lowQualScore                  :                                        11111111                                                 
lowQualScore                  :    1    1 7 1 11                     0 33333333 11  0  1 999999999999999 111  0   11     111    
lowQualScore                  :    .    . . . ..                     . ........ ..  .  . ............... ...  .   ..     ...    
lowQualScore                  :    9    2 1 1 44                     9 99999999 22  9  7 888888888888888 666  9   22     888    
consensus                     :  AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CC-TA-T-----N--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
Reference ( gi|76527 )        :  AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76528                      :  AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---CT
gi|76529                      :  AAGAAAT-T-T-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76536                      :  AAGAAAT-A-T-G--TGAATTGGACCGGGCAGCAGG-C--AT--T-G---C-TA-T-----G--T------T---GG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76538                      :  AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCAA-CAGCAGA-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-TCC--TCTCC---CTA
gi|76534                      :  AATAAAT-A-T-G--TTCATGGGATCGGACAGCAGG-C--AT--T-G--CCTTA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76545                      :  AAGAAAT-A-T-G--TCAATGGGATAGAGCAGCAGG-C--CT--T-G--TC-TA-A-----T--C------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76543                      :  AAGAAAC-A-C-G--TGAATGGGATCGGGCAGCTTG-T--AC--T-G--CC-TA-C-----T--T------T---AG-CCC--TCTCA---CTA
gi|76531                      :  AACAAAT-A-T-GACTGCA-GGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--G-G--CC-TA-T-----T--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76541                      :  AAAAAATCA-T------AATAGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--T-G--CC-TA-T-----A--C------A---AG-TCC--TCTCC---
gi|76537                      :  AAAAAA------G--TGAATGTGATTGGGCAGCAGG-C--AC--CAG--CC-TA-T-----T--A------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76542                      : aAAAACAT-A-G-G--TAAATTGGACTGGGCAGCAGG-C--AC--A-AACCC-TA-T-----G--T------A---AG-CCC--TCTCC---ATAA
gi|76546                      :  AAAACAT-A-C-A--TAAATTGAATTGGGCAGCAGG-CGCAA--T-G--CC-TA-T-----G--T------A---AG-CCC--TCTC
gi|76544                      :  AAAAAA------G--TGACTGGGATTGGGCAGCAGG-CA-AC--A-G--CC-TA-T-----T--A------T---AG-CTC--TCTCT---CAAA
gi|76532                      :  AACAAAT-A-T-G----ACTGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CC-TA-T-----G--
gi|76548                      :  AAAAAA------G--TGAGTAGGATTGGGCAGCAGG-CA-AC--A-A--TC-TA-T-----T--G------T---AA-CCC--ACTCC---
gi|76554                      :   AAAAAT-A-T------AATAGGATTAGGAAGCAGGGC--AA----G--CC-TA-T-----G--T------C---AG-CCT--TTTCC---TTA
gi|76552                      :   AAAAAC-A-T------AATAGGATTAGGCAGCAAG-G--AC--A-G--CC-TA-T-----G---------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76549                      :     AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----A--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76551                      :     AAAT-A-T-G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76530                      :     AAAT-AAT-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76550                      :     AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCA-CAGG-CA-AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG--CC--TCTCC---CTA
gi|76524                      :     AAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CT-TA-T-----T--T------T---AG-CTC--TCTCC---CTAA
gi|76553                      :     AAAT-A-T-G--TGAATGGAATCAGGCAATAGG-C--AT--T-G--CC-TA-T-----G--T------T---AG-GCCTATCTCC---
gi|76525                      :     AAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CT-TA-T-----A--TTA----T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76533                      :     AAAT-AAT-A--TGAGTGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CT-TA-T-----T--T------T---AA-CCC--TCTC
gi|76557                      :     AAAT-A---G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CCAAT--A-G--CC-TA-------G--TTA----T---AG-TCC--TCTCC---CT
gi|76526                      :     AAAT-AAT-A--TGAATGGG-TCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CT-TA-T-----ATTT------T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76535                      :     AAAT-AAT-A--TGAATGGGATTGGAGTGCAGG-C--AC--A-G--CT-TA-T-----T--T------T---AG-CCT--TCTCC---CTA
gi|76559                      :     AGAT-A---G--TGAATGAGATTGTGCAGCAGG-CA-AT--A-G--CC-TA-T-----C--A------C---AA-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76558                      :     AAAC-A-C-G--CG--TGGGATTGGGCAGCAGG-T--AC--A-A--CC-TA-T-----T--T------T---AG-CCC--TCCCT---
gi|76561                      :      AAT-A-CAG--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-AC--A-G--CC-TA-T-----T--A------C---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76539                      :      AAT-A-T-T--TGAATGGGATCGGGCAGCAAG-C--AC--A-G--CC-TA-T-----T--T------C---AG-CCT--T
gi|76523                      :     aaac-A-T-A--TGAATGGAATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--TC-TA-T-----T--T------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76564                      :    aaaca-A-T-G--TGAATGGGACTGGGCAGCAGG-C--AC--A-A--CC-CA-TTGTAAA--T------T---AG-CCC--TCTTC---
gi|76562                      :             -G--TGAATGGAATTGGGCAGCAGG-CA-AT--A-G--CC-TA-T-----T--A------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76566                      :         aataaa--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-AC--A-G--CC-TA-T-----T--A------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76540                      :               --TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--AC--A-G--CC-TA-T--------T------T---AG-CC
gi|76547                      : aaaaactataattt--TAAATTGGATTGGGCAGCAGG-C--ACAAT-G--CC-TA-T-----G--T------TTACAGCCCC--TGTCC---ATA
gi|76565                      :       aacagaca--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-AC--A-G--TC-TATT-----A--TAA----T---AG-CCC--TCT
gi|76563                      :               --TAAATGG-ATCGGACAGCAGG-C--TG--A-G--CC-TA-C-----A--T------A---AG-CCC--TCTCCAATCTAA
gi|76567                      :              aacaGAATGGCGCCGGGCAACAGG-C--AC--A-G--TC-TAGT-----T--T------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76568                      :                    ATGGGATCGAGCGGCAGG-C--AT--T-G--CC-CA-T-----G--TTACATGT---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76569                      :                      GGGATCGGGCAGCAGG-C--AT--C-A--TT-TA-T-----G--T------T---AG-TCC--TCTCC---ATA
gi|76560                      :                       GGATTGGACAGCAGG-C--GT--A-A--CC-TA-T-----A--T------A---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76555                      :               aaataaaaGGATTAGGCAGCAGG-G--AA--A-G--CC-TA-T-----G--T------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76556                      :            aaaacataaaaGGATTGGGCAACAGG-C--AA----G--CC-TA-C-----A--T------A---AG-CCC--TCTCC---CAAA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1 6 1 11                     0 77 44444 11  22  1 6666666666666 111  0   11     111    
lowQualScore                  :                 .    . . . ..                     . .. ..... ..  ..  . ............. ...  .   ..     ...    
lowQualScore                  :                 3    1 9 1 33                     9 11 00000 22  00  7 4444444444444 555  9   22     777    
consensus                     :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
Reference ( family-397 )      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76523                      :                      -A-T-A--TGAATGGAATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--TC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76524                      :             aaacaAAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CTC--TCTCC---CTAA
gi|76525                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----ATTA----T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76526                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGG-TCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CTTATA-T-----TT------T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76527                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76528                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CT
gi|76529                      :               AAGAAAT-T-T-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76530                      :                  AAAT-AAT-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76531                      :               AACAAAT-A-T-GACTGCA-GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CG--G--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76532                      :               AACAAAT-A-T-G----ACTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----
gi|76533                      :                  AAAT-AAT-A--TGAGTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AA-CCC--TCTCg
gi|76534                      :               AATAAAT-A-T-G--TTCATGGGATCGGACAGCAGG-C--A-TT--G--CCT-TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76535                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATTGGAGTGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CCT--TCTCC---CTA
gi|76536                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATTGGACCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G---C--TA-T-----GT------T---GG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76537                      :               AAAAAA------G--TGAATGTGATTGGGCAGCAGG-C--ACCA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76538                      :              aAAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCAA-CAGCAGA-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---CTA
gi|76539                      :                   AAT-A-T-T--TGAATGGGATCGGGCAGCAAG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----TT------C---AG-CCT--T
gi|76540                      :                        aaac--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T------T------T---AG-CC
gi|76541                      : aaaaactataatttAAAAAATCA-T------AATAGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CT--G--CC--TA-T-----AC------A---AG-TCC--TCTCC---
gi|76542                      :               AAAACAT-A-G-G--TAAATTGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--AACCC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTCC---ATAA
gi|76543                      :               AAGAAAC-A-C-G--TGAATGGGATCGGGCAGCTTG-T--A-CT--G--CC--TA-C-----TT------T---AG-CCC--TCTCA---CTA
gi|76544                      :               AAAAAA------G--TGACTGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CTC--TCTCT---CAAA
gi|76545                      :               AAGAAAT-A-T-G--TCAATGGGATAGAGCAGCAGG-C--C-TT--G--TC--TA-A-----TC------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76546                      :               AAAACAT-A-C-A--TAAATTGAATTGGGCAGCAGG-C--G-CAATG--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTC
gi|76547                      :                            --TAAATTGGATTGGGCAGCAGG-C--A-CAATG--CC--TA-T-----GT------TTACAGCCCC--TGTCC---ATA
gi|76548                      :       aacagacaAAAAAA------G--TGAGTAGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--A--TC--TA-T-----TG------T---AA-CCC--ACTCC---
gi|76549                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----AT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76550                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCA-CAGG-C--A--ATTG--CC--TA-T-----GT------T---AG--CC--TCTCC---CTA
gi|76551                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76552                      :                AAAAAC-A-T------AATAGGATTAGGCAGCAAG-G--A-CA--G--CC--TA-T-----G-------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76553                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGAATCAGGCAATAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-GCCTATCTCC---
gi|76554                      :                AAAAAT-A-T------AATAGGATTAGGAAGCAGGGC--A--A--G--CC--TA-T-----GT------C---AG-CCT--TTTCC---TTA
gi|76555                      :                                    GGATTAGGCAGCAGG-G--A-AA--G--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76556                      :                         aaaacataaaaGGATTGGGCAACAGG-C--A--A--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76557                      :    aaagcataaattaaAAAT-A---G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CCAA-TA--G--CC--TA-G-----TTA-----T---AG-TCC--TCTCC---CT
gi|76558                      :                  AAAC-A-C-G--CG--TGGGATTGGGCAGCAGG-T--A-CA--A--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCCCT---
gi|76559                      :                  AGAT-A---G--TGAATGAGATTGTGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----CA------C---AA-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76560                      :                                    GGATTGGACAGCAGG-C--G-TA--A--CC--TA-T-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76561                      :           aaataaaaAAT-A-CAG--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------C---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76562                      :                          -G--TGAATGGAATTGGGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76563                      :                      aataaa--TAAATGG-ATCGGACAGCAGG-C--T-GA--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCCAATCTAA
gi|76564                      :                  aaca-A-T-G--TGAATGGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--A--CC--CA-TTGTAAAT------T---AG-CCC--TCTTC---
gi|76565                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--TC--TATT-----ATAA----T---AG-CCC--TCT
gi|76566                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76567                      :                               GAATGGCGCCGGGCAACAGG-C--A-CA--G--TC--TAGT-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76568                      :                                 ATGGGATCGAGCGGCAGG-C--A-TT--G--CC--CA-T-----GTTACATGT---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76569                      :                                   GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TC--A--TT--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---ATA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1 6 1 11                     0 77 44444 11  22  1 6666666666666 111  0   11     111    
lowQualScore                  :                 .    . . . ..                     . .. ..... ..  ..  . ............. ...  .   ..     ...    
lowQualScore                  :                 3    1 9 1 33                     9 11 00000 22  00  7 4444444444444 555  9   22     777    
consensus                     :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
Reference ( family-397 )      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76523                      :                      -A-T-A--TGAATGGAATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--TC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76524                      :             aaacaAAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CTC--TCTCC---CTAA
gi|76525                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----ATTA----T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76526                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGG-TCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CTTATA-T-----TT------T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76527                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76528                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CT
gi|76529                      :               AAGAAAT-T-T-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76530                      :                  AAAT-AAT-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76531                      :               AACAAAT-A-T-GACTGCA-GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CG--G--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76532                      :               AACAAAT-A-T-G----ACTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----
gi|76533                      :                  AAAT-AAT-A--TGAGTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AA-CCC--TCTCg
gi|76534                      :               AATAAAT-A-T-G--TTCATGGGATCGGACAGCAGG-C--A-TT--G--CCT-TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76535                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATTGGAGTGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CCT--TCTCC---CTA
gi|76536                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATTGGACCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G---C--TA-T-----GT------T---GG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76537                      :               AAAAAA------G--TGAATGTGATTGGGCAGCAGG-C--ACCA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76538                      :              aAAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCAA-CAGCAGA-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---CTA
gi|76539                      :                   AAT-A-T-T--TGAATGGGATCGGGCAGCAAG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----TT------C---AG-CCT--T
gi|76540                      :                        aaac--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T------T------T---AG-CC
gi|76541                      : aaaaactataatttAAAAAATCA-T------AATAGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CT--G--CC--TA-T-----AC------A---AG-TCC--TCTCC---
gi|76542                      :               AAAACAT-A-G-G--TAAATTGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--AACCC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTCC---ATAA
gi|76543                      :               AAGAAAC-A-C-G--TGAATGGGATCGGGCAGCTTG-T--A-CT--G--CC--TA-C-----TT------T---AG-CCC--TCTCA---CTA
gi|76544                      :               AAAAAA------G--TGACTGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CTC--TCTCT---CAAA
gi|76545                      :               AAGAAAT-A-T-G--TCAATGGGATAGAGCAGCAGG-C--C-TT--G--TC--TA-A-----TC------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76546                      :               AAAACAT-A-C-A--TAAATTGAATTGGGCAGCAGG-C--G-CAATG--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTC
gi|76547                      :                            --TAAATTGGATTGGGCAGCAGG-C--A-CAATG--CC--TA-T-----GT------TTACAGCCCC--TGTCC---ATA
gi|76548                      :       aacagacaAAAAAA------G--TGAGTAGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--A--TC--TA-T-----TG------T---AA-CCC--ACTCC---
gi|76549                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----AT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76550                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCA-CAGG-C--A--ATTG--CC--TA-T-----GT------T---AG--CC--TCTCC---CTA
gi|76551                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76552                      :                AAAAAC-A-T------AATAGGATTAGGCAGCAAG-G--A-CA--G--CC--TA-T-----G-------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76553                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGAATCAGGCAATAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-GCCTATCTCC---
gi|76554                      :                AAAAAT-A-T------AATAGGATTAGGAAGCAGGGC--A--A--G--CC--TA-T-----GT------C---AG-CCT--TTTCC---TTA
gi|76555                      :                                    GGATTAGGCAGCAGG-G--A-AA--G--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76556                      :                         aaaacataaaaGGATTGGGCAACAGG-C--A--A--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76557                      :    aaagcataaattaaAAAT-A---G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CCAA-TA--G--CC--TA-G-----TTA-----T---AG-TCC--TCTCC---CT
gi|76558                      :                  AAAC-A-C-G--CG--TGGGATTGGGCAGCAGG-T--A-CA--A--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCCCT---
gi|76559                      :                  AGAT-A---G--TGAATGAGATTGTGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----CA------C---AA-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76560                      :                                    GGATTGGACAGCAGG-C--G-TA--A--CC--TA-T-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76561                      :           aaataaaaAAT-A-CAG--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------C---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76562                      :                          -G--TGAATGGAATTGGGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76563                      :                      aataaa--TAAATGG-ATCGGACAGCAGG-C--T-GA--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCCAATCTAA
gi|76564                      :                  aaca-A-T-G--TGAATGGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--A--CC--CA-TTGTAAAT------T---AG-CCC--TCTTC---
gi|76565                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--TC--TATT-----ATAA----T---AG-CCC--TCT
gi|76566                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76567                      :                               GAATGGCGCCGGGCAACAGG-C--A-CA--G--TC--TAGT-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76568                      :                                 ATGGGATCGAGCGGCAGG-C--A-TT--G--CC--CA-T-----GTTACATGT---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76569                      :                                   GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TC--A--TT--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---ATA


blockSeqs                     :                 G    C A A AC                       CA CAAT  AC  TA  T GTTACATG      TAC      TA     AAT
blockSeqs                     :                 G    . A . .                        A  CAAT  .   T   G TGTAAAT       .        .      .  
blockSeqs                     :                 C    . A . .                        A  CCA   .   .   . ATTA          .        .      .  
blockSeqs                     :                 C    . A . .                        A  ATT   .   .   . ATAA          .        .      .  
blockSeqs                     :                 T    . A . .                        A  CA    .   .   . TTA           .        .      .  
blockSeqs                     :                 G    . A . .                        A  CA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        A  CA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 G    . . . .                        A  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 G    . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  CG    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 G    . . . .                        .  CA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  CA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  TT    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  CA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                 A    . . . .                        .  TT    .   .   . TA            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . AC            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CT    .   .   . TA            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . TC            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TT    .   .   . TG            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TT    .   .   . AT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TT    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  AA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  CA    .   .   . GT            .        .      .  
blockSeqs                     :                      . . . .                        .  TA    .   .   . AT            .        .      .  
blockSeqs                     :                          . .                        .  TA    .   .   . TT            .        .      .  
blockSeqs                     :                            .                        .  CA    .   .   . CA            .        .      .  
blockSeqs                     :                            .                        .  TA    .   .   . AT            .        .      .  
blockSeqs                     :                            .                        .  GA    .   .   . TA            .        .      .  
blockSeqs                     :                            .                        .  CA    .   .   . TA            .        .      .  
blockSeqs                     :                            .                        .  CA    .   .   . AT            .        .      .  
blockSeqs                     :                                                     .  CA    .   .   . TA            .        .         
blockSeqs                     :                                                     .  CA    .   .   . TT            .        .         
blockSeqs                     :                                                     .  TT    .   .   . GT            .        .         
blockSeqs                     :                                                     .  TC    .   .   . T             .        .         
blockSeqs                     :                                                     .  A     .   .   . G             .                  
blockSeqs                     :                                                     .  A     .   .   .                                  


blockSeqCons                  :               
originalCons                  :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
finalCons                     :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA





Alignments
lowQualScore                  :                 1    1 6 1 11                     0 77 44444 11  22  1 6666666666666 111  0   11     111    
lowQualScore                  :                 .    . . . ..                     . .. ..... ..  ..  . ............. ...  .   ..     ...    
lowQualScore                  :                 3    1 9 1 33                     9 11 00000 22  00  7 4444444444444 555  9   22     777    
consensus                     :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
Reference ( family-397 )      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----NT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76523                      :                      -A-T-A--TGAATGGAATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--TC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76524                      :             aaacaAAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CTC--TCTCC---CTAA
gi|76525                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----ATTA----T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76526                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGG-TCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CTTATA-T-----TT------T---AG-CTC--TCT-C---CTAA
gi|76527                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76528                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CT
gi|76529                      :               AAGAAAT-T-T-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76530                      :                  AAAT-AAT-G--TGAATGGGATCAGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76531                      :               AACAAAT-A-T-GACTGCA-GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CG--G--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76532                      :               AACAAAT-A-T-G----ACTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----
gi|76533                      :                  AAAT-AAT-A--TGAGTGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AA-CCC--TCTCg
gi|76534                      :               AATAAAT-A-T-G--TTCATGGGATCGGACAGCAGG-C--A-TT--G--CCT-TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76535                      :                  AAAT-AAT-A--TGAATGGGATTGGAGTGCAGG-C--A-CA--G--CT--TA-T-----TT------T---AG-CCT--TCTCC---CTA
gi|76536                      :               AAGAAAT-A-T-G--TGAATTGGACCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G---C--TA-T-----GT------T---GG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76537                      :               AAAAAA------G--TGAATGTGATTGGGCAGCAGG-C--ACCA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76538                      :              aAAGAAAT-A-T-G--TGAATGGGATCAA-CAGCAGA-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---CTA
gi|76539                      :                   AAT-A-T-T--TGAATGGGATCGGGCAGCAAG-C--A-CA--G--CC--TA-T-----TT------C---AG-CCT--T
gi|76540                      :                        aaac--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CA--G--CC--TA-T------T------T---AG-CC
gi|76541                      : aaaaactataatttAAAAAATCA-T------AATAGGATCGGGCAGCAGG-C--A-CT--G--CC--TA-T-----AC------A---AG-TCC--TCTCC---
gi|76542                      :               AAAACAT-A-G-G--TAAATTGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--AACCC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTCC---ATAA
gi|76543                      :               AAGAAAC-A-C-G--TGAATGGGATCGGGCAGCTTG-T--A-CT--G--CC--TA-C-----TT------T---AG-CCC--TCTCA---CTA
gi|76544                      :               AAAAAA------G--TGACTGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CTC--TCTCT---CAAA
gi|76545                      :               AAGAAAT-A-T-G--TCAATGGGATAGAGCAGCAGG-C--C-TT--G--TC--TA-A-----TC------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76546                      :               AAAACAT-A-C-A--TAAATTGAATTGGGCAGCAGG-C--G-CAATG--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCC--TCTC
gi|76547                      :                            --TAAATTGGATTGGGCAGCAGG-C--A-CAATG--CC--TA-T-----GT------TTACAGCCCC--TGTCC---ATA
gi|76548                      :       aacagacaAAAAAA------G--TGAGTAGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--A--TC--TA-T-----TG------T---AA-CCC--ACTCC---
gi|76549                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----AT------T---AG-CCC--TCTCC---CTAA
gi|76550                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATCGGGCA-CAGG-C--A--ATTG--CC--TA-T-----GT------T---AG--CC--TCTCC---CTA
gi|76551                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76552                      :                AAAAAC-A-T------AATAGGATTAGGCAGCAAG-G--A-CA--G--CC--TA-T-----G-------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76553                      :                  AAAT-A-T-G--TGAATGGAATCAGGCAATAGG-C--A-TT--G--CC--TA-T-----GT------T---AG-GCCTATCTCC---
gi|76554                      :                AAAAAT-A-T------AATAGGATTAGGAAGCAGGGC--A--A--G--CC--TA-T-----GT------C---AG-CCT--TTTCC---TTA
gi|76555                      :                                    GGATTAGGCAGCAGG-G--A-AA--G--CC--TA-T-----GT------A---AG-CCT--TCTCC---TTAA
gi|76556                      :                         aaaacataaaaGGATTGGGCAACAGG-C--A--A--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76557                      :    aaagcataaattaaAAAT-A---G--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CCAA-TA--G--CC--TA-G-----TTA-----T---AG-TCC--TCTCC---CT
gi|76558                      :                  AAAC-A-C-G--CG--TGGGATTGGGCAGCAGG-T--A-CA--A--CC--TA-T-----TT------T---AG-CCC--TCCCT---
gi|76559                      :                  AGAT-A---G--TGAATGAGATTGTGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----CA------C---AA-CCC--TCTCC---CAAA
gi|76560                      :                                    GGATTGGACAGCAGG-C--G-TA--A--CC--TA-T-----AT------A---AG-CCC--TCTCC---TTA
gi|76561                      :           aaataaaaAAT-A-CAG--TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------C---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76562                      :                          -G--TGAATGGAATTGGGCAGCAGG-CA-A-TA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76563                      :                      aataaa--TAAATGG-ATCGGACAGCAGG-C--T-GA--G--CC--TA-C-----AT------A---AG-CCC--TCTCCAATCTAA
gi|76564                      :                  aaca-A-T-G--TGAATGGGACTGGGCAGCAGG-C--A-CA--A--CC--CA-TTGTAAAT------T---AG-CCC--TCTTC---
gi|76565                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--TC--TATT-----ATAA----T---AG-CCC--TCT
gi|76566                      :                            --TGAATGGGATTGGGCAGCAGG-CA-A-CA--G--CC--TA-T-----TA------T---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76567                      :                               GAATGGCGCCGGGCAACAGG-C--A-CA--G--TC--TAGT-----TT------T---AG-CCC--TCTCC---
gi|76568                      :                                 ATGGGATCGAGCGGCAGG-C--A-TT--G--CC--CA-T-----GTTACATGT---AG-CCC--TCTCC---CTA
gi|76569                      :                                   GGGATCGGGCAGCAGG-C--A-TC--A--TT--TA-T-----GT------T---AG-TCC--TCTCC---ATA