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lowQualScore                  :           11 2 333     1     11   1 1 1    6666  33 1  2  22222 333 11 22  0  0000 11 11 0    11111  0 333  0 0  1    1 222 0 11    11 0 111 333333 1     1   111 1   222 1 2 2     
lowQualScore                  :           .. . ...     .     ..   . . .    ....  .. .  .  ..... ... .. ..  .  .... .. .. .    .....  . ...  . .  .    . ... . ..    .. . ... ...... .     .   ... .   ... . . .     
lowQualScore                  :           66 2 777     0     33   0 0 0    5555  33 0  9  33333 222 22 22  9  9999 22 88 9    33333  9 333  9 9  8    8 555 9 22    33 2 777 000000 9     9   666 0   777 8 1 1     
consensus                     :    ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGT---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-N--T--G-CG-TTTG-N---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--CG-GCC---AAT-C-GGTGA
Reference ( gi|62505 )        :    ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGC---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-G--T--G-TG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-CC---G-AGACC-AAA--TG-GCC---AGT-C-GGTGA
gi|62506                      :    ACTCAAT--C-C---GATTA-GTCAG--TGC-T-A-CCCGC---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-G--T--G-CG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAC--TG-GCC---AGT-C-GGTGA
gi|62507                      :    ACTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-TCAGT---GT--T-AT-TG-----T---C--A--GA-TA-G--T--G-CG-TTTG-A---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TTAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--CG-GCC---AAT-C-TGTGAgtaat
gi|62513                      :    ACTCA-T--CGC---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGC---GG--TTAT-TG-----T---C--G--GA-TA-G--TTGG-CG-TTTG-T---TA-T---GCAA-AA-ACAG-T---A-T--T-AT--TCT---A-TT---G-AGACA-AAA--TG-GCC---AGTCC-GGTGAgtaat
gi|62508                      :    ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGT---TG--T-AT-TG-----C---C--G--GA-TT-G--T--G-CT-TTTA-G---TA-T---GC-A-AA-CCAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TC---G-AGACC-AAA--CT-GCC---CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62511                      :    ATTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A-A-CCGGT---GG--C-AT-TG-----T---T--G--GA-TA-T--T--G-TG-TTTG-A---TA-T---GT-A-AA-GCAG-T---A-T--TCAT--TTT---A-TC---G-AGACC-AAA--TA-GCC---AAT-C-TATGAgtaat
gi|62512                      :    ACTCAAT--CTC---GATTG-GTCAG--TGC-----CTGACCCAGG--T-AT--G-----T---C--G--GA-TA-G--T--G-CG-TTTG-T---TAGT---GC-A-AA-GCAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--TG-ACC---AGT-CTGGTGAgtaat
gi|62514                      :    ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T-AACCTGC---GG--C-AT-TG-----T---C--G---A-TA-G--T--G-CG-TT-G-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---ATT--TCAT--TCT---A-TT---G-AGA-C-AAA---G-GCC---AGT-C-GGTGAgtcat
gi|62516                      :    ATTCACT--G-C---AATTG-GACAG--TGA-A-A-CTGGT---GG--T-AT-TG-----T---T--G--AA-TA-T--T--G-TG-TTTG-A---TA-T---GT-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TTT---A-TG---G-AGACC-AAA--TG-GTC---AAT-C-GATGAgtaat
gi|62515                      :    ATTCACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-C-A-CCGAT---GA--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-C--T--G-TG-TTTGATATATA-T---GC-A-AA-ACAG-T---T-A--TCAT--TTT---A-TT---G-GGACC-AAA--CG-GCC---ATT-C-AGTg
gi|62509                      :    ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-C-------GG--T-TA-TG-----C---C--G--GA-TT-G--T--G-CT-TTTA-G---TA-TA--GC-A-AA-CCAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TC---G-AGACC-AAAACTG-CCC---A-T-C-GGTGA
gi|62533                      :    ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGC---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-Tgtaat
gi|62542                      :    ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T-A-ttgttatgcaaaacagtattcattctattgagaccgaatgaccagtcggtgagtaat
gi|62517                      : ggtATTCAAT--C-C---GATTG-TCCAG--TG--T-A-C-GGT---GG--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-C--T--G-TA-TTTG-G---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAttgttatgcaaaacagtatctattctattgagaccaaatggccagtcggtgagtaat
gi|62519                      :    ATTCAAT--C-C---GATTG-GTTAG--GGA-A-A-CCAGT---GT--C-AT-TG-----T---C--G--GA------------------------TA-T---GT-A-AA-GCAG-A---A-T--TCAT--TTT---A-TT---G-AGGAC-AAA--CG-GCC---AAT-C-GATGA
gi|62524                      :    ATTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGT---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-C--T--G-TG-gtaat
gi|62523                      :    ACTCAAT--------GAATG-GTTAGCCTGCCT-A-CCGGC---AAA-T-AT-T----------C--G--GAATA-GC-T--G-CGCTTTG-T----A-T---GC-A-AA-ACAGTT---A-T--T-AT--TCT---A-TT---GCAGACC-AAA--TG-GCC---
gi|62522                      :    ATTTAAT--G-C---GATTG-GTCAA--TGA-T-A-TCGGT---GG--T-ATATG-----G---T--G--GG-TA-C--T--G-TG-TTTG-A---TA-T---GC-A-AA-ATAG-A---G-T--TCAT--T
gi|62520                      :    ATTCAAT--G-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CTGGG---GG--C-AT-GG-----T---C--A--AG-TA-C--C--T-TG-TTTG-G---TA-T---GC-A-AATAAAG-------T--TCAT--TTA---A-TT---G-AAATT-AAA--acaatcaaaatgccaat
gi|62521                      :    ATTCAAT--G-G---GATTG-GTC----TGC-T-A-CTGGG---GG--C-AT-GG-----T---C--G--GG-TA-C--T--T-GG-TTTG-G---TA-T---GC---AA-ATAG-A---G-T--TCAT--TTC---A-TT---G-AAATT-AAC--T--GCC---AAT-C-GATGccaaaaagcgatgggtaa
gi|62510                      :    ATTCAAT--G-C---GGTTG-GTCAG--TGC-T-T-CCAGT---GG--T-GT-GG-----T---T--G--GG-TA-T--C--A-TA-TTTG-A---TA-T---GC-A-Aggtaat
gi|62518                      :    ATTCAAT--G-C---GATAG-GTCAG--TGC-T-A-CCGGT---GG--T-A--TG-----T---C--G--Gcgagtccatttcattgaaa
gi|62525                      :      TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T-A-CTTGT---GT--T-ATATG-----T---C--G--GA-TA-C--T--G-TG-TTTG-G---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TTT---A-TT---G-AGACC-AAA--CG-GCT---GAT-C-AATGA
gi|62526                      :      TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T-A-CTTGT---GT--T-ATATG-----T---C--G--GA-TA-T--T--G-TG-TTTA-G---TA-T---GC-A-AA-AC---T---A-T--TATT--TTT---A-TT---G-AGACC-AAA--CG-GCT---GAT-C-AATGAgtaat
gi|62527                      :      TCAATTGC-G---GATGGCGTCAG--TGC-T-A-CCGGT---GGC-C-AT-GG-----T---CCGG--GG-TA-C--C--GATG-TCT--T---CA-TATCGC-A-AA-CTAG-A---G-T--TCAT--ACTTTAA-TT---GAAAATC-AAA--CC-GCC---AAT-C-AATGagtaat
gi|62528                      :       CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGG-T-A-CCGGT---GG--T-AT-TG-----T---A--G--GA-TACGATT--G-TG-TTTG-A---TA-T---GC-A-GA-ACAG-C---A-T--TCAG--TGT---A-TT---A-AAACC-AAA--CG-GCC---AAT-C-GATGA
gi|62530                      :       CACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-TGGGT---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-AA-C--T--G-TT-TTTG-G---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAA--TTT---A-TT---G-AGATC-AAA--TG-GCA---AAT-C-GATacaa
gi|62529                      :       CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-A-A-CCAGT---GG--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-T--T--G-TG-TTTG-A---TA-T---AT-A-AA-GCAG-C---A-CAGTCAT--TTT---A-TT---G-AGACC-AAA--CA-ACC---AAT-C-GATGA
gi|62532                      :       CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A-A-CCGAT---GG--C-AT-TG-----T---T--G--GA-TA----T--G-TA--------------------A-AA-GCAA-T---A-T--TCAT--TTT---A-CT---G-AGGCC-AAA--CG-ATG---AGT-gtaa
gi|62531                      :       CAAT--G-T---GATTG-ATCAG--TGC-T-A-CTGGG---GGCAT-GT-TT-----T---C-----TA-TA-A--------A-TTTG-----CA-T---GC---AA-ATAG-A---G-T--TAAT--TTC---A-TT---A-AAACT-AAC--CC-GCC---AAT-C-GATaat
gi|62533                      :         AT--C-C---GA------CAA--TAC-C-G-CCGGT---AG--C-AC-TGACCAAT---C--G--GA-T-----T--G-AG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACC-GAA--TG-ACC---AGT-C-GGTGAaggtaa
gi|62534                      :         AC--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-TCG-----------AT------------------GA-TA------------------------T---GC-A-AA-ATAG-T---G-T--TCAT--TTC---A-TT---G-AAATC-AAA--CA-GCC---AAT-C-GATGAgtaat
gi|62537                      :           --C-C---CACTG-GTCAG--TGA-T-G-CCAGT---GG--T-AT-TT-----T---C--G--AA-TA-C--T--G-TG-TTTG-A---TA-G---GC-T-TA-ACAG-C---A-T--TCAT--TTT---A-TT---G-AAACC--AA--CG-GCC---taa
gi|62536                      :           --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-TCGAT---GG--T-A--TG-----TGGGC--T--GA-TA-C--T--T-TG-TTTA-G---TA-T---AT-A-AA-ATAG-T---G-T--TCAT--TTT---A-TT---G--CATT-AAA--CT-ACC---AAT-T-GATGAtaacaatgagtaa
gi|62535                      :           --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-TCGAT---GG--T-A--TG-----TGGGC--T--GA-TA-C--T--T-TG-TTTA-G---TA-T---AT-A-AA-ATAG-T---G-T--TCAT--TTT---A-TT---G--CATT-AAA--CT-ACC---AAT-T-GATGAttgat
gi|62539                      :              -C---GATTG-GTCAG--AGC-T-A-CAGGT---GC--C-AT-GG-----T---C--A--GG-TG-C--T--T-TG-TTTG-G---TA-T---GC-A-A-----------A-T--TCAT--TTC---A-TT---G-AAATC-AAA--CC-GCC---AAT-C-ttgat
gi|62538                      :              -C---GGTTG-GTCAG--TGC-T-T-CCAGT---GG--T-G--TG-----T---T--G--GG-TA-T--C--A-TA-TTTG-A---TA-T---GC-A-Aaagggtaa
gi|62540                      :                ---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CCGAT---GG--T-AT-TA-----T---C--G--GG-AA-G--T--G-CG-TTTG-A---TA-T---GC-A-AA-GCAG-T---A-T--GCAT--TCT---A-TT---A-AGACC-AAA--CG-GCC---AAT-C-GGTGAcgagtccatttcattgaaa
gi|62541                      :                ---GATTG-GTCAG--TGC-T-A-CAGAT---AG--T-AT-GG-----T---C--G--GG-TA-C--T--A-TG-TTTG-A---CA-T---GC-A-AATAGAG-TTCAA-T--TCAT--T------------G-AAATC-AAA--CC-GCT---AAT-C-gtaat
gi|62542                      :                       G-GTTAG--CAC-TGA-CCA-----------AT-CG-----T---T--G--AA-T-----T--G-AG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--CTAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--TG-GCC---AGT-C-GGTGAcatggataat
gi|62543                      :                          TTAA--TGC-T-A-CCGGC---GG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TA-G--T--G-CG-TTTG-A---TA-T---TC-A-AA-ACAA-T---A-T--TCAA--TTT---A-TT---G-AGACC-AAA--CG-GCC---AAT-C-GGTAAgtaat
gi|62544                      :                           CAG--TGC-T-A-CCGGA---GG--T-AT-TA-----T---T--GTCGA-TA-G--T--G-CG-TTTA-T----A-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACTAAAA--TG-GCC---AAT-C-GGTGAgtaat
gi|62545                      :                             G--TGC-T-T-CCGGT---GG--C-AT-GG-----T---C--G--GA-TA-C--T--G------TG-A---TA-T---GC---AA-ACAG-A---G-T--TCAT--TTC---A-TT---G-CAATC-AAC--CA-GCC---AAT-C-GATGgtaat
gi|62546                      :                                                           -----T---C--G--GA-T-----T--G-AG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ATAG-C---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACT-AAA--TG-GTC---AGT-C-GGTGAggtaa
gi|62547                      :                                                           -----T---C--GA-GA-TT-G--A--G-T--TTTG-T---TA-T---GC-A-AA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--TG-ACC---AGT-CTGGTGAataat
gi|62548                      :                                                           -----T---C--G--GA-T-----T--G-AA-TTTG-T---TA-T---GC-AGAA-ACAG-T---A-T--TCAT--TCT---ATTT---G-AGACC-AAA--TG-ACCG--AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62549                      :                                                                            -TA-G--T--G-TG-TTTG------A-T---GC-A-AA-ACAG-TT--A-T--TCATCGTCC---A-TT---G-AGACA-AAT--TG-GCC---AGT-C-GGTGAtaat
gi|62550                      :                                                                                 --T--G-AG-TTTG-T---TA-T---GC-A-AT-GCAGGT---A-T--TCGT--TCT---A-TT---G-AGACC-AAA--TG-GCC---AGTCC-GGTGAgtaat
gi|62551                      :                                                                                 --T--G-AG-TTTG-T---TA-TA--GC---AA-ACGG-T---A-T--TCAA--TTT---A-TT---G-AGACCAAAA--TGAGCTACGAGT-C-GGTGAgtaat
gi|62553                      :                                                                                       -TA-TTTG-A---TA-T---GC-A-AA-GTAG-T---G-T--TCAT--TTC---A-TT---G-AAATC-AAA--CA-GCC---AAT-C-GATGAgctaat
gi|62552                      :                                                                                       -TA-TTTG-A---TA-T---GC-A-AA-ATAG-A---G-T--CCAT--TT------CCTTAA-AAATC-AAA--CA-GCC---AAT-C-GGTgcaat





Alignments
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lowQualScore                  :        .. . ...     .     ..   . .. .       .. .  .  ..... ... .. ..  .  .... .. ..  .  . .....  . .   .  . . .  ... . ..    ..   ... .   .   .  .   .....     .   . .     
lowQualScore                  :        77 3 999     1     33   0 33 0       33 0  9  33333 333 33 22  9  6666 22 11  9  9 22222  9 6   9  9 7 7  999 9 22    22   555 9   7   9  8   33333     0   0 0     
consensus                     : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAC---T--G-CGT-TT-G----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
Reference ( family-374 )      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAN---T--G-CGT-TT-G----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
gi|62505                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAG---T--G-TGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-CCG-AGA-CC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62506                      : ACTCAAT--C-C---GATTA-GTCAG--TGC-T--A-CCCGCGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAG---T--G-CGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAC-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62507                      : ACTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCAGTGT--T-AT-TG-----T---C--A--GA-TAG---T--G-CGT-TT-G----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TTAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-TGTGAgtaat
gi|62508                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTTG--T-AT-TG-----C---C--G--GA-TTG---T--G-CTT-TT-A----GTA-T-GCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TCG-AGA-CC-AAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62509                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-C-GGT----T-AT--G-----C---C--G--GA-TTG---T--G-CTT-TT-A----GTA-TAGCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TCG-AGA-CCAAAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62510                      : ATTCAAT--G-C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG--T-GT-GG-----T---T--G--GG-TAT---C--A-TAT-TT-G----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TTG-AAA-gtaat
gi|62511                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGGTGG--C-AT-TG-----T---T--G--GA-TAT---T--G-TGT-TT-G----ATA-T-GTA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TCG-AGA-CC-AAA-----TAGCC-AAT-C-TATGA
gi|62512                      : ACTCAAT--CTC---GATTG-GTCAG--TGC-CTGA-CCCA-GG--T-AT--G-----T---C--G--GA-TAG---T--G-CGT-TT-G----TTAGT-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAgtaat
gi|62513                      : ACTCA-T--CGC---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG--TTAT-TG-----T---C--G--GA-TAG---TTGG-CGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-AAC-AG-T-A-T--T-AT--TCT---A-TTG-AGA-CA-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtcat
gi|62514                      : ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T--AACCTGCGG--C-AT-TG-----T---C--G---A-TAG---T--G-CGT-T--G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-ATT--TCAT--TCT---A-TTG-AGA--C-AAA------GGCC-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62515                      : ATTCACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-C--A-CCGATGA--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TAC---T--G-TGT-TT-GATATATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-T-A--TCAT--TTT---A-TTG-GGA-CC-AAA-----CGGCC-ATT-C-AGTgtaat
gi|62516                      : ATTCACT--G-C---AATTG-GACAG--TGA-A--A-CTGGTGG--T-AT-TG-----T---T--G--AA-TAT---T--G-TGT-TT-G----ATA-T-GTA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TGG-AGA-CC-AAA-----TGGTC-AAT-C-GATGA
gi|62517                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-TCCAG--TG--T--A-C-GGTGG--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TAC---T--G-TAT-TT-G----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAg
gi|62518                      : ATTCAAT--G-C---GATAG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG--T-A--TG-----T---C--G--G
gi|62519                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTTAG--GGA-A--A-CCAGTGT--C-AT-TG-----T---C--G--GA-------------------------TA-T-GTA-AA-G-C-AG-A-A-T--TCAT--TTT---A-TTG-AGG-AC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62520                      : ATTCAAT--G-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CTGGGGG--C-AT-GG-----T---C--A--AG-TAC---C--T-TGT-TT-G----GTA-T-GCA-AATA-A-AG-----T--TCAT--TTA---A-TTG-AAA-TT-AAA-----Cgtaat
gi|62521                      : ATTCAAT--G-G---GATTG-GTC----TGC-T--A-CTGGGGG--C-AT-GG-----T---C--G--GG-TAC---T--T-GGT-TT-G----GTA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TTG-AAA-TT--AA-----CTGCC-AAT-C-GATGcaaaaagcgatgggtaa
gi|62522                      : ATTTAAT--G-C---GATTG-GTCAA--TGA-T--A-TCGGTGG--T-ATATG-----G---T--G--GG-TAC---T--G-TGT-TT-G----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TAC---A-------A-TC-AAA-----ATGCC-AAT-ggtaat
gi|62523                      : ACTCAAT--------GAATG-GTTAGCCTGCCT--A-CCGGCAAA-T-AT-T----------C--G--GAATAGC--T--G-CGC-TT-T----GTA-T-GCA-AA-A-C-AGTT-A-T--T-AT--TCT---A-TTGCAGA-CC-AAA-----TGGCC-
gi|62524                      : ATTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAC---T--G-TG
gi|62525                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT--T-ATATG-----T---C--G--GA-TAC---T--G-TGT-TT-G----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGA
gi|62526                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT--T-ATATG-----T---C--G--GA-TAT---T--G-TGT-TT-A----GTA-T-GCA-AA-A-C----T-A-T--TATT--TTT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGAgtaat
gi|62527                      :   TCAATTGC-G---GATGGCGTCAG--TGC-T--A-CCGGTGGC-C-AT-GG-----T---CCGG--GG-TAC---C--GATGTCTT-C----ATA-TCGCA-AA-C-T-AG-A-G-T--TCAT--ACTTTAA-TTGAAAA-TC-AAA-----CCGCC-AAT-C-AATGagtaat
gi|62528                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGG-T--A-CCGGTGG--T-AT-TG-----T---A--G--GA-TACGATT--G-TGT-TT-G----ATA-T-GCA-GA-A-C-AG-C-A-T--TCAG--TGT---A-TTA-AAA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62529                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-A--A-CCAGTGG--C-AT-TG-----T---C--G--GA-TAT---T--G-TGT-TT-G----ATA-T-ATA-AA-G-C-AG-C-A-CAGTCAT--TTT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CAACC-AAT-C-GATGAacaa
gi|62530                      :    CACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TGGGTGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-AAC---T--G-TTT-TT-G----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TTG-AGA-TC-AAA-----TGGCA-AAT-C-GATgtaa
gi|62531                      :    CAAT--G-T---GATTG-ATCAG--TGC-T--A-CTGGGGGCAT-GT-TT-----T---C-----TA-TAA---------AT-TT-G----C-A-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TAAT--TTC---A-TTA-AAA-CT-AAC-----CCGCC-AAT-C-GAT
gi|62532                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGATGG--C-AT-TG-----T---T--G--GA-------------------------TA-T-GTA-AA-AGC-AA-T-A-T--TCAT--TTT---A-CTG-AGG-CC-AAA-----CGaggtaa
gi|62533                      :      AT--C-C---GA------CAA--TAC-C--G-CCGGTAG--C-AC-TGACCAAT---C--G--GA-T-----T--G-AGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-GAA-----TGACC-AGT-C-GGTGAatgagtaat
gi|62534                      :      AC--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATG---------------------------------------------------ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TTG-AAA-TC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAgtaat
gi|62535                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG--T-A--TG-----TGGGC--T--GA-TAC---T--T-TGT-TT-A----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TTG--CA-TT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAtaa
gi|62536                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG--T-A--TG-----TGGGC--T--GA-TAC---T--T-TGT-TT-A----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TTG--CA-TT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAttgat
gi|62537                      :        --C-C---CACTG-GTCAG--TGA-T--G-CCAGTGG--T-AT-TT-----T---C--G--AA-TAC---T--G-TGT-TT-G----ATA-G-GCT-TA-A-C-AG-C-A-T--TCAT--TTT---A-TTG-AAA-CC--AA-----CGGCC-TAA-C-AATGAttgat
gi|62538                      :           -C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG--T-G--TG-----T---T--G--GG-TAT---C--A-TAT-TT-G----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TTG-AAA-gtaa
gi|62539                      :           -C---GATTG-GTCAG--AGC-T--A-CAGGTGC--C-AT-GG-----T---C--A--GG-TGC---T--T-TGT-TT-G----GTA-T-GCA-A-----------A-T--TCAT--TTC---A-TTG-AAA-TC-AAA-----CCGCC-AAT-C-
gi|62540                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGATGG--T-AT-TA-----T---C--G--GG-AAG---T--G-CGT-TT-G----ATA-T-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--GCAT--TCT---A-TTA-AGA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGAaagggtaa
gi|62541                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CAGATAG--T-AT-GG-----T---C--G--GG-TAC---T--A-TGT-TT-G----ACA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAA--TTC---A-TTG-AAA-TC-AAA-----CCGCT-AAT-C-gtaat
gi|62542                      :                    G-GTTAG--CAC-TG-A-CCA--------AT-CG-----T---T--G--AA-T-----T--G-AGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--CTAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGAcatggataat
gi|62543                      :                       TTAA--TGC-T--A-CCGGCGG--T-AT-TG-----T---C--G--GA-TAG---T--G-CGT-TT-G----ATA-T-TCA-AA-A-C-AA-T-A-T--TCAA--TTT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTAAgtaat
gi|62544                      :                        CAG--TGC-T--A-CCGGAGG--T-AT-TA-----T---T--GTCGA-TAG---T--G-CGT-TT------ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CTAAAA-----TGGCC-AAT-C-GGTGAgtaat
gi|62545                      :                          G--TGC-T--T-CCGGTGG--C-AT-GG-----T---C--G--GA-TAC---T--G------T-G----ATA-T-GCA-AA---C-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TTG-CAA-TC-AAC-----CAGCC-AAT-C-GATGgtaat
gi|62546                      :                                                      -----T---C--G--GA-T-----T--G-AGT-TT-G----TTA-T-GCA-AA-A-T-AG-C-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CT-AAA-----TGGTC-AGT-C-GGTGAggtaa
gi|62547                      :                                                                   --GA-GAT---T--G-AGT-TTTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAataat
gi|62548                      :                                                    tc-----T---C--G--GA-T-----T--G-AAT-TT-G----TTA-T-GCAGAA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---ATTTG-AGA-CC-AAA-----TGACCGAGT-C-GGTGAgtaat
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gi|62550                      :                                                                           ---T--G-AGT-TT-G----TTA-T-GCA-AT-G-C-AGGT-A-T--TCGT--TCT---A-TTG-AGA-CC-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtaat
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gi|62552                      :                                                                                     T-TT-G----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--CCAT--TTC---C-TTA-AAAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GGTgctaat
gi|62553                      :                                                                                   taT-TT-G----ATA-T-GCA-AA-G-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TTG-AAA-TC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAtggtagt





Alignments
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lowQualScore                  :        .. . ...     .     ..   . .. .       . .  ..  ..... ... .. ..  .  ..... .. ..  .   .....  . .   .  . . .  ... . ..    ..   ... .  . .     .   .....     .   . .     
lowQualScore                  :        77 3 999     1     33   0 33 0       0 0  33  33333 333 33 33  9  55555 22 99  9   22222  9 6   9  9 7 7  999 9 22    22   555 9  9 7     8   33333     0   0 0     
consensus                     : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
Reference ( family-374 )      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
gi|62505                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-TGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-CC-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62506                      : ACTCAAT--C-C---GATTA-GTCAG--TGC-T--A-CCCGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAC-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62507                      : ACTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCAGTGT-T-AT--TG-----T---C--A--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-TGTGAgtaat
gi|62508                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTTG-T-AT--TG-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-T-GCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACC-AAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62509                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-C-GGT---T-AT---G-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-TAGCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACCAAAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62510                      : ATTCAAT--G-C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-GT--GG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaat
gi|62511                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGGTGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TC-G-AGACC-AAA-----TAGCC-AAT-C-TATGA
gi|62512                      : ACTCAAT--CTC---GATTG-GTCAG--TGC-CTGA-CCCA-GG-T-AT---G-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTAGT-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAgtaat
gi|62513                      : ACTCA-T--CGC---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-TTAT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---TTGG-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-AAC-AG-T-A-T--T-AT--TCT---A-TT-G-AGACA-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtcat
gi|62514                      : ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T--AACCTGCGG-C-AT--TG-----T---C--G---A-TA-G---T--G-CGT-T-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-ATT--TCAT--TCT---A-TT-G-AGA-C-AAA------GGCC-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62515                      : ATTCACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-C--A-CCGATGA-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTGATATATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-T-A--TCAT--TTT---A-TT-G-GGACC-AAA-----CGGCC-ATT-C-AGTgtaat
gi|62516                      : ATTCACT--G-C---AATTG-GACAG--TGA-A--A-CTGGTGG-T-AT--TG-----T---T--G--AA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TG-G-AGACC-AAA-----TGGTC-AAT-C-GATGA
gi|62517                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-TCCAG--TG--T--A-C-GGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TAT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAg
gi|62518                      : ATTCAAT--G-C---GATAG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-A---TG-----T---C--G--G
gi|62519                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTTAG--GGA-A--A-CCAGTGT-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-------------------------T-GTA-AA-G-C-AG-A-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGGAC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62520                      : ATTCAAT--G-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--A--AG-TA-C---C--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AATA-A-AG-----T--TCAT--TTA---A-TT-G-AAATT-AAA-----Cgtaat
gi|62521                      : ATTCAAT--G-G---GATTG-GTC----TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--T-GGT-TTG----GTA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATT--AA-----CTGCC-AAT-C-GATGcaaaaagcgatgggtaa
gi|62522                      : ATTTAAT--G-C---GATTG-GTCAA--TGA-T--A-TCGGTGG-T-ATA-TG-----G---T--G--GG-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TAC---A--------ATC-AAA-----ATGCC-AAT-ggtaat
gi|62523                      : ACTCAAT--------GAATG-GTTAGCCTGCCT--A-CCGGCAAAT-AT--T----------C--G--GAATAGC---T--G-CGC-TTT----GTA-T-GCA-AA-A-C-AGTT-A-T--T-AT--TCT---A-TT-GCAGACC-AAA-----TGGCC-
gi|62524                      : ATTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TG
gi|62525                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGA
gi|62526                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTA----GTA-T-GCA-AA-A-C----T-A-T--TATT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGAgtaat
gi|62527                      :   TCAATTGC-G---GATGGCGTCAG--TGC-T--A-CCGGTGGCC-AT--GG-----T---CCGG--GG-TA-C---C--GATGTCTTC----ATA-TCGCA-AA-C-T-AG-A-G-T--TCAT--ACTTTAA-TT-GAAAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-AATGagtaat
gi|62528                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGG-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---A--G--GA-TA-CGATT--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-GA-A-C-AG-C-A-T--TCAG--TGT---A-TT-A-AAACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62529                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-A--A-CCAGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-ATA-AA-G-C-AG-C-A-CAGTCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CAACC-AAT-C-GATGAacaa
gi|62530                      :    CACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TGGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-AA-C---T--G-TTT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGATC-AAA-----TGGCA-AAT-C-GATgtaa
gi|62531                      :    CAAT--G-T---GATTG-ATCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-ATGTTT-----T---C--------TA-----T--A-AAT-TTG----C-A-T-GCA-AA---T-AG-A-G-T--TAAT--TTC---A-TT-A-AAACT-AAC-----CCGCC-AAT-C-GAT
gi|62532                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGATGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-------------------------TA-T-GTA-AA-AGC-AA-T-A-T--TCAT--TTT---A-CT-G-AGGCC-AAA-----CGaggtaa
gi|62533                      :      AT--C-C---GA------CAA--TAC-C--G-CCGGTAG-C-AC--TGACCAAT---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-GAA-----TGACC-AGT-C-GGTGAatgagtaat
gi|62534                      :      AC--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATG---------------------------------------------------ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAgtaat
gi|62535                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAtaa
gi|62536                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAttgat
gi|62537                      :        --C-C---CACTG-GTCAG--TGA-T--G-CCAGTGG-T-AT--TT-----T---C--G--AA-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-G-GCT-TA-A-C-AG-C-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AAACC--AA-----CGGCC-TAA-C-AATGAttgat
gi|62538                      :           -C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-G---TG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaa
gi|62539                      :           -C---GATTG-GTCAG--AGC-T--A-CAGGTGC-C-AT--GG-----T---C--A--GG-TG-C---T--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-A-----------A-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-
gi|62540                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGATGG-T-AT--TA-----T---C--G--GG-AA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--GCAT--TCT---A-TT-A-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGAaagggtaa
gi|62541                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CAGATAG-T-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--A-TGT-TTG----ACA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAA--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCT-AAT-C-gtaat
gi|62542                      :                    G-GTTAG--CAC-TG-A-CCA-------AT--CG-----T---T--G--AA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--CTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGAcatggataat
gi|62543                      :                       TTAA--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-TCA-AA-A-C-AA-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTAAgtaat
gi|62544                      :                        CAG--TGC-T--A-CCGGAGG-T-AT--TA-----T---T--GTCGA-TA-G---T--G-CGT-TT-----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACTAAAA-----TGGCC-AAT-C-GGTGAgtaat
gi|62545                      :                          G--TGC-T--T-CCGGTGG-C-AT--GG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G------TG----ATA-T-GC--AA-A-C-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-CAATC-AAC-----CAGCC-AAT-C-GATGgtaat
gi|62546                      :                                                      -----T---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-T-AG-C-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACT-AAA-----TGGTC-AGT-C-GGTGAggtaa
gi|62547                      :                                                                                      T-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAataat
gi|62548                      :                                          tcgagattgagt-----T---C--G--GA-T------T--G-AAT-TTG----TTA-T-GCAGAA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---ATTT-G-AGACC-AAA-----TGACCGAGT-C-GGTGAgtaat
gi|62549                      :                                                                       -TA-G---T--G-TGT-TTG------A-T-GCA-AA-A-C-AG-TTA-T--TCATCGTCC---A-TT-G-AGACA-AAT-----TGGCC-AGT-C-GGTGAtaat
gi|62550                      :                                                                            ---T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AT-G-C-AGGT-A-T--TCGT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtaat
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gi|62552                      :                                                                                      T-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--CCAT--TTC---C-TTAA-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GGTgctaat
gi|62553                      :                                                                                    taT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAtggtagt





Alignments
lowQualScore                  :        11 2 111     1     11   1 22 1       2 1  44  22222 333 11 11  0  77777 11 55  0   44444  0 2   0  0 1 1  222 0 11    11   111 0  0 1     1   22222     1   2 2     
lowQualScore                  :        .. . ...     .     ..   . .. .       . .  ..  ..... ... .. ..  .  ..... .. ..  .   .....  . .   .  . . .  ... . ..    ..   ... .  . .     .   .....     .   . .     
lowQualScore                  :        77 3 999     1     33   0 33 0       0 0  33  33333 333 33 33  9  55555 22 99  9   22222  9 6   9  9 7 7  999 9 22    22   555 9  9 7     8   33333     0   0 0     
consensus                     : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
Reference ( family-374 )      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
gi|62505                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-TGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-CC-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62506                      : ACTCAAT--C-C---GATTA-GTCAG--TGC-T--A-CCCGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAC-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62507                      : ACTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCAGTGT-T-AT--TG-----T---C--A--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-TGTGAgtaat
gi|62508                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTTG-T-AT--TG-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-T-GCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACC-AAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62509                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-C-GGT---T-AT---G-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-TAGCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACCAAAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62510                      : ATTCAAT--G-C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-GT--GG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaat
gi|62511                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGGTGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TC-G-AGACC-AAA-----TAGCC-AAT-C-TATGA
gi|62512                      : ACTCAAT--CTC---GATTG-GTCAG--TGC-CTGA-CCCA-GG-T-AT---G-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTAGT-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAgtaat
gi|62513                      : ACTCA-T--CGC---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-TTAT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---TTGG-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-AAC-AG-T-A-T--T-AT--TCT---A-TT-G-AGACA-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtcat
gi|62514                      : ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T--AACCTGCGG-C-AT--TG-----T---C--G---A-TA-G---T--G-CGT-T-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-ATT--TCAT--TCT---A-TT-G-AGA-C-AAA------GGCC-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62515                      : ATTCACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-C--A-CCGATGA-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTGATATATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-T-A--TCAT--TTT---A-TT-G-GGACC-AAA-----CGGCC-ATT-C-AGTgtaat
gi|62516                      : ATTCACT--G-C---AATTG-GACAG--TGA-A--A-CTGGTGG-T-AT--TG-----T---T--G--AA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TG-G-AGACC-AAA-----TGGTC-AAT-C-GATGA
gi|62517                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-TCCAG--TG--T--A-C-GGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TAT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAg
gi|62518                      : ATTCAAT--G-C---GATAG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-A---TG-----T---C--G--G
gi|62519                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTTAG--GGA-A--A-CCAGTGT-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-------------------------T-GTA-AA-G-C-AG-A-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGGAC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62520                      : ATTCAAT--G-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--A--AG-TA-C---C--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AATA-A-AG-----T--TCAT--TTA---A-TT-G-AAATT-AAA-----Cgtaat
gi|62521                      : ATTCAAT--G-G---GATTG-GTC----TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--T-GGT-TTG----GTA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATT--AA-----CTGCC-AAT-C-GATGcaaaaagcgatgggtaa
gi|62522                      : ATTTAAT--G-C---GATTG-GTCAA--TGA-T--A-TCGGTGG-T-ATA-TG-----G---T--G--GG-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TAC---A--------ATC-AAA-----ATGCC-AAT-ggtaat
gi|62523                      : ACTCAAT--------GAATG-GTTAGCCTGCCT--A-CCGGCAAAT-AT--T----------C--G--GAATAGC---T--G-CGC-TTT----GTA-T-GCA-AA-A-C-AGTT-A-T--T-AT--TCT---A-TT-GCAGACC-AAA-----TGGCC-
gi|62524                      : ATTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TG
gi|62525                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGA
gi|62526                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTA----GTA-T-GCA-AA-A-C----T-A-T--TATT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGAgtaat
gi|62527                      :   TCAATTGC-G---GATGGCGTCAG--TGC-T--A-CCGGTGGCC-AT--GG-----T---CCGG--GG-TA-C---C--GATGTCTTC----ATA-TCGCA-AA-C-T-AG-A-G-T--TCAT--ACTTTAA-TT-GAAAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-AATGagtaat
gi|62528                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGG-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---A--G--GA-TA-CGATT--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-GA-A-C-AG-C-A-T--TCAG--TGT---A-TT-A-AAACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62529                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-A--A-CCAGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-ATA-AA-G-C-AG-C-A-CAGTCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CAACC-AAT-C-GATGAacaa
gi|62530                      :    CACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TGGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-AA-C---T--G-TTT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGATC-AAA-----TGGCA-AAT-C-GATgtaa
gi|62531                      :    CAAT--G-T---GATTG-ATCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-ATGTTT-----T---C--------TA-----T--A-AAT-TTG----C-A-T-GCA-AA---T-AG-A-G-T--TAAT--TTC---A-TT-A-AAACT-AAC-----CCGCC-AAT-C-GAT
gi|62532                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGATGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-------------------------TA-T-GTA-AA-AGC-AA-T-A-T--TCAT--TTT---A-CT-G-AGGCC-AAA-----CGaggtaa
gi|62533                      :      AT--C-C---GA------CAA--TAC-C--G-CCGGTAG-C-AC--TGACCAAT---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-GAA-----TGACC-AGT-C-GGTGAatgagtaat
gi|62534                      :      AC--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATG---------------------------------------------------ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAgtaat
gi|62535                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAtaa
gi|62536                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAttgat
gi|62537                      :        --C-C---CACTG-GTCAG--TGA-T--G-CCAGTGG-T-AT--TT-----T---C--G--AA-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-G-GCT-TA-A-C-AG-C-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AAACC--AA-----CGGCC-TAA-C-AATGAttgat
gi|62538                      :           -C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-G---TG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaa
gi|62539                      :           -C---GATTG-GTCAG--AGC-T--A-CAGGTGC-C-AT--GG-----T---C--A--GG-TG-C---T--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-A-----------A-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-
gi|62540                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGATGG-T-AT--TA-----T---C--G--GG-AA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--GCAT--TCT---A-TT-A-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGAaagggtaa
gi|62541                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CAGATAG-T-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--A-TGT-TTG----ACA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAA--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCT-AAT-C-gtaat
gi|62542                      :                    G-GTTAG--CAC-TG-A-CCA-------AT--CG-----T---T--G--AA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--CTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGAcatggataat
gi|62543                      :                       TTAA--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-TCA-AA-A-C-AA-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTAAgtaat
gi|62544                      :                        CAG--TGC-T--A-CCGGAGG-T-AT--TA-----T---T--GTCGA-TA-G---T--G-CGT-TT-----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACTAAAA-----TGGCC-AAT-C-GGTGAgtaat
gi|62545                      :                          G--TGC-T--T-CCGGTGG-C-AT--GG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G------TG----ATA-T-GC--AA-A-C-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-CAATC-AAC-----CAGCC-AAT-C-GATGgtaat
gi|62546                      :                                                      -----T---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-T-AG-C-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACT-AAA-----TGGTC-AGT-C-GGTGAggtaa
gi|62547                      :                                                                                      T-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAataat
gi|62548                      :                                          tcgagattgagt-----T---C--G--GA-T------T--G-AAT-TTG----TTA-T-GCAGAA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---ATTT-G-AGACC-AAA-----TGACCGAGT-C-GGTGAgtaat
gi|62549                      :                                                                       -TA-G---T--G-TGT-TTG------A-T-GCA-AA-A-C-AG-TTA-T--TCATCGTCC---A-TT-G-AGACA-AAT-----TGGCC-AGT-C-GGTGAtaat
gi|62550                      :                                                                            ---T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AT-G-C-AGGT-A-T--TCGT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtaat
gi|62551                      :                                                                            ---T--G-AGT-TTG----TTA-TAGCA-AA---C-GG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGACC-AAAATGAGCTACG-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62552                      :                                                                                      T-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--CCAT--TTC---C-TTAA-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GGTgctaat
gi|62553                      :                                                                                    taT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAtggtagt


blockSeqs                     :        TG T AAC     C     CC     TG         A    GT  ACCAA GGG CG TC     CGAT  TG AT      ATATA    A        A G  TT    AG    CG   TTA      C     A   ATGAG         C T
blockSeqs                     :        .  G .       .     .      G          C    A   .     GGG .  .      GC    .  C       T        C        G G  TT    .     .    .        A     A   .             C T
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    A   .     .   .  .      G     .  C       A        A        . .  GT    .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    A   .     .   .  .      G     .  C       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  C       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  C       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  C       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  C       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  G       A        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  C       G        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  T       A        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       A        .        . .  C     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  T       G        .        . .  C     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       C        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  A       T        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  A       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      T     .  T       G        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  T       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  T       G        .        . .  C     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  C       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :        .  . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  T       A        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :           . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      C     .  A       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :           . .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      G     .  C       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :             .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  C       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :             .       .     .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  A       A        .        . .  A     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :                     .     .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  A       T        .        . .  C     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :                           .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  T       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :                           .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  A       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             . .
blockSeqs                     :                           .      .          .    .   .     .   .  .      .     .  A       T        .        . .  T     .     .    .        .     .   .             .  
blockSeqs                     :                                                      .     .   .  .      .     .  .       T        .        . .  A     .     .    .        .     .   .                
blockSeqs                     :                                                      .     .   .  .      .     .  .       A        .        . .  T     .     .    .        .     .   .                
blockSeqs                     :                                                                                .  .       A        .        . .  .     .     .    .        .     .   .                
blockSeqs                     :                                                                                .  .       .        .        . .  .     .     .    .        .                          
blockSeqs                     :                                                                                           .        .        . .  .     .     .    .        .                          
blockSeqs                     :                                                                                           .        .        . .  .     .                                              


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
finalCons                     : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA





Alignments
lowQualScore                  :        11 2 111     1     11   1 22 1       2 1  44  22222 333 11 11  0  77777 11 55  0   44444  0 2   0  0 1 1  222 0 11    11   111 0  0 1     1   22222     1   2 2     
lowQualScore                  :        .. . ...     .     ..   . .. .       . .  ..  ..... ... .. ..  .  ..... .. ..  .   .....  . .   .  . . .  ... . ..    ..   ... .  . .     .   .....     .   . .     
lowQualScore                  :        77 3 999     1     33   0 33 0       0 0  33  33333 333 33 33  9  55555 22 99  9   22222  9 6   9  9 7 7  999 9 22    22   555 9  9 7     8   33333     0   0 0     
consensus                     : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
Reference ( family-374 )      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-CGT-TTG----NTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGA
gi|62505                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-TGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-CC-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62506                      : ACTCAAT--C-C---GATTA-GTCAG--TGC-T--A-CCCGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAC-----TGGCC-AGT-C-GGTGA
gi|62507                      : ACTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCAGTGT-T-AT--TG-----T---C--A--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-TGTGAgtaat
gi|62508                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTTG-T-AT--TG-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-T-GCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACC-AAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62509                      : ACTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-C-GGT---T-AT---G-----C---C--G--GA-TT-G---T--G-CTT-TTA----GTA-TAGCA-AA-C-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TC-G-AGACCAAAA-----CTGCC-CAT-C-GGTGAgtaat
gi|62510                      : ATTCAAT--G-C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-GT--GG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaat
gi|62511                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGGTGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TC-G-AGACC-AAA-----TAGCC-AAT-C-TATGA
gi|62512                      : ACTCAAT--CTC---GATTG-GTCAG--TGC-CTGA-CCCA-GG-T-AT---G-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----TTAGT-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAgtaat
gi|62513                      : ACTCA-T--CGC---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGCGG-TTAT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---TTGG-CGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-AAC-AG-T-A-T--T-AT--TCT---A-TT-G-AGACA-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtcat
gi|62514                      : ACTCAAT--T-CAACGATTG-GTCAG--TGC-T--AACCTGCGG-C-AT--TG-----T---C--G---A-TA-G---T--G-CGT-T-G----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-ATT--TCAT--TCT---A-TT-G-AGA-C-AAA------GGCC-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62515                      : ATTCACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-C--A-CCGATGA-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTGATATATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-T-A--TCAT--TTT---A-TT-G-GGACC-AAA-----CGGCC-ATT-C-AGTgtaat
gi|62516                      : ATTCACT--G-C---AATTG-GACAG--TGA-A--A-CTGGTGG-T-AT--TG-----T---T--G--AA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GTA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TG-G-AGACC-AAA-----TGGTC-AAT-C-GATGA
gi|62517                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-TCCAG--TG--T--A-C-GGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TAT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAg
gi|62518                      : ATTCAAT--G-C---GATAG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-A---TG-----T---C--G--G
gi|62519                      : ATTCAAT--C-C---GATTG-GTTAG--GGA-A--A-CCAGTGT-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-------------------------T-GTA-AA-G-C-AG-A-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGGAC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62520                      : ATTCAAT--G-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--A--AG-TA-C---C--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AATA-A-AG-----T--TCAT--TTA---A-TT-G-AAATT-AAA-----Cgtaat
gi|62521                      : ATTCAAT--G-G---GATTG-GTC----TGC-T--A-CTGGGGG-C-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--T-GGT-TTG----GTA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATT--AA-----CTGCC-AAT-C-GATGcaaaaagcgatgggtaa
gi|62522                      : ATTTAAT--G-C---GATTG-GTCAA--TGA-T--A-TCGGTGG-T-ATA-TG-----G---T--G--GG-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--TCAT--TAC---A--------ATC-AAA-----ATGCC-AAT-ggtaat
gi|62523                      : ACTCAAT--------GAATG-GTTAGCCTGCCT--A-CCGGCAAAT-AT--T----------C--G--GAATAGC---T--G-CGC-TTT----GTA-T-GCA-AA-A-C-AGTT-A-T--T-AT--TCT---A-TT-GCAGACC-AAA-----TGGCC-
gi|62524                      : ATTCAGT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TG
gi|62525                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G-TGT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGA
gi|62526                      :   TCAAT--C-C---GCTTG-GTCAG--TGC-T--A-CTTGTGT-T-ATA-TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTA----GTA-T-GCA-AA-A-C----T-A-T--TATT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCT-GAT-C-AATGAgtaat
gi|62527                      :   TCAATTGC-G---GATGGCGTCAG--TGC-T--A-CCGGTGGCC-AT--GG-----T---CCGG--GG-TA-C---C--GATGTCTTC----ATA-TCGCA-AA-C-T-AG-A-G-T--TCAT--ACTTTAA-TT-GAAAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-AATGagtaat
gi|62528                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGG-T--A-CCGGTGG-T-AT--TG-----T---A--G--GA-TA-CGATT--G-TGT-TTG----ATA-T-GCA-GA-A-C-AG-C-A-T--TCAG--TGT---A-TT-A-AAACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GATGA
gi|62529                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGT-A--A-CCAGTGG-C-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-T---T--G-TGT-TTG----ATA-T-ATA-AA-G-C-AG-C-A-CAGTCAT--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CAACC-AAT-C-GATGAacaa
gi|62530                      :    CACT--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TGGGTGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-AA-C---T--G-TTT-TTG----GTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGATC-AAA-----TGGCA-AAT-C-GATgtaa
gi|62531                      :    CAAT--G-T---GATTG-ATCAG--TGC-T--A-CTGGGGG-C-ATGTTT-----T---C--------TA-----T--A-AAT-TTG----C-A-T-GCA-AA---T-AG-A-G-T--TAAT--TTC---A-TT-A-AAACT-AAC-----CCGCC-AAT-C-GAT
gi|62532                      :    CAAT--C-C---GATTG-GTCAG--TGA-A--A-CCGATGG-C-AT--TG-----T---T--G--GA-------------------------TA-T-GTA-AA-AGC-AA-T-A-T--TCAT--TTT---A-CT-G-AGGCC-AAA-----CGaggtaa
gi|62533                      :      AT--C-C---GA------CAA--TAC-C--G-CCGGTAG-C-AC--TGACCAAT---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-GAA-----TGACC-AGT-C-GGTGAatgagtaat
gi|62534                      :      AC--C-C---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATG---------------------------------------------------ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAgtaat
gi|62535                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAtaa
gi|62536                      :        --C-T---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-TCGATGG-T-A---TG-----TGGGC--T--GA-TA-C---T--T-TGT-TTA----GTA-T-ATA-AA-A-T-AG-T-G-T--TCAT--TTT---A-TT-G--CATT-AAA-----CTACC-AAT-T-GATGAttgat
gi|62537                      :        --C-C---CACTG-GTCAG--TGA-T--G-CCAGTGG-T-AT--TT-----T---C--G--AA-TA-C---T--G-TGT-TTG----ATA-G-GCT-TA-A-C-AG-C-A-T--TCAT--TTT---A-TT-G-AAACC--AA-----CGGCC-TAA-C-AATGAttgat
gi|62538                      :           -C---GGTTG-GTCAG--TGC-T--T-CCAGTGG-T-G---TG-----T---T--G--GG-TA-T---C--A-TAT-TTG----ATA-T-GC---A-A-CGAG-----T--CCAT--TTC---A-TT-G-AAAgtaa
gi|62539                      :           -C---GATTG-GTCAG--AGC-T--A-CAGGTGC-C-AT--GG-----T---C--A--GG-TG-C---T--T-TGT-TTG----GTA-T-GCA-A-----------A-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCC-AAT-C-
gi|62540                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CCGATGG-T-AT--TA-----T---C--G--GG-AA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-C-AG-T-A-T--GCAT--TCT---A-TT-A-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTGAaagggtaa
gi|62541                      :             ---GATTG-GTCAG--TGC-T--A-CAGATAG-T-AT--GG-----T---C--G--GG-TA-C---T--A-TGT-TTG----ACA-T-GC--AA-A-T-AG-A-G-T--TCAA--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CCGCT-AAT-C-gtaat
gi|62542                      :                    G-GTTAG--CAC-TG-A-CCA-------AT--CG-----T---T--G--AA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--CTAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGT-C-GGTGAcatggataat
gi|62543                      :                       TTAA--TGC-T--A-CCGGCGG-T-AT--TG-----T---C--G--GA-TA-G---T--G-CGT-TTG----ATA-T-TCA-AA-A-C-AA-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGACC-AAA-----CGGCC-AAT-C-GGTAAgtaat
gi|62544                      :                        CAG--TGC-T--A-CCGGAGG-T-AT--TA-----T---T--GTCGA-TA-G---T--G-CGT-TT-----ATA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACTAAAA-----TGGCC-AAT-C-GGTGAgtaat
gi|62545                      :                          G--TGC-T--T-CCGGTGG-C-AT--GG-----T---C--G--GA-TA-C---T--G------TG----ATA-T-GC--AA-A-C-AG-A-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-CAATC-AAC-----CAGCC-AAT-C-GATGgtaat
gi|62546                      :                                                      -----T---C--G--GA-T------T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-T-AG-C-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACT-AAA-----TGGTC-AGT-C-GGTGAggtaa
gi|62547                      :                                                                                      T-TTG----TTA-T-GCA-AA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGACC-AGT-CTGGTGAataat
gi|62548                      :                                          tcgagattgagt-----T---C--G--GA-T------T--G-AAT-TTG----TTA-T-GCAGAA-A-C-AG-T-A-T--TCAT--TCT---ATTT-G-AGACC-AAA-----TGACCGAGT-C-GGTGAgtaat
gi|62549                      :                                                                       -TA-G---T--G-TGT-TTG------A-T-GCA-AA-A-C-AG-TTA-T--TCATCGTCC---A-TT-G-AGACA-AAT-----TGGCC-AGT-C-GGTGAtaat
gi|62550                      :                                                                            ---T--G-AGT-TTG----TTA-T-GCA-AT-G-C-AGGT-A-T--TCGT--TCT---A-TT-G-AGACC-AAA-----TGGCC-AGTCC-GGTGAgtaat
gi|62551                      :                                                                            ---T--G-AGT-TTG----TTA-TAGCA-AA---C-GG-T-A-T--TCAA--TTT---A-TT-G-AGACC-AAAATGAGCTACG-AGT-C-GGTGAgtaat
gi|62552                      :                                                                                      T-TTG----ATA-T-GCA-AA-A-T-AG-A-G-T--CCAT--TTC---C-TTAA-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GGTgctaat
gi|62553                      :                                                                                    taT-TTG----ATA-T-GCA-AA-G-T-AG-T-G-T--TCAT--TTC---A-TT-G-AAATC-AAA-----CAGCC-AAT-C-GATGAtggtagt