lowQualScore                  :                        5555 11 0 1 1 00 0     1 0  0  11 4444444444 00 0 0   0      0    11 222222222 00 0   11 1   1        
lowQualScore                  :                        .... .. . . . .. .     . .  .  .. .......... .. . .   .      .    .. ......... .. .   .. .   .        
lowQualScore                  :                        0000 88 6 3 3 99 6     4 5  5  55 3333333333 66 9 4   4      5    88 222222222 88 7   99 4   0        
consensus                     :                    TATGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACCGGT-ATGG--A---------G--T-ATG--G-ACCGGTATGGAG
Reference ( gi|27746 )        :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-ACTAGTATGGAG
gi|27729                      :                    TATGA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ATGGT-G---------G--T-ATG--G-ACTGGTATG
gi|27733                      :                   aTATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--
gi|27733                      :   tatgtagtatggactggTATGT-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-ATG--G-ACTGGTATGGAG
gi|27734                      :                    TATGG-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACTAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--A-GCTGATATGAAG
gi|27754                      :                    TATGG-A-G--T-A-C-A--A-ACCAG-T-AT-GG--ACTGGTACAGTG--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--T-ATG--G-ACTGGTATGGAG
gi|27728                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GT--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATG
gi|27727                      :  atatggagcacgagctgaTATGA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-ATGA--A---------G--agg
gi|27727                      :  atatggagtataggctcgTATGG-A-G--T-A-T-A--G-GCTCG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTATGAAG
gi|27726                      :                   aTATGA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-ATGA--A---------G--
gi|27726                      :  atatggagtataggctcgTATGG-A-G--T-A-T-A--G-GCTCG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTATGAAG
gi|27725                      :                   aTATGA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-ATGA--A---------G--
gi|27725                      :  atatggagtataggctcgTATGG-A-G--T-A-T-A--G-GCTCG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTATGAAG
gi|27740                      :                   aTATGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-CGA-GCTGAT-ATG
gi|27740                      :  tatggagtatggactggtTATGG-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-TTAT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ACG--A-GCTGATATGagg
gi|27766                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-GCTGGG-ATGagg
gi|27736                      :           tatagggggTATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-ATGGG--A----------G--T-A-TGG-GCTGGT-ATGagg
gi|27736                      :  tatggagtaatgggctggTATGG-A-G--T-AAT-G--G-GCTGG-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGGG-A---------G--T-ATG--G-GCTGGTATGagg
gi|27735                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ATAA--A---------G--agg
gi|27735                      :   tatggattatgggctggTATGG-A-T--T-A-T-G--G-GCTGG-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-GTG--G-GCTGGTATAAAG
gi|27747                      :                    TATGA-G-G--T-ACT-A--G-ACCAG-T-AT-GT--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGA--A---------G--
gi|27737                      :  tatggagcacgagctgacTATGA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ATG
gi|27737                      :   tatggagcatgagctgaTATGG-A-G--C-A-T-G--A-GCTGA-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-GTG--G-GCTGGTATG
gi|27745                      :                    TATGA-G-G--T-A---A--G-ACCAG-T-AT-GT--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATG
gi|27742                      :   tatggagcacgagctgaTATGG-T-G--T-A-TTA--G-ACTGG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAAT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-GCTCGTATGAAGagg
gi|27741                      :                    TATGG-T-G--T-A-TTA--G-ACTGG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TAG-ACCAAT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-GCTCGTATGAAG
gi|27750                      :                    TATTA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------T--T-A-TGG-GCTGGT-ATG
gi|27756                      :   tatagaacatgagctgaTATGG-A-G--C-A-T-G--G-ACTGG-T-GT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-A--A--A---------A--T-ATATGG-ACTGGTTTGGAGagg
gi|27755                      :                    TATGG-A-G--C-A-T-G--G-ACTGG-T-GT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-A--A--A---------A--T-ATATGG-ACTGGTTTGGAG
gi|27738                      :                    TATGG-A-G--C-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TGG-ACCAAT-TTGG--A---------G--T-ATG--G-ACTGGTAT
gi|27739                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGT-ACTGcaag
gi|27739                      :  tatgggagtatgggctggTATGG-GAG--T-A-T-G--G-GCTGG-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--T-ACT
gi|27758                      :                    TACGG-T-G--T-A-T-G--G-ACTGC-T-AT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACTAGT-ATAG--A---------A--C-ATG--A-GCTGATATg
gi|27751                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-A-CAG-T-AT-GG--A----------G--TAA-TGG-GCTGGT-ATG
gi|27751                      :   tatggaacatgagctgaTATGG-A-A--C-A-T-G--A-GCTGA-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-AC-AGT-ATGG--A---------G--TAATG--G-GCTGGTATGagg
gi|27748                      :                    TATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCagg
gi|27748                      :   tatggagtgatggctggTATGG-A-G--TGA-T-G--G--CTGG-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-GTG--G-GC
gi|27765                      :                    TATGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-T-C-ACTGGT-GTG
gi|27761                      :       gagaatggagtggTATGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TCA-GCTGGT-GTG
gi|27744                      :           atggagtggTATGG-A-G--C-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GA--A----------G--T-A-TGG-ACCAAT-TTGG--A---------G--T-ATG--G-ACT-GTAT
gi|27753                      :                    TATGG-A-G--T-A-T-A--A-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--A-A-TGG-ACAGGT-TTGG--A---------G--caag
gi|27731                      :   tacggagaaagtgctggTATCA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAT-T-AC-GG--A----------G--A-A-AGT-GCTGGT-ATGG--A---------G--
gi|27730                      :  atttggagtatggactggTATCA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAT-T-AC-GG--A----------G--A-A-AGT-GCTGGT-ATGG--A---------G--
gi|27759                      :  atttggagtatggactggTATGG-A-G--T-A-C-A--A-ACCAG-T-AT-GG--ATGGTACAGT-G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--
gi|27749                      :   tgtggtgtaaggactggTATGG-G-AATT-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------A--C-A-TGA-GCTGAT-ATG
gi|27749                      :  tatggtggtatggactggTATGGTG-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GGGAA----------T--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------A--C-ATG--A-GCTGATATGagg
gi|27752                      :                    TATGG-G-GAAT-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------A--C-A-TGA-GCTGAT-ATGagg
gi|27752                      : tatgggtgtatgggactggTATGG-GTG--T-A-T-G--GGACTGG-T-AT-GG--G----------GAAT-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------A--C-ATG--A-GCTGATATGagg
gi|27732                      :                    TATCA-A-G--T-A-T-A--G-ACCAT-T-AC-GG--A----------G--A-A-AGT-GCTGGT-ATGG--A---------G--agg
gi|27760                      :    atttggagtatggactgATGG-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TAG-AC--AT-ATGG--A---------G--C-ACG--A-GCTGATATG
gi|27743                      :                     ATGA-G-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--T----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ACGagg
gi|27764                      :    tatggagtatgggctgggTGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-GTGG--A---------G--
gi|27764                      :    tggagtataggacaggttTGG-A-G--T-A-T-A--G-GACAGGT-TT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTGTGGAG
gi|27763                      :                      TGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-GTGG--A---------G--
gi|27763                      :    tggagtataggacaggttTGG-A-G--T-A-T-A--G-GACAGGT-TT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTGTGGAG
gi|27762                      :                      TGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-GTGG--A---------G--
gi|27762                      :    tggagtataggacaggttTGG-A-G--T-A-T-A--G-GACAGGT-TT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATG--G-ACTGGTGTGGAG
gi|27767                      :                      TGG-A-G--T-A-T-A--G-ACCAG-T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ATG
gi|27731                      :             gctccatacTGG-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-CA--A----------G--T-A-TAG-ACCATT-ACGG--A---------G--A-A-A--GTGCTGGTATGGAG
gi|27730                      :                   attTGG-A-G--T-A-T-G--G-ACTGG-T-AT-CA--A----------G--T-A-TAG-ACCATT-ACGG--A---------G--A-A-A--GTGCTGGTATGGAG
gi|27759                      :                   attTGT-G-G--T-G-T-AAGG-ACTGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-CAA-ACCAGT-ATGG--ATGGTACAGTG--T-ATG--G-ACTGGTATGGAG
gi|27765                      :                                -A-T-G--G-AGTGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-AT---C-ACTGGTGTG
gi|27761                      :                            gaga-A-T-G--G-AGTGG-T-AT-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--C-ATC--A-GCTGGTGTG
gi|27766                      :                                              G-T-AT-GA--G----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-ATG--G-GCTGGGATG
gi|27734                      :                                       tatagggg-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-ACTAGTATGGAGagg
gi|27728                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--C-A-CGA-GCTGAT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGTAGcatgagctgatatgaag
gi|27740                      :                                              a-T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGTTATGG--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGtatggactggtatgagg
gi|27736                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--T-AATGG-GCTGGT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGcacgagctgatatgagg
gi|27735                      :                                               -T-AT-GG--A----------T--T-A-TGG-GCTGGT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGgagtatgggctggtatgagg
gi|27737                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--C-A-TGA-GCTGAT-ATGA--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGtgtgggctggtataaag
gi|27745                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--C-A-CGA-GCTGAT-ATGA--G---------G--T-A-A--G-ACCAGTATGTAGtgtgggctggtatg
gi|27750                      :                                               -T-AT-AG--A----------A--C-A-TGA-GCTGAT-ATTA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAtatggactggtatgagg
gi|27756                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-GTGG--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTAttatgggctggtatgagg
gi|27755                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--C-A-TGG-ACTGGT-GTGG--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTAaaatatatggactggtttggag
gi|27739                      :                                               -T-AT-GGG-A----------G--T-A-TGG-GCTGGT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGaaatatatggactggtttggag
gi|27758                      :                                               -T-AC-GG--T----------G--T-A-TGG-ACTGCT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-ACTAGTATAGAcatgtactg
gi|27743                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--T-A-TGG-GCTGGG-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGacatgagctgatat
gi|27751                      :                                               -T-AT-GG--A----------A--C-A-TGA-GCTGAT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-AC-AGTATGGAGtgtgtgggctggtacg
gi|27748                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--TGA-TGG--CTGGT-ATGA--G---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGtaatgggctggtatgagg
gi|27753                      :                                               -T-AC-GG--A----------G--A-A-AGT-GCTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--A-ACCAGTATGGAGtgtgggc
gi|27759                      :                                               -T-GT-GG--T----------G--T-A-AGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--T-ACA--A-ACCAGTATGGAaatggacaggtttggag
gi|27749                      :                                               -T-AT-GGT-G----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGGGAA---------T--T-ATA--G-ACCAGTATGGAtggtacagtgtatggactggtatggag
gi|27752                      :                                               -T-AT-GG--GT---------G--T-A-TGGGACTGGT-ATGG--G---------GAAT-ATA--G-ACCAGTATGGAacatgagctgatatgagg
gi|27757                      :                                               -T-AT-GG--A----------G--T-G-TGG-GCTGGT-ATAA--A---------G--C-ATG--G-ATTGGTATAAAGacatgagctgatatgagg
gi|27760                      :                                                 -AT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-AC--ATATGGAGaatgaattggtatg
gi|27767                      :                                                   T-GG--A----------G--T-A-TAG-ACCAGT-ATGG--A---------G--T-GTG--G-GCTGGTATGcacgagctgatatgagg
gi|27731                      :                                          gctccatacT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATCA--A---------G--T-ATA--G-ACCATTACGGAG
gi|27730                      :                                                attT-GG--A----------G--T-A-TGG-ACTGGT-ATCA--A---------G--T-ATA--G-ACCATTACGGAGaaagtgctggtatggag
gi|27765                      :                                                   attG--A----------G--A-A-TGG-AGTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGaaagtgctggtatggag
gi|27761                      :                                                                        -A-TGG-AGTGGT-ATGG--A---------G--T-ATA--G-ACCAGTATGGAGcatcactggtgtg





Alignments
lowQualScore                  :             1 0  0 0 22 4  4  0 0    11 4444444444 11  0 2    3      2 333333333  1      5         
lowQualScore                  :             . .  . . .. .  .  . .    .. .......... ..  . .    .      . .........  .      .         
lowQualScore                  :             9 9  9 9 66 7  4  9 9    33 1111111111 33  9 9    3      0 999999999  0      8         
consensus                     :        TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GT-ATGGGCTGGTATGGAG
Reference ( family-417 )      :        TATGG-A-GT-A-T-AG-ACCGG-T-ATGG--A----------G--TA-TGGACCGGTATGG-A---------GT-ATGGACCGGTATGGAG
gi|27725                      :        TATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTATGAAG
gi|27726                      :       aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTATGAAG
gi|27727                      :       aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTATGAAG
gi|27728                      :       aTATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGT-A---------GT-ATGGACTGGTATG
gi|27729                      :       aTATGA-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--A----------G--TG-TGGGCTGGTATGGTG---------GT-ATGGACTGGTATGagg
gi|27730                      :         aTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--A----------G--TA-TAGACCATTACGG-A---------GA-AAGTGCTGGTATGGAG
gi|27731                      :       attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--A----------G--TA-TAGACCATTACGG-A---------GA-AAGTGCTGGTATGGAG
gi|27732                      :       attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTG--T-ATCA--A----------G--TA-TAGACCATTACGG-A---------GA-AAGTGCTGGTATGGAG
gi|27733                      :     attTATGT-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GT-ATGGACTGGTATGGAG
gi|27734                      :        TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--A----------G--TA-TAGACTAGTATGG-A---------GC-ATGAGCTGATATGAAG
gi|27735                      :        TATGG-A-TT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GT-GTGGGCTGGTATAAAG
gi|27736                      :        TATGG-A-GT-AAT-GG-GCTGG-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGGGA---------GT-ATGGGCTGGTATG
gi|27737                      :        TATGG-A-GC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GT-GTGGGCTGGTATGagg
gi|27738                      :        TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--A----------G--TA-TGGACCAATTTGG-A---------GT-ATGGACTGGTAT
gi|27739                      :        TATGGGA-GT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGTACTcaag
gi|27740                      :        TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-TTATGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ACGAGCTGATATG
gi|27741                      :        TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAATATGG-A---------GT-ATAGGCTCGTATGAAGagg
gi|27742                      :        TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--A----------G--TA-TAGACCAATATGG-A---------GT-ATAGGCTCGTATGAAG
gi|27743                      :        TATGG-A-GT-A-T-GG-GCTGG-G-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-T---------GT-GTGGGCTGGTACG
gi|27744                      :        TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--A----------G--TA-TGGACCAATTTGG-A---------GT-ATGGACT-GTAT
gi|27745                      :        TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--G----------G--TA--AGACCAGTATGT-A---------GT-ATGGACTGGTATGcaag
gi|27746                      :        TATGA-G-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--A----------G--TA-TGGACTGGTATGG-A---------GT-ATAGACTAGTATGGAGagg
gi|27747                      :        TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGACT-ATGA--G----------G--TACTAGACCAGTATGT-A---------GT-ATGGACTGGTATGAAG
gi|27748                      :        TATGG-A-GTGA-T-GG--CTGG-T-ATGA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GT-GTGGGC
gi|27749                      :        TATGGTG-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGGGAA----------T--TA-TAGACCAGTATGG-A---------AC-ATGAGCTGATATG
gi|27750                      :        TATAG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATTA--G----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------TT-ATGGGCTGGTATGagg
gi|27751                      :        TATGG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--G----------G--TA-TAGAC-AGTATGG-A---------GTAATGGGCTGGTATGagg
gi|27752                      :        TATGG-GTGT-A-T-GGGACTGG-T-ATGG--G----------GAATA-TAGACCAGTATGG-A---------AC-ATGAGCTGATATGagg
gi|27753                      :        TACGG-A-GA-A---AGTGCTGG-T-ATGG--A----------G--TA-TAAACCAGTATGG-A---------GA-ATGGACAGGTTTGGAGagg
gi|27754                      :        TATGG-A-GT-A-C-AA-ACCAG-T-ATGG--ACTGGTACAGTG--TA-TGGACTGGTATGG-A---------GT-ATGGACTGGTATGGAG
gi|27755                      :        TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--A----------G--TA-TAGACCAGTAAAA-T---------AT-ATGGACTGGTTTGGAG
gi|27756                      :        TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--A----------G--TA-TAGACCAGTAAAA-T---------AT-ATGGACTGGTTTGGAG
gi|27757                      :        TATGG-A-GT-G-T-GG-GCTGG-T-ATAA--A----------G--CA-TGGATTGGTATAA-A---------GA-ATGAATTGGTATG
gi|27758                      :        TACGG-T-GT-A-T-GG-ACTGC-T-ATGG--A----------G--TA-TAGACTAGTATAG-A---------AC-ATGAGCTGATAT
gi|27759                      :        TGTGG-T-GT-A-A-GG-ACTGG-T-ATGG--A----------G--TA-CAAACCAGTATGG-ATGGTACAGTGT-ATGGACTGGTATGGAG
gi|27760                      :         ATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--A----------G--TA-TAGAC--ATATGG-A---------GC-ACGAGCTGATATG
gi|27761                      :                                                       A-TGGAGTGGTATGG-A---------GT-ATAGACCAGTATGGAGagg
gi|27761                      :        TATGG-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--A----------G--CA-TCAGCTGGTGTGcatcagctggtgtg
gi|27762                      : atggagtggTGG-A-GT-A-T-AGGACAGG-T-TTGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTGTGGAG
gi|27763                      :          TGG-A-GT-A-T-AGGACAGG-T-TTGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTGTGGAG
gi|27764                      :          TGG-A-GT-A-T-AGGACAGG-T-TTGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-ATGGACTGGTGTGGAG
gi|27765                      :            G-A-GA-A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--A----------G--TA-TAGACCAGTATGG-A---------GC-AT-CACTGGTGTG
gi|27766                      :        TATGA-G-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--A----------G--TA-TGGGCTGGGATG
gi|27767                      : tatagggggTGG-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--A----------G--TG-TGGGCTGGTATGagg





Alignments
lowQualScore                  :                     2 1  1 1 4  1     0 0    11  11  0           0  0 7777777777   0               
lowQualScore                  :                     . .  . . .  .     . .    ..  ..  .           .  . ..........   .               
lowQualScore                  :                     0 0  0 0 9  0     9 9    22  22  9           9  9 4444444444   9               
consensus                     :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
Reference ( family-417 )      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
gi|27725                      :                TATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27726                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27727                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27728                      :               aTATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATG
gi|27729                      :                                      a-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGGagg
gi|27729                      :               aTATGA-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TG-TGGGCTGGTAT-GGTG----------GTA-TGGACTGGTATGtggtatggactggtatg
gi|27730                      :                 aTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27731                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27732                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTG--T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27733                      :             attTATGT-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27734                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-GG-A----------GCA-TGAGCTGATATGAAG
gi|27735                      :                TATGG-A-TT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATAAAG
gi|27736                      :                TATGG-A-GT-AAT-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTATGGG-A----------GTA-TGGGCTGGTATG
gi|27737                      :                TATGG-A-GC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg
gi|27738                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTAT
gi|27739                      :                TATGGGA-GT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGTACTGcaag
gi|27740                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-TTATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27741                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAGagg
gi|27742                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAG
gi|27743                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-GCTGG-G-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-T----------GTG-TGGGCTGGTACG
gi|27744                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACT-GTAT
gi|27745                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA--AGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGcaag
gi|27746                      :                TATGA-G-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TAGACTAGTATGGAGagg
gi|27747                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGACT-ATGA--GG--TACTAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27748                      :                TATGG-A-GTGA-T-GG--CTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGC
gi|27749                      :                TATGGTG-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGGGAAT--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATG
gi|27750                      :                TATAG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATTA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------TTA-TGGGCTGGTATGagg
gi|27751                      :                TATGG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGAC-AGTAT-GG-A----------GTAATGGGCTGGTATGagg
gi|27752                      :                TATGG-GTGT-A-T-GGGACTGG-T-ATGG--GGAATA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATGagg
gi|27753                      :                TACGG-A-GA-A-A-GT-GCTGG-T-ATGG--AG--TA-TAAACCAGTAT-GG-A----------GAA-TGGACAGGTTTGGAGagg
gi|27754                      :                                       -T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ACTGGTACAGTGTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27754                      :                     -A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ACAG--TG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAGtatggactggtatggag
gi|27755                      : tatggagtacaaaccTATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27756                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27757                      :                TATGG-A-GT-G-T-GG-GCTGG-T-ATAA--AG--CA-TGGATTGGTAT-AA-A----------GAA-TGAATTGGTATG
gi|27758                      :                TACGG-T-GT-A-T-GG-ACTGC-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-AG-A----------ACA-TGAGCTGATAT
gi|27759                      :                TGTGG-T-GT-A-A-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ATGGTACAGT-GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27760                      :                 ATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGAC--ATAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27761                      :                          -A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TCAGCTGGTGTGagg
gi|27762                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27763                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27764                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27765                      :                    G-A-GA-A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-T-CACTGGTGTG
gi|27766                      :                                     GG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGGATG
gi|27767                      :                                    tatagggTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg





Alignments
lowQualScore                  :                     2 1  1 1 4  1     0 0    11  11  0           0  0 7777777777   0               
lowQualScore                  :                     . .  . . .  .     . .    ..  ..  .           .  . ..........   .               
lowQualScore                  :                     0 0  0 0 9  0     9 9    22  22  9           9  9 4444444444   9               
consensus                     :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
Reference ( family-417 )      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
gi|27725                      :                TATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27726                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27727                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27728                      :               aTATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATG
gi|27729                      :                                      a-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGGagg
gi|27729                      :               aTATGA-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TG-TGGGCTGGTAT-GGTG----------GTA-TGGACTGGTATGtggtatggactggtatg
gi|27730                      :                 aTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27731                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27732                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTG--T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27733                      :             attTATGT-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27734                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-GG-A----------GCA-TGAGCTGATATGAAG
gi|27735                      :                TATGG-A-TT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATAAAG
gi|27736                      :                TATGG-A-GT-AAT-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTATGGG-A----------GTA-TGGGCTGGTATG
gi|27737                      :                TATGG-A-GC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg
gi|27738                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTAT
gi|27739                      :                TATGGGA-GT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGTACTGcaag
gi|27740                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-TTATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27741                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAGagg
gi|27742                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAG
gi|27743                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-GCTGG-G-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-T----------GTG-TGGGCTGGTACG
gi|27744                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACT-GTAT
gi|27745                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA--AGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGcaag
gi|27746                      :                TATGA-G-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TAGACTAGTATGGAGagg
gi|27747                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGACT-ATGA--GG--TACTAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27748                      :                TATGG-A-GTGA-T-GG--CTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGC
gi|27749                      :                TATGGTG-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGGGAAT--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATG
gi|27750                      :                TATAG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATTA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------TTA-TGGGCTGGTATGagg
gi|27751                      :                TATGG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGAC-AGTAT-GG-A----------GTAATGGGCTGGTATGagg
gi|27752                      :                TATGG-GTGT-A-T-GGGACTGG-T-ATGG--GGAATA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATGagg
gi|27753                      :                TACGG-A-GA-A-A-GT-GCTGG-T-ATGG--AG--TA-TAAACCAGTAT-GG-A----------GAA-TGGACAGGTTTGGAGagg
gi|27754                      :                                       -T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ACTGGTACAGTGTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27754                      :                     -A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ACAG--TG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAGtatggactggtatggag
gi|27755                      : tatggagtacaaaccTATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27756                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27757                      :                TATGG-A-GT-G-T-GG-GCTGG-T-ATAA--AG--CA-TGGATTGGTAT-AA-A----------GAA-TGAATTGGTATG
gi|27758                      :                TACGG-T-GT-A-T-GG-ACTGC-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-AG-A----------ACA-TGAGCTGATAT
gi|27759                      :                TGTGG-T-GT-A-A-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ATGGTACAGT-GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27760                      :                 ATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGAC--ATAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27761                      :                          -A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TCAGCTGGTGTGagg
gi|27762                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27763                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27764                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27765                      :                    G-A-GA-A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-T-CACTGGTGTG
gi|27766                      :                                     GG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGGATG
gi|27767                      :                                    tatagggTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg


blockSeqs                     :                     G T      T               GA  AA                   CTGGTACAGT
blockSeqs                     :                     T .      T               .   .                    TGGTACAGT 
blockSeqs                     :                     . .      A               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      A               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      A               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                     . .      .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                              .               .   .                    .         
blockSeqs                     :                                              .   .                    .         
blockSeqs                     :                                              .   .                    .         
blockSeqs                     :                                              .   .                    .         
blockSeqs                     :                                              .   .                    .         


blockSeqCons                  :                
originalCons                  :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
finalCons                     :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG





Alignments
lowQualScore                  :                     2 1  1 1 4  1     0 0    11  11  0           0  0 7777777777   0               
lowQualScore                  :                     . .  . . .  .     . .    ..  ..  .           .  . ..........   .               
lowQualScore                  :                     0 0  0 0 9  0     9 9    22  22  9           9  9 4444444444   9               
consensus                     :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
Reference ( family-417 )      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGTATGGAG
gi|27725                      :                TATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27726                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27727                      :               aTATGG-A-GT-A-T-AG-GCTCG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27728                      :               aTATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATG
gi|27729                      :                                      a-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGGagg
gi|27729                      :               aTATGA-A-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TG-TGGGCTGGTAT-GGTG----------GTA-TGGACTGGTATGtggtatggactggtatg
gi|27730                      :                 aTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27731                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27732                      :               attTGG-A-GT-A-T-GG-ACTG--T-ATCA--AG--TA-TAGACCATTAC-GG-A----------GAA-AGTGCTGGTATGGAG
gi|27733                      :             attTATGT-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27734                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-GG-A----------GCA-TGAGCTGATATGAAG
gi|27735                      :                TATGG-A-TT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATAAAG
gi|27736                      :                TATGG-A-GT-AAT-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTATGGG-A----------GTA-TGGGCTGGTATG
gi|27737                      :                TATGG-A-GC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg
gi|27738                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTAT
gi|27739                      :                TATGGGA-GT-A-T-GG-GCTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGTACTGcaag
gi|27740                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-TTATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27741                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAGagg
gi|27742                      :                TATGG-T-GT-A-TTAG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TAGACCAATAT-GG-A----------GTA-TAGGCTCGTATGAAG
gi|27743                      :                TATGG-A-GT-A-T-GG-GCTGG-G-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-T----------GTG-TGGGCTGGTACG
gi|27744                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-ATGA--AG--TA-TGGACCAATTT-GG-A----------GTA-TGGACT-GTAT
gi|27745                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA--AGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGcaag
gi|27746                      :                TATGA-G-GT-A-T-AG-ACCAG-T-ATGG--AG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TAGACTAGTATGGAGagg
gi|27747                      :                TATGG-A-GC-A-C-GA-GCTGACT-ATGA--GG--TACTAGACCAGTAT-GT-A----------GTA-TGGACTGGTATGAAG
gi|27748                      :                TATGG-A-GTGA-T-GG--CTGG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGC
gi|27749                      :                TATGGTG-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGGGAAT--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATG
gi|27750                      :                TATAG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATTA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------TTA-TGGGCTGGTATGagg
gi|27751                      :                TATGG-A-AC-A-T-GA-GCTGA-T-ATGA--GG--TA-TAGAC-AGTAT-GG-A----------GTAATGGGCTGGTATGagg
gi|27752                      :                TATGG-GTGT-A-T-GGGACTGG-T-ATGG--GGAATA-TAGACCAGTAT-GG-A----------ACA-TGAGCTGATATGagg
gi|27753                      :                TACGG-A-GA-A-A-GT-GCTGG-T-ATGG--AG--TA-TAAACCAGTAT-GG-A----------GAA-TGGACAGGTTTGGAGagg
gi|27754                      :                                       -T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ACTGGTACAGTGTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27754                      :                     -A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ACAG--TG--TA-TGGACTGGTAT-GG-A----------GTA-TGGACTGGTATGGAGtatggactggtatggag
gi|27755                      : tatggagtacaaaccTATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27756                      :                TATGG-A-GC-A-T-GG-ACTGG-T-GTGG--AG--TA-TAGACCAGTAA-AA-T----------ATA-TGGACTGGTTTGGAG
gi|27757                      :                TATGG-A-GT-G-T-GG-GCTGG-T-ATAA--AG--CA-TGGATTGGTAT-AA-A----------GAA-TGAATTGGTATG
gi|27758                      :                TACGG-T-GT-A-T-GG-ACTGC-T-ATGG--AG--TA-TAGACTAGTAT-AG-A----------ACA-TGAGCTGATAT
gi|27759                      :                TGTGG-T-GT-A-A-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-CAAACCAGTAT-GG-ATGGTACAGT-GTA-TGGACTGGTATGGAG
gi|27760                      :                 ATGG-A-GT-A-T-GG-ACTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGAC--ATAT-GG-A----------GCA-CGAGCTGATATG
gi|27761                      :                          -A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TCAGCTGGTGTGagg
gi|27762                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27763                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27764                      :                  TGG-A-GT-A-TAGG-ACAGG-T-TTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-TGGACTGGTGTGGAG
gi|27765                      :                    G-A-GA-A-T-GG-AGTGG-T-ATGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GCA-T-CACTGGTGTG
gi|27766                      :                                     GG-T-ATGA--GG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTA-TGGGCTGGGATG
gi|27767                      :                                    tatagggTGG--AG--TA-TAGACCAGTAT-GG-A----------GTG-TGGGCTGGTATGagg