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lowQualScore                  :        1  555555  1  555 0  7777  222  0  222222 0 0  11 0 0 11 111  0 0 0   22222   0   0 3333  222  22  2       
lowQualScore                  :        .  ......  .  ... .  ....  ...  .  ...... . .  .. . . .. ...  . . .   .....   .   . ....  ...  ..  .       
lowQualScore                  :        0  555555  9  777 9  8888  444  9  444444 9 9  22 9 9 22 555  9 9 9   11111   9   9 8888  666  33  0       
consensus                     : TTCCCCA-TG-----CGC-AC---T-TT-NN-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
Reference ( gi|57190 )        : TTCCCCA-TG-----TGC-AC---T-TT-GG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57192                      : TTCACCA-TG-----CGC-AC---T-TT-GG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-ACT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57191                      : TTCTCCA-TG-----CGC-AC---T-TT-GG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCC-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57193                      : TTCCTCA-TA-----CGT-AC---T-TT-GG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----AT---GC--GG-CCGATAA
gi|57194                      : TTCTCCA-TG-----CGC-AC---T-TT-GG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-G--------CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57195                      : TCCCCCA-TG-----TGC-AG---A-TC-AA-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57196                      : TTCCCCA-TG-----AGC-TC---T-TT-CT-AA---CA-CA------A-T-TA--C-A-A--A---TA-G-A-TAG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57197                      : TTCCCCA-TA-----CGCCAC---T-TTTGG-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GAA-TCGGCCGCGCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57200                      : TTCCCCA-TG-----TGC-AT---T-TT-AT-AA---CA-CA------A-C-CA--C-A-T--A---TT-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GT--GG-CCAATA
gi|57198                      : TCCCCCA-TG-----TGT-AG---A-TC-AA-AA---CA-CA------A-T-CG--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CTGCCGC--GG-CCGATAA
gi|57201                      : TTCACCA-TG-----CGC-AC---T-TT-GG-AAA--CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCT-TGT-C----CT---CCA-GG-CCCATAA
gi|57202                      : TTCTCAA-TG-----CGC-AC---A-TT-CT-AA---CA-CA------A-C-CA--C-A-C--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--AG-ACGATAA
gi|57203                      : TCCCCCA-TG-----TGT-AA---T-CG-TA-AA---CA-CA--------T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GGAACGATAA
gi|57205                      : TTCCTCA-TG-----CGC-AT---T-TT-AT-AA---CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TTG-----GCC-GCT-C----C
gi|57204                      : TTCCTCA-TG-----CGC-AT---T-TT-AT-AA---CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TTG-----GCC-GCT-C----C
gi|57207                      : TTTCCCA-TG-----CGC-TC---T-TT-CT-AA---CA-TACAAGTAA-T-CA--C-A-A--A---TA-G-G-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-
gi|57206                      : TTCCCCA-CG-----CGC-ACAAAT-CT----AA---CA-CA------A-C-CA--CGA-A--A---TA-G-A-TCG-----GCT-GTT-CAGGACT---GC--GG-CCGATAA
gi|57211                      : TTCTCCG-TG-----CGC-AC---T-TT-GG-AA---CG-CA------A-T-CA--C-A-A--A------------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57208                      : TTCCCCA-TG-----CGC-AC---A-TC-AT-AA---CA-CA------A-T-TC--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCT-GCT-C----CT---
gi|57209                      : TTCCCCA-TG-----CAC-AC---T-TT-AC-AG---CA-CA------A-T-AA--C-A-A--A---TA-G-A---------------T-C----CT---GC--GG-CCAATAA
gi|57214                      : TTCCCCA-TG-----CGC-AC---T-TT-AG-AC---CA-CA------A-T-CA--C-A-G--A------------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57210                      : TTCCCTA-TG-----CGC-AC---T-TT-CT-AA---CA-AA------A-T-AA--C-A-A--A---TG-G-A-TCG-----GCT-GCT-C----CC---G
gi|57199                      : TCCCCCA-TG-----TGT-AGA--T-TC-AA-AA---CATCA------AGT-CG--C-A-A--A---TAAG-A-TCG-----GCC-GCT-CCATGCC---GC--GG-CCGATAA
gi|57213                      : TTCCCCA-TGGCGGCTCC-AT---T-CT----AA---CA-CA------T-A-CA--C-A-A--A---TA-G-ACTCG-----ACC-GCT-C----CTG--GC--GG-CCGATAA
gi|57215                      : TTTCCCA-TG-----CAC-GC---A-TT-AT-AA---CA-CA------A-C-CG--C-A-A--A---TA-A-A-TCG-----GCC-GC
gi|57217                      :  TCCCCA-TG-----CAC-AC---T-TT-AT-AA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TC-G-A-TCG-----GCC-GTT-C----CT---GT--GG-CCGATAA
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gi|57219                      :  TCCCCA-TG-----TGC-AC---A-TT-CT-AA---CA-CA------A-C-CA--T-A-A--A---TA-A-G-TCG-----ATC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
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gi|57220                      :  TCCCCA-TA-----TGC-GC---A-TT-TT-AA---CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-G-A-GCG-----GCC-ACT-C----CT---GC--GG-CTGA
gi|57221                      :  TCCCCA-TGC----TGC-ACAA-T-TT-----A---CA-CA------A-T-CAACC-A-A--A---TA-G-A-ATG-----GCCCGCT-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57222                      :  TCCCCA-TG-----ATT-AC---A-TT-AT-AT---CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-A-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG-CCGA
gi|57223                      :  TCCGCA-TG-----CGC-ACA--TGTT-GG-AAACACA-TA------A-T-CA--C-ACA--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---AC--
gi|57224                      :  TCCCCA-TG-----TGC-AG---A-T--AC-AA---AA-CA------A-TACA--T-A-ACCA---AA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GG--CGATA
gi|57226                      :   CCCCT-TG-----CGC-AC---T-TT-AT-AG---CA-CA------C-T-CA--T-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-ACT-C----T---------G-CCAATAA
gi|57225                      :   CCCCA-TG-----CGC------T-TT----AA---CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GC
gi|57227                      :    CCCA-TG-----CGC-AC---A-TT-CG-AA---CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----------T-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57228                      :     CCA-TT-----TGC-ACA--T-TT-GATAC---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-C----CT---GC--GA-CCGATAA
gi|57229                      :     CCAGTG-----TGC-AC---A-TT-CA-AA---CA-CA------A-C-CC--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----GCC-GCT-T----CT---GT--GG-CCAATAA
gi|57230                      :      CA-TG-----CGC--C---T-TT-GGGAA---CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-G-A-TCG-----CTT-GCT-C----CT---GCCAGGCCCGATA
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Alignments
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lowQualScore                  :         .  . . . .  ....... . ...  .  .  ...... . .  .. . . .. ...  .  .      . .....  . ....  ...  ..  .       
lowQualScore                  :         0  9 9 9 9  6666666 9 999  9  9  555555 8 8  11 8 8 11 555  8  7      8 11111  9 7777  555  33  0       
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Reference ( family-391 )      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
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gi|57217                      :   TCCCCA-TG-C-A-C-AC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TT-C----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57218                      :   TCCCCA-TG-C-ACC-AC---T---T-TAT-AA-CA-C-------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TTCC----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57219                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AC---A---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--T-A-A--A---TA-AG-TCGATC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57220                      :   TCCCCA-TA-T-G-C-GC---A---T-TTT-AA-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-GA-GCGGCC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CTGA
gi|57221                      :   TCCCCA-TG-CTG-C-ACAA-T---T-T----A-CA-CA------A-T-CAACC-A-A--A---TA-GA-ATGGCCCG-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57222                      :   TCCCCA-TG-A-T-T-AC---A---T-TAT-AT-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-AA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGA
gi|57223                      :   TCCGCA-TG-C-G-C-ACATGT---T-GGA-AA-CA-CATA----A-T-CA--C-ACA--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---AC--
gi|57224                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AG---A---T--AC-AA-AA-CA------A-TACA--T-A-ACCA---AA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG--CGATA
gi|57225                      :    CCCCA-TG-C-G-C------------TTT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----C
gi|57226                      :    CCCCT-TG-C-G-C-AC---T---T-TAT-AG-CA-CA------C-T-CA--T-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-A-----CT-C----T---------G-CCAATAA
gi|57227                      :     CCCA-TG-C-G-C-AC---A---T-TCG-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCG-----------T-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57228                      :         -TG-C-A-C-AT---T---T-GAT-AC-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GA-CCGATAA
gi|57229                      : ccattCCAGTG-T-G-C-AC---A---T-TCA-AA-CA-CA------A-C-CC--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-T----CT---GT--GG-CCAATAA
gi|57230                      :       CA-TG-C-G-C--C---T---T-TGGGAA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGCTT-G-----CT-C----CT---GCCAGGCCCGATA
gi|57231                      :         -TA-C-G-C-AC---A---T-TCT-AA-GA-CA------A-T-CA--C-A-A--AATATA-GA-TCGGCG-G-----CT-T----CT---GC--GA-CCGATGA
gi|57232                      :           G-C-G-C-TC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCTGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57233                      :            -C-G-C-AT---T---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---CA-GA-TCGGTC-T-----CT-C----CT---GT--GG-TTAATGA
gi|57234                      :                                 -AA-TA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57235                      :                                 -AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCGGTG-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57236                      :                                    -CA-CT------A-T-CA--C-A-A--A---TA-AA-TCGACC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57237                      :                                         A------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CC---GC--GG-CCCATAA





Alignments
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lowQualScore                  :         .  . . . .  ....... . ...  .  .  ...... . .  .. . . .. ...  .  .      . .....  . ....  ...  ..  .       
lowQualScore                  :         0  9 9 9 9  6666666 9 999  9  9  555555 8 8  11 8 8 11 555  8  7      8 11111  9 7777  555  33  0       
consensus                     :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
Reference ( family-391 )      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57190                      :  TTCCCCA-TG-T-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57191                      :  TTCTCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCCGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57192                      :  TTCACCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57193                      :  TTCCTCA-TA-C-G-T-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----AT---GC--GG-CCGATAA
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gi|57195                      :  TCCCCCA-TG-T-G-C-AG---A---T-CAA-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
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gi|57198                      :  TCCCCCA-TG-T-G-T-AG---A---T-CAA-AA-CA-CA------A-T-CG--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CTGCCGC--GG-CCGATAA
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gi|57200                      :  TTCCCCA-TG-T-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-T--A---TT-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GT--GG-CCAATA
gi|57201                      :  TTCACCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AAACA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCT-T-----GT-C----CT---CCA-GG-CCCATAA
gi|57202                      :  TTCTCAA-TG-C-G-C-AC---A---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-C--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--AG-ACGATAA
gi|57203                      :  TCCCCCA-TG-T-G-T-AA---T---C-GTA-AA-CA-CA--------T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GGAACGATAA
gi|57204                      :  TTCCTCA-TG-C-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TTGGCC-G-----CT-C----C
gi|57205                      :  TTCCTCA-TG-C-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TTGGCC-G-----CT-C----C
gi|57206                      :  TTCCCCA-CG-C-G-C-AC---A---AATCT-AA-CA-CA------A-C-CA--CGA-A--A---TA-GA-TCGGCT-G-----TT-CAGGACT---GC--GG-CCGATAA
gi|57207                      :  TTTCCCA-TG-C-G-C-TC---T---T-TCT-AA-CA-TACAAGTAA-T-CA--C-A-A--A---TA-GG-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-
gi|57208                      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---A---T-CAT-AA-CA-CA------A-T-TC--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCT-G-----CT-C----CT---
gi|57209                      :  TTCCCCA-TG-C-A-C-AC---T---T-TAC-AG-CA-CA------A-T-AA--C-A-A--A---TA-GA---------------T-C----CT---GC--GG-CCAATAA
gi|57210                      :  TTCCCTA-TG-C-G-C-AC---T---T-TCT-AA-CA-AA------A-T-AA--C-A-A--A---TG-GA-TCGGCT-G-----CT-C----CC---G
gi|57211                      :  TTCTCCG-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CG-CA------A-T-CA--C-A-A--A-----------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57212                      :  TTCCCAA-AC-C-A-C-AC---T---T-TCT-AA-CA-CA--------T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGTC-A-----AT-C----CT---GC--AA-CCGATAA
gi|57213                      :  TTCCCCA-TGGC-G---GC---TCCAT-TCT-AA-CA-CA------T-A-CA--C-A-A--A---TA-GACTCGACC-G-----CT-C----CTG--GC--GG-CCGATAA
gi|57214                      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TAG-AC-CA-CA------A-T-CA--C-A-G--A-----------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57215                      :  TTTCCCA-TG-C-A-C-GC---A---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CG--C-A-A--A---TA-AA-TCGGCC-G-----C
gi|57216                      :   TCCCCA-TG-C-G-C-TC---T---T-AAA-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---AC--GG-CTGATAA
gi|57217                      :   TCCCCA-TG-C-A-C-AC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TT-C----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57218                      :   TCCCCA-TG-C-ACC-AC---T---T-TAT-AA-CA-C-------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TTCC----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57219                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AC---A---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--T-A-A--A---TA-AG-TCGATC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57220                      :   TCCCCA-TA-T-G-C-GC---A---T-TTT-AA-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-GA-GCGGCC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CTGA
gi|57221                      :   TCCCCA-TG-CTG-C-ACAA-T---T-T----A-CA-CA------A-T-CAACC-A-A--A---TA-GA-ATGGCCCG-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57222                      :   TCCCCA-TG-A-T-T-AC---A---T-TAT-AT-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-AA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGA
gi|57223                      :   TCCGCA-TG-C-G-C-ACATGT---T-GGA-AA-CA-CATA----A-T-CA--C-ACA--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---AC--
gi|57224                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AG---A---T--AC-AA-AA-CA------A-TACA--T-A-ACCA---AA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG--CGATA
gi|57225                      :    CCCCA-TG-C-G-C------------TTT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----C
gi|57226                      :    CCCCT-TG-C-G-C-AC---T---T-TAT-AG-CA-CA------C-T-CA--T-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-A-----CT-C----T---------G-CCAATAA
gi|57227                      :     CCCA-TG-C-G-C-AC---A---T-TCG-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCG-----------T-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57228                      :         -TG-C-A-C-AT---T---T-GAT-AC-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GA-CCGATAA
gi|57229                      : ccattCCAGTG-T-G-C-AC---A---T-TCA-AA-CA-CA------A-C-CC--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-T----CT---GT--GG-CCAATAA
gi|57230                      :       CA-TG-C-G-C--C---T---T-TGGGAA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGCTT-G-----CT-C----CT---GCCAGGCCCGATA
gi|57231                      :         -TA-C-G-C-AC---A---T-TCT-AA-GA-CA------A-T-CA--C-A-A--AATATA-GA-TCGGCG-G-----CT-T----CT---GC--GA-CCGATGA
gi|57232                      :           G-C-G-C-TC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCTGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57233                      :            -C-G-C-AT---T---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---CA-GA-TCGGTC-T-----CT-C----CT---GT--GG-TTAATGA
gi|57234                      :                                 -AA-TA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57235                      :                                 -AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCGGTG-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57236                      :                                    -CA-CT------A-T-CA--C-A-A--A---TA-AA-TCGACC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57237                      :                                         A------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CC---GC--GG-CCCATAA


blockSeqs                     :                     TCCA      TGG        CAAGTA      AC     CC ATA     A        CGCCG    CATG  GCC  CA  A
blockSeqs                     :                     ATGT      GGG        TA          .      .  .       C        .        AGGA  G    A   C
blockSeqs                     :                     AAT       GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     AT        GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         TA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AC         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         GG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         TT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         GA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AC         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         TT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CG         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         CA         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     A         CT         .           .      .  .       .        .        .     .    .   .
blockSeqs                     :                     T         AT         .           .      .  .       .        .        .     .    .    
blockSeqs                     :                     T         CT         .           .      .  .       .        .        .     .         
blockSeqs                     :                     .         .          .           .      .  .       .        .        .     .         
blockSeqs                     :                                          .           .      .  .       .        .        .               
blockSeqs                     :                                          .           .      .  .       .        .        .               
blockSeqs                     :                                          .           .      .  .       .        .                        
blockSeqs                     :                                          .           .      .  .       .        .                        


blockSeqCons                  :  
originalCons                  :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
finalCons                     :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA





Alignments
lowQualScore                  :         1  0 0 0 0  4444444 0 444  0  0  333333 0 0  11 0 0 11 111  0  1      0 22222  0 3333  222  22  2       
lowQualScore                  :         .  . . . .  ....... . ...  .  .  ...... . .  .. . . .. ...  .  .      . .....  . ....  ...  ..  .       
lowQualScore                  :         0  9 9 9 9  6666666 9 999  9  9  555555 8 8  11 8 8 11 555  8  7      8 11111  9 7777  555  33  0       
consensus                     :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
Reference ( family-391 )      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TNN-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57190                      :  TTCCCCA-TG-T-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57191                      :  TTCTCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCCGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57192                      :  TTCACCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57193                      :  TTCCTCA-TA-C-G-T-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----AT---GC--GG-CCGATAA
gi|57194                      :  TTCTCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-------------CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57195                      :  TCCCCCA-TG-T-G-C-AG---A---T-CAA-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57196                      :  TTCCCCA-TG-A-G-C-TC---T---T-TCT-AA-CA-CA------A-T-TA--C-A-A--A---TA-GA-TAGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57197                      :  TTCCCCA-TA-C-G-CCAC---T---T-TTGGAA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GAATCGGCC-GCGCCGCT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57198                      :  TCCCCCA-TG-T-G-T-AG---A---T-CAA-AA-CA-CA------A-T-CG--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CTGCCGC--GG-CCGATAA
gi|57199                      :  TCCCCCA-TG-T-G-T-AGA--T---T-CAA-AA-CATCA------AGT-CG--C-A-A--A---TAAGA-TCGGCC-G-----CT-CCATGCC---GC--GG-CCGATAA
gi|57200                      :  TTCCCCA-TG-T-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-T--A---TT-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GT--GG-CCAATA
gi|57201                      :  TTCACCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AAACA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCT-T-----GT-C----CT---CCA-GG-CCCATAA
gi|57202                      :  TTCTCAA-TG-C-G-C-AC---A---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-C--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--AG-ACGATAA
gi|57203                      :  TCCCCCA-TG-T-G-T-AA---T---C-GTA-AA-CA-CA--------T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GGAACGATAA
gi|57204                      :  TTCCTCA-TG-C-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TTGGCC-G-----CT-C----C
gi|57205                      :  TTCCTCA-TG-C-G-C-AT---T---T-TAT-AA-CA-TA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TTGGCC-G-----CT-C----C
gi|57206                      :  TTCCCCA-CG-C-G-C-AC---A---AATCT-AA-CA-CA------A-C-CA--CGA-A--A---TA-GA-TCGGCT-G-----TT-CAGGACT---GC--GG-CCGATAA
gi|57207                      :  TTTCCCA-TG-C-G-C-TC---T---T-TCT-AA-CA-TACAAGTAA-T-CA--C-A-A--A---TA-GG-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-
gi|57208                      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---A---T-CAT-AA-CA-CA------A-T-TC--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCT-G-----CT-C----CT---
gi|57209                      :  TTCCCCA-TG-C-A-C-AC---T---T-TAC-AG-CA-CA------A-T-AA--C-A-A--A---TA-GA---------------T-C----CT---GC--GG-CCAATAA
gi|57210                      :  TTCCCTA-TG-C-G-C-AC---T---T-TCT-AA-CA-AA------A-T-AA--C-A-A--A---TG-GA-TCGGCT-G-----CT-C----CC---G
gi|57211                      :  TTCTCCG-TG-C-G-C-AC---T---T-TGG-AA-CG-CA------A-T-CA--C-A-A--A-----------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57212                      :  TTCCCAA-AC-C-A-C-AC---T---T-TCT-AA-CA-CA--------T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGTC-A-----AT-C----CT---GC--AA-CCGATAA
gi|57213                      :  TTCCCCA-TGGC-G---GC---TCCAT-TCT-AA-CA-CA------T-A-CA--C-A-A--A---TA-GACTCGACC-G-----CT-C----CTG--GC--GG-CCGATAA
gi|57214                      :  TTCCCCA-TG-C-G-C-AC---T---T-TAG-AC-CA-CA------A-T-CA--C-A-G--A-----------------------T-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57215                      :  TTTCCCA-TG-C-A-C-GC---A---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CG--C-A-A--A---TA-AA-TCGGCC-G-----C
gi|57216                      :   TCCCCA-TG-C-G-C-TC---T---T-AAA-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---AC--GG-CTGATAA
gi|57217                      :   TCCCCA-TG-C-A-C-AC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TT-C----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57218                      :   TCCCCA-TG-C-ACC-AC---T---T-TAT-AA-CA-C-------A-T-CA--C-A-A--A---TC-GA-TCGGCC-G-----TTCC----CT---GT--GG-CCGATAA
gi|57219                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AC---A---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--T-A-A--A---TA-AG-TCGATC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57220                      :   TCCCCA-TA-T-G-C-GC---A---T-TTT-AA-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-GA-GCGGCC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CTGA
gi|57221                      :   TCCCCA-TG-CTG-C-ACAA-T---T-T----A-CA-CA------A-T-CAACC-A-A--A---TA-GA-ATGGCCCG-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57222                      :   TCCCCA-TG-A-T-T-AC---A---T-TAT-AT-CA-CA------A-C-TA--C-A-A--A---TA-AA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG-CCGA
gi|57223                      :   TCCGCA-TG-C-G-C-ACATGT---T-GGA-AA-CA-CATA----A-T-CA--C-ACA--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---AC--
gi|57224                      :   TCCCCA-TG-T-G-C-AG---A---T--AC-AA-AA-CA------A-TACA--T-A-ACCA---AA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GG--CGATA
gi|57225                      :    CCCCA-TG-C-G-C------------TTT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----C
gi|57226                      :    CCCCT-TG-C-G-C-AC---T---T-TAT-AG-CA-CA------C-T-CA--T-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-A-----CT-C----T---------G-CCAATAA
gi|57227                      :     CCCA-TG-C-G-C-AC---A---T-TCG-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCG-----------T-C----CT---GC--GG-CCGATA
gi|57228                      :         -TG-C-A-C-AT---T---T-GAT-AC-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CT---GC--GA-CCGATAA
gi|57229                      : ccattCCAGTG-T-G-C-AC---A---T-TCA-AA-CA-CA------A-C-CC--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-T----CT---GT--GG-CCAATAA
gi|57230                      :       CA-TG-C-G-C--C---T---T-TGGGAA-CA-CA------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGCTT-G-----CT-C----CT---GCCAGGCCCGATA
gi|57231                      :         -TA-C-G-C-AC---A---T-TCT-AA-GA-CA------A-T-CA--C-A-A--AATATA-GA-TCGGCG-G-----CT-T----CT---GC--GA-CCGATGA
gi|57232                      :           G-C-G-C-TC---T---T-TAT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCTGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57233                      :            -C-G-C-AT---T---T-TCT-AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---CA-GA-TCGGTC-T-----CT-C----CT---GT--GG-TTAATGA
gi|57234                      :                                 -AA-TA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGTC-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57235                      :                                 -AA-CA-CA------A-C-CA--C-A-A--A---TA-GA-CCGGTG-G-----CT-G----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57236                      :                                    -CA-CT------A-T-CA--C-A-A--A---TA-AA-TCGACC-A-----CT-C----CT---GC--GG-CCGATAA
gi|57237                      :                                         A------A-T-CA--C-A-A--A---TA-GA-TCGGCC-G-----CT-C----CC---GC--GG-CCCATAA