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lowQualScore                  :         ...      ...    ....   ..        ....... . . . .. .. ......  .......  ...  ..  .. .. . ....  . . .... .  .    . .   . .    .. .    ... .    ... ..    ......       
lowQualScore                  :         888      111    1111   44        0000000 9 9 9 22 22 444444  2222222  666  33  33 11 9 0000  0 0 1111 0  1    0 2   1 1    55 1    222 2    666 77    333333       
consensus                     :  CCCGCTC--GGGGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-C-C-CGCCG--T--TCCC------GACGACA
Reference ( gi|91258 )        :  CCCGCTC--GGGGAAG--TTTCG----TCC--CGAAGCTT----C--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-C-C-CGCCA--T--TCCC------GACGACA
gi|91259                      :  CCCGCTC--GGAGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGCTT----C--G-C-A-T--G--G------GA-----T-CT---CT--CT--G--A-ACTGATG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTAA--C-GGCA-C-C-CGCCG--T--TCCC------GACGACA
gi|91239                      :  CCCGCTC--AGGGAAG--CTCCG----CCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-AG-CATC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-C-T-CACCG--T--TCCT------GACGACA
gi|91238                      : cCCCTCTC--AGGGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-C-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-T-C-TGCCG--T--TCCT------GACG
gi|91240                      : cCCCGCTT--AGGGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--GTATTGGAT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCAA--C-GGCA-C-C-TACTG--T--TCCC------GACGACA
gi|91260                      : cCCCGCTC--GGGGAAG--CTTCGATCGTCC--CGAAGCTA----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--TG--G--A-A----TG-T-C----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-C-T-CGCCG--T--TCCT------GACAACA
gi|91262                      :  CCCGCTC--GGGGAAG--CTTCG----TCC--ACTAGCTT----C--G-C-A-TCTG--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--ACA----TGTT-T----T-GG-CACC--G-TC-A-GCAA--C-GGCA-C-C-CGCCG--T--TTCC------GACGACA
gi|91245                      :  CCTGCTC--TGGTAAG--GTTCG----TGT--CGAAGCTT----G--G-C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--G--C-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTAA--T-GGCA-C-C-CACCG--T--TCCC------GACGACA
gi|91265                      : cCCCGCTC--GGGGAAG--TCTCG----TCC--TGAAGCTT----C--G-CAA-T--G--G------GT-----C-AT---CT--CTTGA--A-A----TGTT-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--CGGGCA-C-CACGGCACGT--TCCC------GACGA
gi|91261                      :  CCCGCTC--AGGGAAG--CTTCG----TCC--CGAATCTT----G--G-C-A-T--T--G------GT-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-A-T----T-GG-CACC-TGTCC-A-GCAA--T-GTCA-A-C-CGCCT--C--TCCC------AACGACA
gi|91241                      :  CCCGCTC--AGAGAAG--CTTCA----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------TT-----T-CT---CT--CT--A--G-A----TGTT-T----T-GT-CACC-TCTTT-A-ACAA--C-AGCA-T-C-CGCCG--T--TCCA------AACGACA
gi|91243                      : cCTCGCTC--AGGGAAGATTTTCG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-AT---AT--CT--G--G-A----CG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCAT--C-GGTA-T-T-CGTCG--G--TCCT------GGCGACA
gi|91246                      : cCCCGCTC--AAGGAAG--CTTCG----CCC--CTAAGCTT----A--T-C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-T----T-GG-CATC-TCTTC-A----------GTA-T-C-CGCCT--T--TTCC------GACGACA
gi|91263                      : cCCCGCTC--AGGAAAG--TT-AG----TTC--CGAAGTTT----A--G-T-A-T--G--G------GT-----TTCT---TT--CT--G--G-A----TG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCA----------T-C-CGCCG--T--TCCC------GACGACA
gi|91264                      :  CCCGCTC--AGGGAAG--CTTAG----TTC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-TA---TAGG-CACC-TTTTC-A----------GCA-T-C-CGATG--T--TTCC------GATGACA
gi|91249                      :  CCTGTTG--AGGGAAG--ATGAG----TCC--CGAAGCTT----A--T-A-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--TT--G--A-A----TG-T-T----A-CG-CACC-TCTTC-A-ACAA--C-AGTA-G-C-CACCG--T--TCCC------AACGACA
gi|91252                      : cCCCCCTC--AGGGAAC--CTTAA----TTCGCCGAAGCTT----A--G-C-A-C--G--A------GT-----C-CT---CT--CT--GA-A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTT--A-GCAAC-C-CACA-C-C-CGC-------TTTC------GACGAC
gi|91242                      : cCCTGATC--AGCGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGATT----A--G-C-A-T--A--G------GC-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GGTCTTC-TTTTA-A-GGAA--C-GGAA-T-C-TGCCG--T--TCTC------GACGGCA
gi|91268                      : cCCTGCTC--GGGGAAG--CTTTG----TCT--CTTAGCTT----C--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-G
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gi|91251                      :  CCCGCTC--AGGGAAG--ATTTG----TCC--AGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CA--G--A-T----TT-T-T----T-AT-CAAT-TCTTC-AGGCAA--C-Gtctgcaaacgacaactactggcttcccccagacga
gi|91253                      : cCCCGCTCAGGGGGAAG--CTAAG----TGC--CAAAGCTT----A--G-C-ATT--G--C------GT-----T-TT---CT--TT--G--G-A----TA-T-T----T-GGCCATC-T-TTC-A----------GCA-T-C-CGTTG--T--T-TC------GACGACA
gi|91254                      : cCCCGTTC--ATGGAAG--CTTAG----TTC--CGAAGCCT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CT--G--G-A----
gi|91257                      : cCCTGCTC--AGGGAAG--CTTCA----TCC--CGAAACTT----T--A-C---T--G--T------G---------T---CT--CT--G--A-A----
gi|91256                      : cCCCACTC--AGGGATG--CTTCT----TCC--CGAAGCTT----A--A-C-A-T--G--G------
gi|91248                      :  cCCGCTC--AGGGAAG--CTTCG----TCC--CGAAGCGT----A--G-C-A-T--G--G--------------------------------------TA-T-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-ACAA--C-GGCA-G-C-CACCG--T--TCCT------GACGACA
gi|91270                      : ctCTGCAC--AGGGAAG--CTTTA----TTC--TGAAGCTT----TTAG-C-A-T--G--G------ATAATATT-CT---CG--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-T-GCAA----GGCA-TAA-TGCTG--G--TCCC------AATGACA
gi|91255                      :   CCGTTC--GGGGAAG--CTTAG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-CT---C
gi|91247                      :    ctCTC--AAGGAAA--CTTCG----TCC--CGAAGCCTAGAAC--G-C-A-T--GTAG------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-TG-CATC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-C-C-CTCCG--T--TCCT------GATGACA
gi|91271                      :        ccctcGAAAG--TTTCGACG-TCC--AGAAGTTT----A--A-C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--T--A-A----TA-T-T----T-AC-CACTATGTTA-G-GCAA--C-AACA-C-C-CACTG--T--TCCT------GACGACA
gi|91273                      :             aaAAG--TTTCG----TCT--CAA---T--------------------G------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCAA--C-
gi|91272                      :               AAG--TTTCG----TCT--CAA---T--------------------G------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCAA--C-
gi|91274                      :               AAG--TTTCG----TCT--CAA---TT--------------------------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCAA--C-ttagcatgtg
gi|91275                      :                AG--TTTCG----TCC--TGAAAACA----C--AAC-A-T--G--G------GT-----C-CT---TT--CC--G--A-A----TG-T-T----T-GA-CACC-T
gi|91276                      :                 G--CTTCG----TCC--CGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GGCA-T-C-TGC
gi|91278                      :                 G--CTTCG----TTC--CAACGCTT----ATAG-C-A-A--A--GT-----GT-----C-TTAAATT--TT--G--A-A----TA-T-T----T-AG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-GAAA-T-A-TACCG--C--TCCC------AACAACggtacc
gi|91280                      :                         ----TCT--CAGGGCTT----C--G-C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG---T----T-GG-CACC-TG-TC-A-GCAA--C-GGCATC-C-CACCG--T--TCACGTTCATGACGACA
gi|91281                      :                         ----TCT--CAGGGCTT----C--G-C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-GGCCACC-TGTTC-A-GC-A--C-G------C-GGCCA-----TCCC------
gi|91279                      :                                   GAAGCTT----C--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-TGT----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCAA--C-AGTA-C-C-TGCTG--T--TCCC------GACGACAttc
gi|91244                      :                   cttcctcccactcgggGAAGCTT----A--G-C-A-T--T--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCAA--C-GACA-T-C-CGCCG--T--TCCT------GACGACA
gi|91282                      :                        ccccgctcaggGAAGCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G------------T-T----T-GG-CGCC-TCTTC-A-GTGA--C-GGCG-T-C-TGCCG--A--TCCC------GACGACA
gi|91267                      :                                   GAAGCTT----------------G--G------GT-----T-CT---CT--CT--T--A-A----TG-T-T----T-CG-GAGC-TCTTC-G-GCAA--C-AACA-T-C-CGCCT--T--TCCC------GACGACA
gi|91283                      :                         ctcgctcaggGAAGATT----CTAG-C-A-T--A--G------GT-----T-TT---CTACTT--G--A-T----TG-T-T----T-GG-CAC----TTC-A-GCAA--T-GGCA-C-C-CGCCG--T--TCAC------GAC
gi|91284                      :                                   GAACCTC----A--G-C-A-T--G--G------AT-----A-CT---CT--CT--ATAG-A----CG-T-T----T-GG-TACC-TGTTC-A-GCAA--T-GGCa
gi|91277                      :                                    AACCTT----A--G-C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-AACC-TCATC-A-GCAA--C-AGCA-T-C-TACTA--TCGTCCCTG----GACGA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|91266 ): CTCACTCAGGGAAGCTTCGTCTCGAATCTTAGCATATATTTGGTACCTCTTTACCAGCTGCATCCGCAGTTCCAGAAGACA






Alignments
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lowQualScore                  :                   ...      ..   .  ....   ..     .   .. .. .... . . .. .. ......  .......  ...  ..  .. .. . ....  . . .... .  .    . .   . .   . .. .  .  ... . .  ...  ..     ......       
lowQualScore                  :                   111      33   0  6666   33     9   33 00 8888 9 9 22 22 333333  6666666  555  22  22 00 9 9999  8 9 9999 9  9    0 8   0 0   0 33 0  1  000 1 1  111  55     666666       
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Reference ( family-396 )      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91238                      :            CCCTCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-C-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---CG--TTCCT------GACG
gi|91239                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--CTC-CG----CCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-AG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91240                      :           cCCCGCTT--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--GTATTGGAT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-T-AC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91241                      :           cCCCGCTC--AGAGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------TT-----T-CT---CT--CT--A--G-A----TGTT-T----T-GT-CACC-TCTTT-A-ACA-A--C-AG-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCA------AACGACA
gi|91242                      :           cCCTGATC--AGCGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-ATT--A--G----C-A-T--A--G------GC-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GGTCTTC-TTTTA-A-GGA-A--C-GG-AA-T-C-T-GC---CG--TTCTC------GACGGCA
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gi|91244                      :                                             cGAAG-CTT--A--G----C-A-T--T--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GA-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91245                      : ccccgctcaggCCTGCTC--TGGTAAG--GTT-CG----TGT--CGAAG-CTT--G--G----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--G--C-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--T-GG-CA-C-C-C-AC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91246                      :           cCCCGCTC--AAGGAAG--CTT-CG----CCC--CTAAG-CTT--A--T----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-T----T-GG-CATC-TCTTC-A-----------G-TA-T-C-C-GC---CT--TTTCC------GACGACA
gi|91247                      :               cCTC--AAGGAAA--CTT-CG----TCC--CGAAG-CCT--A--GAACGC-A-T--GTAG------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-TG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-TC---CG--TTCCT------GATGACA
gi|91248                      :        ccctcCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CGT--A--G----C-A-T--G--G--------------------------------------TA-T-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-ACA-A--C-GG-CA-G-C-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91249                      :          ctCCTGTTG--AGGGAAG--ATG-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--T----A-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--TT--G--A-A----TG-T-T----A-CG-CACC-TCTTC-A-ACA-A--C-AG-TA-G-C-C-AC---CG--TTCCC------AACGACA
gi|91250                      :           cCCAGCTC--AAGGAAG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--AC-G----C-A-T--G--A------GT-----T-CT---CT--CT--GA-A-A----AG-T-TCGGGT-GG-CCTC-T-TTCAA-GTG-AGTT-AG-AA-T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91251                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--ATT-TG----TCC--AGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CA--G--A-T----TT-T-T----T-AT-CAAT-TCTTC-AGGCA-A--C-G
gi|91252                      :           cCCCCCTC--AGGGAAC--CTT-AA----TTCGCCGAAG-CTT--A--G----C-A-C--G--A------GT-----C-CT---CT--CT--GA-A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTT--A-GCA-AC-C-CA-CA-C-C-C-GC--------TTTC------GACGAC
gi|91253                      :           cCCCGCTCAGGGGGAAG--CTA-AG----TGC--CAAAG-CTT--A--G----C-ATT--G--C------GT-----T-TT---CT--TT--G--G-A----TA-T-T----T-GGCCATC-T-TTC-A-----------G-CA-T-C-C-GT---TG--TT-TC------GACGACA
gi|91254                      :           cCCCGTTC--ATGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CCT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CT--G--G-A----
gi|91255                      :            cCCGTTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---C
gi|91256                      :          ctCCCACTC--AGGGATG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--A--A----C-A-T--G--G------
gi|91257                      :           cCCTGCTC--AGGGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAA-CTT--T--A----C---T--G--T------G---------T---CT--CT--G--A-A----
gi|91258                      :           cCCCGCTC--GGGGAAG--TTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CA--TTCCC------GACGACA
gi|91259                      :            CCCGCTC--GGAGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GA-----T-CT---CT--CT--G--A-ACTGATG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91260                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CGATCGTCC--CGAAG-CTA--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--TG--G--A-A----TG-T-C----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-GC---CG--TTCCT------GACAACA
gi|91261                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAT-CTT--G--G----C-A-T--T--G------GT-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-A-T----T-GG-CACC-TGTCC-A-GCA-A--T-GT-CA-A-C-C-GC---CT--CTCCC------AACGACA
gi|91262                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--ACTAG-CTT--C--G----C-A-TCTG--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--ACA----TGTT-T----T-GG-CACC--G-TC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTTCC------GACGACA
gi|91263                      :            CCCGCTC--AGGAAAG---TT-AG----TTC--CGAAG-TTT--A--G----T-A-T--G--G------GT-----TTCT---TT--CT--G--G-A----TG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCA------------T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91264                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-TA---TAGG-CACC-TTTTC-A-----------G-CA-T-C-C-GA---TG--TTTCC------GATGACA
gi|91265                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--TCT-CG----TCC--TGAAG-CTT--C--G----CAA-T--G--G------GT-----C-AT---CT--CTTGA--A-A----TGTT-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--CGGG-CA-C-CACGGCA--CG--TTCCC------GACGA
gi|91266                      :            CTCACTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCT--CGAAT-CTT--A--G----C-A-T---------------------------------------A----TA-T-T----T-GG-TACC-TCTTT-A-CCA-G--C-TG-CA-T-C-C-GC---AG--TTCCA------GAAGACA
gi|91267                      :            CTCGCTC--AGGGAAG--CTT--------------------------------------G--G------GT-----T-CT---CT--CT--T--A-A----TG-T-T----T-CG-GAGC-TCTTC-G-GCA-A--C-AA-CA-T-C-C-GC---CT--TTCCC------GACGACA
gi|91268                      :            CCTGCTC--GGGGAAG--CTT-TG----TCT--CTTAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-G
gi|91269                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAA-CTT--A--G----C-A-T--G--G------AC-----C-CT---CT--CT--G--G-A----T----------------TC-TG--C-A---A-A--C-GA-CA-A-C-T-AC---TGGCTTCCCCCA---GACGA
gi|91270                      :             CTGCAC--AGGGAAG--CTT-TA----TTC--TGAAG-CTTTTA--G----C-A-T--G--G------ATAATATT-CT---CG--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-T-GCA-A----GG-CA-TAA-T-GC---TG--GTCCC------AATGACA
gi|91271                      :                       GAAAG--TTT-CGACG-TCC--AGAAG-TTT--A--A----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--T--A-A----TA-T-T----T-AC-CACTATGTTA-G-GCA-A--C-AA-CA-C-C-C-AC---TG--TTCCT------GACGACA
gi|91272                      :                       aaAAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91273                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-ttagcatgtg
gi|91274                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAA----TT---------------------------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91275                      :                          AG--TTT-CG----TCC--TGAAAACAC--A--A----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---TT--CC--G--A-A----TG-T-T----T-GA-CACC-T
gi|91276                      :                           G--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---GG--TACC
gi|91277                      :                           G--CTTACG----T------AAC-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-AACC-TCATC-A-GCA-A--C-AG-CA-T-C-T-ACTATCG--TCCCTG-----GACGA
gi|91278                      :                           G--CTT-CG----TTC--CAACG-CTT--ATAG----C-A-A--A--GT-----GT-----C-TTAAATT--TT--G--A-A----TA-T-T----T-AG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GA-AA-T-A-T-AC---CG--CTCCC------AACAAC
gi|91279                      :            CCCACTC--GGGGAAG--CTT-CG----------------------------C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-TGT----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-AG-TA-C-C-T-GC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91280                      :                              cttcct----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG---T----T-GG-CACC-TG-TC-A-GCA-A--C-GG-CATC-C-C-AC---CG--TTCACGTTCATGACGACA
gi|91281                      :                                    ----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-GGCCACC-TGTTC-A-GCACG--C-GGCCA-T-C----C---CG--TTC
gi|91282                      :                                              GAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G------------T-T----T-GG-CGCC-TCTTC-A-GTG-A--C-GG-CG-T-C-T-GC---CG--ATCCC------GACGACA
gi|91283                      :                                              GAAG-ATTCTA--G----C-A-T--A--G------GT-----T-TT---CTACTT--G--A-T----TG-T-T----T-GG-CAC----TTC-A-GCA-A--T-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCAC------GAC
gi|91284                      :                                              GAAC-CTC--A--G----C-A-T--G--G------AT-----A-CT---CT--CT--ATAG-A----CG-T-T----T-GG-TACC-TGTTC-A-GCA-A--T-GG-Ca





Alignments
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lowQualScore                  :                   ...      ..   .  ....   ..     .   .. .. .... . . .. .. ......  .......  ...  ..  .. .. . ....  . . .... .  .    . .   . .   . .. .  .  ... . .  ...  ..     ......       
lowQualScore                  :                   111      33   0  6666   33     9   33 00 8888 9 9 22 22 333333  6666666  555  22  22 00 9 9999  8 9 9999 9  9    0 8   0 0   0 33 0  1  000 1 1  111  55     666666       
consensus                     :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
Reference ( family-396 )      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91238                      :            CCCTCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-C-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---CG--TTCCT------GACG
gi|91239                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--CTC-CG----CCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-AG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91240                      :           cCCCGCTT--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--GTATTGGAT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-T-AC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91241                      :           cCCCGCTC--AGAGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------TT-----T-CT---CT--CT--A--G-A----TGTT-T----T-GT-CACC-TCTTT-A-ACA-A--C-AG-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCA------AACGACA
gi|91242                      :           cCCTGATC--AGCGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-ATT--A--G----C-A-T--A--G------GC-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GGTCTTC-TTTTA-A-GGA-A--C-GG-AA-T-C-T-GC---CG--TTCTC------GACGGCA
gi|91243                      :           cCTCGCTC--AGGGAAGATTTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-AT---AT--CT--G--G-A----CG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCA-T--C-GG-TA-T-T-C-GT---CG--GTCCT------GGCGACA
gi|91244                      :                                             cGAAG-CTT--A--G----C-A-T--T--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GA-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91245                      : ccccgctcaggCCTGCTC--TGGTAAG--GTT-CG----TGT--CGAAG-CTT--G--G----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--G--C-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--T-GG-CA-C-C-C-AC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91246                      :           cCCCGCTC--AAGGAAG--CTT-CG----CCC--CTAAG-CTT--A--T----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-T----T-GG-CATC-TCTTC-A-----------G-TA-T-C-C-GC---CT--TTTCC------GACGACA
gi|91247                      :               cCTC--AAGGAAA--CTT-CG----TCC--CGAAG-CCT--A--GAACGC-A-T--GTAG------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-TG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-TC---CG--TTCCT------GATGACA
gi|91248                      :        ccctcCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CGT--A--G----C-A-T--G--G--------------------------------------TA-T-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-ACA-A--C-GG-CA-G-C-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91249                      :          ctCCTGTTG--AGGGAAG--ATG-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--T----A-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--TT--G--A-A----TG-T-T----A-CG-CACC-TCTTC-A-ACA-A--C-AG-TA-G-C-C-AC---CG--TTCCC------AACGACA
gi|91250                      :           cCCAGCTC--AAGGAAG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--AC-G----C-A-T--G--A------GT-----T-CT---CT--CT--GA-A-A----AG-T-TCGGGT-GG-CCTC-T-TTCAA-GTG-AGTT-AG-AA-T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91251                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--ATT-TG----TCC--AGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CA--G--A-T----TT-T-T----T-AT-CAAT-TCTTC-AGGCA-A--C-G
gi|91252                      :           cCCCCCTC--AGGGAAC--CTT-AA----TTCGCCGAAG-CTT--A--G----C-A-C--G--A------GT-----C-CT---CT--CT--GA-A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTT--A-GCA-AC-C-CA-CA-C-C-C-GC--------TTTC------GACGAC
gi|91253                      :           cCCCGCTCAGGGGGAAG--CTA-AG----TGC--CAAAG-CTT--A--G----C-ATT--G--C------GT-----T-TT---CT--TT--G--G-A----TA-T-T----T-GGCCATC-T-TTC-A-----------G-CA-T-C-C-GT---TG--TT-TC------GACGACA
gi|91254                      :           cCCCGTTC--ATGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CCT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CT--G--G-A----
gi|91255                      :            cCCGTTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---C
gi|91256                      :          ctCCCACTC--AGGGATG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--A--A----C-A-T--G--G------
gi|91257                      :           cCCTGCTC--AGGGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAA-CTT--T--A----C---T--G--T------G---------T---CT--CT--G--A-A----
gi|91258                      :           cCCCGCTC--GGGGAAG--TTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CA--TTCCC------GACGACA
gi|91259                      :            CCCGCTC--GGAGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GA-----T-CT---CT--CT--G--A-ACTGATG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91260                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CGATCGTCC--CGAAG-CTA--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--TG--G--A-A----TG-T-C----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-GC---CG--TTCCT------GACAACA
gi|91261                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAT-CTT--G--G----C-A-T--T--G------GT-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-A-T----T-GG-CACC-TGTCC-A-GCA-A--T-GT-CA-A-C-C-GC---CT--CTCCC------AACGACA
gi|91262                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--ACTAG-CTT--C--G----C-A-TCTG--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--ACA----TGTT-T----T-GG-CACC--G-TC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTTCC------GACGACA
gi|91263                      :            CCCGCTC--AGGAAAG---TT-AG----TTC--CGAAG-TTT--A--G----T-A-T--G--G------GT-----TTCT---TT--CT--G--G-A----TG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCA------------T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91264                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-TA---TAGG-CACC-TTTTC-A-----------G-CA-T-C-C-GA---TG--TTTCC------GATGACA
gi|91265                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--TCT-CG----TCC--TGAAG-CTT--C--G----CAA-T--G--G------GT-----C-AT---CT--CTTGA--A-A----TGTT-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--CGGG-CA-C-CACGGCA--CG--TTCCC------GACGA
gi|91266                      :            CTCACTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCT--CGAAT-CTT--A--G----C-A-T---------------------------------------A----TA-T-T----T-GG-TACC-TCTTT-A-CCA-G--C-TG-CA-T-C-C-GC---AG--TTCCA------GAAGACA
gi|91267                      :            CTCGCTC--AGGGAAG--CTT--------------------------------------G--G------GT-----T-CT---CT--CT--T--A-A----TG-T-T----T-CG-GAGC-TCTTC-G-GCA-A--C-AA-CA-T-C-C-GC---CT--TTCCC------GACGACA
gi|91268                      :            CCTGCTC--GGGGAAG--CTT-TG----TCT--CTTAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-G
gi|91269                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAA-CTT--A--G----C-A-T--G--G------AC-----C-CT---CT--CT--G--G-A----T----------------TC-TG--C-A---A-A--C-GA-CA-A-C-T-AC---TGGCTTCCCCCA---GACGA
gi|91270                      :             CTGCAC--AGGGAAG--CTT-TA----TTC--TGAAG-CTTTTA--G----C-A-T--G--G------ATAATATT-CT---CG--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-T-GCA-A----GG-CA-TAA-T-GC---TG--GTCCC------AATGACA
gi|91271                      :                       GAAAG--TTT-CGACG-TCC--AGAAG-TTT--A--A----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--T--A-A----TA-T-T----T-AC-CACTATGTTA-G-GCA-A--C-AA-CA-C-C-C-AC---TG--TTCCT------GACGACA
gi|91272                      :                       aaAAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91273                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-ttagcatgtg
gi|91274                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAA----TT---------------------------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91275                      :                          AG--TTT-CG----TCC--TGAAAACAC--A--A----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---TT--CC--G--A-A----TG-T-T----T-GA-CACC-T
gi|91276                      :                           G--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---GG--TACC
gi|91277                      :                           G--CTTACG----T------AAC-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-AACC-TCATC-A-GCA-A--C-AG-CA-T-C-T-ACTATCG--TCCCTG-----GACGA
gi|91278                      :                           G--CTT-CG----TTC--CAACG-CTT--ATAG----C-A-A--A--GT-----GT-----C-TTAAATT--TT--G--A-A----TA-T-T----T-AG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GA-AA-T-A-T-AC---CG--CTCCC------AACAAC
gi|91279                      :            CCCACTC--GGGGAAG--CTT-CG----------------------------C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-TGT----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-AG-TA-C-C-T-GC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91280                      :                              cttcct----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG---T----T-GG-CACC-TG-TC-A-GCA-A--C-GG-CATC-C-C-AC---CG--TTCACGTTCATGACGACA
gi|91281                      :                                    ----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-GGCCACC-TGTTC-A-GCACG--C-GGCCA-T-C----C---CG--TTC
gi|91282                      :                                              GAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G------------T-T----T-GG-CGCC-TCTTC-A-GTG-A--C-GG-CG-T-C-T-GC---CG--ATCCC------GACGACA
gi|91283                      :                                              GAAG-ATTCTA--G----C-A-T--A--G------GT-----T-TT---CTACTT--G--A-T----TG-T-T----T-GG-CAC----TTC-A-GCA-A--T-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCAC------GAC
gi|91284                      :                                              GAAC-CTC--A--G----C-A-T--G--G------AT-----A-CT---CT--CT--ATAG-A----CG-T-T----T-GG-TACC-TGTTC-A-GCA-A--T-GG-Ca


blockSeqs                     :                   AGG      AT      ATCG   GC         TT TA AACG     CT TA TATTGG  AATATT   AAA  AC  TG TA   CTGA  T   CGGG    T      G           GT    C  TA  A G  TAT  GC     GTTCAT
blockSeqs                     :                   A        .       ACG    .          CT C  .        .  .  T       TT       .    .   .  A    .     T   A       C      G           C     .  TC  . .  A    .      CCA   
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  A    .     T   .       C      C           .     .  C   . .  .    .      G     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      T           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   T        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  G   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  G   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      T           .     .  A   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  A   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   A        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                   G        .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .      .     
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  T   . .  .    .            
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       C        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .     .  C   . .  .    .            
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      C           .     .                             
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      G           .                                   
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      .           .                                   
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       T        .    .   .  .    .     .   .       .      .           .                                   
blockSeqs                     :                            .       .      .          .  .  .        .  .  .       A        .    .   .  .    .     .   .       .      .           .                                   
blockSeqs                     :                                    .      .          .  .  .        .  .  .       .        .    .   .  .    .     .   .       .                                                      
blockSeqs                     :                                    .      .          .  .  .        .  .  .       .        .    .   .  .    .     .   .                                                              
blockSeqs                     :                                                      .  .  .        .  .  .       .        .    .   .  .    .                                                                        
blockSeqs                     :                                                      .  .  .        .  .  .       .        .    .   .  .    .                                                                        
blockSeqs                     :                                                      .  .  .        .  .  .       .        .                                                                                         
blockSeqs                     :                                                      .  .  .        .  .  .                                                                                                          


blockSeqCons                  :            
originalCons                  :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
finalCons                     :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA





Alignments
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lowQualScore                  :                   ...      ..   .  ....   ..     .   .. .. .... . . .. .. ......  .......  ...  ..  .. .. . ....  . . .... .  .    . .   . .   . .. .  .  ... . .  ...  ..     ......       
lowQualScore                  :                   111      33   0  6666   33     9   33 00 8888 9 9 22 22 333333  6666666  555  22  22 00 9 9999  8 9 9999 9  9    0 8   0 0   0 33 0  1  000 1 1  111  55     666666       
consensus                     :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
Reference ( family-396 )      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91238                      :            CCCTCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-C-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---CG--TTCCT------GACG
gi|91239                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--CTC-CG----CCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-AG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91240                      :           cCCCGCTT--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--GTATTGGAT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-T-AC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91241                      :           cCCCGCTC--AGAGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------TT-----T-CT---CT--CT--A--G-A----TGTT-T----T-GT-CACC-TCTTT-A-ACA-A--C-AG-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCA------AACGACA
gi|91242                      :           cCCTGATC--AGCGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-ATT--A--G----C-A-T--A--G------GC-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GGTCTTC-TTTTA-A-GGA-A--C-GG-AA-T-C-T-GC---CG--TTCTC------GACGGCA
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gi|91244                      :                                             cGAAG-CTT--A--G----C-A-T--T--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGCTC-A-GCA-A--C-GA-CA-T-C-C-GC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91245                      : ccccgctcaggCCTGCTC--TGGTAAG--GTT-CG----TGT--CGAAG-CTT--G--G----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--G--C-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--T-GG-CA-C-C-C-AC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91246                      :           cCCCGCTC--AAGGAAG--CTT-CG----CCC--CTAAG-CTT--A--T----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-T----T-GG-CATC-TCTTC-A-----------G-TA-T-C-C-GC---CT--TTTCC------GACGACA
gi|91247                      :               cCTC--AAGGAAA--CTT-CG----TCC--CGAAG-CCT--A--GAACGC-A-T--GTAG------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-TG-CATC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-TC---CG--TTCCT------GATGACA
gi|91248                      :        ccctcCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CGT--A--G----C-A-T--G--G--------------------------------------TA-T-T----T-GA-CACC-TGTTC-A-ACA-A--C-GG-CA-G-C-C-AC---CG--TTCCT------GACGACA
gi|91249                      :          ctCCTGTTG--AGGGAAG--ATG-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--T----A-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--TT--G--A-A----TG-T-T----A-CG-CACC-TCTTC-A-ACA-A--C-AG-TA-G-C-C-AC---CG--TTCCC------AACGACA
gi|91250                      :           cCCAGCTC--AAGGAAG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--AC-G----C-A-T--G--A------GT-----T-CT---CT--CT--GA-A-A----AG-T-TCGGGT-GG-CCTC-T-TTCAA-GTG-AGTT-AG-AA-T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91251                      :           cCCCGCTC--AGGGAAG--ATT-TG----TCC--AGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CA--G--A-T----TT-T-T----T-AT-CAAT-TCTTC-AGGCA-A--C-G
gi|91252                      :           cCCCCCTC--AGGGAAC--CTT-AA----TTCGCCGAAG-CTT--A--G----C-A-C--G--A------GT-----C-CT---CT--CT--GA-A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTT--A-GCA-AC-C-CA-CA-C-C-C-GC--------TTTC------GACGAC
gi|91253                      :           cCCCGCTCAGGGGGAAG--CTA-AG----TGC--CAAAG-CTT--A--G----C-ATT--G--C------GT-----T-TT---CT--TT--G--G-A----TA-T-T----T-GGCCATC-T-TTC-A-----------G-CA-T-C-C-GT---TG--TT-TC------GACGACA
gi|91254                      :           cCCCGTTC--ATGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CCT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CC---CT--CT--G--G-A----
gi|91255                      :            cCCGTTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---C
gi|91256                      :          ctCCCACTC--AGGGATG--CTT-CT----TCC--CGAAG-CTT--A--A----C-A-T--G--G------
gi|91257                      :           cCCTGCTC--AGGGAAG--CTT-CA----TCC--CGAAA-CTT--T--A----C---T--G--T------G---------T---CT--CT--G--A-A----
gi|91258                      :           cCCCGCTC--GGGGAAG--TTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CA--TTCCC------GACGACA
gi|91259                      :            CCCGCTC--GGAGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GA-----T-CT---CT--CT--G--A-ACTGATG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GTA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91260                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CGATCGTCC--CGAAG-CTA--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--TG--G--A-A----TG-T-C----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-T-C-GC---CG--TTCCT------GACAACA
gi|91261                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCC--CGAAT-CTT--G--G----C-A-T--T--G------GT-----T-CT---AT--CT--G--A-A----TG-A-T----T-GG-CACC-TGTCC-A-GCA-A--T-GT-CA-A-C-C-GC---CT--CTCCC------AACGACA
gi|91262                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-CG----TCC--ACTAG-CTT--C--G----C-A-TCTG--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--ACA----TGTT-T----T-GG-CACC--G-TC-A-GCA-A--C-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTTCC------GACGACA
gi|91263                      :            CCCGCTC--AGGAAAG---TT-AG----TTC--CGAAG-TTT--A--G----T-A-T--G--G------GT-----TTCT---TT--CT--G--G-A----TG-T-T----A-GG-CACC-TCTTC-A-GCA------------T-C-C-GC---CG--TTCCC------GACGACA
gi|91264                      :            CCCGCTC--AGGGAAG--CTT-AG----TTC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--G-A----TG-C-TA---TAGG-CACC-TTTTC-A-----------G-CA-T-C-C-GA---TG--TTTCC------GATGACA
gi|91265                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--TCT-CG----TCC--TGAAG-CTT--C--G----CAA-T--G--G------GT-----C-AT---CT--CTTGA--A-A----TGTT-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--CGGG-CA-C-CACGGCA--CG--TTCCC------GACGA
gi|91266                      :            CTCACTC--AGGGAAG--CTT-CG----TCT--CGAAT-CTT--A--G----C-A-T---------------------------------------A----TA-T-T----T-GG-TACC-TCTTT-A-CCA-G--C-TG-CA-T-C-C-GC---AG--TTCCA------GAAGACA
gi|91267                      :            CTCGCTC--AGGGAAG--CTT--------------------------------------G--G------GT-----T-CT---CT--CT--T--A-A----TG-T-T----T-CG-GAGC-TCTTC-G-GCA-A--C-AA-CA-T-C-C-GC---CT--TTCCC------GACGACA
gi|91268                      :            CCTGCTC--GGGGAAG--CTT-TG----TCT--CTTAG-CTT--C--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-G
gi|91269                      :            CCCGCTC--GGGGAAG--CTT-AG----TCC--CGAAA-CTT--A--G----C-A-T--G--G------AC-----C-CT---CT--CT--G--G-A----T----------------TC-TG--C-A---A-A--C-GA-CA-A-C-T-AC---TGGCTTCCCCCA---GACGA
gi|91270                      :             CTGCAC--AGGGAAG--CTT-TA----TTC--TGAAG-CTTTTA--G----C-A-T--G--G------ATAATATT-CT---CG--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-T-GCA-A----GG-CA-TAA-T-GC---TG--GTCCC------AATGACA
gi|91271                      :                       GAAAG--TTT-CGACG-TCC--AGAAG-TTT--A--A----C-A-T--G--G------AT-----C-CT---CT--CT--T--A-A----TA-T-T----T-AC-CACTATGTTA-G-GCA-A--C-AA-CA-C-C-C-AC---TG--TTCCT------GACGACA
gi|91272                      :                       aaAAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91273                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAATG-GTT--A----------------------------------T---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-ttagcatgtg
gi|91274                      :                         AAG--TTT-CG----TCT--CAA----TT---------------------------GT-----T-AT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-CACC-TCTTC-G-GCA-A--C-
gi|91275                      :                          AG--TTT-CG----TCC--TGAAAACAC--A--A----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---TT--CC--G--A-A----TG-T-T----T-GA-CACC-T
gi|91276                      :                           G--CTT-CG----TCC--CGAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----CG-T-T----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GG-CA-T-C-T-GC---GG--TACC
gi|91277                      :                           G--CTTACG----T------AAC-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-T-T----T-GG-AACC-TCATC-A-GCA-A--C-AG-CA-T-C-T-ACTATCG--TCCCTG-----GACGA
gi|91278                      :                           G--CTT-CG----TTC--CAACG-CTT--ATAG----C-A-A--A--GT-----GT-----C-TTAAATT--TT--G--A-A----TA-T-T----T-AG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-GA-AA-T-A-T-AC---CG--CTCCC------AACAAC
gi|91279                      :            CCCACTC--GGGGAAG--CTT-CG----------------------------C-A-T--G--G------GT-----C-CT---CT--CT--G--A-A----TG-TGT----T-GG-CACC-TGTTC-A-GCA-A--C-AG-TA-C-C-T-GC---TG--TTCCC------GACGACA
gi|91280                      :                              cttcct----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG---T----T-GG-CACC-TG-TC-A-GCA-A--C-GG-CATC-C-C-AC---CG--TTCACGTTCATGACGACA
gi|91281                      :                                    ----TCT--CAGGG-CTT--C--G----C-G-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G--A-A----TG-G-T----T-GGCCACC-TGTTC-A-GCACG--C-GGCCA-T-C----C---CG--TTC
gi|91282                      :                                              GAAG-CTT--A--G----C-A-T--G--G------GT-----T-CT---CT--CT--G------------T-T----T-GG-CGCC-TCTTC-A-GTG-A--C-GG-CG-T-C-T-GC---CG--ATCCC------GACGACA
gi|91283                      :                                              GAAG-ATTCTA--G----C-A-T--A--G------GT-----T-TT---CTACTT--G--A-T----TG-T-T----T-GG-CAC----TTC-A-GCA-A--T-GG-CA-C-C-C-GC---CG--TTCAC------GAC
gi|91284                      :                                              GAAC-CTC--A--G----C-A-T--G--G------AT-----A-CT---CT--CT--ATAG-A----CG-T-T----T-GG-TACC-TGTTC-A-GCA-A--T-GG-Ca