lowQualScore                  :                                                                            1111111111111                                                               
lowQualScore                  :          333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   44444  2   1  11   1 444444444  8888888888888  55 2 1 11 1  3333 1  11 8888 222 3 1  33 1  22  3 1   3      
lowQualScore                  :          ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   .....  .   .  ..   . .........  .............  .. . . .. .  .... .  .. .... ... . .  .. .  ..  . .   .      
lowQualScore                  :          111  1   1 1 77 1 1 1  1  1  44   11111  1   1  44   0 111111111  3333333333333  66 2 1 55 1  4444 1  66 1111 111 9 3  11 3  22  9 3   2      
consensus                     :    CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----N----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---NG---GCG-AA--G-CTA-AA-T-TGA-TTTCTA
Reference ( gi|78447 )        :    CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----C----AGA-C-A-A--A-TT----G-CA--G---AG---GCG-AA--G-CTG-AA-T-TGA-TTTCTA
gi|78428                      :    CACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------AC--T-----C----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---AG---GCG-AA--G-CTG-AA-T-TTA-TTTCTA
gi|78448                      :   cCACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-ACT-CC--CAT-G---------CT--T-----C----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GCA-AA--G-CTG-AA-T-TGA-TTTCTAa
gi|78449                      :    CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAA-G---------CT--TTGAA-C----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GCG-AA--G-CTG-AA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78434                      :    CACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----CT---AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--A---AG---GCG-AA--G-CTG-AATT-TGA-TTTATAa
gi|78422                      :   cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----A----TGG-C-G-A--A-CT----G-CA--G---TG---GAG-AT--G-CTA-AA-T-TGA-TTTCTA
gi|78424                      :   cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCA-CT--CAT-G---------CT--T-----A----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--A---TG---AAG-AA--A-CTA-AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :   cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CT--CAT-G---------CT--G-----A----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GAG-AA--G-CTA-AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78429                      :   cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG-----AT-CCG-CC--TAT-G---------CT--T-----A----AGG-T-A-A--A-TT----G-CA--G---A------G-AG--G-CTA-AA-T-CGA-TTTCTAaa
gi|78427                      :   cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG-----AT-CTG-CC--CTT-G---------CT--T-----A----AAG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GAG-AA--G-CTA-AAGTATGA-TTaa
gi|78426                      :   cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA-----AT-CCG-CC--CGT-G---------CT--T-----A----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TA---GAG-AC--G-CTA-AA-T-TG
gi|78430                      :   cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-C-AA-AT-CC--TAG-----ATCCCC-CC--CAT-G---------CT--T-----A----AGG-C-A-A--A-TT----G-CAATG---AG---AAA-AA--G-CTA-AA-C-TGA-TGTC
gi|78433                      :   cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA-----AT-CCG-TC--CAT-G---------CT--TTAAAAT----AGG-CAA-A--A-TT----G-CA--G---TC---GAG-AA--G-CT--AA-T-TGA-TTTCTA
gi|78432                      :   cCACGCC---CT-TCC-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----TT-CTG-CC--CAT-G---------TA--C-----A----AGG-C-A-A--A-TT----G-C-------------CT-TA--G-CTA-AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78431                      :   cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CAC-CC--CAT-G---------CA--T-----A----ATG-C-A-A--A-TT----C-CA-----------ATG-AA--G-CTA-AA-T-TGG-TTTTTAaa
gi|78423                      :   cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCC-GC--CAT-G---------CT--T-----A----TGG-C-A-A--C-CT----G-CA--G---TG---GAG-GAT-G-CTA-AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78438                      :   cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-----------CT--T-----T----A-------------T----G-----G----------G-AA--A-CTA-AA-T-TGA-TTTTTAaa
gi|78450                      :   cCACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA-----AT-CCGTTC--CAT-----------CTAGT-----C----AGA-T-GCA--A-TT----G-CC--A---TG---GCG-AA--G-CTG-GACT-TGA-TTACTA
gi|78440                      :    CACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CTAAT-----A----AGA-C-A-A--T-TT----G-a
gi|78436                      :   cCACGCT---CT-TCG-A------T-G-AA-AT-CC--TAAATTGTAT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----TTAG-AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--GTACAG---AC------G-CTA-AA-T-Tattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78435                      :   cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA-----AT-CCG-TT--CAT-G---------CTTAT-----A----ATG-C-A-A--G-TT----G-CA--G---TG---G
gi|78437                      :   cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA-----AT-CTG-CC--CAT-G---------CA--T-----A----AAG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---Ga
gi|78439                      :   cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT------T-CTG-CC--CTTCG---------CAA-T-----A----AGG-C-A-A--A-TC----G-TA--T---AGTGGGAG-AA--G-CTA-AA-T-TGATTTTCTAag
gi|78443                      :   cCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA-----AT-CCT-CC--CAT-G---------CT-------------AAG-CAA-A--A-TT----G-Caa
gi|78444                      :   cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----
gi|78445                      :   cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGA------T-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----aatggcatgtaccaatgga
gi|78451                      :    cACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA-----AT-ACG-CCCGCGT-G---------CT--T-----A----AGG-C---A--A-TT----G-CA--G---TA---GAG-AC--G-CTA-AA-T-TGaatggca
gi|78452                      :     ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG-----AT-CCG-CC--CAT-G---------GA--G-----C----AAAGC-A-A--ATTT----G-CA--A---A------G-AATTA-CTA-AA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :      CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----CT---AGG-C-A-A--A-TT----T-CA--G---AG---GCG-AA--G-ATG-AA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :       GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATC---ATTCCG-CC--CAT-G---------CT--T-----C----AGT-C-A-A--A-TT----G-----G---AG---GCGAAA--G-CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78441                      :        CT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CTAAT-----A----AGA-C-A-A--T-TT----G-aa
gi|78455                      :   ccacatC---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG-----AA-TCG-CC--CAT-A---------GT--T-----C----AGA-C-A-ACTA-TTT---G-CA--G---AG---GCG-AA--G-CTG-AA-T-TGATTTTCTA
gi|78456                      :         C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CGT-A---------CT--T-----A----AAG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---AA---GAG-AC--G-CTA-AA-T-
gi|78446                      :         C---CT-TTA-A-CA-C-T-G-AA-AT-CC--TGA-----AT-C-G-CT--CAT-AAAATACGTACT--T-----TTAAAAGG-C-A-A--A-TT----G-CA--T---TG---GAG-AA--G-CTG-AA-T-
gi|78442                      :     ccatg---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AT-CC--TC--CAT-G---------CT--T-----C----AAG-C-A-A--A-TT----GCCG--G---AG---G
gi|78457                      : ccactgctt---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA-----AT-CCG-CC--------------------------------GG-C-A-A--A-TTTGCAG-TA--G---AG---ACG-----GCCTA-AA-T-TGt
gi|78458                      :              T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA-----AC-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----CT---AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---AG---GCG-AA--G-CTG-AA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                 CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA-----AT-CTG-CC--CAT-G---------CA--T-----T----AGG-T-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GAG-AA--G-CTA-AA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                   T-CC--TAA-----AT-CCG-CC--CAT-G---------CT--T-----C----ATG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---AG---GTG-AA--G-CTG-AA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78462                      :                                                              T-G---------CT--T-----C----AGG-C-A-A--A-TT----G-CA--G---TG---GCA-AA--G-CTG-AT-T-TGA-TTTCTAaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|78461 ): TCCTTAATCCACCAATGCTCAAGGCAAAGTGCAACGAAGAAGCTAAATTGGTTTGTAA






Alignments
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lowQualScore                  :                333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   11  44444   1  11   222 333333333  3333333333333 2 11  2  11 2  1   33 1  77 1  22 11  1   3 1   3      
lowQualScore                  :                ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   ..  .....   .  ..   ... .........  ............. . ..  .  .. .  .   .. .  .. .  .. ..  .   . .   .      
lowQualScore                  :                111  1   1 1 44 1 1 1  1  0  44   44  55555   0  44   777 999999999  9999999999999 0 33  0  44 1  0   11 4  66 2  99 77  2   6 2   0      
consensus                     :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGN-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
Reference ( family-428 )      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GNGGC-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78422                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-GA--A-CT-GCA--GTGGA-G-AT--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78423                      :         cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCC-GC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-AA--C-CT-GCA--GTGGA-G-GAT-G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78424                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCA-CT--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--ATGAA-G-AA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :         cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CT--CAT---G---------CT--G-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78426                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----CCG-CC--CGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTAGA-G-AC--G--CT-AAA-T-TGaa
gi|78427                      :         cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG--AT-----CTG-CC--CTT---G---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGA-G-AA--G--CT-AAAGTATGA-TT
gi|78428                      :         cCACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------AC--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GAGGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TTA-TTTCTA
gi|78429                      :         cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG--AT-----CCG-CC--TAT---G---------CT--T-----A----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GA----G-AG--G--CT-AAA-T-CGA-TTTCTAa
gi|78430                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-C-AA-AT-CC--TAG--ATC----CCC-CC--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCAATGAGAA-A-AA--G--CT-AAA-C-TGA-TGTCaa
gi|78431                      :         cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CAC-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-T--GC-AA--A-TT-CCA--AT----G-AA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTTTA
gi|78432                      :         cCACGCC---CT-TCC-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--TT-----CTG-CC--CAT---G---------TA--C-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GC-------C-T-TA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78433                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA--AT-----CCG-TC--CAT---G---------CT--TTAAAAT----A-G--GCAAA--A-TT-GCA--GTCGA-G-AA--G--CT--AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78434                      :         cCACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AAGGC-G-AA--G--CT-GAATT-TGA-TTTATAaa
gi|78435                      :         cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA--AT-----CCG-TT--CAT---G---------CTTAT-----A----A-T--GC-AA--G-TT-GCA--GTGG
gi|78436                      :         cCACGCT---CT-TCG-A------T-G-AA-AT-CC--TAA--ATTGTATCCG-CC--CAT---G---------CT--T-----TTAG-A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTACA-G-AC--G--CT-AAA-T-Ta
gi|78437                      :         cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GTGG
gi|78438                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT-------------CT--T-----T----A----------------------TGG--G-AA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTTTAag
gi|78439                      :         cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT---T-----CTG-CC--CTTC--G---------CAA-T-----A----A-G--GC-AA--A-TC-GTATAGTGGGAG-AA--G--CT-AAA-T-TGATTTTCTA
gi|78440                      :         cCACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gaa
gi|78441                      :             cCT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78442                      :          ccacat---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CC--TC--CAT---G---------CT--T-----C----A-A--GC-AA--A-TT-GC
gi|78443                      : ccactgcttCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA--AT-----CCT-CC--CAT---G---------CT-------------A-A--GCAAA--A-TT-GCcggaggt
gi|78444                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-A
gi|78445                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGA---T-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-Atgtaccaatgga
gi|78446                      :              cC---CT-TTA-A-CA-C-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----C-G-CT--CAT---AAAATACGTACT--T-----TTAAAA-G--GC-AA--A-TT-GCA--TTGGA-G-AA--G--CT-GAA-T-
gi|78447                      :     ccatgCACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--AC-AA--A-TT-GCA--GAGGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78448                      :          CACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----ACT-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGC-A-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78449                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAA---G---------CT--TTGAA-C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78450                      :          CACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA--AT-----CCGTTC--CAT-------------CTAGT-----C----A-GATGC--A--A-TT-GCC--ATGGC-G-AA--G--CT-GGACT-TGA-TTACTAa
gi|78451                      :           ACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA--AT-----ACG-CCCGCGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC--A--A-TT-GCA--GTAGA-G-AC--G--CT-AAA-T-TGa
gi|78452                      :           ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CATGGAG---------C---------A----A-A--GC-AA--ATTT-GCA--AA----G-AATTA--CT-AAA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :            CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-TCA--GAGGC-G-AA--G--AT-GAA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :             GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATCATT----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--TC-AA--A-TT-G----GAGGC-GAAA--G--CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78455                      :               C---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG--AA-----TCG-CC--CAT---A---------GT--T-----C----A-G--AC-AACTA-TTTGCA--GAGGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGATTTTCTAaa
gi|78456                      :               C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CGT---A---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GAAGA-G-AC--G--CT-AAA-T-
gi|78457                      :                ---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA--AT-----CCG-CC-----------------------------------G--GC-AA--ATTT-GCA--GTAGA-G-AC--GGCCT-AAA-T-TG
gi|78458                      :                    T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AC-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GAGGC-G-AA--G--CT-GAA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                       CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----T----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GTGGA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                         T-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-T--GC-AA--A-TT-GCA--GAGGT-G-AA--G--CT-GAA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78461                      :                                         T-CC--TTA--AT-----CCA-CC--AAT---G---------CT--C-----A----A-G--GC-AA--A-GT-GCA--ACGAA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTGTAaa
gi|78462                      :                                                                     T---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GTGGC-A-AA--G--CT-GAT-T-TGA-TTTCTAa





Alignments
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lowQualScore                  :                333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   11  44444   1  11   222 333333333  3333333333333 2 11  2  11 2  1   111111  44 1  22 11  1   3 1   3      
lowQualScore                  :                ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   ..  .....   .  ..   ... .........  ............. . ..  .  .. .  .   ......  .. .  .. ..  .   . .   .      
lowQualScore                  :                111  1   1 1 44 1 1 1  1  0  44   44  55555   0  44   777 999999999  9999999999999 0 33  0  44 1  0   777777  11 2  99 77  2   6 2   0      
consensus                     :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
Reference ( family-428 )      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGN-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78422                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-GA--A-CT-GCA--GT--GGA-G-AT--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78423                      :         cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCC-GC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-AA--C-CT-GCA--GT--GGA-G-GAT-G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78424                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCA-CT--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AT--GAA-G-AA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :         cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CT--CAT---G---------CT--G-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78426                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----CCG-CC--CGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AGA-G-AC--G--CT-AAA-T-TGaa
gi|78427                      :         cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG--AT-----CTG-CC--CTT---G---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGA-G-AA--G--CT-AAAGTATGA-TT
gi|78428                      :         cCACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------AC--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TTA-TTTCTA
gi|78429                      :         cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG--AT-----CCG-CC--TAT---G---------CT--T-----A----A-G--GT-AA--A-TT-GCA-------GA-G-AG--G--CT-AAA-T-CGA-TTTCTAa
gi|78430                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-C-AA-AT-CC--TAG--ATC----CCC-CC--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--ATGAGAA-A-AA--G--CT-AAA-C-TGA-TGTCaa
gi|78431                      :         cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CAC-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-T--GC-AA--A-TT-CCA--AT------G-AA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTTTA
gi|78432                      :         cCACGCC---CT-TCC-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--TT-----CTG-CC--CAT---G---------TA--C-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCC--TT---------A--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78433                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA--AT-----CCG-TC--CAT---G---------CT--TTAAAAT----A-G--GCAAA--A-TT-GCA--GT--CGA-G-AA--G--CT--AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78434                      :         cCACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AA--GGC-G-AA--G--CT-GAATT-TGA-TTTATAaa
gi|78435                      :         cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA--AT-----CCG-TT--CAT---G---------CTTAT-----A----A-T--GC-AA--G-TT-GCA--GT--GG
gi|78436                      :         cCACGCT---CT-TCG-A------T-G-AA-AT-CC--TAA--ATTGTATCCG-CC--CAT---G---------CT--T-----TTAG-A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--ACA-G-AC--G--CT-AAA-T-Ta
gi|78437                      :         cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGA-G-
gi|78438                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT-------------CT--T-----T----A----------------------T--GG--G-AA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTTTA
gi|78439                      :         cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT---T-----CTG-CC--CTTC--G---------CAA-T-----A----A-G--GC-AA--A-TC-GTATAGT--GGGAG-AA--G--CT-AAA-T-TGATTTTCTA
gi|78440                      :         cCACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gaa
gi|78441                      :             cCT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78442                      :          ccacat---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CC--TC--CAT---G---------CT--T-----C----A-A--GC-AA--A-TT-GC
gi|78443                      : ccactgcttCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA--AT-----CCT-CC--CAT---G---------CT-------------A-A--GCAAA--A-TT-GCcggaggt
gi|78444                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-A
gi|78445                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGA---T-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-Atgtaccaatgga
gi|78446                      :              cC---CT-TTA-A-CA-C-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----C-G-CT--CAT---AAAATACGTACT--T-----TTAAAA-G--GC-AA--A-TT-GCA--TT--GGA-G-AA--G--CT-GAA-T-
gi|78447                      :     ccatgCACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--AC-AA--A-TT-GCA--GA--GGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78448                      :          CACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----ACT-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGC-A-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78449                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAA---G---------CT--TTGAA-C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78450                      :          CACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA--AT-----CCGTTC--CAT-------------CTAGT-----C----A-GATGC--A--A-TT-GCC--AT--GGC-G-AA--G--CT-GGACT-TGA-TTACTAa
gi|78451                      :           ACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA--AT-----ACG-CCCGCGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC--A--A-TT-GCA--GT--AGA-G-AC--G--CT-AAA-T-TGa
gi|78452                      :           ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CATGGAG---------C---------A----A-A--GC-AA--ATTT-GCA-------AA-G-AATTA--CT-AAA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :            CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-TCA--GA--GGC-G-AA--G--AT-GAA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :             GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATCATT----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--TC-AA--A-TT-GGA------GGC-GAAA--G--CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78455                      :               C---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG--AA-----TCG-CC--CAT---A---------GT--T-----C----A-G--AC-AACTA-TTTGCA--GA--GGC-G-AA--G--CT-GAA-T-TGATTTTCTAaa
gi|78456                      :               C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CGT---A---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GA--AGA-G-AC--G--CT-AAA-T-
gi|78457                      :                ---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA--AT-----CCG-CC-----------------------------------G--GC-AA--ATTT-GCA--GT--AGA-G-AC--GGCCT-AAA-T-TG
gi|78458                      :                    T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AC-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GGC-G-AA--G--CT-GAA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                       CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----T----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GT--GGA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                         T-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-T--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GGT-G-AA--G--CT-GAA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78461                      :                                         T-CC--TTA--AT-----CCA-CC--AAT---G---------CT--C-----A----A-G--GC-AA--A-GT-GCA--AC--GAA-G-AA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTGTAaa
gi|78462                      :                                                                     T---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GGC-A-AA--G--CT-GAT-T-TGA-TTTCTAa





Alignments
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lowQualScore                  :                333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   11  44444   1  11   222 333333333  3333333333333 2 11  2  11 2  1   11  11  11   22 11  1   3 1   3      
lowQualScore                  :                ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   ..  .....   .  ..   ... .........  ............. . ..  .  .. .  .   ..  ..  ..   .. ..  .   . .   .      
lowQualScore                  :                111  1   1 1 44 1 1 1  1  0  44   44  55555   0  44   777 999999999  9999999999999 0 33  0  44 0  0   55  55  99   99 77  2   6 2   0      
consensus                     :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
Reference ( family-428 )      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78422                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-GA--A-CT-GCA--GT--GG-AGAT--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78423                      :         cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCC-GC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-AA--C-CT-GCA--GT--GG-AGGAT-G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78424                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCA-CT--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AT--GA-AGAA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :         cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CT--CAT---G---------CT--G-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78426                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----CCG-CC--CGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGaa
gi|78427                      :         cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG--AT-----CTG-CC--CTT---G---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAAGTATGA-TT
gi|78428                      :         cCACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------AC--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TTA-TTTCTA
gi|78429                      :         cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG--AT-----CCG-CC--TAT---G---------CT--T-----A----A-G--GT-AA--A-TT-GCA-------G-AGAG--G--CT-AAA-T-CGA-TTTCTAa
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gi|78431                      :         cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CAC-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-T--GC-AA--A-TT-CCA--AT------GAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTTTA
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gi|78433                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA--AT-----CCG-TC--CAT---G---------CT--TTAAAAT----A-G--GCAAA--A-TT-GCA--GT--CG-AGAA--G--CT--AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78434                      :         cCACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AA--GG-CGAA--G--CT-GAATT-TGA-TTTATAaa
gi|78435                      :         cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA--AT-----CCG-TT--CAT---G---------CTTAT-----A----A-T--GC-AA--G-TT-GCA--GT--GG-A
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gi|78437                      :         cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AG
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gi|78439                      :         cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT---T-----CTG-CC--CTTC--G---------CAA-T-----A----A-G--GC-AA--A-TC-GTATAGT--GGGAGAA--G--CT-AAA-T-TGATTTTCTA
gi|78440                      :         cCACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gaa
gi|78441                      :             cCT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78442                      :          ccacat---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CC--TC--CAT---G---------CT--T-----C----A-A--GC-AA--A-TT-GC----C--GG-AG
gi|78443                      : ccactgcttCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA--AT-----CCT-CC--CAT---G---------CT-------------A-A--GCAAA--A-TT-GCgt
gi|78444                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-AT--G-TA-CCA--AT--GG-A
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gi|78447                      :     ccatgCACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--AC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78448                      :          CACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----ACT-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78449                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAA---G---------CT--TTGAA-C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78450                      :          CACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA--AT-----CCGTTC--CAT-------------CTAGT-----C----A-GATGC--A--A-TT-GCC--AT--GG-CGAA--G--CT-GGACT-TGA-TTACTAa
gi|78451                      :           ACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA--AT-----ACG-CCCGCGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC--A--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGa
gi|78452                      :           ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CATGGAG---------C---------A----A-A--GC-AA--ATTT-GCA-------A-AGAATTA--CT-AAA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :            CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-TCA--GA--GG-CGAA--G--AT-GAA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :             GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATCATT----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--TC-AA--A-TT-GGA--GG--CG-A-AA--G--CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78455                      :               C---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG--AA-----TCG-CC--CAT---A---------GT--T-----C----A-G--AC-AACTA-TTTGCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGATTTTCTAaa
gi|78456                      :               C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CGT---A---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GA--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-
gi|78457                      :                ---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA--AT-----CCG-CC-----------------------------------G--GC-AA--ATTT-GCA--GT--AG-AGAC--GGCCT-AAA-T-TG
gi|78458                      :                    T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AC-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                       CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----T----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                         T-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-T--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-TGAA--G--CT-GAA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78461                      :                                         T-CC--TTA--AT-----CCA-CC--AAT---G---------CT--C-----A----A-G--GC-AA--A-GT-GCA--AC--GA-AGAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTGTAaa
gi|78462                      :                                                                     T---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAT-T-TGA-TTTCTAa





Alignments
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lowQualScore                  :                333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   11  44444   1  11   222 333333333  3333333333333 2 11  2  11 2  1   11  11  11   22 11  1   3 1   3      
lowQualScore                  :                ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   ..  .....   .  ..   ... .........  ............. . ..  .  .. .  .   ..  ..  ..   .. ..  .   . .   .      
lowQualScore                  :                111  1   1 1 44 1 1 1  1  0  44   44  55555   0  44   777 999999999  9999999999999 0 33  0  44 0  0   55  55  99   99 77  2   6 2   0      
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Reference ( family-428 )      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78422                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-GA--A-CT-GCA--GT--GG-AGAT--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78423                      :         cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCC-GC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-AA--C-CT-GCA--GT--GG-AGGAT-G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78424                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCA-CT--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AT--GA-AGAA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :         cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CT--CAT---G---------CT--G-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78426                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----CCG-CC--CGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGaa
gi|78427                      :         cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG--AT-----CTG-CC--CTT---G---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAAGTATGA-TT
gi|78428                      :         cCACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------AC--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TTA-TTTCTA
gi|78429                      :         cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG--AT-----CCG-CC--TAT---G---------CT--T-----A----A-G--GT-AA--A-TT-GCA-------G-AGAG--G--CT-AAA-T-CGA-TTTCTAa
gi|78430                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-C-AA-AT-CC--TAG--ATC----CCC-CC--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--ATGAGA-AAAA--G--CT-AAA-C-TGA-TGTCaa
gi|78431                      :         cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CAC-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-T--GC-AA--A-TT-CCA--AT------GAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTTTA
gi|78432                      :         cCACGCC---CT-TCC-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--TT-----CTG-CC--CAT---G---------TA--C-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCC--TT--------A--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78433                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA--AT-----CCG-TC--CAT---G---------CT--TTAAAAT----A-G--GCAAA--A-TT-GCA--GT--CG-AGAA--G--CT--AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78434                      :         cCACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AA--GG-CGAA--G--CT-GAATT-TGA-TTTATAaa
gi|78435                      :         cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA--AT-----CCG-TT--CAT---G---------CTTAT-----A----A-T--GC-AA--G-TT-GCA--GT--GG-A
gi|78436                      :         cCACGCT---CT-TCG-A------T-G-AA-AT-CC--TAA--ATTGTATCCG-CC--CAT---G---------CT--T-----TTAG-A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AC-AGAC--G--CT-AAA-T-T
gi|78437                      :         cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AG
gi|78438                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT-------------CT--T-----T----A----------------------T--GG--GAA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTTTA
gi|78439                      :         cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT---T-----CTG-CC--CTTC--G---------CAA-T-----A----A-G--GC-AA--A-TC-GTATAGT--GGGAGAA--G--CT-AAA-T-TGATTTTCTA
gi|78440                      :         cCACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gaa
gi|78441                      :             cCT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78442                      :          ccacat---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CC--TC--CAT---G---------CT--T-----C----A-A--GC-AA--A-TT-GC----C--GG-AG
gi|78443                      : ccactgcttCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA--AT-----CCT-CC--CAT---G---------CT-------------A-A--GCAAA--A-TT-GCgt
gi|78444                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-AT--G-TA-CCA--AT--GG-A
gi|78445                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGA---T-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-A
gi|78446                      :              cC---CT-TTA-A-CA-C-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----C-G-CT--CAT---AAAATACGTACT--T-----TTAAAA-G--GC-AA--A-TT-GCA--TT--GG-AGAA--G--CT-GAA-T-
gi|78447                      :     ccatgCACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--AC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78448                      :          CACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----ACT-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78449                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAA---G---------CT--TTGAA-C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78450                      :          CACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA--AT-----CCGTTC--CAT-------------CTAGT-----C----A-GATGC--A--A-TT-GCC--AT--GG-CGAA--G--CT-GGACT-TGA-TTACTAa
gi|78451                      :           ACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA--AT-----ACG-CCCGCGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC--A--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGa
gi|78452                      :           ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CATGGAG---------C---------A----A-A--GC-AA--ATTT-GCA-------A-AGAATTA--CT-AAA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :            CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-TCA--GA--GG-CGAA--G--AT-GAA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :             GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATCATT----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--TC-AA--A-TT-GGA--GG--CG-A-AA--G--CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78455                      :               C---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG--AA-----TCG-CC--CAT---A---------GT--T-----C----A-G--AC-AACTA-TTTGCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGATTTTCTAaa
gi|78456                      :               C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CGT---A---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GA--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-
gi|78457                      :                ---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA--AT-----CCG-CC-----------------------------------G--GC-AA--ATTT-GCA--GT--AG-AGAC--GGCCT-AAA-T-TG
gi|78458                      :                    T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AC-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                       CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----T----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                         T-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-T--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-TGAA--G--CT-GAA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78461                      :                                         T-CC--TTA--AT-----CCA-CC--AAT---G---------CT--C-----A----A-G--GC-AA--A-GT-GCA--AC--GA-AGAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTGTAaa
gi|78462                      :                                                                     T---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAT-T-TGA-TTTCTAa


blockSeqs                     :                TCC  A   T T AC C T T  G  G  CC   TC  TGTAT   T  CG   GGA AAATACGTA  TTAAAAT       T AT  A  CT T  T   TA  GA  GA   TT GC  G   G A   T
blockSeqs                     :                T    .   . . A  . . .  .  .  .    .   C       .  .    C   .          TTTAAA        T .   A  .  T  .   .   .   A    T  .   .   T .   T
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   T       .  .    .   .          TTGAAC        . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   C .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TTTAG         . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TATA          . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          AATA          . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          AATA          . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          AGTC          . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TCT           . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          ATA           . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TCT           . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TCT           . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          GA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          CA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TT            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .   .
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   C    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   T    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   A    .  .   .   . .    
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TA            . .   .  .  .  .   .   .   C                      
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TT            . .   .  .  .  .   .   .   .                      
blockSeqs                     :                .    .   . . G  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .   .   .   .                      
blockSeqs                     :                     .   . . A  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          CA            . .   .  .  .  .   .   .   .                      
blockSeqs                     :                         . . .  . . .  .  .  .    .   .       .  .    .   .          TC            . .   .  .  .  .                                  
blockSeqs                     :                                          .  .    .   .       .  .    .   .          A             . .   .  .  .  .                                  
blockSeqs                     :                                          .  .    .   .       .  .    .   .          .             . .   .  .  .  .                                  
blockSeqs                     :                                                                      .   .          .             . .   .                                           


blockSeqCons                  :          
originalCons                  :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
finalCons                     :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     1111111111111                                                         
lowQualScore                  :                333  1   1 1 11 1 1 1  1  1  11   11  44444   1  11   222 333333333  3333333333333 2 11  2  11 2  1   11  11  11   22 11  1   3 1   3      
lowQualScore                  :                ...  .   . . .. . . .  .  .  ..   ..  .....   .  ..   ... .........  ............. . ..  .  .. .  .   ..  ..  ..   .. ..  .   . .   .      
lowQualScore                  :                111  1   1 1 44 1 1 1  1  0  44   44  55555   0  44   777 999999999  9999999999999 0 33  0  44 0  0   55  55  99   99 77  2   6 2   0      
consensus                     :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
Reference ( family-428 )      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----N----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78422                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-GA--A-CT-GCA--GT--GG-AGAT--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78423                      :         cCACGCC---CT--CT-A-CA-T---G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCC-GC--CAT---G---------CT--T-----A----T-G--GC-AA--C-CT-GCA--GT--GG-AGGAT-G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78424                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCA-CT--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AT--GA-AGAA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78425                      :         cCAAGCC---CGATCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CT--CAT---G---------CT--G-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78426                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----CCG-CC--CGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGaa
gi|78427                      :         cCACGCC---TT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAG--AT-----CTG-CC--CTT---G---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAAGTATGA-TT
gi|78428                      :         cCACACC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------AC--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TTA-TTTCTA
gi|78429                      :         cCACGCC---CT-TCT-T-TA-T-T-G-AA-GC-CC--TAG--AT-----CCG-CC--TAT---G---------CT--T-----A----A-G--GT-AA--A-TT-GCA-------G-AGAG--G--CT-AAA-T-CGA-TTTCTAa
gi|78430                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-C-AA-AT-CC--TAG--ATC----CCC-CC--CAT---G---------CT--T-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--ATGAGA-AAAA--G--CT-AAA-C-TGA-TGTCaa
gi|78431                      :         cCACGCT---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CAC-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-T--GC-AA--A-TT-CCA--AT------GAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTTTA
gi|78432                      :         cCACGCC---CT-TCC-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--TT-----CTG-CC--CAT---G---------TA--C-----A----A-G--GC-AA--A-TT-GCC--TT--------A--G--CT-AAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78433                      :         cCACGCT---CT-TCT-G-CA-T-T-A-AA-AA-CT--TAA--AT-----CCG-TC--CAT---G---------CT--TTAAAAT----A-G--GCAAA--A-TT-GCA--GT--CG-AGAA--G--CT--AA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78434                      :         cCACGCCTCCCT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TTA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--AA--GG-CGAA--G--CT-GAATT-TGA-TTTATAaa
gi|78435                      :         cCACGCC---CC-TCT-A-CA-T-C-G-AA-AT-TC--TAA--AT-----CCG-TT--CAT---G---------CTTAT-----A----A-T--GC-AA--G-TT-GCA--GT--GG-A
gi|78436                      :         cCACGCT---CT-TCG-A------T-G-AA-AT-CC--TAA--ATTGTATCCG-CC--CAT---G---------CT--T-----TTAG-A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--AC-AGAC--G--CT-AAA-T-T
gi|78437                      :         cCACGCA---TT-TCT-A-CA-A-T-G-AG-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AG
gi|78438                      :         cCACGCC---CT-TCT-A-CA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT-------------CT--T-----T----A----------------------T--GG--GAA--A--CT-AAA-T-TGA-TTTTTA
gi|78439                      :         cCACGCCT--CC-TCC-A-CA-T-T-A-AA-AT-CC--TAT---T-----CTG-CC--CTTC--G---------CAA-T-----A----A-G--GC-AA--A-TC-GTATAGT--GGGAGAA--G--CT-AAA-T-TGATTTTCTA
gi|78440                      :         cCACATC---CC-TCT-A-TA-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gaa
gi|78441                      :             cCT---CT-TCT-A-TA-T-T-GTAA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CTAAT-----A----A-G--AC-AA--T-TT-Gattttttatgatgtaaatgttataagatttttaaa
gi|78442                      :          ccacat---CT-TCTTA-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CC--TC--CAT---G---------CT--T-----C----A-A--GC-AA--A-TT-GC----C--GG-AG
gi|78443                      : ccactgcttCACGCC----T-TCT-A-TACT-T-G-AA-ATGCC--TAA--AT-----CCT-CC--CAT---G---------CT-------------A-A--GCAAA--A-TT-GCgt
gi|78444                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-AT--G-TA-CCA--AT--GG-A
gi|78445                      :         cCACGCT---CC-TCT-A-AA-A-T-A-AA-AT-CC--TGA---T-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----A----ATG--GC-A
gi|78446                      :              cC---CT-TTA-A-CA-C-T-G-AA-AT-CC--TGA--AT-----C-G-CT--CAT---AAAATACGTACT--T-----TTAAAA-G--GC-AA--A-TT-GCA--TT--GG-AGAA--G--CT-GAA-T-
gi|78447                      :     ccatgCACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--AC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78448                      :          CACGCC---CT-TAT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----ACT-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAA-T-TGA-TTTCTA
gi|78449                      :          CACGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-CT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAA---G---------CT--TTGAA-C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGA-TCTCTAa
gi|78450                      :          CACGCC---CT--CT-A-CA-T-TTG-AA-AT-GC--TAA--AT-----CCGTTC--CAT-------------CTAGT-----C----A-GATGC--A--A-TT-GCC--AT--GG-CGAA--G--CT-GGACT-TGA-TTACTAa
gi|78451                      :           ACACC---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-AC--TAA--AT-----ACG-CCCGCGT---G---------CT--T-----A----A-G--GC--A--A-TT-GCA--GT--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-TGa
gi|78452                      :           ACCCC---CC-TC--A-AA-C-T-G-AA-AT-CC--TGG--AT-----CCG-CC--CATGGAG---------C---------A----A-A--GC-AA--ATTT-GCA-------A-AGAATTA--CT-AAA-T-TAA-TTtgtttaaa
gi|78453                      :            CGCC---CT-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-TCA--GA--GG-CGAA--G--AT-GAA-T-TGA-TATCTA
gi|78454                      :             GCC---CT-TCT-ATCG-T-T-G-AAGAT-CCCCTAATCATT----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-G--TC-AA--A-TT-GGA--GG--CG-A-AA--G--CTGAAA-T-TGA-TTTCTAaa
gi|78455                      :               C---CT-TC--A-CG-TCT-G-CA-AT-CC--TAG--AA-----TCG-CC--CAT---A---------GT--T-----C----A-G--AC-AACTA-TTTGCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA-T-TGATTTTCTAaa
gi|78456                      :               C---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-AT-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CGT---A---------CT--T-----A----A-A--GC-AA--A-TT-GCA--GA--AG-AGAC--G--CT-AAA-T-
gi|78457                      :                ---CT-TCT-T-CG-A-T-G-AA-A--CC--TAA--AT-----CCG-CC-----------------------------------G--GC-AA--ATTT-GCA--GT--AG-AGAC--GGCCT-AAA-T-TG
gi|78458                      :                    T-TCT-A-CG-T-T-G-AA-AT-CC--TAA--AC-----CCG-CC--CAT---G---------CT--TC----T----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-CGAA--G--CT-GAA----GA-TTTCTA
gi|78459                      :                       CT-A-CA-T-T-G-AT-AT-CC--AAA--AT-----CTG-CC--CAT---G---------CA--T-----T----A-G--GT-AA--A-TT-GCA--GT--GG-AGAA--G--CT-AAA-T-TGA-CTTCTAaa
gi|78460                      :                                         T-CC--TAA--AT-----CCG-CC--CAT---G---------CT--T-----C----A-T--GC-AA--A-TT-GCA--GA--GG-TGAA--G--CT-GAA-T-TAA-TTTCTAaa
gi|78461                      :                                         T-CC--TTA--AT-----CCA-CC--AAT---G---------CT--C-----A----A-G--GC-AA--A-GT-GCA--AC--GA-AGAA--G--CT-AAA-T-TGG-TTTGTAaa
gi|78462                      :                                                                     T---G---------CT--T-----C----A-G--GC-AA--A-TT-GCA--GT--GG-CAAA--G--CT-GAT-T-TGA-TTTCTAa