lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                   11111                                                                                                                                                                                                 111111111111                                                      
lowQualScore                  :      1 1    1 1 8888888 2 22    1 1  8888  444 11  222 1 1 2 22  1 3 1 333333 2   1 2 5555 2 3  22 1 7777 222 1 44 1 1  33  33 1 555 1 1 1  55 11 999999  33  33 4444 3  2  11 444 5555 222  11 33   2 1 1 1 1  2   2 666 2 66666666  2 1 1 222 2 33333 1 1 1  33 99999  1  1  11 1  333 33   1 2222 33 11     1 333  33 5 1  1 2 2 1 555 222  2 1 7777 1 11 444 1  44 1 333 1 55   1  1 2  66666666 2 1 33333 222  99 1  4444444 33 1 2 1  33   444 1 3 6666 2  33 1 2 000000000000 1 11 55  1 1 1 33333 1 222  1  11  1 1 33 22 4  6    
lowQualScore                  :      . .    . . ....... . ..    . .  ....  ... ..  ... . . . ..  . . . ...... .   . . .... . .  .. . .... ... . .. . .  ..  .. . ... . . .  .. .. ......  ..  .. .... .  .  .. ... .... ...  .. ..   . . . . .  .   . ... . ........  . . . ... . ..... . . .  .. .....  .  .  .. .  ... ..   . .... .. ..     . ...  .. . .  . . . . ... ...  . . .... . .. ... .  .. . ... . ..   .  . .  ........ . . ..... ...  .. .  ....... .. . . .  ..   ... . . .... .  .. . . ............ . .. ..  . . . ..... . ...  .  ..  . . .. .. .  .    
lowQualScore                  :      2 2    2 2 5555555 3 77    1 1  3333  000 66  000 1 1 3 77  1 4 1 333333 3   1 3 1111 3 4  88 2 9999 111 2 55 2 2  00  00 2 999 2 2 2  55 77 555555  11  11 0000 9  7  88 222 5555 666  99 44   9 4 4 4 4  9   8 666 7 22222222  7 3 3 333 6 22222 3 3 3  11 44444  3  3  88 3  777 22   3 8888 22 88     3 777  22 3 3  3 7 7 3 000 333  6 3 3333 3 88 000 3  44 2 444 2 99   3  3 6  00000000 6 3 22222 333  66 3  2222222 11 3 6 3  11   888 3 9 8888 6  11 3 6 555555555555 3 88 66  3 3 3 22222 3 333  3  88  3 6 88 22 9  1    
consensus                     : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAAAACA
Reference ( gi|79177 )        : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-G----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TG-AG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACA-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AGCAGAACA
gi|79176                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-C--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----G-G-T-AA--T--TT-AA-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTG-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---A-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAAAACA
gi|79179                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--C-A---T-T-A-TG--A--C-G----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AC-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CA-G-A-G-G---T---AA-A-G----T-A--C-C-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-G-CA--------T-T-A-----A---ACA-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----C-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAAAACA
gi|79178                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-C-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--TTG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-C---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A
gi|79180                      : CACAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---ATAAG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-TT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----CAAA-AA--C---A--------AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-GCC--------AATT-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----TG-T--ATTTA-A---TG--CAA-CG-GAA-A-G---T---AT-A-A----T-A--C---A-CA--CAA---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-A----A-GG--G-T-A--------G---GAC--T--GG-C-G-------C-C---TC-AGATAT-A-T--A--AACAAAACAtataaaca
gi|79182                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-TA---A-T-CT--A-C-A-CA---G-A--A-------TG--T-C---T-T-A-TG--A--C-G----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A--------AA--A--ATA-T-C-G-G--A-CAC-T-TGG-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT--C-AA-TA--A-TT---A--A---T----T--T--ATCTA-A---TG--C-A-CA-G-A-A-----T---AT-A-AGCC-T-A--C-A-A-CA--C-A---A-A--AA--TT-A-CA--------T-T------------CACG-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-A-G----C-G---G-T-A--------GATCC-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-C-T--A--AACAA
gi|79181                      : CGC-G-C-ACAG-T-TT------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--GG---G-G-G-C--TG-T-G-T------C-CTA-A-T------T-CT--A-T-T--A---G-G--A-A-TG--TG--T-----T-T-A-TGC-A--G-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A---TA-T-C-G-G-AAGCAC-T-G-GGC--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TA-GA-AA-TA--T-TT---A--TTG-T----T--T--AATTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---ATGA-G----T-A----T-A-C---C-C---A-A--AAT-TT-ATCA--------T-TAA-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-TGTGT-GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-CCCGTAC-C---TC-AG--A--A-T--AGTAACA-AACA
gi|79183                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-A--CG-TAG-T------C-CTA-T-A----A-T-CT--A-C-T--A---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C--A-AA--C---A----T-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AACTT--TA-AG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----C--A--TTTTA-A---TG--C-A-CG-G---A-G---T---AT-A-G----C-A--C-TAA-CA--C-A---A-G--A
gi|79185                      : CGCAG-C-ACAA-T-TT------A-A--AGCT-G-AA----GT---A--AG---G-A-G-A--C--T-G-T------CTCTA-T-A----A-T-CT--A-C-A-TA---G-G--ATA-TG--TG--T-AT--T-T-A-TGACA--C-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C--G--A--ATA-T-C-G-G-AA--AC-T-T-A-A--------AC-T-A-T---C-T-----T-GTT-AA--T--TT-AG-AA-TA-----T---A--AAG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C--------------------------------A--C-T-A-CA--C-A---ATA--CAT-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ATG-G-CT-------T--C-G-T-TG--GTC---A-T-G----A-TT--G-T-A--------G---T-C--TA-AA-T-G-C-----C-C---TC-A
gi|79184                      : CGCAGGC-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AAAC--GT---A--AG---G-G-G-G--CG-TTG-T------C-CTA-A-T----AGT-CT--A-AGT-TA---G-G--A-AGTG--TAGTT-A---T-T-ACTG--A--C-A----TCTCAC--A----CCAA-AA--C---A----AAC-AA--A--ATA-T-CCG-G-AA-AAA-C-A-G-CC-------AA-T-A-T---CGC-----TCG-T-AA--T--TATAG-AA-TA--A-TT---A--TTG-T----T--T--ATATA-G---CAGCC-A-CG-G-A-AAG---T---ATTA-G----T-A--CATGA-CA--C-AC--A-A--AAC-TT-A-CAA-------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T----G-T-TG--GCA---G-T-GTGAGA-GT--G-TTA--------G---T-C--TCTGA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-AGTCAA--AGCAA
gi|79186                      : CGCAG-C-ACA--T-T-------ACA--GGCT-G-AA----GT---T--AA---A-G-G-G--CG-T----------T-CTACA-T----A-T-AT--A-T-T--A---G-G--A-A-TG--GG--T-A---T-C---T---A--C-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C--A--A--ATACT-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------CA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--T--AG-AA-TA--A--T---A--ATG-T----T--T--TTTAA-A---TG--CGA-CG-G-A-G-A---T---AT-A--------C--C-T-ATCA--C-------A--AAC-TT-ACCA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T---T-TG----T---G-TAG----A-GT--G-TGA--------G---T-C--T--GA-C-C-G-----C-C---TC-A---AT-A----A--AACAAAACc
gi|79188                      : CACAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGTT-G-CA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-T-T----A-T-CT--A-C-A-CA---G-G--A-T-TG--TA--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----CAAA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-T-G-C-AA-CCC-T-T-G-A--------AA-T-G-C---C-C-----T-G-T-AA--T--
gi|79189                      : CGCAG-C-ACAA-T-TTTATACGG-A--GTCT-G-AAATGTGC---A--AGACTG-G-G-GT-CG-T-GCT------C-CTA-A-T----A-TTCTC-A-C-T-TA---A-GGTA-A-TG--TGG-T-A---T-T-G-TG--A--T-A----TC--AC--A----C-AA-AA--CGA-G----A-CGAA--A--ATA-T-C-G-GCAA-CAC-T-TGG-C--------AA-T-A-C---A-C-----G-G-T-AA--TTCTG-AG--A-TA--A-TTGAGA--ATG-T----T--TGAAATTA-AC--TGT-C-ATCG-G-AGA-GGGTT---TT-A-GAAT-T-A--CTT-A-CAC-C-A---A-AT-AAC-TT-A-AA--------T-T-A-----ATTTCTA-G-CCGAGGAGAT--T-GAT-TG--GTC---G-T-GTTGAA-GTAGG-T-A--------A---G-C--TC-GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-TA-A--AACAAAACAatataatggcgaagtaacaaagtattaaacgtaatcatagtcccaaaaacacat
gi|79190                      : CGCAG-C-AAAG-G-T-------A-A--GGTT-G-AA----GT---A--AG---G-G-A-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----------------T-------------A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--GATTTT-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-TACACTTGGAA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--T
gi|79191                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---GCG-G-GGCCG-T-G-T------C-TAA-A-TGA--A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A----A----TC--AC--A----T-At
gi|79187                      : CGCAG-G-ACAG-A-G-------A-A--GGTT-C-CA----TT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-TA---G-G--A-A-GG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C-
gi|79192                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-C--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-AT--A-C-T-NA---T-G--A-
gi|79193                      : CGCAG-C-ACAG-T-C-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-
gi|79194                      : CGCAG-C-ACAG-TGT-------GCA--CGCT-G-AACAA-GTGGAA--GG---G-G-G-G--CG-TTG-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-A-T--A---G-G--A-A-TG--CG--T-A---T-T-A-TG--AATC-A----TC--ACCGA----C--A-CA--C---A----A-C-AA--
gi|79195                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-T--GGCT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-tacc
gi|79196                      : CGCAA-C-AAAG-T-T-------C-A--T-TT-A-CA----GT---A--AG---A-A-A-G--CA-T-G-T------C-CTA-A-T----A----T--A-C-A-CA---G-T--A-A-TG--TT--T-A---T-T-A-TG--A--
gi|79197                      :  GCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-TA---G-GA-A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC-------C-AACAA--C---A----A-A-CA--A--AT--T-C-G-T-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AGAAA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A----T-A-CA--T-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G---G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-A---ATAA-T--A--AACAAAACAtat
gi|79199                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTT-G-TA----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-A-T----A-T-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--T--C-A----TT--AC--A----T-AA-AA--C---A----A-T-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----A-A-T-AA--T-----AG-AA-TA--A-AT---C--ATG-T----T--T--CTAAA-A---TA--C-A-CG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-C--C-T-A-TA--C-A---A-T--AAT-TC-A-TA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GCC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------A---T-C--T--GA-C-G-C-----C-A---TC-AG--AT-A-T--A--AGCAAATCA
gi|79198                      :  GCAG-CCACAG-T-T-------A-AAAGGCT---AA----GT---A--AG---G-GAG-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-TTCT--A-C-G--A---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-TTA-TGG-A--CAG----TC--AC--A----C-AA-AA--C---AC---A-A-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--T--AG-AA-TA--ATTT---A--ATGAT----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---T---A--A-G----T-A--C---A-CA--T-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACGCG-CT-------T--T-GTT-TG--GTC-----T-G----AGGT--G-T-AT-------G---T-C--T--GA-C-G-A-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAAAA
gi|79202                      :  GCAG-C-ACAG-T-T------------GGCT-G-A-----GT---A--AG---G-G-G-G--CG---G-T------C--TA-A-T----A-T-CT--A-C-TGTA---G-G--A-A-TG---G--T-AA--T-T-A-TG--A--C-A----TCT-AC--A----C-AA-AA--C---A----A----A--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T---G-C--------AA-T-A-C---CAC-----T-G-T-AA--T--TA-AG-AAATA--A-T-------ATG-T----T--A--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-G---A---AG-A-A-------------A-CA--C-A---A-A----C-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------TA-T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A--T--T-T-A--------GC--T-C--T--GA-C-GAC-----C-C---TCTAG--AT-A-T--A----CAAAAaca
gi|79200                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTTTG-TA----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-AAT----A-T-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG--T--C-A----TT--A---A----T--A-AA--C---A----A-T--A--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-TGT-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----A-A-T-AA--T-----AG-AA-TA--A-TT---C--ATG-T----T--T--CTAAA-A---TA--C-A-CG-G-A-A-GA--T---AT-A-G----T-C--C-T-A-GA--C-A---A-T--AA--TT-A--A--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-T---GTC---G-TCG----A-AT--G-T-AATACCG--G---T-A--T--GACC-G-C-----C-T---TC-AC--AT-
gi|79201                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTT-T-A-----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-A-T----AAT-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---TAT-A-TG--T--C-A----TT--AC--A----T-AA-A---C---A----A-T-AA--A--ATA-T-C-GAG-AA-CAC-TAT-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----A-A-T-AA--T-----AG-AA-TA--A-TT---AC-ATG-A----T--T--TCTAA-A---TA--C-A-CGAG-A-A-G---T---AT-AAG----T-C--C-T-A-GA--C-A---A-ATAAAA-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-C--------T--T-G-T-T---GTC---G-TCG----A-AT--G-T-AAATACCGGA---T-A--T--GA-C-G-C-----CTC---TC-AC--AT-
gi|79204                      :  GCAG-C-ACAG-T-TT------A-A--GGTT-G-AAA---GT---A--AA---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CA---GCG--A-G-TG--TG--T-T---T-T-A-T---A--C-A----TA--AC--A----C-AA-AAAGT---A----A-C-AA--AT-ATA-T-T-C-G-CA-CTC-T-T---C--------AA-T-ATT---C-C-----T-A-C-AA--T-----AG-AA--------C---A--ATG-T----T------TCTA-AAATTG--C-A-C--G-A-A-G---T---AT-A-T----TAA--C-T-A-CA--G-A---A-A--AAA--T-A-CA--------TAA-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-T---GTC---G-T-G----T-GT--G-T-A--------A---T-T--T---A-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-A----A--AGCAA
gi|79203                      :  GCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AT---G-G-C-G--CG-T-G-C------C-CCA-A-T----A-T-CT--AGC-T-CA---G-GGAA-A-TGCTTT--C-AT--T-T-A-TGC-A--G-A----TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AACGA--ATACT-C-C-G-AA-CAC---T-G-C--------AATT-A-T-----C-----G-G-T-AA--TTATG-AG-AA-CA--A-TT---A--ATG-T----TTCT--ATTTG-A---TG--C-A-CG-G-ATA-G---TGTGAT-A-G----T-A--C-T---CA--C-AGCTA-AT-AAC-TTAA-CG--------TGT-ACGTGTA---ACG-G-CT-------TTGT-G-T-TG--GTTTCGG-T-GC---A-AT--G-T-G--------GC--T-CATT--GA-CGG-C-----C-T---TC-AG--AT-c
gi|79205                      :   CAG-C-ACAGAT-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G----CGAT-G-T------C-CTA-A-T----A-TTCTTAA-A-T-TA---G-G--A-A-TG---G--T-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AC--A----C-AATAA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-TA-CAC-T-G-G-C--------AA-TTA-TTAAC-C-----T-G-T-AA--T--TT-AG-AA-TA----TT---A--TTG-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CG-GGA-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-C---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---AC--G-CT-------T--TGG-T-TG--GTCT--G-T-G----A-GG--A-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-CAAAA
gi|79206                      :     G-C-CCAG-T-T-------A-AT-GGCT-G-CA----ATGCTA--AG---G-G-GCG--CG-T-G-CTGCCCGC-CTA-AAT----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-GA--GA--T-AGTTT-T-A-TG--A--G-GGCATTC--ACT-A----C-AA-AA--C---ATGAGG-C-AA--ATTATA-TAC-G-G-AA-CACAT-T-G-C--------AA-T-A-T---C-CGCGGAT-C-T-TA--T--AG-AG-GA-CA--A-TTT--A--ATG-TATACC--T--ATTTG-A---TG--CCA-CG-A-A-G-A---T---GT-A-GGAGAT-AGAC-T-A-CAA-C-A---A-ACAAAC-TT-A-CGAGTGTACGT-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TAGCGTC---GCT-G----ACGTG-G-T-A--------G---T-C--TG-GA-C-G-C-----C-CTTATC-AG--AT-
gi|79207                      :      -C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------G-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CA---G-A--C-G-TG--TG--T-A---T-C-A-TG--A--T-A----TC--AC--A----T-GA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-G-T-G-G-AA-CAC-T-T-G-T--------AT-T-A-T---T-C-----T-G-C-AA--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----C--G--ATTTA-A---TG--C-A-CG-G-A-A-A---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---TCG-G-CT-------T--T---T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------T---T-C--T--GA-----C-----C-T---TC-AG--AT-A-T--A--AGCAGAACA
gi|79208                      :      -C-ACAG-T-TC------A-A--GGCT-G-AAA---GT---A--AG---G-G-GCG--CG-T-G-T------G-TAA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CACACG-G------TG--TG--T-A---T-C-A-TG--A--T-AA---TC--AC--AT---C-GA-AA--CCCAAC---A-C-AG--A--ATA-T-G-G-G-AAACACCT-T-T-T--------AT-T-A-T---T-C-----T-G-CCAA--T--TT-AG-AA-TACTA-TT---A--ATG-T----C--G--ATTTA-A---AG--C-A-CG-G-A-A-A---T---AT-A-G----T-A--C-TGA-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---TCG-GACT-------T--T---T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--GAT-A--------T---T-C--T--GA-----------C-T---TC-AG--AT-A-T--A--A-CAGAA
gi|79209                      :        -ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-A-G--CG-T-G-T------C-CGA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--C-A---T-T-A-TG--A--C-A----TC--AA--A----C-TA-AA--C---A----A---AA--A--ATT-T-T-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----G-G-T-AG--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--GTG-T----T--T--ATTTG-A---TG--C-A-CG-G-C-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAAAACAaaca
gi|79210                      :          CAG-T-T-------A-A--G-CT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------CACTA-A-T----A-T-CT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TGT-TG--T-A-----T-A-TG--A---------TC--AC--A----C-AA-AA--C---A----A---AA--C--ATA-T-G-G-T-AA-C-C-T-G-G-C---------A-T-A-T-----C-----T-G-T-AAT-T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A--TTG-T----T--T--ATTTA-T---GG--C-T-CG-----A-GC--T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CATCC-A---T-A--AAC-TT-A-CA--------T-A-A-----G---ACG-G-C--------T--T-G-T-TG--GTCA--G-T-G----G-TT--G---A--------G---T-C--T--GA-C---C-----C-C---T--AG--AT-A-T--A--A
gi|79211                      :                         -A--GGTT-GCAA----G-------AA---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-TTAATA-T-CT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--TAA---T-T-A-TG--A--T-A----TC--AA--A----C-AC-CA--C---C----A-C-Atataaata
gi|79212                      :                                                                                                                                                                         A-AG--C---A----A-C-AA--A--TTA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T-----GG-AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-CG---A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--CAC-TT-G-CA--------A-T-A-----A---ACG-G-GG-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------A---T-C--A--TA-T-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--ACCAAAACAcaccacacaaaaaaa
gi|79214                      :                                                                                                                                                                                                                    C-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-----T-G-T-AA--T--TT-AG-AA-TA--A-TT---A------------------------------------------A-G---T---AT-A-G--------------------------------C-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-T-T-TA--GTC---G-T-A----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AA--AT-A-G--G--AGCAAAACA
gi|79215                      :                                                                                                                                                                                                                           -C--------AA-T-A-T---C-C-----G-G-T-AA--T--TT-A--AA-TA--A-TT---A--ATG-T----T--T--ATTTGCA---TG--CCA-CA---A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC----A-CA--------T-T-A-----A---AC--G-CT-------T--T-G-T-TA--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G-----C--T--G--C-G-C-----C-C---TC-AG--A--A-T--A--AACAAACCA
gi|79216                      :                                                                                                                                                                                                                                             ---C-C-----C-G-T-AG--T--------AA-TA--A-TT---A--ACG-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-CG-G-A--------------A-G----T-A--C-C-A-CA--C-A---A-A--AGC-TT-A-AA--------T-T-A-----A---------CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GC--G-T-A--------C---T-T--T--AA-----------C-C---TG-AT--AT-A-T--A--AG
gi|79213                      :                                                                                                                                                                                                                                                                       -AG-AA-TA--A-TT---ATAATG-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-CG-A-A-A-----T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AACATT-A-AA--------T-T-A-----A---ACG-G-CC-------T--T-G-A-TG--GTC---G-T-G----A-GT----T-A--------A---T-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-a
gi|79217                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaaatttcgagactcaagatgacaaaagtattttgtatagagtttaaaaat---AT-A-G----T-A--C-T-A-CT--C-A---A-A--AAC-TT-A-TA--------A-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-T----A-GT--G-T-A--------A---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AT--AT-A-T--A--AGGAAAACA
gi|79218                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -A---A-A--ACC-TT-A-CA--------T-T-A-----A---ACG-G-CT-------T--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-T--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--AACAA

lowQualScore                  :      1 1    1 1 8888888 2 22    1 1  8888  333 11  111 1 1 2 22  1 3 1 333333 2   1 2 5555 2 3  22 1 7777 222 1 44 1 1  22  22 1 444 1 2 1  3 333  44 1 33  33 3333 2  2  11 444 5555 222  11 33   2 1 1 1 1  2   2 666 2 66666666  2 1 1 222 2 1 1  2  1  2 22 2222 1 1 1 2222 11 1  333 33  222 1 2222 33 11     1 333  33 5 1 1 1 1 2 1 444 222  2 1 6666 1 11 333 1  44 1 333 1 55   1  1 2  55555555 2 1 33333 33333 11  3333 1   33 1 1 1  33   444 1 3 6666 2  33 1 2 999999999999 1 11 55  1 1 1 33333 1 222  1  11  1 1 33 22 4        
lowQualScore                  :      . .    . . ....... . ..    . .  ....  ... ..  ... . . . ..  . . . ...... .   . . .... . .  .. . .... ... . .. . .  ..  .. . ... . . .  . ...  .. . ..  .. .... .  .  .. ... .... ...  .. ..   . . . . .  .   . ... . ........  . . . ... . . .  .  .  . .. .... . . . .... .. .  ... ..  ... . .... .. ..     . ...  .. . . . . . . . ... ...  . . .... . .. ... .  .. . ... . ..   .  . .  ........ . . ..... ..... ..  .... .   .. . . .  ..   ... . . .... .  .. . . ............ . .. ..  . . . ..... . ...  .  ..  . . .. .. .        
lowQualScore                  :      2 2    1 1 3333333 2 66    1 1  1111  999 55  999 1 1 2 66  1 3 1 222222 2   1 2 0000 2 3  77 1 1111 111 2 44 2 2  99  99 2 555 2 4 2  6 888  11 2 00  00 9999 5  6  88 000 3333 777  88 33   8 4 4 4 4  8   7 000 6 00000000  6 3 3 222 5 2 2  5  2  4 99 7777 2 2 2 7777 77 2  444 00  222 2 7777 00 77     2 444  00 0 2 2 2 2 5 2 777 111  4 2 8888 2 77 999 2  11 2 222 2 66   2  2 4  66666666 4 2 11111 11111 77  9999 2   00 2 2 2  00   777 2 8 6666 5  00 2 5 999999999999 2 77 55  2 2 2 11111 2 222  2  88  3 5 77 11 6        
consensus                     : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAACA
Reference ( family-414 )      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAACA
gi|79176                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-C--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-G-GT-AA-TT-T--A----A-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTG-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---A-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAACA
gi|79177                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CG--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-G--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CA----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-GCAGAACA
gi|79178                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-C-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--TT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-C---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--ATATAAA
gi|79179                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--C-A---T-T-A-TG-A---CG--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----C-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-A-G-A-G-G---T---AA-A-G----T-A--C-C-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-G-CA--------T-T-A-----A-----A--CA----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----C-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAACAca
gi|79180                      : CACAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---ATAAG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-TT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AA-A-------A----A-CAAA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-GCC--------AATT-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----TG-T--ATTTA-A---TG--CAA-C-G-GAA-A-G---T---AT-A-A----T-A--C---A-CA--CAA---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-A----A-GG--G-T-A--------G---GAC--T--GG-C-G-------C-C---TC-AGATAT-A-T--A--A-ACAAAACA
gi|79181                      : CGC-G-C-ACAG-T-TT------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--GG---G-G-G-C--TG-T-G-T------C-CTA-A-T------T-CT--A-T-T--A---G-G--A-A-TG--TG--T-----T-T-A-TGCA---GA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AA--A---TA-T-C-G-G-AAGCAC-T-G-GGC--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-A--G----A-A-A-T----A--T-TT---A--TT---G-T----T--T--AATTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---ATGA-G----T-A----T-A-C---C-C---A-A--AAT-TT-ATCA--------T-TAA-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-TGTGT-GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-CCCGTAC-C---TC-AG--A--A-T--AGTA-ACAAA
gi|79182                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-TA---A-T-CT--A-C-A-CA---G-A--A-------TG--T-C---T-T-A-TG-A---CG--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A--------AA--A--ATA-T-C-G-G--A-CAC-T-TGG-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T-------C-A-A-T----A--A-TT---A--A------T----T--T--ATCTA-A---TG--C-A-C-A-G-A-A-----T---AT-A-AGCC-T-A--C-A-A-CA--C-A---A-A--AA--TT-A-CA--------T-T-------C-----A--C-----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-A-G----C-G---G-T-A--------GATCC-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-C-T--A--A-ACAAAca
gi|79183                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-A--CG-TAG-T------C-CTA-T-A----A-T-CT--A-C-T--A---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C--A-AA--C---A----T-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-CT-TTAA----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----C--A--TTTTA-A---TG--C-A-C-G-G---A-G---T---AT-A-G----C-A--C-TAA-CA--C-A---A-G--A
gi|79184                      : CGCAGGC-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-A-AAAC--GT---A--AG---G-G-G-G--CG-TTG-T------C-CTA-A-T----AGT-CT--A-AGT-TA---G-G--A-AGTG--TAGTT-A---T-T-ACTG-A---CA--T-CTCAC--A----CCAA-AA--C---A----AAC-AA--A--ATA-T-CCG-G-AA-AAA-C-A-G-CC-------AA-T-A-T---CGC-TCGT-AA-TTAT--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--TT---G-T----T--T--ATATA-G---CAGCC-A-C-G-G-A-AAG---T---ATTA-G----T-A--CATGA-CA--C-AC--A-A--AAC-TT-A-CAA-------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT----G-T-TG--GCA---G-T-GTGAGA-GT--G-TTA--------G---T-C--TCTGA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-AGTCAA--A-GCAAA
gi|79185                      : CGCAG-C-ACAA-T-TT------A-A--AGCT-G-AA----GT---A--AG---G-A-G-A--C--T-G-T------CTCTA-T-A----A-T-CT--A-C-A-TA---G-G--ATA-TG--TG--T-A---T-TTA-TG-A---CACAT-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-GA--A---TA-T-C-G-G-AA--AC-T-T-A-A--------AC-T-A-T---C-T-T-GTTAA-TT-T--A----G-A-A-T----A-----T---A--AA---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C----------------------------------T-A-CA--C-A---ATA--CAT-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--TG----G-CTT--C-G-T-TG--GTC---A-T-G----A-TT--G-T-A--------G---T-C--TA-AA-T-G-C-----C-C---TC-Ac
gi|79186                      : CGCAG-C-ACA--T-T-------ACA--GGCT-G-AA----GT---T--AA---A-G-G-G--CG-T----------T-CTACA-T----A-T-AT--A-T-T--A---G-G--A-A-TG--GG--T-A---T-C---T--A---CA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C--A--A--ATACT-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------CA-T-A-T---C-C-T-GT-AA--T-T--A----G-A-A-T----A--A--T---A--AT---G-T----T--T--TTTAA-A---TG--CGA-C-G-G-A-G-A---T---AT-A--------C--C-T-ATCA--C-------A--AAC-TT-ACCA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T---T-TG----T---G-TAG----A-GT--G-TGA--------G---T-C--T--GA-C-C-G-----C-C---TC-A---AT-A----A--A-ACAAAAC
gi|79187                      : CGCAG-G-ACAG-A-G-------A-A--GGTT-C-CA----TT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-TA---G-G--A-A-GG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-
gi|79188                      : CACAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGTT-G-CA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-T-T----A-T-CT--A-C-A-CA---G-G--A-T-TG--TA--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----CAAA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-T-G-C-AA-CCC-T-T-G-A--------AA-T-G-C---C-C-T-GT-AA-TA-T--A----T-A-A-TGGCGA--A-GT---A--ACAAAG---------T--A-TTA-A---------A-C-G-T-A-A-T---C---AT-A-G----T----------CC--C-A---A-A--AAC----A-CA--------T-
gi|79189                      : CGCAG-C-ACAA-T-TTTATACGG-A--GTCT-G-AAATGTGC---A--AGACTG-G-G-GT-CG-T-GCT------C-CTA-A-T----A-TTCTC-A-C-T-TA---A-GGTA-A-TG--TGG-T-A---T-T-G-TG-A---TA--T-C--AC--A----C-AA-AA--CGA-G----A-CGAA--A--ATA-T-C-G-GCAA-CAC-T-TGG-C--------AA-T-A-C---A-C-G-GT-AA-TT-C--T----G-AGA-T----A--A-TTGAGA--AT---G-T----T--TGAAATTA-AC--TGT-C-ATC-G-G-AGA-GGGTT---TT-A-GAAT-T-A--CTT-A-CAC-C-A---A-AT-AAC-TT-A-AA--------T-T-A-----ATTTCTAGCCGAGGAG-ATT--G-A-T-TG--GTC---G-T-GTTGAA-GTAGG-T-A--------A---G-C--TC-GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-TA-A--A-ACAAAACA
gi|79190                      : CGCAG-C-AAAG-G-T-------A-A--GGTT-G-AA----GT---A--AG---G-G-A-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----------------T-------------A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--GATTTT-AA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-TACACTTGGAA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--
gi|79191                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---GCG-G-GGCCG-T-G-T------C-TAA-A-TGA--A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A----A--T-C--AC--A----T-A
gi|79192                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-C--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-AT--A-C-T-NA---T-G--A-
gi|79193                      : CGCAG-C-ACAG-T-C-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-
gi|79194                      : CGCAG-C-ACAG-TGT-------GCA--CGCT-G-AACAA-GTGGAA--GG---G-G-G-G--CG-TTG-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-A-T--A---G-G--A-A-TG--CG--T-A---T-T-A-TG-AAT-CA--T-C--ACCGA----C--A-CA--C---A----A-C-AA--
gi|79195                      : CGCAG-C-ACAG-T-T-------A-T--GGCT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-tacc
gi|79196                      : CGCAA-C-AAAG-T-T-------C-A--T-TT-A-CA----GT---A--AG---A-A-A-G--CA-T-G-T------C-CTA-A-T----A----T--A-C-A-CA---G-T--A-A-TG--TT--T-A---T-T-A-TG-A---TA--T-
gi|79197                      :  GCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-T-TA---G-GA-A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC-------C-AACAA--C---A----A-A-CA--A--AT--T-C-G-T-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----GAA-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A----T-A-CA--T-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G---G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-A---ATAA-T--A--A-ACAAAACA
gi|79198                      :  GCAG-CCACAG-T-T-------A-AAAGGCT---AA----GT---A--AG---G-GAG-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-TTCT--A-C-G--A---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-TTA-TGGA---CAG-T-C--AC--A----C-AA-AA--C---AC---A-A-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-G-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA--T-T--A----G-A-A-T----A--ATTT---A--AT---GAT----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---T---A--A-G----T-A--C---A-CA--T-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CGC---G-CTT--T-GTT-TG--GTC-----T-G----AGGT--G-T-AT-------G---T-C--T--GA-C-G-A-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAA
gi|79199                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTT-G-TA----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-A-T----A-T-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-T---CA--T-T--AC--A----T-AA-AA--C---A----A-T-AA--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-A-AT-AA-T-----A----G-A-A-T----A--A-AT---C--AT---G-T----T--T--CTAAA-A---TA--C-A-C-G-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-C--C-T-A-TA--C-A---A-T--AAT-TC-A-TA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GCC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------A---T-C--T--GA-C-G-C-----C-A---TC-AG--AT-A-T--A--A-GCAAATCAaca
gi|79200                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTTTG-TA----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-AAT----A-T-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---T-T-A-TG-T---CA--T-T--A---A----T--A-AA--C---A----A-T--A--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-TGT-G-C--------AA-T-A-T---C-C-A-AT-AA----T--A----G-A-A-T----A--A-TT---C--AT---G-T----T--T--CTAAA-A---TA--C-A-C-G-G-A-A-GA--T---AT-A-G----T-C--C-T-A-GA--C-A---A-T--AA--TT-A--A--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-T---GTC---G-TCG----A-AT--G-T-AATACCG--G---T-A--T--GACC-G-C-----C-T---TC-AC--AT-
gi|79201                      :  GCAG-C-ACAG-G-T-------A-A--GGTT-T-A-----GT---A---G---G-G-G-G--CG-T-G-T------T-GTA-A-T----AAT-TT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--T-A---TAT-A-TG-T---CA--T-T--AC--A----T-AA-A---C---A----A-T-AA--A--ATA-T-C-GAG-AA-CAC-TAT-G-C--------AA-T-A-T---C-C-A-AT-AA-T-----A----G-A-A-T----A--A-TT---AC-AT---G-A----T--T--TCTAA-A---TA--C-A-C-GAG-A-A-G---T---AT-AAG----T-C--C-T-A-GA--C-A---A-ATAAAA-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-C-T--T-G-T-T---GTC---G-TCG----A-AT--G-T-AAATACCGGA---T-A--T--GA-C-G-C-----CTC---TC-AC--AT-
gi|79202                      :  GCAG-C-ACAG-T-T------------GGCT-G-A-----GT---A--AG---G-G-G-G--CG---G-T------C--TA-A-T----A-T-CT--A-C-TGTA---G-G--A-A-TG---G--T-AA--T-T-A-TG-A---CA--T-CT-AC--A----C-AA-AA--C---A----A----A--A--ATA-T-C-G-G-AA-CAC-T---G-C--------AA-T-A-C---CAC-T-GT-AA-TT-A--A----G-A-AAT----A--A-T-------AT---G-T----T--A--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-G---A---AG-A-A-------------A-CA--C-A---A-A----C-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTTA-T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A--T--T-T-A--------GC--T-C--T--GA-C-GAC-----C-C---TCTAG--AT-A-T-------ACAAAA
gi|79203                      :  GCAG-C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AT---G-G-C-G--CG-T-G-C------C-CCA-A-T----A-T-CT--AGC-T-CA---G-GGAA-A-TGCTTT--C-AT--T-T-A-TGCA---GA--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A-C-AACGA--ATACT-C-C-G-AA-CAC---T-G-C--------AATT-A-T-----C-G-GT-AA-TTATG-A----G-A-A-C----A--A-TT---A--AT---G-T----TTCT--ATTTG-A---TG--C-A-C-G-G-ATA-G---TGTGAT-A-G----T-A--C-T---CA--C-AGCTA-AT-AAC-TTAA-CG--------TGT-ACGTGTA-----A--CG----G-CTTTGT-G-T-TG--GTTTCGG-T-GC---A-AT--G-T-G--------GC--T-CATT--GA-CGG-C-----C-T---TC-AG--AT-
gi|79204                      :  GCAG-C-ACAG-T-TT------A-A--GGTT-G-AAA---GT---A--AA---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CA---GCG--A-G-TG--TG--T-T---T-T-A-T--A---CA--T-A--AC--A----C-AA-AAAGT---A----A-C-AA--AT-ATA-T-T-C-G-CA-CTC-T-T---C--------AA-T-ATT---C-C-T-AC-AA----T--A----G-A-A------------C---A--AT---G-T----T------TCTA-AAATTG--C-A-C---G-A-A-G---T---AT-A-T----TAA--C-T-A-CA--G-A---A-A--AAA--T-A-CA--------TAA-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-T---GTC---G-T-G----T-GT--G-T-A--------A---T-T--T---A-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-A----A--A-GCAAA
gi|79205                      :   CAG-C-ACAGAT-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G----CGAT-G-T------C-CTA-A-T----A-TTCTTAA-A-T-TA---G-G--A-A-TG---G--T-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AC--A----C-AATAA--C---A----A-C-AA--A--ATA-T-C-G-G-TA-CAC-T-G-G-C--------AA-TTA-TTAAC-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T-------A-TT---A--TT---G-T----T--T--ATTTA-A---TG--C-A-CGG-G-A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-C---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--C-----G-CTT--TGG-T-TG--GTCT--G-T-G----A-GG--A-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T-----A-ACAAAAc
gi|79206                      :     G-C-CCAG-T-T-------A-AT-GGCT-G-CA----ATGCTA--AG---G-G-GCG--CG-T-G-CTGCCCGC-CTA-AAT----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-GA--GA--T-AGTTT-T-A-TG-AGGGCA--TTC--ACT-A----C-AA-AA--C---ATGAGG-C-AA--ATTATA-TAC-G-G-AA-CACAT-T-G-C--------AA-T-A-T---C-CGC-GG-AT-CT-T--ATAGAG-G-A-C----A--A-TTT--A--AT---G-TATACC--T--ATTTG-A---TG--CCA-C-G-A-A-G-A---T---GT-A-GGAGAT-AGAC-T-A-CAA-C-A---A-ACAAAC-TT-A-CGAGTGTACGT-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TAGCGTC---GCT-G----ACGTG-G-T-A--------G---T-C--TG-GA-C-G-C-----C-CTTATC-AG--AT-
gi|79207                      :      -C-ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-G-G--CG-T-G-T------G-CTA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CA---G-A--C-G-TG--TG--T-A---T-C-A-TG-A---TA--T-C--AC--A----T-GA-AA--C---A----A-C-AA--A--ATA-G-T-G-G-AA-CAC-T-T-G-T--------AT-T-A-T---T-C-T-GC-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----C--G--ATTTA-A---TG--C-A-C-G-G-A-A-A---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----T--CG----G-CTT--T---T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------T---T-C--T--GA-----C-----C-T---TC-AG--AT-A-T--A--A-GCAGAACA
gi|79208                      :      -C-ACAG-T-TC------A-A--GGCT-G-AAA---GT---A--AG---G-G-GCG--CG-T-G-T------G-TAA-A-T----A-T-CT--A-C-A-CACACG-G------TG--TG--T-A---T-C-A-TG-A---TAA-T-C--AC--AT---C-GA-AA--CCCAAC---A-C-AG--A--ATA-T-G-G-G-AAACACCT-T-T-T--------AT-T-A-T---T-C-T-GCCAA-TT-T--A----G-A-A-T----ACTA-TT---A--AT---G-T----C--G--ATTTA-A---AG--C-A-C-G-G-A-A-A---T---AT-A-G----T-A--C-TGA-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----T--CG----GACTT--T---T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--GAT-A--------T---T-C--T--GA-----------C-T---TC-AG--AT-A-T--A--ACAGAAAACA
gi|79209                      :        -ACAG-T-T-------A-A--GGCT-G-AA----GT---A--AG---G-G-A-G--CG-T-G-T------C-CGA-A-T----A-T-CT--A-C-T-CA---G-G--A-A-TG--TG--C-A---T-T-A-TG-A---CA--T-C--AA--A----C-TA-AA--C---A----A---AA--A--ATT-T-T-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-G-GT-AG-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--GT---G-T----T--T--ATTTG-A---TG--C-A-C-G-G-C-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAAACA
gi|79210                      :          CAG-T-T-------A-A--G-CT-G-AA----GT---A--A----G-G-G-G--CG-T-G-T------CACTA-A-T----A-T-CT--A-A-T-TA---G-G--A-A-TGT-TG--T-A-----T-A-TG------A--T-C--AC--A----C-AA-AA--C---A----A---AA--C--ATA-T-G-G-T-AA-C-C-T-G-G-C---------A-T-A-T-----C-T-GT-AATTT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A--TT---G-T----T--T--ATTTA-T---GG--C-T-C-G-----A-GC--T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CATCC-A---T-A--AAC-TT-A-CA--------T-A-A-----G-----A--CG----G-C-T--T-G-T-TG--GTCA--G-T-G----G-TT--G---A--------G---T-C--T--GA-C---C-----C-C---T--AG--AT-A-T--A--ATATAAA
gi|79211                      :                         -A--GGTT-GCAA----G-------AA---G-G-G-G--CG-T-G-T------C-CTA-A-TTAATA-T-CT--A-C-A-CA---G-G--A-A-TG--TG--TAA---T-T-A-TG-A---TA--T-C--AA--A----C-AC-CA--C---C----A-C-Ata
gi|79212                      :                                                                                                                                                                       A-AG--C---A----A-C-AA--A--TTA-T-C-G-G-AA-CAC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-T-----G----G-A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-C-G---A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--CAC-TT-G-CA--------A-T-A-----A-----A--CG----G-GGT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------A---T-C--A--TA-T-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-CCAAAACAcaccacacaaaaaaa
gi|79213                      :                                                                                                                                                                                                                                                            -T--A----G-A-A-T----A--A-TT---ATAAT---G-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-C-G-A-A-A-----T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AACATT-A-AA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CCT--T-G-A-TG--GTC---G-T-G----A-GT----T-A--------A---T-C--T--GA-C-A-C-----C-C---TC-AG--AT-
gi|79214                      :                                                                                                                                                               aaaaatttcgagactcaagatgacaaaagtattttgtatagagtttaaaaaC-T-T-G-C--------AA-T-A-T---C-C-T-GT-AA-TT-T--A----G-A-A-T----A--A-TT---A----------------------------------------------A-G---T---AT-A-G--------------------------------C-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-T-T-TA--GTC---G-T-A----A-GT--G-T-A--------G---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AA--AT-A-G--G--A-GCAAAACA
gi|79215                      :                                                                                                                                                                                                                         -C--------AA-T-A-T---C-C-G-GT-AA-TT-T--A------A-A-T----A--A-TT---A--AT---G-T----T--T--ATTTGCA---TG--CCA-C-A---A-A-G---T---AT-A-G----T-A--C-T-A-CA--C-A---A-A--AAC----A-CA--------T-T-A-----A-----A--C-----G-CTT--T-G-T-TA--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G-----C--T--G--C-G-C-----C-C---TC-AG--A--A-T--A--A-ACAAACCA
gi|79216                      :                                                                                                                                                                                                                                           ---C-C-C-GT-AG-T------------A-A-T----A--A-TT---A--AC---G-T----T--T--CTAAA-A---TG--C-A-C-G-G-A--------------A-G----T-A--C-C-A-CA--C-A---A-A--AGC-TT-A-AA--------T-T-A-----A----------------CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GC--G-T-A--------C---T-T--T--AA-----------C-C---TG-AT--AT-A-T--A--A-
gi|79217                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---AT-A-G----T-A--C-T-A-CT--C-A---A-A--AAC-TT-A-TA--------A-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-T----A-GT--G-T-A--------A---T-C--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AT--AT-A-T--A--A-GGAAAACAga
gi|79218                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -A---A-A--ACC-TT-A-CA--------T-T-A-----A-----A--CG----G-CTT--T-G-T-TG--GTC---G-T-G----A-GT--G-T-A--------G---T-T--T--GA-C-G-C-----C-C---TC-AG--AT-A-T--A--A-ACAAA