lowQualScore                  :                111111                                                                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :     11  4      777777      4 11 11 11 111    1 11  0    44444444 0  0  0 2222         0 111 0   11 1 555555  666666 222 22  4444444444  1    444 111 22 0 33   1 111 22  1 0     1 22    0 2 111  22222 7777  0   1    22222  33 1    6666        
lowQualScore                  :     ..  .      ......      . .. .. .. ...    . ..  .    ........ .  .  . ....         . ... .   .. . ......  ...... ... ..  ..........  .    ... ... .. . ..   . ... ..  . .     . ..    . . ...  ..... ....  .   .    .....  .. .    ....        
lowQualScore                  :     66  6      888888      8 33 33 33 777    0 33  9    55555555 9  9  9 8888         9 666 9   33 0 555555  777777 999 55  4444444444  0    333 666 55 9 11   8 666 22  8 9     8 22    9 8 666  33333 3333  9   9    44444  66 0    9999        
consensus                     : ATGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GN---CC-CGG-GTTC-----GAA-T-CCCAN---CAGAGGCA
Reference ( gi|56757 )        : ATGT--GGCAGTGTG--T---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCCAG---CAGAGGCA
gi|56761                      : ATGT--GGCAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-A----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGTC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAA-T-CCCAG---CAGAGACA
gi|56765                      : ATGT--GGTAGTGTG--T---GATATA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCT--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGCT-G--TGCC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56760                      : ATGT--GATAGTGTG--A---AATACA-G--G--T--C---TTCG-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TT----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCT-A-G---AG-----GA---CC-TGG-GTTC-----AAA-T-CCCAT---CAGAGGCA
gi|56768                      : ATGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGTC-A-G---AGACTCAGAGGTCC-CGG-GTTC-----AAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56767                      : ATGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-TGGTT-G--TGTC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56758                      : ATAT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TT------G---G--TC----------GA-TCGG---T---A--A-A--GCA-C---T--GG-A-TTGTT-G--TGCC-A-A---AG-----GA---CC-CAG-GTTC-----AAA-T-CCCAT---CAGAG
gi|56772                      : ATGT--GGTAGT-TG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-----T--GG-A-CTGCT-G--TGCC-A-G---AG-----T----CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56763                      : ATGT--GGTAGTGGG--A---GATAGA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A-----CCC--T-T------TACCTC--G---CGATC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-CAG-GTTC-----AAA-T-CCCAT---CAGATGCA
gi|56759                      : ATGT--GGTAGTGCG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CTG--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCAG---T---A--G-T--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCA-A-G---AG-----AA---CA-CTG-GTTC-----AAA-T--CCAT---CAGAGGCA
gi|56762                      : ATGT--GGCAGTGTG--A---GATA-A-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TGGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TTGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-G-TTGTT-G--TGTC-A-G---AG-----GT---CT-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCGC---CAGAGGCA
gi|56775                      : ATGT--GGTAGTGTA--G---AAAACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGGTA-T---A--G-A--CCA-C---T--GG-A-CCGTT-G--TGTC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56769                      : ATGT--GGTAGTGCG--A---GATACA-T-----C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--T-T------TACATGTAG---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCTAT---CTGACGCA
gi|56773                      : ATGT--GGTAGTATG--A---GATACA-G--A--A--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------TA-TTGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GA-A-CTGTT-G--TACT-A-G---AG-----GA---CC-CAT-GTTC-----AAA-T-CTCAT---CAGAGACA
gi|56766                      : ATGT--GGTAGTGTA------GAAACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGG-TT-A---A-CCC--T-TC-----TA------G---C--TT----------GA-TC-G---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGCT-G--TGCC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAG
gi|56774                      : ATGT--GGTAGTGTA--G---AAAACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG------------AAG----G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGTC-A-G---AG-----GT---CC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGC
gi|56770                      : ATGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-TTACATGTA------A---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GA-A-CTGTT-G--T
gi|56764                      : ATGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC--------------------------------------------------------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-GTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-TGC-GTTC-----AAA-T-CCCAT---CAGATGCA
gi|56771                      : ATAT--GGTAGTGTT--A---GATATA-T--G--A--C---GT---T--AC-TGGA--------T-CT-GG-T----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TT----------GA-TCAG---C---A--G-A--TCA-C---T--GG-A-TTGTT-G--TGTG-A-A---AG-----AT---CC-CGG-GTTC-----GAT-T-CCCAT---CAGGAACA
gi|56780                      : ATGT--GATTGTGTGAGT---GATA-A-T--G--C--A---TTCC-T--AC-T----------------GG-C----TAGTGAGTT-A---A-TCC--T-T------TA------G---A--TT----------GA-TTGA---T---A--G-A--GTG-G---T--GG-A-CTTGT-G--TGTC-A-G---A------AA---CC-CAG-GCTC-----AAA-T-CCCAT---CAGTGGCA
gi|56776                      : ATAT--GGTAGTGCT--A---GATGCATG--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CTCGG-C----TAGTGG-CT-A---A-CAT--A-T------TA------A---A--TC----------AA-TCTG---T---ACAG-A--GCA-C---T--CG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AT-----AT---CT-CGA-GTTC-----GAT-T-CTCA
gi|56782                      : ATGT--GGTAGTGTG--A---GTTGCA-A--C--C--C---TACC-T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------T
gi|56783                      : ATGTCGGGTAGTATG--A---GA-ACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-AAGC--------T-CT-GG-C----TCGTGGGTT-A---A-CCC--T-T------T
gi|56784                      : ATGT--GGTAGTG-G--TA--GATACATG--A--C--C---TTCC-T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56785                      : ATGT--GGTAGTGTA--G---AAAACA-A--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GC-C----TATTAGATT-A---A-CC
gi|56786                      : ATGT--GCTAGTGTT--A---GATACA-G--A--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-C
gi|56778                      : ATGT--GGTAGTG-G--AAAAGATACACG--A--C--C---TTCC-T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----GAGCGGGTT-A---
gi|56787                      :  TGT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGCGGGTT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TTGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCCAG---CTGAGGCA
gi|56788                      :  TGT--GGTAGTGTA--G---AAAACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGCTGAGTAGCT-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--T-G------TA------G---C--TC----------AA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-AGG---AG-----GT---CT-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56789                      :  TGT--GGCAGTGTG--T---GATACA-G--G--CGGCGGGTTCC-T--AC-TAGC--------T-CT--G-C----TAGTGGTTT-ATACG-CCC--T-TTTA---TG------G---C--TC----------GA-TCGGGGAT---A--ATA--ACA-C---TGGGG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CCGCGG-GTT
gi|56791                      :  TGT--GGTAGTGCT--A---GATATATG--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGT--------T-TT-GG-T----TAGTGGGCT-A---A-TCT--A-T------TA------A---A--TC----------GA-TCTGAA-C---A--G-A--GCA-C---T--AG-A-C
gi|56790                      :  TGT--GGTAGTGCT--A---GATACATG--G--C--C---TTCT-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGCT-A---A-CC
gi|56793                      :   GT--GGTAGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAATGGATT-A---G-CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TTGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-ATGTT-C--TGCT-A-G---AG-----GA---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCCAG---CAGAGGCAtatt
gi|56794                      :   GT--GGTAGTG-G--TA--GATACA-T--GAAC--C---TTCC-T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56795                      :    T--GGTAGTGTA--G---AAAACA-G--G--C--C---TTCC-T--AC-TACC--------T-CT-GG-G----TAGTGCGTT-A---A-CCC--T-T------T
gi|56799                      :          AGTGTG--A---GATACA-G--G--C--C---TTCCCT--GC-TAGC--------T-CG-GG-C----TA-TGG------------T--T-T------TA------G---T--CT----------GA-TCAG---T---A--A-A--GCA-C---A--GG-A-CTGTC-A--TGTC-A-G---AG-----GA---CG-CGG-GTTC-----AAA-T-TCCAA---CAGAGGCA
gi|56798                      :          AGTGTG------AATACA-G--G--C--C---TTCC-T--ACGTAGC--------T-CT-G--C----TACTGG-TT-A---A-CCC--T-T------TA------G---C--TC-----------A-TCGA---T---A--G-AT-GCACC---T--GGCA-C-GTA-G--C-CC-ATGTTTAG-----GT---CC-TGG-ATTCATGCAAAA-T-CCCA----CAGAGGCA
gi|56797                      :          tGTGCG--A---GATG-A-G--G--G--C---TTCC-T--AC-TAGC--------T-CT-AG-A----GAGTAGGTT-A---A-CCC--A-T------TA------G---C--TC----------CA-TAGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-C-CTATC-A--TGCG-A-G---AA-----GG---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCC
gi|56781                      :         tgGTGAG--T---GATA-A-T--G--C--A---TTCC-T--AC-TGGC--------------G------TAGTGAGTT-A---A-TCC--T-T------TA------G---A--T-----------GA-TTGA---T---A--G-A--GTG-G---T--G--A-CTTGT-G--TGTC-A-G---AA------A---CC-CAG-GCTC-----AAA-T-CCCAT---CAGTGGCA
gi|56796                      :      atgtgttgtG--T---GATA-A-GTTG--C--C---TTCC-TTAAC-TAGCCT------T-CT-GG-CAACCTAGTTGGTT-A---T-CCCCTT-T------TA------G---C--TCTGTCATCGTTGA-CTGC---T---A--G-A--GCA-CAACT--GGTA-CTGCT-G--TGC----A---AG-----GA---CC-CGG-GATA-----GAA-T-CCCAGCGACAGAGGC
gi|56777                      :            gata--T---GAT----G--G--C--C---TTCT-T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGT-GGCT-A---A-C--------------A------GATAA--TC----------AA-TC-T---T---A--C-ATGGCA-C---TC-GG-ATCTG-T-G--TGCC-------AG-----GATT-CT-CGA-GTTC-----GAA-T-CTCA
gi|56792                      :        atgatggtaagtgctaagaA-G--G--T--C---TTC--T--AC-TAAC--------T-A--AG-C----GAGTAAGTT-A-----CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--TG-A-CTATC-A--TGCG-A-G---AG-----GG---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-
gi|56800                      :    tatggtaggccttgtacgaaatca-G--A--C--C---TTC--T--AT-T--C--------TACT-GGACG---CAGTGGGTT-A---AGCCC--T-T------TA------GG--C--TC----------GAGTCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-ACG---AG-----GA---CC-CAG-GTTT-----CAA-T-CCCAT---CAGA
gi|56801                      :                                                   C-TTGT--------T-CT-AG-T----TAGTGGGTTTA---A-GCC--T-C------TA------G---C--TT----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCG-C---T--GG-A-CAGTC-A--TGCC-A-G---AT-----GT---TC-CCG-GTTC-----GA-----TCAC---CAGAGGC
gi|56802                      :                                                        C--------T-TT-AG-C----TAGTGGGTG-A---A-CAT--T-T------TT------G---C--TC----------AA-TCTG---T---A--G-A--GCA-C---C--GG-A-GTACC-A--TGCC-A-G---AG-----GT---TG-CGG-GTTT-----GAA-T-ATCAA---ATGAGGCA
gi|56803                      :                                                                  -CT-GG-C----TAGTAGGTT-A---A-CC---T-G------TA------A---CA-TC----------AA-TTCG---T---ACAG-A--GCA-C---T--AG-A-CCGTT-G--TGCC-A-G---AG-----AT---CT-CGA-GTTC-----GAT-T-C
gi|56804                      :                                                                                  GGGTT-A-----CCC--T-T------TA------G---C--TC----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGCT-G--TGCC-A-G---AG-----G----TC-CGG-GTTC-----GAT-C-CTCAG---CAGAGGCA
gi|56779                      :                                                                                             -CCC--TAC------TA------G---C--TC----------GA-TGGG---TTAGA--G-AA-GCAAC---T--GG-A-GTGTTTGATTGCCGA-G---AG-----GA---CC-TTGCGTTC-----AAAAT-CCCAT---CAGAG
gi|56805                      :                                                                                                 atgtgtagttgagatcacatggctttcc----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CCTTC-G--TGCG-A-G---AG-----TG---CC-CGG-TTTC-----AAT-C-CCCAT---CAGAG
gi|56806                      :                                                                                                                           tg----------GA-TCGG---T---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CCCTTCGT-TGCG-A-G---AG-----TG---CC-CGGTTTTC-----AAA-TCCCCAT---CAGAG
gi|56808                      :                                                                                                                                            tg---T---A--G-A--GCA-C---T--AG-A-TTGTT-G--TGCC-T-G---AG-----AT---CT-CGA-GTTC-----GAT-T-CTCAA---CTGAGGC
gi|56807                      :                                                                                                                                              ---T---A--G-A--GCA-C---T--TG-A-CTGGA-G--AGTC-A-G---GG-----GA---CC-TGG-GTTC-----GAA-T-CCC
gi|56810                      :                                                                                                                                                  ---A--G-A--GCA-C---T--GG-A-CTGTT-G--TGCC-A-G---AG-----GA---CC-CAG-ATTC-----AAT-T-CCCAG---CAAAgatctga
gi|56809                      :                                                                                                                                                  ---A--G-A--GCA-C---T--AG-A-TTATT-G--TGCC-A-G---AG-----AT---CT-CGA-GTTC-----GAT-T-CTCAA---CTGAGGC
gi|56811                      :                                                                                                                                                                                 T-G--TGCC-A-A---AG-----GA---CC-CGG-GTTC-----AAA-T-CCCAT---CTGAGGCA





Alignments
lowQualScore                  :    1 11    0 2222  0 11  111 22  0   5 11 11 11 111    222 11  0    44444444 0  0  0 2222         0 111 0   11  333333 111 666666 222 22  4444444444  1    444  22 0 22  0 0 111 0  33 0   0  0 22  33333333  0 2 111   1  1   0    33333  1 0  1  3333        
lowQualScore                  :    . ..    . ....  . ..  ... ..  .   . .. .. .. ...    ... ..  .    ........ .  .  . ....         . ... .   ..  ...... ... ...... ... ..  ..........  .    ...  .. . ..  . . ... .  .. .   .  . ..  ........  . . ...   .  .   .    .....  . .  .  ....        
lowQualScore                  :    0 44    9 0000  9 33  666 66  9   5 22 22 22 666    555 22  9    33333333 9  9  9 7777         9 555 9   33  777777 777 555555 888 44  3333333333  0    222  44 9 11  9 9 666 9  00 9   9  9 11  33333333  9 7 666   0  8   9    33333  8 9  0  8888        
consensus                     : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
Reference ( family-354 )      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
gi|56757                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56758                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---T------G---G--TC----------GA-TCGG---TA--A-A--GC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56759                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CTG--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCAG---TA--G-T--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CA-A-G---AGAACA-CTG-GTTC-----AAAT--C-CA---TCAGAGGCA
gi|56760                      : ATG-T--GATA-G----TG-T--GA---A--AT-ACA-G--G--T--C---TTCG---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CT-A-G---AGGACC-TGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAGGCA
gi|56761                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-A----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---GCAGAGACA
gi|56762                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-A-A-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TGGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--G-TTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CG---CCAGAGGCA
gi|56763                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--GA---G--AT-AGA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A-----CCC--TT------T---ACCTC--G---CGATC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56764                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAG------------------------------------------------------------------C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-GTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-TGC-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56765                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GT---G--AT-ATA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCT--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56766                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T---A---G--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGG-TT-A---A-CCC--TTC-----T---A------G---C--TT----------GA-TC-G---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAG
gi|56767                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-TGG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56768                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TGTCAGAGACTC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC------AAT-CCTCA---GCAGAGGCA
gi|56769                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-T-----C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--TT------T---ACATGTAG---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-TA---TCTGACGCA
gi|56770                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TTTACATGT---A------A---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--T
gi|56771                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--TA---G--AT-ATA-T--G--A--C---GT-----T--AC-TGGA--------T-CT-GG-T----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCAG---CA--G-A--TC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------TG-A-A---AGATCC-CGG-GTTC-----GATT-CC-CA---TCAGGAACA
gi|56772                      : ATG-T--GGTA-G----T--T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-----T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---A-GTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56773                      : ATG-T--GGTA-G----TA-T--GA---G--AT-ACA-G--A--A--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------TA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--TA--------CT-A-G---AGGACC-CAT-GTTC-----AAAT-CT-CA---TCAGAGACA
gi|56774                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--------------AAG----G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGC
gi|56775                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGGTA-TA--G-A--CC-A-C---T-GG--A-CCG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56776                      : ATA-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-GCATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CTCGG-C----TAGTGG-CT-A---A-CAT--AT------T---A------A---A--TC----------AA-TCTG---TACAG-A--GC-A-C---T-CG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---ATATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---
gi|56777                      : ATGAT--GGTAAG----TGCT--AA---G--AT-GAT-G--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGT-GGCT-A---A-C----------------A------GATAA--TC----------AA-TC-T---TA--C-ATGGC-A-C---TCGG--ATCTG--T-G--TG--------CC-A-G---GATTCT-CGA-GTTC-----GAAT-CT-CA---
gi|56778                      : ATG-T--GGTA-G----TG----GAAAAG--AT-ACACG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----GAGCGGGTT-A---
gi|56779                      : ATG-T--G-TA-G----T--T--GA---G--ATCACATG--G--C--T---TTCCCCCT--AC-TAGC--------T-C-----------GATGGGTT-A------------------------------------------------GA---------G--A-A--GCAA-C---T-GG--A-GTGTTT-GATTG--------CCGA-G---AGGACCTTGC-GTTCA----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56780                      : ATG-T--GATT-G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-T----------------GG-C----TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--TT----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-GG--A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---A-AACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56781                      : ATG-T--GTT--G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-TGGC--------------G------TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--T-----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-G---A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---AA-ACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56782                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--TT-GCA-A--C--C--C---TACC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56783                      : ATG-TCGGGTA-G----TA-T--GA---G--A--ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-AAGC--------T-CT-GG-C----TCGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56784                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACATG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56785                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-A--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GC-C----TATTAGATT-A---A-CC
gi|56786                      : ATG-T--GCTA-G----TG-T--TA---G--AT-ACA-G--A--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-C
gi|56787                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGCGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCTGAGGCA
gi|56788                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGCTGAGTAGCT-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TG------T---A------G---C--TC----------AA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-AGG---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56789                      :  TG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--CGGCGGGTTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-G--C----TAGTGGTTT-ATACG-CCC--TT------TTATG------G---C--TC----------GA-TCGGGGATA--ATA--AC-A-C---T-GGGGA-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACCGCGG-GTT
gi|56790                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ACATG--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGCT-A---A-CC
gi|56791                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ATATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGT--------T-TT-GG-T----TAGTGGGCT-A---A-TCT--AT------T---A------A---A--TC----------GA-TCTGAA-CA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-Ctatt
gi|56792                      :  TA-T--GGTA-GGCCTTG-TACGA---A--AT-CAA-G--G--T--C---TTC----T--AC-TAAC--------T-A--AG-C----GAGTAAGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AGGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-
gi|56793                      :   G-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAATGGATT-A---G-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-ATG-TT-C--TG--------CT-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56794                      :   G-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACA-T--GAAC--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56795                      :    -T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TACC--------T-CT-GG-G----TAGTGCGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56796                      :      --GATA-G----TG------------AT-A-A-GTTG--C--C---TTCC---TTAAC-TAGCCT------T-CT-GG-CAACCTAGTTGGTT-A---T-CCCCTTT------T---A------G---C--TCTGTCATCGTTGA-CTGC---TA--G-A--GC-A-CAACT-GGT-A-CTG-CT-G--TG--------C----A---AGGACC-CGG-GATA-----GAAT-CC-CAGCGACAGAGGC
gi|56797                      :          TG-G----TG-C--GA---G--AT-G-A-G--G--G--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-A----GAGTAGGTT-A---A-CCC--AT------T---A------G---C--TC----------CA-TAGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--C-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AAGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-C
gi|56798                      :          TA-G----TG-T--GA------AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--ACGTAGC--------T-CT-G--C----TACTGG-TT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC-----------A-TCGA---TA--G-AT-GC-ACC---T-GGC-A-C-G-TA-G--C---------CC-ATGTTTAGGTCC-TGG-ATTCATGCAAAAT-CC-CA----CAGAGGCA
gi|56799                      :           A-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCCC--T--GC-TAGC--------T-CG-GG-C----TA-TGG------------T--TT------T---A------G---T--CT----------GA-TCAG---TA--A-A--GC-A-C---A-GG--A-CTG-TC-A--TG--------TC-A-G---AGGACG-CGG-GTTC-----AAAT-TC-CA---ACAGAGGCA
gi|56800                      :                                      -G--A--C--C---TTC----T--AT-T--C--------TACT-GGACG---CAGTGGGTT-A---AGCCC--TT------T---A------GG--C--TC----------GAGTCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-ACG---AGGACC-CAG-GTTT-----CAAT-CC-CA---TCAGA
gi|56801                      :                                                               C-TTGT--------T-CT-AG-T----TAGTGGGTTTA---A-GCC--TC------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-G-C---T-GG--A-CAG-TC-A--TG--------CC-A-G---ATGTTC-CCG-GTTC-----GA----T-CA---CCAGAGGC
gi|56802                      :                                                                    C--------T-TT-AG-C----TAGTGGGTG-A---A-CAT--TT------T---T------G---C--TC----------AA-TCTG---TA--G-A--GC-A-C---C-GG--A-GTA-CC-A--TG--------CC-A-G---AGGTTG-CGG-GTTT-----GAAT-AT-CA---AATGAGGCA
gi|56803                      :                                                                              -CT-GG-C----TAGTAGGTT-A---A-CC---TG------T---A------A---CA-TC----------AA-TTCG---TACAG-A--GC-A-C---T-AG--A-CCG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-C
gi|56804                      :                                                                                              GGGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGT-C-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56805                      :                                                                                                                                           ----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCT-TC-G--TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGG-TTTC-----AATC-CC-CA---TCAGAG
gi|56806                      :                                                                                                                                         tg----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCC-TTCGT-TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGGTTTTC-----AAATCCC-CA---TCAGAG
gi|56807                      :                                                                                                                                                          tg---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTG-GA-G--AG--------TC-A-G---GGGACC-TGG-GTTC-----GAAT-CC-C
gi|56808                      :                                                                                                                                                            ---TA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-T-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGCgatctga
gi|56809                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTA-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGC
gi|56810                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-ATTC-----AATT-CC-CA---GCAAA
gi|56811                      :                                                                                                                                                                                              T-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCTGAGGCA





Alignments
lowQualScore                  :    1 11    0 2222  0 11  111 22  0   5 11 11 11 111    222 11  0    44444444 0  0  0 2222         0 111 0   11  333333 111 666666 222 22  4444444444  1    444  22 0 22  0 0 111 0  33 0   0  0 22  33333333  0 2 111   1  1   0    33333  1 0  1  3333        
lowQualScore                  :    . ..    . ....  . ..  ... ..  .   . .. .. .. ...    ... ..  .    ........ .  .  . ....         . ... .   ..  ...... ... ...... ... ..  ..........  .    ...  .. . ..  . . ... .  .. .   .  . ..  ........  . . ...   .  .   .    .....  . .  .  ....        
lowQualScore                  :    0 44    9 0000  9 33  666 66  9   5 22 22 22 666    555 22  9    33333333 9  9  9 7777         9 555 9   33  777777 777 555555 888 44  3333333333  0    222  44 9 11  9 9 666 9  00 9   9  9 11  33333333  9 7 666   0  8   9    33333  8 9  0  8888        
consensus                     : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
Reference ( family-354 )      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
gi|56757                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56758                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---T------G---G--TC----------GA-TCGG---TA--A-A--GC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56759                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CTG--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCAG---TA--G-T--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CA-A-G---AGAACA-CTG-GTTC-----AAAT--C-CA---TCAGAGGCA
gi|56760                      : ATG-T--GATA-G----TG-T--GA---A--AT-ACA-G--G--T--C---TTCG---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CT-A-G---AGGACC-TGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAGGCA
gi|56761                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-A----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---GCAGAGACA
gi|56762                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-A-A-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TGGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--G-TTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CG---CCAGAGGCA
gi|56763                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--GA---G--AT-AGA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A-----CCC--TT------T---ACCTC--G---CGATC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56764                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAG------------------------------------------------------------------C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-GTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-TGC-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56765                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GT---G--AT-ATA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCT--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56766                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T---A---G--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGG-TT-A---A-CCC--TTC-----T---A------G---C--TT----------GA-TC-G---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAG
gi|56767                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-TGG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56768                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TGTCAGAGACTC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC------AAT-CCTCA---GCAGAGGCA
gi|56769                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-T-----C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--TT------T---ACATGTAG---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-TA---TCTGACGCA
gi|56770                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TTTACATGT---A------A---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--T
gi|56771                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--TA---G--AT-ATA-T--G--A--C---GT-----T--AC-TGGA--------T-CT-GG-T----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCAG---CA--G-A--TC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------TG-A-A---AGATCC-CGG-GTTC-----GATT-CC-CA---TCAGGAACA
gi|56772                      : ATG-T--GGTA-G----T--T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-----T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---A-GTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56773                      : ATG-T--GGTA-G----TA-T--GA---G--AT-ACA-G--A--A--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------TA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--TA--------CT-A-G---AGGACC-CAT-GTTC-----AAAT-CT-CA---TCAGAGACA
gi|56774                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--------------AAG----G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGC
gi|56775                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGGTA-TA--G-A--CC-A-C---T-GG--A-CCG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56776                      : ATA-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-GCATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CTCGG-C----TAGTGG-CT-A---A-CAT--AT------T---A------A---A--TC----------AA-TCTG---TACAG-A--GC-A-C---T-CG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---ATATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---
gi|56777                      : ATGAT--GGTAAG----TGCT--AA---G--AT-GAT-G--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGT-GGCT-A---A-C----------------A------GATAA--TC----------AA-TC-T---TA--C-ATGGC-A-C---TCGG--ATCTG--T-G--TG--------CC-A-G---GATTCT-CGA-GTTC-----GAAT-CT-CA---
gi|56778                      : ATG-T--GGTA-G----TG----GAAAAG--AT-ACACG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----GAGCGGGTT-A---
gi|56779                      : ATG-T--G-TA-G----T--T--GA---G--ATCACATG--G--C--T---TTCCCCCT--AC-TAGC--------T-C-----------GATGGGTT-A------------------------------------------------GA---------G--A-A--GCAA-C---T-GG--A-GTGTTT-GATTG--------CCGA-G---AGGACCTTGC-GTTCA----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56780                      : ATG-T--GATT-G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-T----------------GG-C----TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--TT----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-GG--A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---A-AACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56781                      : ATG-T--GTT--G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-TGGC--------------G------TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--T-----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-G---A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---AA-ACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56782                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--TT-GCA-A--C--C--C---TACC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56783                      : ATG-TCGGGTA-G----TA-T--GA---G--A--ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-AAGC--------T-CT-GG-C----TCGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56784                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACATG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56785                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-A--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GC-C----TATTAGATT-A---A-CC
gi|56786                      : ATG-T--GCTA-G----TG-T--TA---G--AT-ACA-G--A--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-C
gi|56787                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGCGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCTGAGGCA
gi|56788                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGCTGAGTAGCT-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TG------T---A------G---C--TC----------AA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-AGG---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56789                      :  TG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--CGGCGGGTTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-G--C----TAGTGGTTT-ATACG-CCC--TT------TTATG------G---C--TC----------GA-TCGGGGATA--ATA--AC-A-C---T-GGGGA-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACCGCGG-GTT
gi|56790                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ACATG--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGCT-A---A-CC
gi|56791                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ATATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGT--------T-TT-GG-T----TAGTGGGCT-A---A-TCT--AT------T---A------A---A--TC----------GA-TCTGAA-CA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-Ctatt
gi|56792                      :  TA-T--GGTA-GGCCTTG-TACGA---A--AT-CAA-G--G--T--C---TTC----T--AC-TAAC--------T-A--AG-C----GAGTAAGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AGGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-
gi|56793                      :   G-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAATGGATT-A---G-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-ATG-TT-C--TG--------CT-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56794                      :   G-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACA-T--GAAC--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56795                      :    -T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TACC--------T-CT-GG-G----TAGTGCGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56796                      :      --GATA-G----TG------------AT-A-A-GTTG--C--C---TTCC---TTAAC-TAGCCT------T-CT-GG-CAACCTAGTTGGTT-A---T-CCCCTTT------T---A------G---C--TCTGTCATCGTTGA-CTGC---TA--G-A--GC-A-CAACT-GGT-A-CTG-CT-G--TG--------C----A---AGGACC-CGG-GATA-----GAAT-CC-CAGCGACAGAGGC
gi|56797                      :          TG-G----TG-C--GA---G--AT-G-A-G--G--G--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-A----GAGTAGGTT-A---A-CCC--AT------T---A------G---C--TC----------CA-TAGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--C-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AAGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-C
gi|56798                      :          TA-G----TG-T--GA------AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--ACGTAGC--------T-CT-G--C----TACTGG-TT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC-----------A-TCGA---TA--G-AT-GC-ACC---T-GGC-A-C-G-TA-G--C---------CC-ATGTTTAGGTCC-TGG-ATTCATGCAAAAT-CC-CA----CAGAGGCA
gi|56799                      :           A-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCCC--T--GC-TAGC--------T-CG-GG-C----TA-TGG------------T--TT------T---A------G---T--CT----------GA-TCAG---TA--A-A--GC-A-C---A-GG--A-CTG-TC-A--TG--------TC-A-G---AGGACG-CGG-GTTC-----AAAT-TC-CA---ACAGAGGCA
gi|56800                      :                                      -G--A--C--C---TTC----T--AT-T--C--------TACT-GGACG---CAGTGGGTT-A---AGCCC--TT------T---A------GG--C--TC----------GAGTCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-ACG---AGGACC-CAG-GTTT-----CAAT-CC-CA---TCAGA
gi|56801                      :                                                               C-TTGT--------T-CT-AG-T----TAGTGGGTTTA---A-GCC--TC------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-G-C---T-GG--A-CAG-TC-A--TG--------CC-A-G---ATGTTC-CCG-GTTC-----GA----T-CA---CCAGAGGC
gi|56802                      :                                                                    C--------T-TT-AG-C----TAGTGGGTG-A---A-CAT--TT------T---T------G---C--TC----------AA-TCTG---TA--G-A--GC-A-C---C-GG--A-GTA-CC-A--TG--------CC-A-G---AGGTTG-CGG-GTTT-----GAAT-AT-CA---AATGAGGCA
gi|56803                      :                                                                              -CT-GG-C----TAGTAGGTT-A---A-CC---TG------T---A------A---CA-TC----------AA-TTCG---TACAG-A--GC-A-C---T-AG--A-CCG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-C
gi|56804                      :                                                                                              GGGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGT-C-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56805                      :                                                                                                                                           ----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCT-TC-G--TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGG-TTTC-----AATC-CC-CA---TCAGAG
gi|56806                      :                                                                                                                                         tg----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCC-TTCGT-TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGGTTTTC-----AAATCCC-CA---TCAGAG
gi|56807                      :                                                                                                                                                          tg---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTG-GA-G--AG--------TC-A-G---GGGACC-TGG-GTTC-----GAAT-CC-C
gi|56808                      :                                                                                                                                                            ---TA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-T-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGCgatctga
gi|56809                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTA-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGC
gi|56810                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-ATTC-----AATT-CC-CA---GCAAA
gi|56811                      :                                                                                                                                                                                              T-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCTGAGGCA


blockSeqs                     :    A CG      GCCT    AC  AAA TG      T TT AA GG GGG    CCC TA       TGAGTAGC         AACC           TAC     CT  TACATG TAT CATGTA ATA GA  TGTCATCGTT       GGA  CA   TG      AAC    GG          AT  TCAGAGAC    G TTT   A  T        ATGCA  A       GCGA
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   TG      C .  .  .  .      C   .        CT               G              .       .   C      .   CCTC   G   A   .                TA   CA   T       .      T           T   .           T .     A  G        A      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       T .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   AG     .   .   .                AA   .    .       .      C           .   .           C .     A  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       T .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       T .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       T .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       C   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       A   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     G  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       C   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       A   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     G  .        .      A       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      A       A   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       A   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       G   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T       T   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A       .   
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     G  .        .      A           
blockSeqs                     :    . .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .   .      .   .   .                .    .    .       .      .           .   .           . .     G  .        .      T           
blockSeqs                     :      .       .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .                  .                .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      T           
blockSeqs                     :              .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .                  .                .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      T           
blockSeqs                     :              .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .       .   .      .                                   .    .    .       .      .           .   .           . .     T  .        .      A           
blockSeqs                     :              .       .   .   .       . .  .  .  .      .   .        .                .              .                                                      .    .    .       .      .           .   .           . .     A  .        .      .           
blockSeqs                     :                                      . .  .  .  .      .   .        .                .              .                                                           .    .       .      .           .   .           . .     A  .                           
blockSeqs                     :                                                                     .                .              .                                                           .    .       .      .           .                                                      
blockSeqs                     :                                                                     .                .              .                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                     .                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
finalCons                     : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA





Alignments
lowQualScore                  :    1 11    0 2222  0 11  111 22  0   5 11 11 11 111    222 11  0    44444444 0  0  0 2222         0 111 0   11  333333 111 666666 222 22  4444444444  1    444  22 0 22  0 0 111 0  33 0   0  0 22  33333333  0 2 111   1  1   0    33333  1 0  1  3333        
lowQualScore                  :    . ..    . ....  . ..  ... ..  .   . .. .. .. ...    ... ..  .    ........ .  .  . ....         . ... .   ..  ...... ... ...... ... ..  ..........  .    ...  .. . ..  . . ... .  .. .   .  . ..  ........  . . ...   .  .   .    .....  . .  .  ....        
lowQualScore                  :    0 44    9 0000  9 33  666 66  9   5 22 22 22 666    555 22  9    33333333 9  9  9 7777         9 555 9   33  777777 777 555555 888 44  3333333333  0    222  44 9 11  9 9 666 9  00 9   9  9 11  33333333  9 7 666   0  8   9    33333  8 9  0  8888        
consensus                     : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
Reference ( family-354 )      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGNCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---NCAGAGGCA
gi|56757                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56758                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---T------G---G--TC----------GA-TCGG---TA--A-A--GC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56759                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CTG--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCAG---TA--G-T--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CA-A-G---AGAACA-CTG-GTTC-----AAAT--C-CA---TCAGAGGCA
gi|56760                      : ATG-T--GATA-G----TG-T--GA---A--AT-ACA-G--G--T--C---TTCG---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CT-A-G---AGGACC-TGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGAGGCA
gi|56761                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-A----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GAAT-CC-CA---GCAGAGACA
gi|56762                      : ATG-T--GGCA-G----TG-T--GA---G--AT-A-A-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TGGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--G-TTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CG---CCAGAGGCA
gi|56763                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--GA---G--AT-AGA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A-----CCC--TT------T---ACCTC--G---CGATC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56764                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAG------------------------------------------------------------------C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-GTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-TGC-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCAGATGCA
gi|56765                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GT---G--AT-ATA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCT--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56766                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T---A---G--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGG-TT-A---A-CCC--TTC-----T---A------G---C--TT----------GA-TC-G---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAG
gi|56767                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-TGG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56768                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---C-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TGTCAGAGACTC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC------AAT-CCTCA---GCAGAGGCA
gi|56769                      : ATG-T--GGTA-G----TG-C--GA---G--AT-ACA-T-----C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--TT------T---ACATGTAG---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-TA---TCTGACGCA
gi|56770                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TTTACATGT---A------A---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--T
gi|56771                      : ATA-T--GGTA-G----TG-T--TA---G--AT-ATA-T--G--A--C---GT-----T--AC-TGGA--------T-CT-GG-T----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TT----------GA-TCAG---CA--G-A--TC-A-C---T-GG--A-TTG-TT-G--TG--------TG-A-A---AGATCC-CGG-GTTC-----GATT-CC-CA---TCAGGAACA
gi|56772                      : ATG-T--GGTA-G----T--T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-----T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---A-GTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56773                      : ATG-T--GGTA-G----TA-T--GA---G--AT-ACA-G--A--A--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------TA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GA--A-CTG-TT-G--TA--------CT-A-G---AGGACC-CAT-GTTC-----AAAT-CT-CA---TCAGAGACA
gi|56774                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCG--------------AAG----G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGC
gi|56775                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-TT-GG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGGTA-TA--G-A--CC-A-C---T-GG--A-CCG-TT-G--TG--------TC-A-G---AGGTCC-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56776                      : ATA-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-GCATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CTCGG-C----TAGTGG-CT-A---A-CAT--AT------T---A------A---A--TC----------AA-TCTG---TACAG-A--GC-A-C---T-CG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---ATATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---
gi|56777                      : ATGAT--GGTAAG----TGCT--AA---G--AT-GAT-G--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGT-GGCT-A---A-C----------------A------GATAA--TC----------AA-TC-T---TA--C-ATGGC-A-C---TCGG--ATCTG--T-G--TG--------CC-A-G---GATTCT-CGA-GTTC-----GAAT-CT-CA---
gi|56778                      : ATG-T--GGTA-G----TG----GAAAAG--AT-ACACG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----GAGCGGGTT-A---
gi|56779                      : ATG-T--G-TA-G----T--T--GA---G--ATCACATG--G--C--T---TTCCCCCT--AC-TAGC--------T-C-----------GATGGGTT-A------------------------------------------------GA---------G--A-A--GCAA-C---T-GG--A-GTGTTT-GATTG--------CCGA-G---AGGACCTTGC-GTTCA----AAAT-CC-CA---TCAGAG
gi|56780                      : ATG-T--GATT-G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-T----------------GG-C----TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--TT----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-GG--A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---A-AACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56781                      : ATG-T--GTT--G----TG-T--GA---GTGAT-A-A-T--G--C--A---TTCC---T--AC-TGGC--------------G------TAGTGAGTT-A---A-TCC--TT------T---A------G---A--T-----------GA-TTGA---TA--G-A--GT-G-G---T-G---A-CTT-GT-G--TG--------TC-A-G---AA-ACC-CAG-GCTC-----AAAT-CC-CA---TCAGTGGCA
gi|56782                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--TT-GCA-A--C--C--C---TACC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56783                      : ATG-TCGGGTA-G----TA-T--GA---G--A--ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-AAGC--------T-CT-GG-C----TCGTGGGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56784                      : ATG-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACATG--A--C--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56785                      : ATG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-A--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GC-C----TATTAGATT-A---A-CC
gi|56786                      : ATG-T--GCTA-G----TG-T--TA---G--AT-ACA-G--A--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-C
gi|56787                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-C----TAGCGGGTT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCTGAGGCA
gi|56788                      :  TG-T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGCTGAGTAGCT-CT-GG-C----TAGTGGATT-A---A-CCC--TG------T---A------G---C--TC----------AA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-AGG---AGGTCT-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56789                      :  TG-T--GGCA-G----TG-T--GT---G--AT-ACA-G--G--CGGCGGGTTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-G--C----TAGTGGTTT-ATACG-CCC--TT------TTATG------G---C--TC----------GA-TCGGGGATA--ATA--AC-A-C---T-GGGGA-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACCGCGG-GTT
gi|56790                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ACATG--G--C--C---TTCT---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAGTGGGCT-A---A-CC
gi|56791                      :  TG-T--GGTA-G----TG-C--TA---G--AT-ATATG--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGT--------T-TT-GG-T----TAGTGGGCT-A---A-TCT--AT------T---A------A---A--TC----------GA-TCTGAA-CA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-Ctatt
gi|56792                      :  TA-T--GGTA-GGCCTTG-TACGA---A--AT-CAA-G--G--T--C---TTC----T--AC-TAAC--------T-A--AG-C----GAGTAAGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AGGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-
gi|56793                      :   G-T--GGTA-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-GG-C----TAATGGATT-A---G-CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TTGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-ATG-TT-C--TG--------CT-A-G---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---GCAGAGGCA
gi|56794                      :   G-T--GGTA-G----TG-G--TA---G--AT-ACA-T--GAAC--C---TTCC---T--AT-TGGC--------T-CT-GA-C----TAGTGGGTT-A---A-
gi|56795                      :    -T--GGTA-G----TG-T--AG---A--AA-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--AC-TACC--------T-CT-GG-G----TAGTGCGTT-A---A-CCC--TT------T---
gi|56796                      :      --GATA-G----TG------------AT-A-A-GTTG--C--C---TTCC---TTAAC-TAGCCT------T-CT-GG-CAACCTAGTTGGTT-A---T-CCCCTTT------T---A------G---C--TCTGTCATCGTTGA-CTGC---TA--G-A--GC-A-CAACT-GGT-A-CTG-CT-G--TG--------C----A---AGGACC-CGG-GATA-----GAAT-CC-CAGCGACAGAGGC
gi|56797                      :          TG-G----TG-C--GA---G--AT-G-A-G--G--G--C---TTCC---T--AC-TAGC--------T-CT-AG-A----GAGTAGGTT-A---A-CCC--AT------T---A------G---C--TC----------CA-TAGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--C-CTA-TC-A--TG--------CG-A-G---AAGGCC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-C
gi|56798                      :          TA-G----TG-T--GA------AT-ACA-G--G--C--C---TTCC---T--ACGTAGC--------T-CT-G--C----TACTGG-TT-A---A-CCC--TT------T---A------G---C--TC-----------A-TCGA---TA--G-AT-GC-ACC---T-GGC-A-C-G-TA-G--C---------CC-ATGTTTAGGTCC-TGG-ATTCATGCAAAAT-CC-CA----CAGAGGCA
gi|56799                      :           A-G----TG-T--GA---G--AT-ACA-G--G--C--C---TTCCC--T--GC-TAGC--------T-CG-GG-C----TA-TGG------------T--TT------T---A------G---T--CT----------GA-TCAG---TA--A-A--GC-A-C---A-GG--A-CTG-TC-A--TG--------TC-A-G---AGGACG-CGG-GTTC-----AAAT-TC-CA---ACAGAGGCA
gi|56800                      :                                      -G--A--C--C---TTC----T--AT-T--C--------TACT-GGACG---CAGTGGGTT-A---AGCCC--TT------T---A------GG--C--TC----------GAGTCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-ACG---AGGACC-CAG-GTTT-----CAAT-CC-CA---TCAGA
gi|56801                      :                                                               C-TTGT--------T-CT-AG-T----TAGTGGGTTTA---A-GCC--TC------T---A------G---C--TT----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-G-C---T-GG--A-CAG-TC-A--TG--------CC-A-G---ATGTTC-CCG-GTTC-----GA----T-CA---CCAGAGGC
gi|56802                      :                                                                    C--------T-TT-AG-C----TAGTGGGTG-A---A-CAT--TT------T---T------G---C--TC----------AA-TCTG---TA--G-A--GC-A-C---C-GG--A-GTA-CC-A--TG--------CC-A-G---AGGTTG-CGG-GTTT-----GAAT-AT-CA---AATGAGGCA
gi|56803                      :                                                                              -CT-GG-C----TAGTAGGTT-A---A-CC---TG------T---A------A---CA-TC----------AA-TTCG---TACAG-A--GC-A-C---T-AG--A-CCG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-C
gi|56804                      :                                                                                              GGGTT-A-----CCC--TT------T---A------G---C--TC----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-CT-G--TG--------CC-A-G---AGGT-C-CGG-GTTC-----GATC-CT-CA---GCAGAGGCA
gi|56805                      :                                                                                                                                           ----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCT-TC-G--TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGG-TTTC-----AATC-CC-CA---TCAGAG
gi|56806                      :                                                                                                                                         tg----------GA-TCGG---TA--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CCC-TTCGT-TG--------CG-A-G---AGTGCC-CGGTTTTC-----AAATCCC-CA---TCAGAG
gi|56807                      :                                                                                                                                                          tg---TA--G-A--GC-A-C---T-TG--A-CTG-GA-G--AG--------TC-A-G---GGGACC-TGG-GTTC-----GAAT-CC-C
gi|56808                      :                                                                                                                                                            ---TA--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTG-TT-G--TG--------CC-T-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGCgatctga
gi|56809                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-AG--A-TTA-TT-G--TG--------CC-A-G---AGATCT-CGA-GTTC-----GATT-CT-CA---ACTGAGGC
gi|56810                      :                                                                                                                                                                A--G-A--GC-A-C---T-GG--A-CTG-TT-G--TG--------CC-A-G---AGGACC-CAG-ATTC-----AATT-CC-CA---GCAAA
gi|56811                      :                                                                                                                                                                                              T-G--TG--------CC-A-A---AGGACC-CGG-GTTC-----AAAT-CC-CA---TCTGAGGCA