lowQualScore : 2 77777777777777777 22222222222222
lowQualScore : 2 2 2 44 5 2 1 2 33333333333333333 2 333 22 333 333 3 22 1 6 00000000000000 1 1 333 2222 3333 555555 1 22 1 55 1 22 2222 33 1 1 1 1 11 6666666666666 1 1 1 111 1 11 1 3333 1 22 22 11 555555 3 22 33 1 44 444 1 6
lowQualScore : . . . .. . . . . ................. . ... .. ... ... . .. . . .............. . . ... .... .... ...... . .. . .. . .. .... .. . . . . .. ............. . . . ... . .. . .... . .. .. .. ...... . .. .. . .. ... . .
lowQualScore : 5 5 5 77 3 5 3 6 88888888888888888 2 333 66 333 333 8 66 9 9 55555555555555 5 7 000 4444 7777 000000 7 44 7 44 7 33 4444 99 1 1 0 0 44 7777777777777 0 0 0 888 0 44 0 2222 0 88 66 55 999999 9 11 77 5 22 888 5 0
consensus : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAACGTAG--------GT-ACCCT-AA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAATATAC-------------GGCGCTTATTAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
Reference ( gi|86522 ) : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTACTA-GCAATATGTAG--A-AC-TGT-GTCCA-AA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAGTATAC-------------CGCGTTTATTAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAGA
gi|86524 : ACAC-CT-TA-GT-TAGGCATGTACTA-GCAAAATGTAG--------GT-ACCCT-AA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAAAATAC-------------CGCGCTTATTAT-A---G--A-T----TT------TT-C--GG-C--AA-AAT--AGT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACGCC--AG--A-A--TA---G-AA
gi|86523 : ACAC-AT-AA-GA-TAGACACGCACTA-GCAAAACGTAG-----------GTACC-AT-TTGATGTAAC---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAATGTAC-------------CGCGTTTACTAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AG-C--AA-ATT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-CGAATGTC--AG--A-A--CA---A-AAAAgaa
gi|86520 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-GCAAAACGTAG--------GT-ACCTA-AA-T-GATGTAAC---C--AACA---TT---AATA--A-ACAAATATAC-------------CGCGTTTATTAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAA---T--AG--A-ATTTA---A-AAA
gi|86526 : ACAC-CT-TT-GT-TAGACGTGCACTA-GCAAAACGTAG--------GT-ACCCT-GA-TCGATGTCAA---G--AACA---TA---A-TA--G-ACAAGTATAC-------------GGCGCTTATTAT-A---G--T-T----TA------TA-C--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-AT-AT---GGAA-T--T-A----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAAGGTC--AG--A-A--TA---A-AAAAa
gi|86525 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-ACAA------A--A-AC--GTAGTCCCTAA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAATATAC--------------GC-TTTATTAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AA---ATT----TT--G-CA-C-A-T--A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TGAATGTC--AGT-A-A--TA---A-AAAA
gi|86527 : ACAC-CT-TA-GT-TAGATATGCACTA-GCAAAATGTAG--------GT-ACCCT-AA-TTGATGAAAA---C--AACA---TT---A-TA--G-ACAAATATAC-------------GTTGCTTATTAT-A---G--T-T----TA------TT-C--AG-C--GA-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--G-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-A--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--T---G-TAA
gi|86521 : ACACACT-TA-GAATAGACA-GCACTA-GCAAAACGTAG--------GT-ACTCA-AA-T-GATGTAAC---C--AACA---TT---A-TA--A-ACAAATATAC-------------CGCGTTTATTAT-A---G--A-T----TA-------C-C--AA-C--AA------ATT----TT--G-C--CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAATATC--AG--A-A--TT---A-AAAA
gi|86528 : ACAC-CT-TA-G-----ACATGCACTC-GCAAAACATAG--------GT-ACCCT-AA-ATGATATAAA---T--AACA---TT---A-TATAG-ACAAATATAC-------------GGCGCTTATTAT-A---T--A-T----TA------TT-C--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--A-CA-CCA-TT-A--CT------------GTAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTTTC--C--C---A-TAAATGTC--AA--A-A--TATT-A-AAA
gi|86529 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAACTGTAG--A------T-ACCCT-AA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---A-TA--G-ACAAATACAT-------------GGTGCTTATCAT-A---G--T-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AAT--TTT----TT--G-Ca
gi|86530 : ACAC-CT-TA-AT-TAGACAAGC-CTAAGCAAAAAGTAG--------GC-ATTCT-TA-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---G-TT--A-ACAAATATAC-------------GGCGCTCATTAT-A---G--A-T----TT------TT-CATAA-A--AA-AAT--ATT----TTTCA-CA-CAA-TT-C--CCCCCCCCCCCCAAAAAA-AAA-CG-AC---GAA-------G----A-AGC--CCTTTC--C--C---G-AAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86531 : ACAC-TT-TA-AT-TAGACATGCACTA-GCAA-AT-CAA--A-G---GT-ATCTT-AA-TTAATGTAAA---C--AATA---TT---A-TA--G-ACAAATATAC-------------GTCGCTTATTTT-A---G--A-T----TA------T
gi|86532 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTTCAA-GCAAAACGTAG--------GT-ATCCT-TA-TTGGTGTAAA---C--AACA---GT---C-TA--T-ACCAACATAC-------------AGCGCTTACTAT-A---T--A-TTCCATA------TC-C--AG-C--
gi|86533 : CAC-AT-TA-GT-TACACATACACTA-GCAAAACGTAG--GTACAGGT-ACCCT-TA-TTGATGTAAA---C--AACC---TTCATA-TA--G-AAAAATATAC-------------GGCGTTTATTAT-A---G--A-T----TA------TT-T--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-AAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AGAA
gi|86534 : AC-CTGTA-GA-TAGA-ATG-ACTA-GCAAAACGTAG--G-AC-A-----CCT-AA-TTGATGTAGAGCCC--AACA---TT---AATA--A-ACAGATATCCTAGTGAGAGAAAACAGGTCTTTTAT-A---AGAA-T----TA------TTTC--AG-CC-AA-AAT--ATT----TTTGA-CAACCA-GT-A--C-------------GAAG-AAC-TA-AT---GG-A-T--T-G----A-AGCCACCTCTCG-CCGC---G-TGAATGTCCTGA--A-A--TA---C-AAAA
gi|86535 : C-CT-TA-GT-TAGACATGCTCTA-GCAAAACGTAATTA-CC-TAT-GT--------TAATGTAAA---C--GACA---TT---G-TA--G-ACAAATATAC-------------AGCACTTAATAT-A---G--A-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AAT--ATC----TT--G-CA-CCA-
gi|86536 : -CT-TAAGT-TAGACATGTACTA-GCAA-ATGTAG--------GT-TTCAA-AAATTAATGTAAA---CCCAACA---TT---A-TA--ACACGA-TATACGC-----------TGCGCTTATTAT-A---G--AAT----TACTAGTTTT-C--AGGCGGAA-AAT--ATT----TT--GGCA-CCA-TT-AACC-------------GA-G-ATC-CT-AT---TGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTCTGC--C---G-GTAACGTC--AG--AGA--TA---A-AAAA
gi|86539 : A-TTGATGTAAA---A--AAAAACTTT---A-TA--A-ACAAATATAC-------------CGCGTTTATTAT-T---G--A-T----TA------TT-C--GG-C--AC-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86537 : ggtacA-TTGA-GTAAA---C--A-CA---T----------A-ACAAATATAC-------------GG-GATTATTCTTA---G--A-A-----A------TT-C--AG-CC-AA-AAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAATATCTTT-GT---GGA-----T-G----TAAGC--CATCTC--C--
gi|86540 : catgcattacaaaacgtacatgtcagaggtaccctTGATGTAAG---C--AACA---TT---A-CA--G-ATAAATACAT-------------GGCGCTTATGGC-A---T--A-T----TA------TT-C--AT-C--AATAAT--ATT----TT--G-CA-CCG-TT-A--T-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--T--C---GATAAA-GTC--AT--A-A--TA---A-AAAA
gi|86541 : TGTAAA---C--AGCA---AT---A-CA--A-ACAAATACAC-------------AAAGCTTATTGT-C---G--G-T----CA------TT-C--A--T--AA-AATTCATT----TT--C-TA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-TT---GGAA-T--T-T----C-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAATGTC--AGTAA-A--TA---A-AA
gi|86538 : TAAT---C--ATCA---TT---A-TA--A-ACAAATATTC-------------CGCGCTTATTAT-AATAG--A-T----TA------TT-A--AG-C--AG-AAT--ATT----TT--G-CA-CAA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--C-C----T-AGC--CTTCTC--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86542 : acgtaggtatccTATTAT-A---G-----------------TT-T--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-CA--------------------------------C-TT-AT---AGAA-T--T-G----A-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAATGTC--AG--A-A--TA---A-AAA
gi|86543 : ATTAT-A---C--T-T----TA------TT-C--AG-C--AA-AAT--ATT----TTT-G-CA-TCA-TT-A--C-------------GAAA-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCa
gi|86544 : -C--AG-C--AA-A-T--ATTGAAATT--A-AT-CCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GAAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86545 : G-C--AA-GAT--ATT----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CTTAT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCAC--C--C---A-TAAACGTC--AG--A-A--TA---A-AAAAaaag
gi|86546 : --AA-CAC--ATT----TT--G-CA-CTG-TT-A--C-------------GAAG-ATC-TT-AT---AGAA-T--G-G----T-AAC--TCTCTC--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-G--TA---A-AAA
gi|86552 : T----CT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAA------AA--A-A--AA---A-AAA
gi|86548 : T----CT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-GTACAT-AGC--CCTCTC--C---------AAAAATA--AG--G-A--AA---A-AAAa
gi|86553 : T----CT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GGCG-ATC-TT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--TCTCTC--C--C------AAA-ATA--AA--A-A--CA---A-AAAa
gi|86554 : T----CT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------AGAG-ATC-CT-AA---AGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86547 : T----CT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AA---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCCCCC--C--C---aaag
gi|86551 : T----CT--G-CA-CTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T------T-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC------A--A-A--TA---A-AAAA
gi|86550 : T----CT--G-CA-CTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-T----C-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC------A--A-A--TA---A-AAAA
gi|86556 : T----CT--G-CA-CCA-CT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCCC--
gi|86549 : T----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AC---GGAG-T--T-G----T-AACAACCTC
gi|86557 : T----TT--G-CA-CCA-TT-A--C-------------AGAA-TTT-CT-ATAATGGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAA
gi|86555 : T----CT--G-CA-CCA-TTTA--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAGTT--T-GT---T-AGC--CCCCCC--C--C---tta
gi|86558 : ----TT--G-CA-CCAATT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--TGG----T-AGC--CCCCCC--C--C---
gi|86559 : T--G-CA-CCA-TT-A--T-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--CAAAG-TAAA
gi|86560 : T--G-CA-CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---AGAA-T--T-A----G-AGT--ACTCCC--T--C---G-AAAAa
gi|86561 : A-TCA-TT-A--C-------------GGAT-ATC-CT-AT---GGAA-TATT-T----T-AGC--CTTCTT--C--C---G-TAAACGTC--AG--A-ATTTA---A-AAAAacgaaaaaggagaattaaaaaaa
gi|86562 : A-TT-A--A-------------AGAG-ATA-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--ACTCTC--C--CA--A-AAAACTTC--AG--A-A--TA---ATAAAA
gi|86563 : T-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGA--T--T-G----T-ATC--CCTATC--T--C---G-AAAACGTC--AG--A-A--TACGTA-AAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 888888888 4444 777777 2 2 333 22 333 666 22 1 00000000000000 333 1 555 1 3333 666666 22 4 22 1 22 2222 33 1 1 1 1 11 6666666666666 1 1 1 111 1 11 1 3333 1 22 22 11 777777 4444444 22 33 1 55 444 1
lowQualScore : . . . .. . . ......... .... ...... . . ... .. ... ... .. . .............. ... . ... . .... ...... .. . .. . .. .... .. . . . . .. ............. . . . ... . .. . .... . .. .. .. ...... ....... .. .. . .. ... .
lowQualScore : 4 4 4 99 2 1 000000000 2222 888888 0 0 222 55 222 888 55 8 77777777777777 444 7 222 7 5555 555555 33 8 11 6 22 3333 88 0 0 0 0 44 5555555555555 0 0 0 888 0 44 0 1111 0 88 55 55 555555 5555555 00 44 4 44 555 4
consensus : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
Reference ( family-408 ) : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86520 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTA-------CCTA-A-ATGATGTAAC---C--AACA---TTA--ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAA--------T--AG--A-ATTTA---A-AAAA
gi|86521 : ACACACT-TA-GAATAGACA-GCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------TCAA-A-T-GATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA-------CC--AA-C--AA------ATT----TT--G-C--CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAATA-----TC--AG--A-A--TT---A-AAAAA
gi|86522 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTACTA-GCAATA-TGTA---------GAACTGTGT------CCAA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAGTAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAGA
gi|86523 : ACAC-AT-AA-GA-TAGACACGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CAT----TTGATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATGT--------------ACC--GCGTTTACTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-ATT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-CGAATG-----TC--AG--A-A--CA---A-AAAAA
gi|86524 : ACAC-CT-TA-GT-TAGGCATGTACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAAAAT--------------ACC--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TT------TTC--GG-C--AA-AAT--AGT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----CC--AG--A-A--TA---G-AAGAA
gi|86525 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-ACAAAAACGTA---------G-----T-C------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG---C-TTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AA---ATT----TT--G-C-AC-A-T--A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TGAATG-----TC--AGT-A-A--TA---A-AAAAA
gi|86526 : ACAC-CT-TT-GT-TAGACGTGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTG-A-TCGATGTCAA---G--AACA---TA---ATA--G-ACAAGTAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TAC--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-AT-AT---GGAA-T--T-A----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAAGG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86527 : ACAC-CT-TA-GT-TAGATATGCACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGAAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TTGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--GA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--G-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-A--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--T---G-TAA
gi|86528 : ACAC-CT-TA-G-----ACATGCACTC-GCAAAA-CATA---------G----GTAC------CCTA-A-ATGATATAAA---T--AACA---TT---ATATAG-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---TA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--A-C-ACCA-TT-A--CT------------GTAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTTTC--C--C---A-TAAATG-----TC--AA--A-A--TATT-A-AAAA
gi|86529 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAC-TGTA---------G----ATAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAC--------------ATG--GTGCTTATCA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--TTT----TT--G-C-
gi|86530 : ACAC-CT-TA-AT-TAGACAAGC-CTAAGCAAAA-AGTA---------G----GCAT------TCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---GTT--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTCATTA-TA---GA-T----TT------TTCATAA-A--AA-AAT--ATT----TTTCA-C-ACAA-TT-C--CCCCCCCCCCCCAAAAAA-AAA-CG-AC---GAA-------G----A-AGC--CCTTTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86531 : ACAC-TT-TA-AT-TAGACATGCACTA-GCAAAT-CAAA---------G----GTAT------CTTA-A-TTAATGTAAA---C--AATA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TCGCTTATTT-TA---GA-T----TA------T
gi|86532 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTTCAA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAT------CCTT-A-TTGGTGTAAA---C--AACA---GT---CTA--T-ACCAACAT--------------ACA--GCGCTTACTA-TA---TA-TTCCATA------TCC--AG-C--
gi|86533 : CAC-AT-TA-GT-TACACATACACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTACAGGTACCCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACC---TTCATATA--G-AAAAATAT--------------ACG--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AGAAA
gi|86534 : AC-CTGTA-GA-TAGA-ATG-ACTA-GCAAAA-CGTA---------G----G-ACA-----CCTA-A-TTGATGTAGAGCCC--AACA---TTA--ATA--A-ACAGATATCCTAGTGAGAGAAAACA--GGTCTT-TTA-TAAG-AA-T----TAT-----TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TTTGA-CAACCA-GT-A--C-------------GAAG-AAC-TA-AT---GG-A-T--T-G----A-AGCCACCTCTCG-CCGC---G-TGAATG-----TCCTGA--A-A--TA---C-AAAAA
gi|86535 : C-CT-TA-GT-TAGACATGCTCTA-GCAAAA-CGTA---------A----TTA-------CCTATG-TTAATGTAAA---C--GACA---TT---GTA--G-ACAAATAT--------------ACA--GCACTTAATA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATC----TT--G-C-ACCA-
gi|86536 : -CT-TAAGT-TAGACATGTACTA-GCAAA--TGTA---------G----GTTT------CAAA-AATTAATGTAAA---CCCAACA---TT---ATA--ACACGA-TAT--------------ACGCTGCGCTTATTA-TA---GAAT----TACTAGTTTTC--AGGCGGAA-AAT--ATT----TT--GGC-ACCA-TT-AACC-------------GA-G-ATC-CT-AT---TGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTCTGC--C---G-GTAACG-----TC--AG--AGA--TA---A-AAAAA
gi|86537 : CATGCATTA--CAAAA-CGTACATGTCAGAG----GTAC------CCTA---TTGA-GTAAA---C--A-CA---T---------A-ACAAATAT--------------ACG--G-GATTATTCTTA---GA------AA------TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAATATCTTT-GT---GGA-----T-G----TAAGC--CATCTC--C--
gi|86538 : A-CGTA---------G----GTAT------CCTA-A-T------------C--ATCA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------TCC--GCGCTTATTA-TAATAGA-T----TA------TTA--AG-C--AG-AAT--ATT----TT--G-C-ACAA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--C-C----T-AGC--CTTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86539 : ---------G----GTAC-----------A-TTGATGTAAA---A--AAAAACTTT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TT---GA-T----TA------TTC--GG-C--AC-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86540 : TGATGTAAG---C--AACA---TT---ACA--G-ATAAATAC--------------ATG--GCGCTTATGG-CA---TA-T----TA------TTC--AT-C--AATAAT--ATT----TT--G-C-ACCG-TT-A--T-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--T--C---GATAAA-G-----TC--AT--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86541 : TGTAAA---C--AGCA---AT---ACA--A-ACAAATAC--------------ACA--AAGCTTATTG-TC---GG-T----CA------TTC--A--T--AA-AATTCATT----TT--C-T-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-TT---GGAA-T--T-T----C-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAATG-----TC--AGTAA-A--TA---A-AA
gi|86542 : TATTA-TA---G---------------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-A-------------------------------C-TT-AT---AGAA-T--T-G----A-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAATG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86543 : ATTA-TA---CT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TTT-G-C-ATCA-TT-A--C-------------GAAA-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CC
gi|86544 : C--AG-C--AA-A-T--ATTGAAATT--A-A-TCCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GAAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86545 : G-C--AA-GAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CTTAT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCAC--C--C---A-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAAaaag
gi|86546 : --AA-CAC--ATT----TT--G-C-ACTG-TT-A--C-------------GAAG-ATC-TT-AT---AGAA-T--G-G----T-AAC--TCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-G--TA---A-AAA
gi|86547 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AA---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCCCCC--C--C---
gi|86548 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-GTACAT-AGC--CCTCTC--C---------AAAAA-----TA--AG--G-A---A---A-AAAAA
gi|86549 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AC---GGAG-T--T-G----T-AACAACCTC
gi|86550 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-T----C-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86551 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T------T-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86552 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C------AAA-----------AA--A-A--AA---A-AAAAA
gi|86553 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGCG-ATC-TT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--TCTCTC--C--C------AAA-A-----TA--AA--A-A--CA---A-AAAa
gi|86554 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAG-ATC-CT-AA---AGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86555 : T----CT--G-C-ACCA-TTTA--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAGTT--T-GT---T-AGC--CCCCCC--C--C---aaag
gi|86556 : T----CT--G-C-ACCA-CT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCCC--
gi|86557 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAA-TTT-CT-ATAATGGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAA
gi|86558 : ----TT--G-C-ACCAATT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--TGG----T-AGC--CCCCCC--C--C---tta
gi|86559 : T--G-C-ACCA-TT-A--T-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--CAAAG-TAAA
gi|86560 : T--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---AGAA-T--T-A----G-AGT--ACTCCC--T--C---GAAAAACGAAAAAGG--AG--A-AT-TA---A-AAAAAa
gi|86561 : -ATCA-TT-A--C-------------GGAT-ATC-CT-AT---GGAA-TATT-T----T-AGC--CTTCTT--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-ATTTA---A-AAAAA
gi|86562 : A-TT-A--A-------------AGAG-ATA-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--ACTCTC--C--CA--A-AAAACT-----TC--AG--A-A--TA---ATAAAAA
gi|86563 : T-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGA--T--T-G----T-ATC--CCTATC--T--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TACGTA-AAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 888888888 4444 777777 2 2 333 22 333 666 22 1 00000000000000 333 1 555 1 3333 666666 22 4 22 1 22 2222 33 1 1 1 1 11 6666666666666 1 1 1 111 1 11 1 3333 1 22 22 11 777777 4444444 22 33 1 55 444 1
lowQualScore : . . . .. . . ......... .... ...... . . ... .. ... ... .. . .............. ... . ... . .... ...... .. . .. . .. .... .. . . . . .. ............. . . . ... . .. . .... . .. .. .. ...... ....... .. .. . .. ... .
lowQualScore : 4 4 4 99 2 1 000000000 2222 888888 0 0 222 55 222 888 55 8 77777777777777 444 7 222 7 5555 555555 33 8 11 6 22 3333 88 0 0 0 0 44 5555555555555 0 0 0 888 0 44 0 1111 0 88 55 55 555555 5555555 00 44 4 44 555 4
consensus : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
Reference ( family-408 ) : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86520 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTA-------CCTA-A-ATGATGTAAC---C--AACA---TTA--ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAA--------T--AG--A-ATTTA---A-AAAA
gi|86521 : ACACACT-TA-GAATAGACA-GCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------TCAA-A-T-GATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA-------CC--AA-C--AA------ATT----TT--G-C--CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAATA-----TC--AG--A-A--TT---A-AAAAA
gi|86522 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTACTA-GCAATA-TGTA---------GAACTGTGT------CCAA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAGTAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAGA
gi|86523 : ACAC-AT-AA-GA-TAGACACGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CAT----TTGATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATGT--------------ACC--GCGTTTACTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-ATT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-CGAATG-----TC--AG--A-A--CA---A-AAAAA
gi|86524 : ACAC-CT-TA-GT-TAGGCATGTACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAAAAT--------------ACC--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TT------TTC--GG-C--AA-AAT--AGT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----CC--AG--A-A--TA---G-AAGAA
gi|86525 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-ACAAAAACGTA---------G-----T-C------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG---C-TTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AA---ATT----TT--G-C-AC-A-T--A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TGAATG-----TC--AGT-A-A--TA---A-AAAAA
gi|86526 : ACAC-CT-TT-GT-TAGACGTGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTG-A-TCGATGTCAA---G--AACA---TA---ATA--G-ACAAGTAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TAC--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-AT-AT---GGAA-T--T-A----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAAGG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86527 : ACAC-CT-TA-GT-TAGATATGCACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGAAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TTGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--GA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--G-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-A--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--T---G-TAA
gi|86528 : ACAC-CT-TA-G-----ACATGCACTC-GCAAAA-CATA---------G----GTAC------CCTA-A-ATGATATAAA---T--AACA---TT---ATATAG-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---TA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--A-C-ACCA-TT-A--CT------------GTAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTTTC--C--C---A-TAAATG-----TC--AA--A-A--TATT-A-AAAA
gi|86529 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAC-TGTA---------G----ATAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAC--------------ATG--GTGCTTATCA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--TTT----TT--G-C-
gi|86530 : ACAC-CT-TA-AT-TAGACAAGC-CTAAGCAAAA-AGTA---------G----GCAT------TCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---GTT--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTCATTA-TA---GA-T----TT------TTCATAA-A--AA-AAT--ATT----TTTCA-C-ACAA-TT-C--CCCCCCCCCCCCAAAAAA-AAA-CG-AC---GAA-------G----A-AGC--CCTTTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86531 : ACAC-TT-TA-AT-TAGACATGCACTA-GCAAAT-CAAA---------G----GTAT------CTTA-A-TTAATGTAAA---C--AATA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TCGCTTATTT-TA---GA-T----TA------T
gi|86532 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTTCAA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAT------CCTT-A-TTGGTGTAAA---C--AACA---GT---CTA--T-ACCAACAT--------------ACA--GCGCTTACTA-TA---TA-TTCCATA------TCC--AG-C--
gi|86533 : CAC-AT-TA-GT-TACACATACACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTACAGGTACCCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACC---TTCATATA--G-AAAAATAT--------------ACG--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AGAAA
gi|86534 : AC-CTGTA-GA-TAGA-ATG-ACTA-GCAAAA-CGTA---------G----G-ACA-----CCTA-A-TTGATGTAGAGCCC--AACA---TTA--ATA--A-ACAGATATCCTAGTGAGAGAAAACA--GGTCTT-TTA-TAAG-AA-T----TAT-----TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TTTGA-CAACCA-GT-A--C-------------GAAG-AAC-TA-AT---GG-A-T--T-G----A-AGCCACCTCTCG-CCGC---G-TGAATG-----TCCTGA--A-A--TA---C-AAAAA
gi|86535 : C-CT-TA-GT-TAGACATGCTCTA-GCAAAA-CGTA---------A----TTA-------CCTATG-TTAATGTAAA---C--GACA---TT---GTA--G-ACAAATAT--------------ACA--GCACTTAATA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATC----TT--G-C-ACCA-
gi|86536 : -CT-TAAGT-TAGACATGTACTA-GCAAA--TGTA---------G----GTTT------CAAA-AATTAATGTAAA---CCCAACA---TT---ATA--ACACGA-TAT--------------ACGCTGCGCTTATTA-TA---GAAT----TACTAGTTTTC--AGGCGGAA-AAT--ATT----TT--GGC-ACCA-TT-AACC-------------GA-G-ATC-CT-AT---TGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTCTGC--C---G-GTAACG-----TC--AG--AGA--TA---A-AAAAA
gi|86537 : CATGCATTA--CAAAA-CGTACATGTCAGAG----GTAC------CCTA---TTGA-GTAAA---C--A-CA---T---------A-ACAAATAT--------------ACG--G-GATTATTCTTA---GA------AA------TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAATATCTTT-GT---GGA-----T-G----TAAGC--CATCTC--C--
gi|86538 : A-CGTA---------G----GTAT------CCTA-A-T------------C--ATCA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------TCC--GCGCTTATTA-TAATAGA-T----TA------TTA--AG-C--AG-AAT--ATT----TT--G-C-ACAA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--C-C----T-AGC--CTTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86539 : ---------G----GTAC-----------A-TTGATGTAAA---A--AAAAACTTT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TT---GA-T----TA------TTC--GG-C--AC-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86540 : TGATGTAAG---C--AACA---TT---ACA--G-ATAAATAC--------------ATG--GCGCTTATGG-CA---TA-T----TA------TTC--AT-C--AATAAT--ATT----TT--G-C-ACCG-TT-A--T-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--T--C---GATAAA-G-----TC--AT--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86541 : TGTAAA---C--AGCA---AT---ACA--A-ACAAATAC--------------ACA--AAGCTTATTG-TC---GG-T----CA------TTC--A--T--AA-AATTCATT----TT--C-T-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-TT---GGAA-T--T-T----C-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAATG-----TC--AGTAA-A--TA---A-AA
gi|86542 : TATTA-TA---G---------------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-A-------------------------------C-TT-AT---AGAA-T--T-G----A-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAATG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86543 : ATTA-TA---CT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TTT-G-C-ATCA-TT-A--C-------------GAAA-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CC
gi|86544 : C--AG-C--AA-A-T--ATTGAAATT--A-A-TCCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GAAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86545 : G-C--AA-GAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CTTAT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCAC--C--C---A-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAAaaag
gi|86546 : --AA-CAC--ATT----TT--G-C-ACTG-TT-A--C-------------GAAG-ATC-TT-AT---AGAA-T--G-G----T-AAC--TCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-G--TA---A-AAA
gi|86547 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AA---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCCCCC--C--C---
gi|86548 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-GTACAT-AGC--CCTCTC--C---------AAAAA-----TA--AG--G-A---A---A-AAAAA
gi|86549 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AC---GGAG-T--T-G----T-AACAACCTC
gi|86550 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-T----C-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86551 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T------T-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86552 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C------AAA-----------AA--A-A--AA---A-AAAAA
gi|86553 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGCG-ATC-TT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--TCTCTC--C--C------AAA-A-----TA--AA--A-A--CA---A-AAAa
gi|86554 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAG-ATC-CT-AA---AGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86555 : T----CT--G-C-ACCA-TTTA--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAGTT--T-GT---T-AGC--CCCCCC--C--C---aaag
gi|86556 : T----CT--G-C-ACCA-CT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCCC--
gi|86557 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAA-TTT-CT-ATAATGGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAA
gi|86558 : ----TT--G-C-ACCAATT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--TGG----T-AGC--CCCCCC--C--C---tta
gi|86559 : T--G-C-ACCA-TT-A--T-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--CAAAG-TAAA
gi|86560 : T--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---AGAA-T--T-A----G-AGT--ACTCCC--T--C---GAAAAACGAAAAAGG--AG--A-AT-TA---A-AAAAAa
gi|86561 : -ATCA-TT-A--C-------------GGAT-ATC-CT-AT---GGAA-TATT-T----T-AGC--CTTCTT--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-ATTTA---A-AAAAA
gi|86562 : A-TT-A--A-------------AGAG-ATA-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--ACTCTC--C--CA--A-AAAACT-----TC--AG--A-A--TA---ATAAAAA
gi|86563 : T-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGA--T--T-G----T-ATC--CCTATC--T--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TACGTA-AAAAA
blockSeqs : A G A AA A A CATGTCAGA AACT AGGTAC T A GCC CC ACT CAT TA C CCTAGTGAGAGAAA GCT T ATA A TCCA CTAGTT AT C GG T TC GAAA TC G A A T AC CCCCCCCCCCCAA T T T AAT T AT G TACA A CA TG CG AAAGT CGAAAAA CT TA G TT CGT T
blockSeqs : . . . T . . . . A . . . . . A . . . C . AG . . T . G . . . . TG . . . . . T . . . . . . . T . AA G . GAT TA . T . T TT .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAA CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA TG . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT TG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC GG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT TG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT TG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA CG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT CT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT CG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** CG***** **
originalCons : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
finalCons : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 2 2 2 33 2 2 888888888 4444 777777 2 2 333 22 333 666 22 1 00000000000000 333 1 555 1 3333 666666 22 4 22 1 22 2222 33 1 1 1 1 11 6666666666666 1 1 1 111 1 11 1 3333 1 22 22 11 777777 4444444 22 33 1 55 444 1
lowQualScore : . . . .. . . ......... .... ...... . . ... .. ... ... .. . .............. ... . ... . .... ...... .. . .. . .. .... .. . . . . .. ............. . . . ... . .. . .... . .. .. .. ...... ....... .. .. . .. ... .
lowQualScore : 4 4 4 99 2 1 000000000 2222 888888 0 0 222 55 222 888 55 8 77777777777777 444 7 222 7 5555 555555 33 8 11 6 22 3333 88 0 0 0 0 44 5555555555555 0 0 0 888 0 44 0 1111 0 88 55 55 555555 5555555 00 44 4 44 555 4
consensus : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
Reference ( family-408 ) : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86520 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTA-------CCTA-A-ATGATGTAAC---C--AACA---TTA--ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAA--------T--AG--A-ATTTA---A-AAAA
gi|86521 : ACACACT-TA-GAATAGACA-GCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------TCAA-A-T-GATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA-------CC--AA-C--AA------ATT----TT--G-C--CCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-T--T-G----T-AGC--CCTCT---C--C---G-TGAATA-----TC--AG--A-A--TT---A-AAAAA
gi|86522 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTACTA-GCAATA-TGTA---------GAACTGTGT------CCAA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAGTAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAGA
gi|86523 : ACAC-AT-AA-GA-TAGACACGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CAT----TTGATGTAAC---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATGT--------------ACC--GCGTTTACTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-ATT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-CGAATG-----TC--AG--A-A--CA---A-AAAAA
gi|86524 : ACAC-CT-TA-GT-TAGGCATGTACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAAAAT--------------ACC--GCGCTTATTA-TA---GA-T----TT------TTC--GG-C--AA-AAT--AGT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----CC--AG--A-A--TA---G-AAGAA
gi|86525 : ACAC-CT-TA-GA-TAGACATGCACTA-ACAAAAACGTA---------G-----T-C------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACG---C-TTTATTA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AA---ATT----TT--G-C-AC-A-T--A--C-------------AAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TGAATG-----TC--AGT-A-A--TA---A-AAAAA
gi|86526 : ACAC-CT-TT-GT-TAGACGTGCACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAC------CCTG-A-TCGATGTCAA---G--AACA---TA---ATA--G-ACAAGTAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TAC--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-AT-AT---GGAA-T--T-A----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAAGG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86527 : ACAC-CT-TA-GT-TAGATATGCACTA-GCAAAA-TGTA---------G----GTAC------CCTA-A-TTGATGAAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TTGCTTATTA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--GA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--G-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-A--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--T---G-TAA
gi|86528 : ACAC-CT-TA-G-----ACATGCACTC-GCAAAA-CATA---------G----GTAC------CCTA-A-ATGATATAAA---T--AACA---TT---ATATAG-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTTATTA-TA---TA-T----TA------TTC--AA-C--AA-AAT--ATT----TT--A-C-ACCA-TT-A--CT------------GTAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTTTC--C--C---A-TAAATG-----TC--AA--A-A--TATT-A-AAAA
gi|86529 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGCACTA-GCAAAC-TGTA---------G----ATAC------CCTA-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---ATA--G-ACAAATAC--------------ATG--GTGCTTATCA-TA---GT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--TTT----TT--G-C-
gi|86530 : ACAC-CT-TA-AT-TAGACAAGC-CTAAGCAAAA-AGTA---------G----GCAT------TCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACA---TT---GTT--A-ACAAATAT--------------ACG--GCGCTCATTA-TA---GA-T----TT------TTCATAA-A--AA-AAT--ATT----TTTCA-C-ACAA-TT-C--CCCCCCCCCCCCAAAAAA-AAA-CG-AC---GAA-------G----A-AGC--CCTTTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86531 : ACAC-TT-TA-AT-TAGACATGCACTA-GCAAAT-CAAA---------G----GTAT------CTTA-A-TTAATGTAAA---C--AATA---TT---ATA--G-ACAAATAT--------------ACG--TCGCTTATTT-TA---GA-T----TA------T
gi|86532 : ACAC-CT-TA-GT-TAGACATGTTCAA-GCAAAA-CGTA---------G----GTAT------CCTT-A-TTGGTGTAAA---C--AACA---GT---CTA--T-ACCAACAT--------------ACA--GCGCTTACTA-TA---TA-TTCCATA------TCC--AG-C--
gi|86533 : CAC-AT-TA-GT-TACACATACACTA-GCAAAA-CGTA---------G----GTACAGGTACCCTT-A-TTGATGTAAA---C--AACC---TTCATATA--G-AAAAATAT--------------ACG--GCGTTTATTA-TA---GA-T----TA------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TC--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AGAAA
gi|86534 : AC-CTGTA-GA-TAGA-ATG-ACTA-GCAAAA-CGTA---------G----G-ACA-----CCTA-A-TTGATGTAGAGCCC--AACA---TTA--ATA--A-ACAGATATCCTAGTGAGAGAAAACA--GGTCTT-TTA-TAAG-AA-T----TAT-----TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TTTGA-CAACCA-GT-A--C-------------GAAG-AAC-TA-AT---GG-A-T--T-G----A-AGCCACCTCTCG-CCGC---G-TGAATG-----TCCTGA--A-A--TA---C-AAAAA
gi|86535 : C-CT-TA-GT-TAGACATGCTCTA-GCAAAA-CGTA---------A----TTA-------CCTATG-TTAATGTAAA---C--GACA---TT---GTA--G-ACAAATAT--------------ACA--GCACTTAATA-TA---GA-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATC----TT--G-C-ACCA-
gi|86536 : -CT-TAAGT-TAGACATGTACTA-GCAAA--TGTA---------G----GTTT------CAAA-AATTAATGTAAA---CCCAACA---TT---ATA--ACACGA-TAT--------------ACGCTGCGCTTATTA-TA---GAAT----TACTAGTTTTC--AGGCGGAA-AAT--ATT----TT--GGC-ACCA-TT-AACC-------------GA-G-ATC-CT-AT---TGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTCTGC--C---G-GTAACG-----TC--AG--AGA--TA---A-AAAAA
gi|86537 : CATGCATTA--CAAAA-CGTACATGTCAGAG----GTAC------CCTA---TTGA-GTAAA---C--A-CA---T---------A-ACAAATAT--------------ACG--G-GATTATTCTTA---GA------AA------TTC--AGCC--AA-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAATATCTTT-GT---GGA-----T-G----TAAGC--CATCTC--C--
gi|86538 : A-CGTA---------G----GTAT------CCTA-A-T------------C--ATCA---TT---ATA--A-ACAAATAT--------------TCC--GCGCTTATTA-TAATAGA-T----TA------TTA--AG-C--AG-AAT--ATT----TT--G-C-ACAA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--C-C----T-AGC--CTTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86539 : ---------G----GTAC-----------A-TTGATGTAAA---A--AAAAACTTT---ATA--A-ACAAATAT--------------ACC--GCGTTTATTA-TT---GA-T----TA------TTC--GG-C--AC-AAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86540 : TGATGTAAG---C--AACA---TT---ACA--G-ATAAATAC--------------ATG--GCGCTTATGG-CA---TA-T----TA------TTC--AT-C--AATAAT--ATT----TT--G-C-ACCG-TT-A--T-------------GAAG-ATC-CT-AT---GAAA-C--T-G----T-AGC--CCTCTC--T--C---GATAAA-G-----TC--AT--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86541 : TGTAAA---C--AGCA---AT---ACA--A-ACAAATAC--------------ACA--AAGCTTATTG-TC---GG-T----CA------TTC--A--T--AA-AATTCATT----TT--C-T-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-TT---GGAA-T--T-T----C-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAATG-----TC--AGTAA-A--TA---A-AA
gi|86542 : TATTA-TA---G---------------TTT--AG-C--AA-AAT--ATT----TT--G-C-A-------------------------------C-TT-AT---AGAA-T--T-G----A-AGC--CCTCTC--C--C---G-TAAATG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAA
gi|86543 : ATTA-TA---CT-T----TA------TTC--AG-C--AA-AAT--ATT----TTT-G-C-ATCA-TT-A--C-------------GAAA-ATC-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CC
gi|86544 : C--AG-C--AA-A-T--ATTGAAATT--A-A-TCCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GAAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86545 : G-C--AA-GAT--ATT----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CTTAT---GGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCAC--C--C---A-TAAACG-----TC--AG--A-A--TA---A-AAAAAaaag
gi|86546 : --AA-CAC--ATT----TT--G-C-ACTG-TT-A--C-------------GAAG-ATC-TT-AT---AGAA-T--G-G----T-AAC--TCTCTC--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-G--TA---A-AAA
gi|86547 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AA---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCCCCC--C--C---
gi|86548 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-GTACAT-AGC--CCTCTC--C---------AAAAA-----TA--AG--G-A---A---A-AAAAA
gi|86549 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AC---GGAG-T--T-G----T-AACAACCTC
gi|86550 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-T----C-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86551 : T----CT--G-C-ACTA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T------T-AGC--ACTCTC--C--C-------AAC-----------A--A-A--TA---A-AAAAA
gi|86552 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C------AAA-----------AA--A-A--AA---A-AAAAA
gi|86553 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GGCG-ATC-TT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--TCTCTC--C--C------AAA-A-----TA--AA--A-A--CA---A-AAAa
gi|86554 : T----CT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAG-ATC-CT-AA---AGAA-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---
gi|86555 : T----CT--G-C-ACCA-TTTA--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGAGTT--T-GT---T-AGC--CCCCCC--C--C---aaag
gi|86556 : T----CT--G-C-ACCA-CT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---AGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCCC--
gi|86557 : T----TT--G-C-ACCA-TT-A--C-------------AGAA-TTT-CT-ATAATGGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--C---A-AAAA
gi|86558 : ----TT--G-C-ACCAATT-A--C-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--TGG----T-AGC--CCCCCC--C--C---tta
gi|86559 : T--G-C-ACCA-TT-A--T-------------GGAG-ATC-CT-AT---GGAG-T--T-G----T-AGC--CCTCTC--C--CAAAG-TAAA
gi|86560 : T--G-C-ACCA-TT-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---AGAA-T--T-A----G-AGT--ACTCCC--T--C---GAAAAACGAAAAAGG--AG--A-AT-TA---A-AAAAAa
gi|86561 : -ATCA-TT-A--C-------------GGAT-ATC-CT-AT---GGAA-TATT-T----T-AGC--CTTCTT--C--C---G-TAAACG-----TC--AG--A-ATTTA---A-AAAAA
gi|86562 : A-TT-A--A-------------AGAG-ATA-CT-AT---GGAA-T--T-G----T-AGC--ACTCTC--C--CA--A-AAAACT-----TC--AG--A-A--TA---ATAAAAA
gi|86563 : T-A--C-------------GAAG-ATC-CT-AT---GGA--T--T-G----T-ATC--CCTATC--T--C---G-AAAACG-----TC--AG--A-A--TACGTA-AAAAA