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Reference ( gi|94892 )        : GTCTT-CCC-A--CTG--T---TTCTTAA--ATTAA--C-A-ATT-CT-C----TGT-C-T---TA-T----GT---A--A-G-----AAGG-CA-G-T-C-T-A------T---TC-AA-TTT-CA----CA---GG---C---A-------T--T-----TTC-A-C--T---A-ATA---T----AC-----------C-A---C-T----C-A-CG--T-GC-A--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AA-CT-G--GC--A-G----T-TT---AC--A-------AA-G----C--------GG----T--AA---T-----T-A------TA--ATA--T----A-CAC----AG-A-G-C--TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
gi|94893                      : GTCTT-CCC-A--CTG--T---TTCTTAA--ATT-A--C-A-ATT-TT-C----TGT-C-T---TATT----GT---A--A-A-----AAGG-CA-G-T-C-T-A------T---TC-GA-TTT-CA----CA---GG---C---A-------T--T-----TTC-AGC--T---A-ATA---CTTG-AC-----------C-A---C-T----C-A-CG--T-GC-A--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AA-CT-G--GC--A-G----T-TT---CC--A-------AA-G----C--------GGGTT-C--AA---T-----T-A------T---ATA--A----A-CAC----AGTA-G-C--CG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
gi|94894                      : GTCTT-CCC-A--CTG--T---TTCATAA--GTTAA--C-A-ATT-CTTC----TGT-C-T---TA-T----GT---A--A-A-----AAGG-CA-G-T-C-T-A------T---TC-AA-TTT-CA----CA---GG---C---AT------T--T-----TTC-A-C--T---T-ACT---G----AT-----------C-A---C-T----C-A-CG--T-GC-AACAA-T-T--T--TAA---A-A--A--T-G-AA-CT-G--GC--A-A----T-TT---CC--A-------AA-G----C--------GG----T--AA---T-----T-A------T---ATA--T----A-CAC----AG-A-G----TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
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lowQualScore                  :      7   2 11   33 777       66     55 8 8   3  7 5555   6 5 666  5 6666  00 00  555555 4   4  9 4 4 4 9 111111 999  8  4   4  9999  777 333 333 2222 3333333  55555  3 3 9  777777 33 77777 999 1 44 44 66666 1 44444 3333 1 0  88 1  5555  9 9 44  9 666 8 33 22 9 9  9  7 22  11 9 8888 9  9  22 0000000   8888 44444444  666  0  7777777777  222222222   44 1111 44   2222  1 1 0 44  55  0  999 1 1  1    
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Reference ( family-389 )      : GTCTT-CCC-A--CTG--T---TTCTTAA--ATTAA--C-A-ATT-CT-C----TGT-C-T---TA-T----GT--A--AA------A-AGG-CA-G-T-C-T-A------T---TC-AA-TTT-CA----CA---G---G---C----A-------TT-----TT-C-A-CT----G-AC-A-----C---T-G--A--C-----C-A---C-T----C-A-CG--T-GC-G--AA-T-T--TT-A---A-A--A--T-G-AA-CT-G--GC--A-G----T-TT-CC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----T-----TA------TA-ATA--T----A--CAC----AG-A-G-C--TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
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Reference ( family-389 )      : GTCTT-CCC-A--CTG--T---TTCTTAA--ATTAA--C-A-ATT-CT-C----TGT-C-T---TA-T----GT--A--AA------A-AGG-CA-G-T-CT-A------T---TC-AA-TTT-CA----CA---G---G---C---A-------TT-----TT-C-A-CT----G-AC-A-----C---T-G--A--C-----C-A---C-T----C-A-CG--T-GC-G--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AA-CT-G--GC--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----T-T-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-G-C--TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
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gi|94921                      :                                                                                                                                     ---G---G---C---A-------TT-----TT-C-A-CT----G-AC-A-----C---T-G--A--C-----C-A---A-T----C-A-CT--T-GC-G--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AG-CT-G--AC--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----T-T-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-G-C--TG--CT-TT---A-A-TT-GTTG
gi|94922                      :                                                                                                                                         ---G---C---A-------TT-----TT------T----G----------C---T-G--A--C-----C-A---T-T----C-A-CG--T-GC-G--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AG-CT-G--AA--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----G-T-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-G-C--TG--TT-CT---A-A-TT-CTTG
gi|94923                      :                                                                                                                                                             T-----TT-C-A-CT----G-AC-A-----C---T-G--A--C-----C-A---T-T----C-A-CG--T-GC-G--AA-T-T--C--T-A---A-A--A--G-G-AA-CT-G--AC--A-G----T-TT-C--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----T-T-------T---A---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-C-T--TG--TT-CT---A-A-T
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gi|94925                      :                                                                                                                                                                                    -A-----C---T-G--A--C-----C-----C-T----C-G--G--T-GC-A--AA-TGT--T--T-A---ACA--A--T-GCAA-CTTG--GC--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------CG---GT-AA----T-T-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-GCC--TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
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gi|94927                      :                                                                                                                                                                                   t-A-----C---T-G--A--C-----C-A---C-T----C-G-CG--T-GC-A--AA-T-T--T--T-A---A-A--A--T-G-AA-CT-T--GC--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----TAT-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-G-C--TG--CT-CT---A-A-TT-CTTG
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gi|94939                      :                                                                                                                                                                                                                                                                      -AA-CT-G--AC--A-G----T-TTCC--A-------AAG----C--------GG---TT-AA----T-A-------A---T---A-T-----A--T-A--C---AC----A---G-A-G-C--TG--TT-