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Alignments
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lowQualScore                  :      77 2     2 66666666  77  222 77 2 2  77  3 4444   1   0 0    0  2222  444444    0 55  1 1    55   1 555555   66  44 44    999 3333 1  4444444 44    1         
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Reference ( family-439 )      : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
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blockSeqs                     :      .  .     . .         .   T   .  . .  .   A .      .   . .    .  .     .         . T   . .    .    . .        A   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   T   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . G   . .    .    . .        T   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
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blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
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blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
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blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :      .  .     . .         .   .   .  . .  .   . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                               . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                               . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                               . .      .   . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                                            . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                                            . .    .  .     .         . .   . .    .    . .        .   .  .     .   .    .  .       .     .
blockSeqs                     :                                                            . .    .  .     .         . .                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
finalCons                     : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA





Alignments
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lowQualScore                  :      .. .     . ........  ..  ... .. . .  ..  . ....   .   . .    .  ....  ......    . ..  . .    ..   . ......   ..  .. ..    ... .... .  ....... ..    .         
lowQualScore                  :      77 2     2 66666666  77  222 77 2 2  77  3 4444   1   0 0    0  2222  444444    0 55  1 1    55   1 555555   66  44 44    999 3333 1  4444444 44    1         
consensus                     : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
Reference ( family-439 )      : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
gi|95326                      : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TAG-CCT-A-TTCA-AG----TC------ATGC-A--TT-C-ACGC--CCG-T------GGC--TA--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
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gi|95342                      : ATATT--CGCGTTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--ACAC----TGG-CCT-A-CTCC-AG----TC------AC-C-ACTTC-C-AAG---CCG-C------GGC--TG-----AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AAT
gi|95343                      : ATTTT--C-CGATC-T--------GTCATA---A--C-C-AT--AC-CTACCTGG-CCT-A-CTCACAG-----C------ACGC-A--TT-C-ACG---CCG-C------GGC--CG-----AGCATATA----C-GA-------A--TAAT-AATTGTCGA
gi|95344                      : ATTTT--C-TG-TC-T--------GC--TT---A--C-CCAT--ACAC----TGG-C-T-A--TCA-AG----TC------ACCC-A--CT-C-AC-C--CCG-CAG----GGCA-CG--T--AGAA---C----T-CA-------A--TGAT-AATTGTC
gi|95345                      : ATTCT--T-CGGTC-T--------GC--AG---A--C-C-AT--AC-C----AGG-CCT-C-ATTA-TA----TC------ACAC-A--TT-C-AAGC--CCC-CCCCCCAGAC--TG--T--AGAA---A----C-CA-------G--TGAT-AATTG
gi|95346                      : ATTTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--T-C-AT--GC-C----TGG-CTT-T-GTTA-AG----TC------ACAC-A--TT-C-ACAC--CC-----------------------AA----------TA-------A--TGAT-AATT
gi|95347                      : ATTTT--C-TGTGC-T--------GC--CTCAGAGTC-C-TC--AT-C----TA--CCT-A-CTCA-AC----TC------TAGC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------AGC--TG--T--AGAA---A----T-TA-------A--TGAT-
gi|95348                      : ATTTTGTT-CGGTT-C--------AT--AT---A--C-A-TT--ACAC----TGG-CCT-AACTCA-AAGAAATC------ACGT-T--TT-C-ACGC--CCGGC------GGC--TG--T--AGGA---ATCAAC-TA-------A--TGAT-AATTG
gi|95349                      : ATTTT--C-CGGCC-TTGACGGTCGA--TTCA-A--T-T-AT---C-C----TGGTCCT-A-CTCA-AG----TCTA----ATGCTA--TT-C-ATGCTGCCG-C------G-C--TG--TTTAGAA---A----C-TA-------T--TCAT-AATTGTCGA
gi|95350                      :  TTCC--C-CGGTC-T--------TC--TT---A--C-C-AT--AG-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------GCGC-A--TT-C-ACG---CCG-C------GGCT-TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
gi|95351                      :  TTTT--C-CGGTC-T--------GT--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCTTA-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ACGC--CCT-G------GGC--TA--T--AGAA---A----CTTA-------A--TATT-AATTGTC
gi|95352                      :  TTTT--C-CAGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGT-CTT-G-GTTA-AG----TTACTGTAACAC-A--TT-C-CCAC--CTG-T------GAC--CG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AACTG
gi|95353                      :   TTT--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------TAAC-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--GG--T--ACAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
gi|95354                      :   TTT--C-CGCTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CCCA-AG----TC------ACGT-C--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--CG--T--AGAA---A----T-TA-------A--TGAT-AATTGT
gi|95355                      :   TTT--T-CGGTC-T--------GC--TT---A--C-C-AT--AC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------GCAT-A--TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TGTAT--AGAA---G----C-TA-------A--TGAT-AAATG
gi|95356                      :   TTT--C-CG-TC-T--------GT--TTT--A--C-C-ATGTAC-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-AG-TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TC--T--AGAA---A----C-TA-------ATGTGAA-AATTGT
gi|95357                      :   TTT--C-CGGTC-TT-------GC--TT---A--CAC-AC--AC------TGG-CCT-A-CTTC-AG----TC------ACGC-A--TTCC-ACGC--CCG-C-------GC--AG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TATT-AATTGTCGA
gi|95358                      :   TTC--C-CGGTC-T--------GC--TT---A--T-C-AT--AT-C----TGT-CCT-A-CTAA-AG----TC------ACGC-A--
gi|95359                      :                                              C-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT---ACGC--CCG-T------GGC--TC--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-AATTGTCGA
gi|95360                      :                                              C-C----TGG-CCT-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-A-TCGCG-CCG-T------GGC--TC--T--AGAAC--A----C-T--------A--TGATAAATTGT
gi|95361                      :                                               -C----TGG-CTT-C-GTTA-AG----TC------ACAC-A--TT-C-ACGC--ATG-C------GGA--TG--T--AAAA---A----C-TA-------A--CGAT-AATTG
gi|95362                      :                                                           T-A-CTCA-AG----TC------ACAC-T--TT-C-ATGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TA-------A--TGAT-
gi|95363                      :                                                           T-A-CTCA-AG----TC------ACGC-A--TT-C-ATGC--CCA-T------GGC--TG--A--AGAA---A----T-TAATGTCTTA--TGAT-AATTGTCAA
gi|95364                      :                                                           T-A-TTCA-AA----TT------A-------TT-C-ACGC--CCG-C------GGC--TG--T--AGAA---A----C-TC-------A--AGAT-ATTCGTCGA