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gi|61082 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GTG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-
gi|61083 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-T----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-C--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A----------------------T-TT-T-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61084 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-AAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTG-T--A-G--T---A-A-A------T-G-C---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-AC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GC
gi|61085 : TTTC--ATC-A---TTA---T--CAA-TAGC--G----C-CAA-A----A---G----T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-AGA------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCGAAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-
gi|61086 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CGA-AAAC--G-T-TC-GAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--------------------C-A--GAA-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GGCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
gi|61087 : TTTT--ATC-A-A-TGA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-A-A---T----T---TTATT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-A-TTTC-A--GCG-AA---T-TT-G-----CA--C--C-G-GTTAAGGAAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61088 : -TTT---T--CAA-TTAA--GAT-TC-CAA-G----A-T-GA-T-T------T--ATTC-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-A------T-G-----T----G---TTTTT---C-----G--A-T-CGGC-A-T-A--TTC-A--GTT-GA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-G-CACTTTAA-C----TCGT-G--CTGCG
gi|61089 : tTTTT--ATC-AGA-TTT---T--CAA-TAAAATG-T-TC-CAG--------T-GAAT-T------T--AT-G-CAATTC-A--AGA--T---A-A-A------T-G-A---T----GGT-TTTCT---C-----G--A-T-C-GC-A-TTATTTTC-AA-GCG-AA--TT-TTTC-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GTGG--CTGCG
gi|61090 : TTTC--ATC-A-A-TTT---TTCCAA-TAAA--G-T-TC-CAA-G----A-T-GA-T-G------T--AT-CGCA-CTC-TCAA-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----GC-A-T-C-TC-A-T-TATTTC-A--GC--AA--TT-TT-C-----CA--C--T-G-GCCACC-TAA-C----T-GT-GGCTTGCG
gi|61091 : TTTT--ATT-A-A-TTA---T--AAG-TAAA--GAT-T---GA-A----A-T-TA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-ATTTT----T---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TG-C-----CA--
gi|61092 : TTTG--ATC-A-A-TTA---T--CAG-TGAA--G-T-AC-CAA-A----A-G-GA-T-T------T--AT-C-CA-GTC-A--A-A--T---A-A--------------------------------------------T-C-AC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TT-C-----CA--TAAT-G-GTTACCTTAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61093 : TTTT--AT----A-TTT---T--CAA-TAAA----T-TC-CAATG----A-T-GA-T-T---------AT-G-CA-T-C-A--A-T--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTT----C-----G--A-T---GC-ACT-ATT----A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-G-CACCTTAA-C----T-G--G--CTGCG
gi|61094 : TTTT--A-C-A-A-TTA---T--CAA-TAAC--G-T-TCGCAA-A----A-T-GA-TCT------T--AT-C--A-TTCAT--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTC---T-----G--A-TGC-GA-T-T-AATTTC-A--G-A-AA--TT-TT-CCACTACA--T--T-G-GCCA-CTTAA-C----T-AT----CTGC
gi|61095 : TTTT--AGT-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--T-T-TC-CAA-G----A-T-GATT-T------T--AT-C-CA-TTC-A--AGA--T---A-A-AT-----T-G-A---T----GTTTTTTTT---T-----G--AGC-C-GC-ATT-ATTTTC-AG-GCA-AT--TT-TT-C-----CA-----T-G-GCCACCTTAA-
gi|61096 : TTTT--ATAGA-A-TTT---T--TAAATAAA--G-T-TC-AAG-A----C-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-AC-----T-G-A---T----G---TTTTTTTCC-----G--A-T-C-G
gi|61097 : TTTT--ATC-T-A-ATA---T--C---TAAA--G-TGTC-CAA-A----A-TTGA-T-T------TTCAT-C-CA-TTT-T--A-AATTGCAA-A-A------T-G-AATGT----G---TTTTT---T-----TTTA-T-C-AC-A-T-ATTT-C-A--GCGCAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G---CACTTT
gi|61098 : TTT--GTT-A-A-TTAATTT--CAA-TAAA--G-T----CAA-G----A---GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-C--A-A--C---ATA-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A---ATTTTC-ATAGCG-AA--ATGTTAT-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
gi|61099 : TTC--ATC-A-ACTTA---T--CAA-TAA---G-T-TC-CGA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--TA--A-A-A------T-GAA---T----G---TTCT-------------G-T-A-GT-A-T--TTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--TGG-GCCACCTT-A-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61100 : TTG--ATC-A-G-TTA---T--TTG-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--CT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-T-A------T-G-A-------------TTTT---C-----G--A-T-C-AC-A-T--TTTTCAA--GCA-AA--CT-TT-C-----CA--A--T-A-GCCACCTTAA-CTTTAT-GT-G--CTGC
gi|61101 : TTT--ATC-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--G-T-TC-C-A-A----A-T-GA-T-T------T--A--G-CA-TTC----A-A------A-A-A------T-G-A---T----G----TTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-A-TTTC-A--GCG-AA--TTATT-C-----CATCT--T-G---CACTCTAA------T-GT----CTGCG
gi|61102 : TT--ATC-A-A-TTA---C--CA--------G-T-CC-CAA-A----G-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTG-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTG---T-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----TA--T--T-A-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--TTGCG
gi|61103 : -TAAA--G-T-AC-TAA-A----A-T-GT-T-T------T--AT-T-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-G---T----G---ATTTT---A-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GTG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-T-GTCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61104 : ataaagtataaatgaaat-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CT-TTC-T--G-A--T---C-A-A------A-G-A---T----G---CTTTT---C-----A--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-A-----CT--T--T-G-GCCACCCTAA-C----T-GT-G--CTACG
gi|61105 : -A-TTA---TGTCAA-GAAA--G-T-TC-AAA-A----AAT-GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-G--A-G--C---T-A-A------T-G-A---TCCTAG---TTTTT---CGTTATG--A-T-C-TC-A-T-ATTTCG-AGGGCG-GAATTT-TT-C-----CA--T--T-G-G
gi|61106 : AA-CAAA--G-T-AT-TAA-ACGTAA-T-GA-T-T------T--AT-G-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTG-A--GCG-AT--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACTTTAA-C----T-AT-G--TTGCG
gi|61107 : A-TAAA--GAT-T---AA-A----A-C-GT-T-T------C--AT-T-CA-TCC-T--A-A--T---A-A-G------T-T-A---T----A---TTTTG---T-----G--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AA-TT-T-----CA--A--T-G-ACAACCTTAA-C----T-GC-G--
gi|61108 : A-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-C--A-A--C---A-A-A------T-A--------------TTTTT---C-----G--A-T-C-TC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AG-TT-C-----CA--T--T-G-ACCGTTTTAA-C----T-GT-A--TTGTG
gi|61109 : ----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-T--A-A--C---A-A-AATTTAAT-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AG--AT-TC-C-----CA--T--T-G-GCAAACCTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61110 : -A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--
gi|61111 : -A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-A--TTGCG
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 222 33 3 11 3 1 1 1 2222 1 4 2 1 222222 11 2 1 1 1111 2 11 222 1 1 555555 1 2 333 2222 333 333 22222 22 1 1 1 1 2 1 2 44 2 555 2 2 22222 11 11 1 1 1 2222 1 1 11
lowQualScore : .. . . . ... .. . .. . . . . .... . . . . ...... .. . . . .... . .. ... . . ...... . . ... .... ... ... ..... .. . . . . . . . .. . ... . . ..... .. .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 88 3 2 2 111 22 2 55 2 1 1 1 2222 0 1 1 0 999999 44 1 0 0 8888 1 44 888 0 0 000000 0 0 555 1111 111 111 55555 44 0 0 0 0 1 0 0 88 0 777 1 1 66666 44 44 1 1 2 7777 3 3 88
consensus : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
Reference ( family-430 ) : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61071 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-T-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61072 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-AA-TTC-T--G-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-TCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61073 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAAATAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-G-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------TGG-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-C-T-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA---T-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61074 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61075 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA-C------GT-G--CTGCG
gi|61076 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA------T-GT-G--CTGCG
gi|61077 : TTTG--ATC-A---TTA---T--CAT-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-C-A---T----G---TTTTT---C-----G--G-T-T-GC-A-T-ATTTTC-T--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACTTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
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gi|61085 : TTTC--ATC-A---TTA---T--CAA-TAGC--G----C-CAA-A----A---G----T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-AGA------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCGAAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-
gi|61086 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CGA-AAAC--G-T-TC-GAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--------------------C-A--GAA-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GGCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
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gi|61089 : tTTTT--ATC-AGA-TTT---T--CAA-TAAAATG-T-TC-CAG--------T-GAAT-T------T--AT-G-CAATTC-A--AGA--T---A-A-A------T-G-A---T----GGT-TTTCT---C-----G--A-T-C-GC-A-TTATTTTC-AA-GCG-AA--TT-TTTC-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GTGG--CTGCG
gi|61090 : TTTC--ATC-A-A-TTT---TTCCAA-TAAA--G-T-TC-CAA-G----A-T-GA-T-G------T--AT-CGCA-CTC-TCAA-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----GC-A-T-C-TC-A-T-TATTTC-A--GC--AA--TT-TT-C-----CA--C--T-G-GCCACC-TAA-C----T-GT-GGCTTGCG
gi|61091 : TTTT--ATT-A-A-TTA---T--AAG-TAAA--GAT-T---GA-A----A-T-TA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-ATTTT----T---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TG-C-----CA--
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gi|61094 : TTTT--A-C-A-A-TTA---T--CAA-TAAC--G-T-TCGCAA-A----A-T-GA-TCT------T--AT-C--A-TTCAT--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTC---T-----G--A-TGC-GA-T-T-AATTTC-A--G-A-AA--TT-TT-CCACTACA--T--T-G-GCCA-CTTAA-C----T-AT----CTGC
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gi|61097 : TTTT--ATC-T-A-ATA---T--C---TAAA--G-TGTC-CAA-A----A-TTGA-T-T------TTCAT-C-CA-TTT-T--A-AATTGCAA-A-A------T-G-AATGT----G---TTTTT---T-----TTTA-T-C-AC-A-T-ATTT-C-A--GCGCAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G---CACTTT
gi|61098 : TTT--GTT-A-A-TTAATTT--CAA-TAAA--G-T----CAA-G----A---GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-C--A-A--C---ATA-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A---ATTTTC-ATAGCG-AA--ATGTTAT-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
gi|61099 : TTC--ATC-A-ACTTA---T--CAA-TAA---G-T-TC-CGA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--TA--A-A-A------T-GAA---T----G---TTCT-------------G-T-A-GT-A-T--TTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--TGG-GCCACCTT-A-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61100 : TTG--ATC-A-G-TTA---T--TTG-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--CT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-T-A------T-G-A-------------TTTT---C-----G--A-T-C-AC-A-T--TTTTCAA--GCA-AA--CT-TT-C-----CA--A--T-A-GCCACCTTAA-CTTTAT-GT-G--CTGC
gi|61101 : TTT--ATC-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--G-T-TC-C-A-A----A-T-GA-T-T------T--A--G-CA-TTC----A-A------A-A-A------T-G-A---T----G----TTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-A-TTTC-A--GCG-AA--TTATT-C-----CATCT--T-G---CACTCTAA------T-GT----CTGCG
gi|61102 : TT--ATC-A-A-TTA---C--CA--------G-T-CC-CAA-A----G-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTG-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTG---T-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----TA--T--T-A-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--TTGCG
gi|61103 : -TAAA--G-T-AC-TAA-A----A-T-GT-T-T------T--AT-T-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-G---T----G---ATTTT---A-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GTG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-T-GTCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61104 : ataaagtataaatgaaat-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CT-TTC-T--G-A--T---C-A-A------A-G-A---T----G---CTTTT---C-----A--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-A-----CT--T--T-G-GCCACCCTAA-C----T-GT-G--CTACG
gi|61105 : -A-TTA---TGTCAA-GAAA--G-T-TC-AAA-A----AAT-GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-G--A-G--C---T-A-A------T-G-A---TCCTAG---TTTTT---CGTTATG--A-T-C-TC-A-T-ATTTCG-AGGGCG-GAATTT-TT-C-----CA--T--T-G-G
gi|61106 : AA-CAAA--G-T-AT-TAA-ACGTAA-T-GA-T-T------T--AT-G-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTG-A--GCG-AT--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACTTTAA-C----T-AT-G--TTGCG
gi|61107 : A-TAAA--GAT-T---AA-A----A-C-GT-T-T------C--AT-T-CA-TCC-T--A-A--T---A-A-G------T-T-A---T----A---TTTTG---T-----G--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AA-TT-T-----CA--A--T-G-ACAACCTTAA-C----T-GC-G--
gi|61108 : A-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-C--A-A--C---A-A-A------T-A--------------TTTTT---C-----G--A-T-C-TC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AG-TT-C-----CA--T--T-G-ACCGTTTTAA-C----T-GT-A--TTGTG
gi|61109 : ----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-T--A-A--C---A-A-AATTTAAT-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AG--AT-TC-C-----CA--T--T-G-GCAAACCTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61110 : -A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--
gi|61111 : -A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-A--TTGCG
blockSeqs : GA G G C ATT TC A AT A G G T CGTA A T A C AAATCT TC T G A TCA G AT GCA T G ATTTAA G C TTT CCTA TTT TTC GTTAT TT G G G G C T C TA A ATT G T CACTA TC AA G C A TTTA C G GC
blockSeqs : . . . . . GT A . A . . . . . T T . . . T . . AT G . A . . T . A ATG . GT TT . C . . . . T . A GG C TT A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . A . . . . . T . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
finalCons : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 222 33 3 11 3 1 1 1 2222 1 4 2 1 222222 11 2 1 1 1111 2 11 222 1 1 555555 1 2 333 2222 333 333 22222 22 1 1 1 1 2 1 2 44 2 555 2 2 22222 11 11 1 1 1 2222 1 1 11
lowQualScore : .. . . . ... .. . .. . . . . .... . . . . ...... .. . . . .... . .. ... . . ...... . . ... .... ... ... ..... .. . . . . . . . .. . ... . . ..... .. .. . . . .... . . ..
lowQualScore : 88 3 2 2 111 22 2 55 2 1 1 1 2222 0 1 1 0 999999 44 1 0 0 8888 1 44 888 0 0 000000 0 0 555 1111 111 111 55555 44 0 0 0 0 1 0 0 88 0 777 1 1 66666 44 44 1 1 2 7777 3 3 88
consensus : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
Reference ( family-430 ) : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--NT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61071 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-T-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61072 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-AA-TTC-T--G-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-TCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61073 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAAATAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-G-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------TGG-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-C-T-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA---T-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61074 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61075 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA-C------GT-G--CTGCG
gi|61076 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAT-TCAA--C-T-TC-CAA-A----A-TTAA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTGAA------T-GT-G--CTGCG
gi|61077 : TTTG--ATC-A---TTA---T--CAT-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AC-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-C-A---T----G---TTTTT---C-----G--G-T-T-GC-A-T-ATTTTC-T--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACTTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61078 : TTTTGAATC-A---TTA---T--TAT-TAAA--G-T-TC-CTA-A----A-T-GA-T-T------T--A--C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-TCA---T----G---TTTTT---C-----G--A-T---GC-A-T--TTTTC-T--GCG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTA
gi|61079 : TTTA--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-CC-CAA-A----A-T-GA-T-TAAATCTT--AT-T-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---A----G---TTTTT---T-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TT-T-----CA--T--C-G-GGCACCTTAA-C----T-GT-G--TTGCG
gi|61080 : TTTT--ATT-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--G-T-CC-AAG-A----A-T-GA-T-T------T--ATTC-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-A------T---A---T----G---TTTT----C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AAT-TT-TT-C-----CA--T--T-GCGCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61081 : TTTT--ATT-A-A-TTT---T--CAAATAAA--G-T-TC-CAA-G----A-T-GA-T-T------T---T-C-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTTTT-C-----G--A-T-C-GCGA-T-ATTTTCCA--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GC-ACCTTAAAC----T-GT-G--CTGCG
gi|61082 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GTG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-
gi|61083 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-T----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-C--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A----------------------T-TT-T-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61084 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-AAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTG-T--A-G--T---A-A-A------T-G-C---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-AC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GC
gi|61085 : TTTC--ATC-A---TTA---T--CAA-TAGC--G----C-CAA-A----A---G----T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-AGA------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCGAAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-
gi|61086 : TTTT--ATC-A-A-TTA---T--CGA-AAAC--G-T-TC-GAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--------------------C-A--GAA-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GGCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
gi|61087 : TTTT--ATC-A-A-TGA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-A-A---T----T---TTATT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-A-TTTC-A--GCG-AA---T-TT-G-----CA--C--C-G-GTTAAGGAAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61088 : -TTT---T--CAA-TTAA--GAT-TC-CAA-G----A-T-GA-T-T------T--ATTC-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-A------T-G-----T----G---TTTTT---C-----G--A-T-CGGC-A-T-A--TTC-A--GTT-GA--AT-TT-C-----CA--T--T-G-G-CACTTTAA-C----TCGT-G--CTGCG
gi|61089 : tTTTT--ATC-AGA-TTT---T--CAA-TAAAATG-T-TC-CAG--------T-GAAT-T------T--AT-G-CAATTC-A--AGA--T---A-A-A------T-G-A---T----GGT-TTTCT---C-----G--A-T-C-GC-A-TTATTTTC-AA-GCG-AA--TT-TTTC-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GTGG--CTGCG
gi|61090 : TTTC--ATC-A-A-TTT---TTCCAA-TAAA--G-T-TC-CAA-G----A-T-GA-T-G------T--AT-CGCA-CTC-TCAA-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----GC-A-T-C-TC-A-T-TATTTC-A--GC--AA--TT-TT-C-----CA--C--T-G-GCCACC-TAA-C----T-GT-GGCTTGCG
gi|61091 : TTTT--ATT-A-A-TTA---T--AAG-TAAA--GAT-T---GA-A----A-T-TA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-ATTTT----T---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TG-C-----CA--
gi|61092 : TTTG--ATC-A-A-TTA---T--CAG-TGAA--G-T-AC-CAA-A----A-G-GA-T-T------T--AT-C-CA-GTC-A--A-A--T---A-A--------------------------------------------T-C-AC-A-T-ATTTTC-A--GCA-AA--AT-TT-C-----CA--TAAT-G-GTTACCTTAA-C----T-GT-G--CTGTG
gi|61093 : TTTT--AT----A-TTT---T--CAA-TAAA----T-TC-CAATG----A-T-GA-T-T---------AT-G-CA-T-C-A--A-T--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTT----C-----G--A-T---GC-ACT-ATT----A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-G-CACCTTAA-C----T-G--G--CTGCG
gi|61094 : TTTT--A-C-A-A-TTA---T--CAA-TAAC--G-T-TCGCAA-A----A-T-GA-TCT------T--AT-C--A-TTCAT--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTC---T-----G--A-TGC-GA-T-T-AATTTC-A--G-A-AA--TT-TT-CCACTACA--T--T-G-GCCA-CTTAA-C----T-AT----CTGC
gi|61095 : TTTT--AGT-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--T-T-TC-CAA-G----A-T-GATT-T------T--AT-C-CA-TTC-A--AGA--T---A-A-AT-----T-G-A---T----GTTTTTTTT---T-----G--AGC-C-GC-ATT-ATTTTC-AG-GCA-AT--TT-TT-C-----CA-----T-G-GCCACCTTAA-
gi|61096 : TTTT--ATAGA-A-TTT---T--TAAATAAA--G-T-TC-AAG-A----C-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-A--A-A--T---A-A-AC-----T-G-A---T----G---TTTTTTTCC-----G--A-T-C-G
gi|61097 : TTTT--ATC-T-A-ATA---T--C---TAAA--G-TGTC-CAA-A----A-TTGA-T-T------TTCAT-C-CA-TTT-T--A-AATTGCAA-A-A------T-G-AATGT----G---TTTTT---T-----TTTA-T-C-AC-A-T-ATTT-C-A--GCGCAA--TT-TT-C-----CA--T--T-G---CACTTT
gi|61098 : TTT--GTT-A-A-TTAATTT--CAA-TAAA--G-T----CAA-G----A---GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-C--A-A--C---ATA-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A---ATTTTC-ATAGCG-AA--ATGTTAT-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--CTG
gi|61099 : TTC--ATC-A-ACTTA---T--CAA-TAA---G-T-TC-CGA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTC-T--A-A--TA--A-A-A------T-GAA---T----G---TTCT-------------G-T-A-GT-A-T--TTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--TGG-GCCACCTT-A-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61100 : TTG--ATC-A-G-TTA---T--TTG-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--CT-C-CA-TTC-T--A-A--T---A-T-A------T-G-A-------------TTTT---C-----G--A-T-C-AC-A-T--TTTTCAA--GCA-AA--CT-TT-C-----CA--A--T-A-GCCACCTTAA-CTTTAT-GT-G--CTGC
gi|61101 : TTT--ATC-A-A-TTT---T--CAA-TAAA--G-T-TC-C-A-A----A-T-GA-T-T------T--A--G-CA-TTC----A-A------A-A-A------T-G-A---T----G----TTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-A-TTTC-A--GCG-AA--TTATT-C-----CATCT--T-G---CACTCTAA------T-GT----CTGCG
gi|61102 : TT--ATC-A-A-TTA---C--CA--------G-T-CC-CAA-A----G-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTG-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTG---T-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--AT-TT-C-----TA--T--T-A-GCCACCTTAA-C----T-GT-G--TTGCG
gi|61103 : -TAAA--G-T-AC-TAA-A----A-T-GT-T-T------T--AT-T-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-G---T----G---ATTTT---A-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GTG-AA--AT-TT-C-----CA--T--T-T-GTCACCTTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61104 : ataaagtataaatgaaat-A-TTA---T--CAA-TAAA--G-T-TC-CAA-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CT-TTC-T--G-A--T---C-A-A------A-G-A---T----G---CTTTT---C-----A--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--TT-TT-A-----CT--T--T-G-GCCACCCTAA-C----T-GT-G--CTACG
gi|61105 : -A-TTA---TGTCAA-GAAA--G-T-TC-AAA-A----AAT-GA-T-T---------AT-C-CA-TTT-G--A-G--C---T-A-A------T-G-A---TCCTAG---TTTTT---CGTTATG--A-T-C-TC-A-T-ATTTCG-AGGGCG-GAATTT-TT-C-----CA--T--T-G-G
gi|61106 : AA-CAAA--G-T-AT-TAA-ACGTAA-T-GA-T-T------T--AT-G-CA-TTC-T--A-A--T---A-A-A------T-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTG-A--GCG-AT--AT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACTTTAA-C----T-AT-G--TTGCG
gi|61107 : A-TAAA--GAT-T---AA-A----A-C-GT-T-T------C--AT-T-CA-TCC-T--A-A--T---A-A-G------T-T-A---T----A---TTTTG---T-----G--A-T-T-GC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AA-TT-T-----CA--A--T-G-ACAACCTTAA-C----T-GC-G--
gi|61108 : A-A----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-C--A-A--C---A-A-A------T-A--------------TTTTT---C-----G--A-T-C-TC-A-T-ATTTTC-G--GCG-AA--AG-TT-C-----CA--T--T-G-ACCGTTTTAA-C----T-GT-A--TTGTG
gi|61109 : ----A-T-GA-T-T------T--AT-C-CA-TTA-T--A-A--C---A-A-AATTTAAT-G-A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AG--AT-TC-C-----CA--T--T-G-GCAAACCTAA-C----T-GT-G--CTGCG
gi|61110 : -A---T----G---TTTTT---C-----G--A-T-C-GC-A-T-ATTTTC-A--GCG-AA--
gi|61111 : -A--GCG-AA--TT-TT-C-----CA--T--T-G-GCCACCTTAA-C----T-GT-A--TTGCG