lowQualScore : 111111 1
lowQualScore : 0 0 777 44444444 11 0 777777 0 1 0 0 55555555555 0 11 11 444444444 1 11 11 11 0 1 1 0 33 11 11 11 11 111 0
lowQualScore : . . ... ........ .. . ...... . . . . ........... . .. .. ......... . .. .. .. . . . . .. .. .. .. .. ... .
lowQualScore : 9 9 333 00000000 22 9 999999 9 8 8 8 77777777777 8 11 11 000000000 6 11 11 11 8 6 6 8 22 99 11 99 99 444 8
consensus : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
Reference ( gi|109417 ) : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109424 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--G--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109420 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TT-T----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109421 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTT-GATA---T--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109426 : CAGT-GATTTTCC-TA-C-A--------T--T-TT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTC-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109425 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TTT------ACA-AAG-GGTTCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATATTTT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109415 : CAGT-GATTTTTC-TA---A--------T--T-TTTT----CACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109427 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TAT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--T---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109416 : CAGT-CATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TGT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109414 : CAGT-GATATTTC-TA-T-A--------T--T-TTT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGGAAAAT
gi|109423 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------C--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTTGGAAAAAT
gi|109419 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT-----A-A-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-AATA--TT--T--CAAT--C---A-AATTAGGAAAAAT
gi|109422 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TTT------ACA-AAA-GGT-C------------T-G--T--GGC---------TTTTCGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GTT-GAT---TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109429 : CAGT-GATTTTTC-TA------------------TTT----TACA-AA--GGT-CC-----------TGG--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AACTAGGAAAAAT
gi|109418 : CAGT-GGTTTTTC-CA-T-A--------A--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109431 : CATT-GATTTTTT-TA-T-A--------C--A-TTTT-----AAA-AAG-GGT-CT-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--CGGAAA-AA-T-T-GTC-GACA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109430 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--C-TTG------AAG-AAG-GGT-TC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-GTC-AAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109432 : CAGC-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-A-A-GTC-GATA--TT--G--CAGT--C---A-AATTGGGAAATAT
gi|109436 : CAGC-GATTTTTC-TG-T-A--------T--T-TTTT----TACA-A-G-GGT-TC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTA-AATT--TT--T--CAGT--C---A-CATTGGAAAAA
gi|109437 : CAGT-GATTTTTC-TATC-A--------T--T-TTTT-----ACA-A-G-AGT-TC-----------C-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-ATT-GATAT-TT--T--CAGT--C---A-AATTG
gi|109433 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GTGAAA-AA-A-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--T---A-AAATGAGAAA
gi|109428 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-AA-------TAAT-CTTT----TGCA-A-G-GGC-CC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--AAGGAA-AA-C-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109438 : CAGT-GATTGTTC-AA-T-A--------T--T-TTTC-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--AGGAAA-AA-AAT-GTT-GGTA--TT--T--CAGT--C---A-AATGGAGAAAAAT
gi|109440 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTT------ACA-A-G-ATT-CT-----------T-T--T--GGG---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-TTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AAACGGGAAAAAT
gi|109435 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A-----------T-TTTT----TAC--ATG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCTGCTATTA--TT--GGGAAA-AA-T-T--TC-GATA--TTAAT--CAGTC-C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109434 : CAGT-GAATTTTC-TA-A-AAAAAAAAAT--T-GTT--------A-AAA-AGT-CC-----------T-G--C--GAC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTC-AATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109452 : CATT-GATTTCTC-TAAC-A--------T--T-CTTT----TACA-AAG-G---CC-----------T-A--T--GGC---------TTT-CGA--A--TC--TAGCAA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--TC-CAGT--C---ATAATTGCGATAA
gi|109445 : CAGTTGATTTTCT-TA-C---------------TTTT----TACA---G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--
gi|109439 : CAGT-AAATTTTC-TA-T-A--------A--T-TTTT-----ACA-ACG-G-T-CG-----------T-A--T--GGC---------TTT-GGA--A--TT--GGAATA-AA-T-T-GTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-ATTTGGGAAATAT
gi|109450 : CAGG-GATTTCTT-TA-T-A--------T--T-TTTT-----ACA-A-G-GGT-CA-----------T-G--C--GTT---------TTA-CAA--A--TT--GTGAAA-AG-T-T-ACC-GATA--TT--C--CAAT--C---A-CATTGTGGAAAAT
gi|109448 : CAGT-GAT--------------------T--T-TTTT----TAC--AAG-GAT-CC-----------T-G--T--GAA---------CTT-TGA--A--TT--AAGAAA-AA-A-T-TTC-GATA--TT--T--CAGT--C---A-AAT
gi|109447 : CAGT-GATTTTTT-T--C-G--------T--T-TTTT-------A-AAC-CAC-CC-----------T-C-------C---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AGC-AACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGAGAAAAAT
gi|109442 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--T-TTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AGC-GACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109441 : CAGA-GATTTTTT-AA-G-G--------T--C-TTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-ATC-GACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109453 : CAGT-GATTTTTT-TT-C-A--------A--T-TTTTAAACTACC-A-------CC-----------C-C--T--CCC---------TTT--GA--A--TT--AGGAAA-AA-T-T-AGC-AACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109443 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--T-TTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AGC-GACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109444 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--T-TTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AAAT-T-AGC-GACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109446 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--C-TTGA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-C-A--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AGT-GACA--TT--T--GCTT--G---A-AATTGGAAAAAA
gi|109454 : CAGT-GATTTTT----------------T--T-TTTTAAC-TACA---------CC-----------T-ACCT--CAC---------TTT-TGA--A--TTTTGGGGAA-AA-T-T-AGC-GACA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
gi|109449 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--C-TTCA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAC-AA-T-T-AAC-GACA--TT--T-----T--CTATA-AATTGGGAAGA
gi|109455 : GT-GATTTTTC-TA-TTA--------T--T-TGTT----TACA-AAGCGGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-TGT-GTC-GATA--TT--T--CAGTTCC---G-AATTGGGGAAAA
gi|109456 : GT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TTTT----CAC--AAG-GGT-CCTACA-------T-G--TAGGGCTTTCTGAAGTTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-TTC-CATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109457 : T-AATTTTTC-TA-T-A--------T--T-TT------TACA-AA--GGT-TC-----------T-G--T--GGCT--------TTT-CAA--A--TT--GGGATA-AA-T-T-GTT-ATTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGAAAAA
gi|109459 : -GATTTTTC-TA-C-A--------T--T-TTT-------CATAAG-GGT-CC-----------A-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GTT-GATA--TT--T--CATT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109460 : -GATTTTTCCTA-T-A--------T--T-TTTT-----ATA-A---GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-C-A--A--TT--GGAAAA-AA-T---GTT-GATA--TA--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAA
gi|109458 : -C-A--------T--T-ATTT----CA-----G-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGGAA-AACT-T-AGC-GACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109461 : tgattttgaaaagg-A--------T--TATTTT----TACA-A-G-GGT-CCCTGTCATATAGT-G--T--GAC---------TTT-CGG--AATTT--GGGAAA-AA-T-TTGTTCGATA--TT--TTTCTGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109462 : ttttacaaatct--T-TTTT----TACA-T-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CA-----------GGGAA-AA-T-T-GTT-GTTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109463 : AG-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAATAA-T-A-GC--GACA--TT--T--TCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109464 : tatcC---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AGC-GACA--TT--T--TTCT--C---A-AATTGCGAAAAAT
gi|109465 : C---------CTT-TGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-AGC-GATA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|109451 ): CAGTGATTTTTTTTGTTTTTTAAACTACCACCCCCTCCCTTTGAATCGGGAAAAATTAGCGACATTTTCCTCAAATTGGGAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1
lowQualScore : 0 0 444444444444 11 666666 0 0 0 0 55555555555 0 11 11 333333333 1 11 11 11 0 1 0 0 0 11 11 11 11 111 0
lowQualScore : . . ............ .. ...... . . . . ........... . .. .. ......... . .. .. .. . . . . . .. .. .. .. ... .
lowQualScore : 9 9 555555555555 22 666666 9 8 8 8 66666666666 8 11 11 999999999 6 11 11 99 8 6 8 8 8 99 11 99 99 444 8
consensus : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
Reference ( family-366 ) : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109414 : CAGT-GATATTTC-TA-T-A--------T--TTTT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGGAAAAT
gi|109415 : CAGT-GATTTTTC-TA---A--------T--TTTTT----CACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109416 : CAGT-CATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TGT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109417 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109418 : CAGT-GGTTTTTC-CA-T-A--------A--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109419 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----A-A-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAAT--C---A-AATTAGGAAAAAT
gi|109420 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT-T----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109421 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA---T--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109422 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT------ACA-AAA-GGT-C------------T-G--T--GGC---------TTTTCGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGAT---TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109423 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------C--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTTGGAAAAAT
gi|109424 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--G--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109425 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT------ACA-AAG-GGTTCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATATTTT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109426 : CAGT-GATTTTCC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTC-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109427 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTAT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109428 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-AA-------TAATCTTT----TGCA-A-G-GGC-CC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--AAGGAA-AA-C-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109429 : CAGT-GATTTTTC-TA-T----------------TT----TACA-AA--GGT-CC-----------TGG--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AACTAGGAAAAAT
gi|109430 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--CTTG------AAG-AAG-GGT-TC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-GT-CAAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109431 : CATT-GATTTTTT-TA-T-A--------C--ATTTT-----AAA-AAG-GGT-CT-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--CGGAAA-AA-T-T-GT-CGACA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109432 : CAGC-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-A-A-GT-CGATA--TT--G--CAGT--C---A-AATTGGGAAATAT
gi|109433 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GTGAAA-AA-A-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AAATGAGAAA
gi|109434 : CAGT-GAATTTTC-TA-A-AAAAAAAAAT--TGTT--------A-AAA-AGT-CC-----------T-G--C--GAC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109435 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A-----------TTTTT----TAC--ATG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCTGCTATTA--TT--GGGAAA-AA-T-T--T-CGATA--TTAAT--CAGTC-C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109436 : CAGC-GATTTTTC-TG-T-A--------T--TTTTT----TACA-A-G-GGT-TC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-AAATT--TT--T--CAGT--C---A-CATTGGAAAAA
gi|109437 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-C--------A--TTTTT----TACA-A-G-AGT-TC-----------C-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-AT-TGATAT-TT--T--CAGT--C---A-AATTG
gi|109438 : CAGT-GATTGTTC-AA-T-A--------T--TTTTC-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TTA-GGAAAA-AA-A-T-GT-TGGTA--TT--T--CAGT--C---A-AATGGAGAAAAAT
gi|109439 : CAGT-AAATTTTC-TA-T-A--------A--TTTTT-----ACA-ACG-G-T-CG-----------T-A--T--GGC---------TTT-GGA--A--TT--GGAATA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-ATTTGGGAAATAT
gi|109440 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTT------ACA-A-G-ATT-CT-----------T-T--T--GGG---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAACGGGAAAAAT
gi|109441 : CAGA-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AT-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109442 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109443 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109444 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AAAT-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109445 : CAGTTGATTTTCT-TA-C--------------TTTT----TACA---G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--
gi|109446 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTGA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-C-A--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-TGACA--TT--T--GCTT--G---A-AATTGGAAAAAA
gi|109447 : CAGT-GATTTTTT-T--C-G--------T--TTTTT-------A-AAC-CAC-CC-----------T-C-------C---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGAGAAAAAT
gi|109448 : CAGT-GAT--------------------T--TTTTT----TAC--AAG-GAT-CC-----------T-G--T--GAA---------CTT-TGA--A--TT--AAGAAA-AA-A-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAT
gi|109449 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTCA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAC-AA-T-T-AA-CGACA--TT--T-----T--CTATA-AATTGGGAAGA
gi|109450 : CAGG-GATTTCTT-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CA-----------T-G--C--GTT---------TTA-CAA--A--TT--GTGAAA-AG-T-T-AC-CGATA--TT--C--CAAT--C---A-CATTGTGGAAAAT
gi|109452 : CATT-GATTTCTC-TAAC-A--------T--TCTTT----TACA-AAG-G---CC-----------T-A--T--GGC---------TTT-CGA--A--TC--TAGCAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--TC-CAGT--C---ATAATTGCGATAA
gi|109453 : CAGT-GATTTTTT-TT-C-A--------A--TTTTTAAACTACC-A-------CC-----------C-C--T--CCC---------TTT--GA--A--TT--AGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109454 : CAGT-GATTTTT----------------T--TTTTTAAC-TACA---------CC-----------T-ACCT--CAC---------TTT-TGA--A--TTTTGGGGAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
gi|109455 : GT-GATTTTTC-TA-TTA--------T--TTGTT----TACA-AAGCGGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-TGT-GT-CGATA--TT--T--CAGTTCC---G-AATTGGGGAAAA
gi|109456 : GT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----CAC--AAG-GGT-CCTACA-------T-G--TAGGGCTTTCTGAAGTTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-TT-CCATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109457 : T-AATTTTTC-TA-T-A--------T--TTT------TACA-AA--GGT-TC-----------T-G--T--GGCT--------TTT-CAA--A--TT--GGGATA-AA-T-T-GT-TATTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGAAAAA
gi|109458 : AG-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGGAA-AACT-T-AG-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109459 : tgattttgaaaaggcattatttc-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT-------CATAAG-GGT-CC-----------A-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CATT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109460 : -GATTTTTCCTA-T-A--------T--TTTTT-----ATA-A---GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-C-A--A--TT--GGAAAA-AA-T---GT-TGATA--TA--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAA
gi|109461 : TC-TA-T----------T--ATTTT----TACA-A-G-GGT-CCCTGTCATATAGT-G--T--GAC---------TTT-CGG--AATTT--GGGAAA-AA-T-TTGTTCGATA--TT--TTTCTGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109462 : ttttacaaa--TTTTT----TACA-T-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CA-----------GGGAA-AA-T-T-GT-TGTTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109463 : AG-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAATAA-T-A-G--CGACA--TT--T--TCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109464 : tatcC---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--TTCT--C---A-AATTGCGAAAAAT
gi|109465 : C---------CTT-TGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-AG-CGATA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|109451 ): CAGTGATTTTTTTTGTTTTTTAAACTACCACCCCCTCCCTTTGAATCGGGAAAAATTAGCGACATTTTCCTCAAATTGGGAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1
lowQualScore : 0 0 444444444444 11 666666 0 0 0 0 55555555555 0 11 11 333333333 1 11 11 11 0 1 0 0 0 11 11 11 11 111 0
lowQualScore : . . ............ .. ...... . . . . ........... . .. .. ......... . .. .. .. . . . . . .. .. .. .. ... .
lowQualScore : 9 9 555555555555 22 666666 9 8 8 8 66666666666 8 11 11 999999999 6 11 11 99 8 6 8 8 8 99 11 99 99 444 8
consensus : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
Reference ( family-366 ) : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109414 : CAGT-GATATTTC-TA-T-A--------T--TTTT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGGAAAAT
gi|109415 : CAGT-GATTTTTC-TA---A--------T--TTTTT----CACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109416 : CAGT-CATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TGT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109417 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109418 : CAGT-GGTTTTTC-CA-T-A--------A--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109419 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----A-A-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAAT--C---A-AATTAGGAAAAAT
gi|109420 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT-T----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109421 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA---T--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109422 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT------ACA-AAA-GGT-C------------T-G--T--GGC---------TTTTCGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGAT---TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109423 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------C--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTTGGAAAAAT
gi|109424 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--G--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109425 : CAGT-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT------ACA-AAG-GGTTCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATATTTT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109426 : CAGT-GATTTTCC-TA-C-A--------T--TTT------TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTC-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109427 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTAT------ACC-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109428 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-AA-------TAATCTTT----TGCA-A-G-GGC-CC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--AAGGAA-AA-C-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109429 : CAGT-GATTTTTC-TA-T----------------TT----TACA-AA--GGT-CC-----------TGG--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AACTAGGAAAAAT
gi|109430 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--CTTG------AAG-AAG-GGT-TC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-GT-CAAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109431 : CATT-GATTTTTT-TA-T-A--------C--ATTTT-----AAA-AAG-GGT-CT-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--CGGAAA-AA-T-T-GT-CGACA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109432 : CAGC-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-A-A-GT-CGATA--TT--G--CAGT--C---A-AATTGGGAAATAT
gi|109433 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GTGAAA-AA-A-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AAATGAGAAA
gi|109434 : CAGT-GAATTTTC-TA-A-AAAAAAAAAT--TGTT--------A-AAA-AGT-CC-----------T-G--C--GAC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109435 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A-----------TTTTT----TAC--ATG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCTGCTATTA--TT--GGGAAA-AA-T-T--T-CGATA--TTAAT--CAGTC-C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109436 : CAGC-GATTTTTC-TG-T-A--------T--TTTTT----TACA-A-G-GGT-TC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-AAATT--TT--T--CAGT--C---A-CATTGGAAAAA
gi|109437 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-C--------A--TTTTT----TACA-A-G-AGT-TC-----------C-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-AT-TGATAT-TT--T--CAGT--C---A-AATTG
gi|109438 : CAGT-GATTGTTC-AA-T-A--------T--TTTTC-----ACA-A-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TTA-GGAAAA-AA-A-T-GT-TGGTA--TT--T--CAGT--C---A-AATGGAGAAAAAT
gi|109439 : CAGT-AAATTTTC-TA-T-A--------A--TTTTT-----ACA-ACG-G-T-CG-----------T-A--T--GGC---------TTT-GGA--A--TT--GGAATA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-ATTTGGGAAATAT
gi|109440 : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTT------ACA-A-G-ATT-CT-----------T-T--T--GGG---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAACGGGAAAAAT
gi|109441 : CAGA-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AT-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109442 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109443 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109444 : CAGG-GATTTTTT-TA-G-G--------T--TTTAA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AAAT-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109445 : CAGTTGATTTTCT-TA-C--------------TTTT----TACA---G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--
gi|109446 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTGA----TATC-AGG-G---CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-C-A--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-TGACA--TT--T--GCTT--G---A-AATTGGAAAAAA
gi|109447 : CAGT-GATTTTTT-T--C-G--------T--TTTTT-------A-AAC-CAC-CC-----------T-C-------C---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGAGAAAAAT
gi|109448 : CAGT-GAT--------------------T--TTTTT----TAC--AAG-GAT-CC-----------T-G--T--GAA---------CTT-TGA--A--TT--AAGAAA-AA-A-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAT
gi|109449 : CAGG-GATTTTTT-AA-G-G--------T--CTTCA----TATC-AGG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAC-AA-T-T-AA-CGACA--TT--T-----T--CTATA-AATTGGGAAGA
gi|109450 : CAGG-GATTTCTT-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-A-G-GGT-CA-----------T-G--C--GTT---------TTA-CAA--A--TT--GTGAAA-AG-T-T-AC-CGATA--TT--C--CAAT--C---A-CATTGTGGAAAAT
gi|109452 : CATT-GATTTCTC-TAAC-A--------T--TCTTT----TACA-AAG-G---CC-----------T-A--T--GGC---------TTT-CGA--A--TC--TAGCAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--TC-CAGT--C---ATAATTGCGATAA
gi|109453 : CAGT-GATTTTTT-TT-C-A--------A--TTTTTAAACTACC-A-------CC-----------C-C--T--CCC---------TTT--GA--A--TT--AGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109454 : CAGT-GATTTTT----------------T--TTTTTAAC-TACA---------CC-----------T-ACCT--CAC---------TTT-TGA--A--TTTTGGGGAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
gi|109455 : GT-GATTTTTC-TA-TTA--------T--TTGTT----TACA-AAGCGGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-TGT-GT-CGATA--TT--T--CAGTTCC---G-AATTGGGGAAAA
gi|109456 : GT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----CAC--AAG-GGT-CCTACA-------T-G--TAGGGCTTTCTGAAGTTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-TT-CCATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109457 : T-AATTTTTC-TA-T-A--------T--TTT------TACA-AA--GGT-TC-----------T-G--T--GGCT--------TTT-CAA--A--TT--GGGATA-AA-T-T-GT-TATTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGAAAAA
gi|109458 : AG-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGGAA-AACT-T-AG-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109459 : tgattttgaaaaggcattatttc-GATTTTTC-TA-C-A--------T--TTTT-------CATAAG-GGT-CC-----------A-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CATT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109460 : -GATTTTTCCTA-T-A--------T--TTTTT-----ATA-A---GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TCT-C-A--A--TT--GGAAAA-AA-T---GT-TGATA--TA--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAA
gi|109461 : TC-TA-T----------T--ATTTT----TACA-A-G-GGT-CCCTGTCATATAGT-G--T--GAC---------TTT-CGG--AATTT--GGGAAA-AA-T-TTGTTCGATA--TT--TTTCTGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109462 : ttttacaaa--TTTTT----TACA-T-G-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CA-----------GGGAA-AA-T-T-GT-TGTTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109463 : AG-GGG-CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAATAA-T-A-G--CGACA--TT--T--TCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109464 : tatcC---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--TTCT--C---A-AATTGCGAAAAAT
gi|109465 : C---------CTT-TGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-AG-CGATA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
blockSeqs : AAAAAAAAAA AA TAAACT A CTGTCATATAG CC AG TTTCTGAAG T TT AT TT A TT AA TT TC TAT
blockSeqs : TAA . TAACT A TACA . . T G . . A C T . C C .
blockSeqs : ACA . TC A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . AT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . AT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . AT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . AT T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . TT C . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . AT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . AT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TC A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . TT A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TC . TT G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CG . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GG . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TA . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : T*****
originalCons : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT----TACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
finalCons : CAGT-GATTTTTC-TA-T-A--------T--TTTTT-----ACA-AAG-GGT-CC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|109451 ): CAGTGATTTTTTTTGTTTTTTAAACTACCACCCCCTCCCTTTGAATCGGGAAAAATTAGCGACATTTTCCTCAAATTGGGAAAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111
lowQualScore : 0 0 11 333 44444444 0 0 555555555 3 33333 0 0 55555555555 0 11 11 333333333 1 11 11 11 0 1 1 0 0 11 11 11 11 111 0
lowQualScore : . . .. ... ........ . . ......... . ..... . . ........... . .. .. ......... . .. .. .. . . . . . .. .. .. .. ... .
lowQualScore : 9 9 22 999 99999999 9 9 333333333 4 88888 8 8 66666666666 8 11 11 999999999 6 11 11 11 8 6 6 8 8 99 11 99 99 444 8
consensus : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
Reference ( family-366 ) : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109414 : CAGT-GATATTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T------ACC-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGGAAAAT
gi|109415 : CAGT-GATTTTTC-T--A---A--------TT-T-T--T----TCACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109416 : CAGT-CATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TGT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109417 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-TT-T----T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109418 : CAGT-GGTTTTTC-C--A-T-A--------AT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109419 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-A-A-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAAT--C---A-AATTAGGAAAAAT
gi|109420 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109421 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-T-------T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA---T--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109422 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-T--T------ACA-A----AA-GG-TC------------T-G--T--GGC---------TTTTCGA--A--TT--GGG-AA-AA-T-T-GT-TGAT---TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109423 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------CT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTTGGAAAAAT
gi|109424 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-T-------T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--G--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109425 : CAGT-GATTTTTC-T--A-C-A---------T-T-T--T----T-ACA-A----AG-GGTTCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATATTTT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109426 : CAGT-GATTTTCC-T--A-C-A--------TT-T-T-------T-ACA-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTC-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109427 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-A--T------ACC-A----AG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109428 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-AATAA----TC-T-T--T----T-GCA-A-----G-GG-CCC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--AAGGAA-AA-C-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109429 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T---------------T--T----T-ACA-A----A--GG-TCC-----------TGG--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AACTAGGAAAAAT
gi|109430 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TC-T-T--G------AAG-A----AG-GG-TTC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-GT-CAAAA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109431 : CATT-GATTTTTT-T--A-T-A--------CA-T-T--T----T-AAA-A----AG-GG-TCT-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--CGGAAA-AA-T-T-GT-CGACA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109432 : CAGC-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-A-A-GT-CGATA--TT--G--CAGT--C---A-AATTGGGAAATAT
gi|109433 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TCT-CCA--A--TT--GTGAAA-AA-A-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--T---A-AAATGAGAAA
gi|109434 : CAGT-GAATTTTC-T--A-A-AAAAAAAAATT-G-T--T--------A-A----AA-AG-TCC-----------T-G--C--GAC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-CAATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109435 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-AC--A----TG-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TCTGCTATTA--TT--GGGAAA-AA-T-T--T-CGATA--TTAAT--CAGTC-C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109436 : CAGC-GATTTTTC-T--G-T-A--------TT-T-T--T----TTACA-A-----G-GG-TTC-----------T-G--T--GTC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-AAATT--TT--T--CAGT--C---A-CATTGGAAAAA
gi|109437 : CAGT-GATTTTTC-T--A-TCA--------TT-T-T--T----T-AC--A----AG-AG-TTC-----------C-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-C-T-AT-TGATAT-TT--T--CAGT--C---A-AATTG
gi|109438 : CAGT-GATTGTTC-A--A-T-A--------TT-T-T--T----C-ACA-A-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--AGGAAA-AA-AAT-GT-TGGTA--TT--T--CAGT--C---A-AATGGAGAAAAAT
gi|109439 : CAGT-AAATTTTC-T--A-T-A--------AT-T-T--T----T-ACA-A----CG-G--TCG-----------T-A--T--GGC---------TTT-GGA--A--TT--GGAATA-AA-T-T-GT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-ATTTGGGAAATAT
gi|109440 : CAGT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T------ACA-A-----G-AT-TCT-----------T-T--T--GGG---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AT-T-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAACGGGAAAAAT
gi|109441 : CAGA-GATTTTT--T--A-A-G--------GT-C-T--T----A-ATATC----AG-GG-GCC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AT-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109442 : CAGG-GATTTTTT-T--A-G-G--------TT-T-T--AA---T-ATC-A----GG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109443 : CAGG-GATTTTTT-T--A-G-G--------TT-T-T-----------A-ATATCAG-GG--CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109444 : CAGG-GATTTTTT-T--A-G-G--------TT-T-T-----------A-ATATCAG-GG--CC-----------A-G-----GGC---------CTT-CCA--A--TT--GGGAAA-AAAT-T-AG-CGACA--TA--T--GCTT--G---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109445 : CAGTTGATTTT-C-T----T-A--------CT-T-T--T----T-ACA-------G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--
gi|109446 : CAGG-GATTTTT--T--A-A-G--------GT-C-T--T----G-ATATC----AG-GG--CC-----------A-G--G--GCC---------TTT-C-A--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-TGACA--TT--T--GCTT--G---A-AATTGGAAAAAA
gi|109447 : CAGT-GATTTTTT-T----C-G--------TT-T-T--T----T-A---A----AC-CA-CCC-----------T-C-------C---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGAGAAAAAT
gi|109448 : CAGT-GATTTTT-----------------------T--T----T-ACA-A-----G-GA-TCC-----------T-G--T--GAA---------CTT-TGA--A--TT--AAGAAA-AA-A-T-TT-CGATA--TT--T--CAGT--C---A-AAT
gi|109449 : CAGG-GATTTTT--T--A-A-G--------GT-C-T--T----C-ATATC----AG-GG-GCC-----------A-G--G--GCC---------TTT-CCA--A--TT--GGGAAC-AA-T-T-AA-CGACA--TT--T-----T--CTATA-AATTGGGAAGA
gi|109450 : CAGG-GATTTCTT-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCA-----------T-G--C--GTT---------TTA-CAA--A--TT--GTGAAA-AG-T-T-AC-CGATA--TT--C--CAAT--C---A-CATTGTGGAAAAT
gi|109452 : CATT-GATTTCTC-T--AAC-A--------TTCT-T--T----T-ACA-A----AG-G---CC-----------T-A--T--GGC---------TTT-CGA--A--TC--TAGCAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--TC-CAGT--C---ATAATTGCGATAA
gi|109453 : CAGT-GATTTTTT-TTCA---A--------TT-T-T--TAAACT-ACC-A-----------CC-----------C-C--T--CCC---------TTT--GA--A--TT--AGGAAA-AA-T-T-AG-CAACA--TT--T--TCCT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109454 : CAGT-GATTTTTT-T---------------TT-T-TAAC----T-ACA-------------CC-----------T-ACCT--CAC---------TTT-TGA--A--TTTTGGGGAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
gi|109455 : GT-GATTTTTC-T--A-TTA--------TT-TGT--T----T-ACA-A----AGCGG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-TGT-GT-CGATA--TT--T--CAGTTCC---G-AATTGGGGAAAA
gi|109456 : GT-GATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T--T----T--CACA----AG-GG-TCCTACA-------T-G--TAGGGCTTTCTGAAGTTT-CAA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-TT-CCATA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109457 : T-AATTTTTC-T--A-T-A--------TT-T-T-------T-ACA-A----A--GG-TTC-----------T-G--T--GGCT--------TTT-CAA--A--TT--GGGATA-AA-T-T-GT-TATTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGAAAAA
gi|109458 : ----AG-GG-GCC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGGAA-AACT-T-AG-CGACA--TT--T--GCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109459 : tgattttgaaaaggcattatttc-GATTTTTC-T--A-C-A--------TT-T-T--T----C-ATA-A-----G-GG-TCC-----------A-G--T--GGC---------TTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-GT-TGATA--TT--T--CATT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109460 : -GATTTTTCCT--A-T-A--------TT-T-T--T----T-ATA-A-------GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TCT-C-A--A--TT--GGAAAA-AA-T---GT-TGATA--TA--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAA
gi|109461 : TC-T--A-T-T--------AT-T-T--T----T-ACA-A-----G-GG-TCCCTGTCATATAGT-G--T--GAC---------TTT-CGG--AATTT--GGGAAA-AA-T-TTGTTCGATA--TT--TTTCTGT--C---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109462 : ttttacaaa--------TT-T-T--T----T-ACA-T-----G-GG-TCC-----------T-G--T--GGC---------TTT-CA-----------GGGAA-AA-T-T-GT-TGTTA--TT--T--CAGT--C---A-AATTGGGAAAAA
gi|109463 : ----AG-GG-GCC-----------A-G--G--GCC---------TTT-TCA--A--TT--GGGAAATAA-T-A-G--CGACA--TT--T--TCTT--A---A-AATTGGGAAAAAT
gi|109464 : tatcC---------CTT-TGA--A--TT--GGGAAA-AA-T-T-AG-CGACA--TT--T--TTCT--C---A-AATTGCGAAAAAT
gi|109465 : C---------CTT-TGA--A--TT--GGGGAA-AA-T-T-AG-CGATA--TT--T--CCCT--C---A-AATTCGAAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|109451 ): CAGTGATTTTTTTTGTTTTTTAAACTACCACCCCCTCCCTTTGAATCGGGAAAAATTAGCGACATTTTCCTCAAATTGGGAAAAAT