lowQualScore : 222222 222222 2222222222222222
lowQualScore : 22 3 5555555 3 3 000000 22 1 1 22 1 1 1 1 444444 666 2 1 5555 1 1 11 4444 333333 11 2 55555 777777 1 1 1 11 1 111 5555 2 222 1 1111111111111111 1 2 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : .. . ....... . . ...... .. . . .. . . . . ...... ... . . .... . . .. .... ...... .. . ..... ...... . . . .. . ... .... . ... . ................ . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 2 0000000 1 1 888888 11 5 5 11 5 5 5 5 555555 777 9 4 7777 2 2 66 3333 222222 66 3 11111 777777 1 1 1 55 1 999 7777 2 000 1 7777777777777777 3 6 3 3 88 3 3 4
consensus : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
Reference ( gi|58271 ) : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58273 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AATC-TCAATAT
gi|58270 : TATTTCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-AT-GC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CA-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AGCT-TCCAT
gi|58274 : TATTCCG--AAA-CA-------T-T-A-T----TAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGT-AC--T-G---ATTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58275 : TATTCGG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----AGATGTAT-A-TAC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-AGCC-TCCATttcaatt
gi|58278 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AAA--AA-AGT-AA--AGTTA-GT-GC-G-AGTGG----CGT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT-CAA--TA--C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-----T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58277 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-AT-GC-G-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT--AA--TAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58276 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-AT-GC-G-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT--AA--TAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58280 : TATTCCG--AA--TA-------T-G-A-TTA--AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGT-G---GCTT---ACGA-TGTAAT--C-C-TCGTT-CAA--TAT-C--C-------CA--CGCT-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT-----A-TAGC---AGA----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58279 : TACCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAC--AA-GGT-AG--GTTTG-GT-GC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--TGG---TTTTTTTAAA-TAGC---A-AAACTGCCGATCGAACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCAAT
gi|58281 : TATTCCGTCAAA-CA-------T-G-A-TTTTAAAA--AA-AGT-TA--GTTTTTGT-GC-G-AGTGG---CTAA---AC-A-TGTAAT--TTC-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-------A------T-A-TGC-AC--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T----A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58282 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAATAAG-AGTGAA--GTTTG-GT-GCCG-AGTGG----CAT---AC-ACTGTA----T-C-TGGTT-CAAGATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--------TTCT----AA-TAGC-----A----------------T-TG-AGATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATATtcaatt
gi|58272 : TATTCCG--AAA-CAACTGGAGT-G-T-T----AAA--AATAGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGT-T---GCATTACAT-A-TGTAATAAC-CATCATC-TAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-ACTAC-AC--T-GTATTTTT----AA-T
gi|58285 : TATCCCG--AAA-CA-------C-G-A-TT---AAA--AA-GGT-AA--GTTTG-GC-GA-G-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--
gi|58284 : TATTC----GAA-CA-------TAG-A-T----TAA--AA-AGT-AA--GTTTG-AT-GC-GCAGT-G---GC-T---ACGA-TGTAAT--T-C-TCGT---------------G-------------------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTC---AATTAGC---A-A----------------T-TT-A-A-C-TG--T--ATA-AACC-
gi|58283 : TATTCCG--AAA-TA-------T-T-A-T----TAA--GA-A-T-AA--GTTTA-GT-GC-A-AAT--------T---GC-A-T--AAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-T--TG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAAC---A-A---------------------A-ATT-TA--A-AAGA-AA
gi|58286 : TATTCCG--AAA-TA-------T-G-A-T----GAA--AA-AAT-AA--GATTG-GT-GC-G-AAT-G---GCAT---A--A-T-----------TCGT---------------------------G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------tttaccgattggacgttcaatctgtaatatacctccatttc
gi|58287 : TATCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAA--AA-GGT--A--GTTTA-GT-GC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-T
gi|58288 : TATACCG--AAAATG-------T-G-A-TTTT-AAA--AA-TTT-AA--TGTTG-GT-GC-G-A-TGG-----------C-A-T---AT--T-C-TTGT--CAA--TAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTA---AA-TAGC---A-A----------------
gi|58289 : TATTC-G--AAA-TA---------G-A-TTTT-AAA--AA-A-T-AATAGTTTG-GT-GC-G-AAT-G---GCAT---A-------AAT--T-C-TCGTT-C-A--TAT-T--CG------
gi|58290 : ATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TTA--AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------TGA-TGC-AC--T-G---TTT------A-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58291 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TGTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATtgcatt
gi|58292 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAA--AG-AG--AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT-CAA--TATTC--CG------CA--CG-TCATGTA------T-A-TGC-AT--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AAT--AGCC-TCCATttcaatt
gi|58293 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AAA--AA-AGT-AA--G-TTG-GTGGC-G-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAG--C-T-CCGTTCCAA--TAC-T--CG------CAACCG-T-----A------T-A-TG--AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A------------------TC-A-ATC-TG--T-AATATAACCTTCCATATttcaat
gi|58294 : TTCCG--AAATCA-------TCG-A-TT---AAA--AA-AGT-AA--GTTTG-GT-CA-G-AGT-G---GCAT---AC---TG-AAT--C-C-T-GT-------TAT-CATCG------CA--CG-TG----A------T-A-TG--A---T-G---TGT------A-TAGC---A-A----------------T-T-----TC-TG--T-A
gi|58295 : TCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAA--AA-GAG-AA--GTTTG-GT-GC-G-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT-CAA--TATTC--CG------CA--CG-T-----ACATGTAT-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--TAAATA-AGCC-TCCAT
gi|58297 : A-------T-G-ACT----AAA--A----T-AT--GTTTG-GT-GC-G-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-CCGTT-CAA--TAT-C--CG------T---TG-T-----A------T-A-TGC-GC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------ttcaatt
gi|58298 : T-GC-G-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-TG-TG------TA--C--------A------T-A-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------aaaataaaagaaatgtaccaatgggacgtttaatctgtaatacacctccatttcaatt
gi|58300 : -A-TGTAAT--T-C-TCGTT-CAA--TAT-T--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-AAAATACCGATCGGACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58301 : agGTAAA--T-C-TCGTT-CAA--TAT----CG------CA--CG-T-----A------T---TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-AAATACTGATCGGACG-T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58299 : TAAT--T-C-GTGTT-CAA--TAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-AAGC---A-A----------------ttcaatt
gi|58302 : catgaatggcaAT--T-C-TCGTT-CAG--TAT-T--CGTGTATACA--TG-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A---------------------A-AAT-TA--G-AATA-AA
gi|58303 : -C-TTGTT-CAA--TAT-C--TG------CA--CG-T-----A------T-T-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGCAAAA-A----------------TACC-G-ATC-GGCCT-AATA-CACC-TCCAT
gi|58304 : tGTT-CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTT---AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58305 : GTT-CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGCTAC--T-G---TTTT----AAATAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58306 : GTT-CA---TAG-A--CG------CA---G-------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TTAA-ATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATAT
gi|58307 : --CG------CA--CG-TT----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTT-----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58296 : --CA------CA--CG-T-----AA-----T-A-TGC-AC--T-G---TT------AA-TAGC---A-A----------------T-TCAA-ATCTTG--T--ATC-AACC-TCCATAT
gi|58308 : ccaaagcagcacgaagacgtaaatttcagagagacaattatagtttgccataga------CA--CGGT-----A--------A-TGC-ACGCT-G---TTTA----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-A--A-AACT-TCCATAT
gi|58309 : GC-AC--T-A---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-AGT-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58297 : ----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-CACC-TCCATttc
Alignments
lowQualScore : 111111 222222 2222222222222222
lowQualScore : 22 3 4444444 3 3 999999 22 1 1 22 1 1 1 1 222222 666 2 1 11 1 1 22 11 4444 333333 11 2 55555 777777 1 1 1 11 1 111 5555 2 111 1 1111111111111111 1 2 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : .. . ....... . . ...... .. . . .. . . . . ...... ... . . .. . . .. .. .... ...... .. . ..... ...... . . . .. . ... .... . ... . ................ . . . . .. . . .
lowQualScore : 11 1 8888888 0 0 777777 00 5 5 00 5 4 4 4 666666 444 8 4 66 2 2 66 55 3333 111111 55 2 00000 555555 1 1 1 55 1 999 5555 2 999 1 1111111111111111 2 5 2 2 77 2 3 4
consensus : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
Reference ( family-437 ) : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58270 : TATTTCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CA-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AGCT-TCCAT
gi|58271 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58272 : TATTCCG--AAA-CAACTGGAGT-G-T-T----AA--AAATAGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-T---GCATTACAT-A-TGTAATAAC-CATCATC--TA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-ACTAC-AC--T-GTATTTTT----AA-T
gi|58273 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AATC-TCAATAT
gi|58274 : TATTCCG--AAA-CA-------T-T-A-T----TA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGT-AC--T-G---ATTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58275 : TATTCGG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----AGATGTAT-A-TAC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-AGCC-TCCATttcaatt
gi|58276 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58277 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58278 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--AGTTA-GT-G-CG-AGTGG----CGT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATA--C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-----T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58279 : TACCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--CAA-GGT-AG--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--TGG---TTTTTTTAAA-TAGC---A-AAACTGCCGATCGAACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCAAT
gi|58280 : TATTCCG--AA--TA-------T-G-A-TTA--AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCTT---ACGA-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--C-------CA--CGCT-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT-----A-TAGC---AGA----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58281 : TATTCCGTCAAA-CA-------T-G-A-TTTTAAA--AAA-AGT-TA--GTTTTTGT-G-CG-AGTGG---CTAA---AC-A-TGTAAT--TTC-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-------A------T-A-TGC-AC--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T----A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58282 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAATAAG-AGTGAA--GTTTG-GT-GCCG-AGT-G---GCAT---AC-ACTGTA----T-C-TGGTT--CAAGATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--------TTCT----AA-TAGC-----A----------------T-TG-AGATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATATtcaatt
gi|58283 : TATTCCG--AAA-TA-------T-T-A-T----TA--AGA-A-T-AA--GTTTA-GT-G-CA-AAT--------T---GC-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--TG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAAC---A-A---------------------A-ATT-TA--A-AAGA-AA
gi|58284 : TATTC----GAA-CA-------TAG-A-T----TA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CGCAGT-G---GC-T---ACGA-TGTAAT--T-C-TCGT----------------G-------------------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTC---AATTAGC---A-A----------------T-TT-A-A-C-TG--T--ATA-AACC-tttaccgattggacgttcaatctgtaatatacctccatttc
gi|58285 : TATCCCG--AAA-CA-------C-G-A-TT---AA--AAA-GGT-AA--GTTTG-GC-G-AG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--A
gi|58286 : TATTCCG--AAA-TA-------T-G-A-T----GA--AAA-AAT-AA--GATTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A--A-T-----------TCGT----------------------------G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58287 : TATCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-GGT--A--GTTTA-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-T
gi|58288 : TATACCG--AAAATG-------T-G-A-TTTT-AA--AAA-TTT-AA--TGTTG-GT-G-CG-A-TGG-----------C-A-T---AT--T-C-TTGT---CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTA---AA-TAGC---A-A----------------
gi|58289 : TATTC-G--AAA-TA---------G-A-TTTT-AA--AAA-A-T-AATAGTTTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A-------AAT--T-C-TCGTT--C---ATAT-T--CG------
gi|58290 : ATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TTA--AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------TGA-TGC-AC--T-G---TTT------A-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58291 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TGTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATtgcatt
gi|58292 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAG-AG--AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-TCATGTA------T-A-TGC-AT--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AAT--AGCC-TCCATttcaatt
gi|58293 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--G-TTG-GTGG-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAG--C-T-CCGTTC-CA--ATAC-T--CG------CAACCG-T-----A------T-A-TG--AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A------------------TC-A-ATC-TG--T-AATATAACCTTCCATATttcaat
gi|58294 : TTCCG--AAATCA-------TCG-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-C-AG-AGT-G---GCAT---AC---TG-AAT--C-C-T-GT--------TAT-CATCG------CA--CG-TG----A------T-A-TG--A---T-G---TGT------A-TAGC---A-A----------------T-T-----TC-TG--T-A
gi|58295 : TCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-GAG-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-T-----ACATGTAT-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--TAAATA-AGCC-TCCAT
gi|58296 : AAT--T-A-TAGTTTGCC--ATAG-A--CA------CA--CG-T-----AA-----T-A-TGC-AC--T-G---TT------AA-TAGC---A-A----------------T-TCAA-ATCTTG--T--ATC-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58297 : ccaaagcagcacgaagacgtaaatttcagagagacA-------T-G-ACT----AA--AA----T-AT--GTTTG-GT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-CCGTT--CA--ATAT-C--CG------T---TG-T-----A------T-A-TGC-GC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58297 : ----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-CACC-TCCATaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgtttaatctgtaatacacctccatttcaatt
gi|58298 : atgactaaaatatgtttggtgcgaatggcataattcccgttcaatatccgttgtatatgcgctgttttaatagcaaaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-TG-TG------TA--C--------A------T-A-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------ttcaatt
gi|58299 : TAAT--T-C-GTGTT--CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-AAGC---A-A----------------
gi|58300 : catgaatggca-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-AAAATACCGATCGGACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58301 : agGTAAA--T-C-TCGTT--CA--ATAT----CG------CA--CG-T-----A------T---TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-AAATACTGATCGGACG-T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58302 : AT--T-C-TCGTT--CA--GTAT-T--CGTGTATACA--TG-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A---------------------A-AAT-TA--G-AATA-AAttcaatt
gi|58303 : --T-C-TTGTT--CA--ATAT-C--TG------CA--CG-T-----A------T-T-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGCAAAA-A----------------TACC-G-ATC-GGCCT-AATA-CACC-TCCAT
gi|58304 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTT---AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58305 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGCTAC--T-G---TTTT----AAATAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58306 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA---G-------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TTAA-ATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATAT
gi|58307 : --CG------CA--CG-TT----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTT-----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58308 : ------CA--CGGT-----A--------A-TGC-ACGCT-G---TTTA----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-A--A-AACT-TCCATAT
gi|58309 : GC-AC--T-A---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-AGT-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
Alignments
lowQualScore : 111111 222222 2222222222222222
lowQualScore : 22 3 4444444 3 3 999999 22 1 1 22 1 1 1 1 222222 666 2 1 11 1 1 22 11 4444 333333 11 2 55555 777777 1 1 1 11 1 111 5555 2 111 1 1111111111111111 1 2 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : .. . ....... . . ...... .. . . .. . . . . ...... ... . . .. . . .. .. .... ...... .. . ..... ...... . . . .. . ... .... . ... . ................ . . . . .. . . .
lowQualScore : 11 1 8888888 0 0 777777 00 5 5 00 5 4 4 4 666666 444 8 4 66 2 2 66 55 3333 111111 55 2 00000 555555 1 1 1 55 1 999 5555 2 999 1 1111111111111111 2 5 2 2 77 2 3 4
consensus : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
Reference ( family-437 ) : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58270 : TATTTCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CA-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AGCT-TCCAT
gi|58271 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58272 : TATTCCG--AAA-CAACTGGAGT-G-T-T----AA--AAATAGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-T---GCATTACAT-A-TGTAATAAC-CATCATC--TA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-ACTAC-AC--T-GTATTTTT----AA-T
gi|58273 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AATC-TCAATAT
gi|58274 : TATTCCG--AAA-CA-------T-T-A-T----TA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGT-AC--T-G---ATTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58275 : TATTCGG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----AGATGTAT-A-TAC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-AGCC-TCCATttcaatt
gi|58276 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58277 : TATTCCG--AAA-CA-------C-ATA-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58278 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--AGTTA-GT-G-CG-AGTGG----CGT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATA--C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-----T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58279 : TACCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--CAA-GGT-AG--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--TGG---TTTTTTTAAA-TAGC---A-AAACTGCCGATCGAACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCAAT
gi|58280 : TATTCCG--AA--TA-------T-G-A-TTA--AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCTT---ACGA-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--C-------CA--CGCT-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT-----A-TAGC---AGA----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58281 : TATTCCGTCAAA-CA-------T-G-A-TTTTAAA--AAA-AGT-TA--GTTTTTGT-G-CG-AGTGG---CTAA---AC-A-TGTAAT--TTC-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-------A------T-A-TGC-AC--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T----A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58282 : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AAATAAG-AGTGAA--GTTTG-GT-GCCG-AGT-G---GCAT---AC-ACTGTA----T-C-TGGTT--CAAGATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--------TTCT----AA-TAGC-----A----------------T-TG-AGATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATATtcaatt
gi|58283 : TATTCCG--AAA-TA-------T-T-A-T----TA--AGA-A-T-AA--GTTTA-GT-G-CA-AAT--------T---GC-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--TG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAAC---A-A---------------------A-ATT-TA--A-AAGA-AA
gi|58284 : TATTC----GAA-CA-------TAG-A-T----TA--AAA-AGT-AA--GTTTG-AT-G-CGCAGT-G---GC-T---ACGA-TGTAAT--T-C-TCGT----------------G-------------------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTC---AATTAGC---A-A----------------T-TT-A-A-C-TG--T--ATA-AACC-tttaccgattggacgttcaatctgtaatatacctccatttc
gi|58285 : TATCCCG--AAA-CA-------C-G-A-TT---AA--AAA-GGT-AA--GTTTG-GC-G-AG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--A
gi|58286 : TATTCCG--AAA-TA-------T-G-A-T----GA--AAA-AAT-AA--GATTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A--A-T-----------TCGT----------------------------G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58287 : TATCCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-GGT--A--GTTTA-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-T
gi|58288 : TATACCG--AAAATG-------T-G-A-TTTT-AA--AAA-TTT-AA--TGTTG-GT-G-CG-A-TGG-----------C-A-T---AT--T-C-TTGT---CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTA---AA-TAGC---A-A----------------
gi|58289 : TATTC-G--AAA-TA---------G-A-TTTT-AA--AAA-A-T-AATAGTTTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A-------AAT--T-C-TCGTT--C---ATAT-T--CG------
gi|58290 : ATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-TTA--AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------TGA-TGC-AC--T-G---TTT------A-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58291 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TGTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATtgcatt
gi|58292 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAG-AG--AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-TCATGTA------T-A-TGC-AT--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AAT--AGCC-TCCATttcaatt
gi|58293 : TTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--G-TTG-GTGG-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAG--C-T-CCGTTC-CA--ATAC-T--CG------CAACCG-T-----A------T-A-TG--AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A------------------TC-A-ATC-TG--T-AATATAACCTTCCATATttcaat
gi|58294 : TTCCG--AAATCA-------TCG-A-TT---AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-C-AG-AGT-G---GCAT---AC---TG-AAT--C-C-T-GT--------TAT-CATCG------CA--CG-TG----A------T-A-TG--A---T-G---TGT------A-TAGC---A-A----------------T-T-----TC-TG--T-A
gi|58295 : TCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-GAG-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-T-----ACATGTAT-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--TAAATA-AGCC-TCCAT
gi|58296 : AAT--T-A-TAGTTTGCC--ATAG-A--CA------CA--CG-T-----AA-----T-A-TGC-AC--T-G---TT------AA-TAGC---A-A----------------T-TCAA-ATCTTG--T--ATC-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58297 : ccaaagcagcacgaagacgtaaatttcagagagacA-------T-G-ACT----AA--AA----T-AT--GTTTG-GT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-CCGTT--CA--ATAT-C--CG------T---TG-T-----A------T-A-TGC-GC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58297 : ----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-CACC-TCCATaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgtttaatctgtaatacacctccatttcaatt
gi|58298 : atgactaaaatatgtttggtgcgaatggcataattcccgttcaatatccgttgtatatgcgctgttttaatagcaaaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-TG-TG------TA--C--------A------T-A-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------ttcaatt
gi|58299 : TAAT--T-C-GTGTT--CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-AAGC---A-A----------------
gi|58300 : catgaatggca-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-AAAATACCGATCGGACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58301 : agGTAAA--T-C-TCGTT--CA--ATAT----CG------CA--CG-T-----A------T---TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-AAATACTGATCGGACG-T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58302 : AT--T-C-TCGTT--CA--GTAT-T--CGTGTATACA--TG-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A---------------------A-AAT-TA--G-AATA-AAttcaatt
gi|58303 : --T-C-TTGTT--CA--ATAT-C--TG------CA--CG-T-----A------T-T-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGCAAAA-A----------------TACC-G-ATC-GGCCT-AATA-CACC-TCCAT
gi|58304 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTT---AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58305 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGCTAC--T-G---TTTT----AAATAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58306 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA---G-------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TTAA-ATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATAT
gi|58307 : --CG------CA--CG-TT----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTT-----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58308 : ------CA--CGGT-----A--------A-TGC-ACGCT-G---TTTA----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-A--A-AACT-TCCATAT
gi|58309 : GC-AC--T-A---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-AGT-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
blockSeqs : TC A ACTGGAG A T TTTTA AT T G TA T G C C GGCATA TAC G C AA T A TG AG CAT TGTATA AC C CATGT GATGTA G C T GC G TAT TTTA T AAA G AACTGCCGATCGAACG A A G T CC A T T
blockSeqs : . T . C T TTTT . . . . . . . . GGCATA GT G . . . . C . TC . . G G CATGTA . . . . . . C A . . AAATACCGATCGGACG . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTTT . . . . . . . . GGG GT . . . . . . . TC . . . T A . . . . . . A . . . AATACTGATCGGACG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTA . . . . . . . . GGC . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTA . . . . . . . . TG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CT . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . GG . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : TT****
originalCons : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-A-T----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
finalCons : TATTCCG--AAA-CA-------T-G-ATT----AA--AAA-AGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
Alignments
lowQualScore : 222222 2222222222222222
lowQualScore : 22 3 22 3 3333 88888 1 1 1 1 22 1 1 1 1 222222 666 2 1 11 1 1 22 11 4444 333333 11 2 55555 777777 1 1 1 11 1 111 5555 2 111 1 1111111111111111 1 2 1 1 11 1 1 1
lowQualScore : .. . .. . .... ..... . . . . .. . . . . ...... ... . . .. . . .. .. .... ...... .. . ..... ...... . . . .. . ... .... . ... . ................ . . . . .. . . .
lowQualScore : 11 1 00 0 1111 66666 5 5 5 5 00 5 4 4 4 666666 444 8 4 66 2 2 66 55 3333 111111 55 2 00000 555555 1 1 1 55 1 999 5555 2 999 1 1111111111111111 2 5 2 2 77 2 3 4
consensus : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
Reference ( family-437 ) : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58270 : TATTTCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CA-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AGCT-TCCAT
gi|58271 : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-----AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58272 : TATTCCG--AAA-CAACT-GGAGTGT-T---AA-AAATA-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-T---GCATTACAT-A-TGTAATAAC-CATCATC--TA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-ACTAC-AC--T-GTATTTTT----AA-T
gi|58273 : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AATC-TCAATAT
gi|58274 : TATTCCG--AAA-CA--T-TA----T-T---AA-AAA---GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGT-AC--T-G---ATTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58275 : TATTCGG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----AGATGTAT-A-TAC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-AGCC-TCCATttcaatt
gi|58276 : TATTCCG--AAA-CA--C--A----TAT---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58277 : TATTCCG--AAA-CA--C--A----TAT---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-AT-G-CG-AGTGG----CTT---AC---TGTAAT--T-C-TCGTT---A--ATAT-C--CG------CA--AC-T-----G------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58278 : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--AGTTA-GT-G-CG-AGT-G---GCGT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATA--C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TG---C--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58279 : TACCCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-CAA-G-GT-AG--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--TGG---TTTTTTTAAA-TAGC---A-AAACTGCCGATCGAACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCAAT
gi|58280 : TATTCCG--AA--TA--T-GA----T-T---AA-AAA-AAGT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCTT---ACGA-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--C-------CA--CGCT-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT-----A-TAGC---AGA----------------T-TC-A-ATC-TG----AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58281 : TATTCCGTCAAA-CA--T-GA----T-TTTAAA-AAA-A-GT-TA--GTTTTTGT-G-CG-AGTGG---CTAA---AC-A-TGTAAT--TTC-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-------A------T-A-TGC-AC--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T----A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58282 : TATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-A---AATAAG-A-GTGAA--GTTTG-GT-GCCG-AGT-G---GCAT---AC-ACTGTA----T-C-TGGTT--CAAGATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--------TTCT----AA-TAGC-----A----------------T-TG-AGATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATATtcaatt
gi|58283 : TATTCCG--AAA-TA--T-TA----T-T---AA-GAA----T-AA--GTTTA-GT-G-CA-AAT--------T---GC-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--TG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAAC---A-A---------------------A-ATT-TA--A-AAGA-AA
gi|58284 : TATTC----GAA-CA--TAGA----T-T---AA-AA--A-GT-AA--GTTTG-AT-G-CGCAGT-G---GC-T---ACGA-TGTAAT--T-C-TCGT----------------G-------------------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTC---AATTAGC---A-A----------------T-TT-A-A-C-TG--T--ATA-AACC-tttaccgattggacgttcaatctgtaatatacctccatttc
gi|58285 : TATCCCG--AAA-CA--C-GA----T-T---AA-AAA-G-GT-AA--GTTTG-GC-G-AG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--A
gi|58286 : TATTCCG--AAA-TA--T-GA----T-G---AA-AAA-A--T-AA--GATTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A--A-T-----------TCGT----------------------------G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58287 : TATCCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-G-GT--A--GTTTA-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--T-C-T
gi|58288 : TATACCG--AAAATG--T-GA----T-TTT-AA-AAA-T-TT-AA--TGTTG-GT-G-CG-A-TGG-----------C-A-T---AT--T-C-TTGT---CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTA---AA-TAGC---A-A----------------
gi|58289 : TATTC-G--AAA-TA----GA----T-TTT-AA-AAA-A--T-AATAGTTTG-GT-G-CG-AAT-G---GCAT---A-------AAT--T-C-TCGTT--C---ATAT-T--CG------
gi|58290 : ATTCCG--AAA-CA--T-GA----T-TA--AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAT--C-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------TGA-TGC-AC--T-G---TTT------A-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58291 : TTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGG----CAT---AC-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-C--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TGTT----AA-TAAC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATtgcatt
gi|58292 : TTCCG--AAA-CA--T-GA----T-----AA-AAG-A-G--AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-TCATGTA------T-A-TGC-AT--T-----TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AAT--AGCC-TCCATttcaatt
gi|58293 : TTCCG--AAA-CA--T-GA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--G-TTG-GTGG-CG-AGT-G---GCAT---AC-A-TGTAAG--C-T-CCGTTC-CA--ATAC-T--CG------CAACCG-T-----A------T-A-TG--AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A------------------TC-A-ATC-TG--T-AATATAACCTTCCATATttcaat
gi|58294 : TTCCG--AAATCA--TCGA----T-T---AA-AAA-A-GT-AA--GTTTG-GT-C-AG-AGT-G---GCAT---AC---TG-AAT--C-C-T-GT--------TAT-CATCG------CA--CG-TG----A------T-A-TG--A---T-G---TGT------A-TAGC---A-A----------------T-T-----TC-TG--T-A
gi|58295 : TCCG--AAA-CA--T-GA----T-A---AA-AAG-A-G--AA--GTTTG-GT-G-CG-AGTGGCATACATGT-AC-A-TGTAAT--T-A-TCGTT--CA--ATATTC--CG------CA--CG-T-----ACATGTAT-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--TAAATA-AGCC-TCCAT
gi|58296 : AAT--T-A-TAGTTTGCC--ATAG-A--CA------CA--CG-T-----AA-----T-A-TGC-AC--T-G---TT------AA-TAGC---A-A----------------T-TCAA-ATCTTG--T--ATC-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58297 : ccaaagcagcacgaagacgtaaatttcagagagacA--T-GA----C-T---AA-AA-----T-AT--GTTTG-GT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-CCGTT--CA--ATAT-C--CG------T---TG-T-----A------T-A-TGC-GC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------
gi|58297 : ----------------T-TT-A-ATC-TG--T-AATA-CACC-TCCATaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgtttaatctgtaatacacctccatttcaatt
gi|58298 : atgactaaaatatgtttggtgcgaatggcataattcccgttcaatatccgttgtatatgcgctgttttaatagcaaaaaataaaagaaatgtaccaatgggacgT-G-CG-AATGG-----------C-A-T--AAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-TG-TG------TA--C--------A------T-A-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------ttcaatt
gi|58299 : TAAT--T-C-GTGTT--CA--ATAT-T--CG------T----G-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-AAGC---A-A----------------
gi|58300 : catgaatggca-A-TGTAAT--T-C-TCGTT--CA--ATAT-T--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-AAAATACCGATCGGACGT-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCAT
gi|58301 : agGTAAA--T-C-TCGTT--CA--ATAT----CG------CA--CG-T-----A------T---TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGC---A-AAATACTGATCGGACG-T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATttcaatt
gi|58302 : AT--T-C-TCGTT--CA--GTAT-T--CGTGTATACA--TG-T-----A------T-A-TGC-AT--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A---------------------A-AAT-TA--G-AATA-AAttcaatt
gi|58303 : --T-C-TTGTT--CA--ATAT-C--TG------CA--CG-T-----A------T-T-TGC-AC----G---TTTT----AA-TAGCAAAA-A----------------TACC-G-ATC-GGCCT-AATA-CACC-TCCAT
gi|58304 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTTT---AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATATttcaatt
gi|58305 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA--CG-T-----A------T-A-TGCTAC--T-G---TTTT----AAATAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58306 : GTT--CA---TAG-A--CG------CA---G-------A------T-A-TGC-AC--T-G---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TTAA-ATC-TG--T--ATA-AACC-TCCATAT
gi|58307 : --CG------CA--CG-TT----A------T-A-TGC-AC--T-G---TTT-----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-AATA-AACC-TCCATAT
gi|58308 : ------CA--CGGT-----A--------A-TGC-ACGCT-G---TTTA----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-ATC-TG--T-A--A-AACT-TCCATAT
gi|58309 : GC-AC--T-A---TTTT----AA-TAGC---A-A----------------T-TC-A-AGT-TG--T-AATA-AACC-TCCAT