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lowQualScore                  :          ....   . .  . .. .  . .. . . ...  .   . .. .........  . .  ..... .... ....   ..... .  ........  . . .  ..   . .... .    .  ....          
lowQualScore                  :          4444   1 1  1 44 1  1 44 1 1 777  1   1 44 222222222  1 1  88888 8888 4444   55555 2  00000000  2 6 8  44   5 4444 6    6  2222          
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Reference ( gi|9644 )         :   AATGTAC----TGA-T-AG-C--C-GG-G--T-A-C---TG-TAT-T--G---------AA-G-AA-----A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTT-C-A--G-CCAA-AG-A-AAGGTTTGTTC
gi|9628                       :   AATGTAC----TGA-T-AG-T--C-GG-G--T-A-C---TG-TAT-T--G---------AA-G-AA-----G----A----CAT-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTT-C-AAGG-CCAA-AG-A-GAGGTTTGTTC
gi|9631                       : ttAATGTTC----TGG-T-AG-C--C-GG-G--T-A-C---TG-TAT-T--G---------AA-G-AA-----A----A----CAA-----A-CC--------TT-T-A-CA--CTT-C-AAGG-CCAA-AG-A-GAGGTTTGTTC
gi|9625                       : ttAATGTAC----TGA-T-AG-C--C-GG-G--T-A-C---TG-TTT-T--G---------AA-G-AA-----A----A----CAA-----G-AC--------TT-T-A-AA--TTT-C-AAGG-CCAA-AG-A-GAGGATTGTTC
gi|9629                       : ttAATGTAC----TGA-T-AG-T--C-GG----T-A-C---TG-TAT-T--G---------AA-G-AA-----G----A----CAT-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTT-C-AAGG-CCAA-AG-A-GAGGTTTGTTC
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gi|9658                       : ttaatGTAC----TGA-G-AT-C--C-GG-T--T-A-C---TG-TAT-T--G---------AA-G-AA-----A----A----CAAT----A-A----------T-T-ACCA--TTTGA-A--G-CCAA-AG-G-GAGGTTTATTC
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Reference ( family-441 )      :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
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gi|9657                       :        TGTAC----TTA-TTAGC--T-GGCG--TAAT---TGTATGT--G-------------AA-G-AA-A---------CAA-----A-AC--------TT-T-A-CATGTTTCAA-GCCAA-A-------GTTTGTT
gi|9658                       :         GTAC----TGA-G-ATC--C-GG-T--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAAT----A-A----------T-T-ACCA--TTTGAA-GCCAA-AG-GG-AGGTTTATTC
gi|9659                       :         GTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TATAT-T--G-------------AA---AA-A----A----CAA-----AGAG--------TT-T-A-
gi|9660                       :            C----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---AGTAT-T--G-------------AA-A-AA-A----ATAACCAA-----A-AC--------TT-T-A-TG--TTTCAA-CCCAA-AG-AG-aa
gi|9661                       :            C----TGA-T-A-T--C-AG-G--TA-C---TGTGT-T--G-------------AATG-AA-A----------------------------------------TTTCAG-GCCAA-AT-AG-AGGTTTGTTC
gi|9662                       :                  GA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--GGAA----------AA-A-AA-A----A----CAACAACAA-ACAAAATGAATT-T-A-CA--CTGCAA-GCCAA-AG-AA-AGGTTTGTTC
gi|9663                       :                  GA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTA----------------------G-CC-C----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-ACCAA-AA-CG-ATGTTTGTTC





Alignments
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lowQualScore                  :             2222   1 1   11 2  1 11  2 333     1 66 7777777777777  1 1  1 5555 2222   66666 1  44444444  3 1 4  22      1     1  1  1          
lowQualScore                  :             ....   . .   .. .  . ..  . ...     . .. .............  . .  . .... ....   ..... .  ........  . . .  ..      .     .  .  .          
lowQualScore                  :             3333   0 0   44 1  0 44  1 666     0 33 6666666666666  1 1  1 7777 4444   33333 2  88888888  1 5 6  33      7     7  7  7          
consensus                     :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
Reference ( family-441 )      :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9625                       :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTTT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----G-AC--------TT-T-A-AA--TTTCAAGGCCAA-AG-AG-AGGATTGTTC
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gi|9654                       :        TGTAC----TGAAT-AGC--T-GG-G--CA-TATTTGTAT-TT-G-------------AA-G-AA-A---------CAAC----A-AC--------TTAT-AACA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTCTGTT
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blockSeqs                     :             .      . .   .  A  . .   A ATT     . GA GAA            . .  . AAAT .      C     .  .         A . A  .       G     .  .  .
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . TT .              . .  . G    .      C     .  .         . . C  .       G     .  .  .
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . T  .              . .  . .    .      T     .  .         . . .  .       G     .  .  .
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . T  .              . .  . .    .      .     .  .         . . .  .       G     .  .  .
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .         . . .  .       G     .  .  .
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blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .         . . .  .       .            
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .         . . .                       
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .         . . .                       
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .                                     
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .                                     
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .                                     
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .  .                                     
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .                                        
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .                                        
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .     .                                        
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .                                              
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .      .                                              
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .    .                                                     
blockSeqs                     :             .      . .   .  .  . .   . .       . .  .              . .  . .                                                          
blockSeqs                     :                    . .   .  .  . .   . .       . .  .              .                                                                 
blockSeqs                     :                    . .   .  .  . .   . .       . .                                                                                   


blockSeqCons                  :      
originalCons                  :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
finalCons                     :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                         1                      
lowQualScore                  :             2222   1 1   11 2  1 11  2 333     1 66 7777777777777  1 1  1 5555 2222   66666 1  44444444  3 1 4  22      1     1  1  1          
lowQualScore                  :             ....   . .   .. .  . ..  . ...     . .. .............  . .  . .... ....   ..... .  ........  . . .  ..      .     .  .  .          
lowQualScore                  :             3333   0 0   44 1  0 44  1 666     0 33 6666666666666  1 1  1 7777 4444   33333 2  88888888  1 5 6  33      7     7  7  7          
consensus                     :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
Reference ( family-441 )      :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9625                       :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTTT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----G-AC--------TT-T-A-AA--TTTCAAGGCCAA-AG-AG-AGGATTGTTC
gi|9626                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TAAAT-TTTG-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-AA--TTTCAAGGCCAA-AG-AGAAGGATTGTTC
gi|9627                       :      ttTGTAC----TGA-T-AGC--CCGG-G--TAAC---TATTT-TT-G-------------AA-G-AA-A----A-----AA-----G-AC--------TT-TAA-AA--TTTCAAGGCCAA-A--AG-AGG
gi|9628                       : ttaatAATGTAC----TGA-T-AGT--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-G----A----CAT-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAAGGCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9629                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGT--C-GG----TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-G----A----CAT-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAAGGCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9630                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGT--C-GG----TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-G----A----CAT-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAAGGCCAA-AG-GG-AGGTTTGTTC
gi|9631                       :    ttAATGTTC----TGG-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-CC--------TT-T-A-CA--CTTCAAGGCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9632                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-ACCCTA----CAA-----A-AC--------
gi|9633                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-AG---A----CAA-----A-
gi|9634                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-AAAATA----CAA-----A-A
gi|9635                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGT--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-A----A----TAA-----
gi|9636                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--A-------------AA-A-AA-A----A----
gi|9637                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGA--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T-------------------G-AA-A----A----TAA-----A-AC--------
gi|9638                       :    ttAATGTAC----TAA-T-AGC--C-GG-A--TA-C---TGTAT-T--G-------------GG-GAAA-A----A----CAA-----A-
gi|9639                       :    ttAATGTAT----TGA-A-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-A----A----AAA-----
gi|9640                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--GA-C---TGTAT-T--G-------------AA-
gi|9641                       :     ttATGTAC----TGA-T-AAA--C-GG-G--TA-C---TGTAT-TGAG-------------AA-G-AA-A----A----AAA-----A-AC--------
gi|9642                       :   tttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--
gi|9643                       :    ttAATGTACAGCATGA-T-AAC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-A-AA-A----A----AAG-----A-AT--------T
gi|9644                       :    ttAATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTC-A-GCCAA-AG-AA-AGGTTTGTTCaaa
gi|9645                       :      AATGTAC----TGA-T-ATC--C-AG-G--TA-C---TGTGT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-GCCAA-AGTTG-AGG-TTGTTC
gi|9646                       :      AGTGTAC----TCA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-
gi|9647                       :      AATGTAA----TGA-T-AGC--C-AG-G--TA-C---TGTAT-T--ATATATATTTAAAAAA-A-AACA----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--ATTCAA-GCCAA-AG-AG-AAGTTTGTTC
gi|9648                       :      AATGTAC----TGA-T-AAC--C-GG----TA-C---GGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-T-TT--TTTCAA-AACAA-AG-TG-AGGTT
gi|9649                       :      AATGTGC----TGG-T-AGC--C-GG-GGGTA-----TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-
gi|9650                       :      AATGTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-G--G-------------AA-G-AA-A----
gi|9651                       :      AATGTAT----TGA-T-AAT--T-CG-T--CA-C---TTTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAC-----A-A---------TT-T-A-CA--TCTGAA-GCC-A-AT-TG-AGGTTTGTTC
gi|9652                       :        TGTAC----TAA-T-AGC--T-GG-G--TA-T---TGTAT-T--G-------------AA-G--A-A----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTCCAA-GAC-A-AG-AG-AGGTTTGTT
gi|9653                       :        TGTAC----TAA-T-AGCGTT-GG-G--TA-T---TGTAT-T--G-------------AG-A-AA-A----A----CAA-----A-AC--------TT---A-CA--TTTCA--GCCAAGAG-AG-AGGTTTGTT
gi|9654                       :        TGTAC----TGAAT-AGC--T-GG-G--CA-TATTTGTAT-TT-G-------------AA-G-AA-A---------CAAC----A-AC--------TTAT-AACA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTCTGTT
gi|9655                       :        TGTAC----TGA-T-AGC--TAGG-G--CA-TATTTGTAT-TTTG-------------AA-G-AA-A---------CAAC----A-AC--------TTAT-AACA--TTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTCTGTT
gi|9656                       :        TGTAC----TAA-T-AGC--T-GG-G--CA-T---TGTAT-C--G-------------AA-G-A-------------------------------------------CTTCAA-GCCAA-AG-AG-AGGTTTGTTC
gi|9657                       :        TGTAC----TTA-TTAGC--T-GGCG--TAAT---TGTATGT--G-------------AA-G-AA-A---------CAA-----A-AC--------TT-T-A-CATGTTTCAA-GCCAA-A-------GTTTGTT
gi|9658                       :         GTAC----TGA-G-ATC--C-GG-T--TA-C---TGTAT-T--G-------------AA-G-AA-A----A----CAAT----A-A----------T-T-ACCA--TTTGAA-GCCAA-AG-GG-AGGTTTATTC
gi|9659                       :         GTAC----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TATAT-T--G-------------AA---AA-A----A----CAA-----AGAG--------TT-T-A-
gi|9660                       :            C----TGA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---AGTAT-T--G-------------AA-A-AA-A----ATAACCAA-----A-AC--------TT-T-A-TG--TTTCAA-CCCAA-AG-AG-aa
gi|9661                       :            C----TGA-T-A-T--C-AG-G--TA-C---TGTGT-T--G-------------AATG-AA-A----------------------------------------TTTCAG-GCCAA-AT-AG-AGGTTTGTTC
gi|9662                       :                  GA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTAT-T--GGAA----------AA-A-AA-A----A----CAACAACAA-ACAAAATGAATT-T-A-CA--CTGCAA-GCCAA-AG-AA-AGGTTTGTTC
gi|9663                       :                  GA-T-AGC--C-GG-G--TA-C---TGTA----------------------G-CC-C----A----CAA-----A-AC--------TT-T-A-CA--TTTCAA-ACCAA-AA-CG-ATGTTTGTTC