lowQualScore                  :              1                                111111                                                                       
lowQualScore                  :       1 111  0  1 0 0 0 11  0  0   66 33 1 11 666666 0 0 222 11  0 2 0  0 0   0  222 11111 22  0  0 11 33333 0   1 0       
lowQualScore                  :       . ...  .  . . . . ..  .  .   .. .. . .. ...... . . ... ..  . . .  . .   .  ... ..... ..  .  . .. ..... .   . .       
lowQualScore                  :       5 333  2  4 7 7 7 77  7  7   99 11 4 00 666666 7 7 666 00  7 8 7  7 7   7  777 88888 99  7  7 00 22222 7   5 8       
consensus                     :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
Reference ( gi|62081 )        :  GGGTC-T---GGAGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62084                      :  GGGTC-T---GG-GG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-T---G--G--T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-TCAGGGG
gi|62083                      :  GGGTC-T---GG-GG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62082                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-C-AA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62085                      :  GGGTT-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-ATGT-C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62088                      :  GGGTC-T---GTGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-T---G--AG-T-TTCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCACGGG
gi|62090                      :  GGGTC-T---GGAGG---C-G-C--CT-TA-AGGC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-AGC-AA-G-G-----C--CC-TG-T--TG--G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62091                      :  GGGTC-T---GGAAG-C-C-G-C--CC-TG-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62087                      :  GGGTT-T---GGGGG-C-C-G-C--CC-TA-AGG--C--C-C--CG-----A-A-T---G--GG-C-C-CA-G-GGC-AA-A-G-----G--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62093                      :  GGATCAT---GGAGGGC-C-G-C--CT-TA-AGGGCC--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GCG-T-CCAGG
gi|62101                      :  GGGCC-TTAAGAGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-TA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCA
gi|62086                      :  GGGTCCT---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CCA----A-G-CTGCG--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGG
gi|62092                      :  GGGTT-T---GAGGG-C-C-G-A--CT-TG-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGTGG
gi|62089                      :  GGGTT-T---GG-GG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-A-T---G--GGTT-C-CA-G-GGCAAA-A-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62099                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-CA-CT-TA-AGGACC--C-C--C------A-G-T---G--GG-TTC-CA-G-GGC-AA-C-G-----C--CCTTG-G--T---G-GAGGG-T-CCAGGGG
gi|62094                      :  GGGAC-T---GTGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GA-TGC-CA-G-GGC-AA-G-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCATGGG
gi|62106                      :  GGGTC-T---GG-GG-C-C-A-C--CT-TA-AGG--C--C-T--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA---GGC-CA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGGTT-CCAGGGG
gi|62098                      :  GGGTT-T---GGGAG-C-C-A-C--CC-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-C-CA-A-GAC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62109                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-A--CT-TA-AGC--C--C-C--C------A-G-T---T--GG-T-C-CA-G-GGC-T--G-G-----C--CC-TG-G--T---ATG-GGG-T-CCAGGGG
gi|62100                      :  GGGTC-T---GGGGG-C---G-C--CG-TA-AGC--C--C-C--CC-----A-G-C---A--GG-T-C-CA-G-GGC-AG-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62103                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-A-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CT-----A-G-T---G--GG-T-C-CA---GGC-AA-T-G--------CC-TG-A--T---T-G-GGG-T-CCAAGGG
gi|62107                      :  GGGTT-T---GGGGG-C-C-G-C--CC-TA-AGG--C--C-C--CCC----A-A-T---G--GG-T-T-CA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-
gi|62105                      :  GGGTC-T---AG-GG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-TGC-CT-G-GGC-AA-G-A-----C--CT-TT-G--T---G-G-TGG-T-CCAGGGG
gi|62102                      :  GGGTT-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TG-AGG--C--C-CGCC------T-G-A---A--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-A-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCATGGG
gi|62097                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-C-CA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62096                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-C-CA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62095                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-C-CA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62115                      :  GGTTC-T---AG-GG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-T-CA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GG
gi|62111                      : gGGGTC-T---GGTGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C-----------G-T------GG-T-C-CA---GGC--A-G-G-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-CCAGGGG
gi|62104                      :  GGGTC-T---AAGGG-C-C-A-C--CT-TA-AGA--C--C-C--AG-----A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-
gi|62108                      :  GGGTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TG-AGC--C--C-C--C------A-G-TA--A--GG-T-T-CA-G-GGT-GA-A-G-----C--CC-TG-A--T-----G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62119                      :  GGGTC-T---GGGGA-C-T-G-C---T-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-C---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AG-A-G-----T--CC-TG-G--T---A-G-GGG-
gi|62110                      :  GGGTC-T---GAGGG-C-A-A-C--CT-TC-AGG--C--C-C--C------A-GAT---G--GG-T-C-CA-G-GAC-AA-A-G-----T--CC-TG-G--T-----G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62112                      :  GGTTC-T---TGGGG-C-C-G-C--CT--A-AGG--CGCC-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AAGG-G-----C--CA-TG-G--TGGGG-G-GGG-T-CCAGG
gi|62116                      :  GGGTC-T---GGGGA-C-T-G-C--TT-TG-AAG--CT-C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-A-C-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-TCAAGGG
gi|62118                      :  GGGTT-A---GGGGG-C-C-G-C--CT-TG-AGG--CT-C-C--C------A-G-T---G--GG-TTC-CA-A-GGC-AA-G-------C--CC-TG-G--T---G-G-GGC-T-C
gi|62122                      :  GAGTC-T---GAGAG-C-C-G-C--TT-TG-AGG--CA-T-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-A-GAC-AA-A-A-----C--CC-CG-G--T---G-G-GGA-T-CCAGG
gi|62113                      :  GGTTC-T---GCGGG-G-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--G----T-CA-G-GG--AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62121                      :  GGTTT-T---GGGCG-C-C-G-C--TC-TAGAGG--C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-C-CA-G-A-C-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62117                      :  GGGTT-T---AGGGA-C-T-G-T--CC-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GT-T-C-CA-A-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--TG--G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62125                      :  GGGTC-T---GAGGA-C-C-G-C--TC-CA-AGC--C--C-A--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA---GGC-AA-A-G-----C--CT-TG-G--T-----G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62123                      :  GGGTC-T---GAGGG-C-C-G-C--CT-TA-A-G--C--C-C--C------A-G-T---------T-C----G-GGC-AA-G----------CC-TGTG--T---G-G-GGG-T-CCTGGGG
gi|62124                      :  GGGTC-T---TGGGGTC-C-GAC--CT-TA-AGG--C--C-C--CGCCCGCA-G-T---G--GG-G-T-CATG-GGC-AA-G-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T--CAGGAG
gi|62114                      :  GGGTC-T---GG-GG-T-C-G-C--CT-TA-GGC--C--C-C--C------A-G-G---GAGGG-T-C-CA-G-GAC-TG-A-G-----C--CC-TG-G--T---GTG-GGA-T-TCAGGGG
gi|62126                      :  GGATC-T---GGGGA-CGC-G-C--CC--A-AGG--C--C-C--CC-----A-G-C---G--GG-T-C-CA-G-GGT-AG-T-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-G-TCAGGG
gi|62120                      :  GAGTC-T---GGGGG-C-TAG-CTGCT-TT-AGG--C--C-C--C------AAG-G---G--GG-T-C-CA-G-GGC--T-G-T-----C--CC-TG-G--T---A-G-GGACT-CCAGGGG
gi|62127                      :   GGCC-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGGC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-C--G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TT-G--G---G-G-GGT-T-CCGG
gi|62128                      :   GGTC-T---GGGGG-C---G-C--CT-TG-AG---C--A-C--C--------G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TA-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62129                      :    GTC-T---GGGGG-C-C-G-C--CTCTC-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---T--GC-T-C-CA-G-GGC-AA-G-G-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-TGCCAGGAG
gi|62130                      :    GTC-T---GGGGG-C-T-G-T--CT-TG-TGGGCC--C-C--C------A-G-T---G--GA-T-C-CA-G-GGC-AG-G-GTAAAGC--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CAAGGG
gi|62131                      :    GTC-T---GGGGG-T---G-T--TT-TA-AGC--C--C-C--T------A-G-A---G--GA-T-C-CA-G-GAT-G--G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62132                      :     TC-T---GG-GA-C-C-G-C--CT-TT-AGGGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C--A-G-AGC-AA-GCG-----C--CC-TG-AGTT---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62133                      :      C-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TG-AGG--C--C-C--CC-----A-G-T---G--G--T-T-CA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62134                      :      C-T---GGGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--C------A-G-----G--GG-T-C-CA-GAGGC-AA-A-G-----C--CC-T--G--T---G-G-GGT-C-CCATGGG
gi|62135                      :       -T---GGGGG-C-C-G-C--CC-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-A-A-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62136                      :             GGGG-C-C-G-C--CT-TA-AGG--C--C-C--CC-----A-G-TA--G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-CTG-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62137                      :             GGGG-C-C-G-C--CT-TG-AGGGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CG-A-GAC-AA-G-------C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62138                      :                                    --C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-CA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCACGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                111111                                                                      
lowQualScore                  :      1 111  0   0 0 0 0 11  0  0  0 77 33 1 00 444444 0 0 222 00  2 1   0 0   0  333 11111 22  0  0 00 33333 0   1 0       
lowQualScore                  :      . ...  .   . . . . ..  .  .  . .. .. . .. ...... . . ... ..  . .   . .   .  ... ..... ..  .  . .. ..... .   . .       
lowQualScore                  :      5 333  7   7 7 7 7 77  7  7  7 55 00 4 99 999999 7 7 666 99  8 4   7 7   7  333 77777 88  7  7 99 00000 7   5 8       
consensus                     : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
Reference ( family-343 )      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62081                      : GGGTC-T---GG-AGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62082                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CAA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62083                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62084                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--G--T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-TCAGGGG
gi|62085                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AT-GT-C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62086                      : GGGTCCT---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CCA----A-G-CTGCG--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGG
gi|62087                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CG-----A-A-T---G--GG-C-CCA-G-GGC-AA-A-G-----G--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62088                      : GGGTC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--AGTT-TCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCACGGG
gi|62089                      : GGGTT-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GGTT-CCA-G-GGCAAA-A-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62090                      : GGGTC-T---GG-AGG-C---G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-AGC-AA-G-G-----C--CC-TG-T--TG--G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62091                      : GGGTC-T---GG-AAG-C-C-G-C--CC-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62092                      : GGGTT-T---GA-GGG-C-C-G-A--CT-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGTGG
gi|62093                      : GGATCAT---GGAGGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GGCC--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GCG-T-CCAGG
gi|62094                      : GGGAC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GA-TGCCA-G-GGC-AA-G-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCATGGG
gi|62095                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62096                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62097                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62098                      : GGGTT-T---GG-GAG-C-C-A-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62099                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-CA-CT-TA-AG-GACC--C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CCTTG-G--T---G-GAGGG-T-CCAGGGG
gi|62100                      : GGGTC-T---GG-GGG---C-G-C--CG-TA-AGCC--C--C-C--C------A-G-C---A--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62101                      : GGGCC-TTAAGA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CTA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCA
gi|62102                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--C--C-CGCC------T-G-A---A--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCATGGG
gi|62103                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CT-----A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-T-G--------CC-TG-A--T---T-G-GGG-T-CCAAGGG
gi|62104                      : GGGTC-T---AA-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-A--C--C-C--AG-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-
gi|62105                      : GGGTC-T---AG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-TGCCT-G-GGC-AA-G-A-----C--CT-TT-G--T---G-G-TGG-T-CCAGGGG
gi|62106                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-T--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-CA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGGTT-CCAGGGG
gi|62107                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CCC----A-A-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-
gi|62108                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-C--C--C-C--C------A-G-TA--A--GG-T-TCA-G-GGT-GA-A-G-----C--CC-TG-A--T-----G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62109                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-A--CT-TA-AG-C--C--C-C--C------A-G-T---T--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-G-----C--CC-TG-G--T---ATG-GGG-T-CCAGGGG
gi|62110                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-A-A-C--CT-TC-AG-G--C--C-C--C------A-GAT---G--GG-T-CCA-G-GAC-AA-A-G-----T--CC-TG-G--T-----G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62111                      : GGGTC-T---GG-TGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C-----------G-T------GG-T-CCA---GGC--A-G-G-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-CCAGGGG
gi|62112                      : GGTTC-T---TG-GGG-C-C-G-C--CT--A-AG-G--CGCC-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AAGG-G-----C--CA-TG-G--TGGGG-G-GGG-T-CCAGG
gi|62113                      : GGTTC-T---GC-GGG-G-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--G----TCA-G-GG--AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62114                      : GGGTC-T---GG-GG--T-C-G-C--CT-TA-GG-C--C--C-C--C------A-G-G---GAGGG-T-CCA-G-GAC-TG-A-G-----C--CC-TG-G--T---GTG-GGA-T-TCAGGGG
gi|62115                      : GGGTT-C---TA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GG
gi|62116                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C--TT-TG-AA-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-C-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-TCAAGGG
gi|62117                      : GGGTT-T---AG-GGA-C-T-G-T--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GT-T-CCA-A-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--TG--G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62118                      : GGGTT-A---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-A-GGC-AA---G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGC-T-C
gi|62119                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C---T-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----T--CC-TG-G--T---A-G-GGG-
gi|62120                      : GAGTC-T---GG-GGG-C-TAG-CTGCT-TT-AG-G--C--C-C--C------AAG-G---G--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-T-----C--CC-TG-G--T---A-G-GGACT-CCAGGGG
gi|62121                      : GGTTT-T---GG-GCG-C-C-G-C--TC-TAGAG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-A-C-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62122                      : GAGTC-T---GA-GAG-C-C-G-C--TT-TG-AG-G--CA-T-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-A-----C--CC-CG-G--T---G-G-GGA-T-CCAGG
gi|62123                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-A--G--C--C-C--C------A-G-T---------T-C---G-GGC-AA-G----------CC-TGTG--T---G-G-GGG-T-CCTGGGG
gi|62124                      : GGGTC-T---TG-GGGTC-C-GAC--CT-TA-AG-G--C--C-C--CGCCCGCA-G-T---G--GG-G-TCATG-GGC-AA-G-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T--CAGGAG
gi|62125                      : GGGTC-T---GA-GGA-C-C-G-C--TC-CA-AG-C--C--C-A--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-A-G-----C--CT-TG-G--T-----G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62126                      : GGATC-T---GG-GGA-CGC-G-C--CC--A-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGT-AG-T-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-G-TCAGGG
gi|62127                      :  GGCC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CC--G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TT-G--G---G-G-GGT-T-CCGG
gi|62128                      :  GGTC-T---GG-GGG-C---G-C--CT-TG-AG----C--A-C--C--------G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TA-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62129                      :   GTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CTCTC-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---T--GC-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-TGCCAGGAG
gi|62130                      :   GTC-T---GG-GGG-C-T-G-T--CT-TG-TG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GA-T-CCA-G-GGC-AG-G-GTAAAGC--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CAAGGG
gi|62131                      :   GTC-T---GG-GGG-T---G-T--TT-TA-AG-C--C--C-C--T------A-G-A---G--GA-T-CCA-G-GAT-G--G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62132                      :    TC-T---GG-GA--C-C-G-C--CT-TT-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-A-G-AGC-AA-GCG-----C--CC-TG-AGTT---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62133                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T------GG-T-TCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62134                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-----G--GG-T-CCA-GAGGC-AA-A-G-----C--CC-T--G--T---G-G-GGT-C-CCATGGG
gi|62135                      :      -T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62136                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-TA--G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-CTG-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62137                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCG-A-GAC-AA-G-------C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62138                      :                                     --C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCACGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                111111                                                                      
lowQualScore                  :      1 111  0   0 0 0 0 11  0  0  0 77 33 1 00 444444 0 0 222 00  2 1   0 0   0  333 11111 22  0  0 00 33333 0   1 0       
lowQualScore                  :      . ...  .   . . . . ..  .  .  . .. .. . .. ...... . . ... ..  . .   . .   .  ... ..... ..  .  . .. ..... .   . .       
lowQualScore                  :      5 333  7   7 7 7 7 77  7  7  7 55 00 4 99 999999 7 7 666 99  8 4   7 7   7  333 77777 88  7  7 99 00000 7   5 8       
consensus                     : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
Reference ( family-343 )      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62081                      : GGGTC-T---GG-AGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62082                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CAA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62083                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62084                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--G--T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-TCAGGGG
gi|62085                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AT-GT-C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62086                      : GGGTCCT---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CCA----A-G-CTGCG--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGG
gi|62087                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CG-----A-A-T---G--GG-C-CCA-G-GGC-AA-A-G-----G--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62088                      : GGGTC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--AGTT-TCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCACGGG
gi|62089                      : GGGTT-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GGTT-CCA-G-GGCAAA-A-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62090                      : GGGTC-T---GG-AGG-C---G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-AGC-AA-G-G-----C--CC-TG-T--TG--G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62091                      : GGGTC-T---GG-AAG-C-C-G-C--CC-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62092                      : GGGTT-T---GA-GGG-C-C-G-A--CT-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGTGG
gi|62093                      : GGATCAT---GGAGGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GGCC--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GCG-T-CCAGG
gi|62094                      : GGGAC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GA-TGCCA-G-GGC-AA-G-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCATGGG
gi|62095                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62096                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62097                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62098                      : GGGTT-T---GG-GAG-C-C-A-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62099                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-CA-CT-TA-AG-GACC--C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CCTTG-G--T---G-GAGGG-T-CCAGGGG
gi|62100                      : GGGTC-T---GG-GGG---C-G-C--CG-TA-AGCC--C--C-C--C------A-G-C---A--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62101                      : GGGCC-TTAAGA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CTA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCA
gi|62102                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--C--C-CGCC------T-G-A---A--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCATGGG
gi|62103                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CT-----A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-T-G--------CC-TG-A--T---T-G-GGG-T-CCAAGGG
gi|62104                      : GGGTC-T---AA-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-A--C--C-C--AG-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-
gi|62105                      : GGGTC-T---AG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-TGCCT-G-GGC-AA-G-A-----C--CT-TT-G--T---G-G-TGG-T-CCAGGGG
gi|62106                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-T--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-CA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGGTT-CCAGGGG
gi|62107                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CCC----A-A-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-
gi|62108                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-C--C--C-C--C------A-G-TA--A--GG-T-TCA-G-GGT-GA-A-G-----C--CC-TG-A--T-----G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62109                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-A--CT-TA-AG-C--C--C-C--C------A-G-T---T--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-G-----C--CC-TG-G--T---ATG-GGG-T-CCAGGGG
gi|62110                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-A-A-C--CT-TC-AG-G--C--C-C--C------A-GAT---G--GG-T-CCA-G-GAC-AA-A-G-----T--CC-TG-G--T-----G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62111                      : GGGTC-T---GG-TGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C-----------G-T------GG-T-CCA---GGC--A-G-G-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-CCAGGGG
gi|62112                      : GGTTC-T---TG-GGG-C-C-G-C--CT--A-AG-G--CGCC-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AAGG-G-----C--CA-TG-G--TGGGG-G-GGG-T-CCAGG
gi|62113                      : GGTTC-T---GC-GGG-G-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--G----TCA-G-GG--AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62114                      : GGGTC-T---GG-GG--T-C-G-C--CT-TA-GG-C--C--C-C--C------A-G-G---GAGGG-T-CCA-G-GAC-TG-A-G-----C--CC-TG-G--T---GTG-GGA-T-TCAGGGG
gi|62115                      : GGGTT-C---TA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GG
gi|62116                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C--TT-TG-AA-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-C-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-TCAAGGG
gi|62117                      : GGGTT-T---AG-GGA-C-T-G-T--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GT-T-CCA-A-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--TG--G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62118                      : GGGTT-A---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-A-GGC-AA---G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGC-T-C
gi|62119                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C---T-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----T--CC-TG-G--T---A-G-GGG-
gi|62120                      : GAGTC-T---GG-GGG-C-TAG-CTGCT-TT-AG-G--C--C-C--C------AAG-G---G--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-T-----C--CC-TG-G--T---A-G-GGACT-CCAGGGG
gi|62121                      : GGTTT-T---GG-GCG-C-C-G-C--TC-TAGAG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-A-C-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62122                      : GAGTC-T---GA-GAG-C-C-G-C--TT-TG-AG-G--CA-T-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-A-----C--CC-CG-G--T---G-G-GGA-T-CCAGG
gi|62123                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-A--G--C--C-C--C------A-G-T---------T-C---G-GGC-AA-G----------CC-TGTG--T---G-G-GGG-T-CCTGGGG
gi|62124                      : GGGTC-T---TG-GGGTC-C-GAC--CT-TA-AG-G--C--C-C--CGCCCGCA-G-T---G--GG-G-TCATG-GGC-AA-G-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T--CAGGAG
gi|62125                      : GGGTC-T---GA-GGA-C-C-G-C--TC-CA-AG-C--C--C-A--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-A-G-----C--CT-TG-G--T-----G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62126                      : GGATC-T---GG-GGA-CGC-G-C--CC--A-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGT-AG-T-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-G-TCAGGG
gi|62127                      :  GGCC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CC--G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TT-G--G---G-G-GGT-T-CCGG
gi|62128                      :  GGTC-T---GG-GGG-C---G-C--CT-TG-AG----C--A-C--C--------G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TA-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62129                      :   GTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CTCTC-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---T--GC-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-TGCCAGGAG
gi|62130                      :   GTC-T---GG-GGG-C-T-G-T--CT-TG-TG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GA-T-CCA-G-GGC-AG-G-GTAAAGC--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CAAGGG
gi|62131                      :   GTC-T---GG-GGG-T---G-T--TT-TA-AG-C--C--C-C--T------A-G-A---G--GA-T-CCA-G-GAT-G--G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62132                      :    TC-T---GG-GA--C-C-G-C--CT-TT-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-A-G-AGC-AA-GCG-----C--CC-TG-AGTT---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62133                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T------GG-T-TCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62134                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-----G--GG-T-CCA-GAGGC-AA-A-G-----C--CC-T--G--T---G-G-GGT-C-CCATGGG
gi|62135                      :      -T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62136                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-TA--G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-CTG-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62137                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCG-A-GAC-AA-G-------C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62138                      :                                     --C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCACGG


blockSeqs                     :      C TAA              TG          GC GC A    GCCCGC     TGC     T G            GG  TAAAG CG          GGGG      T
blockSeqs                     :      A .                A           AC T  A    CA         A       T G            GC  .     CG          GG        C
blockSeqs                     :      . .                .           GC T  .    CC         A       T .            CT  .     CG          AT        .
blockSeqs                     :      . .                .           GC A  .    C          .       T .            G   .     .           GT        .
blockSeqs                     :      . .                .           GC .  .    G          .       . .            G   .     .           GG        .
blockSeqs                     :      . .                .           C  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           T  .  .    C          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           C  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           C  .  .    C          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    T          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    G          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    C          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           T         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            T   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           A         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           A         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            T   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           G         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           .         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           .         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           .         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           .         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           .         .
blockSeqs                     :      . .                .           .  .  .    .          .       . .            A   .     .           .          
blockSeqs                     :                         .           .  .  .    .          .       . .            G   .     .           .          
blockSeqs                     :                         .           .  .  .    .          .       . .            C   .     .           .          
blockSeqs                     :                                     .  .  .    .          .       . .            .   .     .           .          


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
finalCons                     : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                111111                                                                      
lowQualScore                  :      1 111  0   0 0 0 0 11  0  0  0 77 33 1 00 444444 0 0 222 00  2 1   0 0   0  333 11111 22  0  0 00 33333 0   1 0       
lowQualScore                  :      . ...  .   . . . . ..  .  .  . .. .. . .. ...... . . ... ..  . .   . .   .  ... ..... ..  .  . .. ..... .   . .       
lowQualScore                  :      5 333  7   7 7 7 7 77  7  7  7 55 00 4 99 999999 7 7 666 99  8 4   7 7   7  333 77777 88  7  7 99 00000 7   5 8       
consensus                     : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
Reference ( family-343 )      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62081                      : GGGTC-T---GG-AGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62082                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CAA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62083                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62084                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--G--T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-TCAGGGG
gi|62085                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AT-GT-C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62086                      : GGGTCCT---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CCA----A-G-CTGCG--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGG
gi|62087                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CG-----A-A-T---G--GG-C-CCA-G-GGC-AA-A-G-----G--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62088                      : GGGTC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--AGTT-TCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCACGGG
gi|62089                      : GGGTT-T---GG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GGTT-CCA-G-GGCAAA-A-G-----C--CC-TG-G--T-----G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62090                      : GGGTC-T---GG-AGG-C---G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-AGC-AA-G-G-----C--CC-TG-T--TG--G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62091                      : GGGTC-T---GG-AAG-C-C-G-C--CC-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62092                      : GGGTT-T---GA-GGG-C-C-G-A--CT-TG-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGTGG
gi|62093                      : GGATCAT---GGAGGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GGCC--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GCG-T-CCAGG
gi|62094                      : GGGAC-T---GT-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GA-TGCCA-G-GGC-AA-G-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCATGGG
gi|62095                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62096                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62097                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--T--C-C--C------A-A-G---G--GG-T-CCA-G-GTC-AA-G-G-----CCGCT-TG-G--T---G-G-G
gi|62098                      : GGGTT-T---GG-GAG-C-C-A-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62099                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-CA-CT-TA-AG-GACC--C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CCTTG-G--T---G-GAGGG-T-CCAGGGG
gi|62100                      : GGGTC-T---GG-GGG---C-G-C--CG-TA-AGCC--C--C-C--C------A-G-C---A--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62101                      : GGGCC-TTAAGA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CTA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCA
gi|62102                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--C--C-CGCC------T-G-A---A--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCATGGG
gi|62103                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CT-----A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-T-G--------CC-TG-A--T---T-G-GGG-T-CCAAGGG
gi|62104                      : GGGTC-T---AA-GGG-C-C-A-C--CT-TA-AG-A--C--C-C--AG-----A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-
gi|62105                      : GGGTC-T---AG-GG--C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--GG-TGCCT-G-GGC-AA-G-A-----C--CT-TT-G--T---G-G-TGG-T-CCAGGGG
gi|62106                      : GGGTC-T---GG-GG--C-C-A-C--CT-TA-AG-G--C--C-T--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-CA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGGTT-CCAGGGG
gi|62107                      : GGGTT-T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CCC----A-A-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-
gi|62108                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-C--C--C-C--C------A-G-TA--A--GG-T-TCA-G-GGT-GA-A-G-----C--CC-TG-A--T-----G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62109                      : GGGTC-T---GG-GGG-C-C-G-A--CT-TA-AG-C--C--C-C--C------A-G-T---T--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-G-----C--CC-TG-G--T---ATG-GGG-T-CCAGGGG
gi|62110                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-A-A-C--CT-TC-AG-G--C--C-C--C------A-GAT---G--GG-T-CCA-G-GAC-AA-A-G-----T--CC-TG-G--T-----G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62111                      : GGGTC-T---GG-TGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C-----------G-T------GG-T-CCA---GGC--A-G-G-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-CCAGGGG
gi|62112                      : GGTTC-T---TG-GGG-C-C-G-C--CT--A-AG-G--CGCC-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AAGG-G-----C--CA-TG-G--TGGGG-G-GGG-T-CCAGG
gi|62113                      : GGTTC-T---GC-GGG-G-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---G--G----TCA-G-GG--AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62114                      : GGGTC-T---GG-GG--T-C-G-C--CT-TA-GG-C--C--C-C--C------A-G-G---GAGGG-T-CCA-G-GAC-TG-A-G-----C--CC-TG-G--T---GTG-GGA-T-TCAGGGG
gi|62115                      : GGGTT-C---TA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--CAC--C------A-G-T---G--GG-T-TCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GG
gi|62116                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C--TT-TG-AA-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-C-----C--CC-TG-G--T-------GGG-T-TCAAGGG
gi|62117                      : GGGTT-T---AG-GGA-C-T-G-T--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GT-T-CCA-A-GGC-AA-A-G-----C--CC-TG-G--TG--G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62118                      : GGGTT-A---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-G--CT-C-C--C------A-G-T---G--GGTT-CCA-A-GGC-AA---G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGC-T-C
gi|62119                      : GGGTC-T---GG-GGA-C-T-G-C---T-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGC-AG-A-G-----T--CC-TG-G--T---A-G-GGG-
gi|62120                      : GAGTC-T---GG-GGG-C-TAG-CTGCT-TT-AG-G--C--C-C--C------AAG-G---G--GG-T-CCA-G-GGC--T-G-T-----C--CC-TG-G--T---A-G-GGACT-CCAGGGG
gi|62121                      : GGTTT-T---GG-GCG-C-C-G-C--TC-TAGAG-G--C--C-C--C------A-A-T---G--GG-T-CCA-G-A-C-AA-A-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GTG-T-CCAGGGG
gi|62122                      : GAGTC-T---GA-GAG-C-C-G-C--TT-TG-AG-G--CA-T-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-A-GAC-AA-A-A-----C--CC-CG-G--T---G-G-GGA-T-CCAGG
gi|62123                      : GGGTC-T---GA-GGG-C-C-G-C--CT-TA-A--G--C--C-C--C------A-G-T---------T-C---G-GGC-AA-G----------CC-TGTG--T---G-G-GGG-T-CCTGGGG
gi|62124                      : GGGTC-T---TG-GGGTC-C-GAC--CT-TA-AG-G--C--C-C--CGCCCGCA-G-T---G--GG-G-TCATG-GGC-AA-G-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T--CAGGAG
gi|62125                      : GGGTC-T---GA-GGA-C-C-G-C--TC-CA-AG-C--C--C-A--C------A-G-T---G--GG-T-CCA---GGC-AA-A-G-----C--CT-TG-G--T-----G-GGG-T-CTAGGGG
gi|62126                      : GGATC-T---GG-GGA-CGC-G-C--CC--A-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-C---G--GG-T-CCA-G-GGT-AG-T-G-----C--CC-TG-A--T---G-G-GGG-G-TCAGGG
gi|62127                      :  GGCC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CC--G-GGC-AA-G-G-----C--CC-TT-G--G---G-G-GGT-T-CCGG
gi|62128                      :  GGTC-T---GG-GGG-C---G-C--CT-TG-AG----C--A-C--C--------G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-GA-A-G-----C--CC-TA-G--T---G-G-GGG-C-CCAGGGG
gi|62129                      :   GTC-T---GG-GGG-C-C-G-C--CTCTC-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-T---T--GC-T-CCA-G-GGC-AA-G-G-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-TGCCAGGAG
gi|62130                      :   GTC-T---GG-GGG-C-T-G-T--CT-TG-TG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GA-T-CCA-G-GGC-AG-G-GTAAAGC--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CAAGGG
gi|62131                      :   GTC-T---GG-GGG-T---G-T--TT-TA-AG-C--C--C-C--T------A-G-A---G--GA-T-CCA-G-GAT-G--G-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62132                      :    TC-T---GG-GA--C-C-G-C--CT-TT-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-C-A-G-AGC-AA-GCG-----C--CC-TG-AGTT---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62133                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GC-C--C-C--C------A-G-T------GG-T-TCA-G-GGC-GA-A-G-----C--TC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62134                      :     C-T---GG-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--C------A-G-----G--GG-T-CCA-GAGGC-AA-A-G-----C--CC-T--G--T---G-G-GGT-C-CCATGGG
gi|62135                      :      -T---GG-GGG-C-C-G-C--CC-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-A-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-A-A-----T--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62136                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TA-AG-G--C--C-C--CC-----A-G-TA--G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-CTG-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62137                      :            G-GGG-C-C-G-C--CT-TG-AG-GGCC--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCG-A-GAC-AA-G-------C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-T-CCAGGGG
gi|62138                      :                                     --C--C-C--C------A-G-T---G--GG-T-CCA-G-GGC-AA-C-G-----C--CC-TG-G--T---G-G-GGG-C-CCACGG