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lowQualScore                  :           77 222  1    8888 1  1 222 1 333  22 1  444  1 1  222     777 1      55555 11   444 44 1 11   1 1 1 1 2  2  1  2 1 1 2 1 1   222 1    
lowQualScore                  :           .. ...  .    .... .  . ... . ...  .. .  ...  . .  ...     ... .      ..... ..   ... .. . ..   . . . . .  .  .  . . . . . .   ... .    
lowQualScore                  :           77 555  3    4444 2  2 111 2 888  99 2  444  2 2  111     777 1      66666 55   111 55 1 55   1 1 1 2 4  4  2  5 3 3 6 3 3   333 3    
consensus                     :     GTCTCACTT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAACA-T-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
Reference ( gi|109523 )       :     GTCTCACGT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAACA-A-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109524                     :     GTCTCACTT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--TAAT-A-TG-A-TG---AAACA-T-C-AAACTG---GTC--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109500                     :     GTCTCACTT---GG-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-T-TG--------GAACA-T-T-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-TC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109498                     :   acGTCTCACTT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAACA-T-CAAAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-C--GC-A-GAT-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109527                     :   acGTCTAAC------A-AAGG---------G---T-A---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAACA-C-C-AAACCT---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-AGG---A-TTTA
gi|109501                     :     GTCTCACTT---GA-AAGGGT--C-AT-G---T-CAG-TA--T-AT-A-TG-A-TG---AAACA-TTC-AAAC-G---T-C--GCT---A--C-T--T-G-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTT
gi|109507                     :   acGTCTCATTG---GA-AAGG-A--C-GG-G---C-C---TG--A-AT-C-TG-A-TT---GAACA-A-C-AAGCCA---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-C-G-G-CAG---A-
gi|109502                     :   atGTCTCACTT---AA-AAGA-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAACA-T-C-AAACCGTC-G-C--CCT---A--C-T--TTG-AGA-T-G-AT-CGCGA-A-G-GAG-G-TGG---A-TTT
gi|109526                     :   acGTCTTAGTT---GA-AAGG-A--C-CT-G---T-C---GG--G-AT-C-TG--------GAACA-T-C-AAACTG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109525                     :     GTCTCAGTT---GA-AAAGAT--A-AT-----T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAACA-T-C-AAACCA---G-C--GCT---A--C-A--GTG-A-A-T-G-AT-CG-AC-A-G---G-G-TGG---A-TTTA
gi|109506                     :     GTCTCAGTT---GA-AAGG-A--C-AG-G---T-C---TC--T-AT-C-TGCA-TGATCGAACA-T-C-AAACCA---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-G-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-CAG---A-
gi|109508                     :   atGTCTCACTT---CA-AAGG-T--C-AT-A---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---TAACA-T-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-
gi|109520                     :   atGTCTCACTT---GA-AAGG-G--C-AT-G---T-C---TGT-T-AT-CATG-A-TG---GAACT-C-A-AAACCGT--T-C--GCT---A--C----TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-G-T-G-TGG---AGTTTA
gi|109504                     :    cGTCTCACTT---TG-AAGG-T--C-AT-G------------------------------AAACA-T-C-AAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GT-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109505                     :   acGTCTCACTT---GATAAGG-T--C-AT-G---T-C-----------------A-C-----AACA-T-C-AAACCG---T-C--GC----A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-GG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109509                     :   acGTCTCA------GA-AAGG-T--T-CT-A---T-T---TGATT-AT-A-TT-A-T------ACA-T-C-AAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTA-T-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGGAAAA-TTTA
gi|109512                     :   acGTCTCAC-T---G-------T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GACCA-T-C-A---------------------------TTG-A-A-T-G-AT-CG-GT-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109513                     :   acGTCTCAGATTTGAA-AAGG-A--C-AT-T---TGC---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAACA-T-C-AAACCG---GCC--GCT---A--C-T----------T-G-TT-CG-GA-C-G-T-G-A-TGG---A-TTTA
gi|109514                     :   acGTCTCGTTT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAACA-T-C-AAACC
gi|109515                     :   acGTCTCATTT---GA-AAAG---------G---T-C---C-------------A-TG---GAACA-T-C-AAAGCG---G-C--GCA---A--C-TTGTTG-A-A-T-G-ACGCG-TC-G-A-T---G-TGG---A-TTTA
gi|109518                     :   acGTCTCACTT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-
gi|109503                     :    acTCTCAGTT---GA-AAGG-A--C-AT-G---C-A---TG--T-AT-T-TG-A-TG---AGTCA-T-C-AAACTC---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-A-AT-AG-GC-A-G-T-G-G-CGG---A-TTTA
gi|109511                     :   acaTCTCAGTT---GA-AAGG-A--C-AG-G---T-C---TG--T-AT-C-TA-G-TG---GAACA-T-C-AAACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-
gi|109521                     :   accTCTCATTT---TA-AATG-A--C-ATTG---T-----TG--T-AT-A-CG-A-TG---GAGCA-T-C-AAACCA---A-T--ACT---C--C-T--TTA-A-A-T-G-GT-CG-AT-A-G-T-G-A-CGG---A-TTTA
gi|109517                     :     caCTCACTT---GA-AAGG-T--C---------------G--T-AT-C------------AACA-T-C-AAACCGGCCG-C--GCT---A--C-T--TTG-A-
gi|109499                     :         acacT---GA-AAGG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAACA-T-C-AAACCA---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-A-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109529                     : acatatcactttT---AA-AAGG-A--C-AT-G---T-C---TA--T-AT-C-TG-A-TG---GAACA-T-C-AGACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-T---------T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109528                     :             T---GG-AAGG-T--CCAT-G---T-CGCGTG--G-ATTC-TG-AATG-----ACG-ATC-AAACCG---GGC--GCT---A--C-T--TTG-A-AAT-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-GTTGG---A-TTTA
gi|109510                     :            tT---GA-AAGG-A--C-A--G---C-C---TG--T-AC-A-TG---TT---AAATA-T-C-AAACTG---G-G--GCTC--A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-ACG-T-GAG-TGG---A-TTTA
gi|109522                     :        acgtcaggttA-AAGG-TTCC-AT-GAATT-T---TG--T-GT-A-TT-A-TG----ACCA-T-C-AAACCG---T-CCGGCTTGTA--C-T--TTG-A-A-T-G-ATGCG-AG-A-G-TGG-G-TGG---A-TTTA
gi|109530                     :        cgttcactttt-AGGG-T--A-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---G-ACA-T-C-AAACTG---G-T---CT---A--C-T--TTGAA-A-T-GAAT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---T-TTTA
gi|109531                     :                   -AAGG----C-AT-A---T-C----G--T-AT-C--G-T-CG---GAACA-TTC-AAAACG---G-C--GCT---A--C----TTG-A-A-TAG-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109532                     :                             -AT-A---T-C---TC--T-AT-C-TG-A-TA---GAACA-T-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-
gi|109519                     :                                  ---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAACA-A-C-AAATCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109533                     :                                       catcttagttgaaa-TG-A-TG---GAACATA-C-AAACGA---T-C--GCTT--A--CAT--TTG-A-A-T-GTAT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---
gi|109516                     :                                                        -A-CG---GAACA-T-C-AAACCT---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-C-G-AT-CG-AC-
gi|109534                     :                                              acgcctcagttgaaaggacAACA-A-C-AAACCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-GT-TG-GC-A-G-T-G-A-TGA---A-TTTA
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gi|109537                     :                                                                             CCG---T-C--GCT---A--T-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGA---A-TTTA





Alignments
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lowQualScore                  :               ...  .. . .  .  .... .  . ... . ...  .. .  ...  . .  ...    .  . .      ..... ..   ... .. . ..   . . . . .  .  .  . . . . . .   ... .    
lowQualScore                  :               444  77 2 2  2  4444 1  1 000 1 666  77 1  333  1 1  000    1  2 1      22222 44   999 33 1 44   1 1 1 1 3  4  2  4 2 2 5 2 2   222 3    
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Reference ( family-432 )      :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109498                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-CAAAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-C--GC-A-GAT-G-G-TGG---A-TTTA
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gi|109506                     :       acGTCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AG-G---T-C---TC--T-AT-C-TGCA-TGATCGAAC-AT-C-AAACCA---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-G-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-CAG---A-
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gi|109511                     : acgtcaggtTCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AG-G---T-C---TG--T-AT-C-TA-G-TG---GAAC-AT-C-AAACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-
gi|109512                     :      accGTCTCA--CT-----------G-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GACC-AT-C-A---------------------------TTG-A-A-T-G-AT-CG-GT-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109513                     :       acGTCTCAGATTT--G-A-AAAGG-A--C-AT-T---TGC---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---GCC--GCT---A--C-T----------T-G-TT-CG-GA-C-G-T-G-A-TGG---A-TTTA
gi|109514                     :       acGTCTCG--TTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACC
gi|109515                     :       acGTCTCA--TTT--G-A-AA-AG---------G---T-C---C-------------A-TG---GAAC-AT-C-AAAGCG---G-C--GCA---A--C-TTGTTG-A-A-T-G-ACGCG-TC-G-A-T---G-TGG---A-TTTA
gi|109516                     :       acGCCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AC-G------------------------------GAAC-AT-C-AAACCT---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-C-G-AT-CG-AC-
gi|109517                     :         acCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C---------------G--T-AT-C------------AAC-AT-C-AAACCGGCCG-C--GCT---A--C-T--TTG-A-
gi|109518                     :     acacGTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-
gi|109519                     :        acTCTTA--GTT--G-A-AA----------------T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAAC-AA-C-AAATCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109520                     :       caGTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-G--C-AT-G---T-C---TGT-T-AT-CATG-A-TG---GAAC--T-CAAAACCGT--T-C--GCT---A--C----TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-G-T-G-TGG---AGTTTA
gi|109521                     :         cTCTCA--TTT--T-A-AA-TG-A--C-ATTG---T-----TG--T-AT-A-CG-A-TG---GAGC-AT-C-AAACCA---A-T--ACT---C--C-T--TTA-A-A-T-G-GT-CG-AT-A-G-T-G-A-CGG---A-TTTA
gi|109522                     :          caTCA--CTT--TTA-AA-GG-TTCC-AT-GAATT-T---TG--T-GT-A-TT-A-TG----ACC-AT-C-AAACCG---T-CCGGCTTGTA--C-T--TTG-A-A-T-G-ATGCG-AG-A-G-TGG-G-TGG---A-TTTA
gi|109523                     :      cgtGTCTCA--CGT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AA-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109524                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--TAAT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-C-AAACTG---GTC--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109525                     :         GTCTCA--GTT--G-A-AA-AGAT--A-AT-----T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCA---G-C--GCT---A--C-A--GTG-A-A-T-G-AT-CG-AC-A-G---G-G-TGG---A-TTTA
gi|109526                     :         GTCTTA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-CT-G---T-C---GG--G-AT-C-TG--------GAAC-AT-C-AAACTG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109527                     :         GTCTAA--C------A-AA-GG---------G---T-A---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AC-C-AAACCT---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-AGG---A-TTTA
gi|109528                     :                  TT--G-G-AA-GG-T--CCAT-G---T-CGCGTG--G-ATTC-TG-AATG-----ACGAT-C-AAACCG---GGC--GCT---A--C-T--TTG-A-AAT-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-GTTGG---A-TTTA
gi|109529                     :                   T--A-A-AA-GG-A--C-AT-G---T-C---TA--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AGACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-T---------T-G-G-TAG---A-TTTA
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gi|109533                     :                                                            -TG-A-TG---GAAC-ATAC-AAACGA---T-C--GCTT--A--CAT--TTG-A-A-T-GTAT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---
gi|109534                     :                                                                        AAC-AA-C-AAACCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-GT-TG-GC-A-G-T-G-A-TGA---A-TTTA
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gi|109537                     :                                                                                    CCG---T-C--GCT---A--T-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGA---A-TTTA





Alignments
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lowQualScore                  :               ...  .. . .  .  .... .  . ... . ...  .. .  ...  . .  ...    .  . .      ..... ..   ... .. . ..   . . . . .  .  .  . . . . . .   ... .    
lowQualScore                  :               444  77 2 2  2  4444 1  1 000 1 666  77 1  333  1 1  000    1  2 1      22222 44   999 33 1 44   1 1 1 1 3  4  2  4 2 2 5 2 2   222 3    
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Reference ( family-432 )      :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109498                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-CAAAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-C--GC-A-GAT-G-G-TGG---A-TTTA
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gi|109529                     :                   T--A-A-AA-GG-A--C-AT-G---T-C---TA--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AGACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-T---------T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109530                     :                         -AG-GG-T--A-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---G-AC-AT-C-AAACTG---G-T---CT---A--C-T--TTGAA-A-T-GAAT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---T-TTTA
gi|109531                     :                         -AA-GG----C-AT-A---T-C----G--T-AT-C--G-T-CG---GAAC-ATTC-AAAACG---G-C--GCT---A--C----TTG-A-A-TAG-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109532                     :                                    -AT-A---T-C---TC--T-AT-C-TG-A-TA---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-
gi|109533                     :                                                            -TG-A-TG---GAAC-ATAC-AAACGA---T-C--GCTT--A--CAT--TTG-A-A-T-GTAT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---
gi|109534                     :                                                                        AAC-AA-C-AAACCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-GT-TG-GC-A-G-T-G-A-TGA---A-TTTA
gi|109535                     :                                                                        AAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TCG-A-A-T-G-AT-CG-
gi|109536                     :                                                                        AAC-AT-C-CAACCA---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-GT-CG-G--------G-G-TGG---C-TT
gi|109537                     :                                                                                    CCG---T-C--GCT---A--T-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGA---A-TTTA


blockSeqs                     :               GAT  TT T T  A  TTC  C  T AAT G GCG  AT A  CA   C A  ATC    G  T A      GCCG  CG   TGT TA A TG   A G A A A  G  C  A C . A A T   AAA G
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  GT   .  . .   . AG   T  .  TC   . .  .      .  T .      TCG   .    C   TA . .    . . . . T  G  .  A . . G . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  AT   .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  A .      GC    .    T   TA . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  T    . .  .      .  . .      TT    .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      GT    .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      GG    .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  T    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               T    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               T    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               T    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               T    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  G    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      A     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  A    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               G    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               C    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :               .    .  . .  .  A    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :                    .  . .  .  T    .  . .   . .    .  .  C    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :                    .  . .  .  .    .  . .   . .    .  .  .    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .   .
blockSeqs                     :                    .  . .  .  .    .  . .   . .    .  .  .    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  . . . . . .   .    
blockSeqs                     :                         .  .  .    .  . .   . .    .  .  .    . .  .      .  . .      T     .    .   .  . .    . . . . .  .  .  .                  
blockSeqs                     :                         .  .  .    .  . .   . .    .  .  .    . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .  .  .                     
blockSeqs                     :                                    .  . .   . .    .  .       . .  .      .  . .      G     .    .   .  . .    . . . . .                           
blockSeqs                     :                                                                           .  . .      G     .    .   .  . .    . . .                               
blockSeqs                     :                                                                           .  . .      T     .    .   .  . .    . .                                 
blockSeqs                     :                                                                           .  . .      .     .    .   .  . .    .                                   


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
finalCons                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA





Alignments
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lowQualScore                  :               ...  .. . .  .  .... .  . ... . ...  .. .  ...  . .  ...    .  . .      ..... ..   ... .. . ..   . . . . .  .  .  . . . . . .   ... .    
lowQualScore                  :               444  77 2 2  2  4444 1  1 000 1 666  77 1  333  1 1  000    1  2 1      22222 44   999 33 1 44   1 1 1 1 3  4  2  4 2 2 5 2 2   222 3    
consensus                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
Reference ( family-432 )      :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109498                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-CAAAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-C--GC-A-GAT-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109499                     :          acTCA--CTTTTG-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-C-AAACCA---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-A-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109500                     :    acataGTCTCA--CTT--G-G-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-T-TG--------GAAC-AT-T-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-TC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109501                     :       acGTCTCA--CTT--G-A-AA-GGGT--C-AT-G---T-CAG-TA--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-ATTC-AAAC-G---T-C--GCT---A--C-T--T-G-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTT
gi|109502                     :       acGTCTCA--CTT--A-A-AA-GA-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-C-AAACCGTC-G-C--CCT---A--C-T--TTG-AGA-T-G-AT-CGCGA-A-G-GAG-G-TGG---A-TTT
gi|109503                     :        acTCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AT-G---C-A---TG--T-AT-T-TG-A-TG---AGTC-AT-C-AAACTC---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-A-AT-AG-GC-A-G-T-G-G-CGG---A-TTTA
gi|109504                     :      acaGTCTCA--CTT--T-G-AA-GG-T--C-AT-G------------------------------AAAC-AT-C-AAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GT-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109505                     :       acGTCTCA--CTT--G-ATAA-GG-T--C-AT-G---T-C-----------------A-C-----AAC-AT-C-AAACCG---T-C--GC----A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-GG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109506                     :       acGTCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AG-G---T-C---TC--T-AT-C-TGCA-TGATCGAAC-AT-C-AAACCA---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-G-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-CAG---A-
gi|109507                     :       atGTCTCA--TTG--G-A-AA-GG-A--C-GG-G---C-C---TG--A-AT-C-TG-A-TT---GAAC-AA-C-AAGCCA---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-C-G-G-CAG---A-
gi|109508                     :       atGTCTCA--CTT--C-A-AA-GG-T--C-AT-A---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---TAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-
gi|109509                     :       atGTCTCA-------G-A-AA-GG-T--T-CT-A---T-T---TGATT-AT-A-TT-A-T------AC-AT-C-AAACCG---T-C--GCT---A--C-T--TTA-T-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGGAAAA-TTTA
gi|109510                     :                acTT--G-A-AA-GG-A--C-A--G---C-C---TG--T-AC-A-TG---TT---AAAT-AT-C-AAACTG---G-G--GCTC--A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-ACG-T-GAG-TGG---A-TTTA
gi|109511                     : acgtcaggtTCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AG-G---T-C---TG--T-AT-C-TA-G-TG---GAAC-AT-C-AAACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-
gi|109512                     :      accGTCTCA--CT-----------G-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GACC-AT-C-A---------------------------TTG-A-A-T-G-AT-CG-GT-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109513                     :       acGTCTCAGATTT--G-A-AAAGG-A--C-AT-T---TGC---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCG---GCC--GCT---A--C-T----------T-G-TT-CG-GA-C-G-T-G-A-TGG---A-TTTA
gi|109514                     :       acGTCTCG--TTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-GT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACC
gi|109515                     :       acGTCTCA--TTT--G-A-AA-AG---------G---T-C---C-------------A-TG---GAAC-AT-C-AAAGCG---G-C--GCA---A--C-TTGTTG-A-A-T-G-ACGCG-TC-G-A-T---G-TGG---A-TTTA
gi|109516                     :       acGCCTCA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-AC-G------------------------------GAAC-AT-C-AAACCT---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-C-G-AT-CG-AC-
gi|109517                     :         acCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C---------------G--T-AT-C------------AAC-AT-C-AAACCGGCCG-C--GCT---A--C-T--TTG-A-
gi|109518                     :     acacGTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-
gi|109519                     :        acTCTTA--GTT--G-A-AA----------------T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAAC-AA-C-AAATCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109520                     :       caGTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-G--C-AT-G---T-C---TGT-T-AT-CATG-A-TG---GAAC--T-CAAAACCGT--T-C--GCT---A--C----TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-G-T-G-TGG---AGTTTA
gi|109521                     :         cTCTCA--TTT--T-A-AA-TG-A--C-ATTG---T-----TG--T-AT-A-CG-A-TG---GAGC-AT-C-AAACCA---A-T--ACT---C--C-T--TTA-A-A-T-G-GT-CG-AT-A-G-T-G-A-CGG---A-TTTA
gi|109522                     :          caTCA--CTT--TTA-AA-GG-TTCC-AT-GAATT-T---TG--T-GT-A-TT-A-TG----ACC-AT-C-AAACCG---T-CCGGCTTGTA--C-T--TTG-A-A-T-G-ATGCG-AG-A-G-TGG-G-TGG---A-TTTA
gi|109523                     :      cgtGTCTCA--CGT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AA-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109524                     :         GTCTCA--CTT--G-A-AA-GG-T--C-AT-G---T-C---TG--TAAT-A-TG-A-TG---AAAC-AT-C-AAACTG---GTC--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109525                     :         GTCTCA--GTT--G-A-AA-AGAT--A-AT-----T-C---TG--T-AT-A-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AAACCA---G-C--GCT---A--C-A--GTG-A-A-T-G-AT-CG-AC-A-G---G-G-TGG---A-TTTA
gi|109526                     :         GTCTTA--GTT--G-A-AA-GG-A--C-CT-G---T-C---GG--G-AT-C-TG--------GAAC-AT-C-AAACTG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-AT-TG-GC-A-G-T-G-G-TGG---A-TTTA
gi|109527                     :         GTCTAA--C------A-AA-GG---------G---T-A---TG--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AC-C-AAACCT---G-T--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-AGG---A-TTTA
gi|109528                     :                  TT--G-G-AA-GG-T--CCAT-G---T-CGCGTG--G-ATTC-TG-AATG-----ACGAT-C-AAACCG---GGC--GCT---A--C-T--TTG-A-AAT-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-GTTGG---A-TTTA
gi|109529                     :                   T--A-A-AA-GG-A--C-AT-G---T-C---TA--T-AT-C-TG-A-TG---GAAC-AT-C-AGACTG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-AT-T---------T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109530                     :                         -AG-GG-T--A-AT-G---T-C---TG--T-AT-C-TG-A-TG---G-AC-AT-C-AAACTG---G-T---CT---A--C-T--TTGAA-A-T-GAAT-CG-GCAA-G-T-G-G-TGG---T-TTTA
gi|109531                     :                         -AA-GG----C-AT-A---T-C----G--T-AT-C--G-T-CG---GAAC-ATTC-AAAACG---G-C--GCT---A--C----TTG-A-A-TAG-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TAG---A-TTTA
gi|109532                     :                                    -AT-A---T-C---TC--T-AT-C-TG-A-TA---GAAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-
gi|109533                     :                                                            -TG-A-TG---GAAC-ATAC-AAACGA---T-C--GCTT--A--CAT--TTG-A-A-T-GTAT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGG---
gi|109534                     :                                                                        AAC-AA-C-AAACCG---G-C--GCT---ATAC-T--TTG-A-A-T-G-GT-TG-GC-A-G-T-G-A-TGA---A-TTTA
gi|109535                     :                                                                        AAC-AT-C-AAACCG---G-C--GCT---A--C-T--TCG-A-A-T-G-AT-CG-
gi|109536                     :                                                                        AAC-AT-C-CAACCA---G-C--GCT---A--C-T--TTG-A-A-T-G-GT-CG-G--------G-G-TGG---C-TT
gi|109537                     :                                                                                    CCG---T-C--GCT---A--T-T--TTG-A-A-T-G-AT-CG-GC-A-G-T-G-G-TGA---A-TTTA