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lowQualScore                  :        .      . ..    . .       . ........   ...   ...   . .. ..   .      . ... ...   ........ .. ....   .........  .......  .. ...      . .   .........   ...... ............    ....... ..  ..... .    .  ...  .  ........ . ..  ...... ...   ....   .....              .   .   
lowQualScore                  :        9      1 11    5 5       1 11111111   999   999   1 55 11   1      2 111 111   66666666 66 1111   999999999  5555555  77 000      7 5   555555555   777777 000000000000    8888888 33  88888 4    9  444  4  11111111 4 88  111111 222   7777   55555              3   4   
consensus                     : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-GN--N--A--A----AAG-TC------AAG-----ATT--TCC-TTCTTT-ATCCT---------ACC------A----AATG---TAAGAGA-----T--TA-----C-AACTGTG---AA-TT--------A-T-AGCGAAT--T---ATT----AAGT----TTTCATACAAGTTTCTGG-GTT
Reference ( gi|86588 )        : ATCAACA-CTTCGCCGCAAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-GC--A--A--A----AAG-TC------AAG-----ATT--TCC-TTCTTT-ACCCT---------ACC------A----TATG---AAAGAGG-----T--TA-----C-AACTATG---AA-TT--------A-T-AGCGAAA--T---ATT----AAGT----TTTCATACAAGTTTATGG-GTT
gi|86589                      : ATCAAAA-CTTCTCTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-GC--A--A--A----AAG-TC------AAG-----ATT--TCC-TTCTTT-ACCCT---------ACC------A----CATG---TAAGAGG-----T--TA-----C-AACTATG---AA-TT--------A-T-ATCGAAT--T---ATT----AAGT----TTTCATACA
gi|86593                      : ATCCACA-CGTCATTGCGAGTT-A-CGACCAT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTT-A---A---TCG-GG--T--A--A----AAGTTC------AAA-----ATT--TCC-TTCTTT-ACACT---------ACCAAACGTA----TACG---TAAGAGA-----T--TA-----C-AACTGTG---TA-TTATTGACCGA-T-AGCGAAT--T---ATT----AAGA----TTTCATACAAGTTTCTGG-GTTcttt
gi|86590                      : ATCCACA-TTTTGC-GAAAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG----TC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-AG--T--A--A----AAG-TA------AAA-----ATT--TCC-TTCTTT-ATCCT---------ACC------A----AATG---TAAGATA-----T--TA-----C-AACTGTG---TA-TT--------A-T-GGCGAAT--T---ATT----AAGA----TGTCACACAATTGTCTGG-GTT
gi|86594                      : ATCAACA-CTTCGCTGTGAGTT-A-TGTCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---GCA-GT--G--A--G----AAG-CC------AAG-----TTT--CCC-TTCTTT-ATCC----------ACC------AAATTTATT----ACGGTG-----T--TA-----C-AGATGCG---AA-AT--------A-T-GGCAAAT--T---ATT----AAG-----TTTCATACGAGTTTATGG-GCT
gi|86592                      : ATCCACA-CTTCACTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---ATC-A--G--CCA-AAGGTC-A---G---TCG-GG--T--A--A----AAG-TC------AAA-----ATT--TCC-TTCTTT-ATCCT---------ACC------A----AACG---TAAAAAA-----T--TA-----T-AACTGTG---TA-TT--------A-T-AGCGGAT--T---A
gi|86591                      : ATCCACA-CTT------AAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-AG--T--A--A----AAG-TA------AAA-----ATT--T-C-TTCTTT-A-CCT---------ACC------A----AACG---TAAGATA-----T--TA-----C-AACTGTT---TA-TT--------A-T-TGCGAAT--T---ATT----AAGA----TGTCACACAATTTTCTGG-
gi|86597                      : ATTAACA-CCTC--CGCGATTT-A-TGCCCCT-T--------CGT---GAG---GTG-A--G--TTT-TAGGTC-A---A---TTG-GT--G--A--A----TAG-CC------AAG-----ATT--TCA-TT-TTT-ATCCTTGCTAGTAGACC------A----ATTG---TAAGAAA-----T--TA-----C-AACTGTG---AA-TA--------A-T-AGCGTAT--T---ATT----AAAT----TTTCATACAAATGTACGG-GTT
gi|86596                      : ATTGACA-CTTCTTCATGAGTT-A-TGTCCCT-TAAAGGCTTTGC---AGG---GTC-A--G--CCC-AAGGTC-A---T---TCG-GT--T--A--A----AAG-TCGGTTAAAAGTCACAACT--TCC-TTCTTT-ATCCT---------ACC------A----AATG---TAAGAGA-----T--TT-----C-AACTGTG---AA-TT--------A-T-
gi|86595                      : ATCA-CA-CTTTGC-GAAAGTT-ATCGTCCCT-----------GC---GG-----TC-A--C--GCA-AAGGTC-A---A---TCG-AG--T--A--A----AAG-TA------AAA-----ATT--TCCTTTCTTT-ATCCT---------ACC------A----AACG---TAAGATA-----T--TA-----C-AACGGT-----A-TT--------A-T--TCG--A--T---ATT----GAGA----TGTCGCACAATTTTCTGG-GTT
gi|86600                      : ATCAACA-CTTCGACGCGAGTT-A-TCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-AT--A--A--A--------------------------------------------T---------GTC------T----TATG---TAAGAGA-----T--AA-----C-AACTAT-----A-T----------------------T---ATC----AAGC----TTTCTTACGAGTTTCTGG-GTT
gi|86599                      : ATCAATA-CTTCACCACGA-TT-A-TGTCCCT-T--------TG----------GTC-A--G--CCA-AAGGTC-ATTCA---TTG-----------A----AAG-TC------ATT-----AGT--TC----CTCT-ATCTT---------ACC------A----AAGG---AAAAA-------T--TA-----C-AAC--TG---AA-TT--------T-T-AGC-AAA--TTTAACT----AAGT----TTTCCCACAAAT---TGG-GTT
gi|86601                      : ATCGACA-CTTCGCTGTGAGTC-A-CATCCCT-A--------CGC---GGG---GTC-A--G--CAA-AAGGTC-A---A---TCA-AT--G--A--A----AAG-CC------AA------ATT--TTC-TTCTTT-A----------------------------------------A-----T--TA-----C-AACTGTG---AA-TT--------A-T-
gi|86598                      : ATCCACA-CTTTGC-G-AAGTT-A-CGTCCTT-T--------GGC---GGG---GTC-A--GCCCCA-AAAGTC-A---A---GCGAGT--A--A--A----AAG-TA------AAA-----ATT--T-C-TTCTTTAATCCT---------ACA------A-----ACG----TAGATA-----T--TA-----CTAACTGTGTAAAA-TTTG------ATT-GGCGATT--T---ATT----GAGA----TGTCACACA
gi|86602                      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTTCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--C
gi|86604                      : ATCAACA-CTCTGTGGAAAATT-A-CGTCCTT-T--------TAT---GGG---GTC-A--A--ATA-AAGGTC-T---A---TCG-TC--G--A--A----ATG-TC------AA------ATT--T
gi|86603                      : ATCAACA-CCTCGCCGAGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC----GG---GTC-A--t
gi|86605                      : ATCAACA-CATGACCAAGAGTT-A-TGCCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CTA-ATGGT
gi|86606                      :  TCAATG-CTTCGGCGTGAGGT-T-CGTTCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--T--CCA-ATGGgtattggat
gi|86607                      :   CAACAGCTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGA---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCG-GCAAA--A--A----AAG-TC------AAG-----ATT--TCC-TTCTTTAACCCTA--------ACC------A----CATG---AAAGGAG-----T--TA-----C-AACT-TG---AGTTT--------A-T-AGCCAAA--T---ATT----AAGT----TTTCATACAAGTTTATGGAGTTagtaaacttttcctactttccaaagtaggaatatataattatggctatcaag
gi|86608                      :   CAACA-CTTCGCAGCGAGTT-A-CGTCCCA-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-A---A---TCT-GT--G--A--A----AA---C------A-----------------TCTTT-ACCTT---------ACC------A----AATG---TAAGAGG-----C--AA-----C-AACTGTG---AA-TT--------A-T-AGCACAT--T---GTT----AAGT----TTTCTTACAGATTTCTGT-GTT
gi|86609                      :       A-CTTTGC-GAAAGTTTG-GGTCCCTGT--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-A--GTC-A---A---TCGAGT--A--A--G----AAG-TA------AAA-----A-T--TCC-TTC-TT-A-TCT---------ACA------A----AATGTA-AAAGATA-----T--TAG----C-AA-TGTG-------T--------A-TAAGCGAAT--T---ATT----AAG------GTCACACAATTTTCTGG-GTT
gi|86610                      :               CGTAAGTT-A-TGTCGCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-GATGTC-A---A---CTG-GG--T--A--A----AAG-TC------AAA-----ATT--T
gi|86613                      :                   AGTT-A-CCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTT-A--G--CCA-AAGATC-A---A---TCG-AG--T--A--A----AAG-TC------AAA-----ATT--TCC-TTCTT
gi|86611                      :                   AATT-A-TCCCCCT-T--------TGC---AAG---GTC-A--G--C-----------------------------A--A----AAC-TC------A----------------TTCTTT-ACCCT---------ACG------A----AATG---TGAGAGA-----G--TA-----C-TACT--G---AA-TG--------A-T-AGGTTAT--T---ATT----AAGA----TTTCATACAAGGTTATGA-GTT
gi|86614                      :                  gAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGG
gi|86612                      :                   AGTT-G-TGTCCCT-T--------AGT---GGG---ATCTA--C--CCG-AAGGCT-A---A---AAG-GA--A--A--T----AAA-TC------AAA-----ATTTCTCC-CTCTTT-ATGCT---------ACC------A----AATG---
gi|86615                      :                     gT-A-CGTCCCT-T--------TGCAGGGGA---GTC-A--AGTCCATAAGGTC-A---ATATTCG-AG--AGTA--A----AAG-TT------AAA-----A
gi|86617                      :                             CCCT-T--------TCT---GTG---GTC-A--G--CCT-AAGGTG-A---A---TGG-AT--G--A--T----TAG-AC------AAT-----TTT--TCC-ATCTTT-ACCCT---------ACC------A----AACG---TAAGGGG-----T--TA-----T-AACTGTA---AA-TC--------A-aatattgatccagatcttactgttaatccacaatcaaacctgtcaagatccattaacaactctgctgtattcattagtgaaatttattaagatgccacaacaattttctgggtt
gi|86616                      :                             CCCG-T--------TGC---GAG---GTC-A--G--CCA-ATGGTC-A---A---TCA-GA--T--A--A----ATG-GG------AAG-----AAA--CC----CTTT-ATCCT---------ACC------A----AATG---TAAGATA-----T--TG-----C-A--TCTG---AA-GT--------A-T-GGTGGAT--T---ATT----
gi|86618                      :                             CCAT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--TC----GGT------A---CC------------A----AAG-T----------------TT--TCC-TTCTTT-GTCCT---------TCC------A----AATT---TACCAAG-----T--TA-------AACTCTC---AA-TT--------A-T------AA--TC--ATT----AATTAGAATTTCGTACAAGTTTATGG-
gi|86619                      :                             CCAT-T--------TGC---AGA---GTC-A--G--TCA----GT------------A-GC--A--A--A------G-T----------------TT--TCC-TTCTGT-ATCCT---------ACC------A----AATC---TAAG--------T--T------C-AACTCCA---AA-TC--------A-T-A-----A--TC--ATT----GAATAGAATTTCATACAAGTTTATGG-
gi|86620                      :                              CCT-T--------TGC---AGG---GTC-A--G--TCA-AAGGTC-A---A---AGG-TC--A--ATCACTGTATG-CC------AAG------TT--T---TTCTTT-ACCTT---------ACC------AAAT-TATGTCTCAAGAGG-----T--TT-----C-AAATGTG---AC-TT--------A-T-AGCTAAT--T---AGT----AA-T----TTTCATACACGTTTATG
gi|86621                      :                              CCT-T--------TGC---AGGTCAGTC-AAGG--TCA-AAGGTCCA---A---TCA--C--T--G--T----ATG-CC------AAG-------T--T---TTCTTT-ACCTT---------ACC------AAAT-TATGTCTCAAGAGG-----T--TT-----C-AAATGTG---AC-TT--------A-T-AGCTAAT--T---AGT----AA-T----TTTCATACACGTTT
gi|86622                      :                              CCT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--CCA-AGGAT------------------------------AG-CC------AAG-----TTA--TCC-TTCTTT-GTCCT---------ACC------A----AATT---AAt
gi|86623                      :                               CT-T--------TGA---GGG---GTC-T--A--CCA-AAGGTA-A---A---TCT-GT--A--A--A----AAG-TT------AAA-----AT------------------C---------ACC------A----AATG---TAAGAGA-----T--TA-----C-AGCAGTG---AA-Tg
gi|86624                      :                                            GC---GGG---GTC-A--G--CCA-AAGGTC-----A---TCGAGT--A--A--AAT--AAG---------AAA-----ATT--TCC-TTCTTT-ATCCT---------ACA------A-----ACG---TAAGATA-----TTATA-----C-AACTGTG---TA-TT--------A-T-TGCGAAT--T---ACT----GAGA----TGTCACATCATTTTCTGG-GTT
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Alignments
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lowQualScore                  :        8      4 3     4 4       1 00000000   999   999   1 55 55  55 1      1  999  777777777  6666666   1  222222  7777777  55  999999  4  2  4 3   999999999  111   444444 66 111  555 77 2  99999999999 22 2 44444 2       8888  3  77777777 7 99  555  11  11   4444   44444      7        5   1   
consensus                     : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--NNAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
Reference ( family-427 )      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--NNAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
gi|86588                      : ATCAACA-CTTCGCCGCAAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--CAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAT------A--T---GA---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-AACTATG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--AT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTATGG-GTT
gi|86589                      : ATCAAAA-CTTCTCTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--CAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAC------A--T---GT---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-AACTATG----AA-TT--------A-T-ATC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACA
gi|86590                      : ATCCACA-TTTTGC-GAAAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG----TC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----TA-TT--------A-T-GGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TGTCAC-ACAATTGTCTGG-GTTcttt
gi|86591                      : ATCCACA-CTT------AAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--T------CTT-CT-TT-A-CCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACTGTT----TA-TT--------A-T-TGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TGTCAC-ACAATTTTCTGG-
gi|86592                      : ATCCACA-CTTCACTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---ATC-A--G--CC--A-AAGGTC-AG---TC--G-G--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-AA--A--A-----T--T-A-----T-AACTGTG----TA-TT--------A-T-AGC--GGA--TT--A
gi|86593                      : ATCCACA-CGTCATTGCGAGTT-A-CGACCAT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTT-AA---TC--G-G--GTAA-------AAGTTC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACACT---------AC---CAAACGTATA--C---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----TA-TTATTGACCGA-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
gi|86594                      : ATCAACA-CTTCGCTGTGAGTT-A-TGTCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---GC--A-G--TGAG-------AAG-CC------AAG-----TTT--CC-----CTT-CT-TT-ATCC----------AC---CAA------A--T---TT---ATTACGG--T--G-----T--T-A-----C-AGATGCG----AA-AT--------A-T-GGC--AAA--TT--ATT----AAG-----TTTCAT-ACGAGTTTATGG-GCT
gi|86595                      : ATCA-CA-CTTTGC-GAAAGTT-ATCGTCCCT-----------GC---GG-----TC-A--C--GC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC-----CTTTCT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACGGT------A-TT--------A-T--TC--GA----T--ATT----GAGA----TGTCGC-ACAATTTTCTGG-GTT
gi|86596                      : ATTGACA-CTTCTTCATGAGTT-A-TGTCCCT-TAAAGGCTTTGC---AGG---GTC-A--G--CC--C-AAGGTC-AT---TC--G-G--TTAA-------AAG-TCGGTTAAAAGTCACAACT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-T-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-
gi|86597                      : ATTAACA-CCTC--CGCGATTT-A-TGCCCCT-T--------CGT---GAG---GTG-A--G--TT--T-TAGGTC-AA---TT--G-G--TGAA-------TAG-CC------AAG-----ATT--TC-----ATT--T-TT-ATCCTTGCTAGTAGAC---CAA------T--T---GT---A--A-GA--A--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TA--------A-T-AGC--GTA--TT--ATT----AAAT----TTTCAT-ACAAATGTACGG-GTT
gi|86598                      : ATCCACA-CTTTGC-G-AAGTT-A-CGTCCTT-T--------GGC---GGG---GTC-A--G--CCCCA-AAAGTC-AA---GC--GAG--TAAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC------TT-CT-TTAATCCT---------A----CAA------A--C---GT------A-GA--T--A-----T--T-A-----CTAACTGTGTAA-AA-TTTG------ATT-GGC--GAT--TT--ATT----GAGA----TGTCAC-ACA
gi|86599                      : ATCAATA-CTTCACCACGA-TT-A-TGTCCCT-T--------TG----------GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AT---TC----A--TTGA-------AAG-TC------ATT-----AGT--TC---------CT-CT-ATCTT---------AC---CAA------A--G---G-------A-AA--A--A-----T--T-A-----C-AAC--TG----AA-TT--------T-T-AGC--AAA--TTTAACT----AAGT----TTTCCC-ACAAAT---TGG-GTT
gi|86600                      : ATCAACA-CTTCGACGCGAGTT-A-TCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC----G--ATAA-------ATG-TC---------------TT-----------------------------------------------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--A-A-----C-AACTAT-----------------------------A--TT--ATC----AAGC----TTTCTT-ACGAGTTTCTGG-GTT
gi|86601                      : ATCGACA-CTTCGCTGTGAGTC-A-CATCCCT-A--------CGC---GGG---GTC-A--G--CA--A-AAGGTC-AA---TC--A-A--TGAA-------AAG-CC------AA------ATT--TT-----CTT-CT-TT-A---------------------------------------------------A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-
gi|86602                      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTTCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--C
gi|86603                      : ATCAACA-CCTCGCCGAGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC----GG---GTC-A--
gi|86604                      : ATCAACA-CTCTGTGGAAAATT-A-CGTCCTT-T--------TAT---GGG---GTC-A--A--AT--A-AAGGTC-TA---TC--G-T--CGAA-------ATG-TC------AA------ATT--T
gi|86605                      : ATCAACA-CATGACCAAGAGTT-A-TGCCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CT--A-ATGGTt
gi|86606                      :  TCAATG-CTTCGGCGTGAGGT-T-CGTTCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--T--CC--A-ATGG-----------------------------AG-TA------AAC-----TTT--TC-----CTA-CT-TT----------------C---CAA------A------GT---A--G-GA-----A-----TA-T-A-----T-AATTATG----gtattggat
gi|86607                      :   CAACAGCTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGA---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-GCAAAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TTAACCCTA--------AC---CAC------A--T---GA---A--A-GG--A--G-----T--T-A-----C-AACT-TG----AGTTT--------A-T-AGC--CAA--AT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTATGGAGTTgctatcaag
gi|86608                      :   CAACA-CTTCGCAGCGAGTT-A-CGTCCCA-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--T-G--TGAA-------AA---C------A---------------------T-CT-TT-ACCTT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--G-----C--A-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--ACA--TT--GTT----AAGT----TTTCTT-ACAGATTTCTGT-GTT
gi|86609                      :       A-CTTTGC-GAAAGTTTG-GGTCCCTGT--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-A--GTC-AA---TC--GAG--TAAG-------AAG-TA------AAA-----ATT---C-----CTT-C--TT-AT-CT---------AC---AAA------A--T---GT---A--A-AA--GATA-----T--T-AG----C-AA-TGTG--------T--------A-TAAGC--GAA--TT--ATT----AAG------GTCAC-ACAATTTTCTGG-GTT
gi|86610                      :               CGTAAGTT-A-TGTCGCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-GATGTC-AA---CT--G-G--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--T
gi|86611                      :                  GAATT-A-TCCCCCT-T--------TGC---AAG---GTC-A--G--C----------------------------AA-------AAC-TC------A--------------------TT-CT-TT-ACCCT---------AC---GAA------A--T---GT---G--A-GA--G--A-----G--T-A-----C-TAC--TG----AA-TG--------A-T-AGG--TTA--TT--ATT----AAGA----TTTCAT-ACAAGGTTATGA-GTT
gi|86612                      :                  GAGTT-G-TGTCCCT-T--------AGT---GGG---ATCTA--C--CC--G-AAGGCT-AA---AA--G-G--AAAT-------AAA-TC------AAA-----ATT--TCTC---CCT-CT-TT-ATGCT---------AC---CAA------A--T---G
gi|86613                      :                   AGTT-A-CCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTT-A--G--CC--A-AAGATC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-T
gi|86614                      :                   AGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGG
gi|86615                      :                      T-A-CGTCCCT-T--------TGCAGGGGA---GTC-A--AGTCC--ATAAGGTC-AATATTCGAG-A--GTAA-------AAG-TT------AAAAAAT-ATTGATCCAGATCTTACTGTT-AATCC---------ACAATCAA------ACCT---GTC--A--A-GATCC--A-----T--TAA-----C-AACTCTGCTGTAT-TC--------ATT-AGT--GAAATTT--ATT----AAGA----TGCCACAACAATTTTCTGG-GTT
gi|86616                      :                             CCCG-T--------TGC---GAG---GTC-A--G--CC--A-ATGGTC-AA---TC--A-G--ATAA-------ATG-GG------AAG-----AAA--CC---------CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-G-----C-A--TCTG----AA-GT--------A-T-GGT--GGA--TT--ATT----
gi|86617                      :                             CCCT-T--------TCT---GTG---GTC-A--G--CC--T-AAGGTG-AA---TG--G-A--TGAT-------TAG-AC------AAT-----TTT--TC-----CAT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GG--G--G-----T--T-A-----T-AACTGTA----AA-TC--------A-
gi|86618                      :                             CCAT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--TC------GGT---A---CC----------A-------AAG-T----------------TT--TC-----CTT-CT-TT-GTCCT---------TC---CAA------A--T---TT---A--C-CA--A--G-----T--T-A-------AACTCTC----AA-TT--------A-T-------AA--TC--ATT----AATTAGAATTTCGT-ACAAGTTTATGG-
gi|86619                      :                             CCAT-T--------TGC---AGA---GTC-A--G--TC--A----GT---A---GC----------A-------AAG-T----------------TT--TC-----CTT-CT-GT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---CT---A--A-G------------T--T-------C-AACTCCA----AA-TC--------A-T-------AA--TC--ATT----GAATAGAATTTCAT-ACAAGTTTATGG-
gi|86620                      :                              CCT-T--------TGC---AGG---GTC-A--G--TC--A-AAGGTC-AA----A--G-G--TCAATCACTGTATG-CC------AAG------TT--T-------TT-CT-TT-ACCTT---------AC---CAAATT---A--T---GTCTCA--A-GA--G--G-----T--T-T-----C-AAATGTG----AC-TT--------A-T-AGC--TAA--TT--AGT----AA-T----TTTCAT-ACACGTTTATG
gi|86621                      :                              CCT-T--------TGC---AGGTCAGTC-AAGG--TC--A-AAGGTCCAA---TC--A----CTGT-------ATG-CC------AAG-------T--T-------TT-CT-TT-ACCTT---------AC---CAA------A--TTATGTCTCA--A-GA--G--G-----T--T-T-----C-AAATGTG----AC-TT--------A-T-AGC--TAA--TT--AGT----AA-T----TTTCAT-ACACGTTT
gi|86622                      :                              CCT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--CC--A-AGGAT----------------------------AG-CC------AAG-----TTA--TC-----CTT-CT-TT-GTCCT---------AC---CAA------A--T----T---A--A-Gt
gi|86623                      :                               CT-T--------TGA---GGG---GTC-T--A--CC--A-AAGGTA-AA---TC--T-G--TAAA-------AAG-TT------AAA-----ATC---------------------------------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AGCAGTG----AA-T
gi|86624                      :                                            GC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC--A---TC--G-A--GTAAAAT----AAG---------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------A----CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----TTAT-A-----C-AACTGTG----TA-TT--------A-T-TGC--GAA--TT--ACT----GAGA----TGTCAC-ATCATTTTCTGG-GTT
gi|86625                      :                                                               --CC--A-AATGTC-AA---T---G-G--TGAA-------AAG-CC------AAG------------------TT-CT-TT-ACTCT---------TC---CGC------A--T---GT---A--A-AA--T--G-----T--A-A-----C-TACAGTG----AA-TT--------A-T-ATCTATAG--CT--ATT----AAG
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Alignments
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lowQualScore                  :        .      . .     . .       . ........   ...   ...   . .. ..  .. .      .  ...  .........  .......   .  ......  .......  ..  ......  .  .  . .   .........  ...   ...... .. ...  ... .. .  ........... .. . ..... .       ....  .  ........ . ..  ...  ..  ..   ....   .....      .        .   .   
lowQualScore                  :        8      4 3     4 4       1 00000000   999   999   1 55 55  55 1      1  999  777777777  6666666   1  222222  7777777  55  999999  4  2  4 3   999999999  111   444444 66 111  555 77 2  99999999999 22 2 44444 2       8888  3  77777777 7 99  555  11  11   4444   44444      7        5   1   
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Reference ( family-427 )      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--NNAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
gi|86588                      : ATCAACA-CTTCGCCGCAAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--CAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAT------A--T---GA---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-AACTATG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--AT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTATGG-GTT
gi|86589                      : ATCAAAA-CTTCTCTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--CAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAC------A--T---GT---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-AACTATG----AA-TT--------A-T-ATC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACA
gi|86590                      : ATCCACA-TTTTGC-GAAAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG----TC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----TA-TT--------A-T-GGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TGTCAC-ACAATTGTCTGG-GTTcttt
gi|86591                      : ATCCACA-CTT------AAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--T------CTT-CT-TT-A-CCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACTGTT----TA-TT--------A-T-TGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TGTCAC-ACAATTTTCTGG-
gi|86592                      : ATCCACA-CTTCACTGCGAGTT-A-CGCCCCT-T--------TGC---GGG---ATC-A--G--CC--A-AAGGTC-AG---TC--G-G--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-AA--A--A-----T--T-A-----T-AACTGTG----TA-TT--------A-T-AGC--GGA--TT--A
gi|86593                      : ATCCACA-CGTCATTGCGAGTT-A-CGACCAT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTT-AA---TC--G-G--GTAA-------AAGTTC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACACT---------AC---CAAACGTATA--C---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----TA-TTATTGACCGA-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGA----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
gi|86594                      : ATCAACA-CTTCGCTGTGAGTT-A-TGTCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---GC--A-G--TGAG-------AAG-CC------AAG-----TTT--CC-----CTT-CT-TT-ATCC----------AC---CAA------A--T---TT---ATTACGG--T--G-----T--T-A-----C-AGATGCG----AA-AT--------A-T-GGC--AAA--TT--ATT----AAG-----TTTCAT-ACGAGTTTATGG-GCT
gi|86595                      : ATCA-CA-CTTTGC-GAAAGTT-ATCGTCCCT-----------GC---GG-----TC-A--C--GC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC-----CTTTCT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACGGT------A-TT--------A-T--TC--GA----T--ATT----GAGA----TGTCGC-ACAATTTTCTGG-GTT
gi|86596                      : ATTGACA-CTTCTTCATGAGTT-A-TGTCCCT-TAAAGGCTTTGC---AGG---GTC-A--G--CC--C-AAGGTC-AT---TC--G-G--TTAA-------AAG-TCGGTTAAAAGTCACAACT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-T-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-
gi|86597                      : ATTAACA-CCTC--CGCGATTT-A-TGCCCCT-T--------CGT---GAG---GTG-A--G--TT--T-TAGGTC-AA---TT--G-G--TGAA-------TAG-CC------AAG-----ATT--TC-----ATT--T-TT-ATCCTTGCTAGTAGAC---CAA------T--T---GT---A--A-GA--A--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TA--------A-T-AGC--GTA--TT--ATT----AAAT----TTTCAT-ACAAATGTACGG-GTT
gi|86598                      : ATCCACA-CTTTGC-G-AAGTT-A-CGTCCTT-T--------GGC---GGG---GTC-A--G--CCCCA-AAAGTC-AA---GC--GAG--TAAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC------TT-CT-TTAATCCT---------A----CAA------A--C---GT------A-GA--T--A-----T--T-A-----CTAACTGTGTAA-AA-TTTG------ATT-GGC--GAT--TT--ATT----GAGA----TGTCAC-ACA
gi|86599                      : ATCAATA-CTTCACCACGA-TT-A-TGTCCCT-T--------TG----------GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AT---TC----A--TTGA-------AAG-TC------ATT-----AGT--TC---------CT-CT-ATCTT---------AC---CAA------A--G---G-------A-AA--A--A-----T--T-A-----C-AAC--TG----AA-TT--------T-T-AGC--AAA--TTTAACT----AAGT----TTTCCC-ACAAAT---TGG-GTT
gi|86600                      : ATCAACA-CTTCGACGCGAGTT-A-TCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC----G--ATAA-------ATG-TC---------------TT-----------------------------------------------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--A-A-----C-AACTAT-----------------------------A--TT--ATC----AAGC----TTTCTT-ACGAGTTTCTGG-GTT
gi|86601                      : ATCGACA-CTTCGCTGTGAGTC-A-CATCCCT-A--------CGC---GGG---GTC-A--G--CA--A-AAGGTC-AA---TC--A-A--TGAA-------AAG-CC------AA------ATT--TT-----CTT-CT-TT-A---------------------------------------------------A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-
gi|86602                      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTTCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--C
gi|86603                      : ATCAACA-CCTCGCCGAGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC----GG---GTC-A--
gi|86604                      : ATCAACA-CTCTGTGGAAAATT-A-CGTCCTT-T--------TAT---GGG---GTC-A--A--AT--A-AAGGTC-TA---TC--G-T--CGAA-------ATG-TC------AA------ATT--T
gi|86605                      : ATCAACA-CATGACCAAGAGTT-A-TGCCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CT--A-ATGGTt
gi|86606                      :  TCAATG-CTTCGGCGTGAGGT-T-CGTTCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--T--CC--A-ATGG-----------------------------AG-TA------AAC-----TTT--TC-----CTA-CT-TT----------------C---CAA------A------GT---A--G-GA-----A-----TA-T-A-----T-AATTATG----gtattggat
gi|86607                      :   CAACAGCTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGA---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-GCAAAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TTAACCCTA--------AC---CAC------A--T---GA---A--A-GG--A--G-----T--T-A-----C-AACT-TG----AGTTT--------A-T-AGC--CAA--AT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTATGGAGTTgctatcaag
gi|86608                      :   CAACA-CTTCGCAGCGAGTT-A-CGTCCCA-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--T-G--TGAA-------AA---C------A---------------------T-CT-TT-ACCTT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--G-----C--A-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--ACA--TT--GTT----AAGT----TTTCTT-ACAGATTTCTGT-GTT
gi|86609                      :       A-CTTTGC-GAAAGTTTG-GGTCCCTGT--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-A--GTC-AA---TC--GAG--TAAG-------AAG-TA------AAA-----ATT---C-----CTT-C--TT-AT-CT---------AC---AAA------A--T---GT---A--A-AA--GATA-----T--T-AG----C-AA-TGTG--------T--------A-TAAGC--GAA--TT--ATT----AAG------GTCAC-ACAATTTTCTGG-GTT
gi|86610                      :               CGTAAGTT-A-TGTCGCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-GATGTC-AA---CT--G-G--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--T
gi|86611                      :                  GAATT-A-TCCCCCT-T--------TGC---AAG---GTC-A--G--C----------------------------AA-------AAC-TC------A--------------------TT-CT-TT-ACCCT---------AC---GAA------A--T---GT---G--A-GA--G--A-----G--T-A-----C-TAC--TG----AA-TG--------A-T-AGG--TTA--TT--ATT----AAGA----TTTCAT-ACAAGGTTATGA-GTT
gi|86612                      :                  GAGTT-G-TGTCCCT-T--------AGT---GGG---ATCTA--C--CC--G-AAGGCT-AA---AA--G-G--AAAT-------AAA-TC------AAA-----ATT--TCTC---CCT-CT-TT-ATGCT---------AC---CAA------A--T---G
gi|86613                      :                   AGTT-A-CCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTT-A--G--CC--A-AAGATC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-T
gi|86614                      :                   AGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGG
gi|86615                      :                      T-A-CGTCCCT-T--------TGCAGGGGA---GTC-A--AGTCC--ATAAGGTC-AATATTCGAG-A--GTAA-------AAG-TT------AAAAAAT-ATTGATCCAGATCTTACTGTT-AATCC---------ACAATCAA------ACCT---GTC--A--A-GATCC--A-----T--TAA-----C-AACTCTGCTGTAT-TC--------ATT-AGT--GAAATTT--ATT----AAGA----TGCCACAACAATTTTCTGG-GTT
gi|86616                      :                             CCCG-T--------TGC---GAG---GTC-A--G--CC--A-ATGGTC-AA---TC--A-G--ATAA-------ATG-GG------AAG-----AAA--CC---------CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-G-----C-A--TCTG----AA-GT--------A-T-GGT--GGA--TT--ATT----
gi|86617                      :                             CCCT-T--------TCT---GTG---GTC-A--G--CC--T-AAGGTG-AA---TG--G-A--TGAT-------TAG-AC------AAT-----TTT--TC-----CAT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GG--G--G-----T--T-A-----T-AACTGTA----AA-TC--------A-
gi|86618                      :                             CCAT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--TC------GGT---A---CC----------A-------AAG-T----------------TT--TC-----CTT-CT-TT-GTCCT---------TC---CAA------A--T---TT---A--C-CA--A--G-----T--T-A-------AACTCTC----AA-TT--------A-T-------AA--TC--ATT----AATTAGAATTTCGT-ACAAGTTTATGG-
gi|86619                      :                             CCAT-T--------TGC---AGA---GTC-A--G--TC--A----GT---A---GC----------A-------AAG-T----------------TT--TC-----CTT-CT-GT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---CT---A--A-G------------T--T-------C-AACTCCA----AA-TC--------A-T-------AA--TC--ATT----GAATAGAATTTCAT-ACAAGTTTATGG-
gi|86620                      :                              CCT-T--------TGC---AGG---GTC-A--G--TC--A-AAGGTC-AA----A--G-G--TCAATCACTGTATG-CC------AAG------TT--T-------TT-CT-TT-ACCTT---------AC---CAAATT---A--T---GTCTCA--A-GA--G--G-----T--T-T-----C-AAATGTG----AC-TT--------A-T-AGC--TAA--TT--AGT----AA-T----TTTCAT-ACACGTTTATG
gi|86621                      :                              CCT-T--------TGC---AGGTCAGTC-AAGG--TC--A-AAGGTCCAA---TC--A----CTGT-------ATG-CC------AAG-------T--T-------TT-CT-TT-ACCTT---------AC---CAA------A--TTATGTCTCA--A-GA--G--G-----T--T-T-----C-AAATGTG----AC-TT--------A-T-AGC--TAA--TT--AGT----AA-T----TTTCAT-ACACGTTT
gi|86622                      :                              CCT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--CC--A-AGGAT----------------------------AG-CC------AAG-----TTA--TC-----CTT-CT-TT-GTCCT---------AC---CAA------A--T----T---A--A-Gt
gi|86623                      :                               CT-T--------TGA---GGG---GTC-T--A--CC--A-AAGGTA-AA---TC--T-G--TAAA-------AAG-TT------AAA-----ATC---------------------------------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AGCAGTG----AA-T
gi|86624                      :                                            GC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC--A---TC--G-A--GTAAAAT----AAG---------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------A----CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----TTAT-A-----C-AACTGTG----TA-TT--------A-T-TGC--GAA--TT--ACT----GAGA----TGTCAC-ATCATTTTCTGG-GTT
gi|86625                      :                                                               --CC--A-AATGTC-AA---T---G-G--TGAA-------AAG-CC------AAG------------------TT-CT-TT-ACTCT---------TC---CGC------A--T---GT---A--A-AA--T--G-----T--A-A-----C-TACAGTG----AA-TT--------A-T-ATCTATAG--CT--ATT----AAG
gi|86626                      :                                                                        AGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-CA------AAA-----ATG--TC-----CTT-----T-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-ACAAGTC-AACTCTG----TA-CT--------A-T-AGC--
gi|86627                      :                                                                          GTC-AA---TT--G-T--TTAA-------TAG-TC------AAG-----TTT--TC-----CTT-CT-TT-AATCT---------TC---GAA------A--T---TT---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-ATCTGTG----AA-TT--------A-T-AGC-------TT--ATT----AATTAGA-CTTCAT-ACAAGTTTATAG-GTT
gi|86628                      :                                                                                                                                                      ---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--AAAACATG-T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------C-T-AGC--CAA--TT--ATTTTTAAAGT----TTTTAT-ACAAGTTCCTGG-GTT


blockSeqs                     :        G      T C     T T       G AAAGGCTT   AGG   TCA   T AG GT  CC T      C  TAT  GGCAAA     TCACTGT   T  GGTTAA  GTCACAA  GA  CAGATC  T  G  A C   TGCTAGTAG  AAT   ACGTAT CC TAT  CTC TT C  GAAAACA     TA A CAAGT T       CTGT  T  ATTGACCG T AA  TAT  AT  TA   TTTA   TAGAA      A        C   A
blockSeqs                     :        .      T A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGAGT     AAT       .  .       AAAATA   .   TCC     A  .  A T   A          .     ATT    .  .    CTC .  .  GATA        A  . G     .       TAA   .  TG       T A   G    .   .    .      TAGAA      .        C   .
blockSeqs                     :        .      T C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGTA      .         .  .       GA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    C   .  .  TCCA        G  . .     .       .     .  .        . G   G    .   .    .      TAGA       .        C   .
blockSeqs                     :        .      T C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGTA      .         .  .       AA       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        . T   G    .   .    .      T          .        A   .
blockSeqs                     :        .      C T     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGCA       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      A          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      A          .        A   .
blockSeqs                     :        .      C T     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  AA          .  . .     .       .     .  .        . G   A    .   .    .      A          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGGT       .         .  .       GT       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GA          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      A          .        A   .
blockSeqs                     :        .      T C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGGT       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TG          .  . .     .       .     .  .        . G   G    .   .    .      T          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    AGTG       .         .  .       GA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      A          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C T     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       AA       .   A       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  GA          .  . .     .       .     .  .        . A   A    .   .    .      T          .        A   .
blockSeqs                     :        .      G C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGTT       .         .  .       TA       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  AA          .  . .     .       .     .  .        . A   C    .   .    .      C          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGTG       .         .  .       CT       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . A   A    .   .    .      T          .        A   .
blockSeqs                     :        .      C A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    AATG       .         .  .       GA       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  AA          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      T          .        A   .
blockSeqs                     :        .      C A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GTCG       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GA          .  . .     .       .     .  .        . G   T    .   .    .      A          .        A   .
blockSeqs                     :        .      A T     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    TGTG       .         .  .       AA       .   C       .  .  . A   .          .     .      .  .    .   .  .  AG          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      A          .        C   .
blockSeqs                     :        .      C C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGGT       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      T          .        A   .
blockSeqs                     :        .      . C     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGAA       .         .  .       AA       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  GA          .  . .     .       .     .  .        . T   T    .   .    .      T          .        C   .
blockSeqs                     :        .      . A     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       GA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . A   T    .   .    .      A          .        .    
blockSeqs                     :        .      . T     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    AGAT       .         .  .       TT       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        . A   G    .   .    .      T          .             
blockSeqs                     :        .      . .     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GATG       .         .  .       GT       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  AG          .  . .     .       .     .  .        . A   C    .   .    .      .          .             
blockSeqs                     :               . .     . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGTC       .         .  .       AA       .   C       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        . A   .    .   .    .      .          .             
blockSeqs                     :                       . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    TGTA       .         .  .       AA       .   C       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        . .   .    .   .    .                               
blockSeqs                     :                       . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       AA       .   .       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  GA          .  . .     .       .     .  .        . .   .    .   .    .                               
blockSeqs                     :                       . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GGTG       .         .  .       GT       .   .       .  .  . C   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        . .   .    .   .                                    
blockSeqs                     :                       . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAGT       .         .  .       A        .   .       .  .  . T   .          .     .      .  .    .   .  .  TG          .  . .     .       .     .  .        . .                                                 
blockSeqs                     :                       . .       . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GTTT       .         .  .       A        .   .       .  .  . A   .          .     .      .  .    .   .  .  TA          .  . .     .       .     .  .        .                                                   
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    ATT        .         .  .       G        .   .       .  .  . .   .          .     .      .  .    .   .  .  GG          .  . .     .       .     .  .        .                                                   
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    GAT        .         .  .       G        .   .       .  .  . .   .          .     .      .  .    .   .  .  A           .  . .     .       .     .  .        .                                                   
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    ACT        .         .  .       G        .   .       .  .  . .   .          .     .      .  .    .   .  .  A           .  . .     .       .     .                                                               
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    .          .         .  .       .        .   .       .  .  . .   .          .     .      .  .    .   .  .  .           .  . .     .       .                                                                     
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    .          .         .  .       .        .   .       .  .  . .   .          .     .      .  .    .   .  .                                                                                                       
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    .          .         .  .       .        .   .       .  .        .          .     .      .  .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    .          .         .  .       .        .                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                 . .          .     .     . .  .   .  .      .  .    .          .         .  .       .        .                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                              .     .     . .  .                                                                                                                                                                                                                                     


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Reference ( family-427 )      : ATCAACA-CTTCGCCGCGAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--NNAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--TT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTCTGG-GTT
gi|86588                      : ATCAACA-CTTCGCCGCAAGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--G-G--CAAA-------AAG-TC------AAG-----ATT--TC-----CTT-CT-TT-ACCCT---------AC---CAT------A--T---GA---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-AACTATG----AA-TT--------A-T-AGC--GAA--AT--ATT----AAGT----TTTCAT-ACAAGTTTATGG-GTT
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gi|86595                      : ATCA-CA-CTTTGC-GAAAGTT-ATCGTCCCT-----------GC---GG-----TC-A--C--GC--A-AAGGTC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC-----CTTTCT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--C---GT---A--A-GA--T--A-----T--T-A-----C-AACGGT------A-TT--------A-T--TC--GA----T--ATT----GAGA----TGTCGC-ACAATTTTCTGG-GTT
gi|86596                      : ATTGACA-CTTCTTCATGAGTT-A-TGTCCCT-TAAAGGCTTTGC---AGG---GTC-A--G--CC--C-AAGGTC-AT---TC--G-G--TTAA-------AAG-TCGGTTAAAAGTCACAACT--TC-----CTT-CT-TT-ATCCT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--A-----T--T-T-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-
gi|86597                      : ATTAACA-CCTC--CGCGATTT-A-TGCCCCT-T--------CGT---GAG---GTG-A--G--TT--T-TAGGTC-AA---TT--G-G--TGAA-------TAG-CC------AAG-----ATT--TC-----ATT--T-TT-ATCCTTGCTAGTAGAC---CAA------T--T---GT---A--A-GA--A--A-----T--T-A-----C-AACTGTG----AA-TA--------A-T-AGC--GTA--TT--ATT----AAAT----TTTCAT-ACAAATGTACGG-GTT
gi|86598                      : ATCCACA-CTTTGC-G-AAGTT-A-CGTCCTT-T--------GGC---GGG---GTC-A--G--CCCCA-AAAGTC-AA---GC--GAG--TAAA-------AAG-TA------AAA-----ATT--TC------TT-CT-TTAATCCT---------A----CAA------A--C---GT------A-GA--T--A-----T--T-A-----CTAACTGTGTAA-AA-TTTG------ATT-GGC--GAT--TT--ATT----GAGA----TGTCAC-ACA
gi|86599                      : ATCAATA-CTTCACCACGA-TT-A-TGTCCCT-T--------TG----------GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AT---TC----A--TTGA-------AAG-TC------ATT-----AGT--TC---------CT-CT-ATCTT---------AC---CAA------A--G---G-------A-AA--A--A-----T--T-A-----C-AAC--TG----AA-TT--------T-T-AGC--AAA--TTTAACT----AAGT----TTTCCC-ACAAAT---TGG-GTT
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gi|86604                      : ATCAACA-CTCTGTGGAAAATT-A-CGTCCTT-T--------TAT---GGG---GTC-A--A--AT--A-AAGGTC-TA---TC--G-T--CGAA-------ATG-TC------AA------ATT--T
gi|86605                      : ATCAACA-CATGACCAAGAGTT-A-TGCCCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--G--CT--A-ATGGTt
gi|86606                      :  TCAATG-CTTCGGCGTGAGGT-T-CGTTCCT-T--------TGT---GGG---GTC-A--T--CC--A-ATGG-----------------------------AG-TA------AAC-----TTT--TC-----CTA-CT-TT----------------C---CAA------A------GT---A--G-GA-----A-----TA-T-A-----T-AATTATG----gtattggat
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gi|86608                      :   CAACA-CTTCGCAGCGAGTT-A-CGTCCCA-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGGTC-AA---TC--T-G--TGAA-------AA---C------A---------------------T-CT-TT-ACCTT---------AC---CAA------A--T---GT---A--A-GA--G--G-----C--A-A-----C-AACTGTG----AA-TT--------A-T-AGC--ACA--TT--GTT----AAGT----TTTCTT-ACAGATTTCTGT-GTT
gi|86609                      :       A-CTTTGC-GAAAGTTTG-GGTCCCTGT--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-A--GTC-AA---TC--GAG--TAAG-------AAG-TA------AAA-----ATT---C-----CTT-C--TT-AT-CT---------AC---AAA------A--T---GT---A--A-AA--GATA-----T--T-AG----C-AA-TGTG--------T--------A-TAAGC--GAA--TT--ATT----AAG------GTCAC-ACAATTTTCTGG-GTT
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gi|86611                      :                  GAATT-A-TCCCCCT-T--------TGC---AAG---GTC-A--G--C----------------------------AA-------AAC-TC------A--------------------TT-CT-TT-ACCCT---------AC---GAA------A--T---GT---G--A-GA--G--A-----G--T-A-----C-TAC--TG----AA-TG--------A-T-AGG--TTA--TT--ATT----AAGA----TTTCAT-ACAAGGTTATGA-GTT
gi|86612                      :                  GAGTT-G-TGTCCCT-T--------AGT---GGG---ATCTA--C--CC--G-AAGGCT-AA---AA--G-G--AAAT-------AAA-TC------AAA-----ATT--TCTC---CCT-CT-TT-ATGCT---------AC---CAA------A--T---G
gi|86613                      :                   AGTT-A-CCTCCCT-T--------TGC---GGG---GTT-A--G--CC--A-AAGATC-AA---TC--G-A--GTAA-------AAG-TC------AAA-----ATT--TC-----CTT-CT-T
gi|86614                      :                   AGTT-A-CGTCCCT-T--------TGC---GGG---GTC-A--G--CC--A-AAGG
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gi|86622                      :                              CCT-T--------TGC---GGA---GTC-A--G--CC--A-AGGAT----------------------------AG-CC------AAG-----TTA--TC-----CTT-CT-TT-GTCCT---------AC---CAA------A--T----T---A--A-Gt
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gi|86627                      :                                                                          GTC-AA---TT--G-T--TTAA-------TAG-TC------AAG-----TTT--TC-----CTT-CT-TT-AATCT---------TC---GAA------A--T---TT---A--A-GA--G--G-----T--T-A-----C-ATCTGTG----AA-TT--------A-T-AGC-------TT--ATT----AATTAGA-CTTCAT-ACAAGTTTATAG-GTT
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