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lowQualScore                  :     .  . . ... . . . .................... . .... .. .  . ..      .  . . .. .. .   .. .. .    ...   ..    .. . ... ...  . . . .  . .  . ..... .... .. .  ..  .....  . . . . .  ....  ..   ..   ...     .  .... . . . . .. . . ..... ...  .. .. . .  .  ..  .. ...   ..... . . ..    ..  ..  .   . . .   .  .. .. .. ..... ..  ............. ... . ... ...............................................  .. ...  ... . ....... ... .. .  ...  .........    ..  ..  . ..... . .  .  .....    .  .        
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Reference ( gi|54217 )        : ATTA-CA-T-T---G-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATGTG-A-A--G--TTTAT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---GT----T--A-GC--AA--C--GC-A-T-C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATATT-GC----C-G-G-T-C--A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-T-C--AAAA--AC--TA-TTG-A-C-CGG-CG--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G---A--------------------------C-A-A----------------AC--A---AA---A-T-------A---G--C-TA-A-AA---------ATAT--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----TAAA-ACAAACAAAAA
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gi|54246                      :   TA-CA-T-T---G-C-T-AA--C-------T--------A-C----TTAA-TG-AGACGTCATG-G-A-A--G--T--AT--T--A----T---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-AAC-GT-C-ATCAA---GT----T--A-GCC-AA--CTTGC-A-T-C-A-GA----TT--CC---TCA---AT--T-GC----C-G-GGT-C--A-A-TG----A---GAT-C--GGC-CC-GT--CC--A---AAAGGA--T-T-C--AAAA--AA--AA-TTG-A-C-CGG-CG-----T--C-----C--AA-------------T---A-G---A--------------------------C-A-A----------------AC--A---AA---AAT-------A---G--C-TA-AGAA---------ATAT--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----TAAA-AC-AACAAAAA
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consensus                     :         ATTA-CA-T-T---G-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---GT----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------AG--C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAA
Reference ( family-403 )      :         ATTA-CA-T-T---G-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---GT----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------AG--C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAA
gi|54217                      :         ATTA-CA-T-T---G-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATGTG-A-A--G-TTT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---GT----T--A-GC---AA--C--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----A----AC--AAA---A-T-------AG--C--T-A-AAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-ACAA-ACAAAAA
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gi|54240                      :         ATTA-CA-T-T---G-C-T-C---CATG----T--------AAC----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TCT-AT--T--G--ATT----CGATTTGCGGG-T-T-A---CG-A-A-T-GT-T-AT------GT----T--A-GC---AA--T--GT---T-----C-ATGA----T-----C--TCC---ATAT--T-G------C-GA-T---------------A-T-----A---GA--A--G-C-CG-GG--TC--A---AAA-----T-----T-CAAAAAA--ACCATA-TTG--C--G-C-A--T--T--G-----C--CA-------------T-----G-------------A----------------------------A----C----AT--AAA---A-T-------AG--C--T-A--AAATATT--TT--AA-T-----A-T-----------T--ATA-AC-ATACAAAA
gi|54241                      :         ATTG-CA-T-T---G-C-T-A---T------------------C----T--A-TA-A--CGTCAC------A--G-TCT-AC--T--G-CATT---ACG--TTAC--G-T-T------------C-GT-C-AT--G---GT----A--A-GC---AA--C--TC-A-TGGCTGC-C-GA----GT--CC-----A---ATAGAAC-G-C----C-GG-T-CCAAAATTCACCA-ACT-----ATT-GAT-CT-G-C-TG-TC--TC--AT--AGA-----TCGCTTT-C--AAAG--TT--TC-TTGA-CAGA-T-G-----------------AA-------------T---A-C-------------A--------------------------C-G----C----AC--AAA---A-T-------AG--T--T-A-GACATA-T--TG--AA-T-----A-T-TT-AA-----C--AAA-AC-A-ACAAAA
gi|54242                      :         ATTA-CA-A-T---G-C-A-A--------------------A-T----T--A-TG-A--CGTCA-----A-C--G-CCT-AC--T--G-CTTT---ACG--ATAC--G-T------------A-T-TT-C-AT-AC----T----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-G-----TT--CTC--TTA---TGGC--T-G-T----A-GG-T-C-----------CCA-T-----A---GAA-C--G-C-CA-GT--CC--A---AACGTCCTT-----T-C--AACA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--A-----A--AA-------------T---A-GATCAGACAGATGAA--------------------------C-A----CACTTAC--AAA---A-T-------AA--T--T-A-AAAATA-G--TG--AA-T-----A-T-TT-GA-----T--AGA-AC-A-
gi|54243                      :         ATTA-CC-T-T---G-C-T-A---CAA-----TAACATGCAA-C----T--A-TG-A--TGTCA-----A-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ATG--TTAC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---
gi|54244                      :          TTA-CA-T-T---G-C-T-AA--C-------T--------A-C----T--AATG-A--CGT-ATTTG-C-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-TTA---CG-A-A-C--T-C-AT-AG---TT----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----T-A-G------T--CCC--T-A---ATTT--T-GGC----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-AG-GTG-CC--A---AA------------T-C--AAAA--AC--TA-TGAA-TCGG-C-G--GGTT--C-----C--AA-------------T---AAG-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------AGG-C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAt
gi|54245                      :          TTA-CA-T-T---G-C-T-A---CATGTAACT--------A-CA---T--A-TG-A--CGCCATTTG-A-A--G-CTT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---TG-A-
gi|54246                      :           TA-CA-T-T---G-C-T-AA--C-------T--------A-C----TTAA-TG-AGACGTCATG-G-A-A--G-T---AT--T--A----T---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-AAC-GT-C-ATCAA---GT----T--A-GCC--AACTT--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CC---TCA---AT----T-G-C----C-GGGT-C-----------A-A-TG----A---GAT-C--GGC-CC-GT--CC--A---AAAGGA--T-----T-C--AAAA--AA--AA-TTGA-CCGG-C-G-----T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----A----AC--AAA---AAT-------AG--C--T-AAGAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAA
gi|54247                      :           TG-CA-T-T---G-T-T-A--------------------A-C----T--A-TG-A--TGTCA-----A-A--G-CCT-AC--T--G-CATT---ACG--TTAT--G-T------------A-C-GT-C-AT-AG----C----T--A-AC---AA--T--GC-A-T-----C-A-AA----TT--CAC--TCA---
gi|54248                      :           TG-CA-T-T---G-T-T-A--------------------A-C----T--A-TG-A--TGTCA-----A-A--G-CCT-AC--T--G-CATT---ACG--TTAT--G-T------------A-C-GT-C-AT-A----GC----T--A-AC---AA--T--GC-A-
gi|54249                      :           TG-CA-T-T---G-C-A-A--------------------A-C----T--A-TG-A--CGTCA-----G-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ACG--TTAC--G-T-T-A---TG-CTA-C-GA-CTAC-GGGTAGT----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-tcaaattcactc
gi|54250                      :           TG-CA-T-T---G-C-A-A--------------------A-C----T--A-TG-A--C-TCA-----G-A--G-TTT-AC--T--G-CATT---ACG--TAAC--G-T------------A-C-GT-C-TT-AT----T----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-AA----TA--CAC--TCA---------T-G-G----C-GG-C-C-----------A-
gi|54251                      :             -CA-A-T---A-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TAT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-CT-AG---TTA---T--A-GC---AA--T--GC-A-C-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-T-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------TG--C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-TT--A-----T--AAA-AC-A-ACAAAAA
gi|54252                      :             -CA-T-T---G-C-T-A---G-------T--------A-C----T--AATG-A--CGTCATTTGTC-A--G--CT-AT-----G-CATT----CG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-A-CT-C-AT-AGT--GT----T--A-GC----A--T--GC-A-T-----T-A-G-----TT--CCC--TCA---ATTT--G-G-C----CTGG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-CACG-TT--CC--A---AA------------T-C--AAAA--AC--TA--TGA-C--G-CGG--G--T--T-----C--AA-------------TCGAA-G-------------A--------------------------C-A----C----A---AAA---A-T-------AGGCT--T-A-GAAATA-T--TT--AATT-----A-T-CT-AA-----T---AA-AC-A-ACCAAAA
gi|54253                      :               A-T-T---G-C-T-A--------------------A-C----T--A-TG-A--CGTCAC------A--A-TCT-AC--T--G-CA----------------G-T--------------C-GT-C-AT-AG----T----C--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-AA----TT--CAC--TTA---
gi|54254                      :                -T-T---G-CCT-A---C-------T--------T-C----T--A-TG-A---GTCATTTG-A-A--G-TTT-AT--TT-G-CATT---ACG--TTGC--GGT-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG----T----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCCC-TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-C---------------A-T-----A---GAT-C--G-C--G-GT--CCCAA---AAA-----T-----TTC--AAA----C--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--TCCC-----C--AA-------------T---A-G-------------T--------------------------CAA----C----AC--AAA---C-T-------AGC-C--T-A-GAAATA-T--TTGAAA-TC----A-TGCT-AA-----T---AA-AC-A-ACAAAAA
gi|54255                      :                    ---G-C-T-A---C-------T--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TCT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG----T----T--A-GC---AT--T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TG-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---C-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------AG--C--T-A-GAATTA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----C--AAA-AC-A-ACAAAAA
gi|54256                      :                              ---C-------C--------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TAT-AT--T--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG----T----T--A-GC---A---T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--ACA---ATGT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-C-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---C-T-------AG--C--T-A-GAAACA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAA
gi|54257                      :                                          --------A-C----T--A-TG-A--CGTCATTTG-A-A--G-TCA-AT--C--G-CATT---ACG--TTGC--G-T-T-A---CG-A-A-T-GT-C-AT-A----GC----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----
gi|54257                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           A-----T-----T-C--AAAA--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C--------------------------------------------------------------------------------------AAA---A-T-------AG--C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAAAtcaaaaactattgaccggcggtcaaaatagctagaaatatttaatatctaataaaacaacaaaaa
gi|54258                      : actatgacgtcatttgaagtcaatcgcattacgttgcgttacgaatgtcatagctagcaatgc-A--CGTCATTAG-A-A--GGTCTCAT--TT-G-CATT---ACG--TTGC--G-TGT-A---CG-A-ATC-GT-C-AT-AG---TT----T--A-GC---AA--T--GT-A-T-----C-A-GA----TT--CCCATCCT---ATAT--T-G-TG---C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAA-CGAG-C-CG-GT--GC--AGAGAAA-----T-----T-T--AAAAATAC--TA-TTGAGCCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---AGG-------------A--------------------------C-A----T----AT--GCA---A-TAGATGTGAG--C--T-A-AAAATA-TCGTG--AA-T-----ATT-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAA
gi|54259                      :                                                                                           --T--G-CATT---ACG--TTGC--A-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG---
gi|54260                      :                                                                                                 -CAAT---ACG--TTGA--G-T-T-A---CG-A-A-C-GT-C-AT-AG----T----T--A-GC---AA--T--GC-A-T-----C-A-GA----TT--CCC--TCA---ATAT--T-G-C----C-GG-T-C-----------A-A-T-----A---GAT-C--G-C-CG-GT--CC--A---AAA-----T-----T-C--AATC--AC--TA-TTGA-CCGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-G-------------A--------------------------C-A----C----AC--AAA---A-T-------AG--C--T-A-GAAATA-T--TT--AA-T-----A-T-CT-AA-----T--AAA-AC-A-ACAAAtt
gi|54261                      :                                                                                                                                                                                                                                    -C-----------A-C-T-----A---GAC-A--G-G-CG-GT--CG--A---AAA-----T-----T----AGAA--AC--TA-TTGA-CTGG-C-G--G--T--C-----C--AA-------------T---A-