lowQualScore : 222
lowQualScore : 000 1 4 111 444 333333 3 11 0 77 222 0 0 0 1
lowQualScore : ... . . ... ... ...... . .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 222 1 1 777 666 777777 4 11 9 66 333 9 9 6 1
consensus : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AAAT--AA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
Reference ( gi|113130 ) : GTATTGATCTTTTA-TCACAC---AAAC--AA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113124 : GTATTGATCATATG-TTGTAC---AAAC--AA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACT---GG-CAG-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113128 : GTATTGATCATATG-TCACAC---AAAT--AA------GGAATAGGCA--AAT-GACTGACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGTTT-ATTT
gi|113126 : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AAAC--AA------GGAATAGGCA--AAT-GACTTATT---GG-CTA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113131 : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AAAC--AA------GGAATAAGGA--AGT-GACGAACT---GG-CGA-AAGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113136 : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AAAT--AA------GGAATAGACA--AGT-GAATGACA---G-------GGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113135 : GTATTGCTCTTCAA-TCTCAC---AAAT--AA------GGAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---AG-CAA-AAGTTGCTCAAGGTC-ATTT
gi|113134 : GTGTTGACAATATG-TCGCAC---AGAT--AA------GTAATAGGCA--AAT-GATTAACG---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTCAATTT
gi|113142 : GTATTAATCATATA-TCCCAC---AGAT--AA------GTAACAAGCA--AAT-GGGTTTCA---GG-CAA-AGGTTACTCAAGGTC-ATTT
gi|113132 : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AGAT--AT------GGGATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTC
gi|113133 : GTATTCATTATATG-TCACAG---AGAC--AA------GGAATAGGAA--AGT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGT
gi|113129 : GTATTGATCATGTA-TCACAC---AAAT--AA------GTAAGAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGGTGATCAAAGGTC-ATTT
gi|113145 : GTATTGATCAT--G-TCACAC---AAAT--AA------GGAACAAGGA--AA--GTTTGACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTC-AT
gi|113149 : GTATTGATCATATA-TCATAC---AAAT--AA------GTAATAGACA--CAT-GGCTTTCA---GA-TAG-AAGTCATTTAAGGTC-ATTT
gi|113152 : GTATTGATCATATA-TCACAT---AGAT--AA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113151 : GTATTGATCATATA-TCACAT---AGAT--AA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113125 : GTATTGATCATATA-TCACAC---AAAT--AA------GTAACTAGCA--AAT-TACTTTCA---GT-CAA-AGGTGACTTCAGGTC-ATTT
gi|113153 : GTATTGATCATATA-TCAGAC---AAAT--AA------GAAAGAGGCA--AAT-GGATTTTA---GT-CAA-AAGTTAGTCAAGGTC-ATTT
gi|113146 : GTATTGATCACATG-TCACAC---AAAT--AA------GTAATAGAC---AAT-GACT--TG---GA-CAG-AGGTCACTATAGGTC-ATTT
gi|113137 : GTATTGATCATATA-TCACAC---AAAT--AAATACATGTAATAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGATGACTCGA-GTC-ATTT
gi|113154 : GTATTGATCATGTA-TCCCAC---AAAT--AA------GTAATGGGCA--AAT-GGTTTTTA---GT-CTA-AAGTTACTCAATGTC-ATTT
gi|113150 : GTATTGAAGATGTA-TCCCAC---AAAT--AA------GTAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---GG-TAA-AAGTTAC-CAAGGTC-ATTT
gi|113147 : GCATTGATTATATG-TCACACGTCAAAT--AA------GTAACAGGCA--AAT-GGCTTTCA---GA-CAA-AGGTCACTTGAGGT
gi|113127 : GTATTGATGATGTA-TCCCAC---AAAT--AA------GTAACAGACA--AAT-GGGTTTCA---GG-TTA-AAGTTACTCAAGATC-ATTT
gi|113138 : GTATTGACCATATG-TTGCAC---AAAT--AA------GAAATAGGC---AAT-GACTAGCA---GG-CAC-AGATCA
gi|113156 : GTACTGATCATATAGTC-CAC---AAAC--A-------------GGCA--AAT-GAATTTCG---GG-CAA-AAGTTACTCAAGGTC-ATTT
gi|113160 : GTAATGATCATATA-TTCCAC---AAAT--AA------ATAACAGGCA--AAT-GAATTTCA---GG-CAA-AAAT-AGTCAAGGTC-ATT
gi|113140 : GTATTGATCATATG-TTGCAC---AAAT--AA------GTAATAGGTG--AAT-TACTGTCA---GGAAAA-AAGTCACACATCGTC-ATTT
gi|113143 : GTACTGACCATATC-TCGCAC---AAAT--AA------GGAATAAGCA--AAT-GACTGACA---G
gi|113144 : GTATTGATTATATA-TCCCAC---AAAT--GA------GTATCAGACA--AAT-GGTTTTCA---GG-CAA-AGGTTAC
gi|113155 : GTATTGATCATATG-TCGCAC---AAAT--AA------GTAACAGGCA--AA
gi|113162 : ATTGATCATATG-TCACAC---AAGT--AA------GAAAT-GGCA--AAT-GACTGACAG--GG-GAA-AGGCC
gi|113157 : TGATATTTTG----CAC---AACT--TA------AGAATTGGCA--TAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTTATAGTC-ATTT
gi|113148 : gtaatgaTGATATTTTG----CAC---AACT--TC------GGAATTGGCA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113158 : gtactgaTGATATTTTG----CAC---AAACTTAA------GAATTGGGCA--TATTGACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113159 : gtaatgaTG-TCGTAC---AAAT--AAC-----GGAATAGGCA--A-T-GACTAACT---GG-CA
gi|113167 : gtattgatcaatataatgctata-TCGCTC---AAAT--GA------AGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---AA-CTA-AGGTCACTCATGGTA-AT
gi|113168 : CAC---AAAC--AA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAATT---GA-CGA-AGGTCACACAAGGTA-AT
gi|113161 : CAC---AAAT--AA------GCAATAGGTGGCAAT-GACTAACA---GG-CAATACGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113165 : tgttgatcaatgtgcCAC---ATAT--AA------GGAATACGTA--AAA-GACTAACA---GA-CAA-AGGTCACCCAAGTTC-ATTT
gi|113141 : ttacatgttgAC---AACT--AA------GGAATAGGTA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTCATGGTC-AGTT
gi|113139 : gtatctataatatatagtAC---AAAT--AA------GTAATAGGCA--AAT-GATTGTCA---GA-CAA-ATGTCACTCAAGGTC-ATTTt
gi|113166 : gtgttgatatatgttga---AAAT--AA------AGAATGGGCA--AAT-GACTAACAGCTGG-CAA-AGGTCA
gi|113169 : atatgtctgaaAATAGGCA--AAT-GACTGACA---GG-CAA-AGGTCACGCAAGGTC-ATTT
gi|113170 : AGTAGGCA--AGT-GACTATCT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113171 : TAGACA--AAT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113172 : TAAACA--AAT-AATAAACA---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113164 : GGCA--TAT-GGCTAACA---GG-CAA-AGATCACTCGAGGTT-ATTT
gi|113163 : ttgatcatatgtcgcacgCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AAGTCACTCAAGGTC-ATTT
Alignments
lowQualScore : 44444444444 0 1 111 11 333333 1 11 0 22 222 0 0 0 1
lowQualScore : ........... . . ... .. ...... . .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 44444444444 9 3 666 22 444444 9 11 8 00 333 9 9 3 1
consensus : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
Reference ( family-378 ) : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113124 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGTAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACT---GG-CAG-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113125 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAACTAGCA--AAT-TACTTTCA---GT-CAA-AGGTGACTTCAGGTC-ATTT
gi|113126 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTTATT---GG-CTA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113127 : GTATTGATGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGACA--AAT-GGGTTTCA---GG-TTA-AAGTTACTCAAGATC-ATTT
gi|113128 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAA--TAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTGACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGTTT-ATTT
gi|113129 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAAGAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGGTGATCAAAGGTC-ATTT
gi|113130 : GTATTGATCT-----------TTT-ATCACAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113131 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAAGGA--AGT-GACGAACT---GG-CGA-AAGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113132 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAT------GGGATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTC
gi|113133 : GTATTCATTA-----------TAT-GTCACAG---AGA--CAA------GGAATAGGAA--AGT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGT
gi|113134 : GTGTTGACAA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTAACG---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTCAATTT
gi|113135 : GTATTGCTCT-----------TCA-ATCTCAC---AAA--TAA------GGAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---AG-CAA-AAGTTGCTCAAGGTC-ATTT
gi|113136 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAGACA--AGT-GAATGACA---G-------GGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113137 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAAATACATGTAATAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGATGACTCGA-GTC-ATTT
gi|113138 : GTATTGACCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GAAATAGGC---AAT-GACTAGCA---GG-CAC-AGATCA
gi|113139 : GTGTTGAT-A-----------TAT-GTTGAAC---AAA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTGTCA---GA-CAA-ATGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113140 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GTAATAGGTG--AAT-TACTGTCA---GGAAAA-AAGTCACACATCGTC-ATTT
gi|113141 : GTATCTATAA-----------TAT-ATAGTAC---AAC--TAA------GGAATAGGTA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTCATGGTC-AGTT
gi|113142 : GTATTAATCA-----------TAT-ATCCCAC---AGA--TAA------GTAACAAGCA--AAT-GGGTTTCA---GG-CAA-AGGTTACTCAAGGTC-ATTTt
gi|113143 : GTACTGACCA-----------TAT-CTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAAGCA--AAT-GACTGACA---G
gi|113144 : GTATTGATTA-----------TAT-ATCCCAC---AAA--TGA------GTATCAGACA--AAT-GGTTTTCA---GG-CAA-AGGTTAC
gi|113145 : GTATTGATCA-----------T---GTCACAC---AAA--TAA------GGAACAAGGA--AA--GTTTGACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTC-AT
gi|113146 : GTATTGATCA-----------CAT-GTCACAC---AAA--TAA------GTAATAGAC---AAT-GACTTG-----GA-CAG-AGGTCACTATAGGTC-ATTT
gi|113147 : GCATTGATTA-----------TAT-GTCACACGTCAAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GGCTTTCA---GA-CAA-AGGTCACTTGAGGT
gi|113148 : GTACTGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTC------GGAATTGGCA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113149 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCATAC---AAA--TAA------GTAATAGACA--CAT-GGCTTTCA---GA-TAG-AAGTCATTTAAGGTC-ATTT
gi|113150 : GTATTGAAGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---GG-TAA-AAGTTAC-CAAGGTC-ATTT
gi|113151 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113152 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113153 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCAGAC---AAA--TAA------GAAAGAGGCA--AAT-GGATTTTA---GT-CAA-AAGTTAGTCAAGGTC-ATTT
gi|113154 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAATGGGCA--AAT-GGTTTTTA---GT-CTA-AAGTTACTCAATGTC-ATTT
gi|113155 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AA
gi|113156 : GTACTGATCA-----------TATAGTC-CAC---AAA--CA-------------GGCA--AAT-GAATTTCG---GG-CAA-AAGTTACTCAAGGTC-ATTT
gi|113157 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTA------AGAATTGGCA--TAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTTATAGTC-ATTT
gi|113158 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAACTTAA------GAATTGGGCA--TATTGACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113159 : GTATTGATCAATATAATGCTATAT-GTCGTAC---AAA--TAAC-----GGAATAGGC---AAT-GACTAACT---GG-CA
gi|113160 : GTAATGATCA-----------TAT-ATTCCAC---AAA--TAA------ATAACAGGCA--AAT-GAATTTCA---GG-CAA-AAAT-AGTCAAGGTC-ATT
gi|113161 : TGTTGATCA------------AT-GTGCCAC---AAA--TAA------GCAATAGGTGGCAAT-GACTAACA---GG-CAATACGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113162 : ATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAG--TAA------GAAAT-GGCA--AAT-GACTGACAG--GG-GAA-AGGCC
gi|113163 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--T------------------------GACTAACA---GG-CAA-AAGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113164 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---G-------------------GGCA--TAT-GGCTAACA---GG-CAA-AGATCACTCGAGGTT-ATTT
gi|113165 : TTA-----------CAT-GTTGCAC---ATA--TAA------GGAATACGTA--AAA-GACTAACA---GA-CAA-AGGTCACCCAAGTTC-ATTT
gi|113166 : A-----------TAT-GTCTGAA---AAA--TAA------AGAATGGGCA--AAT-GACTAACAGCTGG-CAA-AGGTCA
gi|113167 : TCGCTC---AAA--TGA------AGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---AA-CTA-AGGTCACTCATGGTA-AT
gi|113168 : CAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAATT---GA-CGA-AGGTCACACAAGGTA-AT
gi|113169 : AATAGGCA--AAT-GACTGACA---GG-CAA-AGGTCACGCAAGGTC-ATTT
gi|113170 : AGTAGGCA--AGT-GACTATCT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113171 : TAGACA--AAT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113172 : TAAACA--AAT-AATAAACA---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
Alignments
lowQualScore : 44444444444 0 1 111 11 333333 1 11 0 22 222 0 0 0 1
lowQualScore : ........... . . ... .. ...... . .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 44444444444 9 3 666 22 444444 9 11 8 00 333 9 9 3 1
consensus : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
Reference ( family-378 ) : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113124 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGTAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACT---GG-CAG-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113125 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAACTAGCA--AAT-TACTTTCA---GT-CAA-AGGTGACTTCAGGTC-ATTT
gi|113126 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTTATT---GG-CTA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113127 : GTATTGATGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGACA--AAT-GGGTTTCA---GG-TTA-AAGTTACTCAAGATC-ATTT
gi|113128 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAA--TAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTGACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGTTT-ATTT
gi|113129 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAAGAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGGTGATCAAAGGTC-ATTT
gi|113130 : GTATTGATCT-----------TTT-ATCACAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113131 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAAGGA--AGT-GACGAACT---GG-CGA-AAGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113132 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAT------GGGATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTC
gi|113133 : GTATTCATTA-----------TAT-GTCACAG---AGA--CAA------GGAATAGGAA--AGT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGT
gi|113134 : GTGTTGACAA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTAACG---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTCAATTT
gi|113135 : GTATTGCTCT-----------TCA-ATCTCAC---AAA--TAA------GGAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---AG-CAA-AAGTTGCTCAAGGTC-ATTT
gi|113136 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAGACA--AGT-GAATGACA---G-------GGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113137 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAAATACATGTAATAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGATGACTCGA-GTC-ATTT
gi|113138 : GTATTGACCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GAAATAGGC---AAT-GACTAGCA---GG-CAC-AGATCA
gi|113139 : GTGTTGAT-A-----------TAT-GTTGAAC---AAA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTGTCA---GA-CAA-ATGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113140 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GTAATAGGTG--AAT-TACTGTCA---GGAAAA-AAGTCACACATCGTC-ATTT
gi|113141 : GTATCTATAA-----------TAT-ATAGTAC---AAC--TAA------GGAATAGGTA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTCATGGTC-AGTT
gi|113142 : GTATTAATCA-----------TAT-ATCCCAC---AGA--TAA------GTAACAAGCA--AAT-GGGTTTCA---GG-CAA-AGGTTACTCAAGGTC-ATTTt
gi|113143 : GTACTGACCA-----------TAT-CTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAAGCA--AAT-GACTGACA---G
gi|113144 : GTATTGATTA-----------TAT-ATCCCAC---AAA--TGA------GTATCAGACA--AAT-GGTTTTCA---GG-CAA-AGGTTAC
gi|113145 : GTATTGATCA-----------T---GTCACAC---AAA--TAA------GGAACAAGGA--AA--GTTTGACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTC-AT
gi|113146 : GTATTGATCA-----------CAT-GTCACAC---AAA--TAA------GTAATAGAC---AAT-GACTTG-----GA-CAG-AGGTCACTATAGGTC-ATTT
gi|113147 : GCATTGATTA-----------TAT-GTCACACGTCAAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GGCTTTCA---GA-CAA-AGGTCACTTGAGGT
gi|113148 : GTACTGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTC------GGAATTGGCA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113149 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCATAC---AAA--TAA------GTAATAGACA--CAT-GGCTTTCA---GA-TAG-AAGTCATTTAAGGTC-ATTT
gi|113150 : GTATTGAAGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---GG-TAA-AAGTTAC-CAAGGTC-ATTT
gi|113151 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113152 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113153 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCAGAC---AAA--TAA------GAAAGAGGCA--AAT-GGATTTTA---GT-CAA-AAGTTAGTCAAGGTC-ATTT
gi|113154 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAATGGGCA--AAT-GGTTTTTA---GT-CTA-AAGTTACTCAATGTC-ATTT
gi|113155 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AA
gi|113156 : GTACTGATCA-----------TATAGTC-CAC---AAA--CA-------------GGCA--AAT-GAATTTCG---GG-CAA-AAGTTACTCAAGGTC-ATTT
gi|113157 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTA------AGAATTGGCA--TAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTTATAGTC-ATTT
gi|113158 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAACTTAA------GAATTGGGCA--TATTGACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113159 : GTATTGATCAATATAATGCTATAT-GTCGTAC---AAA--TAAC-----GGAATAGGC---AAT-GACTAACT---GG-CA
gi|113160 : GTAATGATCA-----------TAT-ATTCCAC---AAA--TAA------ATAACAGGCA--AAT-GAATTTCA---GG-CAA-AAAT-AGTCAAGGTC-ATT
gi|113161 : TGTTGATCA------------AT-GTGCCAC---AAA--TAA------GCAATAGGTGGCAAT-GACTAACA---GG-CAATACGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113162 : ATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAG--TAA------GAAAT-GGCA--AAT-GACTGACAG--GG-GAA-AGGCC
gi|113163 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--T------------------------GACTAACA---GG-CAA-AAGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113164 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---G-------------------GGCA--TAT-GGCTAACA---GG-CAA-AGATCACTCGAGGTT-ATTT
gi|113165 : TTA-----------CAT-GTTGCAC---ATA--TAA------GGAATACGTA--AAA-GACTAACA---GA-CAA-AGGTCACCCAAGTTC-ATTT
gi|113166 : A-----------TAT-GTCTGAA---AAA--TAA------AGAATGGGCA--AAT-GACTAACAGCTGG-CAA-AGGTCA
gi|113167 : TCGCTC---AAA--TGA------AGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---AA-CTA-AGGTCACTCATGGTA-AT
gi|113168 : CAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAATT---GA-CGA-AGGTCACACAAGGTA-AT
gi|113169 : AATAGGCA--AAT-GACTGACA---GG-CAA-AGGTCACGCAAGGTC-ATTT
gi|113170 : AGTAGGCA--AGT-GACTATCT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113171 : TAGACA--AAT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113172 : TAAACA--AAT-AATAAACA---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
blockSeqs : ATATAATGCTA A GTC CT ATACAT T GC TT GCT A
blockSeqs : . G . . C G . TA G .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . G . GA . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . G . AA . .
blockSeqs : . G . . . G . AA . .
blockSeqs : . G . . . G . AA . .
blockSeqs : . A . . . G . AA . .
blockSeqs : . G . . . T . AA . .
blockSeqs : . T . . . G . TT . .
blockSeqs : . G . . . G . GA . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . G . . . A . AG . .
blockSeqs : . G . . . T . GT . .
blockSeqs : . G . . . T . GT . .
blockSeqs : . G . . . G . GA . .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . G . . . G . GA . .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . G . GA . .
blockSeqs : . A . . . T . TG . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . G . . . G . GA . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . T . TT . .
blockSeqs : . A . . . A . TT . .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . G . . . T . TT . .
blockSeqs : . G . . . G . GA . .
blockSeqs : . G . . . A . GA . .
blockSeqs : . G . . . G . AA . .
blockSeqs : . C . . . T . TT . .
blockSeqs : . C . . . C . AA . .
blockSeqs : . A . . . A . GA .
blockSeqs : . G . . . G . AA .
blockSeqs : . G . . . G . AA .
blockSeqs : . G . . . G . AA .
blockSeqs : . T . . . G . AA .
blockSeqs : . G . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . GA .
blockSeqs : . AT .
blockSeqs : . AA .
blockSeqs : . AA .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
finalCons : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
Alignments
lowQualScore : 44444444444 0 1 111 11 333333 1 11 0 22 222 0 0 0 1
lowQualScore : ........... . . ... .. ...... . .. . .. ... . . . .
lowQualScore : 44444444444 9 3 666 22 444444 9 11 8 00 333 9 9 3 1
consensus : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
Reference ( family-378 ) : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GNAATAGGCA--AAT-GACTNNCA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113124 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGTAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACT---GG-CAG-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113125 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAACTAGCA--AAT-TACTTTCA---GT-CAA-AGGTGACTTCAGGTC-ATTT
gi|113126 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTTATT---GG-CTA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113127 : GTATTGATGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGACA--AAT-GGGTTTCA---GG-TTA-AAGTTACTCAAGATC-ATTT
gi|113128 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAA--TAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTGACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGTTT-ATTT
gi|113129 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCACAC---AAA--TAA------GTAAGAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGGTGATCAAAGGTC-ATTT
gi|113130 : GTATTGATCT-----------TTT-ATCACAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113131 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--CAA------GGAATAAGGA--AGT-GACGAACT---GG-CGA-AAGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113132 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAT------GGGATAGGCA--AAT-GACTAACA---GG-CAA-AGGTC
gi|113133 : GTATTCATTA-----------TAT-GTCACAG---AGA--CAA------GGAATAGGAA--AGT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGT
gi|113134 : GTGTTGACAA-----------TAT-GTCGCAC---AGA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTAACG---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTCAATTT
gi|113135 : GTATTGCTCT-----------TCA-ATCTCAC---AAA--TAA------GGAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---AG-CAA-AAGTTGCTCAAGGTC-ATTT
gi|113136 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAGACA--AGT-GAATGACA---G-------GGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113137 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAC---AAA--TAAATACATGTAATAAGCA--AAT-GACTTTCA---GT-CAA-AGATGACTCGA-GTC-ATTT
gi|113138 : GTATTGACCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GAAATAGGC---AAT-GACTAGCA---GG-CAC-AGATCA
gi|113139 : GTGTTGAT-A-----------TAT-GTTGAAC---AAA--TAA------GTAATAGGCA--AAT-GATTGTCA---GA-CAA-ATGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113140 : GTATTGATCA-----------TAT-GTTGCAC---AAA--TAA------GTAATAGGTG--AAT-TACTGTCA---GGAAAA-AAGTCACACATCGTC-ATTT
gi|113141 : GTATCTATAA-----------TAT-ATAGTAC---AAC--TAA------GGAATAGGTA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTCATGGTC-AGTT
gi|113142 : GTATTAATCA-----------TAT-ATCCCAC---AGA--TAA------GTAACAAGCA--AAT-GGGTTTCA---GG-CAA-AGGTTACTCAAGGTC-ATTTt
gi|113143 : GTACTGACCA-----------TAT-CTCGCAC---AAA--TAA------GGAATAAGCA--AAT-GACTGACA---G
gi|113144 : GTATTGATTA-----------TAT-ATCCCAC---AAA--TGA------GTATCAGACA--AAT-GGTTTTCA---GG-CAA-AGGTTAC
gi|113145 : GTATTGATCA-----------T---GTCACAC---AAA--TAA------GGAACAAGGA--AA--GTTTGACA---GG-CAA-AGGTCACTCAAAGTC-AT
gi|113146 : GTATTGATCA-----------CAT-GTCACAC---AAA--TAA------GTAATAGAC---AAT-GACTTG-----GA-CAG-AGGTCACTATAGGTC-ATTT
gi|113147 : GCATTGATTA-----------TAT-GTCACACGTCAAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GGCTTTCA---GA-CAA-AGGTCACTTGAGGT
gi|113148 : GTACTGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTC------GGAATTGGCA--AAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113149 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCATAC---AAA--TAA------GTAATAGACA--CAT-GGCTTTCA---GA-TAG-AAGTCATTTAAGGTC-ATTT
gi|113150 : GTATTGAAGA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AAT-GAGTTTCA---GG-TAA-AAGTTAC-CAAGGTC-ATTT
gi|113151 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113152 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCACAT---AGA--TAA------TTAACAAGCA--AAT-GACTTTTA---GT-CAA-AGGTGACTTAAGGTC-ATTT
gi|113153 : GTATTGATCA-----------TAT-ATCAGAC---AAA--TAA------GAAAGAGGCA--AAT-GGATTTTA---GT-CAA-AAGTTAGTCAAGGTC-ATTT
gi|113154 : GTATTGATCA-----------TGT-ATCCCAC---AAA--TAA------GTAATGGGCA--AAT-GGTTTTTA---GT-CTA-AAGTTACTCAATGTC-ATTT
gi|113155 : GTATTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--TAA------GTAACAGGCA--AA
gi|113156 : GTACTGATCA-----------TATAGTC-CAC---AAA--CA-------------GGCA--AAT-GAATTTCG---GG-CAA-AAGTTACTCAAGGTC-ATTT
gi|113157 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAC--TTA------AGAATTGGCA--TAT-GACTGACA---GA-CAA-AGGTCACTTATAGTC-ATTT
gi|113158 : GTAATGATGA-----------TAT-TTTGCAC---AAACTTAA------GAATTGGGCA--TATTGACTGACA---GA-CAA-AGGTCAC
gi|113159 : GTATTGATCAATATAATGCTATAT-GTCGTAC---AAA--TAAC-----GGAATAGGC---AAT-GACTAACT---GG-CA
gi|113160 : GTAATGATCA-----------TAT-ATTCCAC---AAA--TAA------ATAACAGGCA--AAT-GAATTTCA---GG-CAA-AAAT-AGTCAAGGTC-ATT
gi|113161 : TGTTGATCA------------AT-GTGCCAC---AAA--TAA------GCAATAGGTGGCAAT-GACTAACA---GG-CAATACGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113162 : ATTGATCA-----------TAT-GTCACAC---AAG--TAA------GAAAT-GGCA--AAT-GACTGACAG--GG-GAA-AGGCC
gi|113163 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---AAA--T------------------------GACTAACA---GG-CAA-AAGTCACTCAAGGTC-ATTT
gi|113164 : TTGATCA-----------TAT-GTCGCAC---G-------------------GGCA--TAT-GGCTAACA---GG-CAA-AGATCACTCGAGGTT-ATTT
gi|113165 : TTA-----------CAT-GTTGCAC---ATA--TAA------GGAATACGTA--AAA-GACTAACA---GA-CAA-AGGTCACCCAAGTTC-ATTT
gi|113166 : A-----------TAT-GTCTGAA---AAA--TAA------AGAATGGGCA--AAT-GACTAACAGCTGG-CAA-AGGTCA
gi|113167 : TCGCTC---AAA--TGA------AGAATAGGCA--AAT-GACTAACA---AA-CTA-AGGTCACTCATGGTA-AT
gi|113168 : CAC---AAA--CAA------GGAATAGGCA--AAT-GACTAATT---GA-CGA-AGGTCACACAAGGTA-AT
gi|113169 : AATAGGCA--AAT-GACTGACA---GG-CAA-AGGTCACGCAAGGTC-ATTT
gi|113170 : AGTAGGCA--AGT-GACTATCT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113171 : TAGACA--AAT-GACTAACT---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT
gi|113172 : TAAACA--AAT-AATAAACA---GG-CAA-AGGTCACACAAGGTC-ATTT