lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 5 1 1 1 44444 555 8888888 33333 1 11 6 11 2
lowQualScore : . . . . . ..... ... ....... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 3 0 0 0 0 66666 333 6666666 99999 0 44 0 44 5
consensus : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
Reference ( gi|46495 ) : TAA-AGGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46492 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46501 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGATA-----TAAG---C----T--G-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCAT-GGTATGTA
gi|46494 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TCAGTTT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTAT
gi|46491 : TAT-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TCCT-T---TGAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGTATAT
gi|46497 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----T--T-A---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCCT-GGTATGTA
gi|46504 : TAT-AAGGAT-CC-CATT-GGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46500 : TAA-AAAGAT-CC-CATT-G-AAA-----CAAG---C----C--T-A---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTAT
gi|46496 : TAA-CAGGAC-CC-CATC-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---CTAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GATA
gi|46498 : TAT-AAGGAC-CC-CATTTGGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAG-TT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATATAcat
gi|46493 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGTGCTT--TAATGGGTTAT--C------TATGTA
gi|46499 : TAA-AAGGAC-CC-CAAT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-------A--------ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATAtata
gi|46505 : TAA-AGGGAC-CT-CATT-GGAAA-----TAAA---C----C--C-A---CAAGCTT--TCATGGGTTAT--
gi|46503 : TAATAAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AGaccgtatacatagtatata
gi|46502 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAACAAGCTAAG---C----T--T-A---CTAGC-T--TAATGGGTTAT--TCTT-TGTA
gi|46506 : AA-AAGGAC-CC-CATT-GAAGA-----TGAG---C----T--C-A---CGAGCTT--CCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTAcat
gi|46507 : AA-GAGGAC-CC-CATT-TGAAA-----AAAG---C----T--TAT---TGA-CTT--TTATACGTCAT--CTTT-GGTATGTA
gi|46509 : A-AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGAGCTT--TCATGTGTTAT--CCTT-GATATGTA
gi|46510 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----C--T-T---TAGGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-AGAAT
gi|46511 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---A----T--A-T---TGTGCTT--TCATGGGTTGC--CATT-GGTATTTAa
gi|46508 : A-AAGGAC-TC-CATT-GGAAA-----TAAG---CTGA-T--T-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCT
gi|46514 : A-AAGGACGCCGCATT-GGAAAA----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTATTCCCTT-GGTATctag
gi|46519 : A-AGGAAC-CC-AAT--GGAAA-----GAAG---C----TGAT-T---TAAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46512 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA--------------------------TGAGCTT--TTATGGTTTCT--CCTT-GGTATCTA
gi|46516 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46518 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TA-T-A---TAAGCTT--TAATGGGTCAT--CCTTAGGTATa
gi|46517 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAG-----TAAG---C----TGAT-T---TAAACTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AG
gi|46520 : -AAGGAC-TC-TATT-TGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46521 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAGG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AG
gi|46522 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---CCAGCTT--TCTTAGGTTAT--
gi|46524 : -AAGGAC-CC-CGTT-GGAAA-----TAAGCACC----A--C-C---TGTGCTTAATCATGGGCTAT--CCTT-tatta
gi|46523 : -AAGGAC-CT-CCTT-GGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATAGCTTAC--CTTT-aagtgta
gi|46526 : GGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAGGC-C----C--T-T---TGAGC----TAATGGGTTAT--CCTCAGGTATATAa
gi|46525 : aGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--T-TCTCTCTGCTT--TCATGGGTCAT--CCTT-GGT
gi|46528 : aGGAC-CC-CATT-GGGAT-----TAAG---T----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCT
gi|46513 : GAC-CC-TATT-GGAAA-----TAAG---C----G--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--C
gi|46515 : aaatGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AG
gi|46527 : aaaGAC-CC-CATT-GGAAAT----TAAG---C----G--A-T---C-AGCTT--TTATGGGTTAT--CTT
gi|46529 : aaC-CC-CATT-TGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGTGTTAT--CCTT-GGTATATAag
gi|46530 : C-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---CAACAT--TAT---TG-CCTT--TAATGGGTTAT--CCT
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 1 1 1 44444 555 7777777 33333 0 11 5 11 2
lowQualScore : . . . . ..... ... ....... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 2 0 0 0 55555 111 9999999 66666 8 44 6 44 4
consensus : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
Reference ( family-435 ) : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46491 : TAT-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TCCT-T---TGAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGTATAT
gi|46492 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46493 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGTGCTT--TAATGGGTTAT--C------TATGTA
gi|46494 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TCAGTTT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATtata
gi|46495 : TAA-AGGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46496 : TAA-CAGGAC-CC-CATC-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---CTAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GATA
gi|46497 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----T--T-A---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCCT-GGTATGTAcat
gi|46498 : TAT-AAGGAC-CC-CATTTGGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAG-TT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46499 : TAA-AAGGAC-CC-CAAT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-------A--------ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46500 : TAA-AAAGAT-CC-CATT-G-AAA-----CAAG---C----C--T-A---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTAT
gi|46501 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGATA-----TAAG---C----T--G-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCAT-GGTATGTA
gi|46502 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAACAAGCTAAG---C----T--T-A---CTAGC-T--TAATGGGTTAT--TCTT-TGTA
gi|46503 : TAATAAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AGcat
gi|46504 : TAT-AAGGAT-CC-CATT-GGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46505 : TAA-AGGGAC-CT-CATT-GGAAA-----TAAA---C----C--C-A---CAAGCTT--TCATGGGTTAT--
gi|46506 : AA-AAGGAC-CC-CATT-GAAGA-----TGAG---C----T--C-A---CGAGCTT--CCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTAaccgtatacatagtatata
gi|46507 : AA-GAGGAC-CC-CATT-TGAAA-----AAAG---C----T--TAT---TGA-CTT--TTATACGTCAT--CTTT-GGTATGTA
gi|46508 : A-AAGGAC-TC-CATT-GGAAA-----TAAG---CTGA-T--T-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCT
gi|46509 : A-AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGAGCTT--TCATGTGTTAT--CCTT-GATATGTActag
gi|46510 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----C--T-T---TAGGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-AGAAT
gi|46511 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---A----T--A-T---TGTGCTT--TCATGGGTTGC--CATT-GGTATTTAa
gi|46512 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA--------------------------TGAGCTT--TTATGGTTTCT--CCTT-GGTATCTA
gi|46513 : A-AATGAC-CC-TATT-GGAAA-----TAAG---C----G--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--C
gi|46514 : A-AAGGACGCCGCATT-GGAAAA----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTATTCCCTT-GGTAT
gi|46515 : -AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46516 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46517 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAG-----TAAG---C----TGAT-T---TAAACTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46518 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TA-T-A---TAAGCTT--TAATGGGTCAT--CCTTAGGTAT
gi|46519 : -AAGGAA-CC-CAAT-GGAAA-----GAAG---C----TGAT-T---TAAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AG
gi|46520 : -AAGGAC-TC-TATT-TGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46521 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAGG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AG
gi|46522 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---CCAGCTT--TCTTAGGTTAT--
gi|46523 : -AAGGAC-CT-CCTT-GGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATAGCTTAC--CTTT-tatta
gi|46524 : -AAGGAC-CC-CGTT-GGAAA-----TAAGCACC----A--C-C---TGTGCTTAATCATGGGCTAT--CCTT-a
gi|46525 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--T-TCTCTCTGCTT--TCATGGGTCAT--CCTT-GGTaagtgta
gi|46526 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAGGC-C----C--T-T---TGAGC----TAATGGGTTAT--CCTCAGGTATATA
gi|46527 : AAGAC-CC-CATT-GGAAAT----TAAG---C----G--A-T---C-AGCTT--TTATGGGTTAT--CTT
gi|46528 : GGAC-CC-CATT-GGGAT-----TAAG---T----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTag
gi|46529 : C-CC-CATT-TGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGTGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46530 : C-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---CAACAT--TAT---TG-CCTT--TAATGGGTTAT--CCT
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 1 1 1 44444 555 7777777 33333 0 11 5 11 2
lowQualScore : . . . . ..... ... ....... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 2 0 0 0 55555 111 9999999 66666 8 44 6 44 4
consensus : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
Reference ( family-435 ) : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46491 : TAT-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TCCT-T---TGAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGTATAT
gi|46492 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46493 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGTGCTT--TAATGGGTTAT--C------TATGTA
gi|46494 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TCAGTTT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATtata
gi|46495 : TAA-AGGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46496 : TAA-CAGGAC-CC-CATC-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---CTAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GATA
gi|46497 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----T--T-A---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCCT-GGTATGTAcat
gi|46498 : TAT-AAGGAC-CC-CATTTGGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAG-TT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46499 : TAA-AAGGAC-CC-CAAT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-------A--------ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46500 : TAA-AAAGAT-CC-CATT-G-AAA-----CAAG---C----C--T-A---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTAT
gi|46501 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGATA-----TAAG---C----T--G-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCAT-GGTATGTA
gi|46502 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAACAAGCTAAG---C----T--T-A---CTAGC-T--TAATGGGTTAT--TCTT-TGTA
gi|46503 : TAATAAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AGcat
gi|46504 : TAT-AAGGAT-CC-CATT-GGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46505 : TAA-AGGGAC-CT-CATT-GGAAA-----TAAA---C----C--C-A---CAAGCTT--TCATGGGTTAT--
gi|46506 : AA-AAGGAC-CC-CATT-GAAGA-----TGAG---C----T--C-A---CGAGCTT--CCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTAaccgtatacatagtatata
gi|46507 : AA-GAGGAC-CC-CATT-TGAAA-----AAAG---C----T--TAT---TGA-CTT--TTATACGTCAT--CTTT-GGTATGTA
gi|46508 : A-AAGGAC-TC-CATT-GGAAA-----TAAG---CTGA-T--T-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCT
gi|46509 : A-AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGAGCTT--TCATGTGTTAT--CCTT-GATATGTActag
gi|46510 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----C--T-T---TAGGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-AGAAT
gi|46511 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---A----T--A-T---TGTGCTT--TCATGGGTTGC--CATT-GGTATTTAa
gi|46512 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA--------------------------TGAGCTT--TTATGGTTTCT--CCTT-GGTATCTA
gi|46513 : A-AATGAC-CC-TATT-GGAAA-----TAAG---C----G--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--C
gi|46514 : A-AAGGACGCCGCATT-GGAAAA----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTATTCCCTT-GGTAT
gi|46515 : -AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46516 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46517 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAG-----TAAG---C----TGAT-T---TAAACTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46518 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TA-T-A---TAAGCTT--TAATGGGTCAT--CCTTAGGTAT
gi|46519 : -AAGGAA-CC-CAAT-GGAAA-----GAAG---C----TGAT-T---TAAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AG
gi|46520 : -AAGGAC-TC-TATT-TGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46521 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAGG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AG
gi|46522 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---CCAGCTT--TCTTAGGTTAT--
gi|46523 : -AAGGAC-CT-CCTT-GGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATAGCTTAC--CTTT-tatta
gi|46524 : -AAGGAC-CC-CGTT-GGAAA-----TAAGCACC----A--C-C---TGTGCTTAATCATGGGCTAT--CCTT-a
gi|46525 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--T-TCTCTCTGCTT--TCATGGGTCAT--CCTT-GGTaagtgta
gi|46526 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAGGC-C----C--T-T---TGAGC----TAATGGGTTAT--CCTCAGGTATATA
gi|46527 : AAGAC-CC-CATT-GGAAAT----TAAG---C----G--A-T---C-AGCTT--TTATGGGTTAT--CTT
gi|46528 : GGAC-CC-CATT-GGGAT-----TAAG---T----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTag
gi|46529 : C-CC-CATT-TGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGTGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46530 : C-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---CAACAT--TAT---TG-CCTT--TAATGGGTTAT--CCT
blockSeqs : T G G T CAAGC CAC AACAT TCTC AA A TC A
blockSeqs : . . . . A GC TGAT AT . T . A
blockSeqs : . . . . T C TGA AT . C . .
blockSeqs : . . . . . C TGA T . C . .
blockSeqs : . . . . . . TGA A . A . .
blockSeqs : . . . . . . TGA T . T . .
blockSeqs : . . . . . . TAA T . C . .
blockSeqs : . . . . . . TGA A . C . .
blockSeqs : . . . . . . TAA A . A . .
blockSeqs : . . . . . . TGA T . C . .
blockSeqs : . . . . . . TC A . A . .
blockSeqs : . . . . . . TC T . C . .
blockSeqs : . . . . . . TA A . C . .
blockSeqs : . . . . . . TC C . T . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . T A . C . .
blockSeqs : . . . . . . T A . C . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . T A . C . .
blockSeqs : . . . . . . C T . T . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . C T . T . .
blockSeqs : . . . . . . T T . A . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . A T . T . .
blockSeqs : . . . . . . C T . C . .
blockSeqs : . . . . . . C A . C . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . T T . C . .
blockSeqs : . . . . . . T C . C . .
blockSeqs : . . . . . . C T . A . .
blockSeqs : . . . . . . T T . T . .
blockSeqs : . . . . . . G C . T .
blockSeqs : . . . . . A T . A .
blockSeqs : . . . . . A T . . .
blockSeqs : . . . . . A T . . .
blockSeqs : . . . . . C T . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T******
originalCons : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
finalCons : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---CT------T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 1 1 1 44444 555 7777777 33333 0 11 5 11 2
lowQualScore : . . . . ..... ... ....... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 2 0 0 0 55555 111 9999999 66666 8 44 6 44 4
consensus : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
Reference ( family-435 ) : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46491 : TAT-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TCCT-T---TGAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGTATAT
gi|46492 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46493 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGTGCTT--TAATGGGTTAT--C------TATGTA
gi|46494 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TCAGTTT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATtata
gi|46495 : TAA-AGGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46496 : TAA-CAGGAC-CC-CATC-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---CTAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GATA
gi|46497 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----T--T-A---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCCT-GGTATGTAcat
gi|46498 : TAT-AAGGAC-CC-CATTTGGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAG-TT--TTATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46499 : TAA-AAGGAC-CC-CAAT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-------A--------ATGGGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46500 : TAA-AAAGAT-CC-CATT-G-AAA-----CAAG---C----C--T-A---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCTT-GGTAT
gi|46501 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-AGATA-----TAAG---C----T--G-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--CCAT-GGTATGTA
gi|46502 : TAA-AAGGAC-CC-CATT-GGAAACAAGCTAAG---C----T--T-A---CTAGC-T--TAATGGGTTAT--TCTT-TGTA
gi|46503 : TAATAAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AGcat
gi|46504 : TAT-AAGGAT-CC-CATT-GGAAA-----TAAGC--C----C--T-T---TGAGC-T--TAATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTA
gi|46505 : TAA-AGGGAC-CT-CATT-GGAAA-----TAAA---C----C--C-A---CAAGCTT--TCATGGGTTAT--
gi|46506 : AA-AAGGAC-CC-CATT-GAAGA-----TGAG---C----T--C-A---CGAGCTT--CCATGGGTTAT--CCTT-GGTATGTAaccgtatacatagtatata
gi|46507 : AA-GAGGAC-CC-CATT-TGAAA-----AAAG---C----T--TAT---TGA-CTT--TTATACGTCAT--CTTT-GGTATGTA
gi|46508 : A-AAGGAC-TC-CATT-GGAAA-----TAAG---CTGA-T--T-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCT
gi|46509 : A-AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----T--T-A---TGAGCTT--TCATGTGTTAT--CCTT-GATATGTActag
gi|46510 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----C--T-T---TAGGCTT--T-ATGGGTTAT--CCTT-AGAAT
gi|46511 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---A----T--A-T---TGTGCTT--TCATGGGTTGC--CATT-GGTATTTAa
gi|46512 : A-AAGGAC-CC-CATT-GGAAA--------------------------TGAGCTT--TTATGGTTTCT--CCTT-GGTATCTA
gi|46513 : A-AATGAC-CC-TATT-GGAAA-----TAAG---C----G--T-T---TGAGCTT--TCATGGGTTAT--C
gi|46514 : A-AAGGACGCCGCATT-GGAAAA----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGGGTTATTCCCTT-GGTAT
gi|46515 : -AAAGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46516 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAA---C----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46517 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAG-----TAAG---C----TGAT-T---TAAACTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AGa
gi|46518 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TA-T-A---TAAGCTT--TAATGGGTCAT--CCTTAGGTAT
gi|46519 : -AAGGAA-CC-CAAT-GGAAA-----GAAG---C----TGAT-T---TAAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-AG
gi|46520 : -AAGGAC-TC-TATT-TGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTT-
gi|46521 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAGG---C----A--C-C---AGTGCTT--TCATGGGATAT--CCTT-AG
gi|46522 : -AAGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----TGAT-T---CCAGCTT--TCTTAGGTTAT--
gi|46523 : -AAGGAC-CT-CCTT-GGAAA-----TAAG---C----TAAT-T---TCAGCTT--TTATAGCTTAC--CTTT-tatta
gi|46524 : -AAGGAC-CC-CGTT-GGAAA-----TAAGCACC----A--C-C---TGTGCTTAATCATGGGCTAT--CCTT-a
gi|46525 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---C----A--T-TCTCTCTGCTT--TCATGGGTCAT--CCTT-GGTaagtgta
gi|46526 : AGGAC-CC-CATT-GGAAA-----TAAGGC-C----C--T-T---TGAGC----TAATGGGTTAT--CCTCAGGTATATA
gi|46527 : AAGAC-CC-CATT-GGAAAT----TAAG---C----G--A-T---C-AGCTT--TTATGGGTTAT--CTT
gi|46528 : GGAC-CC-CATT-GGGAT-----TAAG---T----TGAT-T---TCAGCTT--TTATGGGTTAT--CCTag
gi|46529 : C-CC-CATT-TGAAA-----TAAG---C----TC-T-T---TGAGCTT--T-ATGTGTTAT--CCTT-GGTATATA
gi|46530 : C-CC-CATT-GGAAA-----TAAG---CAACAT--TAT---TG-CCTT--TAATGGGTTAT--CCT