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Reference ( family-421 )      :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTN----AGAAC-----TT-GTNTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
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gi|9624                       :                              ---G--TAAGTTGTA----AGAGC-----TT-GTTTCTG---ATCTGTTTG-------A-T---T---TG-----------G--T---------CAA--AAAACA-TGTTCAAA


blockSeqs                     :                TAAT CGG TACTTG             TTAAA     GTCTA     C    TTT         TATATTTGATACACGTACATA                      
blockSeqs                     :                .    G   AATCC              TCT       .         T    .           TATATACATGTATATGACA                        
blockSeqs                     :                .    A   AATCT              A         .         C    .           TATATTTTCATATATATA                         
blockSeqs                     :                .    G   GTTC               A         .         C    .           TATATGTTCGTATATATA                         
blockSeqs                     :                .    G   GATC               C         .         C    .           TATATGTATTTATATA                           
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blockSeqs                     :                .    A   CAG                A         .         G    .           TATATTATATATA                              
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blockSeqs                     :                .    G   CAG                A         .         G    .           TAAATACATTTA                               
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blockSeqs                     :                .    G   CAG                T         .         G    .           TATATATGATA                                
blockSeqs                     :                .    C   CAG                A         .         C    .           TATATATGATA                                
blockSeqs                     :                .    G   TTG                C         .         C    .           TAATTTAATTA                                
blockSeqs                     :                .    C   TTG                C         .         G    .           TATATATTATG                                
blockSeqs                     :                .    G   CAG                G         .         C    .           CATGTAATATA                                
blockSeqs                     :                .    G   TAG                C         .         G    .           ATTTTTCCCC                                 
blockSeqs                     :                .    C   TCG                A         .         C    .           GCATTATTGT                                 
blockSeqs                     :                .    G   TAG                T         .         G    .           GCATTATTGT                                 
blockSeqs                     :                .    C   TCG                C         .         G    .           CCTTCTTTTT                                 
blockSeqs                     :                .    G   CAA                T         .         G    .           ATTGTATGT                                  
blockSeqs                     :                .    C   CAG                A         .         C    .           CTTTTTTTC                                  
blockSeqs                     :                .    C   TCG                A         .         G    .           ATTTATTT                                   
blockSeqs                     :                .    G   CAG                C         .         G    .           ATTTATTT                                   
blockSeqs                     :                .    G   TCG                A         .         G    .           AATTTGAT                                   
blockSeqs                     :                .    T   CAG                A         .         G    .           ACTTGGT                                    
blockSeqs                     :                .    G   TCG                A         .         G    .           AATTGGT                                    
blockSeqs                     :                .    G   CCG                A         .         G    .           AATTGGT                                    
blockSeqs                     :                .    G   TAG                A         .         G    .           GTTTGAT                                    
blockSeqs                     :                .    G   TAC                T         .         G    .           ATTTGGT                                    
blockSeqs                     :                .    G   TAT                A         .         G    .           ATTACT                                     
blockSeqs                     :                .    G   TAT                C         .         G    .           ATAACT                                     
blockSeqs                     :                .    G   TAT                C         .         A    .           ATTACT                                     
blockSeqs                     :                .    A   CAT                T         .         C    .           ATTAGT                                     
blockSeqs                     :                .    A   CGA                A         .         T    .           ACTAGT                                     
blockSeqs                     :                .    G   CAG                T         .         T    .           ATTTTT                                     
blockSeqs                     :                .    .   TAG                C         .         A    .           GTTACT                                     
blockSeqs                     :                .    .   TGG                A         .         T    .           ATATTT                                     
blockSeqs                     :                .    .   CAT                A         .         .    .           ATTATC                                     
blockSeqs                     :                .    .   C                  .         .         .    .           TCTTT                                      
blockSeqs                     :                                            .         .         .    .           A                                          


blockSeqCons                  :       
originalCons                  :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTN----AGAAC-----TT-GTNTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
finalCons                     :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTN----AGAAC-----TT-GTNTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                 6666666666666666666666666666666666666666666                       
lowQualScore                  :                2222 222 77777777777        55555     22222  1  2    111    0    7777777777777777777777777777777777777777777   1       1           
lowQualScore                  :                .... ... ...........        .....     .....  .  .    ...    .    ...........................................   .       .           
lowQualScore                  :                1111 444 44444444444        66666     44444  0  6    777    3    6666666666666666666666666666666666666666666   0       0           
consensus                     :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTN----AGAAC-----TT-GTNTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
Reference ( family-421 )      :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTN----AGAAC-----TT-GTNTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9583                       :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTA----AGAAC-----TC-GTCTCCA---ATCCATTTA-------A-T---T---A------------T--T---------CAA-TGAAATA-TGTTCAAAC
gi|9584                       :      tAAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTA----AGAAC-----TT-ATCTCAA---ATCCATTTA-------A-T---T---A------------C--T---------CAA-TAAAATA-ATTTTAAAACA
gi|9585                       :      tAAGGAGAAG----A--AC---TT---G--AAAGTTGTA----AGAAC-----TT-GTTTTTA---ATCCTTTTG-------A-C---T---TG-----------G--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAAACA
gi|9586                       :      tAAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGCC----AGAAC-----GT-GTCTCCA---ATCCATTTA-------A-T---A---A------------C--T---------CAA--AAAATA-TGTATAAAACA
gi|9587                       :      tAAGGAGAAT----A--GC---TA---G--TAAGTTGTA----AGAAT-----TG-GTCTCCA---ATCCATTTG-------A-T---T---A------------C--T---------CAATTAAAATA-TGATC-AACCA
gi|9588                       :      tAAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTT----AAAAT-----TT-GTCTCCA---ATCCTTTAG-------A-T---TTA-T------------T--T---------CAA-CAAAATA-TGTTGAAACCA
gi|9589                       :      tAAGGAAAAG----A--GC---CA---G--TAAGTTGAA----AGAAC-----TT-GTATTCA---TTCCTTTTG-------A-T---T---A------------G--T---------CAA-TGAAATA-TGTTCAAA
gi|9590                       :      tAAGGAGAAG----A--AT---TT---G--TAAGTTGCA----AGAAC-----TT-GTTTCTT---ATTCTTTTGA------A-T---T---G------------G--T---------CAA-TAAAATA-TGTTGAAAACA
gi|9591                       :      tAAGGAGAAG----A--AT---TT---G--TAAGTTGCA----AGAAC-----TT-GT-TCTT---ATTCTTTTG-------AAT---T---G------------G--T---------CAA-TAAAATA-TGTTGAAAACA
gi|9592                       :      tAGGGAGAGG----GCGGT---C-------TAAGTTTTT----AGAAC-----TT-GTGCCCG---ATCCCTTTGTA-----A-T---T---TAA----------T--TA--------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9593                       :            tAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTT----AGAA----------------------CTTTTG-------A-T---TTA-T------------T--T---------CAA-TATAATA-TGTTCAAACCA
gi|9594                       : taagcaAAGGAGAGG----A--GC---TA---G--TAAGTTATA----AG----------------------TCTTTTTG-------A-C---T---A------------G--T---------CAA-CGAAATA-TGTTCAAAACA
gi|9595                       :      tAAGTAGGGC----A--GC---TACTTG--TGAGTGGTC----AGAAC-----TT-GTTTCCG---GTCCTTCTG-------A-T---TGTAT------------G--T---------CAA-TAAATTA-TGTTCAAAACA
gi|9596                       :      tAAGGTGAGA----A--CC---TC---G--TAAGTTGTC----AGAAC-----TT-GTGTTGA---AACCTTTTGTAT----A-T---T---T------------T--CATATATATACAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9597                       :       tAGGAAAGGTAATA--GC---TA---G--CAATTTGTG----A-AAC-----TT-GTTTCCG---ATCCGCTTGTAT----A-T---T---TGATACACGTACAT--A---------CAA-TAAAATA-TGTTCCAACCA
gi|9598                       :     tgAAGGTGAGA----A--CC---TC---G--AAAGTTGTC----AGAAC-----TT-GTGTTCA---AACCTTTTGTAT----A-T---G---T------------T--CGTATATATACAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9599                       :      tAAGGAGAGG----A--GC---CA---A--TAAGTTGTA----AGAAC-----TT-GTCTCCA---ATCCATTTG-------A-T---T---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9600                       :       AAGGAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTT----AGAAC-----TT-GTCTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---T---T------------T--TCCCC-----CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9601                       :       AAGGTGAGA----A--CC---TC---G--TAAGTTGTC----AGAAC-----TT-GTGTTCA---AACCTTTTGT------A-TA--T---TATATA-------T--A---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAA
gi|9602                       :        AGTAGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTT----AGAAC-----TT-GTCTCCA---ATCCTTATG-------C-T---T---T------------T--TTTC------CGA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9603                       :        AGGTGAGA----A--CC---TC---G--TAAGTTGTA----AGAAC-----TT-GTGTTCA---AACCTTTTGTATATGTA-T---T---TATA---------T--A---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAATCA
gi|9604                       :        AGAAGAGG----A--GC---CA---G--CCATTTGAA----AGAGC-----TT-GACTCCA---AGTCTTTTG-------G-T---T---A------------C--T---------CAA-TAAAA
gi|9605                       :        AGGTGAGA----A--CC---TC---G--TAAGTTGTC----AGAAC-----TT-GTGTTCA---AACCTTTTGT------A-TA--T---TATATA-------T--A---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAAC
gi|9606                       :        AGGTGAGA----A--CC---CC---G--TAAATTGTA----AGAAC-----TT-GTGTTCA---AACCTTTTGTATATGAA-T---T---TA-----------T--A---------CAA-TAAAATA-TTTTCAAA
gi|9607                       :        AGGAGAGG-------GCGTTC-------TAAGTTTTA----AGAAC-----TT-GTGCCCA---ATC---TTG-------A-----------------------------------CAA-TAAAATA-TGTTCAA
gi|9608                       :        AGAAGAGG----A--GT---TA---G--TAAGT-----------------------CTCCA---ATCCTTTTG-------A-T---A---T------------T--T---------CAT-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9609                       :        AGGAGAGG----G--TG---TA---C--TAAGTTTTTTAAAAGAAC-----TT-GTGCCCC---ATCCTTTTT---------T---C---T------------T--T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAA
gi|9610                       :         GGAGAGG----A---T---TA---T--TAAGTTGTA----AGAAC-----TT-GTGTCCA---ATCCATTTGT------A-T---A---TATGA--------T--A---------CAA-TAAAATA-T-TTCAAATCA
gi|9611                       :         GGAGAGG----A---T---TA---T--TAAGTTGTA----AAAAC-----CT-GTGTCCA---ATCCATTTGTATATACA-T---G---T------------A--TATGACA---CAA-TAAAATA-TTTTCAAATCA
gi|9612                       :         GGAGAGG----A---T---TA---T--TAAGTTGTA----AGAAC-----TTTGTGTC-A---ATCCATTTGTAT----A-T---A---TGA----------T--A---------CAA-TAAAATA-TTTTCAAATCA
gi|9613                       :         GGAGAGG-------GC---GA---TC-TATGTTTGT----AGAAC-----TT-GTGCCCG---ATCCCTTTGTA-----A-T---T---TAA----------T--TA--------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9614                       :         GGAGAGG----A---T---CA---T--TAAGCTGTA----AGAAC-----TT-GTGACCA---ATCCATATGTATAT--A-T---T---A------------T--G---------CAT-TAAAACA-TTTTCAAATCA
gi|9615                       :         GGAGAG-----A--GC---AA---TCCTAAGTTTTC----AGAAC-----TT-GTGCTCA---ATCCCATTGTAAAT--G-T---T---T------------T--TA--------CAA-TAAAATA-TGTTCAAACCA
gi|9616                       :         GGAGAGG-------GC---AA---TC-TAAGTTTT------GAAC-----TT-GTGCCCA---ATCCTTTTGGC-----A-T---TA--T------------TG-T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAA
gi|9617                       :         GGAGAG-----A--GC---AA---TCTTAAGTTTTC----AGAAC-----TT-GTGCTCA---ATCCCATTGTAA----A-TACAT---T------------T--A---------CAA-TAAGATA-TGTTCAAACCA
gi|9618                       :         GGAGAGG-------GC---AA---TC-TAAGTTTTT-----GAAC-----TT-GTGCCCA---ATCCTTTTGGC-----A-T---TA--T------------TG-T---------CAA-TAAAATA-TGTTCAA
gi|9619                       :          GGGAAG----G--GT---CG---A--TAAGTTGTA----AGAAC-----TT-TTAT-CA---ATCCTTTTGC------A-T---G---TAATA--------T--A---------CAA-TGAAATA-TGTTCAAGTCA
gi|9620                       :           AGAGG----A--GC---CA---G--TAAGTTGTT----AGAAC-----TT-GTCTCCA---ATCCTTATGCCTT---C-T---T---T------------T--T---------CCA-AAAAATAGTGTTCAAACCA
gi|9621                       :           AGAGG----G--AC---TA---G--TTAGTTGTTCT--AGAAC-----TT-GTTCCCA---ATCGTTTTG-------G-T---T---T------------GA-T---------CAA-TAAAATA-TG-TCAAA
gi|9622                       :            GAGG----G--AC---TG---G--TAAGCCGTC----AGAAC-----TT-GCTCCCA---ATCCTTTTT-------A-A---T---T------------TGAT---------CAA-TGAAATA-TTTTC
gi|9623                       :              GA----A--GT---CA---T--TAAGATGTA----AGAATGTCTATT-GTATCCATTTATACAT----------A-T---T---A------------T--C---------CAA-TAAAATA-TGTTCAAGTCA
gi|9624                       :                              ---G--TAAGTTGTA----AGAGC-----TT-GTTTCTG---ATCTGTTTG-------A-T---T---TG-----------G--T---------CAA--AAAACA-TGTTCAAA