lowQualScore : 7777777777777777777777777 11111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 222 11 222 2 1 1 1 3 5555555555555555555555555 1 55555555555555555555555555555 0 4444 11 1111 0 0 0 222 0 1 0 0 111 0 11 1 11 0 11 0 11 3333333333 333333333333 666666666666 3333333333333333333333333333333333333 222 33333333333 3333 0 0 0 0 22 0 11
lowQualScore : . ... .. ... . . . . . ......................... . ............................. . .... .. .... . . . ... . . . . ... . .. . .. . .. . .. .......... ............ ............ ..................................... ... ........... .... . . . . .. . ..
lowQualScore : 3 000 66 000 3 1 1 1 4 7777777777777777777777777 0 77777777777777777777777777777 9 7777 22 8888 9 8 8 888 8 6 8 8 333 8 00 5 00 8 00 8 88 4444444444 999999999999 333333333333 6666666666666666666666666666666666666 555 22222222222 3333 8 8 8 8 00 8 22
consensus : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC-----TAGA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCTCG
Reference ( gi|55789 ) : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--T--TAGA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-T--------------T---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCG
gi|55790 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A-GA-TG-CA-TTGTGGGTCC--A--TAGA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------T-CGC-AT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-A--------------T---------TA---------CA---A-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCG
gi|55791 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-TGA-GTCG-CAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATC-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT----------T------------G------------A-CTCAGACTTAAAAAAT---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55792 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-TG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-GGG-GTTG-CAT-----A-G----------T-CGT-GT-GT-C--T--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGACA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--TG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCTCGt
gi|55793 : CGAT-ATTTT---T--G---C-G-GG-AG-CA-CTGTGGGTCC--A--TAGA-T--ATCGATTG-GTCG-CAAG----A-A----------T-TGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-G---GATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT----------T------------G------------A-T--------------T---------TA---------CA---TGG---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55795 : CGAT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-A----------T-CAC-GT-AG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-G--TT-A--CGCTTAACACGAT------------GTTACCATCGCCTA-T--------------T---------TG---------TA---T-G---------CCT----A-A-T-A-A--T-T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55794 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-A--C--T----C-AC-A-T---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG----------T------------G------------A-CTTAAAAAA------T---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-T-G--T-A--AGAt
gi|55796 : CGAC-ATTTT---T--G---C-T-TA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTT-TGG-GTGG-CAA-----AAG----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG----A--A-A--TA-C--CG----------C------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-TTTTTTACATCCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCG
gi|55797 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GAACG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TCCGC-GT-GG-A--C--T----CAACAA-A---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A---C-A--CG----------T------------GT-----------A-C--------------TTAAAAAAAATA---------CA-----G---------CCTA---A-A-T-C-A--T-TAAAGAGCGAGCTCGt
gi|55798 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TAGA-T--ATTG-TGGCTTCG-AAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-A--C--T----C-AC-A-A---TTTTT--A-GC-TG-TA-GA---G--G--C----A-A--CC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------AAATTT-A---------CTC----T-A-T-C-AT-T-T--AGAGCGAGCTCG
gi|55799 : CGAC-AGTTT---T--G---T------CG-CAATTTTG----------CAGA-TGCATTA-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-G--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGTGAGCTCG
gi|55800 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-TG-CA-T----------------------A--G-TGG-GTCG-CAT-----A-G----------T-CGC-AT-GA----C--T----C-AC-A-G---TTGTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------TCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55801 : CGACTATTTT---T--G---C-G--A-CG-CACTTGTGG-TCCGGT--AAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G------------CGC-GT-GG-A--C--T----C-AC-A-ACAGTTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG----------T------------G------------A-TTAAAGAA-------T---------TA---------CA---T-G---------CTT----A-T-C-C-A----T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55802 : CGAC-ATATT---T--T---C-G-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTTG-CAA-----A-A----------T-TGC-AT-GG-G--C--T----T-AC-A-A---TTGTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TA-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TCC----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCTCG
gi|55803 : CGAC-ATTTT----------C-G-GA-CG-CA-TT-----------------------TG-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------T-CGT-GT-GG-C--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GG-TGATA-GA---G-AG--T-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------TCT----A-A-A-C-A--T-T--GGAGCGAt
gi|55805 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCG--AA-----A-C----------T-CGC-AT----------T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------T-T--------------T---------T---------------------------CTT----A-A-T-C-A--T-T--TGAGCGAGCTCtcgcgt
gi|55804 : CGAC-AGTTT---T--GGTTC-GCAA-CGGCA-T-GTGAGTG------TAGA----ATT--TGG-GTGG-CAA-----ATG----------T-CGCTGTCGG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-CA-------------TAAAAAA---TA---------CA---TGG---------TCT----G-A-T-C-A--T-T--AGAGACAGCTCGat
gi|55809 : CGAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CA-CA-TTGTGGGTG-------ACA-G--ATTA-T----TCG----------------------T-C------------C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TTATA-GA---G-AG--C-ATTA-AATTC-A--TG----------T------------G------------ACT--------------T---------TA---------CA---T-G---------TCT----A-A-T-C-A--G-T--GGAGTGAGC
gi|55807 : CGAC-ATTTC---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-ATCG-AAA-----A----------------C-TT-GG-A--G--T----C-AC-A-G---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG----------T------------G------------A-C----------------------------------------T-A---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGA---AGCTCG
gi|55806 : CGACCATTTT---T--G---C-G--A-CG-CA-TTGTGGGTCC--CCGTAGACT--ATTG--GG-CTCG-AAA-----A-G----------T-CGC-TT-GG-A--C--T----C--C---A---TTTTT-TA-GC-TGATA-G----G-AG--CAA--A-A--CC-A--CG----------TACGCACTTAAAAA------------A-T--------------T---------CA---------C----T-G---------CCT----A-A-T-C-
gi|55808 : CGAC-ATTTT---T--A---C-A-AA-CG-CA-CTGTGGG-----T--CAAA-C-------------CT-CAG-----A-G----------T-C----------------------AC-A-G---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--TGAACGAGCTCG
gi|55810 : CGAC-ATTTT---T--G---T-G-G--CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCG-TAA---------------------------GA-G--C------------A-A---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--C------------------------A------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------TGT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCTTGt
gi|55811 : CGAC-ATATT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTC--CAA-----A----------------C-TT-AG-A--G--T----C-AC-A-A---CTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAACt
gi|55814 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-GG-CA-TTG-------------------------TGG-ATCA----------------------T-C------------C--C----C-AT-C-A---TTTTT-CA-GC-TGATG-AATTAG-AG--C-A--A-A--TC-A--TG----------T------------G------------A-T--------------T---------TG---------CA---T-G---------TGT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCAAGCTC
gi|55813 : CAAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-TG-CA-TTGTGGGTCat
gi|55815 : CGAC-ATTTT---TTTG---C-G-GA-AG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCG--AA-----A-C----------T-CG-----GA-G-----T----C-AC-AGA---TTT---CA-GC-TGACA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAACAAGCatcataatttttctgctgatgaagagcaaattatgtgacttgcatgattaatcattggagcaagatcgt
gi|55812 : CAAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCG----------------------T-C------------C--T----A-AT-A-A---TTTGT-CA-GC-TAATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--GG----------T------------A------------G-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TGT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCATGATCG
gi|55816 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-------------ATC--------------ATTG-TGG-GTCG----------------------T-C------------C--C----C-AT-C-A---TTTTT-GA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--T-----------T------------G------------A-C--------------T---------CA---------TA---T-G---------CGTTTACA-A-T-C-A--T-T--GGAGGGAGTTCGt
gi|55817 : CGAC-ATTTT---A--G---T-G-GA-TG-CA-TTGTG----------CAAA-T---TTG-TGG-GTCA-TAA------------------------------------T----C-AC-A-A---TTTTTTCA-GC-TGACCCAA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG----------T------------G------------A-t
gi|55818 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A--A-CG-CA-TTG------C--T-----------------G-GTCG-CAT-----A-C----------T-CAC-GT-GG-C--C--T----C-AC-G-A---T------------------------AG--C-A--A-A--TT-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-T---------TCT----A-A-T-
gi|55819 : GAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC--G--TATA-T--ATTG-TGG-TTCG-CAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--G-A--T-G--TC-A--CA----------T------------GC-----------A-TGCC-----------T---------TA---------CA---T-A---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCTC
gi|55820 : GAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-T----------------G--------G-CGG-GTCG-CAT-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCat
gi|55821 : GAC-ATTTTAAAT--G---CAG-GA-CA-GACTTGTGGGTCC--CG-TAGA-T--ATTG-TGG-CTCGATAA-----A-GAAAAAATCAAT-CGC-GT-GGCA--C--T----C-AA-A-AATATTTAT-CA-GC-TGATA-GA---GTAG--CAA--A-A--CC-AATCG----------T------------GA-----------A-T--------------T---------CAAAAAAAAATTA---C-T---------CCTC---A-A-TACAA--T-C--AGAGCGAGC
gi|55822 : GAC-ATATT---T--G---C-G-GA-CG-AA-TTGCG-----------------------TGG---CG--AA-----A----------------C-AT-GG-A--G--T----C-AA-A-G---TTTT-----GC-TGATA-TA---G-CT--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TC---------CCTT-T-G---------CAT----A------------T--AGAGCGAGCTCGattcgt
gi|55823 : AC-ATTTT---T--G---CCG-GA-AG-CA-TTGTG----------------------------TCG-CAT-----A-G----------T-CG---T-GG-G--C--T----C-AC-A-A----TTTT-CACGCATG-TA-GA---G-AG--A-A--AGA--TC-A--TG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TCT----A-A---C-A--T-t
gi|55824 : AT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCA-CAG------------------------------------T----C-AC-A-A---TTTTT--A-GC-TGATA-GA---G-AG--G-A--A-A--TC-A--CA----------T------------A------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGA
gi|55825 : --TAGA-T--ATTG-TGA-CTCG-AAA-----A-G----------T-CGC-GT-GG-G--C--T----C-AC-A-A---TTT
gi|55826 : cg-T--ATTG-TGG-GTCG--AA-----A--------------CAC-G--GG-G-----T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--
gi|55827 : --ATTG-TGG-GTCG-AAACTTTAA-G----------T-CAC--T-G----------------C-A-G---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG----------T------------G------------A-C----------------------------------------T-A---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCT
gi|55828 : --ATTG-TGG-GACG--AA-----A----------------C-TT-GG-A--G--T----C-AC-A-G---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG----------T------------G------------A-C----------------------------------------T-A---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AG---TAGCTCG
gi|55829 : --ATTG-TGG-GTTG--AA-----A-C----------T-CG------G-A--A--T----C-AT-G-A---TTTTT-CA-G---------A---G-TG--C-A--G-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGATCT
gi|55813 : TTG-TGG-AT-G-CA-------------------T-TG---T-GG-G--TCAT----C-AT-A-A---TTTTT-CT-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--TG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------ATT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCAAGATCG
gi|55830 : caacatttTTG-CAG-----A-A----------G-CACTGT-GG-GTCC--T----C-AT-C-A---TTTTT-CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------CG---------CA---T-C---------TGT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGGGAGCTCt
gi|55831 : -GT-GG-G--C--TGGGTC-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AGAGT-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-T--AGAGCGAGCat
gi|55832 : -GT-GG-C--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------CA---T-G---------TCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGAGAGCTTG
gi|55833 : -G--C--T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--t
gi|55834 : --T----C-AC-A-A---TTTTT-CA-GC-TAATA-GA---G-AG--C-A--G-A--TCTAT-CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TATTTT-----CA---T-A---------TCT----ATG-C-C-ATTT-T--AGAG
gi|55835 : ----C-AT-A-A---TTTTT-TG-GC-CGATG-AA---G-AG--A-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------C---------TA---------CA---C-G---------CAT----A-A-T-C-A--T-T--GAAGCAA
gi|55836 : -AT-A-A---TTCTT-GAAGC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-T--GGAGCGAGCTCG
gi|55837 : C-A-A---TTTT--CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-C--A-A--TC-A--CA----------A------------G------------A-T--------------T---------CA---------AA---T-G---------TGT----G-A-T-C-A--T-A--GGAACAAGCT
gi|55838 : -A---TATTT-TA-GC-TGATG-AA---C-AG--C-A--A-A--TC-A--TG----------T------------G------------A-C--------------T--------------------CA---T-G---------TGT----A-A-C-C-A--T-T--GGAGCAAGCTTG
gi|55839 : ---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TA---------t
gi|55840 : T-TA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-C--------------T---------CA---------CA---T-G---------TGC----A-A-T-C-A--T-T--GGAGATAGCTC
gi|55841 : C-TAATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------TG---------CA---T-G---------TTC----A-A-T---A--TGT--AGAat
gi|55842 : TA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG----------T------------G------------ACT--------------T---------TAAAAAAATCGCA---T-G---------CCT----A-A-T-C-A--T-C--AGAGCGAGCTCG
gi|55843 : TA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG----------T------------G------------A-C--------------T---------T---------------------------CCT----A-A-T-C-A--T-G--GGAGCAAGCT
gi|55814 : G--C-A--A-A--TC-A--CA----------T------------G------------A-T--------------T---------TG---------C----------------TCT----A-ATT-C-A--T-C--AG
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 111 11 111 2 1 1 1 3 33333333333333333333333 22 6666666666666666666666666666666666666 1111 0 333 0 1 0 0 111 0 11 1 11 0 11 0 11 11 222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333333333 2222 0 11
lowQualScore : . ... .. ... . . . . . ....................... .. ..................................... .... . ... . . . . ... . .. . .. . .. . .. .. ... ... .............................................................. . ......... .... . ..
lowQualScore : 2 999 55 999 2 1 1 1 3 99999999999999999999999 33 7777777777777777777777777777777777777 8888 8 555 8 6 8 7 333 7 00 5 00 8 00 8 88 11 999 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 333333333 6666 9 33
consensus : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
Reference ( family-355 ) : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55789 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---TTA-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55790 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-AT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---A--------------T---------T----------A-------C--------------A---A-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55791 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGA-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATC-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---CTCAGACTTAAAAAAT---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55792 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-GGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GT-C--TT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGACA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCGt
gi|55793 : CGAT-ATTTT---T--G---C-G-GG-AG-CA-CTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATCGATTG-GTCG-CAAG----A-A----------TT-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-G---GATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---TGG---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55794 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAT---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---CTTAAAAAA------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATt
gi|55795 : CGAT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-A----------TC-AC-GT-AG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-G--TT-A--CGCTTA---A---CACGATG--------T---------T----------A-------CCATCGCCTATTTGTA---T-G---------CCT----AATAA-TT--AGAGCGAGCTCGtgtaaga
gi|55796 : CGAC-ATTTT---T--G---C-T-TA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTT-TGG-GTGG-CAA-----AAG----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG----A--A-A--TA-C--CG--CG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-TTTTTTACATCCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55797 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GAACG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TCCGC-GT-GG-A--CT----CAACAAA--TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A---C-A--CG--TGT--A---C--------------TTAAAAAAAAT----------A-------C--------------A-----G---------CCTA---AATCA-TTAAAGAGCGAGCTCGt
gi|55798 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGGCTTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TG-TA-GA---G--G--C----A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------A--------------AATTT-A---------CTC----TATCATTT--AGAGCGAGCTCG
gi|55799 : CGAC-AGTTT---T--G---T------CG-CAATTTTG--------C-A-GA-TGCATTA-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-G--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGTGAGCTCG
gi|55800 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-TG-CA-T----------------------A--G-TGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-AT-GA----CT----CA-CAG---TTGTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55801 : CGACTATTTT---T--G---C-G--A-CG-CACTTGTGG-TCCGG-T-AAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G-----------C-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAACAGTTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---TTAAAGAA-------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CTT----ATCCA--T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55802 : CGAC-ATATT---T--T---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTT--------------------------G-CAA-----A-A----------TT-GC-AT-GG-G--CT----TA-CAA---TTGTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TA-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCC----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55803 : CGAC-ATTTT----------C-G-GA-CG-CA-TT-----------------------TG-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GG-TGATA-GA---G-AG--T-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AAACA-TT--GGAGCGAt
gi|55804 : CGAC-AGTTT---T--GGTTC-GCAA-CGGCA-T-GTGAGTG----T-A-GA----ATT--TGG-GTGG-CAA-----ATG----------TC-GCTGTCGG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---CA-------------TAAAAAA---T----------A-------C--------------A---TGG---------TCT----GATCA-TT--AGAGACAGCTCGtcgcgt
gi|55805 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTC--------------------------G--AA-----A-C----------TC-GC-AT--------T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---T---T--------------T---------T-------------------------------------------------CTT----AATCA-TT--TGAGCGAGCTC
gi|55806 : CGACCATTTT---T--G---C-G--A-CG-CA-TTGTGGGTCCCCGT-A-GACT--ATTG--GG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-TT-GG-A--CT----C--C-A---TTTTT-TA-GC-TGATA-G----G-AG--CAA--A-A--CC-A--CG--TACGCA---C--------------T---------T----------AAAAAATTC--------------AC--T-G---------CCT----AATCat
gi|55807 : CGAC-ATTTC---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGATC--------GA-------------------AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGA---AGCTCG
gi|55808 : CGAC-ATTTT---T--A---C-A-AA-CG-CA-CTGTGGGTC------A-AA-C-------------CT-CAG-----A-G----------TC--------------------A-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--TGAACGAGCTCG
gi|55809 : CGAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CA-CA-TTGTGGGTGA---C-A-GA-T----TA-T----TCG----------------------TC-------------CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TTATA-GA---G-AG--C-ATTA-AATTC-A--TG--TG---A---CT-------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-GT--GGAGTGAGCt
gi|55810 : CGAC-ATTTT---T--G---T-G-G--CG-CA-TTGTGGG--------------------------TCG-TAA---------------------------GA-G--C---------AA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--C----A---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTTG
gi|55811 : CGAC-ATATT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC----------------------------AA-----A----------------C-TT-AG-A--GT----CA-CAA---CTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACt
gi|55812 : CAAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGG--------------------------GTCG----------------------TC-------------CT----AA-TAA---TTTGT-CA-GC-TAATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--GG--TA---G---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCATGATCG
gi|55813 : CAAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-TG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCA--------------------------------------T----CA-TAA---TTTTT-CT-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------ATT----AATCA-TT--GGAGCAAGATCGt
gi|55814 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-GG-CA-TTG-------------------------TGG-ATCA----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AATTAG-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---T--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCAAGCTCt
gi|55815 : CGAC-ATTTT---TTTG---C-G-GA-AG-CA-TTGTGGGTC--------GA-A--ACTC-GGA-GTCA-CAG-----A--------------------------------------------TTT-CA-GC-TGACA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACAAGCat
gi|55816 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-------------ATC--------------ATTG-TGG-GTCG----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-GA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--T---TG---A---C--------------T---------C----------A-------T--------------A---T-G---------CGTTTACAATCA-TT--GGAGGGAGTTCG
gi|55817 : CGAC-ATTTT---A--G---T-G-GA-TG-CA-TTGTG--------C-A-AA-T---TTG-TGG-GTCA-TAA----------------------------------T----CA-CAA---TTTTTTCA-GC-TGACCCAA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---t
gi|55818 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A--A-CG-CA-TTG------C---T----------------G-GTCG-CAT-----A-C----------TC-AC-GT-GG-C--CT----CA-CGA---T------------------------AG--C-A--A-A--TT-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-T---------TCT----AAT
gi|55819 : GAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-TA-T--ATTG-TGG-TTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--G-A--T-G--TC-A--CA--TGC--ATGCC--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTC
gi|55820 : GAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-T----------------G--------G-CGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCat
gi|55821 : GAC-ATTTTAAAT--G---CAG-GA-CA-GACTTGTGGGTCCCG-T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCGATAA-----A-GAAAAAATCAATC-GC-GT-GGCA--CT----CA-AAAATATTTAT-CA-GC-TGATA-GA---GTAG--CAA--A-A--CC-AATCG--TG---A---A--------------T---------T----------
gi|55822 : GAC-ATATT---T--G---C-G-GA-CG-AA-TTGCG-----------------------TGG---CG--AA-----A----------------C-AT-GG-A--GT----CA-AAG---TTTT-----GC-TGATA-TA---G-CT--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------C-------C--------------CTT-T-G---------CAT----A------T--AGAGCGAGCTCGcaaaaaaaaattactcctcaatacaatcagagcgagcattcgt
gi|55823 : AC-ATTTT---T--G---CCG-GA-AG-CA-TTGTG----------------------------TCG-CAT-----A-G----------TC-G---T-GG-G--CT----CA-CAA----TTTT-CACGCATG-TA-GA---G-AG--A-A--AGA--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AA-CA-Tt
gi|55824 : AT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTG-------------------------G-GTCA-CAG----------------------------------T----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TGATA-GA---G-AG--G-A--A-A--TC-A--CA--TA---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGA
gi|55825 : ---T-A-GA-T--ATTG-TGA-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTT
gi|55826 : cg-T--ATTG-TGG-GTCG--AA-----A-------------C-AC-G--GG-G---T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--
gi|55827 : --ATTG-TGG-GTCG-AAACTTTAA-G----------TC-AC--T-G--------------CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCT
gi|55828 : --ATTG-TGG-GACG--AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT----AGT-AGCTCG
gi|55829 : --ATTG-TGG-GTTG--AA-----A-C----------TC-G------G-A--AT----CA-TGA---TTTTT-CA-G---------A---G-TG--C-A--G-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGATCT
gi|55830 : TTG-CAG-----A-A----------GC-ACTGT-GG-GTCCT----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------G-------C--------------A---T-C---------TGT----AATCA-TT--GGAGGGAGCTC
gi|55831 : -GT-GG-G--CTGGGTCA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AGAGT-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCat
gi|55832 : -GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGAGAGCTTG
gi|55833 : -G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--t
gi|55834 : T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TAATA-GA---G-AG--C-A--G-A--TCTAT-CG--TG---A---C--------------T---------T----------ATTTT---C--------------A---T-A---------TCT----A
gi|55835 : ----CA-TAA---TTTTT-TG-GC-CGATG-AA---G-AG--A-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------C---------T----------A-------C--------------A---C-G---------CAT----AATCA-TT--GAAGCAAtgccattttagag
gi|55836 : A-TAA---TTCTT-GAAGC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55837 : -CAA---TTTT--CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-C--A-A--TC-A--CA--AG---A---T--------------T---------C----------A-------A--------------A---T-G---------TGT----GATCA-TA--GGAACAAGCT
gi|55838 : A---TATTT-TA-GC-TGATG-AA---C-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T----------------------------C--------------A---T-G---------TGT----AACCA-TT--GGAGCAAGCTTG
gi|55839 : ---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------t
gi|55840 : T-TA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------A-------C--------------A---T-G---------TGC----AATCA-TT--GGAGATAGCTC
gi|55841 : C-TAATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TTC----AATat
gi|55842 : TA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------TTAAAAAAATCG-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TC--AGAGCGAGCTCGatgtaga
gi|55843 : TA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TG--GGAGCAAGCT
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 111 11 111 2 1 1 1 3 33333333333333333333333 22 6666666666666666666666666666666666666 1111 0 333 0 1 0 0 111 0 11 1 11 0 11 0 11 11 222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333333333 2222 0 11
lowQualScore : . ... .. ... . . . . . ....................... .. ..................................... .... . ... . . . . ... . .. . .. . .. . .. .. ... ... .............................................................. . ......... .... . ..
lowQualScore : 2 999 55 999 2 1 1 1 3 99999999999999999999999 33 7777777777777777777777777777777777777 8888 8 555 8 6 8 7 333 7 00 5 00 8 00 8 88 11 999 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 333333333 6666 9 33
consensus : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
Reference ( family-355 ) : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55789 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---TTA-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55790 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-AT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---A--------------T---------T----------A-------C--------------A---A-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55791 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGA-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATC-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---CTCAGACTTAAAAAAT---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55792 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-GGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GT-C--TT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGACA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCGt
gi|55793 : CGAT-ATTTT---T--G---C-G-GG-AG-CA-CTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATCGATTG-GTCG-CAAG----A-A----------TT-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-G---GATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---TGG---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55794 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAT---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---CTTAAAAAA------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATt
gi|55795 : CGAT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-A----------TC-AC-GT-AG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-G--TT-A--CGCTTA---A---CACGATG--------T---------T----------A-------CCATCGCCTATTTGTA---T-G---------CCT----AATAA-TT--AGAGCGAGCTCGtgtaaga
gi|55796 : CGAC-ATTTT---T--G---C-T-TA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTT-TGG-GTGG-CAA-----AAG----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG----A--A-A--TA-C--CG--CG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-TTTTTTACATCCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55797 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GAACG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TCCGC-GT-GG-A--CT----CAACAAA--TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A---C-A--CG--TGT--A---C--------------TTAAAAAAAAT----------A-------C--------------A-----G---------CCTA---AATCA-TTAAAGAGCGAGCTCGt
gi|55798 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGGCTTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TG-TA-GA---G--G--C----A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------A--------------AATTT-A---------CTC----TATCATTT--AGAGCGAGCTCG
gi|55799 : CGAC-AGTTT---T--G---T------CG-CAATTTTG--------C-A-GA-TGCATTA-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-G--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGTGAGCTCG
gi|55800 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-TG-CA-T----------------------A--G-TGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-AT-GA----CT----CA-CAG---TTGTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55801 : CGACTATTTT---T--G---C-G--A-CG-CACTTGTGG-TCCGG-T-AAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G-----------C-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAACAGTTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---TTAAAGAA-------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CTT----ATCCA--T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55802 : CGAC-ATATT---T--T---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTT--------------------------G-CAA-----A-A----------TT-GC-AT-GG-G--CT----TA-CAA---TTGTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TA-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCC----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55803 : CGAC-ATTTT----------C-G-GA-CG-CA-TT-----------------------TG-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GG-TGATA-GA---G-AG--T-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AAACA-TT--GGAGCGAt
gi|55804 : CGAC-AGTTT---T--GGTTC-GCAA-CGGCA-T-GTGAGTG----T-A-GA----ATT--TGG-GTGG-CAA-----ATG----------TC-GCTGTCGG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---CA-------------TAAAAAA---T----------A-------C--------------A---TGG---------TCT----GATCA-TT--AGAGACAGCTCGtcgcgt
gi|55805 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTC--------------------------G--AA-----A-C----------TC-GC-AT--------T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---T---T--------------T---------T-------------------------------------------------CTT----AATCA-TT--TGAGCGAGCTC
gi|55806 : CGACCATTTT---T--G---C-G--A-CG-CA-TTGTGGGTCCCCGT-A-GACT--ATTG--GG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-TT-GG-A--CT----C--C-A---TTTTT-TA-GC-TGATA-G----G-AG--CAA--A-A--CC-A--CG--TACGCA---C--------------T---------T----------AAAAAATTC--------------AC--T-G---------CCT----AATCat
gi|55807 : CGAC-ATTTC---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGATC--------GA-------------------AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGA---AGCTCG
gi|55808 : CGAC-ATTTT---T--A---C-A-AA-CG-CA-CTGTGGGTC------A-AA-C-------------CT-CAG-----A-G----------TC--------------------A-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--TGAACGAGCTCG
gi|55809 : CGAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CA-CA-TTGTGGGTGA---C-A-GA-T----TA-T----TCG----------------------TC-------------CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TTATA-GA---G-AG--C-ATTA-AATTC-A--TG--TG---A---CT-------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-GT--GGAGTGAGCt
gi|55810 : CGAC-ATTTT---T--G---T-G-G--CG-CA-TTGTGGG--------------------------TCG-TAA---------------------------GA-G--C---------AA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--C----A---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTTG
gi|55811 : CGAC-ATATT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC----------------------------AA-----A----------------C-TT-AG-A--GT----CA-CAA---CTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACt
gi|55812 : CAAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGG--------------------------GTCG----------------------TC-------------CT----AA-TAA---TTTGT-CA-GC-TAATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--GG--TA---G---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCATGATCG
gi|55813 : CAAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-TG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCA--------------------------------------T----CA-TAA---TTTTT-CT-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------ATT----AATCA-TT--GGAGCAAGATCGt
gi|55814 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-GG-CA-TTG-------------------------TGG-ATCA----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AATTAG-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---T--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCAAGCTCt
gi|55815 : CGAC-ATTTT---TTTG---C-G-GA-AG-CA-TTGTGGGTC--------GA-A--ACTC-GGA-GTCA-CAG-----A--------------------------------------------TTT-CA-GC-TGACA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACAAGCat
gi|55816 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-------------ATC--------------ATTG-TGG-GTCG----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-GA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--T---TG---A---C--------------T---------C----------A-------T--------------A---T-G---------CGTTTACAATCA-TT--GGAGGGAGTTCG
gi|55817 : CGAC-ATTTT---A--G---T-G-GA-TG-CA-TTGTG--------C-A-AA-T---TTG-TGG-GTCA-TAA----------------------------------T----CA-CAA---TTTTTTCA-GC-TGACCCAA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---t
gi|55818 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A--A-CG-CA-TTG------C---T----------------G-GTCG-CAT-----A-C----------TC-AC-GT-GG-C--CT----CA-CGA---T------------------------AG--C-A--A-A--TT-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-T---------TCT----AAT
gi|55819 : GAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-TA-T--ATTG-TGG-TTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--G-A--T-G--TC-A--CA--TGC--ATGCC--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTC
gi|55820 : GAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-T----------------G--------G-CGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCat
gi|55821 : GAC-ATTTTAAAT--G---CAG-GA-CA-GACTTGTGGGTCCCG-T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCGATAA-----A-GAAAAAATCAATC-GC-GT-GGCA--CT----CA-AAAATATTTAT-CA-GC-TGATA-GA---GTAG--CAA--A-A--CC-AATCG--TG---A---A--------------T---------T----------
gi|55822 : GAC-ATATT---T--G---C-G-GA-CG-AA-TTGCG-----------------------TGG---CG--AA-----A----------------C-AT-GG-A--GT----CA-AAG---TTTT-----GC-TGATA-TA---G-CT--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------C-------C--------------CTT-T-G---------CAT----A------T--AGAGCGAGCTCGcaaaaaaaaattactcctcaatacaatcagagcgagcattcgt
gi|55823 : AC-ATTTT---T--G---CCG-GA-AG-CA-TTGTG----------------------------TCG-CAT-----A-G----------TC-G---T-GG-G--CT----CA-CAA----TTTT-CACGCATG-TA-GA---G-AG--A-A--AGA--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AA-CA-Tt
gi|55824 : AT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTG-------------------------G-GTCA-CAG----------------------------------T----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TGATA-GA---G-AG--G-A--A-A--TC-A--CA--TA---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGA
gi|55825 : ---T-A-GA-T--ATTG-TGA-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTT
gi|55826 : cg-T--ATTG-TGG-GTCG--AA-----A-------------C-AC-G--GG-G---T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--
gi|55827 : --ATTG-TGG-GTCG-AAACTTTAA-G----------TC-AC--T-G--------------CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCT
gi|55828 : --ATTG-TGG-GACG--AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT----AGT-AGCTCG
gi|55829 : --ATTG-TGG-GTTG--AA-----A-C----------TC-G------G-A--AT----CA-TGA---TTTTT-CA-G---------A---G-TG--C-A--G-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGATCT
gi|55830 : TTG-CAG-----A-A----------GC-ACTGT-GG-GTCCT----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------G-------C--------------A---T-C---------TGT----AATCA-TT--GGAGGGAGCTC
gi|55831 : -GT-GG-G--CTGGGTCA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AGAGT-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCat
gi|55832 : -GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGAGAGCTTG
gi|55833 : -G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--t
gi|55834 : T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TAATA-GA---G-AG--C-A--G-A--TCTAT-CG--TG---A---C--------------T---------T----------ATTTT---C--------------A---T-A---------TCT----A
gi|55835 : ----CA-TAA---TTTTT-TG-GC-CGATG-AA---G-AG--A-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------C---------T----------A-------C--------------A---C-G---------CAT----AATCA-TT--GAAGCAAtgccattttagag
gi|55836 : A-TAA---TTCTT-GAAGC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55837 : -CAA---TTTT--CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-C--A-A--TC-A--CA--AG---A---T--------------T---------C----------A-------A--------------A---T-G---------TGT----GATCA-TA--GGAACAAGCT
gi|55838 : A---TATTT-TA-GC-TGATG-AA---C-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T----------------------------C--------------A---T-G---------TGT----AACCA-TT--GGAGCAAGCTTG
gi|55839 : ---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------t
gi|55840 : T-TA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------A-------C--------------A---T-G---------TGC----AATCA-TT--GGAGATAGCTC
gi|55841 : C-TAATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TTC----AATat
gi|55842 : TA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------TTAAAAAAATCG-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TC--AGAGCGAGCTCGatgtaga
gi|55843 : TA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TG--GGAGCAAGCT
blockSeqs : T AAA TT GTT A C A G A GGTCCCCGTAGACTATTG CT ATAAAGAAAAAATCAATCGCGTGGCA GGGT CAG C TTA AG A TT AT AT CT CGC TGC ACGATGTTACCATCGCCTATTTGTA G TTTTTACAT TTAC AA
blockSeqs : C . . . C . . . C GGTCCATAGATATCGA G CAAATGTCGCTGTCGGG . ATA A . . A . . T . T . TCAGACTTAAAAAATTACA G . A .
blockSeqs : . . . . . . . . C GTCCGGTAAGATATTG G CAGAAGCACTGTGGGTC . A . . . . . . . . C . TTTAAAAAAATCGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCCGTAGATATTG G AAACTTTAAGTCACTG . . . . . . . . . . . . TTAAAAAAAATACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCATAGATATTG G CAAGAATTGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTAAAAAATTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG C CAAAAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTAAAAAATTCAC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG G AAAAGTCCGCGTGGA . . . . . . . . . . . . TAAAGAATTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG G CAAAGTCGCATGGG . . . . . . . . . . . . ATAAAAAATACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG C CAAAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTATTTTCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTT G CATAGTCGTGTGTC . . . . . . . . . . . . TTAAAATT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG G AAAAGTCGCGTGGA . . . . . . . . . . . . TTCCCTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTAGATATTG C CAAAATCACGTAGG . . . . . . . . . . . . TTTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCCGTATATATTG G AAAAGTCGCGTGGA . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTGACAGATTA G CATAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CAGATGCATTA C CAAAATTGCATGGG . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGTGTAGAATT G CATAGTCGTGTGGC . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCGAAACTC G AAAAGTCGCTTGGA . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCAAAC A CATACTCACGTGGC . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CAAATTTG G CAAAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . ATCATTG G CATAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GATCGA G AAAAGTCGCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTCC G CATAGTCGCATGA . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTT T AAAAGCGCGTGGA . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GGTC G CATAGTCGTGGG . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AG C AAACTCGCAT . . . . . . . . . . . . TCATA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TG G AAACACGGGG . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GG C AAACTTGGA . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . CT G AAACTTAGA . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GG G AAACATGGA . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G G AAACTTGGA . . . . . . . . . . . . TCGCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G AAACTCGGA . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CAGAGTC . . . . . . . . . . . . TTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAAGAG . . . . . . . . . . . . CTACA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CAGA . . . . . . . . . . . . TCAAA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . TCACA . . . .
blockSeqs : . CAG . . . . . . . . . . . . TTGCA . . . .
blockSeqs : . TC . . . . . . . . . . . . TCA . . . .
blockSeqs : . TC . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . TC . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . TC . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
finalCons : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 111 11 111 2 1 1 1 3 33333333333333333333333 22 6666666666666666666666666666666666666 1111 0 333 0 1 0 0 111 0 11 1 11 0 11 0 11 11 222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 333333333 2222 0 11
lowQualScore : . ... .. ... . . . . . ....................... .. ..................................... .... . ... . . . . ... . .. . .. . .. . .. .. ... ... .............................................................. . ......... .... . ..
lowQualScore : 2 999 55 999 2 1 1 1 3 99999999999999999999999 33 7777777777777777777777777777777777777 8888 8 555 8 6 8 7 333 7 00 5 00 8 00 8 88 11 999 333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 333333333 6666 9 33
consensus : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
Reference ( family-355 ) : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55789 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC---TTA-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55790 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-AT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---A--------------T---------T----------A-------C--------------A---A-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCG
gi|55791 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGA-GTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATC-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---CTCAGACTTAAAAAAT---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55792 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-TG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-GGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GT-C--TT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGACA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCGt
gi|55793 : CGAT-ATTTT---T--G---C-G-GG-AG-CA-CTGTGGGTCCA--T-A-GA-T--ATCGATTG-GTCG-CAAG----A-A----------TT-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-G---GATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CT--TG---A---T--------------T---------T----------A-------C--------------A---TGG---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55794 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAT---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---CTTAAAAAA------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATt
gi|55795 : CGAT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-GTCG-CAA-----A-A----------TC-AC-GT-AG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-G--TT-A--CGCTTA---A---CACGATG--------T---------T----------A-------CCATCGCCTATTTGTA---T-G---------CCT----AATAA-TT--AGAGCGAGCTCGtgtaaga
gi|55796 : CGAC-ATTTT---T--G---C-T-TA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTT-TGG-GTGG-CAA-----AAG----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG----A--A-A--TA-C--CG--CG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-TTTTTTACATCCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55797 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GAACG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G----------TCCGC-GT-GG-A--CT----CAACAAA--TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A---C-A--CG--TGT--A---C--------------TTAAAAAAAAT----------A-------C--------------A-----G---------CCTA---AATCA-TTAAAGAGCGAGCTCGt
gi|55798 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-GA-T--ATTG-TGGCTTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TG-TA-GA---G--G--C----A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------A--------------AATTT-A---------CTC----TATCATTT--AGAGCGAGCTCG
gi|55799 : CGAC-AGTTT---T--G---T------CG-CAATTTTG--------C-A-GA-TGCATTA-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-G--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGTGAGCTCG
gi|55800 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-TG-CA-T----------------------A--G-TGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-AT-GA----CT----CA-CAG---TTGTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTCGt
gi|55801 : CGACTATTTT---T--G---C-G--A-CG-CACTTGTGG-TCCGG-T-AAGA-T--ATTG-TGG-CTCG-AAA-----A-G-----------C-GC-GT-GG-A--CT----CA-CAACAGTTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---TTAAAGAA-------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CTT----ATCCA--T--AGAGCGAGCTCGt
gi|55802 : CGAC-ATATT---T--T---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTT--------------------------G-CAA-----A-A----------TT-GC-AT-GG-G--CT----TA-CAA---TTGTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TA-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCC----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55803 : CGAC-ATTTT----------C-G-GA-CG-CA-TT-----------------------TG-TGG-GTTG-CAT-----A-G----------TC-GT-GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GG-TGATA-GA---G-AG--T-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AAACA-TT--GGAGCGAt
gi|55804 : CGAC-AGTTT---T--GGTTC-GCAA-CGGCA-T-GTGAGTG----T-A-GA----ATT--TGG-GTGG-CAA-----ATG----------TC-GCTGTCGG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-TA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---CA-------------TAAAAAA---T----------A-------C--------------A---TGG---------TCT----GATCA-TT--AGAGACAGCTCGtcgcgt
gi|55805 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTC--------------------------G--AA-----A-C----------TC-GC-AT--------T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GG---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---T---T--------------T---------T-------------------------------------------------CTT----AATCA-TT--TGAGCGAGCTC
gi|55806 : CGACCATTTT---T--G---C-G--A-CG-CA-TTGTGGGTCCCCGT-A-GACT--ATTG--GG-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-TT-GG-A--CT----C--C-A---TTTTT-TA-GC-TGATA-G----G-AG--CAA--A-A--CC-A--CG--TACGCA---C--------------T---------T----------AAAAAATTC--------------AC--T-G---------CCT----AATCat
gi|55807 : CGAC-ATTTC---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGGATC--------GA-------------------AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGA---AGCTCG
gi|55808 : CGAC-ATTTT---T--A---C-A-AA-CG-CA-CTGTGGGTC------A-AA-C-------------CT-CAG-----A-G----------TC--------------------A-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--TGAACGAGCTCG
gi|55809 : CGAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CA-CA-TTGTGGGTGA---C-A-GA-T----TA-T----TCG----------------------TC-------------CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TTATA-GA---G-AG--C-ATTA-AATTC-A--TG--TG---A---CT-------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-GT--GGAGTGAGCt
gi|55810 : CGAC-ATTTT---T--G---T-G-G--CG-CA-TTGTGGG--------------------------TCG-TAA---------------------------GA-G--C---------AA---TTTT--CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--C----A---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTTG
gi|55811 : CGAC-ATATT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTGGGTCC----------------------------AA-----A----------------C-TT-AG-A--GT----CA-CAA---CTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACt
gi|55812 : CAAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-TTGTGG--------------------------GTCG----------------------TC-------------CT----AA-TAA---TTTGT-CA-GC-TAATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--GG--TA---G---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCATGATCG
gi|55813 : CAAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-TG-CA-TTG-------------------------TGG-GTCA--------------------------------------T----CA-TAA---TTTTT-CT-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------ATT----AATCA-TT--GGAGCAAGATCGt
gi|55814 : CGAC-ATTTT---T--G---C-C-GA-GG-CA-TTG-------------------------TGG-ATCA----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AATTAG-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---T--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TGT----AATCA-TT--GGAGCAAGCTCt
gi|55815 : CGAC-ATTTT---TTTG---C-G-GA-AG-CA-TTGTGGGTC--------GA-A--ACTC-GGA-GTCA-CAG-----A--------------------------------------------TTT-CA-GC-TGACA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAACAAGCat
gi|55816 : CGAC-ATTTT---T--G---C-G-GA-------------ATC--------------ATTG-TGG-GTCG----------------------TC-------------CC----CA-TCA---TTTTT-GA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TT-A--T---TG---A---C--------------T---------C----------A-------T--------------A---T-G---------CGTTTACAATCA-TT--GGAGGGAGTTCG
gi|55817 : CGAC-ATTTT---A--G---T-G-GA-TG-CA-TTGTG--------C-A-AA-T---TTG-TGG-GTCA-TAA----------------------------------T----CA-CAA---TTTTTTCA-GC-TGACCCAA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---t
gi|55818 : CGAC-ATTTT---T--G---C-A--A-CG-CA-TTG------C---T----------------G-GTCG-CAT-----A-C----------TC-AC-GT-GG-C--CT----CA-CGA---T------------------------AG--C-A--A-A--TT-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-T---------TCT----AAT
gi|55819 : GAC-ATTTT---T--G---T-G-GA-CG-CA-TTGTGGGTCCG--T-A-TA-T--ATTG-TGG-TTCG-CAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--G-A--T-G--TC-A--CA--TGC--ATGCC--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCTC
gi|55820 : GAC-GTTTT---T--G---C-G-GA-CG-CA-T----------------G--------G-CGG-GTCG-CAT-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCat
gi|55821 : GAC-ATTTTAAAT--G---CAG-GA-CA-GACTTGTGGGTCCCG-T-A-GA-T--ATTG-TGG-CTCGATAA-----A-GAAAAAATCAATC-GC-GT-GGCA--CT----CA-AAAATATTTAT-CA-GC-TGATA-GA---GTAG--CAA--A-A--CC-AATCG--TG---A---A--------------T---------T----------
gi|55822 : GAC-ATATT---T--G---C-G-GA-CG-AA-TTGCG-----------------------TGG---CG--AA-----A----------------C-AT-GG-A--GT----CA-AAG---TTTT-----GC-TGATA-TA---G-CT--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------C-------C--------------CTT-T-G---------CAT----A------T--AGAGCGAGCTCGcaaaaaaaaattactcctcaatacaatcagagcgagcattcgt
gi|55823 : AC-ATTTT---T--G---CCG-GA-AG-CA-TTGTG----------------------------TCG-CAT-----A-G----------TC-G---T-GG-G--CT----CA-CAA----TTTT-CACGCATG-TA-GA---G-AG--A-A--AGA--TC-A--TG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TCT----AA-CA-Tt
gi|55824 : AT-ATTTT---T--G---C-A-GA-CG-CA-TTGTG-------------------------G-GTCA-CAG----------------------------------T----CA-CAA---TTTTT--A-GC-TGATA-GA---G-AG--G-A--A-A--TC-A--CA--TA---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGA
gi|55825 : ---T-A-GA-T--ATTG-TGA-CTCG-AAA-----A-G----------TC-GC-GT-GG-G--CT----CA-CAA---TTT
gi|55826 : cg-T--ATTG-TGG-GTCG--AA-----A-------------C-AC-G--GG-G---T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--
gi|55827 : --ATTG-TGG-GTCG-AAACTTTAA-G----------TC-AC--T-G--------------CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCT
gi|55828 : --ATTG-TGG-GACG--AA-----A----------------C-TT-GG-A--GT----CA-CAG---CTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-G--TC-A--CG--TG---A---C--------------------------------------------------------------T-A---------CCT----AATCA-TT----AGT-AGCTCG
gi|55829 : --ATTG-TGG-GTTG--AA-----A-C----------TC-G------G-A--AT----CA-TGA---TTTTT-CA-G---------A---G-TG--C-A--G-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGATCT
gi|55830 : TTG-CAG-----A-A----------GC-ACTGT-GG-GTCCT----CA-TCA---TTTTT-CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------G-------C--------------A---T-C---------TGT----AATCA-TT--GGAGGGAGCTC
gi|55831 : -GT-GG-G--CTGGGTCA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AGAGT-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TT--AGAGCGAGCat
gi|55832 : -GT-GG-C--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------T----------A-------C--------------A---T-G---------TCT----AATCA-TT--GGAGAGAGCTTG
gi|55833 : -G--CT----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-AG--C-A--A-A--t
gi|55834 : T----CA-CAA---TTTTT-CA-GC-TAATA-GA---G-AG--C-A--G-A--TCTAT-CG--TG---A---C--------------T---------T----------ATTTT---C--------------A---T-A---------TCT----A
gi|55835 : ----CA-TAA---TTTTT-TG-GC-CGATG-AA---G-AG--A-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------C---------T----------A-------C--------------A---C-G---------CAT----AATCA-TT--GAAGCAAtgccattttagag
gi|55836 : A-TAA---TTCTT-GAAGC-TGATA-GA---A-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TT--GGAGCGAGCTCG
gi|55837 : -CAA---TTTT--CA-GC-TGATG-AA---G-AG--C-C--A-A--TC-A--CA--AG---A---T--------------T---------C----------A-------A--------------A---T-G---------TGT----GATCA-TA--GGAACAAGCT
gi|55838 : A---TATTT-TA-GC-TGATG-AA---C-AG--C-A--A-A--TC-A--TG--TG---A---C--------------T----------------------------C--------------A---T-G---------TGT----AACCA-TT--GGAGCAAGCTTG
gi|55839 : ---TTTTT-CA-GC-TGATA-GA---G-----C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------A-------t
gi|55840 : T-TA-GC-TGATA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CA--TG---A---C--------------T---------C----------A-------C--------------A---T-G---------TGC----AATCA-TT--GGAGATAGCTC
gi|55841 : C-TAATA-GA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T----------G-------C--------------A---T-G---------TTC----AATat
gi|55842 : TA-GA---G-AG--C-A--A-A--CC-A--CG--TG---A---C--------------T---------TTAAAAAAATCG-------C--------------A---T-G---------CCT----AATCA-TC--AGAGCGAGCTCGatgtaga
gi|55843 : TA-AA---G-AG--C-A--A-A--TC-A--CG--TG---A---C--------------T---------T-------------------------------------------------CCT----AATCA-TG--GGAGCAAGCT