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lowQualScore                  :      . . ..  .  .      ..  .    . . .    . ....  .  .. ....... . ..  . . . .. .   .   .    
lowQualScore                  :      1 2 66  1  1      55  1    1 1 1    2 3333  1  44 4444444 1 44  1 1 1 66 1   1   2    
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Reference ( gi|91796 )        :  TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATGG-A---GAG-CA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
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lowQualScore                  :       . . ..  .  .      ..  .    . . .   .. . ...     .. ....... . ..  . . . .. .   .   .    
lowQualScore                  :       1 2 66  1  1      44  0    0 0 0   44 1 888     44 3333333 0 44  1 1 0 55 0   0   1    
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Alignments
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Reference ( family-440 )      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91778                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--A-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTA
gi|91779                      :  cTTCT-A-G--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-A--A-ACT-GCT-CTAA
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Reference ( family-440 )      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91778                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--A-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTA
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gi|91782                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATA--A-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-GA-A-ACT-GCT-CTAA
gi|91783                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAT-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-T--A-ACT-GCT-CTA
gi|91784                      :  cTTCT-A-A--TC-TC-TCGCCC--AA-CAAG-T-C-ATG--G-A---AATCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91785                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-A-C-ATG--G-G---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-TT
gi|91786                      :  cTTCT-A-A--CC-TT-TTCCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---CAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GTT-CTAA
gi|91787                      :  cTTCT-A-A--CC-TT-TTGTCC--AA-CCAG-T-C-GTG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACA-GTT-CTAA
gi|91788                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TTGCAC--AA-CCAG-T-C-GTG--GAA---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GTT-TTAA
gi|91789                      :   cTCT-A-A--CC-TC-TTGCCT--AA-CCAG-T-C-GTG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-G-T-TTAA
gi|91790                      :  ccTCT-A-A--CC-TC-TTGCTA--AA-CCAG-T-C-GT---G-A---GAGCA--G-------T-C--A--G-ATG--A-ACT-G-T-TTAA
gi|91791                      : ccTTCT-A-AA-CC-TC-TCGCCC--TA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AA-CAGTG-------T-C--AT-G-A-G----ACG-GCT-CTAA
gi|91792                      :  cTTTT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-GTG--G-----AAGCA--C-------T-C--AT-G-A----A-ACT-G
gi|91793                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-AT---G-A---AAACT--G-------C-T--AT-A-A-GTTA-ACT-
gi|91794                      :  cTTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTA
gi|91795                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91796                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91797                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-A--A-ACT-GCT-CCAA
gi|91798                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-AGG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91799                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG---C-ATG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91800                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TTGCTC--AA-CCAG-T-C-GTG--G-A---AAGCG--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91801                      :   TTCT-ATA--CC--C-TCGCC---AA-CCAG-T-C-ATA--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTA
gi|91802                      :   TTCT-ATA--CA-CC-TCGCC---AA-CCAG-T-C-ATA--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTA
gi|91803                      :   TTCTTA-A--CC-TCCTCGCCC--AAACCAG-T-C-ATG--G-G---A-GCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91804                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA--CAG-T-C-AT---C-A---AAGCA--G-------T-C--AT-GCA-G--A-ACT-GCT-CCAA
gi|91805                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATGGTG-G---AGACA--G-------T-C--AT-G-A-G--AGACT-GC--CTAA
gi|91806                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-CAATG--G-A---GAGCA--G-------T-CCAAT-A-A-G--A-ATC-GCTCCTAA
gi|91807                      :   TTCT-A-AGACC-TC-TCGCCC--AG-GCAG-T-C-ATG--G-A---GAGCA--G-------T-C---T-G-A-G--A---T-GCT-CTAA
gi|91808                      :   TTCT-A-A--CC-TC-TCGCCC---A-CCAG-TCC-ATG--GTA---GAGCA--G-------TCC--AT-GTA-GC-A-ACT-GCT-CTAA
gi|91809                      :   TTCT-G-A--CC-TC-TCCCTC--AA-ACAG-T-C-ATA--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-T--A-ACT-
gi|91810                      :   TTTT-A-A--CT-TC---GCCC--AA-C-AG-T-C-ATG--G-A---GAACA--G-------T-C--ATAG-A-G--A-A-T-GCT-CTAA
gi|91811                      :   TTCT-A-A--ACATC-T-GCC----A-CCAG-T-C-A-G--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT---A-G--A-A-T-GCT-CTAA
gi|91812                      :    TCT-A-A--CC-TC-TCG-CC--AA--CAG-T-C-ATG--T-G---ACGCA--GCACGCCTC-C--ATCG-A-G--A-ACT-GCT-CTAA
gi|91813                      :    TCT-A-A--CC-TC-TCGCCCAGAA-CCAG-T-C-ATG--G-GCATGAGC---G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACTGGCT-CTAA
gi|91814                      :       -A-A--CT-TC-TCGCCC--AA-CCAG-T-C-ATG--G-A---GAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G----ACT-GC
gi|91815                      :                 C-TCTCCC--AA-CCAGGT-C-ATG--G-A---A-GCA--G-------T-C--AT-G-A-GA-A-ATT-GGT-CTAA
gi|91816                      :                             -CCAG-T-C-ATG--G-A---AAGCA--G-------T-C--AT-G-A-G--A-ACC-GTT-CTAA