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lowQualScore                  :         11 00000 0  4      222 777777  0  11 222 111   1111 0  11111 0 555555 0 33333 0       0 0  444  0  11 0    0  
lowQualScore                  :         .. ..... .  .      ... ......  .  .. ... ...   .... .  ..... . ...... . ..... .       . .  ...  .  .. .    .  
lowQualScore                  :         11 88888 7  3      000 222222  7  00 333 333   5555 7  88888 7 666666 7 66666 7       7 7  000  8  11 8    8  
consensus                     : TGATCAAG--AN----A-GAAACTCTA---C---N--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTACAA
Reference ( gi|109928 )       : TGATCAAG--AG----A-GAGACTCTA---C---C--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109946                     : TGATCAAG--AGCTAGA-GAGACTCTA---C---C--AC-AT--C---A---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109938                     : TGATCAAG--AG----A-AAAACTCTA---C---C--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCTC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109931                     : TGATCAAG--AC----A-GGAACTCTA---C---C--AC-AT--C---A---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109933                     : TGATAAAG--AC----A-GGAACTCTA---C---C--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109939                     : TGATCAAG--GG----A-GAGACTCTA---C---C--AC-TT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCGC-T-AA-C-AA-GG--C-AGTATAA
gi|109935                     : TGATCAAG--AC----A-GGAACTCTA---C---C--AT-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-AA-GG--C-AGTATAA
gi|109934                     : TGATCAAG--AC----A-GGAACTCTA---C---C--AT-AT--C---G---CTA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
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gi|109948                     : TGATCAAG--AG----A-AAGACTCTA---CA--C--AC-AT--C---G----CA----G-AA-----A-A------G-T-----T-AGCTCAC-T-AG-C-AA-GG--C-AGTATAA
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gi|109922                     : TGATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTTAC-T-AG-A-GA-GA--C-AGTAAAA
gi|109936                     : TGATCAAG--AC----A-GGAACTCTA---C---C--AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AA-A-GG-GG--C-AGTA
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gi|109947                     : TGATCAAG--AT----A-GAAGCTCTA---T---A--AC-AT--C---A---CAA----G-AA-----A-A------G-C-----T-ATCCCAC-T-AG-C-GA-AA--C-AGTATA
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gi|109916                     : TGATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---T---A--TC-AT--G---G---CCA----A-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T-AGCTCAC-C-AG-A-GA-GG--C-AGTACAAc
gi|109914                     : TGATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TA-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-ATCCTC-A-C-----T-AGCTCAC-T-AG-A-GA-GA--C-AGTACAA
gi|109932                     : TGATCAAG--AT----A-GAAACTGTA---C---A--CC-AT--T---G---CCA----G-AC-----A-A------T-C-----T-AGCTCAC-T-GG-C-GA-AA--C-AATACAA
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gi|109917                     : TGTTCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TC-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-AGTCTC-G-C-----T-AGCTCAC-T-CG-A-GA-GA--C-AGTACAA
gi|109945                     : TGCTTAAT--AG----A-GAAACTCTA---C---A--AC-AT--C---G---TC-----G-AAGTTCTA-A------G-C-----T-AACTCAC-T-AG-A-GA-GA--C-AGTACAA
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gi|109941                     : TGATCAAG--GT----A-GAAACTCTA---C---A--TC-AT--G---A---CCA----G-AA-----A-A------GCC-----T-AGCTCAC-T-AG-
gi|109924                     : TGATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TCGAT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--G-C-----T-AGCTC-C-T-AG-A-GA-AA--C-AGTAT
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gi|109919                     : TAATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TC-AT--T---C---CTA----G-AA-----A-AAGCCTCG-C-----T-AGTTCAC-T-AG-A-GA-GA--C-AATACAA
gi|109927                     : TGATCAAA--AAT---A-GAAACTTTA---C------AT-AT--C---T---CCA----G-AA-----A-AGCTC--G-C-----T-AGCTCAC-G-AG-A-GA-GA--C-AGAACAA
gi|109921                     : TAATCAAG--AT----A-GAAACTCTA---T---A--TC-AT--C---G---CAA----G-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-A-GA-
gi|109929                     : TGATCAAG--AGT---A-GAAACTCTA---A---T---C-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--G-C-----T-AGCTCAC-TGAG-C-aata
gi|109937                     : TGATCAAG--AT----A-GAAATT--------------C-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--A-C-----T-AGCTCACTT-AGAA-GA-GA--C-AGTACAAagacctacaa
gi|109954                     : TGATCAAGATAT----A-GAAACTCT-----------AC-AT--CAG-G---CCA----G-AA-----A---------------------TCAT-T-AG-A-GATGA--C-AGTGCAA
gi|109959                     :  GATCAAG--AG----A-GAAACTCTA---C---C--AC-AT--C---A---CCA----G-AG-----A-A------G-C-----T-AGTTCCT-T-TG-T-GA-GG--C-AGTATAA
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gi|109958                     :  GATCAAG--AT----A-GA-ACTGTC---G---A--AC-AT--CTACG---CCA----G-AA-----A-AA-----G-C-----TTAGCTCAC-A-AG-A-GA-GGACT-AGTACAA
gi|109961                     :   ATCAAG--AG----A-AAGACTCTA---C---C--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-A
gi|109960                     :   ATCAAT--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-ACCCTC-G-C-----T-AGCTCAC-A-AG-T-GA-GA----AGTACAA
gi|109962                     :    TCAAG--AT----A-GAAACTCTA---C---A--TC-AT--C---G---TCA----G-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T-AGCTCAC-T-GG-A-GA-GA--C-AGTACAA
gi|109963                     :      AAG--AG----A-GAAACTCTA---C---C--AT-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCTC-T-AG-T-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109967                     :             ----A-GGAACTCTA---C---C--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-AGTATAA
gi|109965                     :             ----A-GAAACTCTA---C---A--AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-T------G-C-----T-AGCTTAC-T-AG-C-GA-GA--C-GGTACAA
gi|109966                     :           at----A-GAAACTCTA---C---A--AT-AT--C---G---CCA----G-GA-----A-A------G-C-----T-AACTCAT-T-AG-C-GA-TA--T-AGTACAA
gi|109968                     :                at-GAAACTCTA---C---C--AC-ATATC---G---CCA----G-AA-----A-A------G-T-----T-AGCTCAC-T-AG-C-GA-GG--C-GGTGCAA
gi|109964                     :                    AAACTCTA---C---A--AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T-AGCTCAC-T-AG-A-GA-GA--C-AGTACAA





Alignments
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lowQualScore                  :          44444 11         222 5555  0  11 222 111   1111 0  11111 0 333333 0 33333 2222       0   444  0  11 0  111  0   
lowQualScore                  :          ..... ..         ... ....  .  .. ... ...   .... .  ..... . ...... . ..... ....       .   ...  .  .. .  ...  .   
lowQualScore                  :          00000 00         000 1111  7  00 222 222   5555 7  88888 7 777777 7 66666 2222       7   222  7  00 8  333  8   
consensus                     : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
Reference ( family-353 )      : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
gi|109913                     : TGATCAAGAC----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-ATCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---CA-CAA
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gi|109915                     : TGACCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-GACCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TG-CAA
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gi|109924                     : TGATCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TCGAT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--G-C-----T----AGCTC-C-TAG-A-GA-AA--C-AG---TATCAA
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gi|109926                     : TAATCAGGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--T---G---C-A----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTTAC-TAG-A-AA-GA--C-AG---TA-CAA
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gi|109928                     : TGATCAAGAG----A--GAGACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109929                     : TGATCAAGAGT---A--GAAACTCTA---AT----C-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--G-C-----T----AGCTCAC-T-----GA--G--C-AGACCTA-CAA
gi|109930                     : TGATTAAGAT----A--GAAACCCAA---CA---AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-T-GA-GT--C-AG---TA-CAA
gi|109931                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---A---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109932                     : TGATCAAGAT----A--GAAACTGTA---CA---CC-AT--T---G---CCA----G-AC-----A-A------T-C-----T----AGCTCAC-TGG-C-GA-AA--C-AA---TA-CAA
gi|109933                     : TGATAAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109934                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AT-AT--C---G---CTA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109935                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AT-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-AA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109936                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAA-A-GG-GG--C-AG---TA-
gi|109937                     : TGATCAAGAT----A--GAAATT------------C-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-GCCTC--A-C-----T----AGCTCACTTAGAA-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109938                     : TGATCAAGAG----A--AAAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCTC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109939                     : TGATCAAGGG----A--GAGACTCTA---CC---AC-TT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCGC-TAA-C-AA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109940                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCCC-TAG-CAAA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109941                     : TGATCAAGGT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--G---A---CCA----G-AA-----A-A------GCC-----T----AGCTCAC-TAG-
gi|109942                     : TGATCAAAAC----A--GAG-TTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GA--C-AG---TA-TAA
gi|109943                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTA---CCTC-AT-AT--C---G---CCATGCAG-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-AAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
gi|109944                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTTTA---CC---AC-AT--C---G---CAA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAA-C-GA-GA--C-AG---TA-
gi|109945                     : TGCTTAATAG----A--GAAACTCTA---CA---AC-AT--C---G---TC-----G-AAGTTCTA-A------G-C-----T----AACTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109946                     : TGATCAAGAGCTAGA--GAGACTCTA---CC---AC-AT--C---A---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109947                     : TGATCAAGAT----A--GAAGCTCTA---TA---AC-AT--C---A---CAA----G-AA-----A-A------G-C-----T----ATCCCAC-TAG-C-GA-AA--C-AG---TA-TA
gi|109948                     : TGATCAAGAG----A--AAGACTCTA---CAC--AC-AT--C---G---C-A----G-AA-----A-A------G-T-----T----AGCTCAC-TAG-C-AA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109949                     : TGATCAAGAC----A--GGAACTCTAA--CC---A--AT--C---G---CCA----A-AA-----T-A------G-C-----T----AGCTCCC-TAG-C-GA-GG--C-AG---
gi|109950                     : TGATCAAGAG----A--AAGACTCTA---CC---AT-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAT-TAG-C-CA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109951                     : TGATCAAGAG----A--AAAATTCTA---CA---AT-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-T-----T----ATCTTAC-TAG-C-TA-GG--C-AG---TG-CAA
gi|109952                     : TGATCAAGAC----A--GGGACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----GCAA-----ACA------G-C-----T----AGCTC-C-TAG-C-GA-GG--A-AG---TA-TAA
gi|109953                     : TGATCAAGAG----A--GAAGCTCTA---TA---AA-AT--C---G---CCA----G-AG-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-AAG-C-AA-TA--CTAG---TA-C
gi|109954                     : TGATCAAGAT----ATAGAAACTCT---------AC-AT--CAG-G---CCA----G-AA-----A------------------------TCAT-TAG-A-GATGA--C-AG---TG-CAA
gi|109955                     : TGATCAAGAG----A--GAATCCCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCTC--AG-A-GA-GT--C-A
gi|109956                     : TGATCAAGAA----A--GAGACT--A---CC---AC-AT--C---G---CTG----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-AA-GG--C-AG---TA-AAA
gi|109957                     :  GATCAAAGA----T--GGAACGCTA---TGTACAC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-AAAACTCG-C-----T----TTCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-
gi|109958                     :  GATCAAGAT----A--GAA-CTGTC---GA---AC-AT--CTACG---CCA----G-AA-----A-AA-----G-C-----TT---AGCTCAC-AAG-A-GA-GGACT-AG---TA-CAA
gi|109959                     :  GATCAAGAG----A--GAAACTCTA---CC---AC-AT--C---A---CCA----G-AG-----A-A------G-C-----T----AGTTCCT-TTG-T-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109960                     :   ATCAATAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-ACCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-AAG-T-GA-GA----AG---TA-CAA
gi|109961                     :   ATCAAGAG----A--AAGACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TA
gi|109962                     :    TCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---TCA----G-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TGG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109963                     :      AAGAG----A--GAAACTCTA---CC---AT-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCTC-TAG-T-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109964                     :        GAT----A--CAAACTCTA---CA---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109965                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-T------G-C-----T----AGCTTAC-TAG-C-GA-GA--C-GG---TA-CAA
gi|109966                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AT-AT--C---G---CCA----G-GA-----A-A------G-C-----T----AACTCAT-TAG-C-GA-TA--T-AG---TA-CAA
gi|109967                     :           ----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109968                     :                --GAAACTCTA---CC---AC-ATATC---G---CCA----G-AA-----A-A------G-T-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-GG---TG-CAA





Alignments
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lowQualScore                  :          ..... ..         ... ....  .  .. ... ...   .... .  ..... . ...... . ..... ....       .   ...  .  .. .  ...  .   
lowQualScore                  :          00000 00         000 1111  7  00 222 222   5555 7  88888 7 777777 7 66666 2222       7   222  7  00 8  333  8   
consensus                     : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
Reference ( family-353 )      : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
gi|109913                     : TGATCAAGAC----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-ATCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---CA-CAA
gi|109914                     : TGATCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TA-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-ATCCTC-A-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109915                     : TGACCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-GACCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TG-CAA
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gi|109923                     : TGATCAAGAT----A--CAAACTCTA---CA---TC-AT--G---G---CCA----G-AA-----A-A------G-CATCAAT----CGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-CA
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gi|109958                     :  GATCAAGAT----A--GAA-CTGTC---GA---AC-AT--CTACG---CCA----G-AA-----A-AA-----G-C-----TT---AGCTCAC-AAG-A-GA-GGACT-AG---TA-CAA
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gi|109960                     :   ATCAATAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-ACCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-AAG-T-GA-GA----AG---TA-CAA
gi|109961                     :   ATCAAGAG----A--AAGACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TA
gi|109962                     :    TCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---TCA----G-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TGG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109963                     :      AAGAG----A--GAAACTCTA---CC---AT-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCTC-TAG-T-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109964                     :        GAT----A--CAAACTCTA---CA---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
gi|109965                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-T------G-C-----T----AGCTTAC-TAG-C-GA-GA--C-GG---TA-CAA
gi|109966                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AT-AT--C---G---CCA----G-GA-----A-A------G-C-----T----AACTCAT-TAG-C-GA-TA--T-AG---TA-CAA
gi|109967                     :           ----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109968                     :                --GAAACTCTA---CC---AC-ATATC---G---CCA----G-AA-----A-A------G-T-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-GG---TG-CAA


blockSeqs                     :          GCTAG            GAT GTAC        TAC ACA   TGCA    GTTCT   AGCCTC   ATCAA CGCT           AA      AC    ACC
blockSeqs                     :          AT               A   CTC         AG  .     .       .       AAACTC   CTCGC T              CA      .     .  
blockSeqs                     :          GT               .   AC          .   .     .       .       TCCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       ACCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       GCCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       GTCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       GCCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       CCCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       GCCTC    .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       CCTC     .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       CCTC     .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       CCTC     .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       A        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   T           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   T           .   .     .       .       .        .     .              T       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          C                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   C           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          A                .   C           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          A                .   A           .   .     .       .       .        .     .              T       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              T       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              T       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   A           .   .     .       .       .        .     .              A       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          G                .   A           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .     .  
blockSeqs                     :          T                .   C           .   .     .       .       .        .     .              C       .        
blockSeqs                     :          T                .   .           .   .     .       .       .        .     .              .                
blockSeqs                     :                           .   .           .   .     .       .       .        .     .                               
blockSeqs                     :                           .   .           .   .     .       .       .        .     .                               


blockSeqCons                  :                                                                     ******
originalCons                  : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
finalCons                     : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA





Alignments
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lowQualScore                  :          44444 11         222 5555  0  11 222 111   1111 0  11111 0 333333 0 33333 2222       0   444  0  11 0  111  0   
lowQualScore                  :          ..... ..         ... ....  .  .. ... ...   .... .  ..... . ...... . ..... ....       .   ...  .  .. .  ...  .   
lowQualScore                  :          00000 00         000 1111  7  00 222 222   5555 7  88888 7 777777 7 66666 2222       7   222  7  00 8  333  8   
consensus                     : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
Reference ( family-353 )      : TGATCAAGAN----A--GAAACTCTA---CN---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-CAA
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gi|109955                     : TGATCAAGAG----A--GAATCCCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCTC--AG-A-GA-GT--C-A
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gi|109958                     :  GATCAAGAT----A--GAA-CTGTC---GA---AC-AT--CTACG---CCA----G-AA-----A-AA-----G-C-----TT---AGCTCAC-AAG-A-GA-GGACT-AG---TA-CAA
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gi|109962                     :    TCAAGAT----A--GAAACTCTA---CA---TC-AT--C---G---TCA----G-AA-----A-AGCCTC-G-C-----T----AGCTCAC-TGG-A-GA-GA--C-AG---TA-CAA
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gi|109965                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AC-AT--T---G---CCA----G-AA-----A-T------G-C-----T----AGCTTAC-TAG-C-GA-GA--C-GG---TA-CAA
gi|109966                     :         AT----A--GAAACTCTA---CA---AT-AT--C---G---CCA----G-GA-----A-A------G-C-----T----AACTCAT-TAG-C-GA-TA--T-AG---TA-CAA
gi|109967                     :           ----A--GGAACTCTA---CC---AC-AT--C---G---CCA----G-AA-----A-A------G-C-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-AG---TA-TAA
gi|109968                     :                --GAAACTCTA---CC---AC-ATATC---G---CCA----G-AA-----A-A------G-T-----T----AGCTCAC-TAG-C-GA-GG--C-GG---TG-CAA