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lowQualScore                  :                             3     33  1 1 1 1  55555555 111  1  1 2222 11  22222 22222 22222  11 44444 22222 999999 33333333 99999999999      2 1   111  22  2 44    2222 1   1 2 9999999999999     1   1 111     1 1  33333333333 44   22 1   1  1     2  2  2  0      
lowQualScore                  :                             .     ..  . . . .  ........ ...  .  . .... ..  ..... ..... .....  .. ..... ..... ...... ........ ...........      . .   ...  ..  . ..    .... .   . . .............     .   . ...     . .  ........... ..   .. .   .  .     .  .  .  .      
lowQualScore                  :                             1     11  1 1 1 1  00000000 999  1  1 3333 55  77777 77777 77777  55 66666 77777 666666 99999999 66666666666      2 1   999  55  3 33    4444 1   1 3 4444444444444     1   1 999     2 2  11111111111 11   44 7   8  8     1  2  2  3      
consensus                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTNTT-TATACTGCT
Reference ( gi|114256 )       :                         TAGGTGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----A--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATT-TACACTGCT
gi|114260                     :                         TAGGAGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----TTTCGA-C-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--CAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATT-TACACAGCT
gi|114254                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----CAATTCGA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-ACAAA-TTATT-TATACTTCT
gi|114261                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----TTTAGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TT-CCAAA-TTATT-TATAC
gi|114257                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----TCGATGC------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATT-------T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATT-TACACTGCT
gi|114264                     :                         TAGGGTTGAA--AC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCAA----T-TCG-A-TGTCAG--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTCTT-GATACTGCT
gi|114266                     :                         TAGGGATGAA--AC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-G--TTGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-AGA-T---TTGAT-A-CA-----------A--TAG--C-GTG-TA-CCAAA-TTTTT-TATA
gi|114262                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATGC-G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C--TG-T--TAAGA-TTTTT-TATATTGCT
gi|114259                     :                         TAGGGGTGAA--AT-G-A-T-AC--------C---GT-AC-C----T--TC-----TGGATTT-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TTA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ACG-TG-CCAAA-TTCTT-CATACTGCT
gi|114267                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----T--TCACAATT-----T-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----TTTTGA-T-A--------AGT-T--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCAAT-A-TA-----------A--TAG--C-ATT-TA-CCAAA-TTCTT-GATACTGCT
gi|114268                     :                         TAAGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GC-AC-C----T--TA-----T-----C-----GA--T-----T-----CGATTT-G--------A-----T-----TTTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-GTG-ATT----G--------ATTTT-CGACT---TCGAT-A-CAT----------A--TA
gi|114269                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-AC--------A---TT-AC-C----A--TC-----T-----T-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-TAG-C---TCG
gi|114270                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-AA--------A---GT-AC-C----C--TC-----T-----C-----GA--A-----T-----C------G--------A-----A-----TTTCGA-T-ACT---TT-AAT-T--TCAA----T-T-----------------------------------GAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-AGAAA-TTCTT-AATACTGCT
gi|114273                     :                         TAGGGGTGAA--AC-A-A-T-AC--------A---GT-AC-C----C--TC-----T-----C-----GA--T-----------------------------------------TCGA-T-ACT---TC-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-
gi|114275                     :                         TAGGGCTGAA--AC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----T--TC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTATTGCGA-T-ACT---TG-TGC-CA-TCGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-----------
gi|114279                     :                         TAGGGCTGAA--AC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----T--TC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTATTGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-----------
gi|114278                     :                         TAGGGCTGAA--AC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----T--TC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTATTGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-----------
gi|114277                     :                         TAGGGCTGAA--AC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----T--TC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTATTGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-----------
gi|114276                     :                         TAGGGCTGAA--AC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----T--TC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTATTGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-----------
gi|114280                     :                         TAGGGGTGAA--AC-A-A-T-GC--------T---GT-AT-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----
gi|114265                     :                         TAGGGGTGAA--AC-G-A-T-AT--------ACATGT-AT-A----T---C-----A-----C-----AA--TGCA--T-----CT-----G--------A-----T-----TTGCGA-T-GTG---CT-GGT-C--TCGA----A-TCG-A-T----GTTCGATCTATTTC-GGG-T---TTGAT-A-CA-----------A--Tacaat
gi|114282                     :                          AGGGGTGAA--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----TCTCGG-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----AT-------ATT--------------------A-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCGAA-TTATTATAC
gi|114283                     :                          AGGGATAAA--AC-G-A-T-AC--------A---GC-AC-C----A--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------ATTCAGT-----TTTTGA-T-ACT---T
gi|114258                     :                           GGTGT--A--AC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------AAGCA-T-----TATCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATTTT-CGA-T-----------CA-----------A--TAG--CAATG-TA-CCAAA-TTATG-TACACTGCT
gi|114272                     :                       tagtGGTGAGAA--GC-G-AAT-GCG-------A---GT-AT-CCGGCT--TC-----T-----C-----GAATT-----C-----C------GGACTGCGTA-----T-----TTTCGACT-GCTGAGT---GT-C--TCGA----T-TCG-AGT----G--------ATTTTTCGA-T---TCGAT-AACA-----------A--TAG--T-ATGGTA-CTAAAATTATT-TACACTGCT
gi|114287                     :                           tagGTGAA--AC-A-A-T-GA--------A---GT-GC-C----T--TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------G-----T-----TTTTGA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----T-TTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCAAT-A-AA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATT-TATA
gi|114271                     :                             gGTGAA--AC-A-A-T-ACCTTGATCGA---G--GC-C-------TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----TTTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-GA-----------A--T
gi|114289                     :                         tatgaGTGAA--ACCG-A-T-GC--------A---GCCAC-C----T--TA-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATTTGG--------A-----T-----TTTTTA-T-ACT---TT-TGTTC--TCGA----T-T-G-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAT--C-ATtctttatactgc
gi|114288                     :                             gGTGAA--AC-ACA-TTGA--------A---GT-GCGC----C--TC-----T-----C-----GC--T-----T-----C------G--------G-----T-----TT--GA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----TCTTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T----CAAT-A-AA-----------A--TAG--C-ATG-TA--CAAA--TATT-TA
gi|114285                     :                             gGTGAG--AT-A-A-C-G-------------GT-AC-C----T--TC-----T-----C-----GA--TCCGATT-----C------G--------A-----T-----TTTCGATT-ACT---TT--GT-C--TCGAATCTT-TTGAA-T----G--------ATTTT-CGA-----TCGATAA-CA-----------AGGTAG--A-TTG-TATCCAAA-TTCTT-
gi|114286                     :                            ggGTGAA--AC-G-A-T-GC------------TT-AC-T----T--CT-----T-----T-----GA--T-----T-----C------G--------A-----TGAGATTTTCAA-T-ACT---T---GT-C--TCG-----T-TCG---T----G--------ATTTC-TGA-T---at
gi|114274                     :                             ggTGCA--AC-G-A-T-TC--------A---CT-AA-C----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----TCGGT-TTTCGA-T-TTT---TT-A-C-CATTCGA----T-TCG-A-T----T--------ATTTT-CGA-T---T---T-A-TA-----------A--CCGTAC-ATG-TA-
gi|114290                     :                         tagagcTGAA--AC-A-A-T-GC--------A---GT-AC------T--TC-----T----------------------------------G--------A-----TA----TTTCGA-T-ACT---TT-TGT-C--TCGA------------------------------------T---TCGAC-A-CA-----------G--TA---C-ATG-TA-CCAA
gi|114284                     :                               TGCA--AC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----T--TT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----C-----T--CGA-T---T---TC-GGA-CATTAGA----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114255                     :                          agagcTGAATCGC-G-A-T-GT--------A---------C----TGGTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----GTTCGA-----T---TT-ATT-C---CGG----G-TCG-A-----------------TTT-CGG-T---TCGAT-A-CGGTTCTAAAATTA--TAG--C-A-------CAAA-TTGTT-
gi|114281                     : taggggtgaaacgatacatcgcgatgcagcTGCA--AC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----T--TT-----T-----T-----TA--T-----T-----C------G--------ACTCA-T-----TTTCAA-T---T---TT-GACAT--TCGA----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114263                     :                         tagagcTGAATCGC-G-A-T-GT--------A---CT-GG-C--------C-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----GTTCGA-----T---TT-A-T-T--TCAG----G-TC----T----A----------TTT-CGG-T---TCGAT-A-CAGTTCTAAAATTA--TAG--C-A-------CAAA-TTGTT-
gi|114291                     :                 taggggtgaaacgatacatcacgatgcagcC--------A---GC-AC-C----T--TG-----T---------------T-----T-----C------A--------T-----T-----TTTTGA-TTACT---TT-AGT-C--TCG-----T-TCG-A-T----G--------ATGTT-TGA-TTTCTCGAT-A-CA-----------AGTTTG--C-A-G-TG-CCA
gi|114292                     :                                                                                                                                                                                                aTTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-
gi|114280                     :                                                                                                                                                                                                 TTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-----------A--T





Alignments
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lowQualScore                  :                             1       1 1 1 1  99999999 888  1  1 2222   66666 66666 66666  44 55555 66666 888888888888888888888888888 3333     2 1   999  66  2 66    4444 1   1 2 6666666666666     1   1 999     2 3  3 22   44 7   8  8     1  0           
consensus                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
Reference ( family-448 )      :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTNTTTATACTGCT
gi|114254                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----CAATTCGA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-ACAAA-TTATTTATACTTCT
gi|114255                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----G-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
gi|114256                     :                        TAGGT-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----A--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCTtattccgggtcgatttcggttcgatacggttctaaaattatagcacaaattgttt
gi|114257                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----TCGATGC------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATT-------T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCT
gi|114258                     :                        TAGTG-GTGTAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------AAGCA-T-----T----ATCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATTTT-CGA-T-----------CA-A--TAG--CAATG-TA-CCAAA-TTATGTACACTGCT
gi|114259                     :                        TAGGG-GTGAAAT-G-A-T-AC--------C---GT-AC-C----TTC-----TGGATTT-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TTA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ACG-TG-CCAAA-TTCTTCATACTGCT
gi|114260                     :                        TAGGA-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-C-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--CAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACAGCT
gi|114261                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTAGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TT-CCAAA-TTATTTATAC
gi|114262                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATGC-G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C--TG-T--TAAGA-TTTTTTATATTGCT
gi|114263                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----A-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGC-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
gi|114264                     :                        TAGGG-TTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCAA----T-TCG-A-TGTCAG--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTCTTGATACTGCTtatttcaggtctatttcggttcgatacagttctaaaattatagcacaaattgttt
gi|114265                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AT--------ACATGT-AT-A----T-C-----A-----C-----AA--TGCA--T-----CT-----G--------A-----T-----T----TGCGA-T-GTG---CT-GGT-C--TCGA----A-TCG-A-T----GTTCGATCTATTTC-GGG-T---TTGAT-A-CA-A--T
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gi|114271                     :                        TATGA-GTGAAAC-A-A-T-ACCTTGATCGA---G--GC-C-----TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-----------------------GAA-TTCTTTATACTGC
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gi|114273                     :                        TAGGG-GTGAAAC-A-A-T-AC--------A---GT-AC-C----CTC-----T-----C-----GA-----------------------------------------------TTCGA-T-ACT---TC-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-
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gi|114275                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-CA-TCGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114276                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
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gi|114278                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114279                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
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gi|114280                     :                                                                                                                                                                                                 TTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--Tacaat
gi|114281                     : taggggtgaaacaatgctgtatcTAGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----TTT-----T-----T-----TA--T-----T-----C------G--------ACTCA-T-----T----TTCAA-T---T---TT-GACAT--TCGA----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114282                     :                         AGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----CTCGG-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T-------------AT------A-T---T--------A-A--TAG--C-ATG-TA-CCGAA-TTA-TTATAC
gi|114283                     :                         AGGG-ATAAAAC-G-A-T-AC--------A---GC-AC-C----ATC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------ATTCAGT-----T----TTTGA-T-ACT---T
gi|114284                     :                         AGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----C-----TCGATTTCGG---ACA---TT-AG--------A----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114285                     :                           GG-GTGAGAT-A-A-C-G-------------GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--TCCGATT-----C------G--------A-----T-----T----TTCGATT-ACT---TT--GT-C--TCGAATCTT-TTGAA-T----G--------ATTTT-CGA-----TCGATAA-CA-AGGTAG--A-TTG-TATCCAAA-TTCTT
gi|114286                     :                           GG-GTGAAAC-G-A-T-GC------------TT-AC-T----TCT-----T-----T-----GA--T-----T-----CGATGA-G--------A-----T-----T----TTCAA-T-ACT---T---GT-C--TCG-----T-TCG---T----G--------ATTTC-TGA-T---at
gi|114287                     :                            G-GTGAAAC-A-A-T-GA--------A---GT-GC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------G-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----T-TTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCAAT-A-AA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATA
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gi|114291                     :                                             C--------A---GC-AC-C----TTG-----T---------------T-----T-----C------A--------T-----T-----T----TTTGA-TTACT---TT-AGT-C--TCG-----T-TCG-A-T----G--------ATGTT-TGA-TTTCTCGAT-A-CA-AGTTTG--C-A-G-TG-CCA
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Alignments
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lowQualScore                  :                             1       1 1 1 1  99999999 888  1  1 2222   66666 66666 66666  44 55555 66666 888888888888888888888888888 3333     2 1   999  66  2 66    4444 1   1 2 6666666666666     1   1 999     2 3  3 22   44 7   8  8     1  3           
consensus                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
Reference ( family-448 )      :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
gi|114254                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----CAATTCGA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-ACAAA-TTATTTATACTTCT
gi|114255                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----G-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
gi|114256                     :                        TAGGT-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----A--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCTtattccgggtcgatttcggttcgatacggttctaaaattatagcacaaattgttt
gi|114257                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----TCGATGC------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATT-------T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCT
gi|114258                     :                        TAGTG-GTGTAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------AAGCA-T-----T----ATCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATTTT-CGA-T-----------CA-A--TAG--CAATG-TA-CCAAA-TTATGTACACTGCT
gi|114259                     :                        TAGGG-GTGAAAT-G-A-T-AC--------C---GT-AC-C----TTC-----TGGATTT-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TTA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ACG-TG-CCAAA-TTCTTCATACTGCT
gi|114260                     :                        TAGGA-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-C-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--CAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACAGCT
gi|114261                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTAGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TT-CCAAA-TTATTTATAC
gi|114262                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATGC-G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C--TG-T--TAAGA-TTTTTTATATTGCT
gi|114263                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----A-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGC-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
gi|114264                     :                        TAGGG-TTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCAA----T-TCG-A-TGTCAG--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTCTTGATACTGCTtatttcaggtctatttcggttcgatacagttctaaaattatagcacaaattgttt
gi|114265                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AT--------ACATGT-AT-A----T-C-----A-----C-----AA--TGCA--T-----CT-----G--------A-----T-----T----TGCGA-T-GTG---CT-GGT-C--TCGA----A-TCG-A-T----GTTCGATCTATTTC-GGG-T---TTGAT-A-CA-A--T
gi|114266                     :                        TAGGG-ATGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-G--TTGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-AGA-T---TTGAT-A-CA-A--TAG--C-GTG-TA-CCAAA-TTTTTTATA
gi|114267                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTCACAATT-----T-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTTGA-T-A--------AGT-T--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCAAT-A-TA-A--TAG--C-ATT-TA-CCAAA-TTCTTGATACTGCT
gi|114268                     :                        TAAGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GC-AC-C----TTA-----T-----C-----GA--T-----T-----CGATTT-G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-GTG-ATT----G--------ATTTT-CGACT---TCGAT-A-CATA--TA
gi|114269                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---TT-AC-C----ATC-----T-----T-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-TAG-C---TCG
gi|114270                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AA--------A---GT-AC-C----CTC-----T-----C-----GA--A-----T-----C------G--------A-----A-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AAT-T--TCAA----T-T-----------------------------------GAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-AGAAA-TTCTTAATACTGCT
gi|114271                     :                        TATGA-GTGAAAC-A-A-T-ACCTTGATCGA---G--GC-C-----TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-----------------------GAA-TTCTTTATACTGC
gi|114272                     :                        TAGGGTGAGAAGC-G-AAT-GCG-------A---GT-AT-CCGGCTTC-----T-----C-----GAATT-----C-----C------GGACTGCGTA-----T-----T----TTCGACT-GCTGAGT---GT-C--TCGA----T-TCG-AGT----G--------ATTTTTCGA-T---TCGAT-AACA-A--TAG--T-ATGGTA-CTAAAATTATTTACACTGCT
gi|114273                     :                        TAGGG-GTGAAAC-A-A-T-AC--------A---GT-AC-C----CTC-----T-----C-----GA-----------------------------------------------TTCGA-T-ACT---TC-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-
gi|114274                     :                        TAGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CT-AA-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------ATCGG-T-----T----TTCGA-T-TTT---TT-A-C-CATTCGA----T-TCG-A-T----T--------ATTTT-CGA-T---T---T-A-TA-A--CCGTAC-ATG-TA-
gi|114275                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-CA-TCGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114276                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114277                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114278                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114279                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114280                     :                        TAGGG-GTGAAAC-A-A-T-GC--------T---GT-AT-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----
gi|114280                     :                                                                                                                                                                                                 TTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--Tacaat
gi|114281                     : taggggtgaaacaatgctgtatcTAGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----TTT-----T-----T-----TA--T-----T-----C------G--------ACTCA-T-----T----TTCAA-T---T---TT-GACAT--TCGA----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114282                     :                         AGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----CTCGG-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T-------------AT------A-T---T--------A-A--TAG--C-ATG-TA-CCGAA-TTA-TTATAC
gi|114283                     :                         AGGG-ATAAAAC-G-A-T-AC--------A---GC-AC-C----ATC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------ATTCAGT-----T----TTTGA-T-ACT---T
gi|114284                     :                         AGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----C-----TCGATTTCGG---ACA---TT-AG--------A----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114285                     :                           GG-GTGAGAT-A-A-C-G-------------GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--TCCGATT-----C------G--------A-----T-----T----TTCGATT-ACT---TT--GT-C--TCGAATCTT-TTGAA-T----G--------ATTTT-CGA-----TCGATAA-CA-AGGTAG--A-TTG-TATCCAAA-TT-CTTAT
gi|114286                     :                           GG-GTGAAAC-G-A-T-GC------------TT-AC-T----TCT-----T-----T-----GA--T-----T-----CGATGA-G--------A-----T-----T----TTCAA-T-ACT---T---GT-C--TCG-----T-TCG---T----G--------ATTTC-TGA-T---
gi|114287                     :                            G-GTGAAAC-A-A-T-GA--------A---GT-GC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------G-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----T-TTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCAAT-A-AA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATA
gi|114288                     :                            G-GTGAAAC-ACA-TTGA--------A---GT-GCGC----CTC-----T-----C-----GC--T-----T-----C------G--------G-----T-----T----T--GA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----TCTTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T----CAAT-A-AA-A--TAG--C-ATG-TA--CAAA--TATTTA
gi|114289                     :                            G-GTGAAACCG-A-T-GC--------A---GCCAC-C----TTA-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATTTGG--------A-----T-----T----TTTTA-T-ACT---TT-TGTTC--TCGA----T-T-G-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAT--C-AT
gi|114290                     :                               TGAAAC-A-A-T-GC--------A---GT-AC------TTC-----T----------------------------------G--------A-----TA----T----TTCGA-T-ACT---TT-TGT-C------------------------------------T-CGA-T---TCGAC-A-CA-G--TA---C-ATG-TA-CCAA
gi|114291                     :                                             C--------A---GC-AC-C----TTG-----T---------------T-----T-----C------A--------T-----T-----T----TTTGA-TTACT---TT-AGT-C--TCG-----T-TCG-A-T----G--------ATGTT-TGA-TTTCTCGAT-A-CA-AGTTTG--C-A-G-TG-CCA
gi|114292                     :                                                                                                                                                                                                aTTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-


blockSeqs                     :                             T       C C A T  CTTGATCG CAT  C  G CGGC   ACAAT GGATT .      AT CCGAT CGATG GGACTGCGTAT                 CGAT     C T   GAG  TA  A AT    ATCT C   A T GTTCGATCT         T   C TTC     A A  T GG   TA A   G  T     A  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  G        .    .  . .      .     .     .      .  GCA   .     AATTTGGAT                   .        T .   .    TA  T A     .    .   . G GTCAG             .   . .       . .  . GT   .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AATGCGAT                    .        . .   .    G   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATTTGAT                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . A                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  C
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATACGTA                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATACGTA                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATACGTA                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  T
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATACGTA                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  C
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATACGTA                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  T
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATTCAGT                    .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  C
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATGAGAT                    .        . .   .    G   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  C
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AGCTGAA                     .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  C
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAAGCAT                     .        . .   .    G   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AGCTGAA                     .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATCGGT                     .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GACTCAT                     .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  A
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     TGAT                        .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .  .
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GATA                        .        . .   .    A   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .     .   
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . T                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .         
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . T                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .         
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . T                 .   . .       . .  . .    .  .   .  .         
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .    .  .                
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .                        
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .                        
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  . .                        
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  .                          
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    G   . .     .    .   . . G                 .   . .       . .  .                          
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAA                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . .                 .   . .       . .  .                          
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     AAT                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . .                 .   . .       . .  .                          
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . .                 .   . .       . .  .                          
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    T   . .     .    .   . . .                 .   . .       .                               
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAC                         .        . .   .    A   . .     .    .   . . .                 .   . .       .                               
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GAT                         .        . .   .    .   . .     .    .   . . .                 .   . .                                       
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GGT                         .        . .   .    .   . .     .    .   . . .                 .   . .                                       
blockSeqs                     :                             .       . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     GGT                         .        . .   .    .   . .     .    .   . . .                 .   . .                                       
blockSeqs                     :                                     . . . .  .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     ATT                         .        . .   .                                               .   . .                                       
blockSeqs                     :                                              .        .    .  . .      .     .     .      .  .     .     .                                                                                          .                                             


blockSeqCons                  :                                                                                    *****
originalCons                  :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
finalCons                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT





Alignments
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lowQualScore                  :                             1       1 1 1 1  44444444 111  1  1 2222   22222 22222 22222  11 44444 22222 333333333333333333333333333 2222     2 1   111  22  2 22    2222 1   1 2 8888888888888     1   1 111     1 1  1 44   22 1   1  1     2  3           
lowQualScore                  :                             .       . . . .  ........ ...  .  . ....   ..... ..... .....  .. ..... ..... ........................... ....     . .   ...  ..  . ..    .... .   . . .............     .   . ...     . .  . ..   .. .   .  .     .  .           
lowQualScore                  :                             1       1 1 1 1  99999999 888  1  1 2222   66666 66666 66666  44 55555 66666 888888888888888888888888888 3333     2 1   999  66  2 66    4444 1   1 2 6666666666666     1   1 999     2 3  3 22   44 7   8  8     1  3           
consensus                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
Reference ( family-448 )      :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATACTGCT
gi|114254                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----CAATTCGA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-ACAAA-TTATTTATACTTCT
gi|114255                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----G-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
gi|114256                     :                        TAGGT-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----A--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCTtattccgggtcgatttcggttcgatacggttctaaaattatagcacaaattgttt
gi|114257                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----TCGATGC------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATT-------T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACTGCT
gi|114258                     :                        TAGTG-GTGTAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------AAGCA-T-----T----ATCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-T-T----G--------ATTTT-CGA-T-----------CA-A--TAG--CAATG-TA-CCAAA-TTATGTACACTGCT
gi|114259                     :                        TAGGG-GTGAAAT-G-A-T-AC--------C---GT-AC-C----TTC-----TGGATTT-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TTA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ACG-TG-CCAAA-TTCTTCATACTGCT
gi|114260                     :                        TAGGA-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-C-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--CAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTACACAGCT
gi|114261                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTAGA-T-ATT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-CAA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TT-CCAAA-TTATTTATAC
gi|114262                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATGC-G--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T----G--------ATTTT-TGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAG--C--TG-T--TAAGA-TTTTTTATATTGCT
gi|114263                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AC--------A---------------TC-----A-----C-----GA--T-----G-----CAGCT--G--------A-----A-----T----CGCGA-T-GTA---CT-GGC-C--TCGA----T-TCG-A-T----G-----------TT-CGA-T---T
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gi|114265                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AT--------ACATGT-AT-A----T-C-----A-----C-----AA--TGCA--T-----CT-----G--------A-----T-----T----TGCGA-T-GTG---CT-GGT-C--TCGA----A-TCG-A-T----GTTCGATCTATTTC-GGG-T---TTGAT-A-CA-A--T
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gi|114270                     :                        TAGGG-GTGAAAC-G-A-T-AA--------A---GT-AC-C----CTC-----T-----C-----GA--A-----T-----C------G--------A-----A-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AAT-T--TCAA----T-T-----------------------------------GAT-A-CA-A--TAG--C-ATG-TA-AGAAA-TTCTTAATACTGCT
gi|114271                     :                        TATGA-GTGAAAC-A-A-T-ACCTTGATCGA---G--GC-C-----TC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------A--------A-----T-----T----TTCGA-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCA-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TTGAT-A-----------------------GAA-TTCTTTATACTGC
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gi|114275                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-CA-TCGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114276                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114277                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114278                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
gi|114279                     :                        TAGGG-CTGAAAC-G-A-T-AC--------G---CC-CC-C----TTC-----A-----C-----GA--T-----A-----C------G--------A-----TACGTAT----TGCGA-T-ACT---TG-TGC-C--ACGA----T-TCA-A-T-------------ATTTT-CAA-T---ACGAT-A-CA-
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gi|114280                     :                                                                                                                                                                                                 TTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--Tacaat
gi|114281                     : taggggtgaaacaatgctgtatcTAGAG-CTGCAAC-G-A-T-TC--------A---CA-AA-T----TTT-----T-----T-----TA--T-----T-----C------G--------ACTCA-T-----T----TTCAA-T---T---TT-GACAT--TCGA----T-TCG-G-T----T--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-
gi|114282                     :                         AGGG-GTGAAAC-G-A-T-GC--------A---GT-AC-C----TTT-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------A-----T-----T----CTCGG-T-ACT---TT-AGT-C--TCGA----T-TCG-A-T-------------AT------A-T---T--------A-A--TAG--C-ATG-TA-CCGAA-TTA-TTATAC
gi|114283                     :                         AGGG-ATAAAAC-G-A-T-AC--------A---GC-AC-C----ATC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------ATTCAGT-----T----TTTGA-T-ACT---T
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gi|114286                     :                           GG-GTGAAAC-G-A-T-GC------------TT-AC-T----TCT-----T-----T-----GA--T-----T-----CGATGA-G--------A-----T-----T----TTCAA-T-ACT---T---GT-C--TCG-----T-TCG---T----G--------ATTTC-TGA-T---
gi|114287                     :                            G-GTGAAAC-A-A-T-GA--------A---GT-GC-C----TTC-----T-----C-----GA--T-----T-----C------G--------G-----T-----T----TTTGA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----T-TTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCAAT-A-AA-A--TAG--C-ATG-TA-CCAAA-TTATTTATA
gi|114288                     :                            G-GTGAAAC-ACA-TTGA--------A---GT-GCGC----CTC-----T-----C-----GC--T-----T-----C------G--------G-----T-----T----T--GA-T-ACT---TTTAGT-C--TTGA----TCTTG-A-T----G--------ATTTT-CGA-T----CAAT-A-AA-A--TAG--C-ATG-TA--CAAA--TATTTA
gi|114289                     :                            G-GTGAAACCG-A-T-GC--------A---GCCAC-C----TTA-----T-----C-----GA--T-----T-----CAATTTGG--------A-----T-----T----TTTTA-T-ACT---TT-TGTTC--TCGA----T-T-G-A-T----G--------ATTTT-CGA-T---TCGAT-A-CA-A--TAT--C-AT
gi|114290                     :                               TGAAAC-A-A-T-GC--------A---GT-AC------TTC-----T----------------------------------G--------A-----TA----T----TTCGA-T-ACT---TT-TGT-C------------------------------------T-CGA-T---TCGAC-A-CA-G--TA---C-ATG-TA-CCAA
gi|114291                     :                                             C--------A---GC-AC-C----TTG-----T---------------T-----T-----C------A--------T-----T-----T----TTTGA-TTACT---TT-AGT-C--TCG-----T-TCG-A-T----G--------ATGTT-TGA-TTTCTCGAT-A-CA-AGTTTG--C-A-G-TG-CCA
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