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lowQualScore                  :        .. .     . .  . ..  ....    .  .  ...............  ....... .  ...   ...      .      .   ....  .   ...     ..  .......... . ..  ... .  .. ..  ..     ..   .  ...  .     .  . .  .  ... .  ...   . ......... . . . ......  .  .  .   ..   ..  ... ..  . . .  ... . . .... ...... . ... .....  . . .  ..   . .  ....   .  .. .    ..  .. .. .  .    
lowQualScore                  :        11 1     5 5  5 00  5555    5  5  111111111111111  1111111 9  555   555      4      2   7777  6   111     88  2222222222 5 66  666 3  66 77  44     55   1  000  2     0  0 0  1  555 0  888   0 000000000 0 0 0 999999  0  0  0   33   77  777 33  0 0 0  000 9 0 1111 222222 0 777 88888  0 0 0  44   0 0  2222   1  66 1    22  55 11 1  2    
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Reference ( gi|64927 )        : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT---TATCA-CC-GG--GCA-C-TG----GCT-------G-AG---TAC---CACAAA-TTAAACCGAT----AG-TTT-G-ATATT--TT--TT---T--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACT-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--A-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64929                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT---TATCA-CC-GG--GCA-C-TG-----CT-------G-AG---TAC---CACAA--TTAA--CGAT----AG-TTT-T-ATATT--TT--TT---A--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACT-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--A-TGC-TGA-A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64930                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT---TATCA-CC-GG--GCA-C-TG-----CT-------G-AG---TAC---CACAAA-TTAAAC-GAT----AG-TTT-T-ATATT--TT--TT---A--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACT-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T--C---AAA-----------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-AGA---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--A-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64935                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT---T-TCA-CC-GG--GCA-C-TG-----CT-------G-AG---TAC---CACAAA-T-AAAC-GAT----A--TTT---ATATT--TT---T---T--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACT-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-T---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TAC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-------A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CA--A-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-T--ATTA
gi|64928                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT----ATCA-CC-GG---TG-C-CGT---GCT-------G-AG---TAC---CACGAA-TTAAAC-AAT----AG-TTT-C-ATATT--TG----------A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACA-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-C-T-CT--CGT-G-CT--C-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-
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gi|64933                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT----ATCA-CC-GG---TG-C-CGT---GCC-------G-AG---TAC---CACAGA-TTAAAC-GAC----AG-TTT----TATT--TT--TT---G--A-T--TT---T-AT--T--TT-TACAACA-TCG-AT---TG-TTTAT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----GC---A-C-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-T-CT--G-TGC-TG--A-CATT--AA--C--A-TG-ATTA
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gi|64939                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT----ATCA-CC-GG---TG-C-CGT---GCC-------G-AG---TAA---GACAAA-TTAAAC-GAC----AG-CTT-C-ACTTT--TT--TTCT-T--A-T--TT---T-AT--T--TT-CATAACA-TCG-AC---TA-TTTAT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A--------------------------T---A--AA-C-T-TT---C-A-T----GC---A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--C-TGC-TG--A-AATTAAAA--C--A-TG-AT
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gi|64942                      : TTATA-C--G-TACAT-T-------AT---TATAT-CC-GG--GCA-C--G----GCT-------G-AGACGTAC---CACAAAATTAAAC-GAT----AG-TTT-T-ATATTGATT--TT---T--A-T--TT---T-AT--T--GT-GGTTATC-TTG-AC----A-TTGCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A--------TA-TC-GA-GTT--CGC--TT---A--CA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-----TT--TGT-GCCT--A-TGC-TG--A-ATTT--AA--CAAA-TG-ATTA
gi|64944                      : TTATATCCAA-TACAT-T-C--T--AT---TA-----C-AG--GCAAC-TG-----CT-------G-AG---TAC---GACAAA-TTTAAACGATTT--AG-TTT-TTATATT--TT--TT---T--A-T--TT---TTAT--T--TT----AA---TCG-AC---TA-TT-CT-AA-G-TTATC---T-AC---AAA-G---------G-A-A--------TA-GT-GA-GTC--TGCC-TT---A--AA-C-T-TTT--C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGTGG-CT--A-T---T---A-AATT--AA-----A-TA-AT
gi|64945                      : TTATATC--T-GACAT-T-CG-T--AT---TATCA-CC-GGT-GC--C-TT----GCT-------GCAG---TAC---CCCAAA-T-AAAC-GAT----AG-TTT---ATATT--T-----------------------AT---------ACAACT--CG-AC---TA-TTTCT-AA-G------------------------------------A------TA-TC-GA-GGC--TGC--GT---A--AA-C-T-T----C-A------G----A-A-C---G-----AA-A-C-CT--CGT-G-CT--C-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-AG-AT
gi|64946                      :  TATATC--G-TACAT-T-CG-T--AT----ATCA-TC-GG--------TGTCGTGCT-------G-AG---TAC---CACAAA-TTAAACT-AT----AT-TTT-C-ATATT--TT--G-------A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACA-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-AT--CGT-G-CT--C-TGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64947                      :  TATATC--GATACAT-T-CG-T--AT---T-TCAACCAGG--GCA-C-TG-----CT-------G-AT---TAC---CACAAA-TTAAAC-GATCATGAG-TTT-T-ATATT--TT--TA------A-T--TT---T-AT--T--TTCTATACTT-TCGGAC---TA-TTTCT-AAAG-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGCGTTT---A--AA-C-T-TT---CGA-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--A-TGC--G--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64948                      :  TATATT--G-TACATAT-CG-T--AT------CA-CC-GGT-GCC-G-TG----CGA-------G-GG---CACATGCACAAA-TTAAA-CGAT----AGTTTT-C-ATATT--TT--GA---T--T-T--TT---C-AT--T--TT-TATAACA-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGA--TT---A--AA-C-TCTT---C-A-T----T----A-A-A---AAC---AA-A-T-AT--CGT-G-CTCAA-TGC-TA--ATAATTTAAA--C--A-TG-CTTA
gi|64949                      :  TATATC--G-CACAT-T-CG-T---T---TATCA-CC-GG--------TG----GC--------G-AG--------------A-TCAAACGGA-----AG-TTT-C-ATAAT--TT--G-------A-T--TTAA-T-AT--T--TT-TATAAAA-TCG-AC---TA-TTTCC-AA-G-TT-AA---A-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-
gi|64951                      :   ATATC--G-TACAT-T-CGGT--A-----ATCA-CG-GT--GC--C-TT----GCT-------G-AA---AAC---CACAAA-TTAAAC-GAT----AG-TTT---ATATT--TT--TT---T--A-T--TT-----AT--T--TT----AACA-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-CA---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-TC-GA-GTC--TGA--CT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AATA-T--T--CAT---CT--A-TAC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64950                      :   ATAT---G-TAC-T-T-CG-T--AT---TATCA-CC-GG--GCA-C-TG----GCT-------GCAG---TA----CACAA---TAAATCGA-----AG-TTT-T-ATATT--TT--TT---A--A-T--TT---T-ATTAT--TT-TATAACT-TCG-ACG--TA-TTTCTAAA-G-TT-TC---T-AC---AAATA---------G-T-A-A------GA-TCTGA-GTC--TGC--TT---A--AA-CAT-TT---C-A-TTGAAG----A-A-A---A-----AA-A-T-CTAACAG-G-CT--A-TGC-TG--A-AATT--AATCC--A-TG-ATTA
gi|64952                      :   ATATC--G-TACAT-T-CG-TAAATATATATCA-CC-AGCTGCA---TG----A-T-------A-AG---TA----CA-------------------AG-TTT-C-ATA----TT--TT---G--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACA-TCA-AC---TC-T---T-AA-G-TT-TT---A-AC---AAA-G---------G-A-A-G------TA-TC-AA-ATT--TCC--TA---A--AA-C-T-TT---C-A--------------------------------------T-G-CT--T-TGC-TG--A-AATT--AA--C--G-T
gi|64953                      :    TATC--GATACAT-TACG-T--AT----ATCA-CC-GGTTGTC-CGTG----GCCGCATTTAG-AG---TAC---CACCAA-TTAAGACGAT----AGTTTT-G-ATATT--TT--TA---T--A-T--TC---T-AT--TA-TT-T
gi|64954                      :               AT-T-CA-T--AT----ATCA-CC-GG---TG-C-CGT---GCT-------G-AG---TAC---CACAAA-TTAAAC-GAT----AG-TTT-C-ATATT--TT--G-------A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACA-TCG-AC---TA-TTTCT-AA-G-Ttcgcattga
gi|64956                      :                                                    ----GCC-------G-AG---TAC---AACAAA-TTAA--CGCT----AG-TTC---ATATC--CA--T-------A-T--CTAAAC-AT--CCGTT-CAAAAC------ACATGTA-TTTCG-AA-G-TT--C---A-AC---ACA-G---------G-A-A-A------TA-TC-AC-GCT--AGT--TA---A--AA-C-T-TC---T-A-T----GCTGCA-A-A---ATTATTAA-A-T-TT--CGT-G-CC--C-TGT-TG--A-AGTT--AA-----G-TG-ATT
gi|64955                      :                                                                                   tA-TTAA--CGCT----AT-TTT-C-CTATC--TTGATTATAT--A-T--TT---T-AT--C--CC--ATAA-------AC---TA-TTTCT-AA-G-TT-T----T-AC---AAC-T---------G-A-A--------TA-TC-AA-GTC--AGC--TA---A--AA-T-T-TTATAT-A-T----G----CTG-C---A-----AA-A-T-TC--GGT-G-CT--T-TGC-TG--A-AATC--AA--C--T-TG-ATTA
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Reference ( family-404 )      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCG-C---TG-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTTT--T--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACNTCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--NTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
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gi|64937                      : TTATAT---G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCA-C---TG--CT-G-------A----TCC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTA------A-T--CT---A-AT--T--TT-TATAACTTCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---TAAC---GAA-A---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A------G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-C---ATGC-TG--A-ACAT--AA--C--A-TGTATT
gi|64938                      : TTATATC--G-TTCAT---CG-TA----T-TATCC-CC-GG--CA-C------GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---T-A---T--TT-TAT-ACCT-G-AC-TA--TTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GT-GTC---GCTGTT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-ATT-CT--CGT-G-CT--ATGC-GG--A-AATT---A--C--A-TG-ATTA
gi|64939                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-CC-GG--TG-C---CGTGCC-G-------AG---TAA---GACAAA-TT-AA-A-C-GAC----AGCTT-C-A-CTTT--TTTTCTT--A-T--TT---T-AT--T--TT-CATAACATCG-AC-TA-TTTAT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A---------------------------T---A--AA-C-T-TT---C-A-T----GC---A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATTAAAA--C--A-TG-AT
gi|64940                      : TTATAT---G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CT-GG--CA-----TG-GCTTG-------AG---T-C---CACAAA-TT--A-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--TA-A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACTTCG-AC-TC-CTTTT-AA-G-TT-T----T-A----AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTTCGTGC--TT------AA-C-T-AT---C-A-T----G----A-C-C----------A-A-T-CT--CGT---CT--ATGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64941                      : TTATAAT--G-TACAT-T-CG----------ATTC-CT-GG-GCA-C---TG-CTT-G-------AG---TAC---CA-AAC-TT-AA-A-C-GAG----AGTTT-T-AATATT--TTTT--T--T-TAATT---T-AC--T--TT-T-TAACTTCG-AC-TAGTTTCT-AA-A-TT-TC---T--C---AAC-G---------G-ACA-A------TA-T-C-GA-GTC--TGC--TT------AA-C-T-TT---C-A-G----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CGA-ATGC-TGA-A-AATT--AA--C--A-TG-ATT
gi|64942                      : TTATA-C--G-TACAT-T-----A----T-TATAT-CC-GG-GCA-C----G-GCT-G-------AGACGTAC---CACAAAATT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATTGATTTT--T--A-T--TT---T-AT--T--GT-GGTTATCTTG-AC--A-TTGCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G---A-A------TA-T-C-GA-GTT--CGC--TT---A--CA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-----TT--TGT-GCCT--ATGC-TG--A-ATTT--AA--CAAA-TG-ATTA
gi|64943                      : TTATATC----TACAG---CG--A----T-TATCA-C---G-GCA-C---TG--CT-G-------A----TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT-----GTTT---A-TATT--TTTT--T--------T---T--T--T--TC-TATAACTTCG-AC-T--TTTCT-AA-GGTT-TC---T--C---AAA-G-----------A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-G---A-----AA-A-T-CT--C-T-G-CT--ATGC-TG----AATT--AA-----A-TG-ATTA
gi|64944                      : TTATATCCAA-TACAT-T-C--TA----T-TA-----C-AG-GCAAC---TG--CT-G-------AG---TAC---GACAAA-TTTAA-A-C-GATTT--AGTTT-TTA-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TTAT--T--TT----AA--TCG-AC-TA-TT-CT-AA-G-TTATC---T-AC---AAA-G---------G-A-A--------TA-G-T-GA-GTC--TGCC-TT---A--AA-C-T-TTT--C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGTGG-CT--AT---T---A-AATT--AA-----A-TA-AT
gi|64945                      : TTATATC--T-GACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GGTGC--C---TT-GCT-GC------AG---TAC---CCCAAA-T--AA-A-C-GAT----AGTTT---A-TATT--T--------------------AT---------ACAAC-TCG-AC-TA-TTTCT-AA-G------------------------------------A------TA-T-C-GA-GGC--TGC--GT---A--AA-C-T-T----C-A------G----A-A-C---G-----AA-A-C-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-AG-AT
gi|64946                      :  TATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-TC-GG--TG-T---CGTGCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-TAT----ATTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACATCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-AT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64947                      :  TATATC--GATACAT-T-CG-TA----T-T-TCAACCAGG-GCA-C---TG--CT-G-------AT---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GATCATGAGTTT-T-A-TATT--TTTA-----A-T--TT---T-AT--T--TTCTATACTTTCGGAC-TA-TTTCT-AAAG-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGCGTTT---A--AA-C-T-TT---CGA-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--ATGC--G--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64948                      :  TATATT--G-TACATAT-CG-TA----T----CA-CC-GG--TG-C---CGTGCGAG-------GG---CACATGCACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTTTC-A-TATT--TTGA--T--T-T--TT---C-AT--T--TT-TATAACATCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGA--TT---A--AA-C-TCTT---C-A-T----T----A-A-A---AAC---AA-A-T-AT--CGT-G-CTCAATGC-TA--ATAATTTAAA--C--A-TG-CTTA
gi|64949                      :  TATATC--G-CACAT-T-CG-T-----T-TATCA-CC-GG---------TG-GC--G-------AG--------------A-TC-AA-A-C-GGA----AGTTT-C-A-TAAT--TTG------A-T--TTAA-T-AT--T--TT-TATAAAATCG-AC-TA-TTTCC-AA-G-TT-AA---A-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-
gi|64950                      :   ATAT---G-TAC-T-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCA-C---TG-GCT-GC------AG---TA----CACAA---T-AA-ATC-GA-----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---T-ATTAT--TT-TATAACTTCG-ACGTA-TTTCTAAA-G-TT-TC---T-AC---AAATA---------G-T-A-A------GA-T-CTGA-GTC--TGC--TT---A--AA-CAT-TT---C-A-TTGAAG----A-A-A---A-----AA-A-T-CTAACAG-G-CT--ATGC-TG--A-AATT--AATCC--A-TG-ATTA
gi|64951                      :   ATATC--G-TACAT-T-CGGTA-------ATCA-CG-GT-GC--C---TT-GCT-G-------AA---AAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT---A-TATT--TTTT--T--A-T--TT-----AT--T--TT----AACATCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-CA---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGA--CT---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----A-A-C---A-----AATA-T--T--CAT---CT--ATAC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64952                      :   ATATC--G-TACAT-T-CG-TAAATATATATCA-CC-AG-CTG-C---AT-GAT-A-------AG---TAC---------------------A-----AGTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACATCA-AC-TC-TT----AA-G-TT-TT---A-AC---AAA-G---------G-A-A-G------TA-T-C-AA-ATT--TCC--TA---A--AA-C-T-TT---C-A--------------------------------------T-G-CT--TTGC-TG--A-AATT--AA--C--G-T
gi|64953                      :    TATC--GATACAT-TACG-TA----T--ATCA-CC-GG-TTG-TCCGTG-GCC-GCATTTAGAG---TAC---CACCAA-TT-AAGA-C-GAT----AGTTT-TGA-TATT--TTTA--T--A-T--TC---T-AT--T--AT-TTTCGCATTG-A
gi|64954                      :               AT-T-CA-TA----T--ATCA-CC-GG--TG-C---CGTGCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TA----TTTT--G--A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACATCG-AC-TA-TTTCT-AA-G-T
gi|64955                      :                                                                                  A-TT-AA---C-GCT----ATTTT-C-C-TATC--TTG------A-T--TA---T-ATA-T--TT-TATCCCATAA-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-T----T-AC---AAC-T---------G-A-A--------TA-T-C-AA-GTC--AGC--TA---A--AA-T-T-TTATAT-A-T----G----CTG-C---A-----AA-A-T-TC--GGT-G-CT--TTGC-TG--A-AATC--AA--C--T-TG-ATTA
gi|64956                      :                                 gtgccgatcgatgattactt-GCC-G-------AG---TAC---AACAAA-TT-AA---C-GCT----AGTT--C-A-TATC--CAT------A-T--CTAAAC-AT--CCGTT-CAAAACA-CA-TG-TA-TTTCG-AA-G-TT--C---A-AC---ACA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-AC-GCT--AGT--TA---A--AA-C-T-TC---T-A-T----GCTGCA-A-A---ATTATTAA-A-T-TT--CGT-G-CC--CTGT-TG--A-AGTT--AA-----G-TG-ATT
gi|64957                      :                                                                                       tA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TA---T-AT--T--TT--ATATCATCG-AC-TA-TTTCT-A-------TT---T-AA---AAG-G---------A-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TGA--TT------AA-C-T-TT---CTA-T----G----C-A-T---AC----AA-A-T-AT--CGT-G-CTG-TTGC-T---A-AATT--AA--C--A-TA-GTTA
gi|64958                      :                                                                                                      GTTT-T-A-TGTT--TTTT-----A-T--TT---T-AT--T--TT-TATAACTTC--AT-TA-TTTCT-AA-G-TT-TC---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T---GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---CAA-T----G----A-A-----A-----AA-A-T-CT--C-T-G-C---ATGCTTG--A-AATT--AA--C--A-TG-GTTA
gi|64959                      :                                                                                                                        T--T--AGT--TT---C-AT--A--TT-TGTACTATCG-AC-TG-TTTCT-AA-A-TT-TCAACT-AC---AAA-G---------G-A-ATA------TA-T---GATGTC--AGC--TT---T--AA-T-C-TA---C-AAT----G----CTA-C---A-----AA-A-T-AT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AA
gi|64960                      :                                                                                                                            --A-T--TT---C-GT--A--TT-TGTACCATCG-AC-TG-TTTCT-AA-G-TT-TCAATT-AC---AAA-G---------G---A-A------TA-TAC-AA-GTC--AGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-C----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TGGTA-AATTA-AA--C--A-CG-AGTA
gi|64961                      :                                                                                                                               -T--TT---C-AT--A--TT-TGTACCATCG-AC-TG-TTT-T-AA-A-TT-TCAACT-AC---AAA-G---------G-A-ATA------TA-T-G-AA-TTC--AGC--TTTAAATTAA-C-T-TT---C-A-T----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-AGTA
gi|64962                      :                                                                                                                                    T---C-AT--A--TT-TGTACCATCG-AC-TG-TTTTT-AA-A-TT-TC---A-ACTTCAAA-G---------G-A-ATA------TA-T-G-AA-GTC--AGC--TTC--A--AA-C-T-TT---C-T-T----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-T-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-CG-AGTA
gi|64963                      :                                                                                                                                                           TCG-AA-TA-T--CT-AA-G-TT-TC---A-AC---AAA-A---------A-A-A-A------TA-T-C-AA-ATC--TGC--TA---A--AA-C-T-TT---C-A-T----G----C-A-G---A-----AA-A-TGTT--CAC-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--CCAA-TT-ATTA
gi|64964                      :                                                                                                                                                    ttatatcgcacat-TA-TATCT-AA-G-TT-TC---A-AC---AAA-G---------G-A-A-A------TA-T-A-AA-ATC--TGC--TC---A--AA-C-C-TT---C-C-T----GT---A-A-C---A-----AA-A-T-
gi|64965                      :                                                                                                                                              taatatcgcacattcg-AC-TA-TTTCT-AA-G-TT-TT---A-AC---GAA-G---------G-A-A-ATACATGTA-T-C-AA-GTC--AAC--TA---A--AA-C-T-TCTA-C-A-T----A----T-G-CTGTA-----AA-A-T-AT--CAT-G-CT--TTGC-TG--A-GATC--AA--C--T-TG-ATTA
gi|64966                      :                                                                                                                                                                       TCT-AA-G-TT-TC---T-AC---ATA-G---------G-A-A-A------TA-T-C-GA-GTC--TCC--TT---A--AA-C-T-TT---C-C-T----G----A-A-C---A-----AA-A-T--T--TGT---CT--ATGC-TA--A-AATT--AA--C--ATTG-ATTA
gi|64967                      :                                                                                                                                                                         T-AA-G-TT-TC---A-AC---AAA-GCCTTGAAAGG-A-A-A------TA-T-C-AA-ATC--TGC--TA---A--AA-T-G-TC---C-A-T----GC---A-G-C---A-----AA-A-T-CT--TGT-G-CT--CTGC-TG--A-AAAT--AG--C--A-TG-TTTA
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Reference ( family-404 )      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCGCC---G-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--NTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
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Reference ( family-404 )      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCGCC---G-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--NTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
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gi|64928                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-CC-GG--TGCC---GTGCT-G-------AG---TAC---CACGAA-TT-AA-A-C-AAT----AGTTT-C-A-TATT--TG-------A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-C-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-
gi|64929                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCACT---G--CT-G-------AG---TAC---CACAA--TT-AA---C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACTT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--ATGC-TGA-A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64930                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCACT---G--CT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACTT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T--C---AAA-----------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-AGA---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--ATGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64931                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-CC-GGTGC-CT---T-GCT-G-------AG---AAC---CACAAA-TC-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--T--AAT--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-T-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----GA-A-T-CT--CGT-G-CT--
gi|64932                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--AT-A-CC-GG--TGCT---T-GAT-G-------AA----AC---CACAAA-TC-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--TTAA-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TATTTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------GAA-A-ATAT-----T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AATT-T-TT---C-AT----A----AGA-C---------AG-A-T-CT--CGT-G-CT--
gi|64933                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-CC-GG--TGCC---GTGCC-G-------AG---TAC---CACAGA-TT-AA-A-C-GAC----AGTTT-----TATT--TTTT--G--A-T--TT---TAT--T--TT-TACA----ACAT-CG-AT-----TG-TTTAT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---A-C-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-T-CT--GTGC-TG--A-CATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64934                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-AA-CA-CC-GATGC-CT---T-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-GT----G----A-A-C---G-----AA-A-T-CT--CGT-G-C
gi|64935                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-T-TCA-CC-GG-GCACT---G--CT-G-------AG---TAC---CACAAA-T--AA-A-C-GAT----A--TT-T-A-TATT--TT-T--T--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACTT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-T---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TAC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-------A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CA--ATGC-TG--A-AATT--AA--C--A-T--ATTA
gi|64936                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----A--ATCA-CC-GG--TGCC---GTGCC-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTTTC-A-T----------------T--TT---TAT--C--AT-TA-A----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-CTA------T-C-GA-GT-----C--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---C-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TC--A-AATT--AA--C--A-TG-ATT
gi|64937                      : TTATAT---G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCACT---G--CT-G-------A----TCC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTA------A-T--CT---AAT--T--TT-TATA----ACTT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---TAAC---GAA-A---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-A-----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-C---ATGC-TG--A-ACAT--AA--C--A-TGTATT
gi|64938                      : TTATATC--G-TTCAT---CG-TA----T-TATCC-CC-GG--CAC------GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---TA---T--TT-TATA----CC---TG-AC-----TA--TTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GT-GTC---GCTGTT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-ATT-CT--CGT-G-CT--ATGC-GG--A-AATT---A--C--A-TG-ATTA
gi|64939                      : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-CC-GG--TGCC---GTGCC-G-------AG---TAA---GACAAA-TT-AA-A-C-GAC----AGCTT-C-A-CTTT--TTTTCTT--A-T--TT---TAT--T--TT-CATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTAT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-A--------------------------T---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATTAAAA--C--A-TG-AT
gi|64940                      : TTATAT---G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CT-GG--CAT----G-GCTTG-------AG---T-C---CACAAA-TT--A-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--TA-A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACTT-CG-AC-----TC-CTTTT-AA-G-TT-T-------T-A----AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTTCGTGC--TT------AA-C-T-AT---C-AT----G----A-C-C----------A-A-T-CT--CGT---CT--ATGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64941                      : TTATAAT--G-TACAT-T-CG----------ATTC-CT-GG-GCACT---G-CTT-G-------AG---TAC---CA-AAC-TT-AA-A-C-GAG----AGTTT-T-AATATT--TTTT--T--T-TAATT---TAC--T--TT-T-TA----ACTT-CG-AC-----TAGTTTCT-AA-A-TT-T---C---T--C---AAC-G---------G-ACA-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT------AA-C-T-TT---C-AG----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CGA-ATGC-TGA-A-AATT--AA--C--A-TG-ATT
gi|64942                      : TTATA-C--G-TACAT-T-----A----T-TATAT-CC-GG-GCAC----G-GCT-G-------AGACGTAC---CACAAAATT-AA-A-C-GAT----AGTTT-T-A-TATTGATTTT--T--A-T--TT---TAT--T--GT-GGTT----ATCT-TG-AC------A-TTGCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G---A-ATA------T-C-GA-GTT--CGC--TT---A--CA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-----TT--TGT-GCCT--ATGC-TG--A-ATTT--AA--CAAA-TG-ATTA
gi|64943                      : TTATATC----TACAG---CG--A----T-TATCA-C---G-GCACT---G--CT-G-------A----TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT-----GTTT---A-TATT--TTTT--T--------T---T-T--T--TC-TATA----ACTT-CG-AC-----T--TTTCT-AA-GGTT-T---C---T--C---AAA-G-----------A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-G---A-----AA-A-T-CT--C-T-G-CT--ATGC-TG----AATT--AA-----A-TG-ATTA
gi|64944                      : TTATATCCAA-TACAT-T-C--TA----T-TA-----C-AG-GCAAC---T-GCT-G-------AG---TAC---GACAAA-TTTAA-A-C-GATTT--AGTTT-TTA-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TTA--T--TT-TA--------AT-CG-AC-----TA-TT-CT-AA-G-TTAT---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A--TA------G-T-GA-GTC--TGCC-TT---A--AA-C-T-TTT--C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGTGG-CT--AT---T---A-AATT--AA-----A-TA-AT
gi|64945                      : TTATATC--T-GACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GGTGC-CT---T-GCT-GC------AG---TAC---CCCAAA-T--AA-A-C-GAT----AGTTT---A-TATT--T-------------------AT---------ACA----AC-T-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G---------------------------------------ATA------T-C-GA-GGC--TGC--GT---A--AA-C-T-T----C-A-----G----A-A-C---G-----AA-A-C-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-AG-AT
gi|64946                      :  TATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T--ATCA-TC-GG--TGTC---GTGCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-TAT----ATTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-AT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64947                      :  TATATC--GATACAT-T-CG-TA----T-T-TCAACCAGG-GCACT---G--CT-G-------AT---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GATCATGAGTTT-T-A-TATT--TTTA-----A-T--TT---TAT--T--TTCTATA----CTTT-CGGAC-----TA-TTTCT-AAAG-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGCGTTT---A--AA-C-T-TT---CGAT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--ATGC--G--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64948                      :  TATATT--G-TACATAT-CG-TA----T----CA-CC-GG--TGCC---GTGCGAG-------GG---CACATGCACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTTTC-A-TATT--TTGA--T--T-T--TT---CAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGA--TT---A--AA-C-TCTT---C-AT----T----A-A-A---AAC---AA-A-T-AT--CGT-G-CTCAATGC-TA--ATAATTTAAA--C--A-TG-CTTA
gi|64949                      :  TATATC--G-CACAT-T-CG-T-----T-TATCA-CC-GG-----T---G-GC--G-------AG--------------A-TC-AA-A-C-GGA----AGTTT-C-A-TAAT--TTG------A-T--TTAA-TAT--T--TT-TATA----AAAT-CG-AC-----TA-TTTCC-AA-G-TT-A---A---A-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-
gi|64950                      :   ATAT---G-TAC-T-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCACT---G-GCT-GC------AG---TA----CACAA---T-AA-ATC-GA-----AGTTT-T-A-TATT--TTTT--A--A-T--TT---TATTAT--TT-TATA----ACTT-CG-ACG----TA-TTTCTAAA-G-TT-T---C---T-AC---AAATA---------G-T-A-AGA------T-CTGA-GTC--TGC--TT---A--AA-CAT-TT---C-ATTGAAG----A-A-A---A-----AA-A-T-CTAACAG-G-CT--ATGC-TG--A-AATT--AATCC--A-TG-ATTA
gi|64951                      :   ATATC--G-TACAT-T-CGGTA-------ATCA-C---G-GTGCC---TTGCT-G-------AA---AAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT---A-TATT--TTTT--T--A-T--TT----AT--T--TT----A----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-C---A---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGA--CT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AATA-T--T--CAT---CT--ATAC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64952                      :   ATATC--G-TACAT-T-CG-TAAATATATATCA-CC-AG-CTGCA---T-GAT-A-------AG---TAC---------------------A-----AGTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CA-AC-----TC-TT----AA-G-TT-T---T---A-AC---AAA-G---------G-A-A-GTA------T-C-AA-ATT--TCC--TA---A--AA-C-T-TT---C-AT----G-----------------------------------CT--TTGC-TG--A-AATT--AA--C--G-T
gi|64953                      :    TATC--GATACAT-TACG-TA----T--ATCA-CC-GG-TTGTCCGTG-GCC-GCATTTAGAG---TAC---CACCAA-TT-AAGA-C-GAT----AGTTT-TGA-TATT--TTTA--T--A-T--TC---TAT--T--AT-TTTC----GCAT-TG-A
gi|64954                      :               AT-T-CA-TA----T--ATCA-CC-GG--TGCC---GTGCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TA----TTTT--G--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-T
gi|64955                      :                                                                                 A-TT-AA---C-GCT----ATTTT-C-C-TATC--TTG------A-T--TA---TATA-T--TT-TATC----CCAT-AA-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T-------T-AC---AAC-T---------G-A-A--TA------T-C-AA-GTC--AGC--TA---A--AA-T-T-TTATAT-AT----G----CTG-C---A-----AA-A-T-TC--GGT-G-CT--TTGC-TG--A-AATC--AA--C--T-TG-ATTA
gi|64956                      :                                gtgccgatcgatgattactt-GCC-G-------AG---TAC---AACAAA-TT-AA---C-GCT----AGTT--C-A-TATC--CAT------A-T--CTAAACAT--CCGTT-CAAA----ACA--CA-TG-----TA-TTTCG-AA-G-TT-----C---A-AC---ACA-G---------G-A-A-ATA------T-C-AC-GCT--AGT--TA---A--AA-C-T-TC---T-AT----GCTGCA-A-A---ATTATTAA-A-T-TT--CGT-G-CC--CTGT-TG--A-AGTT--AA-----G-TG-ATT
gi|64957                      :                                                                                      tA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTG------A-T--TA---TAT--T--TT--ATA----TCAT-CG-AC-----TA-TTTCT-A-------T---T---T-AA---AAG-G---------A-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGA--TT------AA-C-T-TT---CTAT----G----C-A-T---AC----AA-A-T-AT--CGT-G-CTG-TTGC-T---A-AATT--AA--C--A-TA-GTTA
gi|64958                      :                                                                                                     GTTT-T-A-TGTT--TTTT-----A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACTT-C--AT-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T---GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---CAAT----G----A-A-----A-----AA-A-T-CT--C-T-G-C---ATGCTTG--A-AATT--AA--C--A-TG-GTTA
gi|64959                      :                                                                                                                       T--T--AGT--TT---CAT--A--TT-TGTA----CTAT-CG-AC-----TG-TTTCT-AA-A-TT-TCAAC---T-AC---AAA-G---------G-A-ATATA------T---GATGTC--AGC--TT---T--AA-T-C-TA---CAAT----G----CTA-C---A-----AA-A-T-AT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AA
gi|64960                      :                                                                                                                           --A-T--TT---CGT--A--TT-TGTA----CCAT-CG-AC-----TG-TTTCT-AA-G-TT-T---CAATT-AC---AAA-G---------G---A-ATA------TAC-AA-GTC--AGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AC----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TGGTA-AATTA-AA--C--A-CG-AGTA
gi|64961                      :                                                                                                                              -T--TT---CAT--A--TT-TGTA----CCAT-CG-AC-----TG-TTT-T-AA-A-TT-T---CAACT-AC---AAA-G---------G-A-ATATA------T-G-AA-TTC--AGC--TTTAAATTAA-C-T-TT---C-AT----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-AGTA
gi|64962                      :                                                                                                                                   T---CAT--A--TT-TGTA----CCAT-CG-AC-----TG-TTTTT-AA-A-TT-T---C---A-ACTTCAAA-G---------G-A-ATATA------T-G-AA-GTC--AGC--TTC--A--AA-C-T-TT---C-TT----G----CTG-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-T-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-CG-AGTA
gi|64963                      :                                                                                                                                                T-TATATCGCACATTCG-AA-----TA-T--CT-AA-G-TT-T---C---A-AC---AAA-A---------A-A-A-ATA------T-C-AA-ATC--TGC--TA---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----C-A-G---A-----AA-A-TGTT--CAC-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--CCAA-TT-ATTA
gi|64964                      :                                                                                                                                                    TA----ATAT-CGCACATTCGTA-TATCT-AA-G-TT-T---C---A-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-A-AA-ATC--TGC--TC---A--AA-C-C-TT---C-CT----GT---A-A-C---A-----AA-A-T-
gi|64965                      :                                                                                                                                                                 -AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---T---A-AC---GAA-G---------G-A-A-ATACATGTAT-C-AA-GTC--AAC--TA---A--AA-C-T-TCTA-C-AT----A----T-G-CTGTA-----AA-A-T-AT--CAT-G-CT--TTGC-TG--A-GATC--AA--C--T-TG-ATTA
gi|64966                      :                                                                                                                                                                              TCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---ATA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TCC--TT---A--AA-C-T-TT---C-CT----G----A-A-C---A-----AA-A-T--T--TGT---CT--ATGC-TA--A-AATT--AA--C--ATTG-ATTA
gi|64967                      :                                                                                                                                                                                T-AA-G-TT-T---C---A-AC---AAA-GCCTTGAAAGG-A-A-ATA------T-C-AA-ATC--TGC--TA---A--AA-T-G-TC---C-AT----GC---A-G-C---A-----AA-A-T-CT--TGT-G-CT--CTGC-TG--A-AAAT--AG--C--A-TG-TTTA
gi|64968                      :                                                                                                                                                                                                   -AC---AAA-G---------G-A-A-ATG------C-C-AA-ACC--TGC--TG---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---A-G-C---A-----AA-A-T-CT--CTT-G-CT--CTAC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ACTA
gi|64969                      :                                                                                                                                                                                                     C---AAA-A---------G-A-A-ATA------T-C-AA-ATC--TGC--TA---A--AA-C-T-TT---C-TT----T----C-A-G---A-----AA-C-T-GT--CAC-G-CT--CTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-T
gi|64970                      :                                                                                                                                                                                                                                              TC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---A-A-C---A-----GA-A-T-AT--CGT-G-CT--ATGC-TA--A-GATT--AA--C--A-TG-ATTA
gi|64971                      :                                                                                                                                                                                                                                                --TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----GC---A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-TT--TTGC-TA--A-AATT--AA--C--A-TG-ACTA


blockSeqs                     :        CA A     A A  G  AATA AT    A  A  TTGTCCGTGG    T CATTTAG  ACG   ATG      A  T  G T .   CATG     TC  A    GA  TTTTA   A AA  AAA   TA CG  C    TCGC  A T  G  ATTCG  T     A  A G  A CAA AAT A  TTC     CCTTGAAAG     T   CATGTA      T   CG   TG  TAA TT         ATA G  TGAA CTGCA    TGT TTATT         AA        CAA   T  GT T    AA  TC AA T  T
blockSeqs                     :        .  A     . .  .  .    T     .  .  GTGCCTTG      A C        .     .        .  .  . . .   TT       TT  .    .   TTCTT   G .   AA    A  .   .    .     T .  C  G      G     .  . .  . .   AAC .  .       .             T   T           .   .    GT  C   .          TA  T  .    AG       .   AC            .         AA    .  A  .    TA  .  CA .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCGTG       . C        .     .        .  .  . . .   .        TC  .    .   TTTA    . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             T   .           .   .    C   .   .          T   A  .    CA       .   C             .         GT    .  A  .    A   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    A     .  .  TGCCTTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        TG  .    .   TTA     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   A  .    CC       .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   TTA     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CA       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCTTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CT       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTG     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CT       .   .             .         G     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTA     . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CT       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  GCACTGC       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CT       .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  GCAACTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CT       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCTTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    TA       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGTCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CA       .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  TGCCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   GAT     . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CA       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  GCACTGG       . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   TTA     . .   .     .  .   .    .     C .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CA       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    T     .  .  CTGCATG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTT     . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    CA       .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  TGCCGTG       . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TAT     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TTG     . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   TT      . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  TGCTTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   TA      . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   TT      . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACGG        . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   A       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         T     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         T     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  GCACTG        . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  CATGG         . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :        .  .     . .  .  .    .     .  .  CACG          . .        .     .        .  .  . . .   .        C   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                 . .  .  .    .     .  .  TGG           . .        .     .        .  .  . . .   .        T   .    .   T       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                        . .        .     .        .  .  . . .   .        .   .    .   G       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                  .  .  . . .   .        .   .    .   .       . .   .     .  .   .    .     T .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                        . . .   .        .   .    .   .       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                         .   .    .   .       . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         T     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                              . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                              . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                              . .   .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .     .  .   .    .     A .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    C        .   .             .         C     .  .  .    .   .  .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                 .    .     . .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .         A     .  .  .    .   .  .  .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .     . .  .  .      .     .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    C        .   .             .         T     .  .  .                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                 .               .  . .  . .   .   .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    T        .   .             .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                 .  . .            .  .       .             .   .           .   .    .   .   .          .   .  .    A        .   .             .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .       .             .   .               .    .   .   .          .   .  .    C        .   .             .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                .    .   .   .          .   .  .    .        .   .                                                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCGCC---G-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--NTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA
finalCons                     : TTATATC--G-TACAT-T-CG-TA----T-TATCA-CC-GG-GCGCC---G-GCT-G-------AG---TAC---CACAAA-TT-AA-A-C-GAT----AGTTT-C-A-TATT--TTTT--T--A-T--TT---TAT--T--TT-TATA----ACAT-CG-AC-----TA-TTTCT-AA-G-TT-T---C---T-AC---AAA-G---------G-A-A-ATA------T-C-GA-GTC--TGC--TT---A--AA-C-T-TT---C-AT----G----A-A-C---A-----AA-A-T-CT--CGT-G-CT--NTGC-TG--A-AATT--AA--C--A-TG-ATTA