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Reference ( family-401 )      :    AAAGCC-C-CAGTC-CC-ACT-GT-C-A------------CG-TTT-C-GGG-C-AT-CC-C------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--T--AAAA
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blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         G    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         G    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . G           A        .              .         G    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .         A    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .         G    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           A        .              .         G    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           A        .              .         A    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .         A    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .         T    
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .              
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .              .              
blockSeqs                     :                            .   .                 . .           C        .                             


blockSeqCons                  :                                                    G*          C*******
originalCons                  :    AAAGCC-C-CAGTC-CC-ACT-GT-C-A------------CG-TTT-C-GGG-C-AT-CC-C------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--T--AAAA
finalCons                     :    AAAGCC-C-CAGTC-CC-ACT-GT-C-A------------CG-TTT-CG-GG-C-AT-CCC-------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--T--AAAA





Alignments
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lowQualScore                  :          0 0     0  0   0  1 0 555555555555  0   1 22  0 0  0  11111111 555555    0  0 11 0  0   33333    
lowQualScore                  :          . .     .  .   .  . . ............  .   . ..  . .  .  ........ ......    .  . .. .  .   .....    
lowQualScore                  :          9 9     9  9   9  8 9 444444444444  9   8 66  9 9  9  33333333 222222    9  9 22 9  9   55555    
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Reference ( family-401 )      :    AAAGCC-C-CAGTC-CC-ACT-GT-C-A------------CG-TTT-C-GGG-C-AT-CC-C------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--T--AAAA
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gi|56643                      :                TC-CC-ACT-GT-C-A------------CG-TTT-T-GGG-C-AT-CC-C------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--A--AAAA
gi|56644                      :                 C-CC-ACT-GTTC-A------------CG-TTT-C-GG--C-AT-CC-C------G------TTTT-AC-T--A-CG-TTT--T--AAAA