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lowQualScore                  :              8      5 2    5 9              9   555 66 9    22222    00  00       333 22 1  9 6 9     9999  9   9 000  5 777     77 55 4    00 22222 4 8888             
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Reference ( gi|33441 )        :          TAAACACTATGTA-CCAAGT-TTGGCCCCACCCTG-GGG--TCA-G-AACC-----CCTAC-CCCGGGGATCACC-A--AATT-T-A-CAATT----TT-GGT-A-A-AG-G---CCTTCC-TGCTCTACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTT
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33477 ): ACCCAAGGGTCGTGAATTTGATAATTTTGATAGAGAGGTTCATGAACATTATAATCATGTAGTTTGATT
Unaligned ( gi|33435 ): TTTCAATATATGACCATTTAGCCCCACAATGGAGCCTAAACACACATATTTTGGTAGAGGACACTTTCCTTCTTATAAGCATGCAAGCAGTTTGATTGCTTGATGTC






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Reference ( family-376 )      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-C---CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CGAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33439                      :                   tTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTAGCCTCACCCTG-G-GA-T---CAG-AACC---C-TTAT-CCCGGGGATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCCTTC-TATCT----TGTA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33440                      :                           TATG-A-TCA-A-TTTGTCCTCACCCTG-G-TA-C---CTG-AACC---C-T---------GGGTCG-TAAA---T-A--AATA----TT-GGTAG-AG-G---
gi|33441                      :                tataTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgttcaatgtacattataattatgca
gi|33442                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-T---CAA-GACC---C-CTAC-C---GGGATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33443                      :                    TAAACCCTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CCCGAGGAACA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAG-AG-G---CCCTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33444                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTG-CCCCGCCCTG-G-G--T---CAG-AACC---C-CTA--CCCGGGGATCACCAAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CC
gi|33445                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CCAGAGGTTCA-CAAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-A---TATGCATTTAG
gi|33446                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTG-CCCCGCCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CC--GGGATCA-CCAAATTT-AACAATT----AT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33447                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---A-CTA--CCTGGGGATCA-C-AGATTT-A-TAATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----GATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33448                      :                    TAAATATTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-G-GGGT---CAG-AACC---C-CTAC-ACCGGAGATCA-CAAAATTT-A-CAACT----TT-GGTAG-AG-G---CCATCT-T
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gi|33450                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CCTGGGGATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTTg
gi|33451                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-G-G--T---CAG-A-CC---C-CTAC-CCTGGG-ATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
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gi|33453                      :                         aaTATG-A-CCA-ACTGTG-CTCCACCTTG-G-GG-C---CTC-AACT---T-TGAG-CCTATGGGTCA-TGAA--TT-A-CAATT----CT-AATAC-AG-GGTTCCTTGC-TGAT-------CA--T-A---A-T---CATGCA
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gi|33455                      :                             acatgaccatcTTTGGCCCCACCCTA-G-GG-C---CTG-CAAT---C-CTGA-CCCAGGGGTCA-TGAATTTT-A-CAATT----TT-AGTAG-AG-G---GCTTCA-TG-------GACATTT-T---ATC---CATGCATTTAGTa
gi|33456                      :                               acatggtcatTTGGCCCCACCCTA-G-GG-C---CCC-AACT---C-CAAA-CCCAGGGGTCA-TGAATTCC-A-CAATT----TT-GATAG-AG-G---ACTTCA-TAA-------ACA--T-CTTAA-T---CATGCATATAGCTT
gi|33457                      :                             atatggccataTTTGGCCCCACCCAA-G-GA-C---CTG-ACTC---C-CTGA-CCAAGGAGCCA-TGAATGTT-A-TAACT----TT-AGTAATAA-G----CTTC----ATT----TACA--T-CATAA-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33459                      :                                         TTGGCCCCACCCTA-A-AG-C---CTG-A------C-CTA------GGGGCCA-TAAATTTC-A-CAATT----TA-AGTAA-AG-T---GCTTCA-TGG-------ACA--T-C---A-TAATCATGCATTTAGTTTtatgtat
gi|33460                      :                              atataatcataTTGGTTCTACCCTA-G-GG-C---CTG-AAAA---C-CTGA-CCGAGGGGCCA-TGAATTTC-A-CAATT----TT-GATAG-AG-A---C
gi|33461                      :                 atctgaccgtaATATA-CCA-AGTTTGGCCTCACCCTG-G-A--T---CAA-AACC---T-CTAC-CTCAGGGATCG-TGAGATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AG-atctt
gi|33462                      :                                         TTGGCCCCACCCTG-G-GG-A---CTG-AACC---C-CAGA-CCCAGTGATCA-TGATTTTC-A-CAATT----TA-AGTAG-GG-A---GCTTCG-TG-------GACA--TGT---T-C---CATGCATTTAGTTTa
gi|33463                      :                atatggtcataTATGTA-CCA-AATT-GGCCCCACCCTG-G-G--T---CAG-A--C---C-CTAC-CT--AGGACC--C-AAATTT-A-CAATT----TT-GGTAA-AGCG---CCTTCCTTGCTC----TACA----C---A-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33465                      :                           TATGTA-C-A-AGTTTGGCCCCACCCTG-G-GG-A---CAG-AACC---C--TAC-CCCGGAGATCA-CCAAATTT-A-CAATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTT
gi|33466                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCAATCTG-G-GG-T---CAG-AACC---C-CTAC-CCAGGGTTTCA-CCAACTTC-A-CAATT----TT-GGTAC-AG-G---CATTCC-TCCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33473                      :                                           aGTCCCACTCTG-G-GG-C---CTG-AACC---C-TCAA-CCCAGGAGGCA-TGAATTAC-A-CAATT----TT-GGTTG-AG-G---GCTCAT-TGCTTATAATAAA--T-C----------ATGCAAATGGTTTgcc
gi|33474                      :                                     ctctTTGGCCTCACTCTA-A-GG-C---CTG-AATC---C-CTGA-TGCAGGGGCCA-TGAATTTC-A-CAATT----TT-GATGG-AA-G---gactgtttgatgtcctggagtaaatatgattttt
gi|33475                      :                                         TTAGCCCTACCTTG-A-GG-C---CTG-AACC---C-GAGA-CGCAGACTTCA-TGAATTTT-A-CAATT----TT-GATAG-AA-G---gttttatatatatatgg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33435 ): TTTCAATATATGACCATTTAGCCCCACAATGGAGCCTAAACACACATATTTTGGTAGAGGACACTTTCCTTCTTATAAGCATGCAAGCAGTTTGATTGCTTGATGTC






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lowQualScore                  :                        9      4 2   1 2               8   8 11 6 8    555 00  55  33   5   6 2  7    8  8   8888  8     8  3 222     33 77 66666    88 3 555 3 333              
consensus                     :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
Reference ( family-376 )      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33438                      :                 ttaTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCTCGTCCTG-CGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCACCGAA--TTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-T-CT-----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTgc
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gi|33441                      :                tataTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgttcaatgtacattataattatgca
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gi|33445                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCAGAGGTTCA-CAAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-A---TATGCATTTAG
gi|33446                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTG-CCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CC--GGGATCA-CCAAATTTAACA-ATT----AT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33447                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---A-CTA--CCTGGGGATCA-C-AGATTTA-TA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----GATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33448                      :                    TAAATATTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-GGGGT--CAG-AACC---C-CTAC-ACCGGAGATCA-CAAAATTTA-CA-ACT----TT-GGTAG-AG-G---CCATCT-T
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gi|33450                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCTGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTTg
gi|33451                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-GG--T--CAG-A-CC---C-CTAC-CCTGGGA-TCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33452                      :                         aaTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCAGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CTTGGGAATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAC-AG-G---CC
gi|33453                      :                         aaTATG-A-CCA-ACTGTG-CTCCACCTTG-GGG-C--CTC-AACT---T-TGAG-CCTATGGGTCA-TGAA--TTA-CA-ATT----CT-AATAC-AG-GGTTCCTTGC-TGAT-------CA--T-A---A-T---CATGCA
gi|33454                      :                                        aTTGGCACCACCCTG-AGG-T--ATG-AACC---C-TAAC--------GTCA-TGAATTTTA-GA-ACT----TT-GGTAG-AG-aacagcttgactatttgatgttcaggagtaaa
gi|33455                      :                             acatgaccatcTTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CTG-CAAT---C-CTGA-CCCAGGGGTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AG-G---GCTTCA-TG-------GACATTT-T---ATC---CATGCATTTAGTa
gi|33456                      :                               acatggtcatTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CCC-AACT---C-CAAA-CCCAGGGGTCA-TGAATTCCA-CA-ATT----TT-GATAG-AG-G---ACTTCA-TAA-------ACA--T-CTTAA-T---CATGCATATAGCTT
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gi|33458                      :                  atatggtcatATATA-ACA-ATATTGGCCCCGCCCTA-GAG-C--C-------------TAA-CCCAGGGTTCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---GCTTC
gi|33459                      :                                         TTGGCCCCACCCTA-AAG-C--CTG-A------C-CTA------GGGGCCA-TAAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAA-AG-T---GCTTCA-TGG-------ACA--T-C---A-TAATCATGCATTTAGTTTtatgtat
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gi|33461                      :                 atctgaccgtaATATA-CCA-AGTTTGGCCTCACCCTG-GA--T--CAA-AACC---T-CTAC-CTCAGGGATCG-TGAGATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-atctt
gi|33462                      :                                         TTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CTG-AACC---C-CAGA-CCCAGTGATCA-TGATTTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-GG-A---GCTTCG-TG-------GACA--TGT---T-C---CATGCATTTAGTTTa
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gi|33465                      :                           TATGTA-C-A-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CAG-AACC---C--TAC-CCCGGAGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTT
gi|33466                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCAATCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCAGGGTTTCA-CCAACTTCA-CA-ATT----TT-GGTAC-AG-G---CATTCC-TCCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33467                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCTCCACCCTG-GGG-C--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CCAAATTTA-CA-ACT----TT-GGTAG-AG-G---CATTCT-TGCTC----TACA--T-C---A-C----ATGTATTTAATTgttt
gi|33468                      :                           TATGTA-CCA-AATTT----CC-CCCTG-GGG-T--T------------CTAA-CCCAGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATTAATTTT-GGTAG-AG-G---CCCTCC-TGCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTT
gi|33469                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AA-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgggtttttt
gi|33470                      :                                A-TCA-A-TTTGGCCCCACCCTT-GGG-C--CTG-GACC---C-TTAA-TTAAGGGGTCA-TGAATTTCA-CA-AT
gi|33471                      :                                   tg-AATTTGGCCC-GCCCTG-GGG-T--CAGGAACC---C-CTAC-C--GGAGATCA-CCAATTTTA-TA-AGT----TT-GGTAG-AGAG---CC
gi|33472                      :                                       cTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTACGCCAGGGGACCA-CAAATTTAA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---
gi|33473                      :                                           aGTCCCACTCTG-GGG-C--CTG-AACC---C-TCAA-CCCAGGAGGCA-TGAATTACA-CA-ATT----TT-GGTTG-AG-G---GCTCAT-TGCTTATAATAAA--T-C----------ATGCAAATGGTTTgcc
gi|33474                      :                                     ctctTTGGCCTCACTCTA-AGG-C--CTG-AATC---C-CTGA-TGCAGGGGCCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATGG-AA-G---gactgtttgatgtcctggagtaaatatgattttt
gi|33475                      :                                         TTAGCCCTACCTTG-AGG-C--CTG-AACC---C-GAGA-CGCAGACTTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-GATAG-AA-G---gttttatatatatatgg
gi|33476                      :                                                CACCCTATGGG-C--CTG-AACC---C-ATGA-CCC-------A-TGAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-AG-G---GCTTCggc
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lowQualScore                  :                        .      . .   . .               .   . .. . .    ... ..  ..  ..   .   . .  .    .  .   ....  .     .  . ...     .. .. .....    .. . ... . ...              
lowQualScore                  :                        9      4 2   1 2               8   8 11 6 8    555 00  55  33   5   6 2  7    8  8   8888  8     8  3 222     33 77 66666    88 3 555 3 333              
consensus                     :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
Reference ( family-376 )      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
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gi|33453                      :                         aaTATG-A-CCA-ACTGTG-CTCCACCTTG-GGG-C--CTC-AACT---T-TGAG-CCTATGGGTCA-TGAA--TTA-CA-ATT----CT-AATAC-AG-GGTTCCTTGC-TGAT-------CA--T-A---A-T---CATGCA
gi|33454                      :                                        aTTGGCACCACCCTG-AGG-T--ATG-AACC---C-TAAC--------GTCA-TGAATTTTA-GA-ACT----TT-GGTAG-AG-aacagcttgactatttgatgttcaggagtaaa
gi|33455                      :                             acatgaccatcTTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CTG-CAAT---C-CTGA-CCCAGGGGTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AG-G---GCTTCA-TG-------GACATTT-T---ATC---CATGCATTTAGTa
gi|33456                      :                               acatggtcatTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CCC-AACT---C-CAAA-CCCAGGGGTCA-TGAATTCCA-CA-ATT----TT-GATAG-AG-G---ACTTCA-TAA-------ACA--T-CTTAA-T---CATGCATATAGCTT
gi|33457                      :                             atatggccataTTTGGCCCCACCCAA-GGA-C--CTG-ACTC---C-CTGA-CCAAGGAGCCA-TGAATGTTA-TA-ACT----TT-AGTAATAA-G----CTTC----ATT----TACA--T-CATAA-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33458                      :                  atatggtcatATATA-ACA-ATATTGGCCCCGCCCTA-GAG-C--C-------------TAA-CCCAGGGTTCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---GCTTC
gi|33459                      :                                         TTGGCCCCACCCTA-AAG-C--CTG-A------C-CTA------GGGGCCA-TAAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAA-AG-T---GCTTCA-TGG-------ACA--T-C---A-TAATCATGCATTTAGTTTtatgtat
gi|33460                      :                              atataatcataTTGGTTCTACCCTA-GGG-C--CTG-AAAA---C-CTGA-CCGAGGGGCCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATAG-AG-A---C
gi|33461                      :                 atctgaccgtaATATA-CCA-AGTTTGGCCTCACCCTG-GA--T--CAA-AACC---T-CTAC-CTCAGGGATCG-TGAGATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-atctt
gi|33462                      :                                         TTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CTG-AACC---C-CAGA-CCCAGTGATCA-TGATTTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-GG-A---GCTTCG-TG-------GACA--TGT---T-C---CATGCATTTAGTTTa
gi|33463                      :                atatggtcataTATGTA-CCA-AATT-GGCCCCACCCT--GGG-T--CAG-A--C---C-CTAC-CTAGGA---C--CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AGCG---CCTTCCTTGCTC----TACA----C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33464                      :                           TATGTA-CCA-AATTTGGCCCCGCCCT--GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CC--GGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CC
gi|33465                      :                           TATGTA-C-A-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CAG-AACC---C--TAC-CCCGGAGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTT
gi|33466                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCAATCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCAGGGTTTCA-CCAACTTCA-CA-ATT----TT-GGTAC-AG-G---CATTCC-TCCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33467                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCTCCACCCTG-GGG-C--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CCAAATTTA-CA-ACT----TT-GGTAG-AG-G---CATTCT-TGCTC----TACA--T-C---A-C----ATGTATTTAATTgttt
gi|33468                      :                           TATGTA-CCA-AATTT----CC-CCCTG-GGG-T--T------------CTAA-CCCAGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATTAATTTT-GGTAG-AG-G---CCCTCC-TGCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTT
gi|33469                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AA-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgggtttttt
gi|33470                      :                                A-TCA-A-TTTGGCCCCACCCTT-GGG-C--CTG-GACC---C-TTAA-TTAAGGGGTCA-TGAATTTCA-CA-AT
gi|33471                      :                                   tg-AATTTGGCCC-GCCCTG-GGG-T--CAGGAACC---C-CTAC-C--GGAGATCA-CCAATTTTA-TA-AGT----TT-GGTAG-AGAG---CC
gi|33472                      :                                       cTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTACGCCAGGGGACCA-CAAATTTAA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---
gi|33473                      :                                           aGTCCCACTCTG-GGG-C--CTG-AACC---C-TCAA-CCCAGGAGGCA-TGAATTACA-CA-ATT----TT-GGTTG-AG-G---GCTCAT-TGCTTATAATAAA--T-C----------ATGCAAATGGTTTgcc
gi|33474                      :                                     ctctTTGGCCTCACTCTA-AGG-C--CTG-AATC---C-CTGA-TGCAGGGGCCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATGG-AA-G---gactgtttgatgtcctggagtaaatatgattttt
gi|33475                      :                                         TTAGCCCTACCTTG-AGG-C--CTG-AACC---C-GAGA-CGCAGACTTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-GATAG-AA-G---gttttatatatatatgg
gi|33476                      :                                                CACCCTATGGG-C--CTG-AACC---C-ATGA-CCC-------A-TGAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-AG-G---GCTTCggc
gi|33477                      :                                                                                -CCCAAGGGTCG-TGAATTTGA-TA-ATT----TT-GATAG-AG-A---GGTTCA-TGA-------ACA--T-T---A-T---AAT-CATGTAGTTTatttt


blockSeqs                     :                        C      T G   T C                     AT T      ATG     CG  CG   G   C G  T           AATT           A ACA     CT GC TATAA    TT G TTA T AAT
blockSeqs                     :                        C      T .   . C                     .  T      .       C   TT   G   C G  T           .              A GTT     A  GC T        .  . ATA . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . C                     .  T      .       C   CA   G   . G  T           .              C .       A  AT T        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . A                     .  T      .       A   CG   A   . G  T           .              A .       C  GC T        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . T                     .  A      .       C   CG   A   . C  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . G                     .  T      .       T   CG   G   . G  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . G                     .  C      .       C   CG   A   . G  T           .              . .       C  GC T        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . G                     .  T      .       A   CG   A   . G  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . G                     .  A      .       C   AG   G   . C  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        C      T .   . G                     .  A      .       T   TG   A   . A  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        T      T .   . G                     .  T      .       C   CG   A   . C  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        .      T .   . G                     .  A      .       C   TG   A   . C  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                        .      T .   . G                     .  A      .       C   TG   A   . C  A           .              . .       C  GA C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  A      .       C   TG   T   . A  A           .              . .       T  AA C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  A      .       C   TA   A   . A  A           .              . .       C  GG C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  A      .       C   CA   A   . C  A           .              . .       C  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . A                     .  A      .       C   CA   A   . A  A           .              . .       C  GC T        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . A                     .  A      .       C   AA   T   . C  A           .              . .       C  CC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  A      .       C   CA   A   . C  A           .              . .       A  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . C                     .  G      .       C   GA   A   . C  A           .              . .       A  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . T                     .  A      .       G   CA   G   . C  T           .              . .       A  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  A      .       C   CA   G   . G  T           .              . .       G  GC C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . A                     .  A      .       A   AG   G   . G  T           .              . .       C  GA C        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . A                     .  T      .       A   CG   G   . G  T           .              . .       C  C  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  T      .       A   AG   G   . G  T           .              . .       T  G  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               T .   . G                     .  T      .       A   CG   T   . G  T           .              . .       C  A  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               . .   . G                     .  C      .       A   CA   G   . G  T           .              . .       C  G  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               . .   . A                     .  T      .       C   CG   G   . A  A           .              . .       T  .  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               . .   . G                     .  T      .       A   AA   A   . G  T           .              . .       A  .  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               . .   . A                     .  T      .       C   AG   A   . G  A           .              . .       .  .  .        .  . .   . .  
blockSeqs                     :                               . .   . .                     .  A      .       C   CA   A   . G  A           .              . .       .                            
blockSeqs                     :                               . .   . .                     .  T      .       C   CA   A   . C  A           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                 .   . .                     .  A      .       C   CA   T   . C  C           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                     . .                     .  A      .       C   CA   G   . C  A           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       A   G    A   . C  A           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       C   G    A   . C  A           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       A   C    G   . C  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       C   .    A   . C  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  T      .       A   .    A   . G  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       A   .    G   . C  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  A      .       A   .    G   . A  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  T      .       A   .    T   . G  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  T      .       .   .    G   . G  T           .              . .                                    
blockSeqs                     :                                                             .  T      .       .   .    .   . G  T           .              .                                      
blockSeqs                     :                                                             .  T      .       .   .    .   . G  .           .              .                                      
blockSeqs                     :                                                             .  .      .       .   .    .   . G  .           .              .                                      
blockSeqs                     :                                                             .  .      .       .   .    .   . .  .           .                                                     
blockSeqs                     :                                                                                   .    .   . .  .                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                   CG                                                    GC
originalCons                  :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
finalCons                     :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT





Alignments
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lowQualScore                  :                        .      . .   . .               .   . .. . .    ... ..  ..  ..   .   . .  .    .  .   ....  .     .  . ...     .. .. .....    .. . ... . ...              
lowQualScore                  :                        9      4 2   1 2               8   8 11 6 8    555 00  55  33   5   6 2  7    8  8   8888  8     8  3 222     33 77 66666    88 3 555 3 333              
consensus                     :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
Reference ( family-376 )      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-C--CNG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CGAANTTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33429                      :                    TAAA---TATG-A-CCA-ACTTTG-CTTCACCCTG-GGG-C--ATG-AACC---C---AC------GAGTCA-TGAATTTCA-TA-ATT----TT-GGTAA-AGAG---CC--CA-T--TT----TATA--------------TATGCATATAGTTT
gi|33430                      :                 tttTAAA---TATG-A-CCA-ACTTTG-CTTCACCCTG-GGG-C--ATG-AACC---C---AC------GAGTCA-TGAATTTCA-TA-ATT----TT-GGTAA-AGAG---CC--CA-T--TT----TATA--------------TATGCATATAGTTTgattgtttgatgccagaagtaaatatttttt
gi|33431                      :                 tttTAAA---TATG-A-CCA-ACTTTG-CTTCACCCTG-GGG-C--ATG-AACC---C---AC------GAGTCA-TGAATTTCA-TA-ATT----TT-GGTAA-AGAG---CC--CA-T--TT----TATA--------------TATGCATATAGTTTgattgtttgatgccagaagtaaatatttttt
gi|33432                      :                      tttACTATATAGCCATA--TTGGCCCCACCCTA-GAG-C--CTG-AACC---C-CAAA-CC-------CA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATAA-AA------------TGCTT------CA--T-G---A-T---CATGCATTTAGTTTgattgtttgatgccagaagtaaatatttttt
gi|33433                      :                                     ttttTTAACCTCACTCTG-GAG-G--CTG-AA---------AC-C---AGGGTCA-TGAATTTCA-CA-GTT----TTTGGTAG-AG-
gi|33434                      : ttttgaatatataactcacTAAACACTAATTA-CCA-ACTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-C--CAG-AAGC---C-CTAT-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTTcactcgatgcttattatg
gi|33435                      :                  ttttaaataTATG-A-CCA---TTTAGCCCCACAATG-GAG-C--CTA-AAC---------------------A-C-------A-CATATT----TT-GGTAG-AG-GACACTTTCC-T--TC----T-TA--T-A---A-G---CATGCAAGCAGTTT
gi|33436                      :                    tttcaataATG-A-CCA-TATTTGGCCCCACCCTA-ATA-CATCCA-AACC---C--TAC-CCTTAGAATCA-TGAAATTTA-CA-ATT----TT-GATAA-Agattgcttgatgtc
gi|33437                      :                   ttttatgaTATATG-GCA-ATATTGGTCCCACCCTA-GGG-C--TTG-AACCATGCACTGA-CCCAATGGCCA-TGAATTTAA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---aaggctcgtatttat
gi|33438                      :                 ttaTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCTCGTCCTG-CGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCACCGAA--TTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-T-CT-----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTgc
gi|33439                      :                   tTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTAGCCTCACCCTG-GGA-T--CAG-AACC---C-TTAT-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCCTTC-TATCT----TGTA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33440                      :                           TATG-A-TCA-A-TTTGTCCTCACCCTG-GTA-C--CTG-AACC---C-T---------GGGTCG-TAAA---TA--A-ATA----TT-GGTAG-AG-G---
gi|33441                      :                tataTAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgttcaatgtacattataattatgca
gi|33442                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAA-GACC---C-CTAC-C---GGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33443                      :                    TAAACCCTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGAGGAACA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCCTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33444                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTG-CCCCGCCCTG-GG--T--CAG-AACC---C-CTA--CCCGGGGATCACCAAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CC
gi|33445                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCAGAGGTTCA-CAAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-A---TATGCATTTAG
gi|33446                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTG-CCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CC--GGGATCA-CCAAATTTAACA-ATT----AT-GGTAA-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33447                      :                    TAAACACTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---A-CTA--CCTGGGGATCA-C-AGATTTA-TA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----GATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33448                      :                    TAAATATTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCGCCCTG-GGGGT--CAG-AACC---C-CTAC-ACCGGAGATCA-CAAAATTTA-CA-ACT----TT-GGTAG-AG-G---CCATCT-T
gi|33449                      :                            ATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCAG-GGG-C--CGG-AACC---C-TTAC-CC-GAGCTTCG-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---TCTCCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33450                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCTGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTTg
gi|33451                      :                         aaTATCTA-CCA-AATTTGACCCCACCCTG-GG--T--CAG-A-CC---C-CTAC-CCTGGGA-TCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CCTGCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTTT
gi|33452                      :                         aaTATGTA-CCA-AGTTTGGCCCAGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CTTGGGAATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAC-AG-G---CC
gi|33453                      :                         aaTATG-A-CCA-ACTGTG-CTCCACCTTG-GGG-C--CTC-AACT---T-TGAG-CCTATGGGTCA-TGAA--TTA-CA-ATT----CT-AATAC-AG-GGTTCCTTGC-TGAT-------CA--T-A---A-T---CATGCA
gi|33454                      :                                        aTTGGCACCACCCTG-AGG-T--ATG-AACC---C-TAAC--------GTCA-TGAATTTTA-GA-ACT----TT-GGTAG-AG-aacagcttgactatttgatgttcaggagtaaa
gi|33455                      :                             acatgaccatcTTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CTG-CAAT---C-CTGA-CCCAGGGGTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AG-G---GCTTCA-TG-------GACATTT-T---ATC---CATGCATTTAGTa
gi|33456                      :                               acatggtcatTTGGCCCCACCCTA-GGG-C--CCC-AACT---C-CAAA-CCCAGGGGTCA-TGAATTCCA-CA-ATT----TT-GATAG-AG-G---ACTTCA-TAA-------ACA--T-CTTAA-T---CATGCATATAGCTT
gi|33457                      :                             atatggccataTTTGGCCCCACCCAA-GGA-C--CTG-ACTC---C-CTGA-CCAAGGAGCCA-TGAATGTTA-TA-ACT----TT-AGTAATAA-G----CTTC----ATT----TACA--T-CATAA-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33458                      :                  atatggtcatATATA-ACA-ATATTGGCCCCGCCCTA-GAG-C--C-------------TAA-CCCAGGGTTCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---GCTTC
gi|33459                      :                                         TTGGCCCCACCCTA-AAG-C--CTG-A------C-CTA------GGGGCCA-TAAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAA-AG-T---GCTTCA-TGG-------ACA--T-C---A-TAATCATGCATTTAGTTTtatgtat
gi|33460                      :                              atataatcataTTGGTTCTACCCTA-GGG-C--CTG-AAAA---C-CTGA-CCGAGGGGCCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATAG-AG-A---C
gi|33461                      :                 atctgaccgtaATATA-CCA-AGTTTGGCCTCACCCTG-GA--T--CAA-AACC---T-CTAC-CTCAGGGATCG-TGAGATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-atctt
gi|33462                      :                                         TTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CTG-AACC---C-CAGA-CCCAGTGATCA-TGATTTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-GG-A---GCTTCG-TG-------GACA--TGT---T-C---CATGCATTTAGTTTa
gi|33463                      :                atatggtcataTATGTA-CCA-AATT-GGCCCCACCCT--GGG-T--CAG-A--C---C-CTAC-CTAGGA---C--CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AGCG---CCTTCCTTGCTC----TACA----C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33464                      :                           TATGTA-CCA-AATTTGGCCCCGCCCT--GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CC--GGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---CC
gi|33465                      :                           TATGTA-C-A-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-A--CAG-AACC---C--TAC-CCCGGAGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-GGTAG-AG-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTT
gi|33466                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCAATCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCAGGGTTTCA-CCAACTTCA-CA-ATT----TT-GGTAC-AG-G---CATTCC-TCCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTAGTTT
gi|33467                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCTCCACCCTG-GGG-C--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGGTCA-CCAAATTTA-CA-ACT----TT-GGTAG-AG-G---CATTCT-TGCTC----TACA--T-C---A-C----ATGTATTTAATTgttt
gi|33468                      :                           TATGTA-CCA-AATTT----CC-CCCTG-GGG-T--T------------CTAA-CCCAGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATTAATTTT-GGTAG-AG-G---CCCTCC-TGCTC----TATA--T-C---A-C---TATGCATTTGGTT
gi|33469                      :                           TATGTA-CCA-AGTTTGGCCCCACCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTAC-CCCGGGGATCA-CCAAATTTA-CA-ATT----TT-AGTAG-AA-G---CCTTCC-TGCTC----TACA--T-C---A-C---CATGCATTTAGTTTgggtttttt
gi|33470                      :                                A-TCA-A-TTTGGCCCCACCCTT-GGG-C--CTG-GACC---C-TTAA-TTAAGGGGTCA-TGAATTTCA-CA-AT
gi|33471                      :                                   tg-AATTTGGCCC-GCCCTG-GGG-T--CAGGAACC---C-CTAC-C--GGAGATCA-CCAATTTTA-TA-AGT----TT-GGTAG-AGAG---CC
gi|33472                      :                                       cTTTGGCCCCGCCCTG-GGG-T--CAG-AACC---C-CTACGCCAGGGGACCA-CAAATTTAA-CA-ATT----TT-GGTAA-AG-G---
gi|33473                      :                                           aGTCCCACTCTG-GGG-C--CTG-AACC---C-TCAA-CCCAGGAGGCA-TGAATTACA-CA-ATT----TT-GGTTG-AG-G---GCTCAT-TGCTTATAATAAA--T-C----------ATGCAAATGGTTTgcc
gi|33474                      :                                     ctctTTGGCCTCACTCTA-AGG-C--CTG-AATC---C-CTGA-TGCAGGGGCCA-TGAATTTCA-CA-ATT----TT-GATGG-AA-G---gactgtttgatgtcctggagtaaatatgattttt
gi|33475                      :                                         TTAGCCCTACCTTG-AGG-C--CTG-AACC---C-GAGA-CGCAGACTTCA-TGAATTTTA-CA-ATT----TT-GATAG-AA-G---gttttatatatatatgg
gi|33476                      :                                                CACCCTATGGG-C--CTG-AACC---C-ATGA-CCC-------A-TGAATTTCA-CA-ATT----TA-AGTAG-AG-G---GCTTCggc
gi|33477                      :                                                                                -CCCAAGGGTCG-TGAATTTGA-TA-ATT----TT-GATAG-AG-A---GGTTCA-TGA-------ACA--T-T---A-T---AAT-CATGTAGTTTatttt