 55 33    33 2 999      7 4     8888 8888         5  444   5  0   44   222      5 99  5   5        22222  55555555 7   
consensus                     : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CCGTAA-C---CG---GAAAG--T-A--GA-C-TC----GG--A------C--G-T-GG---------ATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T----AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CCTGT-TAAAAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
Reference ( gi|80219 )        : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CCGTAA-C---CG---GTAAA--T-A--GA-C-TC----GG--A------C--G-T-GG---------ATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TTCGCCGG-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T----AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CCTAT-TAAAAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80218                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CCGTAA-C---CG---GAAAG--T-A--GA-C-TC----GG--A------C--G-T-GG---------ATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCGCCGG-A--A-ACGCG--T-A---TGTGGA-T-GACGT----T----AAAAGGCTA-AA---ACC-GA-AGC--TCTG--TAAAAT-G--TA-TCA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80220                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CCGTAA-C---TG---GAAAG--T-A--GA-C-TC----GG--A------C--A-T-GG---------ATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTT-TTCGCCGG-A--A-ACGTG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T----AAAAAGATA-GA---ACC-AA-ATC--CTTG--TAAAAT-G--AA-TTA-TTTAGAAG-----TAAGGTT---G-ATT
gi|80221                      : CAAT-AGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAT---TTT-CCGCAA-C---CG---GAAAA--A-A--GA-C-TC----GG--A------C--G-T-GG---------ATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCGCCGG-A--A-ACGCG--C-A---TGTGCA-T-GACGT----T----AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CTTG--TAAAAT-G--TA-TCA-TTTAGAAG-----TA----A---G-ATT
gi|80222                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-CCAT---TTT-CCGTAA-C---CG---GAAAG--T-A--GA-C-TC----GG--A------C--G-T-GG---------ATC--G-G-TGCAAAAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCACCGG-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T----ACAAGGCTA-GT---ACC-GA-ATC--CCTG--TAAAAT-G--TG-TTA-TTTAGAAA-----TA----TTAAG-ATT
gi|80224                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-GGTCAA---TTT-CCGTAA-C---CG---GAAAG--T-A--GA-CCTC----GG--A------C--G-T-GG---------A-C--G-G-CGCAA-AAT-T-G-CA-TCGAA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT---CGACGG-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T-----AATGGCTT-GA---ACC-GA-AT---CCTAT-TAAAAT-GA-TA-TTATTTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80225                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAC---ATT-CCGTAA-C---CG---GAAAG--T-A--GA-C-TC----GGACA------C--G-T-GG---------ATCG-G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-AATTTT-TCCGCCGGCA--A-ACGCG--CAA---TGTGCA-T-GACGT----T----AGGAGGCTA-GA---ACCGGA-ATC--CCTTG-TAAAATAG--AA-TTA-TTC--AAT-----TA----T---T-ATT
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gi|80228                      : CAATTCAG--A----TCA-CGCG-C-GATCAA---TCA-CGTTAA-C---CG---GAAAAGTT-A--GAAC-TC----GGG-A------C--G-TTGG---------ATC--GTG-CG-AACAAT-TCG-CA-TT-CA-ATCG--A--TTG-C-ATTTTC-T-CGCCGG-A--A-GCGCG--C-ATC-TGTGGA-TGGACTG----T----AAAGGCCTT-GA---ACC-GACATCTTCCTAT-AAAAAT-G--TA-TTA-TTTAGAAGATGTATA----T---G-GTT
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gi|80236                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-CCAT---TTT-CCGTAG-C---CG---G-AAA--T-A--G
gi|80238                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAT---TTT-CCGTAA-C---CG---G
gi|80235                      : CAAT-CGGCAA----TC----CT-C-G-GCTA---ACT-CCGTTA-CGCTCC---GTA----T-A--AA-CCTC----GG--A------T--G-T-GA---------AT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-TC-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT-C-CGCCGG-A--A-
gi|80239                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAT---TTT-CCGTAA-C---CG---
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gi|80248                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CCGtacgggaatagccgagtagttacgattggtcatggatggc
gi|80247                      : CAAT-CGG--G----TCA-CGCT-C-G-CCAT---TTT-CCGTAA-C---CG---
gi|80244                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CGGTTA-C---GG---G
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gi|80241                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-ACAT---TTC-CCGAAA-C---CG---GAAAG--T-
gi|80237                      : CAAT-CGG--A----TCA-CCCT-C-G-TCCT---TTT-CCGTTA-C---CG---GAAAG--A-A--GA-
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gi|80252                      :                                       -CCGTTA-C----------AAT--T-A--GAAC-TA----GGTTA------C--G-T-G----------ATC--G---CGCAAGA-T-T-G-CA-TT-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTT--TTCGCCGG-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T----AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CCTA--TAAAAT-G--TA--TA--TTAGAGG-----TA----T---GTATT
gi|80253                      :                                                                  --GA-C-TC----GG--AAACAGGC--C-T-AG---------ATC--G---CGCAAGAAT-T-GGCA-TCGAA-ATCAGAA--T-G-CTATTTTT-TCTGCCGA-A--A-GCGCG--C-A---TGTGGA-T-GACG-----T----AAAAGGCTACGA---ACC-GA-ATC--CTTAT-TAAAAT-A--TA-TTA-TTTAGAAG-----T
gi|80254                      :                                                                      -C-TC----GG--A------T--G-T-GA---------AT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-TC-GA-ATTG--A--T-A-C-ATTTCT-C-CGCCGG-A--A-
gi|80255                      :                                                                      -C-TC----GG--A------T--G-T-G----------ATT--G-T-TGTAAGGATAT-G-CA-TC-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT-C-CGCCGG-A--A-
gi|80256                      :                                                                          C----GG--A------T--G-T-GA---------AT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-CC-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT-C-CGCCGG-A--A---GTA--C-A---TGT
gi|80225                      :                                                                                                              C--G-G-CGGAAAAAT-T-G-CA-TC-GA-TTTG--A--T-G-C-AATTCT-TGCGCCCG-A--
gi|80235                      :                                                      caatcggatcacgctcgtcacattccgtaaccggaaagtagactcggacacgtggaC--G-G-CG-GAGAAA-T-G-TA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-ATgcaaacgcgcaatgtgcatgacgttaggaggctagaaccggaatcccttgtaaaatagaattattcaattattatt
gi|80254                      :                                           caatcggcaatcctcggctaactccgttacgctccgtataaacctcggatgtgaatggtgtagggatC--G-G-CG-GAGAAA-T-G-TA-TC-AA-TTCG--A--T-G-C-ATgaa
gi|80255                      :                                                                                      ctcggatgtgaatggtgtagggatC--G-G-CG-GAGAAA-T-G-TA-TC-AA-ATCG--A--T-G-C-ATgaa
gi|80256                      :                                                                                      ctcggatgtgattgttgtaaggatC--G-G-CG-GAGAAA-T-G-TA-TC-AA-ATCG--G--T-G-C-ATgaa

lowQualScore                  :                                                                                                      111111111                                                               11                                                                                11                                  11111111     
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lowQualScore                  :     .   .. ....   .    . . .   ....   .  ......    . ......    ......  .. . ...... .. . ..  ....  .. ......... .. . .    ... . .  .      . . .  . . .  .    .. .. . . . .    ..       . .. ..   . .. . ...      . .     .... ..         .  ...   .  .   ..  .  ..   ..   . ..  .   .        .....  ........ .   
lowQualScore                  :     4   77 6666   4    2 2 4   1111   1  333333    2 555555    444444  33 7 888888 33 2 33  4444  00 000000000 22 6 6    333 6 2  5      0 7 7  7 7 5  7    44 11 7 7 7 7    22       8 55 66   1 99 1 666      2 2     0000 66         4  111   4  7   22  4  22   22   4 66  4   4        99999  22222222 5   
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Reference ( family-449 )      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TGT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
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consensus                     : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TGT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
Reference ( family-449 )      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TGT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80218                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCGCCGG-A--A-ACGC-G--T-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-AA---ACC-GA-AGC--TC-TG--TAA--AAT-G--TA-TCA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80219                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-C-----CGGTA------AA--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TTCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TAT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
gi|80220                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-C-----TGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--A-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-T-CGCCGG-A--A-ACGT-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAAGATA-GA---ACC-AA-ATC--CT-TG--TAA--AAT-G--AA-TTA-TTTAGAAG-----TAAGGTT---G-ATT
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gi|80222                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-CCAT---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-TGCAAAAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCACCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--ACAAGGCTA-GT---ACC-GA-ATC--CC-TG--TAA--AAT-G--TG-TTA-TTTAGAAA-----TA----TTAAG-ATT
gi|80223                      : CAAT-CGG--A----TTA-TGCT-T-G-TCAT---TTTTCC------GTAA-C-----GGGAA------AG--A-A------G--A-C--TT----AG--A---------C--G-T-GGATT--G-G-TGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-A-TTTA-TCCGCCAG-A--A-GCAT-G--C-A---TGTGGA-T-GAGGT----T--TAAAGGATT-GA---ACC-GA-ATC--TC-TG--TAA--AAT-G--TA-TAG-TTTAGAAG-----TA----A---G-ACT
gi|80224                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-GGTCAA---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-CC-TC----GG--A---------C--G-T-GGA-C--G-G-CGCAA-AAT-T-G-CA-T-CGAA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT---CGACGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T---AATGGCTT-GA---ACC-GA-AT---CC-TAT-TAA--AAT-GA-TA-TTATTTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
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gi|80228                      : CAATTCAG--A----TCA-CGCG-C-GATCAA---TCA-CG------TTAA-C-----CGGAA------AAGTT-A------G--AAC--TC----GGG-A---------C--G-TTGGATC--GTG-CG-AACAAT-TCG-CA-T-T-CA-ATCG--A--TTG-C-ATTTTC-TC-GCCGG-A--A-GCGC-G--C-ATC-TGTGGA-TGGACTG----T--AAAGGCCTT-GA---ACC-GACATCTTCC-TAT-AAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAGATGTATA----T---G-GTT
gi|80229                      : CAAT-CGG--AGATACAA-CGCTACAG-TCAACAATTT-CC------GTAA-C------GGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG------------C--GTT-GGTTC--G-G-C
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gi|80232                      : CAAT-AGG--A----ACA-CGCT-T-C-TCCT---TTT-CT------GTAA-C-----CGGAA------AG--A-A------G--A-C--TTACAAAG--A---------C--G-T-GGATCAAG-T-TG-AACGAT-T-G-CA-TGT-AC-ATGT--A--T-A-T-ATTATA-TC-----G-A--T-TTAC-G--------TGT----------T----TTAAAAAGGCAA-GA---ATG-GA-ATT--CC-TATATGA--A---G--TG-TTA-TTTAGAAA-----TA----A---G-AT
gi|80233                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-C-----CGG
gi|80234                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-C-----CG
gi|80235                      : CAAT-CGGCAA----TC----CT-C-G-GCTA---ACT-CC------GTTA-CGCTC-CGTA-----------T-A------A--A-CC-TC----GG--A---------T--G-T-GAAT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-T-C-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT--CCGCCGG-A--A-
gi|80236                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-CCAT---TTT-CC------GTAG-C-----CGGAA------A---T-A------G--
gi|80237                      : CAAT-CGG--A----TCA-CCCT-C-G-TCCT---TTT-CC------GTTA-C-----CGGAA------AG--A-A------G--A-
gi|80238                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAT---TTT-CC------GTAA-C-----CGG
gi|80239                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAT---TTT-CC------GTAA-C-----CG
gi|80240                      : CAAT-CGG--A----TCAACGCT-C-G-TCAA---TTT-CC------GTAA-T-----CGG
gi|80241                      : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-ACAT---TTC-CC------GAAA-C-----CGGAA------AG--T-
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gi|80253                      :                                                                             ------G--A-C--TC----GG--AAACAGG---C--C-T-AGATC--G---CGCAAGAAT-T-GGCA-T-CGAA-ATCAGAA--T-G-CTATTTTT-TCTGCCGA-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACG-----T--AAAAGGCTACGA---ACC-GA-ATC--CT-TAT-TAA--AAT-A--TA-TTA-TTTAGAAG-----T
gi|80254                      :                                                                                       -C--TC----GG--A---------T--G-T-GAAT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-T-C-GA-ATTG--A--T-A-C-ATTTCT--CCGCCGG-A--A-
gi|80255                      :                                                                                       -C--TC----GG--A---------T--G-T-G-ATT--G-T-TGTAAGGATAT-G-CA-T-C-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT--CCGCCGG-A--A-
gi|80256                      :                                                                                            C----GG--A---------T--G-T-GAAT---G-G-TGTAGGGATAT-G-CA-C-C-GA-TTTG--A--T-A-C-ATTTCT--CCGCCGG-A--A---GT-A--C-A---TGT


blockSeqs                     :     T   CA GATA   A    A A G   ACAA   T  ATTACG    A GGTTGC    TAGCCG  GT T AATGTG TT A GA  ACAA  AC TGTGGGAAT AC T T    CAA T A  C      A C G  G G G  T    GA AG T A T T    GT       C CC AG   G GC A ATG      G G     TATA TA         C  CAA   G  C   TT  T  TA   TG   A TA  C   T        ATGTA  AGGTT    T
blockSeqs                     :     A   .  .      T    . . A   A      .  .         . GCTCC     .       .  . .      .  A C   .     TT AACAGG    .  . .    CG  . T  C      A . .  . . G  .    .  T  . . . T    T        . .  G    . .  . TC       . .     .    T          .  .     .  C   .   .  T    .    . A   .   .        .      TTAA     .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . C   .     G  .         .  . .    CT  . .  C      A . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  A    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  T    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . T         .       .  . .      .  . C   .     .  .         .  . .    C   . .  C      A . .  . . .  .    .  .  . . . A    T        . .  A    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  G    .    . .   .   .        .      A        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  T    .    . .   .   .        .      A        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  T    .    . .   .   .        .      T        .
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blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  T    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . T         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    C        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  T      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      A        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   C      .  .         . G         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    T        . .  T    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    T   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    .        . .  A    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      T        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  C      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    .        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .      .        .
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  T      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    .        . .  G    . .  . .        . .     .    .          .  .     .  .   .   .  .    .    . .   .   .        .                
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  T      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    .        . .  .    . .  . .        . .                                                                                          
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    C   . .  T      . . .  . . .  .    .  .  . . . T    .        . .  .    . .  . .                                                                                                     
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    T   . .  .      . . .  . . .  .    .  .  . . . .    .        . .                                                                                                                    
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    .   . .  .      . . .  . . .  .    .  .  . . . .    .        . .                                                                                                                    
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    .   . .  .      . . .  . . .  .    .  .  . . . .    .        . .                                                                                                                    
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    .   . .  .      . . .  . . .  .    .  .  . . . .                                                                                                                                    
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . G         .       .  . .      .  . .   .     .  .         .  . .    .   . .                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . T         .                      .     .     .  .         .  . .    .   . .                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . G         .                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . C                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . C                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . T                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   T      .  .         . .                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . .                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . .                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :     .   .  .      .    . . .   A      .  .         . .                                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                       .  .         .                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                       .  .                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                T*
originalCons                  : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TGT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT
finalCons                     : CAAT-CGG--A----TCA-CGCT-C-G-TCAN---TTT-CC------GTAA-C-----CGGAA------AG--T-A------G--A-C--TC----GG--A---------C--G-T-GGATC--G-G-CGCAAGAAT-T-G-CA-T-C-AA-ATCG--A--T-G-C-ATTTTT-TCCGCCGG-A--A-GCGC-G--C-A---TGTGGA-T-GACGT----T--AAAAGGCTA-GA---ACC-GA-ATC--CC-TGT-TAA--AAT-G--TA-TTA-TTTAGAAG-----TA----T---G-ATT