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lowQualScore                  :     9        0 00 7  8 7  22222222 8 8 66666 8 8 8   11 8 8 8   8 8    88888 11      7 9   00  8888     9 9  7 1111 11 9 666  9  9 33  33    1 1    
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Reference ( gi|59173 )        : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----GT--T-T-T--A--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59170                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-G-CC----AT--T-T-T--G--G-A-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AG
gi|59171                      : CAGT-GATTTTTTTA--A-GG-G-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AG
gi|59172                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-TG-G-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--TC--AATT-C-AGCT
gi|59180                      : CAAT-GATATTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-G----A--A-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59182                      : CAGT-GATTTTTC-A--A-GG-C-CC----AA--T-T-T--G--G-G-T-CTG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AT----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59178                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-A-CC----AG--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCT-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC---ATT-C-AGCT
gi|59174                      : CAGTTGATTTTTT-A--A-GG-G-CC----AT--T-T-TT-G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TC-C--CC--AATT-C-AG
gi|59175                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-G-CC----AT--T-T-T--T--G-G-G-TCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TC-C--CC--AATT-C-AG
gi|59181                      : CAGT-GATTTTTC-A--A-GG-C-CT----AT--T-T-A--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCTCC-T-CCC--AA----AAATT-G-TA-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59177                      : CAGT-GATTTTT--A--A-GG-G-TC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCCTT-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AG
gi|59185                      : CAGT-GATTTTTT-A--AAGG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCAC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----T--T-T---TT-CC-C--CC--AAAT-T-AGCT
gi|59186                      : CAGT-GATTTT-T-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CTC--AA----AAATT-T-AC-A----GTTT-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59183                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--A-G-T-CTG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-C-TT-G----GT-T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59187                      : CAGT-GATTTTTC-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-C-G--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CTC--AA----AAA-T-G-TC------A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59189                      : CAAT-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-C-ATC-A-GCCC-----T--TTCCCC-T-ACC--AA----AAATT-G-CC-A----G--T-T---TT-TT-TTACC--AATT-
gi|59191                      : CAGT-AATTTTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCA--A-A-A-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AG----AAATT-G-TC-AT---T--T-T---TT-TT-T--CT--AACA-T-AGCT
gi|59184                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-G-CC----A---T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-ATT-TTC-G-GCCC-----C--TTCCCC-T--CC--AA----AAATT-G-CT-ATT--T--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AGCT
gi|59192                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-ATA-G-GCCC-----T--AGCCCC-T---T--AA----AAATT-G-CC-C----A--T-T---TT-TT----CC--AATT-T-AGCT
gi|59188                      : CAGT-GATTTTTTCA--A-GG-C-CA----AT--T-T-------G-G-G-CCGGAA-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATTAG-TC-A----A----T---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59193                      : CAGT-GATTTTTT-TTTA-GG-C-CC----AC--T-T-T--G--G-G-T-CCA--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTTCCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-A----A----T---TT-TT-C--CC--AA
gi|59190                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----AT--T-A-T--G--G-G-C-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTTCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----G--T-T---
gi|59196                      : CAGT-GATTTTTT-A--AAGG-C-CC----AT--T-T-T--G--A-G-T-TCA--A-A-T-ATC-A-ATCC-----T--TTTCCC-A-CCC---A----AATTT-G-TC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGTT
gi|59194                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C-C-----AT--T-T-------G-G-T-CCG--A-A-T-TTCGG-GCCC-----T--TTCCCC-T--CC--AA----AAAT-------G----A--TAT---TT-TT-C--CC--AATTCC-AGCT
gi|59179                      : CAGT-GATCTTTA-A--A-AG-C-TC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CAA--A-A-T-TTC-A-GCCC-----TGATTCC---T-CCC--AT----AAATT-G-CC-A----T--T-T---TT-TT-C--CA--AATT-T-AGCT
gi|59198                      : CAGC-GATTTTTT-A--A-GG-C-CC----A------------------------A-A-T-TTT-G-GTCC-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-A-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-TCAGCT
gi|59197                      : CAGT-GATATTTT-A--A-AG-C-CC----AT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TTC-A-GCCCA----T--TTCTCC-T-GCC--AA----AAATT-
gi|59199                      : CAGT-GATATTTT-A--A-GG-C-TT----AT--T-T-T--G--GAG-A-ACA--G-A-T-TTC-A-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCCTAAA----AAATT---CC-A----A--C-T---GT-TT-C--CC---ATT-T-AGCT
gi|59176                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-G-CC----AT--T-T-T-----G-G-T-C--------T-ATC---------------TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TC-C--CC--AATT-C-AG
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gi|59200                      : CAGT-GATTTATT-A--A-GG-C-CC-----C--T-A-C--G--G-G-T-CCT--A-A-T-ATC-G-GCAC-----T--TTCCCT-T-GCC--AA----AAATT-G-TA-G----A----T---TT-TC-C--CC--AA
gi|59201                      : CAGT-GATGTTT-----A-GG-C-CCAA--GT--T-A-T--G--G-G-T-CCG--A-A-TGTTT-G-GCCCC----T--TTCCCC-T-CCC---C----AAATT-T-CC-A----C--T-TGTATT-AT-C--CC--AAT
gi|59205                      : CAGT-GTTTTTTT-T--G-GG-C-CC----GA--T-T-T--G--G-G-G-CCG--A-T-A-TTC-G-GCC-----------CCAG-T-CCC--AATCCTAAATT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59204                      : CAGT-GATTTTTT-A--A-GG-C---------------------------CCG--A-A-T-GTC-G-GCTC-----T--TT-CCT-T-CCC--AA----AAATT-
gi|59203                      : CAGT-GATTTATC-A--A-GG-C-CC----A-------T--AGGG-G-T-CCT--A-A-T-AT--G-GCAC-----A--TTCCCT-T-GCC--AA----AGATT-G--T-A----G--T-T---TT-TT-A--CC--AA
gi|59206                      : CAGT-GATTTTTTCA--A-GG-C-CC----ATATT-T-T--G--G-G-T-CCG--A-A-T-TT--A-GCTCGCATTT--TTCTCA-T---T--AA----AAATT-
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gi|59202                      : CAGT-GATTTTTTTC--G-GG-C-CA----AT--A-A-T--G--G-G-T----------------G-G--------T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-GG-T----A--T-T---TT-TT-C--CC--AAT
gi|59207                      : CAGT-G-TTTTTT-G----GG-CGCC----AT--T-T-------G-G-G-CCG--A-T-A-TTC-G-GCCC-----C--AGCCAA-T-CCT--AA----A--TT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59209                      :  AGT-GATTTT-T-A--A-GG-C-CC----AT--T-T-G--G--G-G-T-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCA-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TTCC--CC--AATT-G-AACT
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gi|59212                      :  AGT-GATTTGT-----A-GG-C-CA----AA--T-TAT--G--G-G-T-CCG--A-G-T-TGT-T-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-T-CC-CTTGTA--T-T---TA-TC-C--CT--AATA-T-
gi|59213                      :   GT-GATTTT---A--A-GG-C-CC----AT--T-T-T--G--T-G-T-CCG--A-A-T-TGC-A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-G-CC-A----A----T---TT-TC-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59214                      :   GT-GATTTTT--A--A-GG-C-TC----AT--T-T-TAAA--G-G-C-TC-----A-T-TTC-G-GATC-----T--TTCCTC-TGCCC--AA----AAA-T-G-CC-A----A--T-T---AT-TC-C--TT--CATT-T-AGCT
gi|59215                      :    T-GATTTTTT-AT-A-GG-C-CCCAGTAT--T-T-T--G--G-G-T-CCG--ATA-T-----A-GACC-----T--TTCCCT-T-C----------AAATT-GACC-A----A--T-T---TT-TT-T--CCCAAATT-T-AACT
gi|59216                      :     -GATTTTTT-A--A-GGGC-CT----AT--TGT-T--G--G-G-T-CCG--A-----TTC-G----C-----T--TTCCCC-T-CC---AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-CG-CC--AATT-A-AG
gi|59217                      :         TTTTT-A--A-GG-CACC----AAA-T-T-T--G--G-G-TTCCG--A-A-A-T---A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC------A--T-T---TT-TT-
gi|59218                      :             T-A--A-GG-C-CCC---AA--T-T-T--G--G-G-T-CTG--A---T-ATA-GTGCCC-----T--T-CTCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-C----A----T---TT-CC-C--CC--ACTT-T-AGCT





Alignments
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Reference ( family-379 )      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59170                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-G-CC----A--T--T-T-T---GG-AT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AG
gi|59171                      : CAGT-GA-TTTTTTTA--A-GG-G-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AG
gi|59172                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-TG-G-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--TC--AATT-C-AGCT
gi|59173                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----G--T--T-T-T---AG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59174                      : CAGTTGA-TTTTTT-A--A-GG-G-CC----A--T--T-T-TT--GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TC-C--CC--AATT-C-AG
gi|59175                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-G-CC----AT-T--T-T-T---GG-GT--CG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TC-C--CC--AATT-C-AG
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gi|59178                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-A-CC----A--G--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCT-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--CC---ATT-C-AGCT
gi|59179                      : CAGT-GA-TCTTTA-A--A-AG-C-TC----A--T--T-T-T---GG-GT-CAA--A-A-T-TTC-A-GCCC-----TGATT--CC-T-CCC--AT----AAATT-G-CC-A----T--T-T---TT-TT-C--CA--AATT-T-AGCT
gi|59180                      : CAAT-GA-TATTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-G----A--A-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59181                      : CAGT-GA-TTTTTC-A--A-GG-C-CT----A--T--T-T-A---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCTCC-T-CCC--AA----AAATT-G-TA-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59182                      : CAGT-GA-TTTTTC-A--A-GG-C-CC----A--A--T-T-T---GG-GT-CTG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AT----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59183                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GA-GT-CTG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-C-TT-G----GT-T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59184                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-G-CC----A-----T-T-T---GG-GT-CCG--A-ATT-TTC-G-GCCC-----C--TTCCCC-T--CC--AA----AAATT-G-CT-ATT--T--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AGCT
gi|59185                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--AAGG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCAC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----T--T-T---TT-CC-C--CC--AAAT-T-AGCT
gi|59186                      : CAGT-GA-TTTT-T-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CTC--AA----AAATT-T-AC-A----GTTT-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59187                      : CAGT-GA-TTTTTC-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-C-G--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CTC--AA----AAA-T-G-TC------A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59188                      : CAGT-GA-TTTTTTCA--A-GG-C-CA----A--T--T-T-----GG-G--CCGGAA-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATTAG-TC-A----A----T---TT-TT-C--CC--AATT-T-ACCT
gi|59189                      : CAAT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-C-ATC-A-GCCC-----T--TTCCCC-T-ACC--AA----AAATT-G-CC-A----G--T-T---TT-TT-TTACC--AATT-
gi|59190                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-A-T---GG-GC-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTTCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----G--T-T---
gi|59191                      : CAGT-AA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCA--A-A-A-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AG----AAATT-G-TC-AT---T--T-T---TT-TT-T--CT--AACA-T-AGCT
gi|59192                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-ATA-G-GCCC-----T--AGCCCC-T---T--AA----AAATT-G-CC-C----A--T-T---TT-TT----CC--AATT-T-AGCT
gi|59193                      : CAGT-GA-TTTTTT-TTTA-GG-C-CC----A--C--T-T-T---GG-GT-CCA--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTTCCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-A----A----T---TT-TT-C--CC--AA
gi|59194                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-C-----A--T--T-T------G-GT-CCG--A-A-T-TTCGG-GCCC-----T--TTCCCC-T--CC--AA----AAAT-------G----A--TAT---TT-TT-C--CC--AATTCC-AGCT
gi|59195                      : CAGT-GA-TTTTTTAA--A-GG-G-CC----A-----T-T-T---GG-GA-CCG--A-A-A-TTC---GCCC-----T--TTCCCT-C-CAA--AA----AAATT-G-TT-A----AT-T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AG
gi|59196                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--AAGG-C-CC----A--T--T-T-T---GA-GT-TCA--A-A-T-ATC-A-ATCC-----T--TTTCCC-A-CCC---A----AATTT-G-TC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGTT
gi|59197                      : CAGT-GA-TATTTT-A--A-AG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-A-GCCCA----T--TTCTCC-T-GCC--AA----AAATT-
gi|59198                      : CAGC-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A------------------------A-A-T-TTT-G-GTCC-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-A-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-TCAGCT
gi|59199                      : CAGT-GA-TATTTT-A--A-GG-C-TT----A--T--T-T-T---GGAGA-ACA--G-A-T-TTC-A-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCCTAAA----AAATT---CC-A----A--C-T---GT-TT-C--CC---ATT-T-AGCT
gi|59200                      : CAGT-GA-TTTATT-A--A-GG-C-CC-------C--T-A-C---GG-GT-CCT--A-A-T-ATC-G-GCAC-----T--TTCCCT-T-GCC--AA----AAATT-G-TA-G----A----T---TT-TC-C--CC--AA
gi|59201                      : CAGT-GA-TGTTT-----A-GG-C-CC----AAGT--T-A-T---GG-GT-CCG--A-A-TGTTT-G-GCCCC----T--TTCCCC-T-CCC---C----AAATT-T-CC-A----C--T-TGTATT-AT-C--CC--AAT
gi|59202                      : CAGT-GATTTTTTT-C--G-GG-C-CA----A--T--A-A-T---GG-GT----------------G-G--------T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-GG-T----A--T-T---TT-TT-C--CC--AAT
gi|59203                      : CAGT-GA-TTTATC-A--A-GG-C-CC----A-----T-A-G---GG-GT-CCT--A-A-T-AT--G-GCAC-----A--TTCCCT-T-GCC--AA----AGATT-G--T-A----G--T-T---TT-TT-A--CC--AA
gi|59204                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C---------------------------CCG--A-A-T-GTC-G-GCTC-----T--TT-CCT-T-CCC--AA----AAATT-
gi|59205                      : CAGT-GT-TTTTTT-T--G-GG-C-CC----G--A--T-T-T---GG-GG-CCG--A-T-A-TTC-G-GCC-----------CCAG-T-CCC--AATCCTAAATT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59206                      : CAGT-GA-TTTTTTCA--A-GG-C-CC----A--TATT-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TT--A-GCTCGCATTT--TTCTCA-T---T--AA----AAATT-
gi|59207                      : CAGT-G--TTTTTT-G----GG-CGCC----A--T--T-T-----GG-G--CCG--A-T-A-TTC-G-GCCC-----C--AGCCAA-T-CCT--AA----A--TT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59208                      : CAGT-GT-TTTTTTTG--G-GG-C-CCT---G--T--T-T-T---GG-GG-C-G--A-T-A-TTC-G-CCCC-----A--GTCCCAAT-CCTT-AA----AAATT-T-CCTA----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATC-T-
gi|59209                      :  AGT-GA-TTTT-T-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-G---GG-GT-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCA-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TTCC--CC--AATT-G-AACT
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gi|59214                      :   GT-GA-TTTTT--A--A-GG-C-TC----A--T--T-T-TAAAGG-CT-C------A-T-TTC-G-GATC-----T--TTCCTC-TGCCC--AA----AAA-T-G-CC-A----A--T-T---AT-TC-C--TT--CATT-T-AGCT
gi|59215                      :    T-GA-TTTTTT-AT-A-GG-C-CCCAGTA--T--T-T-T---GG-GT-CCG--ATA-T-----A-GACC-----T--TTCCCT-T-C----------AAATT-GACC-A----A--T-T---TT-TT-T--CCCAAATT-T-AACT
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gi|59218                      :              T-A--A-GG-C-CCC---A--A--T-T-T---GG-GT-CTG--A---T-ATA-GTGCCC-----T--T-CTCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-C----A----T---TT-CC-C--CC--ACTT-T-AGCT





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Reference ( family-379 )      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
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gi|59193                      : CAGT-GA-TTTTTT-TTTA-GG-C-CC----A--C--T-T-T---GG-GT-CCA--A-A-T-TTT-G-GCCC-----T--TTTCCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-A----A----T---TT-TT-C--CC--AA
gi|59194                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-C-----A--T--T-T------G-GT-CCG--A-A-T-TTCGG-GCCC-----T--TTCCCC-T--CC--AA----AAAT-------G----A--TAT---TT-TT-C--CC--AATTCC-AGCT
gi|59195                      : CAGT-GA-TTTTTTAA--A-GG-G-CC----A-----T-T-T---GG-GA-CCG--A-A-A-TTC---GCCC-----T--TTCCCT-C-CAA--AA----AAATT-G-TT-A----AT-T-T---TT-TT-C--CC--AATT-C-AG
gi|59196                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--AAGG-C-CC----A--T--T-T-T---GA-GT-TCA--A-A-T-ATC-A-ATCC-----T--TTTCCC-A-CCC---A----AATTT-G-TC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGTT
gi|59197                      : CAGT-GA-TATTTT-A--A-AG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-A-GCCCA----T--TTCTCC-T-GCC--AA----AAATT-
gi|59198                      : CAGC-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A------------------------A-A-T-TTT-G-GTCC-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-A-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-TCAGCT
gi|59199                      : CAGT-GA-TATTTT-A--A-GG-C-TT----A--T--T-T-T---GGAGA-ACA--G-A-T-TTC-A-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCCTAAA----AAATT---CC-A----A--C-T---GT-TT-C--CC---ATT-T-AGCT
gi|59200                      : CAGT-GA-TTTATT-A--A-GG-C-CC-------C--T-A-C---GG-GT-CCT--A-A-T-ATC-G-GCAC-----T--TTCCCT-T-GCC--AA----AAATT-G-TA-G----A----T---TT-TC-C--CC--AA
gi|59201                      : CAGT-GA-TGTTT-----A-GG-C-CC----AAGT--T-A-T---GG-GT-CCG--A-A-TGTTT-G-GCCCC----T--TTCCCC-T-CCC---C----AAATT-T-CC-A----C--T-TGTATT-AT-C--CC--AAT
gi|59202                      : CAGT-GATTTTTTT-C--G-GG-C-CA----A--T--A-A-T---GG-GT----------------G-G--------T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-GG-T----A--T-T---TT-TT-C--CC--AAT
gi|59203                      : CAGT-GA-TTTATC-A--A-GG-C-CC----A-----T-A-G---GG-GT-CCT--A-A-T-AT--G-GCAC-----A--TTCCCT-T-GCC--AA----AGATT-G--T-A----G--T-T---TT-TT-A--CC--AA
gi|59204                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C---------------------------CCG--A-A-T-GTC-G-GCTC-----T--TT-CCT-T-CCC--AA----AAATT-
gi|59205                      : CAGT-GT-TTTTTT-T--G-GG-C-CC----G--A--T-T-T---GG-GG-CCG--A-T-A-TTC-G-GCC-----------CCAG-T-CCC--AATCCTAAATT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59206                      : CAGT-GA-TTTTTTCA--A-GG-C-CC----A--TATT-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TT--A-GCTCGCATTT--TTCTCA-T---T--AA----AAATT-
gi|59207                      : CAGT-G--TTTTTT-G----GG-CGCC----A--T--T-T-----GG-G--CCG--A-T-A-TTC-G-GCCC-----C--AGCCAA-T-CCT--AA----A--TT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59208                      : CAGT-GT-TTTTTTTG--G-GG-C-CCT---G--T--T-T-T---GG-GG-C-G--A-T-A-TTC-G-CCCC-----A--GTCCCAAT-CCTT-AA----AAATT-T-CCTA----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATC-T-
gi|59209                      :  AGT-GA-TTTT-T-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-G---GG-GT-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCA-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TTCC--CC--AATT-G-AACT
gi|59210                      :  AGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-T-CC----G--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCC
gi|59211                      :  AGT-AA-TTTTT--A--A-GG-C-CC----G--T--T-T-----GG-CT-CTG--A-A-A-TTC-A-ACAT-----T--TTCCCT-T-CC---AA----AAATT-G--T-A----A--T-T---TTCCC-C--CC--AATT-T-AACT
gi|59212                      :  AGT-GA-TTTGT-----A-GG-C-CA----A--A--T-TAT---GG-GT-CCG--A-G-T-TGT-T-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-T-CC-CTTGTA--T-T---TA-TC-C--CT--AATA-T-
gi|59213                      :   GT-GA-TTTT---A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GT-GT-CCG--A-A-T-TGC-A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-G-CC-A----A----T---TT-TC-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59214                      :   GT-GA-TTTTT--A--A-GG-C-TC----A--T--T-T-TAAAGG-CT-C------A-T-TTC-G-GATC-----T--TTCCTC-TGCCC--AA----AAA-T-G-CC-A----A--T-T---AT-TC-C--TT--CATT-T-AGCT
gi|59215                      :    T-GA-TTTTTT-AT-A-GG-C-CCCAGTA--T--T-T-T---GG-GT-CCG--ATA-T-----A-GACC-----T--TTCCCT-T-C----------AAATT-GACC-A----A--T-T---TT-TT-T--CCCAAATT-T-AACT
gi|59216                      :     -GA-TTTTTT-A--A-GGGC-CT----A--T--TGT-T---GG-GT-CCG--A-----TTC-G----C-----T--TTCCCC-T-CC---AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-CG-CC--AATT-A-AG
gi|59217                      :          TTTTT-A--A-GG-CACC----A--AA-T-T-T---GG-GTTCCG--A-A-A-T---A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC------A--T-T---TT-TT-
gi|59218                      :              T-A--A-GG-C-CCC---A--A--T-T-T---GG-GT-CTG--A---T-ATA-GTGCCC-----T--T-CTCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-C----A----T---TT-CC-C--CC--ACTT-T-AGCT


blockSeqs                     :               T TT A    G  CAGT AGT       AAA         GA                GCATT GA      T     TA  TCCT          T TTGT TT   GTA       TA  CA    C C
blockSeqs                     :               C T  A    A  T    TAT       T           .                 A     .       A     T   .             T TT   T    .         G   .     . .
blockSeqs                     :               A .  .    .  C    TT        .           .                 C     .       .     .   .             T T    T    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               C .  .    .  .    AA        .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               T .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    G         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    A         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    C         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    C         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    A         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     . .
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blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .     .  
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    A         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .        
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .        
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .        
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .        
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    T         .           .                 .     .       .     .   .             . .    .    .         .   .        
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blockSeqs                     :               . .  .    .  .    .         .           .                 .     .       .     .   .                                                
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blockSeqs                     :               . .  .    .  .    .         .           .                 .     .       .     .   .                                                
blockSeqs                     :               . .  .    .  .    .         .           .                 .     .                                                                  


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originalCons                  : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
finalCons                     : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT





Alignments
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Reference ( family-379 )      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC-A----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATT-T-AGCT
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gi|59172                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-TG-G-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-C--TC--AATT-C-AGCT
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gi|59197                      : CAGT-GA-TATTTT-A--A-AG-C-CC----A--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-A-GCCCA----T--TTCTCC-T-GCC--AA----AAATT-
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gi|59203                      : CAGT-GA-TTTATC-A--A-GG-C-CC----A-----T-A-G---GG-GT-CCT--A-A-T-AT--G-GCAC-----A--TTCCCT-T-GCC--AA----AGATT-G--T-A----G--T-T---TT-TT-A--CC--AA
gi|59204                      : CAGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-C---------------------------CCG--A-A-T-GTC-G-GCTC-----T--TT-CCT-T-CCC--AA----AAATT-
gi|59205                      : CAGT-GT-TTTTTT-T--G-GG-C-CC----G--A--T-T-T---GG-GG-CCG--A-T-A-TTC-G-GCC-----------CCAG-T-CCC--AATCCTAAATT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59206                      : CAGT-GA-TTTTTTCA--A-GG-C-CC----A--TATT-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TT--A-GCTCGCATTT--TTCTCA-T---T--AA----AAATT-
gi|59207                      : CAGT-G--TTTTTT-G----GG-CGCC----A--T--T-T-----GG-G--CCG--A-T-A-TTC-G-GCCC-----C--AGCCAA-T-CCT--AA----A--TT-T-CCTA----A--T-A---TT-TT-C--CC--AATT-T-
gi|59208                      : CAGT-GT-TTTTTTTG--G-GG-C-CCT---G--T--T-T-T---GG-GG-C-G--A-T-A-TTC-G-CCCC-----A--GTCCCAAT-CCTT-AA----AAATT-T-CCTA----A--T-T---TT-TT-C--CC--AATC-T-
gi|59209                      :  AGT-GA-TTTT-T-A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-G---GG-GT-CCA--A-A-T-TTC-G-GCCA-----T--TTTCCC-T-CCC--CA----AAATT-G-TC-A----A--T-T---TT-TTCC--CC--AATT-G-AACT
gi|59210                      :  AGT-GA-TTTTTT-A--A-GG-T-CC----G--T--T-T-T---GG-GT-CCG--A-A-T-TTC-G-GCCC-----T--TTCCC
gi|59211                      :  AGT-AA-TTTTT--A--A-GG-C-CC----G--T--T-T-----GG-CT-CTG--A-A-A-TTC-A-ACAT-----T--TTCCCT-T-CC---AA----AAATT-G--T-A----A--T-T---TTCCC-C--CC--AATT-T-AACT
gi|59212                      :  AGT-GA-TTTGT-----A-GG-C-CA----A--A--T-TAT---GG-GT-CCG--A-G-T-TGT-T-GCCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-T-CC-CTTGTA--T-T---TA-TC-C--CT--AATA-T-
gi|59213                      :   GT-GA-TTTT---A--A-GG-C-CC----A--T--T-T-T---GT-GT-CCG--A-A-T-TGC-A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AATTT-G-CC-A----A----T---TT-TC-C--CC--AATT-T-AGCT
gi|59214                      :   GT-GA-TTTTT--A--A-GG-C-TC----A--T--T-T-TAAAGG-CT-C------A-T-TTC-G-GATC-----T--TTCCTC-TGCCC--AA----AAA-T-G-CC-A----A--T-T---AT-TC-C--TT--CATT-T-AGCT
gi|59215                      :    T-GA-TTTTTT-AT-A-GG-C-CCCAGTA--T--T-T-T---GG-GT-CCG--ATA-T-----A-GACC-----T--TTCCCT-T-C----------AAATT-GACC-A----A--T-T---TT-TT-T--CCCAAATT-T-AACT
gi|59216                      :     -GA-TTTTTT-A--A-GGGC-CT----A--T--TGT-T---GG-GT-CCG--A-----TTC-G----C-----T--TTCCCC-T-CC---AA----AAATT-G-CT-A----A--T-T---TT-TT-CG-CC--AATT-A-AG
gi|59217                      :          TTTTT-A--A-GG-CACC----A--AA-T-T-T---GG-GTTCCG--A-A-A-T---A-ACCC-----T--TTCCCC-T-CCC--AA----AAATT-G-CC------A--T-T---TT-TT-
gi|59218                      :              T-A--A-GG-C-CCC---A--A--T-T-T---GG-GT-CTG--A---T-ATA-GTGCCC-----T--T-CTCC-T-CAC--AA----AAATT-G-CC-C----A----T---TT-CC-C--CC--ACTT-T-AGCT