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Reference ( family-416 ) : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTN-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
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gi|79163 : CTA-AAC---G-TT-A----G-A--G-CA--ACCA-GAGC--A-C-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTT-A-T-AC-A-A--TG-T-AAGT-TAA--AT-C-AAA-G---T--TAG--T-C-T-G-C---A-
gi|79164 : CTA-AAC---G-TT-A----G-A--G-CA--ACCA-GAGC--A-C-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTT-A-T-AC-A-A--TG-T-AAGT-TAA--AT-C-AAA-G---T--TAG--T-CTT-G-C---A-
gi|79165 : CCATAAA---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT----C-AAA-CAT-G-G--C--TC-ATTTTGTAGCA-A-TT-TTT-TTA-A-A-AT-A-A--AG----CTT-TCA--G----AAA-A---TTATAC--C-C-T-T-C---A-AAATTC
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gi|79169 : AC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-C---T--TGG--T-T-T-G-C---A-AAATTC
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gi|79171 : AC---G-CC-C----C-A--AACG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-C-A--TG-T-ACTT-TAA---G-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
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Alignments
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originalCons : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTN-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
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Alignments
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lowQualScore : . ... . . ...... .. . .. . .. . . . . . .. .. . ...... .. . . . .. . . . . . .. . . . .. . . . ... .. .. . . . . ... .
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consensus : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTN-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
Reference ( family-416 ) : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTN-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79133 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-TG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ATTT-TAG--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATCC
gi|79134 : CCCC-AAC---G-CC-C----T-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TA-TTT--TA-A-T-AC-A-T--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--C-C-T-G-TATAA-AAATTC
gi|79135 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CA--GCCA-GAAT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTA-CTG-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-G-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79136 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CA--GCCA--AAT--G-C-AAA-CAT---G--C--TT-A------A--A-A-TG---G-C-A-A-T-AC-A-A--GT-T-A-TT-TAA--GG-G-AAA-G---T--TGGT-T-T-T-G-C---A-AA
gi|79137 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCAAGAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-AC---TAA--GG-C-AAA-C---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79138 : CCCA-AAT---G-GC-C----C-A--A--A--GCCA-GAGT--G-C-ATA-TAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-T--TTA-CTG-A-T-AC-A-A--TG-C-ACTT-AAA--GG-G-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATT
gi|79139 : CCCA-AAC---G-GC-C----C-A--A-AA--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-T-A--A--TT-A------A--A-A-TG-TCA-CTG-A-T-AC-A-A--TG-C-ACTT-GAA--GG-G-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAGTTC
gi|79140 : CCCA-TAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AA--CAT-T-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-C-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TAG--T-C-T-G-C---G-AAATTC
gi|79141 : CCCA-TAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCAA-GAGT--G-C-AAA-TAT-T-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-A---T--TAG--T-C-T-G-C---G-AAATTC
gi|79142 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-TA--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-A-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-T-AT-A-A--TG-T-CCTT-TAA--GG-C-AAA-A---G--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79143 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-TA--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-A-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-T-AT-A-A--TG-T-CCTT-TAA--GG-C-AAA-A---G--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79144 : CCCA-TAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AA--CAT-T-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-CC-A-A--TG-C-ACTT-T-A--GG-C-AAA-G---T--TAG--T-C-T-G-C---G-AAATTC
gi|79145 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-TG--G-------T--G-C-AAA-CAT-A-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTC-CTT-A-T-AC-A-A--TG-T-CCTT-TAA--GG-T-AAA-G---G--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79146 : CCCATAAC---G-CC-C------A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AA--CAT-TTG--C--T--A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-CC-C-A--TG-C-ACTT-TCA--GG-C-AAA-G---T--TAG--TCC-T-G-C---G-AAAT
gi|79147 : CCCA-AAC---G-CC-A------A--A-CA--GCCA-G-GT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTA-CTGTA-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG---ACA-G---T--TGG--T-T-T-G-T---C-AAATTC
gi|79148 : CTCA-AAC---G-CC-C----C-A----CA--GCCACGAGT--G---AAA-CAT-G----C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-TGAC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-TAAAA-G---T--TGG--T-T-TAG-C---A-AAATCC
gi|79149 : CCCT-AAC---G-CC-CTGTGC-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TC-A------
gi|79150 : CCAA-AAC---C-CC-C----A-A--A-CG--CCCA-GAGT--G-C-AAA-CATTG-G--C--TT-A------G--T-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-TTACTTATAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79151 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-ATT--TG-T-TCTT-TAA--AG-
gi|79152 : CCCA-AAC---G-CC-C----CCA--A-CA--ACCA-GAGT--A-T-AAA-CAT-G-GG-C--TT-A------A--A-AATA-TTG-CTA-A-T-GCCA-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-G-AAA-G---T--TGGTTT-C-T-G-C---G-AAATTC
gi|79153 : CCCA-CGT---G-CC-C----A-A--AACA--GCCA-GAGT--A-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-CTA-ATT-AC-A-G--TG-T-AATT-CAA--AT-C-AAGTG---T--TGA--T-T-T-G-C---A-ACATT
gi|79154 : CCAA-AAC---G-CC-C------A--A-CA--GCCAAGAGT--G-C-AAAACAT-G-G--C--TT-A------A--A-A--G-TTT-CTA-A-TAAT-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-AACTT--TGGT-T-C-T-G-CA--A-AAATTC
gi|79155 : CCCA-AAC---G-CC--------A--A--A--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------AG-A-A-TG-TT--CTG-A-T-ACAA-A--TG-CAACTT-GAA--GG-G-AAA-G---C--TGGT-T-C-T-G-C---ACAAATTC
gi|79156 : CCCA-AAC---G-CC-C----C-AAGA-CG--GCCA-GAGT--G-CTAAA-CAT-G-G--C---T-A------A--A-A-CG-TT--CTA-A-T-AC-A-GATTG-T-ATCT-TTA--GG-C-AAA-C---TA-TGG--TGT-T-GAC---A-AAATTC
gi|79157 : CCCA-AAC-----CC-C----C-A--A-CT--GCCA-GAGT--G-C-AAG-CAT---G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTA-CTG-A-T-AC-A-A--TGTT-ACTT-TAA--GGAA-AAA-G---T--T-G--T-T-T-G-C---A-AA
gi|79158 : CCCA-AAA---GACC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-GGCT--TT-A------A--A-A-TGTTTT-CTA-A-T-AT-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-
gi|79159 : CCCC-AAC---G-CC-C----C-A--A-AG--TCCT-GATT--G-C-AAA-CGT-G-A--CTTTT-A------A--ATA-TA-TTG-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-TCTT-TAA--AG-T-AGG---------GG--T-C-T-
gi|79160 : CCA-AAC---G-CC-C------A--A-CG---CCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A---TG-TTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--T-G--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79161 : CCA-AAC---G-CC-C----C-AC-A-TA--GCCA-GAGT--G-C-AAAACAT-A-G--C--TTTA------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-T-AT-A-A--TG-T-CCTT-TAA--GG-C-AAA-G------TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79162 : CCA-AAC---G-TT-A----T-A--G-CA--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTA-A-T-GC-A-A--TG-C-AATT-TAA--AT-C-AAA-G---T--TAG--T-C-T-G-C---A-TAATT
gi|79163 : CTA-AAC---G-TT-A----G-A--G-CA--ACCA-GAGC--A-C-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTT-A-T-AC-A-A--TG-T-AAGT-TAA--AT-C-AAA-G---T--TAG--T-C-T-G-C---A-
gi|79164 : CTA-AAC---G-TT-A----G-A--G-CA--ACCA-GAGC--A-C-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTT-A-T-AC-A-A--TG-T-AAGT-TAA--AT-C-AAA-G---T--TAG--T-CTT-G-C---A-
gi|79165 : CCATAAA---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT----C-AAA-CAT-G-G--C--TC-ATTTTGTAGCA-A-TT-TTT-TTA-A-A-AT-A-A--AG----CTT-TCA--G----AAA-A---TTATAC--C-C-T-T-C---A-AAATTC
gi|79166 : CCA-AGA---G-CCGC----C-AT-A-CGCCGCAA-GAGT--GGC-AAA-CAT-G-G--CT-TT-A------A--A-A-TG-TTT-CT--A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAAAGAG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-C-G-
gi|79167 : A-AACACAG-CC-C----C-A--A-CG--GACA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-A--C--AT-A------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-----------ACT----------------G---C--TGA--T-C-T-G-C---A-AAACTC
gi|79168 : AC---G-CC-C----A-A--A-CA--GCCA-GATT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-CCA-A-T-AC-A-T--TG-T-AATT-CAA--AT-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79169 : AC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AAA-C---T--TGG--T-T-T-G-C---A-AAATTC
gi|79170 : AC---G-CC-C----C-A--A-CG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-G------A--A-A-TG-CTT-CTA-A-T-AC-A-A--TG-T-ACTT-TAA--GG-C-AGA-C---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79171 : AC---G-CC-C----C-A--AACG--GCCA-GAGT--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTT-CTA-A-T-AC-C-A--TG-T-ACTT-TAA---G-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATTC
gi|79172 : AC---G-CC-C----A-A--A-CA--GCCA-GA-T--G-C-AAA-CAT-G-G--C--TT-A------A--A-A-TG-TTG-TCA-A-T-AC-A-A--TG-T-AATT-CAA---T-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AA
gi|79173 : AC---G-TT-C----C-ACCA-CA--GCCA-GATTTGG-C-AA--CAT-G-G--C--TT-T------A--A-A-TG-TTGTCAA-A-T-AC-A-A--TG-T-AATT-GAA--AT-C-AAA-G---TTATGG--T-C-T-G-G---C-AAATTC
gi|79174 : CCA-GAGC--AAC-AAA-CAT-G-A--C--TT-A------A--G-A-TG-TTG-CTT-A---AC-A-A--TG-T-AAGT-TAA---T-C-AAA-G---T--TAG--C-CTT-G-C---A-
gi|79175 : CTT-TAA--GG-C-AAA-G---T--TGG--T-C-T-G-C---A-AAATT