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Reference ( family-429 )      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90508                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--T-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-G-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A--TTTTTA-ATTTTT
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gi|90511                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TT--CT----A---A-A-----A-A-G-T---T-----A---A-A-G-C--A-ACG-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-GCC-TT--AA--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTT
gi|90512                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TG--C-----C---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AGC-TT-TG-CTT-A--A-T-T-A---A-T-G-CTTT--CA--CA-A--AG-T--T---A--TTTT
gi|90513                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TCA-A-G--CTGG--A-TC------------A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-A-C--AAC-TT-TG-CTT-A--A-A-T-A---A-TGG-C-TT--AA--CA-A--G--T--T---C--TTTT
gi|90514                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A--C--A-G--CT-G--A-AT--C-----C---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-CA-AACATT-TG-CTT-C----A-T-G---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--G--A--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90515                      : TTTTATTT-C--GT-T-GA--C-A-TC--A-G--TT-G--A-TT--T-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-T--A-A-G-C--AAT-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-A-C-TT--TA--CA-A--A--T--T---A--TTTTTA-GTTTTT
gi|90516                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---G-A-----A-C-G-T---T-----C---A-A-A-C--A-A-G-T--ATC-TT-TG-CTT-C--A-C-A-A---A-T-G-C-TT---A--CG-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90517                      : TTTCATTT-C--AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---T-A-----A-A-G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-CA-AAC-TT-TT-CTT----A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTA-GTTTTT
gi|90518                      : TTTCATTT-CC-AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-T---C-----A---A-A-----A---G-T---C-----G---A-A-A-C--C-A-G-C--AAC-TT-T--CTT----A-A-T-A-------G-C-TT--AG--CA-A--A--T--TG--C--CATTTA-GTTTTT
gi|90519                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--CATGATA---G-A-----A-C-G-T---TC----A---A-A-A-C--A-A-G-T--ATCTTT-TG-CTT-C--ACA-A-A---A-T-GAC-TT--AC--GA-A--AG-T--T---C----TTTA-GTTTTT
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gi|90521                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-AGCCT-G--A-TT--C-----A---ATA-----A-C-G-T---G-----T---A-A-A-C--GCA-G-CAAAAT-TA-TGCCTT-C--A-A-T-A---ATT-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A---TTTTA-GTTTTT
gi|90522                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--AATA--C-----T---A-A-----A-T-G-TCATT-----G---A-A---C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--GG--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTT
gi|90523                      : TTTCATTTTC--GC-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TCA-C-----A---G-A-----A-C-GGT---T-----A---A-A-A-C--A-A-A-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-TAA---A-T-GCC-TT--AA--CA-A--G--T--T---CT-TTTTTA-GTTTTT
gi|90524                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-AGTC--A-G--CTTG--A-TC--TT----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-G-C--A-A-G-C--AAC-TTATG-CTT-C--A-A-T-G---A-T-G-C-TT--A---CA-A--A--T--TT--C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90525                      : TCTCATT--C--AT---GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TGACTT-T--A-ATT-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTA-GCTTTT
gi|90526                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----T---A-A-----A-T-G-T---T-----T---G-A-A-C--G-A-GTC--ATC-TG-TG-CTT-C--A-A-T-C---A-T-G-CTTT--AG--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTTT
gi|90527                      : TTTCATTT-C--GTCT-GAGTT-A-TC--A-GT-CT-T--G-TG--C-----C---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-AAC--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-T--A-T-C-A---ACT-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A---TTTTA-GTTTTT
gi|90528                      : TTTCTATT-C--GT-T-GA--T-T-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---A-A-------C-G-T---T-----G---G-A-A-TCAA-A-G-C--A-C-TT-TG-CTT-CA-A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTT
gi|90529                      : TTTCATGT-CT-GT-T-GA--T---TT--A-G--CT-A--A-TA--G-----A---A-A-----AAC-G-T---T-----G---A-A-T-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CGT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---
gi|90530                      : TTTCATGT-C--GT-T-GA--T-T-TC--ATG--CT-G--A-TA--G-----A---G-AGAGAGA-C-GCT---T-----G---A-A-T-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--C--A--A--T--T---C--TTTTGACGTTT
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gi|90532                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--CCT---A---A-A-----A-T-G-T---T-----T---G-A-A-C--G-A-G-C--ATT-CT-TG-CTTCC--ACA-T-A---A-T-G-C--T--AG--CA-A--ATTT--T---C--TTTTTA-GTTTT
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gi|90534                      : TTCCATTT-C--TA-T-GA--T-A-TT--C-A--CT-G--A-GA--C-----T---A-A-------C-G-T---------G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---ATT-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C---TTTTG-GTTTTT
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gi|90536                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--TT-G--A-AA--C-----T---A-A-----A-C-G-T---T-----G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT----A-A-T-A---A-T-T-T-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--GTTTTA-GTTTT
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Alignments
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Reference ( family-429 )      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
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gi|90516                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---G-A-----A-C-G-T---T-----C---A-A-A-C--A-A-G-T--ATC-TT-TG-CTT-C--A-C-A-A---A-T-G-C-TT---A--CG-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90517                      : TTTCATTT-C--AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---T-A-----A-A-G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-CA-AAC-TT-TT-CTT----A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTA-GTTTTT
gi|90518                      : TTTCATTT-CC-AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-T---C-----A---A-A-----A---G-T---C-----G---A-A-A-C--C-A-G-C--AAC-TT-T--CTT----A-A-T-A-------G-C-TT--AG--CA-A--A--T--TG--C--CATTTA-GTTTTT
gi|90519                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--CATGATA---G-A-----A-C-G-T---TC----A---A-A-A-C--A-A-G-T--ATCTTT-TG-CTT-C--ACA-A-A---A-T-GAC-TT--AC--GA-A--AG-T--T---C----TTTA-GTTTTT
gi|90520                      : TTTCATTT-CC-GT-T-GA--T-A--A--A-G--CT-G--A-TTACC-----A---AGA-----A-C-G-T---T-----G---A-A-T-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTA-A--A-A-T-AGATA-T-G-C-TT--TA--CA-AG-A--T--T---C--TTTTTA-GTTCTT
gi|90521                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-AGCCT-G--A-TT--C-----A---ATA-----A-C-G-T---G-----T---A-A-A-C--GCA-G-CAAAAT-TA-TGCCTT-C--A-A-T-A---ATT-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A---TTTTA-GTTTTT
gi|90522                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--AATA--C-----T---A-A-----A-T-G-TCATT-----G---A-A---C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--GG--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTT
gi|90523                      : TTTCATTTTC--GC-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TCA-C-----A---G-A-----A-C-GGT---T-----A---A-A-A-C--A-A-A-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-TAA---A-T-GCC-TT--AA--CA-A--G--T--T---CT-TTTTTA-GTTTTT
gi|90524                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-AGTC--A-G--CTTG--A-TC--TT----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-G-C--A-A-G-C--AAC-TTATG-CTT-C--A-A-T-G---A-T-G-C-TT--A---CA-A--A--T--TT--C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90525                      : TCTCATT--C--AT---GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TGACTT-T--A-ATT-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTA-GCTTTT
gi|90526                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----T---A-A-----A-T-G-T---T-----T---G-A-A-C--G-A-GTC--ATC-TG-TG-CTT-C--A-A-T-C---A-T-G-CTTT--AG--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTTT
gi|90527                      : TTTCATTT-C--GTCT-GAGTT-A-TC--A-GT-CT-T--G-TG--C-----C---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-AAC--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-T--A-T-C-A---ACT-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A---TTTTA-GTTTTT
gi|90528                      : TTTCTATT-C--GT-T-GA--T-T-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---A-A-------C-G-T---T-----G---G-A-A-TCAA-A-G-C--A-C-TT-TG-CTT-CA-A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTT
gi|90529                      : TTTCATGT-CT-GT-T-GA--T---TT--A-G--CT-A--A-TA--G-----A---A-A-----AAC-G-T---T-----G---A-A-T-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CGT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---
gi|90530                      : TTTCATGT-C--GT-T-GA--T-T-TC--ATG--CT-G--A-TA--G-----A---G-AGAGAGA-C-GCT---T-----G---A-A-T-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--C--A--A--T--T---C--TTTTGACGTTT
gi|90531                      : TTTCATTTTC--AT-TTGA--T-A-TC--A-G--CT-G--T-AC--C-----A---C-A-----A-C-G-T---C-----G---A-A-A-CA-A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-----A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--TTCCC--ATTTTA-GTTCTT
gi|90532                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--CCT---A---A-A-----A-T-G-T---T-----T---G-A-A-C--G-A-G-C--ATT-CT-TG-CTTCC--ACA-T-A---A-T-G-C--T--AG--CA-A--ATTT--T---C--TTTTTA-GTTTT
gi|90533                      : TTTCATT--C--GT-T-TA--T-A-TC--A----CT-GC-A-TC--C-----A---A-T-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AA--TT-TG-CTT-C--A-A-T-G---A-T-G-T-TA--AA--CA-A--AG-TTAT---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90534                      : TTCCATTT-C--TA-T-GA--T-A-TT--C-A--CT-G--A-GA--C-----T---A-A-------C-G-T---------G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---ATT-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C---TTTTG-GTTTTT
gi|90535                      : TTTCAATC-T--AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----T---A-A-----A-C-G-T---TTG---G---A-T-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-C-T-C--A-ATT-A---A-T-G-C-GT--AAGGCAGA--A--T--T---C--TTTTT---TTTT
gi|90536                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--TT-G--A-AA--C-----T---A-A-----A-C-G-T---T-----G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT----A-A-T-A---A-T-T-T-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--GTTTTA-GTTTT
gi|90537                      : TTTCATT--C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--TT-G--C-TG--CCA---A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TT-ATT-CTTA-T-T-A---A-T-G-C-TTAAAA--CA-A--G--T--TA--T--TTTTTA-GTTTTT
gi|90538                      : TTTCATTT-A--GT-T-GA--T-A-TC--C-G--CT-G--T-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-T-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-
gi|90539                      : TTTCATTT-T--GT-T-AA--C-A-AC--A-G--CA-G--T-TA--C-----A---A-A-----T-T-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAT-TT-TG-CTT-C--G-T-T-T---A-T-G-C-TT---C--CA-A--A--T--T---T--TATCTA-TTTTTT
gi|90540                      : TTTCATTT-T--GC-T-GA--C-A-T---A-A--CA-G--T-TA--C-----G---A-A-----A-C-A-T---TTAAAAA---A-A-A-C--A-A-G-C--AACATT-TT-CTT----A-A-T-A---T-T-GGC-AT--AA--CA-A--A--T--G---A--TGTTTA-GTTTTTttt
gi|90541                      :  TTTATTT-C--GTGT-GA--T-A-TC--A-A--CT-G--A-TT--CCAA--A---A-G-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--GA-A--G--T--T---CTATCTTTA-GTTTTT
gi|90542                      :  TTTATTT-T--GT-T-GA--T-A-TG--A----CT-G--G-TTA-C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-C-A-C--A-A-G-C--AAC-TC-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-A-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TGTTTA-GTTTTT
gi|90543                      :   TCATTT-------T-CA--T---TC--A-G--TT-G--AATA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-G-C--A-A-A-CA-AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-A-T-TT---A--CA-A--A--T--T---A--TTTT
gi|90544                      :   TCATTT-CC-GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--ATTG--T-----A---A-A-----A-CGG-T---T-----G---A-AGA-C--A-A-G-C---AC-TT-GG-TTT-A--T-T-T-A---A-T-G-C-TT--TA--CA-AGTA--T--TAA-T--TTATTA-GTTTTTagg
gi|90545                      :   TCATTT-CTAAT-G-GA--TCA-TC--A-G--CT-GGCA-TT--T-----ACTTA-A-----A-C-G-T---T-----GCG-A-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-CTTT--AG--CA-A--A-----T---C--TTTTTGCGTTTTT
gi|90546                      :        T-C--GG-T-CA--T-A-TCTCA-A--CT-G--A-TT--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TG--AA--CA-A--A--T--T---A--TATTAA-GTTTTT
gi|90547                      :               -T-GA--C-A-TC--A-T--CA-G--T-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----ATATATA-C-C--A-A-G-C--AAT-TT-TG-TTT-C--A-C-T-A---A-T-G-C-TT--TA--CA-G--A--T--T---C-----TTA-ATTTTT
gi|90548                      :                                                                    -G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TT-CTT-T--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTt


blockSeqs                     :         T TA  C T  GT C G  TC T GC  G GC A ACATGAT   CTT G GAGAG A   G CAT TAAAAA          CA       AA   A     C     TT C T A GAT T G C T  AA  GG  G GT TT TA TCCCA       C
blockSeqs                     :         T C   G .  .  . .  A  . T   T C  A TCCAA     .   T .     .   C .   ATAT            A        A    T     A     A  C T . .   C . A T  .   .   . G  G  .  CTAT        C
blockSeqs                     :         . C   . .  .  . .  .  . .   . .  T TACC      .   . .     .   . .   TGG             .        A    A     .     .  . . . .   T . C T  .   .   . .  G  .  AATT        .
blockSeqs                     :         . T   . .  .  . .  .  . .   . .  . ACCT      .   . .     .   . .   GCG             .        A    .     .     .  . . . .   . . G .  .   .   . .  G  .  GCC         .
blockSeqs                     :         . C   . .  .  . .  .  . .   . .  . GCCA      .   . .     .   . .   CA              .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CTT         .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TCT       .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  TCT         .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . CAC       .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  ATT         .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . CTT       .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TAC       .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TT        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  AT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . GC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TC        .   . .     .   . .   C               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  AT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TT        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CC          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TC        .   . .     .   . .   T               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CC          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . GC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   T               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CG          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AG        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  TT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AG        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  AT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . CC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . CC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  AT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   T               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  AT          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  CC          .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C           .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C           .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  A           .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C           .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . GT        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C           .
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TT        .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  A            
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . TC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C            
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . AC        .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C            
blockSeqs                     :         . .   . .  .  . .  .  . .   . .  . C         .   . .     .   . .   G               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .  C            
blockSeqs                     :               . .  .  . .  .  . .   . .  . C         .   . .     .   . .   A               .        .    .     .     .  . . . .   . . . .  .   .   . .  .  .               
blockSeqs                     :                                                                      . .   G               .        .    .     .                                                           


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
finalCons                     : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT





Alignments
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lowQualScore                  :         2 55  2 1  11 1 1  22 1 22  2 22 3 999999999 111 2 22222 1 1 2 111 666666666 1 1 1 22 1 1 1 44   2  1  2   1 22 2 2 1 111 3 1 4 3  11  11  1 22 44 11 0000000     2      
lowQualScore                  :         . ..  . .  .. . .  .. . ..  . .. . ......... ... . ..... . . . ... ......... . . . .. . . . ..   .  .  .   . .. . . . ... . . . .  ..  ..  . .. .. .. .......     .      
lowQualScore                  :         1 55  0 0  44 0 0  44 0 44  0 44 0 222222222 888 0 55555 0 0 0 777 999999999 0 0 0 33 0 0 0 33   9  0  0   0 44 0 0 0 888 0 0 0 0  44  44  0 44 44 44 0000000     3      
consensus                     : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
Reference ( family-429 )      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TN--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90508                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--T-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-G-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---A--TTTTTA-ATTTTT
gi|90509                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-CC--A-G--CT-G--A-TT--T-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-G-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90510                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TT--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-G-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT---A--C--A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
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gi|90514                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A--C--A-G--CT-G--A-AT--C-----C---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-CA-AACATT-TG-CTT-C----A-T-G---A-T-G-C-TT--AA--CA-A--G--A--T---C--TTTTTA-GTTTTT
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gi|90516                      : TTTCATTT-T--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---G-A-----A-C-G-T---T-----C---A-A-A-C--A-A-G-T--ATC-TT-TG-CTT-C--A-C-A-A---A-T-G-C-TT---A--CG-A--A--T--T---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90517                      : TTTCATTT-C--AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----A---T-A-----A-A-G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-CA-AAC-TT-TT-CTT----A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTA-GTTTTT
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gi|90522                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--AATA--C-----T---A-A-----A-T-G-TCATT-----G---A-A---C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--GG--CA-A--A--T--T---C---TTTTA-GTTTT
gi|90523                      : TTTCATTTTC--GC-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TCA-C-----A---G-A-----A-C-GGT---T-----A---A-A-A-C--A-A-A-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-TAA---A-T-GCC-TT--AA--CA-A--G--T--T---CT-TTTTTA-GTTTTT
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gi|90533                      : TTTCATT--C--GT-T-TA--T-A-TC--A----CT-GC-A-TC--C-----A---A-T-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AA--TT-TG-CTT-C--A-A-T-G---A-T-G-T-TA--AA--CA-A--AG-TTAT---C--TTTTTA-GTTTTT
gi|90534                      : TTCCATTT-C--TA-T-GA--T-A-TT--C-A--CT-G--A-GA--C-----T---A-A-------C-G-T---------G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---ATT-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C---TTTTG-GTTTTT
gi|90535                      : TTTCAATC-T--AT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--A-TA--C-----T---A-A-----A-C-G-T---TTG---G---A-T-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-C-T-C--A-ATT-A---A-T-G-C-GT--AAGGCAGA--A--T--T---C--TTTTT---TTTT
gi|90536                      : TTTCATTT-C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--TT-G--A-AA--C-----T---A-A-----A-C-G-T---T-----G---G-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT----A-A-T-A---A-T-T-T-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--GTTTTA-GTTTT
gi|90537                      : TTTCATT--C--GT-T-GA--T-A-TC--A-G--TT-G--C-TG--CCA---A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TT-ATT-CTTA-T-T-A---A-T-G-C-TTAAAA--CA-A--G--T--TA--T--TTTTTA-GTTTTT
gi|90538                      : TTTCATTT-A--GT-T-GA--T-A-TC--C-G--CT-G--T-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-T-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-
gi|90539                      : TTTCATTT-T--GT-T-AA--C-A-AC--A-G--CA-G--T-TA--C-----A---A-A-----T-T-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAT-TT-TG-CTT-C--G-T-T-T---A-T-G-C-TT---C--CA-A--A--T--T---T--TATCTA-TTTTTT
gi|90540                      : TTTCATTT-T--GC-T-GA--C-A-T---A-A--CA-G--T-TA--C-----G---A-A-----A-C-A-T---TTAAAAA---A-A-A-C--A-A-G-C--AACATT-TT-CTT----A-A-T-A---T-T-GGC-AT--AA--CA-A--A--T--G---A--TGTTTA-GTTTTTttt
gi|90541                      :  TTTATTT-C--GTGT-GA--T-A-TC--A-A--CT-G--A-TT--CCAA--A---A-G-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AA--GA-A--G--T--T---CTATCTTTA-GTTTTT
gi|90542                      :  TTTATTT-T--GT-T-GA--T-A-TG--A----CT-G--G-TTA-C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-C-A-C--A-A-G-C--AAC-TC-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-A-G-C-TT--AA--CA-A--A--T--T---C--TGTTTA-GTTTTT
gi|90543                      :   TCATTT-------T-CA--T---TC--A-G--TT-G--AATA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----G---A-A-G-C--A-A-A-CA-AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-A-T-TT---A--CA-A--A--T--T---A--TTTT
gi|90544                      :   TCATTT-CC-GT-T-GA--T-A-TC--A-G--CT-G--ATTG--T-----A---A-A-----A-CGG-T---T-----G---A-AGA-C--A-A-G-C---AC-TT-GG-TTT-A--T-T-T-A---A-T-G-C-TT--TA--CA-AGTA--T--TAA-T--TTATTA-GTTTTTagg
gi|90545                      :   TCATTT-CTAAT-G-GA--TCA-TC--A-G--CT-GGCA-TT--T-----ACTTA-A-----A-C-G-T---T-----GCG-A-A-A-C--G-A-G-C--ATC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-CTTT--AG--CA-A--A-----T---C--TTTTTGCGTTTTT
gi|90546                      :        T-C--GG-T-CA--T-A-TCTCA-A--CT-G--A-TT--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----A---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TG-CTT-C--A-A-T-A---A-T-G-C-TG--AA--CA-A--A--T--T---A--TATTAA-GTTTTT
gi|90547                      :               -T-GA--C-A-TC--A-T--CA-G--T-TA--C-----A---A-A-----A-C-G-T---T-----ATATATA-C-C--A-A-G-C--AAT-TT-TG-TTT-C--A-C-T-A---A-T-G-C-TT--TA--CA-G--A--T--T---C-----TTA-ATTTTT
gi|90548                      :                                                                    -G-T---C-----G---A-A-A-C--A-A-G-C--AAC-TT-TT-CTT-T--A-A-T-A---A-T-G-C-TT--AG--CA-A--A--T--T---C--CATTTt