lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 1 77777 111 33333 0 1 1111111 0 22222 11 111 7777 0 0 22 22
lowQualScore : . . ..... ... ..... . . ....... . ..... .. ... .... . . .. ..
lowQualScore : 0 0 22222 777 44444 9 0 7777777 9 33333 22 666 4444 9 9 22 22
consensus : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GG-----CGG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
Reference ( gi|75129 ) : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GA-----TGG-AG-----G--T---C-AAAAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75133 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GA-----TGG-AG-----G--T---A-ATAAA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTG
gi|75128 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TGA-----CCAT-GG-----CGG-AG-----G--T---T-AGAAA-CCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75130 : CAG-AAGAT-TTTT----AATG---TAA-----CCAT-GG-----CGG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCG-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75131 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGAT-GC-----CGG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--CGA--CTGCTCTCGT
gi|75134 : CAG-GAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GG-----CGA-AG-----G--T---A-TATAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75132 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAC-GG-----CGG-AG-----G--T---C-TGCAA-TCT-C--TGG--TTGCTATTGTt
gi|75137 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGTT-GG-----TGG-AG-----G--T---C-CGGAA-TCT-C--GGA--TTGCTCTTGt
gi|75143 : CAG-AAGAG-TTT-----AATG---AAA-----CCAT-GA-----TGG-TGCCGTGG--T---C-AGAAA-TCT-C--AGA--TTGCTCTTGTct
gi|75138 : CAG-AAGACATTT-----AATG---TAA-----CCTT-GG-----TAG-AG-----G--T---C-TGGAA-TCT-CT-TGA--TTGCTCTTGT
gi|75136 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GG------GG-AG-----G--T---C-TGCAA-TCTCC--TGT--TTGCTCTTGTt
gi|75139 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---TAA-----CCAT-AG-----CGG-AG-----A--TAAAA-AAAAA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTATt
gi|75140 : CGG-AAGAC-TCT-----AATG---TAA-----CCTT-GT-----CGG-AC-----G--T---C-ACACA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75135 : CAG-GAGAC-TTT-----GATG---TAA-----CTAT-GG-----CGG-AA-----G--T---C-GGAAA-TCT-CATTGAT-TTGCTCTTGT
gi|75144 : CAG-AAGAT-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-GG-----CCG-AG-----G--T---C-AAAAG-TCT-T--TGA--t
gi|75147 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---CAAT----CCAT-GG-----CGA-AG-----A--T---A-CATAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75142 : CAG-AAAGC-ATT-----AATG---TGA-----CCAT-GG-----CCG-AT-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TTA--TTGTTTTTGT
gi|75141 : CAG-AGGAC-TTG-----AATG---TAA-----CCAC-GG-----CGG-GA-----G--T---T-AGCAG-TCT-C--TGG--TTGCTCGTGTt
gi|75145 : CAG-AAGAC-TTC-----ACTG---TAA-----CCAT-GG-----CGG-GG-----G--T---C-AGAAA---T-C--GGA--GTGCTCTt
gi|75148 : CAG-AAGAC-TTT-----AATAACATAA-----CCTT-AG-----CGG-AG-----G--T---C-TGCAA-TCT-C--TGA--TTGTTCTgtt
gi|75150 : CAG-AAGAT-CTT-----AATG---CAT-----CCAT-GG-----CGA-AG-----A--T---A-TATAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTgtt
gi|75149 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---AAA-----CCTT-GG-----CAG-AG-----GACT---C-AGAAA-TCT-C--TTC--TTGCTCt
gi|75153 : CAG-AAGAC-TTTTTCA-AATG---TAA-----CCAT-GA-----CGG-AG-----G--T-----AACAA-----C--TTG--TTACTCTTG
gi|75152 : CAG-AA--C-TTT-----ATTG---TAAAATAACTTT-GA-----AGG-AG-----G--T---C-TGCAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75146 : CAG-AAGAC-CTTGCT--AATG---TAA-----CCTT-GG-----TGG-AG-----G--T---C-TGCAA-TCG-T--CGATTTTGTTCTTGTt
gi|75151 : CAG-AAGAC-TT------GCTG---TAA-----CCTT-GG-----CGT-AG-----G--T---T-TGCAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75157 : CAG-AAGAC-TTTTTCAAAATG---TAA-----CAAT-GA-----CGG-AG-----G--T-----AAGAA-----C--TTG--TTACTCTTG
gi|75154 : CAGCAAAAC-TTT-----AAT-----AA-----CCAT-GC-----AGA-AG-----A--T---C-AGAAA-TCT----TGA--TTGCTTT
gi|75155 : CAG-ACGAC-TTT-----ATTG-----A-----CCTT-GG-----CGG-AG-----A--T---C-TGCAA-TCC-C--TGA--CTGCTC
gi|75156 : CAG-AAAAC-TTA-----GAT----TAA-----CCTTTGG-----CGG-AG-----G--T---C-CGAA--TCT-C--TGT--TTGCTCTaaaattgtt
gi|75158 : AG-AAGAC-CTT-----AATG---TAA-----CCTT-GG-----CAG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-G--TGA--TTGCTCTTGTgtt
gi|75159 : AG-AAGAC-TTT-----AAGG---TAA-----CCAT-GG-----CGG-AG-----G--T---C-GGAAA-TAT-C--TGA--GTGCTCTTGt
gi|75160 : AG-AAGAC-TTT-----CATG---TAA-----CCAT-GG-----CGG-CG-----G--T---C-TGTAA-TCT-C--TGA--TTGCTCGTGT
gi|75162 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-GG-----CGGAAA-----A--T---C-TGCAA-TCT-C--TGA--TGGCTCTTGTt
gi|75164 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-AACTGACTAG-AC-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TTA--ATGCTCt
gi|75161 : AG-AAAAC-TTT-----AATG---TTA-----CCTT-GG-----CGG-AG-----G--T---C-TGTAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTT
gi|75163 : AG-ATGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-GG-----CGA-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TGC--TT
gi|75165 : G-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-TA-----CAG-AG-----G--T---A-TGCAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75166 : G-AAGAG-TTT-----AATA---TAA-----CCTT-GG-----CGG-AG-----G--T---CTACAAATTCT-C--TGA--CTGCTCATGt
gi|75167 : -AAGAC-TTT-----ATTG---TAA-----CCAC-GG-----CGG-AA-----G--T---A-AGAAA-TAT-T--TGA--TGACACTTGT
gi|75168 : AGAT-TTT-----AATA---TAA-----CTAT-GT-----TGG-AG-----G--T---C-AGAAA-TGT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75169 : -TTT-----AATG---TAA-----CCAA-GG-----CGA-CG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75170 : CAT-GG-----CGG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--TCA--TTGCTCTTGTt
gi|75171 : GG-AG-----G--T---C-AAAAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75172 : ggcG-AG-----G--T---C-AGAAA-TCT-C--CGA--TTGCTCTTGTt
Alignments
lowQualScore : 1 1 77777 111 33333 0 0 22222 22222 0 11 222 0 1 0 0 22 22
lowQualScore : . . ..... ... ..... . . ..... ..... . .. ... . . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 00000 777 33333 7 9 33333 33333 9 22 444 9 8 9 9 11 11
consensus : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
Reference ( family-406 ) : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75128 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---T-AGA-AA-CCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75129 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75130 : CAG-AAGAT-TTTT----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCG-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75131 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGAT-G-----CC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--CTGCTCTCGT
gi|75132 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGG--TTGCTATTGTt
gi|75133 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---A-ATA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTGt
gi|75134 : CAG-GAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GA-AGG--T-----ATATAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75135 : CAG-GAGAC-TTT-----GATG---TAA-----CTAT-G-----GC-----GG-AAG--T---C-GGA-AA-TCT-CATTGAT-TTGCTCTTGTt
gi|75136 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----G------GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCTCC--TGT--TTGCTCTTGTt
gi|75137 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-CGG-AA-TCT-C--GGA--TTGCTCTTGt
gi|75138 : CAG-AAGACATTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----AG-AGG--T---C-TGG-AA-TCT-CT-TGA--TTGCTCTTGTct
gi|75139 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---TAA-----CCAT-A-----GC-----GG-AGA--TAAAA-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTATt
gi|75140 : CGG-AAGAC-TCT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----TC-----GG-ACG--T---C-ACA-CA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75141 : CAG-AGGAC-TTG-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-GAG--T---T-AGC-AG-TCT-C--TGG--TTGCTCGTGT
gi|75142 : CAG-AAAGC-ATT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----CG-ATG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--TTGTTTTTGTt
gi|75143 : CAG-AAGAG-TTT-----AATG---AAA-----CCAT-GATGGTGC-----CG-TGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--AGA--TTGCTCTTGTt
gi|75144 : CAG-AAGAT-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----CG-AGG--T---C-AAA-AG-TCT-T--TGA--
gi|75145 : CAG-AAGAC-TTC-----ACTG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-GGG--T---C-AGA-AA---T-C--GGA--GTGCTCT
gi|75146 : CAG-AAGAC-CTTGCT--AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCG-T--CGATTTTGTTCTTGTgtt
gi|75147 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---CAAT----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--TA--C-ATA-A--TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75148 : CAG-AAGAC-TTT-----AATAACATAA-----CCTT-A-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCT
gi|75149 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---AAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGGACT---C-AGA-AA-TCT-C--TTC--TTGCTCgtt
gi|75150 : CAG-AAGAT-CTT-----AATG---CAT-----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--T-----ATATAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75151 : CAG-AAGAC-TT------GCTG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GT-AGG--T---T-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75152 : CAG-AA--C-TTT-----ATTG---TAAAATAACTTT-G-----AA-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75153 : CAG-AAGAC-TTTTTCA-AATG---TAA-----CCAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-ACA-A------C--TTG--TTACTCTTGt
gi|75154 : CAGCAAAAC-TTT-----AAT-----AA-----CCAT-G-----CA-----GA-AGA--T---C-AGA-AA-TCT----TGA--TTGCTTT
gi|75155 : CAG-ACGAC-TTT-----ATTG-----A-----CCTT-G-----GC-----GG-AGA--T---C-TGC-AA-TCC-C--TGA--CTGCTC
gi|75156 : CAG-AAAAC-TTA-----GAT----TAA-----CCTTTG-----GC-----GG-AGG--T---C-CG--AA-TCT-C--TGT--TTGCTCTaaaattgtt
gi|75157 : CAG-AAGAC-TTTTTCAAAATG---TAA-----CAAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-AGA-A------C--TTG--TTACTCTTGgtt
gi|75158 : AG-AAGAC-CTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-G--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75159 : AG-AAGAC-TTT-----AAGG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-GGA-AA-TAT-C--TGA--GTGCTCTTGt
gi|75160 : AG-AAGAC-TTT-----CATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-CGG--T---C-TGT-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCGTGT
gi|75161 : AG-AAAAC-TTT-----AATG---TTA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGT-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTt
gi|75162 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GGAAAA--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TGGCTCTTGT
gi|75163 : AG-ATGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GA-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGC--TTt
gi|75164 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-A-----ACTGACTAG-ACG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--ATGCTC
gi|75165 : G-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-T-----AC-----AG-AGG--T---A-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75166 : G-AAGAG-TTT-----AATA---TAA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---CTACA-AATTCT-C--TGA--CTGCTCATGt
gi|75167 : -AAGAC-TTT-----ATTG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AAG--T---A-AGA-AA-TAT-T--TGA--TGACACTTGT
gi|75168 : AGAT-TTT-----AATA---TAA-----CTAT-G-----TT-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TGT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75169 : -TTT-----AATG---TAA-----CCAA-G-----GC-----GA-CGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75170 : CAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TCA--TTGCTCTTGTt
gi|75171 : -G-----GC-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75172 : G-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--TTGCTCTTGTt
Alignments
lowQualScore : 1 1 77777 111 33333 0 0 22222 22222 0 11 222 0 1 0 0 22 22
lowQualScore : . . ..... ... ..... . . ..... ..... . .. ... . . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 00000 777 33333 7 9 33333 33333 9 22 444 9 8 9 9 11 11
consensus : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
Reference ( family-406 ) : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75128 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---T-AGA-AA-CCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75129 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75130 : CAG-AAGAT-TTTT----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCG-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75131 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGAT-G-----CC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--CTGCTCTCGT
gi|75132 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGG--TTGCTATTGTt
gi|75133 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---A-ATA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTGt
gi|75134 : CAG-GAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GA-AGG--T-----ATATAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75135 : CAG-GAGAC-TTT-----GATG---TAA-----CTAT-G-----GC-----GG-AAG--T---C-GGA-AA-TCT-CATTGAT-TTGCTCTTGTt
gi|75136 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----G------GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCTCC--TGT--TTGCTCTTGTt
gi|75137 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-CGG-AA-TCT-C--GGA--TTGCTCTTGt
gi|75138 : CAG-AAGACATTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----AG-AGG--T---C-TGG-AA-TCT-CT-TGA--TTGCTCTTGTct
gi|75139 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---TAA-----CCAT-A-----GC-----GG-AGA--TAAAA-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTATt
gi|75140 : CGG-AAGAC-TCT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----TC-----GG-ACG--T---C-ACA-CA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75141 : CAG-AGGAC-TTG-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-GAG--T---T-AGC-AG-TCT-C--TGG--TTGCTCGTGT
gi|75142 : CAG-AAAGC-ATT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----CG-ATG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--TTGTTTTTGTt
gi|75143 : CAG-AAGAG-TTT-----AATG---AAA-----CCAT-GATGGTGC-----CG-TGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--AGA--TTGCTCTTGTt
gi|75144 : CAG-AAGAT-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----CG-AGG--T---C-AAA-AG-TCT-T--TGA--
gi|75145 : CAG-AAGAC-TTC-----ACTG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-GGG--T---C-AGA-AA---T-C--GGA--GTGCTCT
gi|75146 : CAG-AAGAC-CTTGCT--AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCG-T--CGATTTTGTTCTTGTgtt
gi|75147 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---CAAT----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--TA--C-ATA-A--TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75148 : CAG-AAGAC-TTT-----AATAACATAA-----CCTT-A-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCT
gi|75149 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---AAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGGACT---C-AGA-AA-TCT-C--TTC--TTGCTCgtt
gi|75150 : CAG-AAGAT-CTT-----AATG---CAT-----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--T-----ATATAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75151 : CAG-AAGAC-TT------GCTG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GT-AGG--T---T-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75152 : CAG-AA--C-TTT-----ATTG---TAAAATAACTTT-G-----AA-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75153 : CAG-AAGAC-TTTTTCA-AATG---TAA-----CCAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-ACA-A------C--TTG--TTACTCTTGt
gi|75154 : CAGCAAAAC-TTT-----AAT-----AA-----CCAT-G-----CA-----GA-AGA--T---C-AGA-AA-TCT----TGA--TTGCTTT
gi|75155 : CAG-ACGAC-TTT-----ATTG-----A-----CCTT-G-----GC-----GG-AGA--T---C-TGC-AA-TCC-C--TGA--CTGCTC
gi|75156 : CAG-AAAAC-TTA-----GAT----TAA-----CCTTTG-----GC-----GG-AGG--T---C-CG--AA-TCT-C--TGT--TTGCTCTaaaattgtt
gi|75157 : CAG-AAGAC-TTTTTCAAAATG---TAA-----CAAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-AGA-A------C--TTG--TTACTCTTGgtt
gi|75158 : AG-AAGAC-CTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-G--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75159 : AG-AAGAC-TTT-----AAGG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-GGA-AA-TAT-C--TGA--GTGCTCTTGt
gi|75160 : AG-AAGAC-TTT-----CATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-CGG--T---C-TGT-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCGTGT
gi|75161 : AG-AAAAC-TTT-----AATG---TTA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGT-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTt
gi|75162 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GGAAAA--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TGGCTCTTGT
gi|75163 : AG-ATGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GA-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGC--TTt
gi|75164 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-A-----ACTGACTAG-ACG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--ATGCTC
gi|75165 : G-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-T-----AC-----AG-AGG--T---A-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75166 : G-AAGAG-TTT-----AATA---TAA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---CTACA-AATTCT-C--TGA--CTGCTCATGt
gi|75167 : -AAGAC-TTT-----ATTG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AAG--T---A-AGA-AA-TAT-T--TGA--TGACACTTGT
gi|75168 : AGAT-TTT-----AATA---TAA-----CTAT-G-----TT-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TGT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75169 : -TTT-----AATG---TAA-----CCAA-G-----GC-----GA-CGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75170 : CAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TCA--TTGCTCTTGTt
gi|75171 : -G-----GC-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75172 : G-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--TTGCTCTTGTt
blockSeqs : C TTCAA ACA AATAA ATGGT TGACT AC AAA T AT TT
blockSeqs : . TTCA . T . . . A T T T
blockSeqs : . GCT . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
finalCons : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
Alignments
lowQualScore : 1 1 77777 111 33333 0 0 22222 22222 0 11 222 0 1 0 0 22 22
lowQualScore : . . ..... ... ..... . . ..... ..... . .. ... . . . . .. ..
lowQualScore : 0 0 00000 777 33333 7 9 33333 33333 9 22 444 9 8 9 9 11 11
consensus : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
Reference ( family-406 ) : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75128 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---T-AGA-AA-CCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75129 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75130 : CAG-AAGAT-TTTT----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCG-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75131 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGAT-G-----CC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--CTGCTCTCGT
gi|75132 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGG--TTGCTATTGTt
gi|75133 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----AT-----GG-AGG--T---A-ATA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTGt
gi|75134 : CAG-GAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GA-AGG--T-----ATATAA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75135 : CAG-GAGAC-TTT-----GATG---TAA-----CTAT-G-----GC-----GG-AAG--T---C-GGA-AA-TCT-CATTGAT-TTGCTCTTGTt
gi|75136 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----G------GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCTCC--TGT--TTGCTCTTGTt
gi|75137 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CGTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-CGG-AA-TCT-C--GGA--TTGCTCTTGt
gi|75138 : CAG-AAGACATTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----AG-AGG--T---C-TGG-AA-TCT-CT-TGA--TTGCTCTTGTct
gi|75139 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---TAA-----CCAT-A-----GC-----GG-AGA--TAAAA-AAA-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCTTATt
gi|75140 : CGG-AAGAC-TCT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----TC-----GG-ACG--T---C-ACA-CA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75141 : CAG-AGGAC-TTG-----AATG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-GAG--T---T-AGC-AG-TCT-C--TGG--TTGCTCGTGT
gi|75142 : CAG-AAAGC-ATT-----AATG---TGA-----CCAT-G-----GC-----CG-ATG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--TTGTTTTTGTt
gi|75143 : CAG-AAGAG-TTT-----AATG---AAA-----CCAT-GATGGTGC-----CG-TGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--AGA--TTGCTCTTGTt
gi|75144 : CAG-AAGAT-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----CG-AGG--T---C-AAA-AG-TCT-T--TGA--
gi|75145 : CAG-AAGAC-TTC-----ACTG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-GGG--T---C-AGA-AA---T-C--GGA--GTGCTCT
gi|75146 : CAG-AAGAC-CTTGCT--AATG---TAA-----CCTT-G-----GT-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCG-T--CGATTTTGTTCTTGTgtt
gi|75147 : CAG-AAGAC-TTT-----AATG---CAAT----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--TA--C-ATA-A--TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75148 : CAG-AAGAC-TTT-----AATAACATAA-----CCTT-A-----GC-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGTTCT
gi|75149 : CAG-AAGAC-TTC-----AATG---AAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGGACT---C-AGA-AA-TCT-C--TTC--TTGCTCgtt
gi|75150 : CAG-AAGAT-CTT-----AATG---CAT-----CCAT-G-----GC-----GA-AGA--T-----ATATAA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75151 : CAG-AAGAC-TT------GCTG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GT-AGG--T---T-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75152 : CAG-AA--C-TTT-----ATTG---TAAAATAACTTT-G-----AA-----GG-AGG--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75153 : CAG-AAGAC-TTTTTCA-AATG---TAA-----CCAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-ACA-A------C--TTG--TTACTCTTGt
gi|75154 : CAGCAAAAC-TTT-----AAT-----AA-----CCAT-G-----CA-----GA-AGA--T---C-AGA-AA-TCT----TGA--TTGCTTT
gi|75155 : CAG-ACGAC-TTT-----ATTG-----A-----CCTT-G-----GC-----GG-AGA--T---C-TGC-AA-TCC-C--TGA--CTGCTC
gi|75156 : CAG-AAAAC-TTA-----GAT----TAA-----CCTTTG-----GC-----GG-AGG--T---C-CG--AA-TCT-C--TGT--TTGCTCTaaaattgtt
gi|75157 : CAG-AAGAC-TTTTTCAAAATG---TAA-----CAAT-G-----AC-----GG-AGG--T---A-AGA-A------C--TTG--TTACTCTTGgtt
gi|75158 : AG-AAGAC-CTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----AG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-G--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75159 : AG-AAGAC-TTT-----AAGG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-GGA-AA-TAT-C--TGA--GTGCTCTTGt
gi|75160 : AG-AAGAC-TTT-----CATG---TAA-----CCAT-G-----GC-----GG-CGG--T---C-TGT-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCGTGT
gi|75161 : AG-AAAAC-TTT-----AATG---TTA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-TGT-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTt
gi|75162 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GGAAAA--T---C-TGC-AA-TCT-C--TGA--TGGCTCTTGT
gi|75163 : AG-ATGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-G-----GC-----GA-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGC--TTt
gi|75164 : AG-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCAT-A-----ACTGACTAG-ACG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TTA--ATGCTC
gi|75165 : G-AAGAC-TTT-----AATG---TAA-----CCTT-T-----AC-----AG-AGG--T---A-TGC-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75166 : G-AAGAG-TTT-----AATA---TAA-----CCTT-G-----GC-----GG-AGG--T---CTACA-AATTCT-C--TGA--CTGCTCATGt
gi|75167 : -AAGAC-TTT-----ATTG---TAA-----CCAC-G-----GC-----GG-AAG--T---A-AGA-AA-TAT-T--TGA--TGACACTTGT
gi|75168 : AGAT-TTT-----AATA---TAA-----CTAT-G-----TT-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TGT-C--TGA--TTGCTCTt
gi|75169 : -TTT-----AATG---TAA-----CCAA-G-----GC-----GA-CGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TGA--TTGCTCTTGT
gi|75170 : CAT-G-----GC-----GG-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--TCA--TTGCTCTTGTt
gi|75171 : -G-----GC-----GG-AGG--T---C-AAA-AA-TAT-C--TGA--TTGCTCTTGTt
gi|75172 : G-AGG--T---C-AGA-AA-TCT-C--CGA--TTGCTCTTGTt