lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 1 55555555 1111 1 2 22 22 1 44 9 11 1 888 22 1 1 1 1 3333 1 2222 1 2 1 1
lowQualScore : . . ........ .... . . .. .. . .. . .. . ... .. . . . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 5 5 44444444 4444 2 4 88 88 1 33 6 44 1 222 55 1 1 1 1 3333 1 2222 1 1 1 1
consensus : AGCGATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TCG--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
Reference ( gi|114966 ) : AGCAATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TTG--AAAA-GC-CCTACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114967 : AGCAATTTTA-TAATA--------TA----TTA-C-T--TTG--AAAA-GC-CCTACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114963 : AGAAATTTGA-TAATC--------TAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114962 : aAGAAATTTGA-TAATC--------TAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114964 : aAGAAATTTGA-TAATC--------TAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114971 : aAGCGATTATG-TA-----------TA----TTA-T-T--TCA--AAAA-G----TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-CTATAT-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114965 : aattttAGCGATTTTT-TAATT--------TAA---TTA---T--TTC--AAAA-GC-TCTACAGATGA--TATT---GGAATG--AA-T-TG-TT-AG---G-C----A-CT-ATCTAA-TTTTAAGCGATTT
gi|114969 : aAATTTGA-TAATC--------TAGCT-TTA-C-T--T-A--AAAA-GT-CTTACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TGGTT-A----G-C----G-AT-ATCTAT-TTTT-AGCGATCT
gi|114970 : gaAATTTTAATAATTACGTTGTACA----TTA-T-T--TCG--GAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TT---GCAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTtgtatggt
gi|114975 : ATTTTA-TAATC--------CA----TTA-C-T--TTG--AAAA-GC-CCTACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114977 : ATTTTA-TTATC--------TA----TTA-C-T--TTG--AAAA-GC-CCTACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114974 : ATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TTG--AAAA-GC-TCTTCCAATGA--T-AT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114981 : ATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TTG--GAAA-AC-CCTATCAATTA--T-TG---GGCATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114973 : ATTTTA-TAATC--------TG----TTA-C-T--TCG--AAAA-GC-TCTTCCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114979 : ATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TCG--AAAA-GC-TCTACCAATTA--T-TT---GTAAAG--AA-T-TG-TA-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114972 : ATTTAA-TAATC--------TA----TTA-C-A--TCG--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TT---GGATTG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114983 : ATTTTA-TAATG--------TA----TTA-C-G--TTG--TAAA-GC-ACTACCAATTA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGTGAT
gi|114976 : ATTTTA-TAATC--------CA----TTA-C-T--TTGAAAAAA-GC-CCTACCAATTA--T-TTG--GGAATGA-AA-T-TA--T-A----G-C----G-ATGATCTAA-TTTT-AGCGA
gi|114980 : ATTTCA-TAATC--------AA----TTC-T-T--TCG--AAAA-GG-TCTACCAATGG--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114968 : ATTTCA-TAATC--------AA----TTC-T-T--TCG--AAAA-GC-TCTACCAATGG--T-TT---GGAATT--TA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114978 : agagATTTTA-TAATT--------TA----TTG-T-T--TTG--AAAA-GC-TCAACTGATGA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATTTAT-TTTT-AACGATCT
gi|114982 : ATTTTA-TAAT---------------TTA-CAT--TTG--AAAAAGC-TGTACCGATCA--T-AT---GGAAAA--GA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114984 : ATTTTA-TAATA--------TA----CTA-C-T--TCA--GATG-GC-TATACAAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-T----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATC
gi|114985 : ATTTTA-TAATC--------TA----TTA-C-T--TTGA-AAAA-GC-TCTTCCAATGA--T-TTTTGGAAATG--AA-T-T--TT-A----G-C----A-AT-ATTTA
gi|114988 : ATTTTA-TAATC--------TA----TTA-CTT--TTG--AAAA-GC-TCT-TCAATGA--T-------GAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-ATCATC
gi|114987 : TTTA-TAATC--------TA----TTAGC-TG-TTG--GAAA-GC-CCTAACAAT-A--T-TT---GGAATG--AAGT-TG--T-A----G-C----G-A--ATCTTA-TTTT-AGCGATTT
gi|114986 : aTTTA-TAATC--------TA----TTA-C----TTG--GAAA-GCTCTTTCCAATGA--T-AT---GGAATGATAA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT--TTGATCT
gi|114989 : aA-TAATC--------TA----TTA-C-TACTC-----AA-GC-TC-ACCAATGAACT-TT---G-AATT--AA-T-TG-TTTA----G-C----GTAT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114990 : ----TTA-T-T--TTG--AAAA-GC-GCTACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114991 : ----TTA-T-T--TCG--AAAA-GC-TCTACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGCTCTt
gi|114992 : ----TTA-T-T--TTG--AAAA-GC-TCTACCGATGA--T-TT---CAAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATTTAATTTTT-AGCGATCT
gi|114994 : ----TTA-A-T--TTG--AAAA-GC-TCTGCCAATTA--T-TT---TGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATGTAA-TTTT-AGGGACCT
gi|114995 : ----TTA-A-T--TTG--AAAA-AC-TCTACCGAAGA--T-TT---GGAATG--AA-TATT-TT-ACTTCGCC----A-AT-ATATAT-TATT-AGCGAT
gi|114996 : TA-T-T--TTG--AAAA-AC-TCTACCGCTGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGAGATTT
gi|114997 : A-C-T--TTG--AAAA-GC-TCTTCCAATGA--T-TT---GGAATA--GA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114999 : -GC-TCTTCCAATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114993 : CTACTGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114998 : ttattttagcgataaaTTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----A-AT-GTCTAA-ATTT-AGCGATCT
gi|115000 : aaactttacagt--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-TTCTAA-TTTT-AGGGATCT
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 1111 1 1 22 3 22 1 11 1 777 22 1 1 1 1 3333 1 2222 1 2 1 1
lowQualScore : .... . . .. . .. . .. . ... .. . . . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 1111 1 1 77 2 77 1 44 0 999 44 0 0 0 0 2222 0 2222 0 1 1 1
consensus : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
Reference ( family-445 ) : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114962 : ATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114963 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114964 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114965 : aagaaAGCGATTTTTTAATTTAA---TTA-T-T--TC---AAAAGCTC-TACAGATGA--TATT---GGAATG--AA-T-TG-TT-AG---G-C----A-CT-ATCTAA-TTTTAAGCGATTTttgtatggt
gi|114966 : aAGCAATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114967 : AGCAATTTTATAATATA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114968 : AGAGATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATT--TA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114969 : ATTTGATAATCTAGCT-TTA-C-T--T-A--AAAAGTCT-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TGGTT-A----G-C----G-AT-ATCTAT-TTTT-AGCGATCT
gi|114970 : gaaA----TTA-T-T--TCG--GAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GCAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTtgtatggt
gi|114971 : aattttaataattacgttgtacAGCGATTATGTA---TA----TTA-T-T--TCA--AAAAG----TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-CTATAT-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114972 : aattttATTTAATAATCTA----TTA-C-A--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGATTG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114973 : ATTTTATAATCTG----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114974 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-AT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114975 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114976 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTGAAAAAAGCCC-TACCAATTA--T-TTG--GGAATGA-AA-T-TA--T-A----G-C----G-ATGATCTAA-TTTT-AGCGA
gi|114977 : ATTTTATTATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114978 : ATTTTATAATTTA----TTG-T-T--TTG--AAAAGCTC-AACTGATGA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATTTAT-TTTT-AACGATCT
gi|114979 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATTA--T-TT---GTAAAG--AA-T-TG-TA-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114980 : ATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGGTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114981 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--GAAAACCC-TATCAATTA--T-TG---GGCATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114982 : ATTTTATAATTTA----C-A-T-T--TGA--AAAAGCTG-TACCGATCA--T-AT---GGAAAA--GA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114983 : ATTTTATAATGTA----TTA-C-G--TTG--TAAAGCAC-TACCAATTA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGTGAT
gi|114984 : ATTTTATAATATA----CTA-C-T--TCA--GATGGCTA-TACAAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-T----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATC
gi|114985 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTGA-AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TTTTGGAAATG--AA-T-T--TT-A----G-C----A-AT-ATTTA
gi|114986 : TTTATAATCTA----TTA-C-T--T-G--GAAAGCTCTTTCCAATGA--T-AT---GGAATGATAA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT--TTGATCT
gi|114987 : aTTTATAATCTA----TTAGC-TG-TTG--GAAAGCCC-TAACAAT-A--T-TT---GGAATG--AAGT-TG--T-A----G-C----G-A--ATCTTA-TTTT-AGCGATTTt
gi|114988 : aATTTTATAATCTA----TTA-CTT--TTG--AAAAGCTC-T-TCAATGA--T-------GAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-ATCATC
gi|114989 : ATAATCTA----TTA-C-TACTC-----AAGCTC--ACCAATGAACT-TT---G-AATT--AA-T-TG-TTTA----G-C----GTAT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114990 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCGC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114991 : ----TTA-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGCTCTt
gi|114992 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---CAAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATTTAATTTTT-AGCGATCT
gi|114993 : C-TACTGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114994 : ttattttagcgataaa----TTA-A-T--TTG--AAAAGCTC-TGCCAATTA--T-TT---TGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATGTAA-TTTT-AGGGACCT
gi|114995 : ----TTA-A-T--TTG--AAAAACTC-TACCGAAGA--T-TT---GGAATG--AA-TATT-TT-ACTTCGCC----A-AT-ATATAT-TATT-AGCGAT
gi|114996 : TA-T-T--TTG--AAAAACTC-TACCGCTGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGAGATTT
gi|114997 : A-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATA--GA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114998 : AAACTT-TACAGTTTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----A-AT-GTCTAA-ATTT-AGCGATCT
gi|114999 : GCTC-TTCCAATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|115000 : --T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-TTCTAA-TTTT-AGGGATCTt
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 1111 1 1 22 3 22 1 11 1 777 22 1 1 1 1 3333 1 2222 1 2 1 1
lowQualScore : .... . . .. . .. . .. . ... .. . . . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 1111 1 1 77 2 77 1 44 0 999 44 0 0 0 0 2222 0 2222 0 1 1 1
consensus : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
Reference ( family-445 ) : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114962 : ATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114963 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114964 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114965 : aagaaAGCGATTTTTTAATTTAA---TTA-T-T--TC---AAAAGCTC-TACAGATGA--TATT---GGAATG--AA-T-TG-TT-AG---G-C----A-CT-ATCTAA-TTTTAAGCGATTTttgtatggt
gi|114966 : aAGCAATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114967 : AGCAATTTTATAATATA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114968 : AGAGATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATT--TA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114969 : ATTTGATAATCTAGCT-TTA-C-T--T-A--AAAAGTCT-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TGGTT-A----G-C----G-AT-ATCTAT-TTTT-AGCGATCT
gi|114970 : gaaA----TTA-T-T--TCG--GAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GCAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTtgtatggt
gi|114971 : aattttaataattacgttgtacAGCGATTATGTA---TA----TTA-T-T--TCA--AAAAG----TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-CTATAT-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114972 : aattttATTTAATAATCTA----TTA-C-A--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGATTG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114973 : ATTTTATAATCTG----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114974 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-AT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114975 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114976 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTGAAAAAAGCCC-TACCAATTA--T-TTG--GGAATGA-AA-T-TA--T-A----G-C----G-ATGATCTAA-TTTT-AGCGA
gi|114977 : ATTTTATTATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114978 : ATTTTATAATTTA----TTG-T-T--TTG--AAAAGCTC-AACTGATGA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATTTAT-TTTT-AACGATCT
gi|114979 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATTA--T-TT---GTAAAG--AA-T-TG-TA-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114980 : ATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGGTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114981 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--GAAAACCC-TATCAATTA--T-TG---GGCATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114982 : ATTTTATAATTTA----C-A-T-T--TGA--AAAAGCTG-TACCGATCA--T-AT---GGAAAA--GA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114983 : ATTTTATAATGTA----TTA-C-G--TTG--TAAAGCAC-TACCAATTA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGTGAT
gi|114984 : ATTTTATAATATA----CTA-C-T--TCA--GATGGCTA-TACAAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-T----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATC
gi|114985 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTGA-AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TTTTGGAAATG--AA-T-T--TT-A----G-C----A-AT-ATTTA
gi|114986 : TTTATAATCTA----TTA-C-T--T-G--GAAAGCTCTTTCCAATGA--T-AT---GGAATGATAA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT--TTGATCT
gi|114987 : aTTTATAATCTA----TTAGC-TG-TTG--GAAAGCCC-TAACAAT-A--T-TT---GGAATG--AAGT-TG--T-A----G-C----G-A--ATCTTA-TTTT-AGCGATTTt
gi|114988 : aATTTTATAATCTA----TTA-CTT--TTG--AAAAGCTC-T-TCAATGA--T-------GAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-ATCATC
gi|114989 : ATAATCTA----TTA-C-TACTC-----AAGCTC--ACCAATGAACT-TT---G-AATT--AA-T-TG-TTTA----G-C----GTAT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114990 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCGC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114991 : ----TTA-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGCTCTt
gi|114992 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---CAAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATTTAATTTTT-AGCGATCT
gi|114993 : C-TACTGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114994 : ttattttagcgataaa----TTA-A-T--TTG--AAAAGCTC-TGCCAATTA--T-TT---TGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATGTAA-TTTT-AGGGACCT
gi|114995 : ----TTA-A-T--TTG--AAAAACTC-TACCGAAGA--T-TT---GGAATG--AA-TATT-TT-ACTTCGCC----A-AT-ATATAT-TATT-AGCGAT
gi|114996 : TA-T-T--TTG--AAAAACTC-TACCGCTGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGAGATTT
gi|114997 : A-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATA--GA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114998 : AAACTT-TACAGTTTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----A-AT-GTCTAA-ATTT-AGCGATCT
gi|114999 : GCTC-TTCCAATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|115000 : --T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-TTCTAA-TTTT-AGGGATCTt
blockSeqs : GCTG G T AC T AA T AC A TTG AT G A G T CTTC C TATA T G T A
blockSeqs : GCTG . . G T A . . . T A . . . . G . . . C . .
blockSeqs : GCT . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . G . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ***
originalCons : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
finalCons : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 1111 1 1 22 3 22 1 11 1 777 22 1 1 1 1 3333 1 2222 1 2 1 1
lowQualScore : .... . . .. . .. . .. . ... .. . . . . .... . .... . . . .
lowQualScore : 1111 1 1 77 2 77 1 44 0 999 44 0 0 0 0 2222 0 2222 0 1 1 1
consensus : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
Reference ( family-445 ) : AGCGATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114962 : ATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114963 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114964 : aagaaATTTGATAATCTAGCTGTTA-C-T--TTA--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATCTttgtatggt
gi|114965 : aagaaAGCGATTTTTTAATTTAA---TTA-T-T--TC---AAAAGCTC-TACAGATGA--TATT---GGAATG--AA-T-TG-TT-AG---G-C----A-CT-ATCTAA-TTTTAAGCGATTTttgtatggt
gi|114966 : aAGCAATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114967 : AGCAATTTTATAATATA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114968 : AGAGATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATT--TA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTt
gi|114969 : ATTTGATAATCTAGCT-TTA-C-T--T-A--AAAAGTCT-TACCGATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TGGTT-A----G-C----G-AT-ATCTAT-TTTT-AGCGATCT
gi|114970 : gaaA----TTA-T-T--TCG--GAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GCAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCTtgtatggt
gi|114971 : aattttaataattacgttgtacAGCGATTATGTA---TA----TTA-T-T--TCA--AAAAG----TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-CTATAT-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114972 : aattttATTTAATAATCTA----TTA-C-A--TCG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---GGATTG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114973 : ATTTTATAATCTG----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114974 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-AT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114975 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114976 : ATTTTATAATCCA----TTA-C-T--TTGAAAAAAGCCC-TACCAATTA--T-TTG--GGAATGA-AA-T-TA--T-A----G-C----G-ATGATCTAA-TTTT-AGCGA
gi|114977 : ATTTTATTATCTA----TTA-C-T--TTG--AAAAGCCC-TACCAATTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114978 : ATTTTATAATTTA----TTG-T-T--TTG--AAAAGCTC-AACTGATGA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATTTAT-TTTT-AACGATCT
gi|114979 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATTA--T-TT---GTAAAG--AA-T-TG-TA-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114980 : ATTTCATAATCAA----TTC-T-T--TCG--AAAAGGTC-TACCAATGG--T-TT---GGAATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114981 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTG--GAAAACCC-TATCAATTA--T-TG---GGCATG--AA-T-TA-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114982 : ATTTTATAATTTA----C-A-T-T--TGA--AAAAGCTG-TACCGATCA--T-AT---GGAAAA--GA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114983 : ATTTTATAATGTA----TTA-C-G--TTG--TAAAGCAC-TACCAATTA--T-TT---CGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGTGAT
gi|114984 : ATTTTATAATATA----CTA-C-T--TCA--GATGGCTA-TACAAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-T----G-AT-ATCT-A-TTTT-AGCGATC
gi|114985 : ATTTTATAATCTA----TTA-C-T--TTGA-AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TTTTGGAAATG--AA-T-T--TT-A----G-C----A-AT-ATTTA
gi|114986 : TTTATAATCTA----TTA-C-T--T-G--GAAAGCTCTTTCCAATGA--T-AT---GGAATGATAA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT--TTGATCT
gi|114987 : aTTTATAATCTA----TTAGC-TG-TTG--GAAAGCCC-TAACAAT-A--T-TT---GGAATG--AAGT-TG--T-A----G-C----G-A--ATCTTA-TTTT-AGCGATTTt
gi|114988 : aATTTTATAATCTA----TTA-CTT--TTG--AAAAGCTC-T-TCAATGA--T-------GAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-ATCATC
gi|114989 : ATAATCTA----TTA-C-TACTC-----AAGCTC--ACCAATGAACT-TT---G-AATT--AA-T-TG-TTTA----G-C----GTAT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114990 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCGC-TACCGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114991 : ----TTA-T-T--TCG--AAAAGCTC-TACCAATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGCTCTt
gi|114992 : ----TTA-T-T--TTG--AAAAGCTC-TACCGATGA--T-TT---CAAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AC-ATTTAATTTTT-AGCGATCT
gi|114993 : C-TACTGATGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114994 : ttattttagcgataaa----TTA-A-T--TTG--AAAAGCTC-TGCCAATTA--T-TT---TGAATG--AA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATGTAA-TTTT-AGGGACCT
gi|114995 : ----TTA-A-T--TTG--AAAAACTC-TACCGAAGA--T-TT---GGAATG--AA-TATT-TT-ACTTCGCC----A-AT-ATATAT-TATT-AGCGAT
gi|114996 : TA-T-T--TTG--AAAAACTC-TACCGCTGA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-T----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGAGATTT
gi|114997 : A-C-T--TTG--AAAAGCTC-TTCCAATGA--T-TT---GGAATA--GA-T-TT-TT-A----G-C----G-AT-ATTTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|114998 : AAACTT-TACAGTTTA--T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----A-AT-GTCTAA-ATTT-AGCGATCT
gi|114999 : GCTC-TTCCAATGA--T-TTT--GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-ATCTAA-TTTT-AGCGATCT
gi|115000 : --T-TT---GGAATG--AA-T-TG-TT-A----G-C----G-AT-TTCTAA-TTTT-AGGGATCTt