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lowQualScore                  :      . . . . .    .   .     .. .......  .......  ..  . ....  .... ....   .    . ...  .  . .. .   .    . .......  .. .. . .   . .. ... . . .. .  . .  ........................       . .      .  .  . ..      . ..    ..        . .   . .      .        .    
lowQualScore                  :      4 3 3 3 9    5   5     77 1111111  8888888  77  1 4444  4444 6666   4    3 111  1  7 55 1   1    1 8888888  66 66 1 1   1 77 777 1 1 66 4  5 5  888888888888888888888888       2 3      7  7  2 11      7 99    99        9 9   8 6      1        3    
consensus                     :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCGAGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C---G-A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
Reference ( gi|60697 )        :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCAAGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C---A-A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAGCAAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60676                      :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCGAGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C---A-A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-TA-AG-A--TGATTGTT--TTTC--TTCTATTA-A-GAATCGAAATAG-GTCAAATC-ATG
gi|60682                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCGAGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C---A-A-GT--A--C-T-TTG-T---------------TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AT-A--TGTTTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60679                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCGATG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-AATA-C---A-A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-T-AAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTT--CTCTCTT--A-CAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
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gi|60681                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---G---CCGATG-A----GGTATTT----TAT-TCTG-CCAGAA-CAGC--T-ACG----A-C-----A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-CTTA------------------------CCACGGC-T-AAAAAT-CA-AG-ATTTGGTTG-TTCTTTCTGCTCT-TTA-ACGAAAC-GAATAGAGTCA
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gi|60698                      : tTTAT-C-T-T-T-CAAA-T---CATTTATC--G----AT-------CCA-GG-A----GG----A----TAT-CCTG-C---AA-TATG--C-ACG-AAAA-C---GCA-AT-----C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60696                      :  TTAT-A-T-T-T-TAAAACAA-CATTT--C--G----AG---A---CCAAGA-A----AC----T----TAC-CGTG-C---AA-TACA--C-ACG-AAA
gi|60695                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AC---A---CTGATG-A----GC----T----TA
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gi|60702                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----CC---A---CCTCGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C---G-C-GT--G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60701                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----CC---A---CCTCGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C---G-C-GT--G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60703                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----CC---A---CCTCGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAAC--C-G-A-AAAA-C---G-C-GT--G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60704                      :     T-A-T-T-T-GAAAACAA-CATTTT-C--G----AC---C---TCA--G-A----GG----T----TAT-CTTG-C---AA-CACC--T-ACG-AAAA-C---
gi|60705                      :      -A-T-N-TACAAA-CAA-CATTT--CAAG----AC---CATCCCAAGG-A----GG----T----TAT-CGTG-C---AC-CATC--T-ATG-TAAA-C---A-A-GA--A--C-A-ATA-A--C---T-C-T--G-TT-C-TA------------------------CCAAGAC-TCAGAAATATACAG-C--CAATCA-T--TTTC--CTGTATTATA-GA
gi|60706                      :        -T-T-A-CAAA-TAA-CATTT--C--T----CC---A---CCTCAG-A----GG----T----TTT-TCTG-C---CA-CAAC--C-ACG-AAAA-T---G-C-GT--G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60707                      :            -T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----AA---G---CCGAGG-A----GG----T----TAT-TCTG-C---AA-CAGC--C-ACG-ATAA-C---A-A-GT--A--C-T-TTA-T--T---T-A-T--A-TT-C-TA------------------------CCATGGC-TAAAAAA--CA-AG-A--TGAT
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gi|60710                      :                                         ---G---CCGAAG-G----CG----T----TA---CAG-C---AA-CAGC--C-ACGGAAAA-C---A-A-GT--A--C-T-TTA-TATT---TAC-T--A-TT-C-TA------------------------C-ATGGCCTAAAAAAT-CA-AGTA--TGATTG-T--TTTC--CTCTA-TA-A-GAA-CGAAATAG-GTCAAATCAATGA
gi|60709                      :                                         ---G---CCGAGG-A----GG----G----TATCTCTGGC---AAACAGC--CCACG-AAAA-C---A-A-GT--A--C-TGTTA-TA-T---T-C-T--A-TT-C-TAGCTTCTTCTCTTTCCTTCCCTTACCCATAGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TAATTG-T--GTTCAGCTCCATTA-A-GAAACGAAATAG-G-CAAATC-ATGA
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Alignments
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lowQualScore                  :      1 1 1 1 3    6   1     44 4444444444 7777777  66666  2 2222  2222 1   2   1 1 333  1  3 11 1   1    1 555555  111 11 1 1   1 22 666 1 1 11 1  1 1  444444444444444444444444       2 6      6  6  2 22      5 33    77        2 2   0        2        3    
lowQualScore                  :      . . . . .    .   .     .. .......... .......  .....  . ....  .... .   .   . . ...  .  . .. .   .    . ......  ... .. . .   . .. ... . . .. .  . .  ........................       . .      .  .  . ..      . ..    ..        . .   .        .        .    
lowQualScore                  :      3 3 3 2 8    2   2     55 0000000000 6666666  11111  2 4444  4444 1   3   1 1 000  1  3 55 1   1    1 777777  999 55 1 1   1 66 555 1 1 66 4  4 4  333333333333333333333333       1 5      3  3  1 99      3 77    33        7 7   2        9        1    
consensus                     :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
Reference ( family-438 )      :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
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Alignments
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lowQualScore                  :      . . . . .    .   .     .. .......... .......  .....  . ....  .... .   .   . . ...  .  . .. .   .    . ......  ... .. . .   . .. ... . . .. .  . .  ........................       . .      .  .  . ..      . ..    ..        . .   .        .        .    
lowQualScore                  :      3 3 3 2 8    2   2     55 0000000000 6666666  11111  2 4444  4444 1   3   1 1 000  1  3 55 1   1    1 777777  999 55 1 1   1 66 555 1 1 66 4  4 4  333333333333333333333333       1 5      3  3  1 99      3 77    33        7 7   2        9        1    
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Reference ( family-438 )      :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
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gi|60680                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAAACATTT--C--G----A--C---G---CC---GATG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AATA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-T-AAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTT--CTCTCTT--A-CAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60681                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GATG-A----GGTATTT-TAT-TCT-G-CCAGAA-CAGC--T-ACG----A-C----A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-CTTA------------------------CCACGGC-T-AAAAAT-CA-AG-ATTTGGTTG-TTCTTTCTGCTCT-TTA-ACGAAACG-AATAGAGTCA
gi|60682                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTG-T---------------TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AT-A--TGTTTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60683                      : tTTAT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATCT--C--T----C--C---A---CC---TCGG-A----GG----T-TAT-TCG-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60684                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAAACAA-CATTT--C--G----A--C---G---CT---AAGGGA----AG----T-TAT-TTT-G-C---AA-CAGCACT-ACG-AAAA-C--A-A-GT---ATAC-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-T-AAAAAT-CA-AG-A--TGATTGTT--TTTC--CTTTATTA-A-GAAGCGAAATAG-G-CAAATC-ATGA
gi|60685                      : tTTAT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----C--C---A---CC---TCAG-A----GG----T-TTT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TCA-T--T---T-C-T--
gi|60686                      : tTTAT-A-T-T-TACAAA-CA----TTT--C--T----C--C---A---CC---TCGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--T---T-C-TTAA-TT-A-TA------------------------C
gi|60687                      : tTTAT-A-T-TAT-CAAA-CA----TTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GT----T-TAT---C-A-CA--AA-CA----C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---A--C---TTA-T--T---C-C-T--T-TA-A-TA------------------------CCAC
gi|60688                      : tTTAT-AGT-T-TACAAA-TAA-C--TT--C--GCTCCA--C---G---CC---C-GG-A----GG----T-TAC--CT-A-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-AT---G--CTT-TTA-T--T---T-C-
gi|60689                      : tTTAT-A-TAC-T-CGAA-CA----TTT--C--G----A--CCCCG---CC---GATG-A----GG----TGTAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACA-AAAAAC--A-ATGT---A--C-T-TTA-T--T---T-T-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAGAAAT----AA-A--TGA
gi|60690                      : tTTATTA-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----C--C---A---CCTCGGAGGTA----CG----T-TAT-TTTAA-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-CA-G-C-GT---G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-
gi|60691                      : tTTAT-T-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---A---CC---GAAG------------T-TAT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-G--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------
gi|60692                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--A----A--A---GA--CC---AAGG-A----AG----T-TAT-CAT-G-T---AA-CATC--C-ACG-AATA-C--A-A-AA---G--C-T-TTG-T--T---T-G-T--A-TT-C-
gi|60693                      : tTTGT-A-T-T-T-CAAAGCAA-CATTT--CTCG----A--C--------C---ATAG-A----AA----T-TAC-CCT-G-C---AA-CATC--C-ATG-AAAA-C--G-C-AT---G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60694                      : tTTAT-A-T-T-G-CAAAACAA-CATTTCCC--G----A--C---C---TC---G-GG-G----GA----T-AAT-CTT-G-C---AA--ATT--C-ACG-AAAA-CTAG-A-ATTTAA--C-T-TTA-T--T---T-CTT--ACTT-C-T-------------------------CTACGtaaatatgaccctaaacactatcgtaattcagatgatctgt
gi|60695                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---A---CT---GATG-A----GC----T-TA
gi|60696                      : tTTAT-A-T-T-T-TAAAACAA-CATTT--C--G----A--G---A---CC---AAGA-A----AC----T-TAC-CGT-G-C---AA-TACA--C-ACG-AAA
gi|60697                      : tTTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---AAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAGCAAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60698                      :  TTAT-C-T-T-T-CAAA-T---CATTTATC--G----A--T-------CC----AGG-A----GG----A-TAT-CCT-G-C---AA-TATG--C-ACG-AAAA-C--GCA-AT------C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60699                      :  TTAT-A-C-T-T-TAAA-CAA-TATTT--C--G----A--G---G---CC---AATT-AATTAGC----T-TAT-CCT-G-C---AC-TATG--C-ACG-AAAA-G--A-A-GA---A--C-T-TTA-A--T---T-C-T--A-TC-C-TA------------------------CATCGCC-CTAGAAAT----AG-A--CG
gi|60700                      :   TAT-A-T-T-T-CAAA-CCA-TAATT--C--G----AGAC---GA--CT---GAGG-A----GG----T-TGT-CCT-G-C---AA-TATG--C-ATG-AAAA-C--A--------A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CTACGGC-CCAGAAATGCATAG-A--AGATT
gi|60701                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----C--C---A---CC---TCGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60702                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----C--C---A---CC---TCGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-ACG-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60703                      :    AT-A-T-T-TACAAA-CAA-CATTT--C--T----C--C---A---CC---TCGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAAC--C-G-A-AAAA-C--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--TCA-T-T-T--A-TT-A-GA------------------------ACACG
gi|60704                      :     T-A-T-T-T-GAAAACAA-CATTTT-C--G----A--C---C---TC---A--G-A----GG----T-TAT-CTT-G-C---AA-CACC--T-ACG-AAAA-C--
gi|60705                      :      -A-T-N-TACAAA-CAA-CATTT--CAAG----A--C---CATCCC---AAGG-A----GG----T-TAT-CGT-G-C---AC-CATC--T-ATG-TAAA-C--A-A-GA---A--C-A-ATA-A--C---T-C-T--G-TT-C-TA------------------------CCAAGAC-TCAGAAATATACAG-C--CAATCA-T--TTTC--CTGTATTATA-GA
gi|60706                      :        -T-T-A-CAAA-TAA-CATTT--C--T----C--C---A---CC---TCAG-A----GG----T-TTT-TCT-G-C---CA-CAAC--C-ACG-AAAA-T--G-C-GT---G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--
gi|60707                      :            -T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--A---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-ATAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-A-T--A-TT-C-TA------------------------CCATGGC-TAAAAAA--CA-AG-A--TGAT
gi|60708                      :                       -CGTTT--T--G----A--T---A---TA---AAGG-A----GC----T-GATATCT-G-C---AA-CATC--C-ACG-GAAA-C--A-A-GA---A--A-T-TTATT--T---T-T-T--A-GT-T-TG------------------------CTCCAGC-TCAAAAAT-
gi|60709                      :                                           ---G---CC---GAGG-A----GG----G-TATCTCT-GGC---AAACAGC--CCACG-AAAA-C--A-A-GT---A--C-TGTTA-TA-T---T-C-T--A-TT-C-TAGCTTCTTCTCTTTCCTTCCCTTACCCATAGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TAATTG-T--GTTCAGCTCCATTA-A-GAAACGAAATAG-G-CAAATC-ATGA
gi|60710                      :                                           ---G---CC---GAAG-G----CG----T-TA---CA-G-C---AA-CAGC--C-ACGGAAAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-TATT---TAC-T--A-TT-C-TA------------------------C-ATGGCCTAAAAAAT-CA-AGTA--TGATTG-T--TTTC--CTCTAT-A-A-GAA-CGAAATAG-GTCAAATCAATGA
gi|60711                      :                                               ---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCATAGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TAATTG-T--TTTC--CTCCATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60712                      :                                                                                  -C---AA-CAGC--C-ATG-AAAA-C--A-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACAGC-TATAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60713                      :                                                                                    ---AA-AAGC--C-A-G-GAAA-C--A-A------A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCGCGGT-AAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--C-CTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
gi|60714                      :                                                                                                 -ATG-AAAA-T--G-A-GA---G--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------TTATGG--TAAGAAATATACAG-C--TGACCA-T--TTCC--CTATAC---A-GATCCGAATTAG-GTCATGTC-ATGA
gi|60715                      :                                                                                                                                                                                                    -AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCCATTA-A-GAAACGAAGCAA-GTAAAATC-ATGA


blockSeqs                     :      T G A A G    A   A     CC GCTCCA     CCCG     TCGGA  G ATTA  TATT G   A   A G CAG  A  A AC C   G    A TAGA    TTA TA T G   T AT TAC A T TA C  A T  GCTTCTTCTCTTTCCTTCCCTTAC       C A      G  T  T TT      T TC    TG        T C            A        A
blockSeqs                     :      . . . . A    G   .     AT TCGA       CATC     TC     T .     .    .   C   . . A    .  A .  .   .    . AAT     .   .  . .   . A  CA  . . .  .  . .  .                              . A      A  C  . .       . .     AG        . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    A   .     T  GAGA       GA       TC     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AGC     .   .  . .   . .  CA  . . .  .  . .  .                              . A      A  C  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    A   .     .  AAGA       GA       GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . GCA     .   .  . .   . .  CA  . . .  .  . .  .                              . T      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    A   .     .  TT         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . C      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    .   .     .  TC         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . C      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    .   .     .  GA         G        GA     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . A      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . A    .   .     .  GA         G        TC     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . C      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
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blockSeqs                     :      . . . . A    .   .     .  TC         A        TC     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . A      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . A      .  .  . .       . .     .         . .            .        .
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . A      .  .  . .       . .     .         . .            .         
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . A      .  .  . .       . .     .         . .                      
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        AA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . .      .  .  . .                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        AT     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . .      .  .  . .                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . .      .  .  . .                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         A        AA     . .     .    .   .   . . .    .  C .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                              . .      .  .  . .                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  AA         C        AA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         A        AA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        TC     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        TC     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         A        TC     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         A        AA     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . GC      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         A        TC     . .     .    .   .   . . .    .  C .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .  .                                                                                                  
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         C        GA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .  . .                                                                                                     
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  TC         A        AA     . .     .    .   .   . . .    .  A .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .  .                                                                                                          
blockSeqs                     :      . . . . .    .   .     .  GA         G        GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :        . . . .    .   .     .  TC         A        GA     . .     .    .   .   . . .    .  T .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :            . .    .   .     .  GA         G        GA     . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :                       .     .  GA         G        C      . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . AA      .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                           .        G      . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . GA      .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                           .        A      . .     .    .   .   . . .    .  G .  .   .    . A       .   .  . .   . .  .   . . .                                                                                                             
blockSeqs                     :                                                    A      . .     .    .         . .    .  G .  .   .    . A       .   .  . .   . .  .   . .                                                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                    .    .  . .  .   .    .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
finalCons                     :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA





Alignments
lowQualScore                  :              1                                                                                                                                          111111111111111111111111                                                                               
lowQualScore                  :      1 1 1 1 3    6   1     44 4444444444 7777777  66666  2 2222  2222 1   2   1 1 333  1  3 11 1   1    1 555555  111 11 1 1   1 22 666 1 1 11 1  1 1  444444444444444444444444       2 6      6  6  2 22      5 33    77        2 2   0        2        3    
lowQualScore                  :      . . . . .    .   .     .. .......... .......  .....  . ....  .... .   .   . . ...  .  . .. .   .    . ......  ... .. . .   . .. ... . . .. .  . .  ........................       . .      .  .  . ..      . ..    ..        . .   .        .        .    
lowQualScore                  :      3 3 3 2 8    2   2     55 0000000000 6666666  11111  2 4444  4444 1   3   1 1 000  1  3 55 1   1    1 777777  999 55 1 1   1 66 555 1 1 66 4  4 4  333333333333333333333333       1 5      3  3  1 99      3 77    33        7 7   2        9        1    
consensus                     :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
Reference ( family-438 )      :  TTAT-A-T-T-T-CAAA-CAA-CATTT--C--G----A--C---G---CC---GAGG-A----GG----T-TAT-TCT-G-C---AA-CAGC--C-ACG-AAAA-C--G-A-GT---A--C-T-TTA-T--T---T-C-T--A-TT-C-TA------------------------CCACGGC-TAAAAAAT-CA-AG-A--TGATTG-T--TTTC--CTCTATTA-A-GAAACGAAATAG-GTCAAATC-ATGA
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